[청구번호]조심 2012서1750 (2012. 12. 31.)

[세목]양도[결정유형]경정

[결정요지]청구인이 양도소득세를 신고하면서 그 부가세로서 농어촌특별세를 납부한 점 드을 고려할 때, 그 납부액을 양도소득세 기납부세액으로 인정하여 납부불성실가산세를 감액함이 타당함

[관련법령] 조세특례제한법 제99조 제3항

[참조결정]조심2012서1777 / 조심2012서2913 / 조심2012서2836 / 조심2009부1994

[따른결정]조심2012중4092 / 조심2013서2670 / 조심2013서2647

OOO세무서장이 2012.3.7. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세OOO원(감액경정 후 잔여세액 OOO원)의 부과처분은 과다납부한 농어촌특별세 OOO원을 양도소득세 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 1997.10.22. 취득한OOO(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 인해 2001.12.1. OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2006.2.23. 12억3,000만원에 양도하고, 「조세특례제한법」 제99조의3에 규정된신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을감면세액으로 하여 2006.3.24. 양도소득세를 신고하고, 2006.4.18. 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.

나. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면세액을 OOO원으로 보아 2012.3.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하고, 농어촌특별세 25,813,720원을 환급(국세환급가산금 OOO원 별도)하였다가, 청구인의 고충신청을 받아들여 조합원 분담금 OOO원 및 법무사 비용과 채권할인액 OOO원을 취득가액 및 기타필요경비로 추가로 인정하고,감면세액을 OOO원으로 재계산하여 양도소득세 OOO원을감액경정하였다(감액경정 후 잔여세액 OOO원, 납부불성실가산세OOO원 포함).

다.청구인은 이에 불복하여 2012.4.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」 제99조의3은 주택신축 활성화를 통한 경기부양 대책으로 만든 정부의 특별조치에 따른 규정으로서 과세관청에서 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일까지는 양도소득세를 납부하여야 한다는 공적인 견해를 표명하지 않음으로 인해 5년 이내에 신축주택 매매시 양도소득세 전체가 감면된다고 믿고 있었고, 청구인은 탈세의도 없이 양도소득과세표준 신고를 하고 농어촌특별세를 납부하였으며, 과세관청에서도 청구인의 양도소득세과세표준 신고에대해아무런 조치가 없다가 약 6년이 지난 2012.1.10.에야 과세예고통지를 한 점, 2011년 이전까지 서울의 모든 세무서에서 종전주택을 취득한 사람이 재건축을 통해 신축한 주택을 5년 이내에 양도한 경우 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지에 대해 양도소득세를 과세한 사례가 없었던 점으로 볼 때, 이 건 양도소득세 부과처분은 신의성실의 원칙에 위배되는 처분이므로 취소하여야 한다.

(2) 재건축 아파트의 조합원권리를 취득했거나 일반분양을 받은 자는 취득일로부터 신축아파트의 준공일 전일까지의 양도소득세는 거론하지 않고, 신축아파트의 준공일로부터 5년 이내에 이를 양도하면 양도소득세 전액을 감면하는바, 이는 재건축 전후 기간은 주택의 기능을 상실하였음은 물론 「조세특례제한법」 제99조의3의 신설 목적이 주택의 신축을 촉진하기 위함이므로 설령 전체 양도소득금액에 대하여감면할 수 없다고 하더라도 종전주택 보유기간을 종전주택 취득일부터 신축주택의 일반분양일까지 또는 종전주택 취득일부터 관리처분계획인가일까지로 보아 감면소득금액을 재산정하는 것이 종전주택 소유자, 재건축 조합원, 일반분양자 간의 공평과세원칙에 부합한다.

또한, 처분청에서는 「조세특례제한법」 제99조의3 및 동 시행령 제40조제1항에 의거 전체 양도소득금액을 계산한 후 기준시가에 의하여 안분하여 감면소득금액을 계산하였는바, 양도당시 기준시가(2005.5.2.기준, OOO원)는 양도시기와 약 10개월의 차이가 있고 전년도인 2004.4.30.의 기준시가OOO보다 OOO원, 양도 2개월 후인 2006.4.28.의 기준시가OOO보다 OOO원이 낮아 시세와 차이가 큰 점, 처분청에서는 2002.4.4.의 기준시가OOO를 대지건물가액의 비율로 환산하여 신축주택 취득시 기준시가를 계산하였으나 이는 기준시가 적용의 일관성을 상실하였음은 물론 적용시점 이전에 공시한 기준시가를 적용하는 세무당국의 업무원칙을 어기는 결과가 된 점, 종전주택의 취득당시 이미 재건축을 전제로 가격이 많이 상승하여 실제 취득가액이OOO원이었음에도 처분청에서는 1997.5.1.의 기준시가인 OOO원을 종전주택 취득일의 기준시가로 적용함으로써 재건축 직전 가격급등 여건을 반영하지 못한 점, 산출세액의 부당함을 논의하는 자리에서(담당과장 동석) 처분청의 전임자가 OOO의 시세표를 적용할 수 있는 관련법규가 없으므로 「소득세법」 제114조 제5항에 의거 매매사례가액을 제출하면 양도소득세의 직접 산출이 가능하다고 하여 2002년 2월 매매계약을 체결한 OOO 및 OOO의 매매계약서 2건을 어렵게 확보하였는데 인사이동으로 새로 부임한 후임자가 동 가액의 적용을 부정하는 것은 부당한 점 등으로 볼 때 기준시가에 의해 감면소득금액을 안분계산하는 것은 부적절하고, 관련 법령에서도 실지거래가액으로 신고한 경우 실지거래가액에 의해 경정하도록 규정하고 있으므로 신축주택 취득일(사용검사필증교부일 또는 사용승인일)을 기준으로 실지거래가액에 의해 종전주택의양도소득과 신축주택의 양도소득(취득가액은 매매사례가액을 적용)을구분계산하여 종전주택의 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하고신축주택의 양도소득에 대하여는 양도소득세를 감면하는 것이 타당하다.

(3) 종전주택을 취득한 후 재건축을 통해 신축한 공동주택을 5년 이내에 양도한 경우, 양도당시는 물론 2011년 이전까지 서울의 모든 세무서에서 「조세특례제한법」 제99조의3에 의거 종전주택 취득시점부터 신축주택준공일 전일까지의 양도소득금액에 대해 양도소득세를 부과한 사례가 없었고, 특히 OOO국세청 OOO로부터 부동산 취득자금 출처조사를 위한 자료요청도 2007.1.4. 완료되어 당시 양도소득세 신고 및 납부에 대한 세무서의 검토도 종료된 것으로 믿었으므로 납세의무자가 그 의무를 알지 못하였고 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 볼 수 있는 충분한 사정이 있는 경우로 보아 가산세의 부과는 취소하는 것이 타당하다OOO

설령, 가산세를 부과한다 하더라도 추가로 과세하는 양도소득세는52.07%의 가산세를 부과하고, 과다납부한 농특세는 세목이 다르다 하여 서로 상계하지 않고 환급하면서 24.88%의 환급가산금만을 지급하는것은 부당하며, 과세 후 청구인의 취득가액 및 필요경비 누락분에 대한 경정청구로 인한 환급시에도 과세일(2012.3.7.)을 기준으로 반환한다하여 환급가산금을 전혀 지급하지 않은 것은 불합리하므로 납부불성실가산세 계산시 과다납부한 농어촌특별세 만큼을 기납부세액으로 보아납부하여야 할 세액에서 차감하여 납부불성실가산세를 계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것인데, 과세관청이 「조세특례제한법」 제99조의3에서 규정하고 있는 신축주택 취득자의 양도소득세에 대한 감면대상이 종전주택과 신축주택 전체의 양도소득금액이라는 공적인 견해를 표명한 사실이 없고, 동 조문에 양도소득세 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득이고 감면세액의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 규정을 준용한다고 명시하고 있으므로 신의성실의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구주장은 타당성이 없다.

(2) 주택재건축사업을 통하여 취득한 신축주택 및 그 부수토지에 대한 양도차익은 「소득세법 시행령」 제166조의 규정에 의거 신축주택의 양도가액에서 종전주택의 취득가액을 차감하되 관리처분계획인가일을 기준으로 2단계로 구분하여 계산하는 것이고, 「조세특례제한법」 제99조의3에서 규정하는 신축주택에 대한 감면소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의하는 것으로써 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 할 것인 바, 매매사례가액에 의한 임의적인 방법으로 양도소득금액과 감면소득금액을 재계산하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 바, 「조세특례제한법」 제99조의3의 신축주택취득자에 대한 양도소득세 감면은 해당 조문에 그 감면대상을 신축주택취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득으로 한정하고 있고, 「소득세법 시행령」제166조 및 「조세특례제한법」 제40조 제1항에 감면소득금액의 계산 산식을명시하고 있으므로 이에 대한 무지 또는 오인으로 부당하게 감면받은 양도소득세를 과세함에 있어 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

또한, 「국세기본법」 제47조의4에 의거 소득세의 납부불성실가산세 계산시 납부하지아니한 세액 또는 과소납부분 세액은 소득세만을 말하는 것으로 농어촌특별세를 가산하거나 차감하는 것으로 볼 수 없고, 감면을 받은 세액을 추징함에 따라발생하는 농어촌특별세 환급금은 추징하는 소득세의 기납부세액으로 보는 것이 아니라 「농어촌특별세법」 제12조에 의거 소득세의 환급의 예에 따라 환급하는 것이 타당하므로 납부불성실가산세 계산시 과다납부한 농어촌특별세 만큼을 차감하여 계산하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

ⓛ 신축주택 취득전 양도소득금액에 대한 세액감면을 배제한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는 처분에 해당하는지 여부

②신축주택의 취득일(사용검사필증교부일 또는 사용승인일)을 기준으로 실지거래가액에 의해 종전주택의 양도차익과 신축주택의 양도차익(신축주택의 취득가액은 매매사례가액을 적용)을 구분계산한 후 신축주택의 양도차익에 대하여는 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 납부불성실가산세 감면의 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부 및 과다납부한 농어촌특별세를 양도소득세 기납부세액으로 인정하여 가산세를 감액할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제15조 [신의성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(2) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 및 각 호 생략)

(3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한양도소득세의 감면 등]①법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(4) 소득세법 제90조 [양도소득세액의 감면] 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

제99조 [기준시가의 산정] ① 제96조제2항, 제97조제1항제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조제1항제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). (단서 생략)

나. 건물

건물(다목 및 라목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격·구조·용도·위치·신축년도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

라. 주택

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에는 동법 제17조제1항 단서의 규정에 의하여 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격에 의하고, ～(이하 생략)

(5) 소득세법 시행령 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

4.자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

제164조 [토지·건물의 기준시가 산정] ⑦ 「부동산가격공시 및감정평가에 관한 법률」에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. (후문 생략)

건설교통부장관이 당해 주택에 대하여 최초로 공시한 주택가격 × 취득당시의 법 제99조제1항제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액/ 당해 주택에 대하여 건설교통부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시의 법 제99조제1항제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액

제166조 [양도차익의 산정 등] (2005.12.31. 개정된 것) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]

③ 제1항제1호·제2호 및 제2항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이라 함은 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 관리처분계획에 의하여 정하여진 가격에 의한다. 이 경우 그 가격이 변경되는 때에는 변경된 가격에 의한다.

제166조 [양도차익의 산정 등] (2007.2.28. 개정된 것) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전양도차익"이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

2. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1997.10.22. 종전주택을 취득하였고, 재건축사업에 따라 종전주택을 멸실한 후 2001.12.1. 신축주택을 취득(사용검사필증 교부일)하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날 이전인 2006.2.23. 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2)OOO 조회자료에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 2006.3.24. 양도소득금액 OOO원 전액을 감면소득금액, 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 신고를 하고, 2006.4.18. 농어촌특별세 OOO을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 청구인의 고충신청을 받아들여 양도소득금액을OOO으로 감액하고, 아래와 같이 감면소득금액을 OOO, 감면세액을 OOO, 납부불성실가산세를 OOO원으로 계산하여 이 건 양도소득세 부과처분을 한 것으로 나타난다.

(가) 양도차익 : OOO원

OOO

(나) 장기보유특별공제 : OOO원

OOO

(다) 양도소득금액 : OOO원

OOO

(라) 감면소득금액 : OOO원

OOO

(마) 감면세액 : OOO원

OOO

(바) 납부불성실가산세 : OOO원

OOO

(4) 재정경제부에서 2007년에 발간한 “2006 간추린 개정세법” 책자에 의하면, 2007.2.28. 「소득세법 시행령」 제166조 제2항과 제5항을 신설한 이유는 양도소득세 실지거래가액 과세시 재건축재개발 아파트의 양도차익 계산방법을 명확히 규정하기 위한 것이라고 기재되어 있는 것(확인적 규정)으로 나타난다.

(5) 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다.

「조세특례제한법」제99조의3에서 과세특례대상 양도소득금액을“해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있으므로 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기 어려운 점, 과세관청에서 신축주택의 취득전 양도소득금액을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한사실이 나타나지 않는 점 등으로 볼 때, 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다OOO

(6) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구인은 전체 양도소득금액에 대하여 감면할 수 없다고 하더라도종전주택 보유기간을 종전주택 취득일부터 신축주택의 일반분양일까지 또는 종전주택 취득일부터 관리처분계획인가일까지로 보아 감면소득금액을 재산정하는 것이 종전주택 소유자와 재건축 조합원 및 일반분양자 간의 공평과세원칙에 부합한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호에서 자기가 건설한 건축물의 경우 사용검사필증교부일(사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일)을 양도 또는 취득의 시기로 하도록 규정하고 있는 점,

청구인은 처분청에서 2002.4.4. 최초로 고시된 신축주택의 기준시가OOO를 고시당시 및 신축주택 취득당시의 토지건물가액의비율에 의해 환산하여 신축주택 취득당시 기준시가를 계산한 것은 기준시가 적용의 일관성을 상실한 것이고, 실지 양도가액에 위 규정에 따라 계산한 기준시가가 양도당시 기준시가에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 신축주택 취득당시의 환산가액은 당시 매매사례가액 등과 큰차이가 발생하므로 적합한 가액으로 볼 수 없다고 주장하나, 비록 기준시가에 의한 환산가액이 당시의 시가를 반영하지 못하는 경우가 발생할 수 있다고 하더라도 「소득세법」 제99조 제3항 및 같은 법 시행령 제164조 제7항에서는 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 공동주택가격이 최초로 고시되기 전에 취득한 공동주택의 취득당시의 기준시가는 최초로 고시된 공동주택가격에 취득당시의 법 제99조제1항제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액이 최초 고시당시의 법 제99조제1항제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하도록 규정하고 있고, 처분청에서는 동 규정에 의해 신축주택 취득당시 기준시가를 계산한 것으로 나타나는 점,

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것인데 「소득세법」 제90조에서 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는감면소득금액이 있는 때에는 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로 「소득세법」의 규정에 따라 전체 양도소득금액을 계산하고, 「조세특례제한법」의 규정에 따라 감면소득금액을 계산한 후 「소득세법」의 규정에 따라 감면세액을 계산함이 타당한바, 처분청에서는 2007.2.28. 개정된 「소득세법 시행령」 제166조 제2항 및 제5항에 의하여 전체 양도소득금액을 계산하고, 「조세특례제한법 시행령」 제40조에 의하여 감면소득금액을 계산한 후 「소득세법」 제90조에 의하여 감면세액을 계산한 것으로 나타나는 점 등을 종합하여 볼 때, 신축주택의 취득일(사용검사필증교부일 또는 사용승인일)을 기준으로 실지거래가액에 의하여 종전주택의 양도소득과 신축주택의 양도소득(신축주택의 취득가액은 매매사례가액을 적용)을 구분계산한 후 그 중 종전주택의 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하고 신축주택의 양도소득에 대하여는 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장은 법령에 규정되지 않은 임의적인 계산방법에 해당하여 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(7) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

납세자의 고의과실이나 법령의 무지 또는 오인은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는바OOO 이 건 부과처분이 신의성실의원칙에 반하는 처분이 아닌 점, 관련 법령의 해석상 전체 양도소득금액이 아니라 신축주택 취득일부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액만이 감면소득금액에 해당함에도 청구인은 전체 양도소득금액이 감면대상인 것으로 법령을 착오한 것으로 보이는 점 등으로 볼 때, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하였고 그 의무의 이행을 기대하는 것이무리라고 볼 수 있는 충분한 사정이 있는 경우에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

다만, 청구인은 양도소득세 신고시 양도소득금액 전액을 감면소득금액으로 봄으로 인하여 결과적으로 OOO원의 농어촌특별세를 과다하게 납부한 것으로 나타나는바, 양도소득세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 양도소득세의 부가세로서 청구인이 양도소득세를 과소하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과다하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있고, 이와 같은 경우납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하고 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이므로OOO 처분청에서청구인이 과다납부한 농어촌특별세 OOO원을 환급하면서 가산하여지급한 국세환급가산금 OOO원을 환수하는 것은 별론으로 하더라도 동 농어촌특별세 과다납부액을 양도소득세 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.