조심2011중3566 (2015.08.18)

법인

경정

물적분할 시 시가보다 낮은 가액으로 양도한 쟁점재고자산에 부당행위계산부인을 적용하며, 생산설비투자의 적용시기를 잘못 적용한 임시투자세액공제를 부인한 처분은 잘못이 없으나, 쟁점특가할인물량의 할인율을 적정하다고 보아 접대비로 볼 수 없는 점, 해외파견 임직원의 인건비는 청구법인을 위해 근무한 것으로 보이므로 업무무관비용에 해당되지 아니하는 점, OO자회사로부터 2008.1.1. 전에 발생된 미처분이익잉여금을 재원으로 받은 의제배당은 간주외국납부세액공제 대상에 해당되는 점, OOO에게 지급한 금원은 기술용역에 대한 대가로 자금지원으로 보기 어려우며 청구법인은 그룹계열 교육사의 회원사로서 지급한 입회보증금 등은 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있음

법인세법 제25조 / 법인세법 제27조 / 법인세법 제46조 / 법인세법 제52조 / 법인세법 제57조 / 조세특례제한법 제26조

국심2003중3093 / 조심2011서2380

조심2014중5696

OOO이 2011.7.21. 청구법인에게 한 법인세 2006사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원 및 부가가치세 2008년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원의 각 부과처분은

1.청구법인의 OOO가 2009～2010사업연도 중재품의절차를거치지 않고 특가할인율을 적용하여 납품한 물량에 특가할인율을적용한 금액과 통상할인율을 적용한 금액과의 차액 합계 OOO을 손금에 산입하는 것으로 하고,청구법인이 2006～2010사업연도에 OOO 소재 해외제조법인에 파견된 청구법인임직원의 인건비로 지급한 합계 OOO을 업무무관비용이 아닌 것으로 하여 손금에 산입하는 것으로 하며, OOO 소재 청구법인의 자회사인 OOO의 2008년 8월 잉여금 자본전입으로 인한 의제배당액 OOO원은 간주외국납부세액공제 대상에 해당하는 것으로 하고, 청구법인이 2008년 8월부터 2010년도말까지 주식회사 OOO원을 청구법인이 2008.8.27. 주식회사 OOO와 체결한 기술개발용역계약에 따라 주식회사 OOO가 수행한 전력용 반도체 chip 기술의 연구용역의 대가에 해당하는 것으로 하는 한편, 부가가치세의 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하는 것으로 하고, 2009.9.18. OOO에 입회보증금으로 예치한 OOO원은 특수관계자에 대한 대여금에 해당하지 아니하는 것으로하며, 2009·2010사업연도 OOO로 지급한 금액 OOO을 손금에 산입하는 것으로 하는 한편, 부가가치세의 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 경기도 OOO 등을 제조·판매하는 법인으로서,

(1) 청구법인의 OOO는 2009·2010사업연도 중 특가할인율 적용에 필요한 품의(稟議) 등의 내부절차를 거치지 아니하고 특가할인율을 적용하여 특약점에 OOO원 상당의 전력기기(이하 “쟁점특가할인물량”이라 한다)를 공급하였고,

(2)2006～2010사업연도에 청구법인의 해외현지법인 중 OOO 소재 해외제조법인(이하 “쟁점해외제조법인”이라 한다)에 파견된 청구법인 임직원의 인건비를 부담하였으며,

(3) OOO의 2008년 8월 잉여금 자본전입으로 인한 의제배당 OOO원(이하 “쟁점의제배당소득”이라 한다)을 「법인세법」제57조 제3항에 의한 간주외국납부세액공제 대상으로 하여 2010년 5월 2008사업연도 법인세 수정신고시 OOO원을 세액공제하였고,

(4) OOO 설비투자가 2009년에개시되어 2009년 투자분부터 적용되는 「조세특례제한법」(2009.5.21. 법률 제9671호로 개정된 것,이하 “조특법”이라 한다) 제26조 제1항 제2호에 따른 ‘과거 3년간 투자한 금액의 연평균투자액을 초과하는 금액에 대한 세액공제’(이하 “증가분 세액공제”라 한다)로OOO원을 세액공제하였으며,

(5) 2010.4.1. 청구법인의 OOO 사업부문을 물적분할하여 OOO 주식회사를 신설(이하 “쟁점물적분할”이라 한다)하면서 취득한 OOO 재고자산(이하 “쟁점재고자산”이라 한다)에 대해 장부가액 OOO원으로 평가하였으며,

(6) 2008.8.27. 주식회사 OOO에게 전력용반도체 칩(chip) 기술개발용역을 위탁하여 2008년 8월부터 2010년도말까지 그 용역대가 OOO원을 분할지급하였고,

(7) 2009.9.18. 청구법인의 지주회사인 주식회사 OOO에 입회보증금 OOO원을 예치하고, 입회계약의 부속계약인 이용관리계약에 따라 2009·2010사업연도 시설유지관리비 합계 OOO을 각 지급하였다.

나. OOO(이하 “조사관청”이라 한다)은 2011.2.17.～2011.5.27.청구법인에 대한 법인세 등 정기통합조사를 실시한 결과,

(1)청구법인의 OOO가 2009～2010사업연도에 재품의 절차를거치지 않고 특가할인율로 납품한 물량에 대하여 특약점에 대한 임의적인 자금지원에 해당한다고 보아 통상할인율과의 차액을 접대비로 하여 접대비 한도 초과액 합계 OOO을 각 손금불산입하였고,

(2)쟁점해외제조법인에 파견된 청구법인 임직원의 인건비를 부담한것에 대하여 이를 업무무관비용으로 보아 합계 OOO을 각 손금불산입하였으며,

(3) OOO 소재 현지법인의 잉여금 자본전입으로 인한 쟁점의제배당소득 OOO원에 대하여 간주외국납부세액 공제대상이 아니라고 보아 2008사업연도에 이를 불공제하였고,

(4) OOO 생산공장 설비투자액 OOO원은 조특법 제26조의 적용시기(2009사업연도) 전인 2008사업연도에 투자가 개시되어 공제대상이 아니라고 보아 2009사업연도에 세액 OOO원을 불공제하였으며,

(5) 청구법인이 쟁점재고자산을 장부가액으로 평가한 것에 대하여 시가보다 낮은가액으로 평가한 것으로 보아 시가와 장부가액과의 차액 OOO원을 2010사업연도에 익금산입(유보)하였고,

(6) 청구법인이 OOO원에 대하여 이를 용역제공의대가가 아니라 특수관계자에 대한 자금의 대여(지분투자)로 보아부당행위계산 부인하여 인정이자 및 관련 지급이자 합계 OOO을 각 익금산입 및 손금불산입하는 한편, 관련 매입세액을 불공제하였으며,

(7)청구법인이 OOO에 예치한 입회보증금 OOO원에 대하여 실제 재직인원수에 따라 배분한 입회보증금 OOO원을 초과한입회보증금 OOO원을 대여금으로 보아 그 인정이자 합계 OOO을 각 익금산입(기타사외유출)하고, 입회계약의 부속계약인 이용관리계약에 따라 지급한 시설유지관리비에 대하여 실제 교육인원을 기준으로 산출한 금액을 초과한 금액합계 OOO을각 손금불산입(기타사외유출)하는 한편, 관련 매입세액 OOO원을 불공제하라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고,

처분청은 이에 따라 2011.7.21. 청구법인에게 법인세 2006사업연도분 OOO원 및 부가가치세2008년 제2기분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2011.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인은 전력기기 및 자동화기기를 판매하면서, 시장 형태에 따라 일반유통시장에는 ‘통상할인율’을, 프로젝트 경쟁입찰시장에는 ‘특가할인율’을 적용하여 공급가액을 결정한다. ‘통상할인율’은 거래처 정보에 따라 할인율이 정해지므로 별도의 품의서 작성이 필요치 않으나, ‘특가할인율’은 프로젝트별로 품의를 얻고, 이후 당초 납품물량을 초과하여 추가로 집행되는 물량에 대해서는 추가물량에 대한 재품의를 얻는 내부절차를 거친다.

OOO에서 2009·2010년 기간동안 공급된 쟁점특가할인물량은 프로젝트별로 최초에 품의서가 작성된 이후 ERP(전사적자원관리시스템)를 업그레이드하는 과정에서 초과방지 잠금시스템이 해제되어 발생한 일시적인 전산상 장애의 결과로서, 당초 품의후의 추가물량에 대하여 내부절차인 재품의서를 작성하지는 못하였지만, 이는 기존 프로젝트에 대한 품의서를 활용하여 특가할인율을 추가 적용한 정상적인 영업활동에 의한 것이다.

접대비인지 판단하기 위해서는 청구법인의 전산통제 유무와 상관없이 증빙서류, 분석적 자료, 재품의 미이행 사유 등을 통해 쟁점특가할인율 적용금액이 특가할인율 적용대상인지 여부를 결정하여야 할 것이나, 단순히 내부통제절차인 재품의를 생략했다는 사실만으로 접대비로 과세한 처분은 실질과세의 원칙에서 어긋난다.

특가할인율은 프로젝트 단위로 집행되며, 최초 품의물량과 추가 품의물량을 합쳐 이를 하나의 개별프로젝트로 구분하는데, 동일한 개별프로젝트에 대해 최초 품의서로 특가할인율을 적용한 부분에 대하여는 처분청이 그 합리성을 인정하면서도, 부득이하게 재품의 절차를 집행하지 못해 최초 품의서를 이용하여 추가로 특가할인율을 적용한 쟁점특가할인물량 부분을 접대비로 인정하는 것은 처분청이 거래의 실질을 파악하지 못하고 있다는 것을 반증하는 것이다.

이러한 사실관계는 관련 전산시스템 업그레이드 일지, 거래명세서, 발주서, 품의서 및 계약서 등에 의해 확인되는 것으로, 추가 특가할인율 적용분은 기존의 특가할인율 적용거래와 그 실질이 동일하고, 최초 계약시점 대비 물량 등의 계약조건변동 등의 사유로 단순히 투입량이 증가한 것에 불과한바, 주요 고객사인 배전반은 총 공사원가 중 배전설비 등에 대한 예산을 설정하여 주문하는 것이 일반적이어서 최초 품의시점과 다르게 용량, 수량 등을 빈번하게 변경하고 있어 추가 품의는 일반적인 현상이다.

또한, 특가할인율은 납품가 대비 OOO 등 사회 통념상 인정될 수 있는 범위 내의 금액을 기준으로 하고, 사전에 마련된 객관적 기준 하에 모든 특약점 프로젝트에 동일한 기준으로 적용되었으며, 특히 OOO가 적용한 쟁점특가할인물량은 타영업팀 및 OOO이 그동안에 적용하였던 특가할인물량보다 그 비율이 오히려 더 낮았다.또한, 특가할인율은 납품가 대비 OOO 등 사회 통념상 인정될 수 있는 범위 내의 금액을 기준으로 하고, 사전에 마련된 객관적 기준 하에 모든 특약점 프로젝트에 동일한 기준으로 적용되었으며, 특히 OOO가 적용한 쟁점특가할인물량은 타영업팀 및 OOO이 그동안에 적용하였던 특가할인물량보다 그 비율이 오히려 더 낮았다.

따라서, 단순한 내부통제절차인 재품의 절차가 이루어지지 않았다고 하여 그 실질관계를 인정하지 않고 청구법인이 임의로 특가할인율을 적용하였다는 처분청의 의견은 부당하다.

(2) 쟁점해외제조법인은 현지에서 청구법인의 판매법인 역할과 가공법인 역할을 수행하였던바, 쟁점해외제조법인에 파견된 직원은 청구법인을 대신하여 청구법인이 수출한 제품의 매출증대와 이익창출에 직접적으로 연관되는 활동을 하였으므로, 청구법인이 그 기여도에 따라 일부 부담한(파견직원 인건비의 20% 수준) 이들의 인건비는 업무무관비용이라 할 수 없다.

쟁점해외제조법인에 파견된 직원은 청구법인의 자회사인 해외제조법인에서 청구법인이 수출한 제품의 판매활동을 관리·통제하고 관련 의사결정을 수행함과 동시에, 청구법인을 대신하여 시장수요를 예측하고, 현지 제품관련 동향·가격정보를 청구법인에 제공하면서 마케팅·사후품질관리업무 등을 수행하고 있는바, 파견직원들이 청구법인이 해외현지에서 수행하여야 할 판매 및 경영지원 업무(Claim해결활동, 채권회수활동), 영업 및 경영기획업무(시장조사활동), 투자업무(실사업무, 시장조사), 기타업무(출장지원) 등의 업무를 수행하고 있는 사실은 청구법인이 제출한 자료에 의해 명백히 확인되며, 청구법인이 지급한 파견직원의 인건비는 사실상 청구법인의 업무에 종사한 자에 대한 지급으로서 그 대가성이 존재한다.

처분청은 청구법인이 OOO 투자한 해외판매법인에 파견된 임직원의인건비 지급액에 대해서는 청구법인과의 업무관련성을 인정하여 세무상 손금으로 판단하면서도, 청구법인의 판매법인 역할을 수행하기 위해 생산 및 판매활동을 함께 수행하는 해외제조법인에 파견된 임직원의 인건비 지급액에 대하여는 그 업무관련성을 부인한바, 이는 경제적 실질이 동일함에도 사실관계를 오인하여 거래 형식이나 명칭에 따라 세법을 다르게 적용한 것으로 세법상의 실질과세원칙에 위배된다.

(3) 청구법인의 OOO는 2008년 8월에 2000년～2004년 발생한 미분배이윤 중OOO을 자본전입하였으며, 청구법인은 쟁점의제배당소득에 대하여 2008사업연도 법인세 신고시 누락하여 2010년 5월 수정신고 하면서 쟁점의제배당소득을 익금산입하고 이에 따른 간주외국납부세액공제 OOO원을 신청하였다.

「국제조세 집행기준」(법인세법 집행기준 제1절) 57-0-2(한중조세조약 상 간주외국납부세액공제등의 적용)’에 따르면, 2008.1.1. 전 발생한 미처분이익잉여금을 재원으로 중국 자회사가 내국법인에게 배당(자본전입에 따른 의제배당 포함)하는 경우 중국에서 면제 받은 배당소득에 대하여는「대한민국정부와 중화인민공화국 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세 방지와 탈세 방지를 위한 협정」(이하 “「한중조세조약」”이라 한다)의 제2의정서 제5항에 따라 간주외국납부세액 공제가 적용된다고 규정하고 있어 ‘자본전입에 따른 의제배당’에 대해서도 간주외국납부세액공제가 적용됨을 명확히 하고 있는바, 중국 내에서의 쟁점의제배당소득은 현금배당과 동일하게 원칙적으로 기업소득세가 과세되는 것이나[중국 국가세무총국 2000.6.21. 보충규정 국세발(2000)제118호], 외상투자기업의 경우 특별법인 (구)중화인민공화국 외상투자기업 및 외국기업 소득세법의 감면규정에 따라 면제받은 것이므로 간주외국납부세액공제가 가능하다. 거래의 실질상으로도 중국 현지법인이 잉여금을 자본 전입함에 따라 발생하는 국내법인의 의제배당소득은 투자자 입장에서는 배당을 받은 후 재투자하는 것과 그 경제적 실질이 동일하므로 현금배당에 대하여 간주외국납부세액공제가 적용되는 것과 동일하게 처리되어 간주외국납부세액공제가 적용되어야 한다.

(4-1) 조특법 제26조 제1항 제2호에 따라 2009사업연도 투자분부터 적용되는 증가분 세액공제 대상을 판단함에 있어서, 처분청은 OOO와 관련한 장비설비 전체를 하나의 투자단위로 보고 2008년 투자가 개시된 것으로 판단하여 해당 세액공제를 인정하지 않았으나,

「조세특례제한법 시행령」제23조 제11항 제5호에서는 프로젝트성 공장건설을 타인에게 의뢰하는 경우 투자의 개시시기는 실제로 건설에 착공한 때이고 ‘사업의 예비적 준비’를 위한 것은 착공한 때에 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 기획재정부 유권해석(재조특-695, 2012.07.31.)도 동일하게 해석하고 있는바, 2008년 계약분(쟁점투자①)은 공사착공 전 사업의 예비적 준비를 위해 발주한 것이므로, 2009년 2월 실제 공사착공 이후 계약체결된 투자분(쟁점투자②)과 함께 모두 투자의 개시시기는 2009년 이후이므로 쟁점투자① 및 쟁점투자② 모두 공제대상으로 보아야 한다(주위적 청구).

(4-2)임시투자세액공제대상을 판단함에 있어 투자개시시기는 자산 또는 설비 각각에 대하여 체결되는 각 계약건별로 판단하여야 한다. 따라서, OOO 공장설립과 관련하여, 2009년 계약체결 후 투자가 결정되어 해당 연도에 지출된 설비에 대한 쟁점투자②는 조특법상 임시투자세액공제대상이 됨이 관련 법률규정에서 확인된다(예비적 청구).

(5)처분청은 청구법인이 2010.4.1. 적격물적분할의 방법으로 금속파이프 사업부문을 분할하여 OOO 주식회사(분할신설법인)를 설립하는 과정에서 OOO 등 쟁점재고자산에 대하여 장부가액을 시가로 보아 평가한 것을 부인하고, OOO 등이 고시한 기준가격을 시가(재취득가액)로 보아 그 차액을 익금산입하였으나,

쟁점재고자산의 회전율은 2개월 남짓한바, 구매자와의 개별가격협상(거래규모, 거래조건, 거래당사자와의 협상력, 장기 거래 고객여부 등)에 의해 거래가격이 정해지는 속성을 가지고 있어 물적분할 당시에는 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 시가를 찾기 어려운 자산으로서 「법인세법」상 시가산정기관으로 지정되지 아니한 단체가 고시한 기준가격은 쟁점재고자산의 시가가 될 수 없는바, 「법인세법」에서는 자산의 시가를 알 수 없는 경우에는, 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호 및 「상속세 및 증여세법 시행령」제52조 제2항 제1호 단서에 따라 장부가액을 시가로 보도록 규정하고 있으므로, 쟁점재고자산의 장부가액을 물적분할 당시의 시가로 보아야 한다.

처분청이 인용한 ‘원재료 고시가격’은 「법인세법」상 시가산정기관으로 지정되지 아니한 단체OOO가 고시한 기준가격으로서, 일자별 시세의 등락이 심한 OOO에 대한 시세의 방향성만 알려주는 참고자료일 뿐이다. 실제로 OOO 국내 ‘동’ 고시가액은 ‘기준가격으로서 실제 판매가격은 시장상황의 변동 등에 의해 변동될 수 있다’는 참고문구가 함께 기재되어 고시된다.

더구나 쟁점재고자산은 청구법인이 원재료를 매입한 후 일정기간 가공을 거쳐 판매가능한 제품상태가 되는데, 재고자산의 원가를 구성하고 있는 재료비, 가공비 및 기타 제조간접비 중 시세의 등락이 심한 쟁점재고자산(재료비) 부분만을 떼어 내어 고시가액으로 시가평가하고 나머지 가공비 및 기타제조간접비 원가는 장부가액을 그대로 재합산하여 재고자산을 재평가한 처분청의 시가산정 논리는 세법상 그 근거를 찾을 수 없으며, 쟁점재고자산의 상태와 속성, 거래규모 및 거래상황 등 객관적 교환가치를 반영하지 못한 오류이다.

쟁점물적분할과 「상법」상 절차만을 달리하고 유사한 경제적 효과가 있는 현물출자와 관련한 심판례(국심 2003중3093, 2004.3.17.)에서도 재고재산의 상태와 거래규모 및 거래상황 등에 비추어 시가산정이 어려워 「상속세 및 증여세법」제62조 제2항 및 같은 법 시행령 제52조 제2항 제1호의 규정에 의하여 계산한 가액 즉, 장부가액을 재고자산의 수입금액으로 하여 과세하는 것이 타당하다고 결정한 바 있다. 아울러 청구법인의 외부회계 감사인도 쟁점재고자산에 대해 장부가액을 시가로 인정하여 물적분할의 회계처리하였음이 확인된다.

청구법인은 쟁점물적분할 당시 분할특례요건을 충족함에 따라 자산양도차익에 대해 압축기장충당금을 설정함으로써 과세이연이 가능하다. 따라서, 청구법인 입장에서는 과세이연되는 물적분할행위에 대해 조세를 부당히 감소시킬 의도가 전혀 없었으므로 만약 착오로 물적분할 당시 반영하지 못한 양도차익을 추가로 반영해야 한다면 이에 대응하여 사후에라도 압축기장충당금을 추가적으로 설정할 수 있도록 해야 한다.

(6)청구법인이 2008～2010사업연도 중 OOO원은 ‘전력용 반도체 Chip’ 제조기술의 연구개발용역에 대한 대가OOO로서 용역거래가 실제로 존재함에도 처분청이 이를 부인할 만한 합리적 근거 없이 용역대가가 아닌 지분투자성 자금의 대여로 본 것은 부당하다.

청구법인은 OOO와 기술개발용역에 관한 약정체결을 하고 OOO의 기술개발이 당초의 약정내용대로 이행되는지 여부를 확인하기 위하여 매분기마다 기술개발 진행현황을 보고받는 등 지속적으로 관여하여 왔고, 연구개발의 완료시에는 OOO로부터 연구결과물(붙임 보고서 참조)을 인수한 이후에는 그 기술을 이용하여 시제품을 생산하는 등 청구법인의 수익창출을 위해 기술을 실제로 사용하고 있으며,

더욱이, 청구법인이 OOO와 기술개발용역계약을 체결할 당시 특수관계자에 해당하지도 아니하였던 OOO에게 자금을 무상제공하면서까지 이를 용역거래로 위장할 이유가 없었다. 따라서, 청구법인이 OOO에게 기술개발용역의 대가로 지급한 OOO원을 자금의 무상대여라고 보아 청구법인에게 법인세와 부가가치세를 부과한 처분은 사실을 오인한 것이다.

(7-1)교육시설인 OOO의 입회계약으로 회원사 자격을 취득할 경우, 비회원사에게 부여되지 아니한 각종 혜택을 부여받는바, 이에 대한 고려없이 처분청이 단순하게 ‘계열사별 인원수’에 비례하여 적정 입회보증금을 산정하여 그 초과액을 대여금으로 보아 부당행위계산 부인한 처분은 부당하고,

더욱이, 청구법인 등 7개사는 지주회사인 주식회사 OOO의 설립 전부터 이미 OOO의 설립에 주도적으로 참여해 왔는바, 만약 지주회사가 설립되지 아니한 상태에서 OOO이 완성되었더라면 청구법인의 부담액이 더 클 수밖에 없었던 불가피성 등을 종합적으로 고려해 보면, 회원사에게 부여된 특전 등을 배제한 채 오직 입회 당시 재직인원수만을 기준으로 적정 입회보증금을 산정하고, 그 초과액을 대여금으로 보아 부당행위계산 부인한 처분은 부당하다.

(7-2) 처분청은 청구법인 등 회원사가 입회계약의 부속계약으로 체결한 약정에 따라 회원사가 구좌수에 맞추어 ‘시설유지관리비’ 등을 부담한 데 대하여, 이는 그룹공통경비로서 그룹 전체의 교육인원 중 청구법인의 교육인원수 비율로 그 적정 부담액을 산정함이 타당하다고 보아 그 초과액을 손금불산입하는 한편, 관련 매입세액을 불공제하여 법인세와 부가가치세를 부과하였으나,

청구법인 등 회원사의 시설관리유지비 등은 사전약정에 따라 각 회원사별 구좌수로 부담하는 것으로서 시설관리유지비가 교육이용자수에 비례하여 발생하는 변동비가 아니라 교육시설 이용유무와 무관한 고정경비 성격이 있는 비용이므로 이를 각종 특혜를 향유하는 회원사가 부담한다 하여 불합리한 것은 아니며, 오히려 이런 고정경비를 처분청과 같이 사후 교육인원에 비례하여 산정한다면 수많은 교육에 대하여 매 교육시마다 재산정하여야 하는 번거로운 문제가 있는 점 등을 고려하면, 회원사가 보유한 구좌수 비율로 이를 부담한 것은 경제적 합리성에 입각한 것이어서 타당하므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)청구법인은 OOO에서 전산상 한도체크가 해제되어 쟁점특가할인율이 적용되었다고 주장하나,

청구법인은 특가로 공급된 전력기기가 일반유통시장에서 유통되어 시장질서가 혼란해지는 것을 방지하기 위하여, 특약점이 신청하는 특가할인율 적용 프로젝트에 대해 청구법인 영업사원의 발주서 확인, 현장방문, 영업팀장 또는 사업부장과 기획실의 검증, 가격지원품의서 작성 절차를 거치고, 사후 특약점의 1차 납품처에 대한 설계변경 등 변동사유가 발생한 경우에도 청구법인의 영업사원을 통해 동일한 방법으로 확인한 후 새로운 추가 품의(특가할인율 적용결정)절차를 진행하는바, 특가할인율이 적용된 기기가 실제 프로젝트에 납품되었는지 여부에 대한 사후검증은 하지 않고 있으나, 이는 위와 엄격한 사전검증에 의해 해당 프로젝트에 소요될 품목 및 수량의 파악이 가능하기 때문으로, 당초 또는 재품의 한도를 초과하여 공급되는 경우는 있을 수 없어 전산장애로 특가할인율 적용분이 추가로 공급되었다는 청구법인의 주장은 설득력이 없다.

청구법인은 기존의 특가할인율 거래와 그 실질이 동일하고, 최초 계약시점 대비 물량 등의 단순한 투입량 증가라고 주장하나, 계약변경 등 새로운 품의사유가 발생된 경우에 쟁점특가할인물량 중에서도 재품의 한 사례가 있고, 당시의 시장상황을 반영하여 특가할인율이 변경된 사례도 나타나고 있으며, 쟁점특가할인율로 공급된 총금액은 OOO원으로서 당초 품의 또는 재품의에 의하여 승인된 특가할인율 적용 한도금액 OOO원의 2배에 달하여 단순한 투입량 증가라 할 수 없다.

청구법인은 서부영업소의 쟁점특가할인물량은 타영업팀 및 서부영업팀의 전후 과세기간과 비교시 그 비율이 오히려 더 낮고, 정상적인 영업환경 하에서 발생한 것이라 주장하나, 각 지역별 시장상황이 상이하고, 특가할인율을 결정하는 특약점의 1차 납품처에 대한 납품가가 상이하며, 특가할인율을 적용받을 프로젝트(주로 공장 신축이나 증설공사)가 지역별·시간별로 균등하게 이루어지지 않고 있는 점을 감안하면 특가할인율은 영업팀별 또는 연도별 비교대상이 될 수 없고, 특가할인율을 적용할 어떠한 정당한 사유 및 근거도 없음에도 불구하고 쟁점특가할인물량이 정상적인 영업환경하에서 특가할인율이 적용된 것이라는 청구주장은 설득력이 없다.

청구법인은 동종업계의 현실상 계약조건변동이 빈번하고, 동일한 거래에 대해 그 일부만을 접대비로 부인하는 것은 타당하지 않다고 주장하나, 이러한 주장은 계약변경 등 새로운 품의사유가 발생될 경우의 재품의 절차를 스스로 부인하는 것이고, 쟁점특가할인물량과 같이 당초 품의서에 의한 특가할인율 적용액을 2배 이상 초과하는 거래에 대하여까지 설명할 수는 없으며, 또한 전산통제기능이 해제된 해당 영업팀의 품의서에서도 재품의 사례가 확인되고, 동일거래에 대한 단순한 한도초과라는 사실은 입증되지 아니하였다.

(2) 해외현지법인은 대한민국 법률에 의하여 지배받지 아니하는 외국법인으로서 쌍방 경제거래에 따른 채권·채무는 국제계약 및 조건에 따라 분명히 구분되어야 하는바, 청구법인이 사업 전략적인 판단에 따라 자본을 투자하여 해외에 현지법인을 설립하였고, 그로 인해 현지국가에 사업진출이 용이하고 교두보 역할을 수행하였다고 하더라도 청구법인은 투자법인으로서의 권리와 자격만을 보유하고 이익발생에 따른 배당금 수령권을 소지하고 있을 뿐이다.

모기업이 해외현지법인에 직원을 파견하는 경우 인건비 부담주체를 가리기 위해서는 파견직원의 종사업무 범위, 활용정도, 기여도, 조사업무 범위를 입증할 수 있는 관련 증빙서류 등이 확보되어야 하나, 청구법인은 파견직원들이 쟁점해외제조법인에 어떤 목적으로 파견되었고 종사업무가 구체적으로 무엇인지, 종사업무를 확인할 수 있는 입증자료를 전체적으로 제시함이 없이 부분적으로 유리한 자료만을 제시함으로써 사실관계 파악에 불성실한 입장을 견지하였고, 파견직원 전부가 현지법인에서 팀장급으로 종사하고 있음이 확인되어 현지법인의 고유업무에 중추적인 역할을 하고 있음이 객관적으로 입증됨에도 불구하고, 이들이 쟁점해외제조법인의 고유업무에 종사하고 있지 않다는 청구법인의 주장은 사실관계를 왜곡하는 것이다.

또한, 청구법인은 파견직원의 인건비 중 평균 20% 내외를 부담하고 이는 청구법인 업무에 대한 관여도, 매출증대 및 이익창출 관련성 등을 고려하였다고 주장하는바, 세무조사시 파견직원의 체류비는 해외현지법인이 부담하고 있으나 급여 등은 청구법인이 전액 부담하였던 것으로 확인되었으므로 청구법인의 주장은 사실과 다르다.

특히, 청구법인은 조사관청의 세무조사시 해외현지법인 파견직원이 청구법인의 업무에 종사하였음을 입증하는 서류 등을 제시하면서, ‘연도별 목표·전략합의서, 업무보고서 외에는 제출할 서류가 없다’는 확인서를 세무공무원에게 제출한 사실이 있음에도 불구하고, 이 건 심판청구시에는 업무종사를 확인할 수 있는 서류 다수를 제출하였는바, 당해 서류는 세무조사 종결 시까지 제출되지 않은 것으로서 파견직원 및 중국현지 컴퓨터에 내장되어 있는 자료에서 입수하였다고 주장하고 있어 당해 자료의 정확한 출처 및 진위여부 확인을 위한 추가 조사가 필요하다.

이상의 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점해외제조법인에 파견된 직원은 해외제조법인의 주요 보직의 팀장으로 근무하면서 업무 노하우를 전수하고 주도적으로 종사한 사실이 명확함에도 불구하고, 파견주체인 청구법인은 파견직원의 업무 노하우 전수에 따른 용역대가에 대하여 최소한의 금액을 징수한 사실이 없으며, 더욱이 이들의 인건비를 법적 근거도 없이 청구법인이 전액 부담한 것은 업무무관경비를 지급한 것이므로 쟁점해외제조법인 파견직원의 인건비를 손금불산입한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 쟁점의제배당소득이 (구)「중화인민공화국 외상투자기업 및 외국기업 소득세법상 경감규정」제19조 제1항에 근거하여 과세 면제된 배당소득으로서 간주외국납부세액공제가 적용되어야 한다고 주장하나,

청구법인은 2010년 5월 쟁점의제배당소득에 관한 익금산입 및 외국납부세액공제신청 내용의 수정신고 당시에도 중국 과세당국에 자본전입에 관한 소득신고를 행한 바 없으며 중국 세무당국은 해당 소득에 대한 인지도 없었으며, 따라서 조세 감면을 결정한 사실이 없다.

간주외국납부세액공제는 조세조약상 중국 및 한국에서 법률에 따라 감면 또는 면제된 경우에 한하여 세액공제가 허용되는 것으로, 중국 세무당국이 해당 의제배당 신고 및 배당소득세 감면결정을 한바가 없는 소득에 관하여 중국내 과세소득 여부 및 감면대상 여부를 한국 국세청이 유추해석하여 세액공제 할 수 없다.

한중조세조약 제23조 제3호의 “조세경감, 면제 또는 경제개발촉진을 위한 여타 조세유인조치에 관한 법률규정”에 따라 중국 정부로부터 조세가 면제 되는 경우 국내에서 간주외국납부세액공제가 가능하나, 청구법인의 의제배당액이 중국법률에 의한 조세가 면제되는 경우에 해당되지 아니하므로 간주외국납부세액공제를 부인한 당초 처분은 정당하다.

(4-1) 조특법 제26조 제1항 제2호는 글로벌 금융위기 등으로 위축된 기업의 신규투자를 촉진하기 위하여 기존의 투자분에 대한 공제에 직전 3년간 연평균 투자규모를 초과하는 설비투자에 대하여 추가로 공제해 주는 규정으로서 기존 투자계획에 따라 투자하는 금액이 아닌 신규 투자계획에 따라 법 시행후 새로이 투자하는 금액에 대하여 공제해 주는 것이 입법취지에 부합하는바,

대규모 프로젝트성 투자시 기계장치 제작을 위한 발주와 타인에게의뢰한 건설이 병행되는 경우에는 발주자가 최초로 기계장치 등에 대한 주문서를 발송한 때와 실제로 건설에 착공한 때 중 빠른 날을 기준으로 투자개시 여부를 판단하여야 한 것으로(법인세과-69, 2012.1.17.),

청구법인이 2008년에 전체설비 중 일부인 OOO 외 3개설비에 대해 계약을 체결하고, OOO원을 계약금(선급금)으로 지급하는 등 2008년 중 OOO원이 집행된 것이 확인되어 OOO 설비투자사업은 2008년도에 투자가 개시된 것으로 보아야 할 것이므로 청구법인이 2009년도에 최초로 계약을 체결하고 지출한 금액에 대해서는2009년도에 임시투자세액공제의 증가분 세액공제를 적용할 수 없다.

(4-2) 청구법인은 투자개시시기와 관련하여 자산 또는 설비 각각에 대하여 체결되는 각 계약 건별로 판단하여야 한다고 주장하나, 각각의 자산 또는 설비들이 그 경제적 효용가치를 다하기 위해서는(또는 사업에 사용하기 위해서는) 이들 자산 또는 설비들이 취득시점에 불구하고 유기적으로 결합되어 운영되는 하나의 투자단위로 보아 감가상각 규정(국세청 서면2팀-1739, 2005.10.31. 참조) 및 임시투자세액공제 규정을 적용하는 것이 타당하다.

(5) 청구법인은 승계자산을 과소평가함으로써 조세를 부당히 감소시키거나 특수관계자인 분할신설법인에게 이익을 분여할 하등의 이유가 없다고 주장하나, 「법인세법」제41조 및 같은 법 시행령 제72조의 규정에서 물적분할로 취득한 주식에 대하여는 ‘취득 당시의 시가’로 평가하도록 명문화되어 있는데, 여기서 취득한 주식이라 함은 물적분할된 자산과 부채를 그 당시 시가(공정가액)로 평가한 가액 상당액을 분할신설법인의 주식으로 취득하였을 때 그 주식가액을 말하는 것으로서,

청구법인은 쟁점분할되는 재고자산(제품·상품·반제품·재공품·원재료)을 평가하면서 그 당시 시가(재취득가액 등)로 평가하여야 하나. 분할시점의 장부가액으로 평가함으로서 결국은 취득한 주식가액이 과소하게 계상되는 결과를 초래한 것이므로「법인세법」규정을 위반한 사실이 명백하여 특수관계자에게 이익을 분여 또는 조세의 부담을 감소시켰는지 여부와 관계없이 과소 계상한 소득에 대하여는 법인세를 추징한 당초 처분은 정당하다.

청구법인은 「법인세법」상 자산의 시가를 알 수 없는 경우 장부가액을 시가로 보도록 하고 있고, 쟁점재고자산은 거래 당시 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 시가를 찾기 어려운 자산이라고 주장하나,

쟁점재고자산(재료비)은 동(Cu)과 스텐인레스로 구성되어 있으며 OOO 가격 등 매일의 기준 고시가액이 존재하는 물품으로서, 시가인 재취득가액 확인이 가능하므로 청구법인의 주장은 타당하지 않으며(다만, 재고자산 중 가공비 및 저장품은 시가 확인이 불가능하여 세무상 장부가액을 시가로 적용하였다), 이와 같이 계산된 재취득 가능가액 등 시가를 청구법인에서는 조사 당시 충분한 검토 후 인정하여 확인서를 제출하였음에도 불구하고 이제 와서 시가를 확인할 수 없다고 주장하는 것은 납세자 및 과세관청 모두에게 준수가 요구되는 「국세기본법」상의 신의성실의 원칙에 위배된다.

또한, 청구법인은 과세이연요건을 갖추었으므로 조세의 부담을 감소시키지 아니하였다고 주장하나, 과세이연을 선택하지 아니한 경우 추가로 압축기장충당금을 설정할 수 없음을 감안하면 청구법인의 주장은 설득력이 없다.

「법인세법」제47조에서 물적분할로 인한 자산양도차익 상당액은 일정 요건을 갖춘 경우 손금산입을 선택할 수 있도록 하고 있으나, 자산양도차익이 발생한 유형자산OOO에 대하여 손금산입하지 아니한 사실에 비추어 취득 주식의 일부 평가차익인 쟁점재고자산 평가차익 상당액에 대하여만 주식의 처분시점까지 과세이연을 주장함은 논리적으로 오류가 있다.

(6) 청구법인은 2008～2010사업연도 중 OOO에게 지급한 OOO원은 연구개발용역에 대한 대가라고 주장하나, 청구법인의 사업전략팀 등에서 작성한 OOO 관련 주요 추진업무(안)’(2008.10.20.), ‘9월 임시사업개발회의 회의록’(2009.9.30.), 청구법인과 OOO 사이 체결한 이면계약서인 ‘약정서’(2008.8.27.), OOO 및 청구법인의 사업전략팀장의 문답서 내용 등을 종합하면, OOO는 청구법인이 특성화된 전력용 반도체 Chip 개발 및 생산사업에 진출하기 위해 전략적으로 설립한 회사이고, 양사 간에 체결한 연구개발용역계약은 경쟁업체 연구원들의 이직으로 인해 관련 실정법에 저촉되어 소송에 피소될 것을 우려하여 실제는 지분투자성 자금지원이지만, 연구개발비 지급으로 가장한 것으로 판단된다.

청구법인은 청구법인과 OOO가「법인세법」상 특수관계로 성립되는 시기는 2010.12.15. 청구법인이 OOO 지분(66.7%)을 취득한 시점부터라고 주장하고 있으나, 청구법인은 OOO의 법인설립 이전부터 설립계획, 인원충원, 자금지원, 설비투자 등을 주도적으로 관장하였음이 관련 문서들에서 확인되며, OOO가 설립된 이후에는 사업경영 및 자금집행 등을 감시·통제할 목적으로 소속직원을 재무담당 책임담당자(CFO)의 자격으로 파견하여 결재권자 범위에 포함시키는 등 실질적인 지배관계에 있었으며, 특히, ‘약정서’에 언급된 전략적 지분투자와 관련된 내용을 보면 양사는 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제1호의 규정에 의한 특수관계자에 해당됨이 분명하다.

(7) OOO과 관련하여 청구법인 및 운영주체인 주식회사 OOO가 자체 교육프로그램 개발 등 자체 교육시설의 필요성을 주장한 부분은 그 타당성이 인정되나, 회원사가 비회원사보다 높은 비용을 부담하는것에 대한 주장은 다음과 같은 사유로 경제적 합리성이 결여된 것이다.

그룹 차원의 교육시설이 필요하다면 이를 이용하는 모든 계열사가 동등한 비용을 부담하는 것이 타당하고, 일정규모 이상의 요건을 갖춘 소수 계열사만이 과도한 비용을 부담하는 것은 다른 계열사에 대한 지원행위에 다름이 아니며, 소수 회원사가 입회보증금 납입 및 시설유지비를 부담한다면, 이를 부담하지 않는 비회원사는 입회보증금 이자상당액, 시설유지비 상당액을 시설 이용시에 추가로 부담하는 것이 합리적이다.

청구법인 및 주식회사OOO는 회원사가 비회원사보다 높은 비용을 부담하는 것에 대한 타당한 근거를 제시하지 못하였으며, 처분청은 OOO 관련 부담을 공통 경비로 판단, 법인세 집행기준 26-48-1을 인용하여, 입회보증금은 입회계약 당시 재직인원을 기준으로, 시설유지관리비는 실제 교육연인원을 기준으로 청구법인이 부담할 적정 입회보증금 및 시설유지관리비를 산출한 것이다.

위와 같이 그룹 공통 비용을 합리적인 기준에 의하여 배분하여 적정보증금을 초과하는 입회보증금을 대여금으로 보아 이자상당액을 익금산입하고, 적정시설유지관리비를 초과하는 시설유지관리비 부담액을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 당초 품의서상의 특가할인율 적용 한도금액을 초과하여 특약점에 공급한 물량에 대하여 이를 접대비로 본 처분의 당부

②청구법인이 해외제조법인 파견직원의 인건비를 부담한 것에 대하여 이를 업무무관경비로 본 처분의 당부

③중국 소재 해외법인이 2008사업연도 전 발생한 잉여금을 재원으로 한 의제배당이 「법인세법」제57조 제3항에 의한 간주외국납부세액공제 대상인지 여부

④ 청구법인의 부산 소재 공장 설비투자가 2009사업연도 투자분부터 적용되는 조특법상 임시투자세액공제 대상인지 여부

⑤ 물적분할시 쟁점재고자산OOO을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인한 처분의 당부

⑥청구법인이 주식회사 OOO에 지급한 금원을 특수관계자에 대한 자금지원으로 보아 부당행위계산 부인한 처분의 당부

⑦ 청구법인이 OOO의 회원으로서 지급한 입회보증금 및 시설유지관리비에 대하여 계열사에 대한 자금지원으로 보아 부당행위계산 부인한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증빙에 의하여야 한다.

(2) 법인세법

제16조(배당금 또는 분배금의 의제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본이나 출자에 전입함으로써 취득하는 주식등의 가액

제25조(접대비의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액은 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 “접대비”란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각사업연도의 소득금액의 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

나. 제52조 제1항 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1.타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3.제1호 및 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령이 정하는 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제46조(분할시 분할법인등에 대한 과세) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조 제2항 제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

제47조(물적분할시 분할법인에 대한 과세특례) ① 분할법인이 물적 분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우로서 제46조 제2항 각 호의 요건(동항 제2호의 경우 전액이 주식이어야 한다)을 갖춘 경우 당해 주식의 가액 중 물적 분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조 제2항 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제57조(외국 납부 세액공제 등) ① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 “외국법인세액”이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 “공제한도”라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법

③국외원천소득이 있는 내국법인이 조세조약의 상대국에서 해당 국외원천소득에 대하여 법인세를 감면받은 세액 상당액은 그 조세조약으로 정하는 범위에서 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입의 대상이 되는 외국법인세액으로 본다.

(3) 법인세법 시행령

제50조(업무와 관련이 없는 지출) ① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

3. 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

제53조(업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입) 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다.

제72조(자산의 취득가액 등) ① 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

4. 현물출자, 물적분할 또는 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식 등 : 취득당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다.

제87조(특수관계자의 범위) ① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(괄호 생략)

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공하는 경우. (단서생략)

9.그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

②법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(4) 법인세법 시행규칙

제10조(판매부대비용의 범위) 영 제19조 제1호의2에서 “판매와 관련된 부대비용”이란 기업회계기준(영 제79조 각 호에 따른 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따라 계상한 판매 관련 부대비용을 말한다.

제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것

(5) 대한민국정부와 중화인민공화국 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세 방지와 탈세 방지를 위한 협정

제10조(배당) 1. 일방체약국의 거주자인 회사가 타방체약국의 거주자에게 지급하는 배당에 대하여는 동 타방체약국에서 과세할 수 있다.

2.그러나 그러한 배당에 대하여는 배당을 지급하는 회사가 거주자인체약국이 동 국의 법에 따라 과세할 수 있다. 단, 수령인이 배당의 수익적 소유자인 경우 그렇게 부과되는 조세는 다음을 초과하지 아니한다.

가.수익적 소유자가 배당을 지급하는 회사의 자본의 25퍼센트 이상을 직접 소유하는 회사(조합은 제외)인 경우 총 배당액의 5퍼센트

나. 기타의 모든 경우 총 배당액의 10퍼센트 이 항의 규정은 배당의 지급원인이 되는 이윤과 관련하여 회사에 대한 과세에 영향을 미치지 아니한다.

3. 이 조에서 사용되는 “배당”이라 함은 주식으로부터, 또는 채권이 아니면서 이윤에 참가하는 기타의 권리로부터 생기는 소득 그리고 분배를 하는 회사가 거주자인 국가의 법에 의하여 주식으로부터 발생하는 소득과 동일한 과세상의 취급을 받는 기타의 법인 권리로부터 생기는 소득을 말한다.

4. 제1항 및 제2항의 규정은 일방체약국의 거주자인 배당의 수익적 소유자가 그 배당을 지급하는 회사가 거주자인 타방체약국에 소재하는 고정사업장을 통하여 그곳에서 사업을 경영하거나 또는 타방체약국에 소재하는 고정시설을 통하여 독립적 인적 용역을 수행하며, 또한 배당의 지급원인이 되는 지분이 그러한 고정사업장 또는 고정시설과 실질적으로 관련되는 경우에는 적용하지 아니한다. 그러한 경우에는, 경우에 따라, 제7조 또는 제14조의 규정을 적용한다.

5. 일방체약국의 거주자인 회사가 타방체약국으로부터 이윤 또는 소득을 취득할 경우 타방체약국은 동 회사가 지급하는 배당에 대하여는, 그러한 배당이 동 타방체약국의 거주자에게 지급되거나 또는 그 배당의 지급원인이 되는 지분이 동 타방체약국에 소재하는 고정사업장 또는 고정시설과 실질적으로 관련되는 경우를 제외하고는, 비록 지급된 배당 또는 유보이윤이 전적으로 또는 부분적으로 동 타방체약국에서 발생한 이윤 또는 소득으로 구성되어 있다 할지라도, 과세할 수 없으며 동 회사의 유보이윤도 유보이윤에 대한 조세의 대상으로 할 수 없다.

제23조(이중과세의 회피방법) 1. 한국 거주자의 경우, 이중과세는 다음과 같이 회피된다. 한국 이외의 국가에서 납부하는 조세에 대하여 허용하는 한국의 조세로부터의 세액공제에 관한 한국세법의 규정(이 항의 일반적인 원칙에 영향을 미쳐서는 아니됨)에 따를 것을 조건으로, 중국내의 원천소득에 대하여 직접적이든 공제에 의해서든, 중국의 법과 이 협정에 따라 납부하는 중국의 조세(배당의 경우 배당이 지급되는 이윤에 대하여 납부할 조세를 제외함)는 동 소득에 대하여 납부할 한국의 조세로부터 세액공제가 허용된다. 그러나 그 공제세액은 중국내의 원천소득이 한국의 조세납부대상이 되는 총소득에서 차지하는 비율에 해당하는 한국의 조세액의 부분을 초과하지 아니한다.

2. 중국 거주자의 경우 이중과세는 다음과 같이 회피된다.

가. 중국 거주자가 한국으로부터 소득을 취득할 경우, 한국의 법과 이 협정의 제규정에 따라 납부하는 소득세액은 동 거주자에게 부과되는 중국의 조세로부터 공제될 수 있다. 그러나 그 공제세액은 중국의 조세법령에 따라 산출된 중국의 소득세액을 초과하지 아니한다.

나. 한국으로부터 취득한 소득이 한국의 거주자인 회사에 의하여 중국의 거주자이며 배당지급회사의 주식의 10퍼센트 이상을 소유한 회사에게 지급되는 배당인 경우, 공제세액 계산에 있어 배당지급 회사가 그의 소득과 관련하여 한국에서 납부하는 세액을 고려하여야 한다.

3. 이 조의 제1항 및 제2항에 언급된 일방체약국에서 납부하는 조세는 조세경감, 면제 또는 경제개발촉진을 위한 여타 조세유인조치에 관한 법률규정이 없었더라면 납부했어야 할 세액을 포함하는 것으로 본다. 이 항의 목적상 제10조 제2항, 제11조 제2항 및 제12조 제2항의 배당, 이자 및 사용료의 경우 세액은 각각 총 배당, 이자 및 사용료의 10퍼센트인 것으로 본다.

4. 이 조 제3항의 규정은 제28조의 규정에 따라 이 협정이 발효하는연도의 다음 연도의 1월 1일부터 시작하여 10년의 기간 동안만 적용한다.

(6) 조세특례제한법(2009.5.21. 법률 제9671호로 개정된 것)

제26조(임시투자세액공제) ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 경우에는 제1호의 금액과 제2호의 금액을 합한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한정한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액

2. 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 연평균투자액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액

부칙(법률 제9671호, 2009.5.21. )

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제26조 제1항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 제26조 제1항 제1호의 개정규정은 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시되어 이 법 시행일 현재 투자가 진행 중에 있는 것에 대하여는 이 법 시행일 이후 투자분에 대하여도 적용한다.

(7) 조세특례제한법 시행령(2009.6.19. 대통령령 제21545호로 일부개정되기 전의 것)

제23조(임시투자세액공제) ① 법 제26조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 투자”란 농업, 축산업, 어업, 광업, 제조업, 하수ㆍ폐기물처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터프로그래밍ㆍ시스템통합 및 관리업, 뉴스제공업, 그 밖의 과학기술서비스업, 연구개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 창작 및 예술관련 서비스업, 수리업, 광고업, 기타 개인서비스업, 엔지니어링사업, 물류산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한정한다), 「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따라 등록한 관광숙박업ㆍ국제회의기획업ㆍ전문휴양업ㆍ종합휴양업 및 유원시설업, 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 영위하는 내국인이 2009년 12월 31일까지 기획재정부령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 “사업용자산”이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자를 말한다.

② 법 제26조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 과세연도”란 제1항에 따른 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 투자금액의 계산에 관하여는 제4조 제3항을 준용한다.

④ 법 제26조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 율”이란 다음 각 호에 해당하는 율을 말한다.

1. 사업용자산이 수도권과밀억제권역에 있는 경우 : 100분의 3

2. 사업용자산이 수도권과밀억제권역 밖에 있는 경우 : 100분의 10

⑩ 법 제26조 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 율”이란 100분의 10을 말한다.

⑪제1항부터 제10항까지의 규정을 적용할 때 투자의 개시시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 국내ㆍ국외 제작계약에 따라 발주하는 경우에는 발주자가 최초로 주문서를 발송한 때

2. 제1호의 규정에 의한 발주에 의하지 아니하고 매매계약에 의하여 매입하는 경우에는 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 때(계약금 또는 대가의 일부를 지급하기 전에 당해 시설을 인수한 경우에는 실제로 인수한 때)

3. 당해 시설을 수입하는 경우로서 승인을 얻어야 하는 경우에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 수입승인을 얻은 때

4. 자기가 직접 건설 또는 제작하는 경우에는 실제로 건설 또는 제작에 착수한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착수한 때에 포함하지 아니한다.

5. 타인에게 건설을 의뢰하는 경우에는 실제로 건설에 착공한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착공한 때에 포함하지 아니한다.

(8) 조세특례제한법 시행규칙

제14조(임시투자세액공제 대상 사업용자산의 범위) 영 제23조 제1항에서 “기획재정부령으로 정하는 사업용자산”이란 제3조에 따른 사업용자산과 다음 각 호의 자산을 말한다. 다만, 「관광진흥법」에 따라 등록한 전문휴양업 또는 종합휴양업을 영위하는 자의 경우에는 제5호의 자산에 한정한다.

1. 건설업을 영위하는 자가 당해 사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 「지방세법 시행규칙」제40조의2의 규정에 의한 자산

제3조(사업용자산의 범위) ① 영 제4조 제2항에서 “기획재정부령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산(토지와 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다)

②제1항의 규정에 의한 사업용 자산에는 운휴 중에 있는 것을 제외한다.

(9) 상속세 및 증여세법

제62조(선박 등 그 밖의 유형자산의 평가) ② 상품, 제품, 서화(書畵), 골동품, 소유권의 대상이 되는 동물, 그 밖의 유형재산에 대해서는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(10) 상속세 및 증여세법 시행령

제52조(그 밖의 유형재산의 평가) ② 법 제62조 제2항의 규정에 의한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

1. 상품ㆍ제품ㆍ반제품ㆍ재공품ㆍ원재료 기타 이에 준하는 동산 및 소유권의 대상이 되는 동산의 평가는 그것을 처분할 때에 취득할 수 있다고 예상되는 가액. 다만, 그 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 장부가액으로 한다.

(11) 부가가치세법

제17조(납부세액) ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.

다. 사실관계

<쟁점①>

(1)쟁점①과 관련하여 처분청은청구법인의 OOO이 2009·2010년 당초 품의물량을 초과한 물량에 대하여 재품의 절차 없이 추가로 특가할인율을 적용하여 납품하였으므로 재품의를 얻지 아니하고 당초 품의시의 한도를 초과하여 판매된 물량을 접대비로 보아 접대비 한도 초과액 OOO원을 손금부인하였다.

(2) 처분청이 제시한 과세근거는 다음과 같다.

(가)계약변경 등 새로운 품의사유가 발생된 경우, 쟁점특가할인물량부분 내에서도 재품의한 사례가 있고, 이러한 재품의서에 의하면, 당시의 시장상황을 반영하여 특가할인율이 변경된 사례도 나타나고 있다.

(나) 쟁점특가할인물량으로 공급된 총금액은 OOO원으로서 당초 또는 재품의에 의하여 승인된 특가할인율 적용 한도금액 OOO원의 2배에 달한다.

(다) 청구법인은 쟁점특가할인물량에 대하여 한도가 초과된 사유만 나열하였을 뿐, 이에 대한 증빙은 제출하지 아니하였고, 조사 당시 전력기기부문 특가제도 담당자인 OOO은 아래 문답서 내용과 같이 쟁점특가할인물량이 당초 품의서와 동일한 프로젝트에 사용되었는지 여부에 대하여는 입증할 서류가 없다고 답변하였다.

(3) 처분청의 처분에 대한 청구법인의 주장은 다음과 같다.

(가) 특가할인율에 대해 사전검증 장치로서 품의서에 작성된 수량에 대해서만 출고가 가능하도록 청구법인 내 모든 전산상으로 잠금장치를 적용하고 있던 중,

2009년 ERP시스템 업그레이드시 OOO에 대해서만 전산담당자의 착오로 이러한 장치가 일시적으로 해제되어 재품의에 대한 전산통제를 적용하기 어려운 상황에서 추가 공급물량에 대해 시스템이 복구될 때까지 재품의 없이 동일 프로젝트에 대한 기존 품의서를 사용하여 추가물량이 공급되었다.

청구법인은 주식회사 OOO와 체결한 ERP시스템 업그레이드 계약서(2008.12.29.), 2009년 업그레이드 이전 및 이후 시스템 내역을 제출한바, 특가검증 시스템 활성화 일자가 일반지역 영업팀에 대하여는 2009.7.16.이나, OOO에 대하여만 2011.5.16.로 나타난다.

(나) 내부 전산상 장애로 재품의 절차를 거치지 못하는 기간 동안, 특가적용 프로젝트에 1차 출하수량을 공급한 후 고객사로부터의 추가 발주요청을 받게 되면 기존의 동일한 특가프로젝트인지를 확인한 후 기존 품의서상의 특가할인율을 동일하게 적용하여 추가물량을 공급한바, 이는 발주서, 품의서, 거래명세서상의 수량으로 대사·확인된다.

(다) OOO이 집행한 쟁점특가할인물량은 타 영업팀 및 OOO의 전후 과세기간과 비교시 <표1>과 같이 그 비율이 오히려 더 낮다.

<쟁점②>

(1) 쟁점②와 관련하여 청구법인의 과세경위는 다음과 같다.

(가)청구법인의 해외현지법인의 현황은 아래 <표2>와 같이 ‘해외제조법인’과 ‘해외판매법인’으로 구분되는바, 청구법인은 쟁점해외현지제조법인OOO에 청구법인의 직원들을 관리·경영지원·영업·생산·품질관리 등 각 부문의 ‘팀장’으로 파견·배치하였다.

(나) 처분청은 쟁점해외제조법인에 파견된 임직원에 대하여 청구법인이 부담한 인건비 OOO원을 청구법인의 업무무관비용으로 보아 전액 손금부인하였다.

(2)처분청이 제출한 청구법인 OOO은 아래와 같은 취지의 사항을 확인한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은쟁점해외제조법인의 2006∼2010년 기간동안 전체 매입 중 모기업인 청구법인으로부터의 매입(반제품, 제품 포함)비율이 OOO이고, 모기업으로의 평균 매출비율도 OOO에 불과한바, 쟁점해외제조법인은 청구법인으로부터 원재료(반제품)을 매입하여 가공후 완성품을 청구법인에게 재판매한 금액의 비중은 평균 4%대로 극히 미미하며, 청구법인과의 주요거래는 상품 및 원재료(반제품)을 매입하여 제조시설을 이용하여 제조 가공 후 제3시장에 매출하는 분이 대부분이라며 쟁점해외제조법인의 청구법인과의 거래 집계표, 특수관계자간 거래명세서, 해외현지법인 재무상황표, 연도별, 인별 해외현지법인 인건비 내역 및 인사기록카드 사본, 해외현지법인 조직도 각 1부를 제출하였다.

(4) 청구법인은 쟁점해외현지법인이 중국현지구매자에 대해 현지판매법인 역할을 하고 있고, 청구법인의 반제품을 가공하여 청구법인에게 다시 판매하는 현지생산법인 역할을 동시에 수행하고 있는바, 쟁점해외제조법인에 파견한 직원은 청구법인을 대신하여 청구법인이 수출한 제품의 매출증대를 위한 판매활동과 이익창출에 직접적으로 연관되는 지도 및 감독업무를 수행하고 있고, 과세관청에 기신고한 연도별 법인세 세무조정계산서상 국외특수관계자에 대한 매출액 내역에 의하면, 쟁점해외제조법인의 총매출액 중 청구법인이 수출한 완성품의 판매비중이 아래 <표4>와 같다고 주장하였다.

처분청은 위 <표4>는 청구법인의 현지법인에 대한 재고 관련 매출액에 현지법인의 상품매출이익율을 반영하여 추정한 산출표로 결과물에 대한 검증이 되지 않았다는 의견이다.

(5) 청구법인은 주재원처우규정에 근거하여 파견직원에 대해 국내지급분(국내기타급여, 본국휴가비 및 급지수당)을, 현지법인은 해외 생계비(현지 생계비, 주택비 및 교육비 등)를 부담하였다고 주장하며, 파견직원에 대한 쟁점해외제조법인의 인건비 부담비율을 다음 <표5>, <표6>과 같이 제출하였다.

(6) 청구법인은 쟁점해외제조법인이 청구법인을 위한 업무를 수행하였다고 주장하면서, 청구법인 제품의 서비스처리 현황자료, 수출장기 채권정리 상황자료(작성자, 작성일자 미상), 본사관련 채권진행 현황자료(2007.4.5. 대련법인 작성), 대손처리 인정을 위한 중국 내 관련서류 요청 서류(2007.3.27. 청구법인 시스템 해외사업부 차장이 대련법인, 북경지사에 발송), 기성 지급 요청 문서(2007.7.23. 청구법인 기술영업팀장이 쟁점해외제조법인 중 OOO에 발송), 고압 Drive사업 전략보고서(중국 부문)OOO 자동화팀장 작성, 작성일 미기재),고압계통 개발회의 Follow-up 자료[(China Sourcing관련)(2008.6.6. 대련 현지법인 설계팀장 작성)], OOO 실사보고서(작성자, 작성일자 미기재), OOO 수행계획서(2010.3.11. 글로벌전략팀 작성), 청구법인의 OOO 방문 보고 자료(2011년 8월), 연간사업계획서[중국지역장(2009.1.20.), OOO 2009년 사업계획 종합보고서(2008.8.23.) 등을 제출하였다.

<쟁점③>

(1) 쟁점③과 관련하여 처분청은 청구법인의 자회사인 OOO에 거래선을 등록하고 주요 프로젝트의 입찰참가 자격을 확보하기 위해 2008년 8월 미분배이윤(2000～2004년기간동안의 미분배이윤) 중 OOO불을 자본전입하였고,

청구법인은 OOO가 2008년 이익잉여금을 자본전입하여 무상증자한 쟁점의제배당소득 OOO원에 대하여 해당 사업연도에 신고누락한 것으로 보아 2010년 5월 수정신고시 쟁점의제배당소득을 익금산입처분하고 외국납부세액공제로 간주외국납부세액공제 OOO원의 세액공제를 신청한 것에 대하여 쟁점의제배당소득이 중국 법률에 의하여 조세가 면제되는 경우가 아니어서 「법인세법」제57조 제3항에 의한 간주외국납부세액 적용대상이 아니라고 보아OOO원의 간주외국납부세액 공제를 배제하였다.

(2) 이에 대해 청구법인은 중국 자회사의 이익잉여금의 자본전입결의로 인한 무상증자가 다음과 같이 중국 국가세무총국에서 세무상으로 현금배당과 동일한 과세대상으로 규정되었고,

특별법인 아래 (구)「중화인민공화국 외상투자기업 및 외국기업 소득세법」상 경감규정에 근거하여 과세가 면제된 배당소득이며,

간주외국납부세액공제를 적용받기 위해서는, 첫째, 국외원천소득에 대한 면세가 상대국가의 특별법률에 의한 감면이어야 하고, 둘째, 상대국가와의 조세조약에 간주외국세액공제가 규정되면 족하며, 배당액에 대해 건건이 상대국 과세당국으로부터 별도의 조세감면 결정을 받아야 하는 것은 아닌바(국일46017-431, 1997.6.23. 같은 뜻임),

실무절차상으로 2008.1.1. 이전에 발생한 미처분이익잉여금을 재원으로 OOO가 청구법인에게 배당(자본전입에 따른 의제배당 포함)하는 경우, 배당액의 송금 또는 주책자본금 증가의 사유로 OOO 경제무역국에 당해 사항을 신고하여 중국 세무당국(국세국)과 외환관리국(외관국)에 통보되었으나OOO, 이에 대해 중국 세무당국은 기존 감면규정에 따라 중국 내에서의 원천징수의무를 부과하지 않았으며 별도의 감면신청서 제출을 요구하지 않았다고 주장하며, OOO 경제무역국에 신고한 신고자료(대개경무[2008]227) 국문번역본을 다음과 같이 제출하였다(당해 신고자료는 중국 국세국, 지세국, 해관, 외관국에 통보된 것으로 나타난다).

<쟁점④>

(1) 심리자료를 종합하면, 쟁점④와 관련하여 청구법인의 투자내역은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 OOO(외경이 크고 두께가 두꺼우며 길이가 긴 스테인레스관으로, 주로 LNG 액화플랜트 및 선박,저장탱크, 해양구조물, 초저온·초고압 대용량 수송설비 등에 사용되는제품) 전용공장의 신규건설을 추진하였는바, 쟁점투자①는 주요 공정인 Edge 개선(Edge Milling), Edge 벤딩(Prebending Press), Press 벤딩(Bending Press), 교정(Calibration)공정에 대한 것으로서, 계약일은2008년이고, 그 투자금액은 아래 <표7>과 같다OOO.

(나) 쟁점투자②는 그 외의 ‘개별 공정’에 대한 것으로, 2009년 투자금액은 아래 <표8>과 같이 나타난다.

(다) 쟁점투자①·② 대상 설비들은 독립하여 대형 OOO을 생산하지 못하고 연관되는 수개의 설비장치로서 결합되어야만 최종 제품을 생산할 수 있다는 사실에는 청구법인과 처분청간에 다툼 없는 것으로 보인다.

(2) 청구법인은 OOO 공장이 2009년 2월 실제 착공되고, 그 이전의 2008년 계약분(쟁점투자①)은 사업의 예비적 준비를 위한 것으로 보아 2009년 2월 착공 이후 계약체결된 투자분(쟁점투자②)과 함께 2009.5.21. 법률 제9671호로 개정된 조특법을 적용하여 2009사업연도법인세 신고시 임시투자세액공제를 신청하고 관련 세액공제를 받았다.

(3) 처분청은 대형 OOO 사업에 대한 설비투자는 설비전체를 하나의 투자단위로 보아 투자개시시기를 판단하여야 한다고 보고, OOO 공장 설비투자 전체는 이미 쟁점투자①에 관한 계약이 체결된 2008년도에 투자가 개시된 것으로 보아 2009년도 증가분에 대해서는 세액공제를 배제하였다.

(4) 청구법인이 제시한 증빙에 의해 나타나는 OOO 공사 진행경과는 다음과 같다.

(5)청구법인은 주위적 청구로, 쟁점투자①과 쟁점투자② 모두 투자의 개시시기가 2009년 이후이므로 임시투자세액공제대상으로 보아야 한다며 다음과 같이 주장하였다.

(가) 임시투자세액공제대상을 판단함에 있어 「조세특례제한법 시행령」제23조 제11항 제5호에서 프로젝트성 공장건설을 타인에게 의뢰하는 경우 투자의 개시시기는 실제로 건설에 착공한 때로, 사업의 예비적 준비를 위한 것은 착공한 때에 포함하지 아니한다고 규정하고 있어 청구법인이 실제 착공 전 현장 지반조건에 맞는 시공방법을 결정하기 위해2009.2.4. 건설기술원에 OOO을 의뢰하여 그 결과를 2009.2.6.수령하고 그 후에 비로소 파일을 항타하여 프로젝트 공장건설을 실제 착공하였으므로 착공 전 사업의 예비적 준비를 위해 발주 한 2008년 계약분(쟁점투자①)과 2009년 2월 실제 착공 이후 계약체결된 투자분(쟁점투자②) 모두 투자의 개시시기는 2009년 이후이므로 이를 임시투자세액공제대상으로 보아야 한다.

(나) 관련 기획재정부 유권해석(재조특-695, 2012.7.31.)에서도 사업의 예비적 준비를 위해 제작이 장기간 소요되는 기계장치를 착공 전 발주한 경우에도 프로젝트성 건설공사의 투자개시시기는 실제 착공한 때로, 사업의 예비적 준비를 위한 것은 착공한 때에 포함하지 아니한다고 해석하고 있다.

(다) OOO의 신규공장건설에 대해 투자의사결정이 최종적으로 확정된 시점은 2008.12.26.인바, 당시 공장설계도 완료되지 않은 상황에서 대형 OOO 설비에 대한 투자가 2008년부터 개시되었다고 보기는 어렵고, 실제 공사착공이 이루어진 시점은 2009년 2월부터이며, 2008년 말까지는 사업의 타당성 검토 및 예비적 사업준비 절차를 수행한 것이다.

(라) 청구법인은 2007.11.15. OOO 사업의 토지에 대한 MOU를 체결하고 토지잔금을 2008.12.9. 납부하여 2008.12.26. 공장신축에 대한투자를 최종 승인하였는바, 토지조성공사 및 공사착공이 개시되지 아니한2008년에는 기계설비의 실질적인 투자가 개시되었다고 볼 수 없다.

(마) OOO의 경우 일부설비는 계약체결, 주문사양 등이 결정되는 기간이 상당기간이 소요되는바, 해당 투자에 대한 경영진의 의사결정이 내려진 다음 제작사와 관련 제반사항을 협의한다면 이는 투자기간 및 관련 소요비용이 증가될 수 있어, 청구법인이 2008년에 체결한 제작계약은 그 성격이 사전에 관련 설비에 대한 주문사양, 제작기간 등을 조율하기 위한 사업의 예비적 준비행위인 것으로 이를 실제적 투자의 개념으로 보기 어렵고, 단순한 견적확인 등을 위한 예비적 준비단계의 계약으로 이해해야 하며, 만약 경영진의 의사결정이 다르게 결정되었다면 2008년에 체결한 제작계약은 취소되어야 하였던 것이다.

(바)청구법인이 2008년에 전체설비 중 일부인 OOO 3개 설비에 대해 계약을 체결하고 OOO원을 계약금(선급금)으로 지급한 것은 최종투자의사결정이 확정되기 이전인 2008년 중 이루어진 것으로, 실질적인 제작착수 및 기성에 따른 대금지급은 2009년에 실시되었다. 2008년 중 계약체결건에 대한 선급금 지급시기와 이후 2009년 중도금, 잔금대금지급 스케줄을 살펴보면 2008년과 2009년 간의 대금지급기간이 상당한 공백기간이 존재하고 2009년부터 사실상 설비제작에 따른 투자지출이 정기적 지급된 것으로 2008년 사전적 계약 및 발주 이후 청구법인의 최종 투자결정에 따라 2009년에 착수된 것임을 알 수 있다.

(6) 청구법인은 예비적 청구로서, 투자개시시기는 자산 또는 설비 각각에 대하여 각 계약 건별로 판단하여야 한다며다음과 같은 내용을 주장하였다.

(가) 처분청은 각각 독립하여 제품을 생산하지 못한다면 사업용자산이 아닌 건설중인 자산에 해당되는 것으로 수개의 기계장치가 유기적으로 결합되어야 제품을 생산하는 경우에는 장비설비 전체를 하나의 투자단위로 보아 투자개시시기를 적용해야 한다는 의견이나, 조특법에서는 임시투자세액공제 대상인 사업용 유형자산의 범위에 대해 유기적 설비인지 여부를 고려치 아니하고, 「조세특례제한법 시행령」 제23조에 따르면 임시투자세액공제를 위한 투자의 개시시기는 ‘체결되는 각 계약 건별’로 판단하도록 규정되어 있고, 「조세특례제한법 시행령」제23조 제11항에 의하면 ‘제작계약’에 따라 발주하는 경우에는 발주자가 최초로 주문서를 발송한 때, 매매계약에 의하여 매입하는 경우에는 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 때를 투자의 개시시기로 규정하고 있으므로, 관련 법령에서 투자개시의 개시시점 판단을 우선 ‘계약단위’로 구분한 후 그 다음 ‘계약의 성격’을 고려하여 이에 따라 투자의 개시시점을 달리 판단하고 있는 것이 명확하므로 체결되는 계약 건별 단위에 따라 투자개시 시기를 판단하여야 한다.

(나) 임시투자세액공제에서 투자란 「조세특례제한법 시행령」제23조 제1항에서 규정하는 사업을 영위하는 내국인이 사업용 자산에 투자를 하는 것을 말하며, 이러한 사업용 자산은 체결되는 구매계약 건별의 내용과 성격에 따라 자산 또는 설비 각각에 대한 그 경제적 효용과 사용가치, 내용연수를 고려하여 회계상의 구분처리가 달라지고 이에 따라 임시투자세액공제 대상인지 여부가 결정되는 것이다. 따라서, 임시투자세액공제 대상인지 여부를 결정함에 있어서도 체결되는 구매계약 건별을 기준으로 판단하여야 하는 것으로 이는 앞서 언급한 투자의 개시시기의 판단기준인 계약기준과도 그 의미를 같이 하는 것이다.

(7) 처분청은 청구법인의 주위적 청구에 대하여 쟁점투자①는 2008년에 계약체결되었으므로 2009년이 아니라 2008년에 투자가 개시되었다며 다음과 같은 의견을 제시하였다.

(가) OOO의 주요 생산공정은 Edge개선(Edge Milling), Edge 벤딩(Prebending Press), Press벤딩(Bending Press), 교정(Calibration)공정인바, 국내ㆍ국외 제작계약에 따른 기계장치 등의 발주와 타인에게 의뢰한 건설이 병행되는 경우에는 발주자가 최초로 기계장치 등에 대한 주문서를 발송한 때와 실제로 건설에 착공한 때 중 빠른 날을 기준으로 투자개시 여부를 판단하는 것으로서, 쟁점투자①은 「조세특례제한법 시행령」제23조 제11항 제1호에 따른 주문서 발주일이 2008년이므로 투자개시시점은 2008년도가 타당하다.

(나) 주요 공정 외에 개별공정에 대한 검토내용은 아래 <표9>와 같은바, 이 검토내용과 같이 개별공정들은 주요공정 과정을 거친 Pipe 자재를 Bending한 이후, 재공품이 최종 대형 OOO 제품으로 완성되기까지 부수되는 공정으로서, 각각의 공정 설비들은 독립하여 대형 OOO을 생산하지 못하고 연관되는 수개의 설비장치로서 유기적으로 결합되어야만 최종 제품을 생산할 수 있으므로, 주요설비의 투자개시일인 2008사업연도를 투자개시 시가로 보는 것이 타당하다.

(8) 처분청은 청구법인의 예비적 청구와 관련하여 수개의 기계장치가 유기적으로 결합되어야 제품을 생산하는 경우에는 장치설비 전체를 하나의 투자단위로 보아 투자개시시기를 적용하여야 한다며 다음과 같은 의견을 제시하였다.

(가) 각각의 자산 또는 설비들이 그 경제적 효용가치를 다하기 위해서는(또는 사업에 사용하기 위해서는) 이들 자산 또는 설비들이 취득시점에 불구하고 유기적으로 결합되어 운영되는 하나의 투자단위로 보아 감가상각 규정(서면2팀-1739, 2005.10.31.) 및 임시투자세액공제 규정을 적용하는 것이 타당하다.

(나) 「조세특례제한법 시행규칙」제3조에 따른 사업용 유형자산은 2009.4.7. 개정 전에는 「법인세법 시행규칙」 별표6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기 제외)에서 법인이 해당 사업에 주로 사용하는 유형자산으로 그 범위를 확대한 것으로「법인세법」 및 「조세특례제한법」에서 특별히 예외로 규정하는 자산을 제외한 모든 기계장치 등 설비자산이 이에 해당한다.

(다) 기존의 노후화된 설비를 교체하는 대체투자와 기존 설비 외에 추가로 설비를 투자하는 증설투자는 각각의 투자에 대하여 투자개시시기를 적용하는 것이 타당하지만, 새로운 공장을 신축하고 기계장치 등 설비를 투자하는 신규투자는 각각의 투자로는 제품을 생산하지 못하므로 전체 설비를 하나의 투자단위로 투자개시시기를 판단하는 것이 타당하다.

<쟁점⑤>

(1) 처분청은 쟁점재고자산의 유형별로 재료비에 대하여는 물적분할 특성상 유사한 상황·조건에서 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격이나 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 없으므로, 「상속세 및 증여세법 시행령」제52조의 규정에 의한 재취득할 수 있다고 예상되는 가액으로 평가하였고(재료비는 동(銅)과 스테인레스로 구성되어 있으며 LME가격 등 매일의 기준 고시가액이 존재하는 재료들로서, 청구법인의 분할기일 이전 최근일의 매입가액을 재취득가능가액으로 적용한 것이다),

가공비에 대하여는 제3자간 거래가액 등 객관적인 시세가 존재하지 아니하며, 「상속세 및 증여세법 시행령」규정에 의한 재취득가능가액 또한 확인되지 않아 장부가액으로 평가하였으며

저장품은 동, 스테인레스를 제외한 잡 자재로서 제3자간 거래가격이 없고 시장가격이 형성되어 있지 않아 세무상 장부가액(평가충당금 차감전 장부가액)을 시가로 적용하여 평가하였다.

(2) 처분청은 위 (1)의 평가방법에 대해 청구법인도 인정하였다며, “2010.4.1. 금속부문 물적분할 자산 중 재고자산의 분할가액은 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호에 의한 시가(재취득가액)를 적용하여야 하나, 평가충당금을 차감한 장부가액으로 분할함으로서 분할에 따라 취득한 주식의 가액은 과소계상되었음을 확인한다”는 청구법인 대표이사 명의 확인서(작성일자 미기재)를 제시하였다.

(3) 이에 대해 청구법인은 쟁점재고자산의 회전율은 2개월 미만(청구법인이 제시한 쟁점재고자산에 대한 회전기일은 평균 53.6일로 나타난다)으로, 구매자와의 개별가격협상(거래규모, 거래조건, 거래당사자와의 협상력, 장기 거래 고객여부 등)에 의해 거래가격이 정해지는 속성을 가지고 있어 물적분할 당시에는 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 시가를 찾기 어려운 자산이고,

처분청이 인용한 <표10>의 ‘원재료 고시가격’은 「법인세법」상 시가산정기관으로 지정되지 아니한 단체OOO가 고시한 기준가격으로, 시세의 방향성만 알려주는 참고자료일 뿐이고, OOO의 고시에는 그 고시가격이 “전기동 판매를 위한 기준가격으로서 실제 판매가격은 시장상황의 변동 등에 의해 변동될 수 있다”라는 문구가 명기되어 있으며, 재고자산 중 쟁점재고자산에 대해서만 고시가액으로 별도 시가 평가한 것은 그 근거가 없다고 주장하였다.

<쟁점⑥>

(1) 청구법인이 OOO에게 전력용반도체 칩(chip) 기술개발 용역을 의뢰하며 작성한 연구개발용역계약서의 주요내용은 다음과 같다.

(2) 청구법인과 OOO는 위 연구개발 용역 계약서와는 별도로 같은 날(2008.8.27.) ‘약정서’를 작성하였고, 이후 2010.12.15. 약정에 따라 청구법인이 OOO를 인수한 것으로 나타난다(약정서 제3조 제3호에 연구개발용역 개발대금 OOO원은 청구법인의 OOO에 대한 투자자금으로 인정한다는 약정이다).

(3) 처분청은, 청구법인이 2008.8.27. OOO와 체결한 ‘연구개발약정서’에 따라 2008년～2011년 1월 사이 지급한 기술개발용역비 OOO원은 실질적으로 ‘자금지원성 지분투자’이나, OOO의 법인설립시 청구법인이 지분투자를 직접 할 경우 계열사로 편입되어 관련 실정법(「부정경쟁 및 영업비밀보호에 관한 법률」, 지식재산권 침해)에 따라 경쟁업체로부터 법적 소송문제가 발생할 것을 염려하여 ‘연구용역개발비’로 위장하여 자금(자본금)을 우회 지원한 것으로 판단하여, 2010.12.15. 출자전환시까지 자금의 대여로 보아 인정이자 상당액을 익금산입하고, 청구법인이 OOO로부터 수취한 매입세금계산서 OOO원은 자금대여를 용역거래로 위장한 사실과 다른 세금계산서이므로 청구법인은 매입세액 불공제하였다.

(4) 처분청은 청구법인이 OOO의 설립 및 향후 운영방향을 구체적으로 확정시키는 등 실질적 오너로서의 역할을 하였다는 의견으로, OOO을 제출하였는바,

개발안에는 OOO과 기존업체 인수 추진은 어렵다고 판단되어 Paul이 설립할 예정인OOO와 협력하여 청구법인의 칩 수급문제해결과 경쟁력 있는 칩을 동시에 확보한다는 내용OOO의 운영계획, 지분투자 계획, 매출계획, 소요자금, 자원투입계획, 인력확보계획, 투자효과분석, 승인요청 사항 등이 기재되어 있다.

(5) 청구법인과 OOO 간에 체결된 약정서(2008.8.27.)에 대해 처분청은 ‘약정서’ 제3조 제1호에서 ‘청구법인은 별첨1의 자금투자계획서에 따라 투자하며 이에 따라 OOO의 보통주 및 전환사채를 인수한다’고 명시하였고, 제3조 제3호에서 ‘청구법인이 OOO에게 지급하는 개발대가를 제1차 및 제2차 투자자금으로 인정함으로써, 제3차 투자 당시에 제3차 투자대금을 조정하여, 개발대가에 해당하는 주식과 제3차 회계연도의 투자자금에 해당하는 주식을 청구법인에게 지급한다’고 명시한 점을 볼 때, 연구개발용역비 OOO원은 지분투자 목적의 자금지원임을 명문화한 것이고,

‘약정서’에 첨부된 ‘표3 지분율 확보 계획’상으로 2013년까지 청구법인이 OOO를 보유하고 투자자금이 변경되더라도 청구법인 및 OOO의 주식을 ‘표3 지분율 확보계획’에 따라 배분한다고 명시되어 있는데, 이는 청구법인이 투자자금으로 OOO원을 지급하고 그 대가로 OOO를 확보하겠다는 계획이라는 의견이다.

(6) 처분청이 제출한 청구법인의 9월 임시사업개발회의 회의록(2009.9.30.)에 참석자는 청구법인 OOO 등 총 7명이고, 안건은 OOO이며, OOO 생산라인 설치에 대한 질문·답변, OOO의 2010년 매출을 위한 제품개발 현황에 대한 질문·답변, OOO에 설치하는 것의 효율성에 대한 관련 질문·답변 형식으로 나타나는바,

이에 대해 처분청은 OOO의 제품매출의 중요성을 강조한 점, OOO 생산라인 설치장소에 대하여 언급한 점 등으로 보아 OOO는 이와 같은 의사결정에 권한이 없고, 청구법인이 전반적인 사항을 결정하였다는 의견이다.

(7) 처분청이 제출한 OOO의 문답서(2011.3.24. 및 2011.4.29.)에는 아래와 같은 취지의 내용이 나타난다.

(가) OOO 주식회사에서 2002년부터 2007년말까지 근무하였고, 2008.8.8. OOO를 설립하였으며(명의는 배우자), 2008년 9월부터 OOO에서 업무를 수행하였고, 2009년 6월 정식 입사하였으며, 처음에는 OOO와의 관계 때문에 정식입사 처리하지 않고 기술용역제공계약에 따라 사업소득으로 처리하였다.

(나) 2008.8.27. 연구용역개발계약서와 함께 ‘약정서’를 체결한 이유는 처음부터 본 목적은 투자를 받기 위해서 시작하였으며, 청구법인측이 OOO의 지분을 가지기를 원해서 협의과정에서 OOO의 지분투자를 받기로 합의하고 OOO 지분을 청구법인측에 주기로 약속한 것이다.

(다) 원칙적으로 OOO측에서 필요했던 외부에서 받아야 할 자금이 OOO원을 확보하는 것이 OOO측의 목적이었고, 그 중 66%의 주식을 줄 용의가 있었으며, 청구법인에서 얘기하기를 처음부터 지분투자를 할 수 없으므로 용역제공을 통해서 OOO원을 확보하고 용역개발이 성공적으로 끝난다면 투자하겠다는 약속의 대가로OOO의 지분을 청구법인에게 주었다.

(라) OOO의 사람이 나와서 사업을 한다는 것에 대하여 청구법인이 걱정을 했고, 청구법인에서 용역계약을 하자고 결정했으며, 구체적인 내용은 청구법인의 내부결정으로서 본인은 알 수 없다.

(마) 청구법인 OOO이 2008년 10월말 경 OOO로 파견된바, 통제는 아니고 자금집행이 제대로 되고 있는지의 확인, 투명성, 적정성의 확인이었으며, 특히 개발업무에 대한 통제는 없었다.

(바) OOO는 청구법인의 연구개발활동을 위하여 설립된 회사는 아니며, 초기 필요자금 조달과정에서 청구법인으로부터 연구개발용력 계약을 통해서 자금을 일부조달하고 연구개발용역이 성공적으로 끝난다면 지분투자를 하겠다는 약속을 받아 설립되었다.

(8) 처분청이 제출한 청구법인 전력전자사업기획실장 OOO 문답서(2011.4.19.)에는 아래와 같은 취지의 기재가 나타난다.

(가) OOO은 안정적인 자금조달을 위해 지분투자 방식의 계약을 원하였으나, 청구법인은 사업계획과 기술에 대한 검증이 제대로 이루어지지 않았고, 지분투자시 OOO의 법률적 문제발생 등을 우려할 수밖에 없는 상황으로 일차적으로 기술에 대한 검증도 필요하고 굳이 지분투자를 하지 않아도 청구법인이 원하는 경쟁력 있는 사업파트너가 될 수 있다고 판단하여 기술개발 용역에 의한 사업협력을 제안하였다.

(나) 협상시 청구법인 OOO로부터 지분투자방식은 안되니 연구개발용역으로 검토하라는 지시를 받은바, 처음에는 그 뜻을 잘 몰랐으나 나중에 OOO은 직전에 OOO 경쟁생산업체인 OOO에서 근무하였기 때문에 이들이 설립한 회사에 직접 지분투자를 할 경우 법률적인 리스크가 존재하기 때문인 것 같다는 것을 알게 되었다.

(다) 2008.8.27. 연구개발용역계약 외에 체결된 약정서는 OOO와 연구개발용역에 대한 리스크가 상당히 있는 것을 담보하기 위하여 만일의 사태에 대비하기 위한 기준으로 양사간에 신사협정으로 남겨둔 서류이다.

(9) 처분청이 제출한 OOO의 확인서(2011.3.18.) 및 문답서(2011.4.12.)에는 청구법인 경영심사팀 차장으로 근무중 2009년 10월말경 OOO가 기술개발비를 제대로 사용하고 있는지 체크하고 보고하라고 하여 2008.10.28.부터 OOO에 출근하여 예컨대, 2009년부터 지출전표에 OOO라는 결재칸을 만들어 본인이 결재하는 방식으로 청구법인이 기술개발비로 지급한 자금의 운영상황을 감시하는 역할을 하였다는 취지의 내용이 기재되어 있다.

(10) 처분청은 청구법인이 OOO의 법인설립 이전부터 설립계획, 인력충원, 자금지원, 설비투자 등을 주도적으로 관장하였고, OOO의 사업경영 및 자금집행 등에 대하여 직원을 파견하여 결재권자 범위에 포함시켜 감시·통제를 하는 등 실질적인 지배관계에 있으며, 특히 ‘약정서’에 언급된 청구법인과 OOO의 전략적 지분투자와 관련된 제반 내용 등으로 보면, 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제1호의 규정에 의한 특수관계자에 해당된다는 의견이다.

(11) 청구법인은 OOO용역을 발주한 2008년 제4분기 이후 2009.1.19.～2010.12.31. 분기별 1회 총 9회에 걸쳐 정기적으로 기술개발 진척사항 등에 관한 ‘분기보고서’를 제출받았다고 주장하며 이를 제출한바, 분기보고서에는 (연구개발)과제개요 및 개발일정, 과제진행 및 진척도, 차분기 진행사항, OOO 업무진행사항, 추가 협의가 필요한 사항이 기재되어 있고, 그 외에 청구법인과 OOO간 매월 1회 ‘제품개발계획 review 및 업무진행사항’에 대하여 협의한 내용의 회의록이 포함되어 있다.

(12) 청구법인은 기술개발용역이 완료된 2011년 3월 OOO로부터 제출받은 OOO 개발과제 최종결과 보고서’(208페이지 분량 책자)를 제시한바, 동 보고서에는 총 31개월 간의 과제목표 및 과제수행 내용, 연구활동 결과 독자적인 일괄공정기술을 확보하였다는 내용, 향후 목표 등이 기재되어 있다.

(13) 청구법인은 OOO로부터 제공받은 기술개발을 바탕으로 시제품을 제조한 바 있고, 2013년부터 양산체제에 돌입한다고 주장하면서, 시제품 샘플과 생산계획 등을 제출하였다.

(14) 청구법인이 OOO 지분의 66.7%를 취득한 자금은 2010.12.15. 유상증자대금 OOO원은 이에 해당하지 않는다고 주장하면서, ‘청구법인이 OOO원 규모의 전력용 반도체 시장을 강화하기 위해 반도체 소자 전문기업인 OOO원에 인수하여 최대주주가 되었다’는 2011.6.2.자 보도자료(머니투데이)를 제출하였다.

(15) 청구법인은 처분청이 제시한 OOO 등의 진술서만으로는 OOO원을 연구개발용역으로 위장한 자금지원성 지분투자로 확인된다고 하기는 어렵고, OOO원이라는 거금을 연구개발에 투입하는 청구법인 입장에서는 OOO가 청구법인이 추구하는 연구개발의 역량이 있는지 여부를 검증해 그 역량이 충분하다고 판단될 때에 지분투자를 하는 것이 곧바로 지분투자를 하는 것보다 투자손실위험을 최소화할 수 있어 경제적 합리성이 있으며,

청구법인이 OOO에 관한 기술개발용역을 제공받은 증빙이 있어 청구법인이 OOO에게 지급한 OOO원은 위 연구용역p과 직접적인 대가관계가 있고, OOO와 약정서를 작성한 것은 OOO의 기술개발 성공시 발생할 수 있는 위험(경쟁사업자와의 기술제휴)을 사전에 방지하기 위한 목적으로서, 기술개발팀의 판단이 아니라 기술개발약정만으로는 위험성을 배제할 수 없다는 재무팀의 판단으로 추가적으로 위험 담보용 문건일 뿐이며,

청구법인이 OOO원을 OOO의 기술개발에 투자하는 입장에서 그 리스크를 방지하기 위하여 OOO의 연구인력 채용에 관여하고 개발비의 지출을 통제하며 OOO의 투자 타당성을 분석한 것은 통상적이므로 청구법인이 위와 같은 행위를 하였다 하여 이를 청구법인이 OOO를 사실상 지배하는 근거로 삼는 것은 부당하다고 주장하였다.

(16) 청구법인은 OOO와 이 건 용역계약 체결 당시 실질적으로 「법인세법」상 특수관계자에 해당하지 아니한다며, 청구법인이 OOO에게 지급한 OOO원은 OOO 지분을 취득한 대가가 아니라 기술개발용역제공의 대가이고, 청구법인이 OOO의 자금집행 등에 관여한 것은 OOO에 제공한 기술개발용역대가인 OOO원이 그 용도대로 기술개발에만 사용되는지 여부를 사전적으로 통제하기 위한 수단에 불과하므로 청구법인이 OOO를 실질적으로 지배·관리하였다고 보는 것은 잘못이라는 주장이다.

<쟁점⑦>

(1) 청구법인은 2003년 11월 OOO의 계열회사이고, 주식회사 OOO 주식회사에서 물적분할하여 지주회사가 된 법인이며, OOO에서 운영하는 OOO으로, 주식회사 OOO는 지주회사로 전환하면서 정관의 사업목적에 교육서비스업을 추가하였고, 2009.9.1. OOO을 개원하면서 33개 계열사 중 청구법인을 포함한 8개 계열사로부터 입회보증금 총 OOO원을 납입받아 회원자격을 부여하였다.

(2) 청구법인은 OOO으로부터 교육용역을 제공받기 위하여 2009.9.1. 아래와 같은 입회계약을 체결하였고, 이에 따라 2009.9.11.입회보증금 OOO원(해지시 무이자 반환)을 납입하여 1,977구좌를 취득하였고 연인원 OOO의 교육시설 이용권리를 가지게 되었다.

(3) 청구법인은 2009.11.20. 위 입회계약의 부속계약으로 아래와 같은이용관리계약을 체결하면서, OOO의 이용료와 관련하여 수도광열비, 지급수수료 등 시설관련 고정비용인 시설유지관리비를 회원사의 구좌수에 따라 배분하여 분담하기로 약정하였다.

(4) OOO과 관련하여 지급한 ‘입회보증금’과 ‘이용료’의 내역은 아래 <표11> 및 <표12>와 같다.

(5) OOO의 운영과 관련하여 OOO들의 교육연인원 및 1인당 이용료 금액(시설유지관리비, 과정개발비, 교육운영비, 시설이용료 합계)은 아래 <표13>과 같은바,

2009년OOO 기준 평균 1인당 총 이용료는 청구법인 OOO원이며,

2010년 기준 1인당 총 이용료는 청구법인 OOO원이고, 그 중 1인당 변동비는 청구법인 OOO원이며,

청구법인이 OOO에서 계열분리 전에OOO에 지급한 입회보증금은 OOO원인 것으로 나타난다.

(6) 처분청은 ‘입회보증금’과 관련하여, 입회계약 체결당시 OOO 전체의 재직인원수 중 청구법인이 차지하는 비율에 따라 산정한 OOO을 청구법인의 적정 입회보증금으로 판단하고 그 초과액OOO을 타 계열사에 대한 대여금으로 보아 인정이자 계산하여 2009사업연도 OOO원을 각 익금산입하였다.

(7) 처분청은 2009 및 2010사업연도 ‘시설유지관리비’에 관하여, 계열그룹의 OOO 총 이용인원수 중 청구법인의 이용인원수 비율에 따라 청구법인의 적정 부담액을 산정하여 2009 및 2010사업연도에 각각 OOO원 상당액을 그 적정 부담액 초과액으로 보아 이를 손금불산입하는 한편, 지주회사로부터 교부받은 관련 세금계산서상의 매입세액 중 OOO원을 불공제하는 등 법인세(2009 및 2010사업연도 귀속분)와 부가가치세(2009년 제2기～2010년 제2기 과세기간)를 부과하였다.

(8) 처분청은 입회계약과 시설이용계약은 청구법인의 입장에서 불합리한 계약으로서, 부당한 계열사 지원행위에 해당하여 부당행위계산 부인대상이라는 의견으로, 청구법인은 OOO 계약을 체결하기 전에 청구법인의 입장에서 OOO 이용에 따른 비용과 효과를 검토하지 아니하였고, OOO 입회계약에 따른 이용가능 연인원 19,770명은 계약 당시 전년도(2008년) 교육연인원 932명에 비추어 볼 때 이용불가능함에도 과다한 구좌수이며(2010년 교육연인원도 5,298명에 불과),

입회계약 및 이용관리계약에 의하면, 운영자인 주식회사 OOO 설립자금을 전혀 부담하지 않고 운영에 따른 비용도 전부 이용자에게 전가하는 구조로 되어 있고, 통상 거액의 시설비가 투자되는 사업 초기에 발생하는 손실은 운영자가 감수할 사항임에도, 주식회사 OOO는 운영자에게 유리한 계약으로 인해 2009년 OOO원의 이익이 발생하였으며,

회원사는 거액의 입회보증금을 예치하면서도, 시설유지관리비 등을 부담하였는바, 회원사가 보증금 예치 및 시설유지관리비를 부담하는 것에 상응하여 비회원사의 시설이용료를 산정하였다면 합리적이라 할 것이나, 회원사가 보증금 예치에 따른 이자부담을 제외하고도 비회원사에 비하여 1인당 2009년 2.1배, 2010년 2.2배의 교육비를 부담한 것은 불합리하다는 의견이다.

또한, 청구법인은 OOO의 방식과 대동소이하게 결정되었다고 주장하나, OOO에서의 회원사 및 비회원사의 구체적인 비용부담 조건에 대하여는 처분청에 제시한 바 없고, 2003년까지 청구법인이 OOO에 예치한 보증금은 OOO원으로 처분청이 경정 배분한 적정 입회보증금 OOO원에 비하여도 매우 적은 금액으로 비교의 대상이 될 수 없으며,

처분청은 청구법인이 주장하는 그룹단위의 교육의 필요성 등을 인정하여 그룹 공동으로 부담할 비용으로 판단하여 제3의 교육시설과 비교하지 아니하고 청구법인을 포함한 회원사가 비회원사보다 과다하게 부담한 것을 부당행위계산 부인대상으로 하여 적정보증금 및 적정 시설유지관리비를 산출하였고, 단순히 사후교육연인원만을 기준으로 산출하였다는 청구법인의 주장은 사실과 다르며,

부당행위계산 부인시 청구법인이 이익을 분여할 의도가 있었는지 여부와는 관계가 없고, 청구법인을 포함한 회원사가 비회원사가 동등한 교육비를 부담하도록 비회원사의 이용료에 입회보증금 이자상당액, 시설유지관리비 상당액을 가산하는 것이 합리적임에도, 결과적으로 비회원사인 소규모 계열사를 지원하는 현재 가격체계는 불합리하다는 의견이다.

(9) 위 처분청의 의견에 대하여 청구법인은 청구법인을 포함한OOO의 8개 회원사는 아래 <표14>에서 보는 바와 같이 2009.7.2. 입회 당시 기준 그룹 총 종사인원의 OOO, 2008년 말 기준 총 매출액의 OOO의 비중을 차지하는 일정규모(총자산 OOO원 및 종업원 200명)이상의 계열사로서 교육기회가 높고, 직급체계, 급여체계, 복리후생처우 등이 유사한 회사들로서 그룹 공통교육 및 이를 위한 그룹 자체연수원 보유의 필요성에 공감하였고,

반면, 23개 비회원사는 2003년 OOO으로 분리된 이후 크고 작은 M&A를 통하여 계열사에 편입되기는 하였으나 기업규모가 미미하고, 직급체계, 급여체계, 복리후생처우 등이 상이하여 그룹 공통교육의 필요성 및 연수원 이용가능성이 낮아, 연수원 이용가능성 및 필요성이 낮은 계열사에 입회를 강요할 수는 없으므로 이들 계열사를 제외한, 그룹연수원 및 공동교육의 필요성에 공감하고 이용가능성이 높은 8개사 중심으로 검토 및 논의를 진행(2005년 그룹교육 TFT수행)하였고, 최종적으로 회원사가 되었다고 주장하였다.

배부기준의 결정에 있어서도 OOO 및 관련자 회의를 거쳐 교육 및 연수시설 사용 수요의 근간이 되는 ‘인원수’를 배부 기준으로 회원 구좌수를 결정하는 것으로 의견을 모아 8개 회원사의 교육대상가능인원(*) 비율로 회원 구좌수를 배부하기로 결정[청구법인은 자체 연수원(현장교육중심)을 보유하고 있어 교육대상가능인원을 20% 축소 적용함]하였고, 입회보증금 및 시설유지관리비는 이렇게 결정된 ‘구좌수’에 비례하여 배부되었으며

종사인원이 많은 회원사가 입회계약 제5조에 따라 비회원사에 없는 각종 특혜*를 부여받고 입회비를 지급한 것은 분명한 대가관계가 있는 것으로서 경제적 합리성이 있다고 주장하였다.

또한, 청구법인은 회원사의 입회비 납입제도가 없다면 OOO은 각 계열사로부터 더 많은 교육비 등을 부담시킬 수밖에 없는데, 이 때 그 부담액의 대부분은 종사인원수가 많아 교육수요가 많은 회원사들의 몫이 될 수밖에 없다는 점도 고려되어야 하고,

처분청이 청구법인 등 경제적 능력이 있는 일부 회원사만이 입회비를 예치한 행위는 부당한 계열사 지원행위에 해당한다는 의견이나, 청구법인 등 회원사에 대하여 비회원사가 누릴 수 없는 각종 특혜를 부여하고 입회비를 받는 것은 분명한 대가관계가 있는 것으로서 경제적 합리성이 있으므로 이를 타 계열사를 지원하기 위한 행위계산으로 보는 것은 부당하다고 주장하였다.

(10) 청구법인은 시설유지관리비와 관련하여 처분청은 OOO의 교육인원을 이 건 부당행위계산부인대상액 산정의 주요요소로 사용하였으나, 처분청이 사용한 OOO의 실제 교육인원은 그 운영이 안정되기 이전의 설립초기 일시적 현상으로 보아야 함에도 이를 기준으로 적정 시설유지관리비를 산정한 것은 잠재적 교육수요(각 회원사의 종사직원수)에 입각하여 입회비를 정한 청구법인 등의 산정방식보다 더 합리적이라고 볼 어떠한 근거가 없고,

처분청이 청구법인 등 회원사가 비회원사가 누리지 못하는 각종 특혜에 따른 경제적 이익을 고려치 않은 채 회원사의 비용부담액을 산정함에 따라 발생하는 인식의 오류를 범하였으며.

실제 2009사업연도 및 2010사업연도에 회원사가 절감한 1인당 교육비가 비회원사의 약 70% 수준으로 나타나는 점과 여기에 회원사가 누리는 각종 혜택을 고려해 보면, 회원사가 비회원사에 비해 더 많은 비용을 부담한다는 처분청의 의견은 근거가 없다고 주장하였다.

라. 판단

(1) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 내부적으로 특가할인규정을 마련하여 내부 품의를 거쳐 적용하고 있고, 특가할인율을 적용할 아무런 근거없이 임의로 특가할인율을 적용한 쟁점특가할인물량은 그 차액을 접대비로 보아야 한다는 의견이나,

청구법인이 제시한 주식회사 OOO와 체결한 ERP시스템 업그레이드 계약서(2008.12.29.), 2009년 업그레이드 이전 및 이후 시스템 내역에 의하면, 특가검증 전산시스템 활성화 일자가 일반지역 영업팀에 대하여는 2009.7.16.이나 OOO에 대하여만 2011.5.16.로나타나 청구법인이 ERP(전사적자원관리시스템)를 업그레이드 하는 과정에서 초과방지 잠금시스템이 해제되어 일시적으로 발생한 전산상 장애로 OOO가 쟁점특가할인물량에 대해 전산상 재품의를 할 수 없는 상태에서 특가할인율을 적용하였음이 인정되고,

청구법인이 제출한 거래명세서, 발주서, 품의서 및 계약서 등에 의해 나타나는 바에 따르면, 쟁점특가할인물랑에 대한 특가할인율 적용은 기존의 특가할인율 적용거래와 그 실질이 동일한 것으로 보이며, 서부영업팀 대전영업파트가 적용한 특가할인율이 다른 영업팀에 비해 특별히 높다고 할 수 없으므로

처분청이 이러한 사정들에 대한 고려 없이 쟁점특가할인물량이 전산상 재품의되지 아니하였다고 하여 그 실질 거래관계를 인정하지 아니하고 쟁점특가할인물량에 대해 특가할인율을 적용한 금액과 통상할인율을 적용한 금액과의 차액을 접대비로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

내국법인이 해외현지법인에 사용인을 파견하여 해외현지법인의 생산과 경영 등을 지원하게 하면서 인건비를 부담하는 경우로서 해당 사용인이 사실상 내국법인 업무에 종사하는 경우에는 해당 비용을 내국법인의 손금에 산입할 수 있다 할 것인바(조심2011서2380, 2014.3.4. 등 같은 뜻임),

청구법인이 제출한 쟁점해외제조법인과 청구법인과의 거래 집계표, 특수관계자간 거래명세서, 해외현지법인 재무상황표, 연도별·인별 해외현지법인 인건비 내역 및 인사기록카드 사본, 해외현지법인 조직도 등에 비추어 쟁점해외제조법인은 청구법인의 해외판매법인 역할과 가공법인 역할을 수행하였고, 쟁점해외제조법인에 파견된 직원은 청구법인이 해외현지에서 수행하여야 할 경영기획업무(중국법인 연간사업계획서, 고압Drive 사업전략보고 등)와 판매영업개발OOO, 투자업무OOO, 경영지원활동(OOO 접촉 불량 조치 결과보고 등), 기타지원업무를 수행하고 있는 것으로 보여 청구법인을 대신하여 청구법인이 수출한 쟁점제품의 매출증대와 이익창출을 위한 경영지도·통제활동을 수행하였다 할 것이며, 현지 경쟁제품 가격동향·정보를 바탕으로 시장수요를 청구법인에 제공하면서 마케팅·사후품질관리업무 등 청구법인 직원으로서 현지에서 수행해야 할 고유의 업무를 쟁점해외제조법인에서 수행하여 쟁점해외제조법인의 매출액에서 청구법인 수출품 판매 비중을 20% 수준으로 유지한 점 등에 비추어 청구법인이 지급한 파견직원의 인건비는 사실상 청구법인의 업무에 종사한 자에 대한 지급으로서 그 대가성이 있다고 보인다.

따라서, 쟁점해외제조법인에 파견된 청구법인 임직원의 인건비를 업무무관비용으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

간주외국납부세액공제를 적용받기 위해서는, 첫째, 국외원천소득에 대한 면세가 상대국가의 특별법률에 의한 감면이어야 하고, 둘째, 상대국가와의 조세조약에 간주외국세액공제가 규정되어 있어야 하되, 배당액에 대해 건건이 상대국 과세당국으로부터 별도의 조세감면 결정을 받아야 하는 것은 아닌바,

처분청은 OOO가 자본전입한 쟁점의제배당소득이 중국의 법률에 의하여 조세가 면제되는 경우가 아니어서 「법인세법」제57조 제3항에 의한 간주외국납부세액 적용대상이 아니라는 의견이나,

2008.1.1. 전 발생한 미처분이익잉여금을 재원으로 중국 자회사가 내국법인에게 잉여금자본전입에 따른 의제배당을 하는 경우, 중국에서 면제받은 배당소득에 대하여는「한·중조세조약」제2의정서 제5항에 따라 간주외국납부세액공제가 적용된다고 해석되어 현금배당뿐만 아니라 쟁점의제배당소득에 대해서도「한·중조세조약」상 간주외국납부세액공제가 적용되는 것이고, 쟁점의제배당소득은 (구)「중화인민공화국 외상투자기업 및 외국기업 소득세법」의 감면규정에 따라 기업소득세가 면제되는 것으로 보이며,

OOO가 잉여금 자본전입에 따른주책자본금 증가의 사유로 OOO에 당해 사항을 신고하면서 중국 세무당국(국세국)과 외환관리국(외관국)에 이러한 사항이 통보되었고(대개경무[2008] 227), 중국 세무당국이 기존 감면규정에 따라 중국 내에서 원천징수의무를 부과하지 아니한 것으로 보이는 점등에 비추어 쟁점의제배당소득은 위 간주외국납부세액공제의 감면요건을 갖춘 것으로 보인다.

따라서, 처분청이 쟁점의제배당소득에 대해 간주외국납부세액공제 대상이 아니라고 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다.

2009.5.21. 법률 제9671호로 개정된 조특법 부칙 제2조에서 임시투자세액공제의 증가분 세액공제를 “이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조에서 투자의 개시시기에 관해 제1호에서 “국내ㆍ국외 제작계약에 따라 발주하는 경우에는 발주자가 최초로 주문서를 발송한 때”로, 제5호에서는 “타인에게 건설을 의뢰하는 경우에는 실제로 건설에 착공한 때. 이 경우 사업의 타당성 및 예비적 준비를 위한 것은 착공한 때에 포함하지 아니한다”고 규정하고 있어 기존 투자계획에 따라 투자하는 금액이 아닌 신규 투자계획에 따라 법 시행 후 새로이 투자를 개시하는 금액에 대하여 공제해 주는 것이 입법취지에 부합한다 할 것이고, 신규로 건설되는 공장에서 각각의 사업용자산들이 유기적으로 결합되어 사업에 운영되는 경우에는 그 개별 자산별로 투자의 단위를 나눌 것이 아니라 전체를 하나의 투자단위로 보아 임시투자세액공제 규정을 적용하는 것이 타당하다 할 것인바,

청구법인은 OOO 생산공장 설비투자의 쟁점투자①과 쟁점투자② 모두, 또는 최소한 쟁점투자②는 투자 개시시기가 2009사업연도 이후이므로 이를 임시투자세액공제 대상으로 보아야 한다고 주장하나,

청구법인이 신규로 공장을 건설하였고, 원재료가 투입되면 각 사업용자산들이 유기적으로 결합되어 제품을 생산하는 형태인 이 건의 경우에는 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점투자①, 쟁점투자② 전체를 하나의 투자단위로 보아 임시투자세액공제 규정을 적용하여야 할 것이고, 청구법인이 쟁점투자①·②의 사업용자산의 주문서를 최초로 2008년에 발송하여 이 건 투자의 개시시기는 2008년이므로 쟁점투자①·②는 임시투자세액공제의 증가분 세액공제 적용대상에 해당하지 아니한다 할 것이다.

따라서, 쟁점투자①·②에 대해 임시투자세액공제 증가분 세액공제를 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(5) 다음으로, 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점재고자산의 거래가격이 구매자와의 가격협상에 따라 정해지는 속성을 가지고 있어 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 시가를 찾기 어려운 자산이므로 이 건 물적분할 당시의 장부가액을 쟁점재고자산의 시가로 보아야 한다고 주장하나,

쟁점재고자산의 구성품인 OOO의 경우, OOO에서의 매일의 고시가액이 존재하여 이를 쟁점재고자산에 포함된 OOO의 이 건 물적분할 당시의 객관적인 교환가치를 적절하게 반영한 시가로 볼 수 있는 반면, 청구법인은 역사적 원가에 기반하여 이 건 물적분할 당시의 쟁점재고자산의 시가라고 인정하기 어려운 장부가액 이외에 시가로 인정할 만한 적정한 가액을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어

청구법인이 이 건 물적분할로 취득한 주식에 대해 처분청이 제품, 상품, 반제품, 재공품, 원재료의 재료비에 대해서는 OOO의 고시가액을 기초로 산정하고, 가공비에 대해서는 제3자간 거래가액 등 객관적인 시가가 존재하지 아니할 뿐만 아니라 재취득가능가액도 확인되지 아니하므로 이를 장부가액으로 산정하며, 동관, OOO 이외의 잡자재인 저장품도 같은 이유로 이를 장부가액으로 산정하여 평가하고, 청구법인이 산정한 가액과의 차액에 대해 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점⑥에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인이 2008～2010사업연도 중 OOO에게 지급한 OOO원이 용역제공의 대가가 아니라 특수관계자에 대한 자금 대여액이라는 의견이나,

청구법인은 2008.8.27. OOO와 OOO 개발에 관한 연구개발용역계약을 체결한 후, 2009.1.19.～2010.12.31. 기간 중 OOO로부터 OOO에 관한 분기보고서를, 2011년 3월 경에는 OOO 최종결과 보고서’를 각각 제출받아 연구용역의 결과물이 생산되었고, 개발된 기술의 귀속에 대해서도 합의하여 위 계약을 실제 전력용 반도체 Chip 개발을 위한 연구개발용역계약으로 볼 수 있는 점,

연구개발의 완료 후에는 그 기술을 이용하여 청구법인은 실제로 시제품 및 전력용 반도체 모듈 제품을 생산한 점,

위 분기보고서에는 (연구개발)과제개요 및 개발일정, 과제진행 및 진척도, 차분기 진행사항, OOO 업무진행사항, 추가 협의가 필요한 사항이 기재되어 있고, 청구법인과 OOO간 매월 1회 ‘제품개발계획 review 및 업무진행사항’에 대하여 협의한 내용의 회의록이 포함되어 있으며, 위 최종결과보고서에는 총 31개월 간의 과제목표 및 과제수행 내용, 연구활동 결과 독자적인 일괄공정기술을 확보하였다는 내용, 향후 목표 등이 기재되어 있어 청구법인은 OOO의 기술개발상황에 대해 계속적으로 확인·점검을 한 사실이 나타나는 점,

청구법인이 청구법인의 직원을 OOO에 파견한 것은 2008년 신설법인인 OOO원의 자금을 지급한 청구법인이 연구용역의 위탁자로서 해당 자금이 기술개발비 용도로 제대로 사용되는지 여부를 감시할 필요가 있었던 것으로 보이고 이를 청구법인이 단순히 OOO를 실질적으로 지배하는 행위로 보기는 어려운 점,

처분청의 의견대로 청구법인이 지급한 OOO원이 OOO의 취득대가 중 일부라고 하면 청구법인은 OOO로부터 실제 획득한 OOO에 대한 기술대가를 별도로 지급하여야 할 것인데, 이에 대한 증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어

청구법인이 OOO에게 지급한 OOO원은 OOO가 연구활동을 수행한 OOO의 연구용역의 대가로 보이고, 이를특수관계자에 대한 자금의 무상대여(지분투자)로 보아 부당행위계산 부인하여 인정이자 및 관련 지급이자를 익금산입 및 손금불산입하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것을 판단된다.

(7) 마지막으로, 쟁점⑦에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인이OOO에 예치한 입회보증금에 대하여 실제 재직인원수에 따라 배분한 입회보증금을초과한 입회보증금을 대여금으로 보아 그 인정이자를 익금산입하고, 시설유지관리비에 대하여 실제교육인원을 기준으로 산출한 금액을 초과한 금액을손금불산입하고 관련 매입세액을 불공제하였는바,

처분청이 산정한 바와 같이 단순히 입회보증금을 실제 재직인원수로 배분하거나 OOO의 시설유지관리비를 실제교육인원을 기준으로 배분하기 위해서는 OOO을 각 회사의 인원 대비 동일한 비율로 이용함을 전제로 하는 것이나,

OOO의 입회보증금을 분담한 청구법인 포함 8개회원사는 2008년말 당시 OOO의 매출액 규모 상위 회사로서 OOO 총매출액의 80.4%,종사인원의 77.3%인데도, OOO의 연교육인원에서 회원사의 연교육인원이 차지하는 비율은2009년 96.9%, 2010년 89.9%, 2011년 93.8%, 2012년 89.1%인데 반해, 비회원사의 경우에는 총매출액의 19.6%, 종사인원의 22.7%이면서 연교육인원은 OOO의 연교육인원의2009년 3.1%, 2010년 10.1%, 2011년 6.2%, 2012년 10.9%에 불과하여 회원사가 OOO을총매출액이나 종사인원의 비율보다더 높은 비율로 이용하고 있는 것으로 나타나고,

회원사들이 부담한 2008년 1인당 변동비는 청구법인 OOO원으로 비회원사에 비하여 낮고, 입회계약 제5조에 따라 비회원사에게는 인정되지 아니하는 권리(우선이용권, 컨설팅, 교육과정 개발 요구)가 부여된 것으로 나타나는 점 등에 비추어

청구법인이 그룹내에서 매출과 종업원 비중이 큰 회사로 교육원의 회원사를 구성한 것은 교육수요를 감안한 것으로 그 타당성이 인정되고, 회원사에게만 입회보증금과 시설관리유지비를 부담하게 한 것이 비합리적이라고 보이지는 아니하며, 처분청이 사후에 이를 종사인원 및 실제교육인원 기준으로 배분하는 것이 합리적이라고 볼 만한 근거가 부족하다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.