조심 2019지2213 (2020.01.29)

취득

재조사

청구법인은 2014.12.16. 이 건 부동산에 대하여 공장등록을 하고 심리일 현재까지 변압기 제조업 공장 및 청구법인의 본점으로 사용하고 있고, 쟁점면적을 제3자에게 임대하는 등 다른 용도로 사용한 사실이 없는 점, 청구법인은 납품구조상 일시적으로 다량의 재고자산을 적재할 공간이 필요하여 쟁점면적을 사용하였고, 청구법인은 주민세(재산분) 과세액을 줄이기 위하여 처분청 현장확인(2016.9.12., 2018.11.22.)시 쟁점면적을 공실인 상태로 두었다고 주장하고 있는 점 등에 비추어 두 번의 현장확인 결과와 청구법인의 주민세(재산분) 신고사실 만으로 청구법인이 2015년～2018년의 기간 동안 쟁점면적을 해당 사업에 사용하지 아니한 것으로 단정하기는 어렵다고 판단됨. 다만, 제출된 증빙자료만으로는 청구법인이 쟁점면적을 해당 사업에 사용했다는 사실을 확인하기에 부족하다고 판단되므로, 처분청에서 쟁점면적이 청구법인의 해당 사업에 사용되었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단됨.

지방세특례제한법 제78조 제4항

OOO이 청구법인에게 2019.3.19. 한 토지분 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 건물분 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분과, 2019.3.26. 한 2014～2018년도 토지분 및 건축물분 재산세 합계 OOO원(상세내역 아래 ＜표1＞ 참조)의 부과처분은 청구법인이 OOO 건물 3층 1,566.74㎡를 감면 용도에 직접 사용하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2013.9.30. OOO 공장용지 2,380.8㎡(이하 “이 건 토지“라 한다)를 취득하고, 2014.10.14. 이 건 토지에 건축물(이하 “이 건 건축물“이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산“이라 한다)을 신축하면서 「지방세특례제한법」제78조 제4항의 규정에 따라 「산업입지 및 개발에 관한 법률」로 지정된 산업단지 등에서 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 2018.11.22. 현장조사 결과, 청구법인이 이 건 건축물 중 3층 면적 1,566.74㎡(이하 “쟁점면적”이라 한다)를 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 해당 부분에 대한 취득세 감면을 배제하고, 그 밖에 이 건 건축물 취득세 신고 시 누락된 과세표준 OOO원을 증액하여 2019.3.19. 청구법인에게 토지분 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 건물분 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였고, 2019.3.26. 기 감면된 2014년～2018년도 토지 및 건축물분 재산세 합계 OOO원을 부과․고지하였다.

＜표1＞ 연도별 재산세 부과 내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.6.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOO로부터 OOO 내 이 건 토지를 분양받았고, 2014.10.14. 이 건 건축물을 신축하여 현재까지 사업에 사용하고 있으며, 쟁점면적 또한 비어있는 공간이 아니었고 재고자산, 설비 및 집기 비품 등을 적치하거나 직원들의 교육공간이나 체력단련 공간 등으로 청구법인이 직접 사용하고 있는 공간이나, 청구법인이 경비절감을 통해 경영상 어려움을 타개할 방안을 모색 중 공실부분에 대하여는 주민세(재산분)가 과세되지 아니한다는 처분청 담당자의 안내를 듣게 되었고, 주민세를 절감하고자 쟁점면적을 공실인 것으로 하여 이를 제외하고 주민세를 신고․납부하였다.

만약, 청구법인이 쟁점면적을 직접 사용하지 아니하였다면 이를 외부에 임대하여 수익을 창출하였을 것이나 청구법인은 쟁점면적을 임대 등 다른 용도로 사용하지 아니하였고, 어려운 경제적인 여건 속에서 자구적으로 원가절감을 실현하려는 청구법인의 업무관리자의 미숙한 행정 처리로 인하여 발생하게 된 사안이므로 처분청에서 청구법인이 쟁점면적을 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면받은 취득세 및 재산세를 추징한 처분은 부당하다.

가사, 처분청의 세무조사(2018.11.22.) 당시 쟁점면적이 공실상태였다고 하더라도, 재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일 임에도 처분청은 각 과세연도 재산세 과세기준일 현재의 현황을 확인하지 아니한 채 세무조사 당시의 현황만을 가지고 5개년치의 재산세를 일괄 과세하였는바 이는 부당하다.

나. 처분청 의견

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결)이고, 감면추징 규정에서 ‘정당한 사유’란 그 취득 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 정당한 사유에 해당되는 경우는 행정관청의 사용금지․제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용 건축물 등의 용도로 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도로 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 해당 용도로 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다 할 것(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결)인바, 청구법인이 쟁점면적을 다른 용도(임대 등)로 사용하지 않았다고 하여도, 청구법인이 쟁점면적에 대한 공실 여부를 인정하고 주민세(재산분) 경정청구를 하여 주민세가 감액 경정된 사실이 확인되는 점, 처분청의 이 건 부동산 현지 출장결과(1차-2016.9.12., 2차-2018.11.22.) 또한 정당한 사유 없이 실제 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 나타나 산업단지 내 공장 건설을 촉진하고자 하는 해당 조항의 감면 취지와 부합되지 않는 것으로 확인되어 청구법인이 유예기간(3년) 내 쟁점면적을 해당 사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 하였다고 보기 어려운 점, 처분청의 주민세(재산분)에 대한 비과세 안내 등은 이 건 부동산의 지방세 감면 및 추징과 관련된 청구법인의 사실관계와 법률요건을 구체화한 처분청의 공적인 견해표명이라 할 수 없어 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없는 점, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하고 감면받은 이후 유예기간 내 해당용도에 맞게 직접 사용하지 못한 사유가 법령에 의한 금지·제한 등 객관적으로 불가능한 사유가 아닌 당시의 영업환경의 변화나 투자로 인한 수익성 등 내부적인 사정에 기인한 것으로 보는 것이 타당하여 기 감면된 취득세의 추징 배제가 되는 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점면적에 해당하는 부분에 대해서 취득세 및 재산세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 및 재산세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법률

지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 등기사항일부증명서에 따르면, 청구법인은 계기용 변압기 제조업 등을 목적사업으로 영위하기 위하여 2008.10.20. OOO을 본점으로 하여 설립되었고, 2014.9.11. OOO 본점을 이전한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 2013.9.30. 이 건 토지와 2014.10.14. 이 건 건축물을 취득(분양, 신축)하고, 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따라 산업단지 등에서 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.

(다) 청구법인은 2014.12.16. 이 건 토지(공장용지, 2,380.8㎡)에 대하여 공장등록OOO을 하였다.

(라) 청구법인의 2016∼2018년 주민세(재산분) 신고 내역에 따르면, 청구법인은 쟁점면적(1,590㎡)이 공실인 것으로 보아 주민세를 신고한 것으로 나타난다.

(마) 2016.9.12. 처분청이 이 건 부동산에 현지출장하고 작성한 출장복명서에 의하면 처분청 담당공무원은 이 건 건축물 2층 일부 면적(1,337㎡)과 쟁점면적이 공실에 해당하는 것으로 확인하고 2015년도 주민세 재산분 경정청구를 인용하여 감액결정한 것으로 나타나고, 현장사진에 의하면 쟁점면적 안쪽 구석에 일부 물품들이 적재되어 있으나 전체적으로 공실상태였던 것으로 보이며, 청구법인은 주민세(재산분) 과세액을 줄일 목적으로 처분청 현장확인시 쟁점면적을 정리하여 공실상태로 만들어 두었다고 주장한다.

(바) 처분청이 2018.11.22. 이 건 부동산에 감면 사후관리를 위해 현지 출장하여 촬영한 사진에 의하면 쟁점면적 안쪽 구석에 소량의 물품들이 적재되어 있으나 전체적으로 공실상태였던 것으로 보이고, 처분청은 현장조사 결과, 청구법인이 이 건 건축물 중 쟁점면적을 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 및 재산세 등을 부과한 것으로 나타난다.

(사) 주식회사 OOO 주식회사 OOO, 주식회사 OOO 등의 확인서는 청구법인에 자재 등 납품을 위해 지속적으로 방문하였는바, 쟁점면적이 청구법인의 사업에 사용되고 있었음을 확인한다는 내용이고, 상기 거래처 관련 거래처원장에 의하면 2014년～2018년의 기간 동안 상기 거래처들과 지속적으로 매입거래가 있었던 것으로 확인된다.

(아) 청구법인이 제출한 기안서(시행일자 2014.11.1.), 사진 등에 의하면, 청구법인은 쟁점면적의 일부 공간에 2014.11.1.부터 탁구장, 배드민턴장, 헬스장 등 직원들이 중식시간 및 일과후 시간에 이용할 수 있는 체력단련실을 운영하였고, 청구법인이 제출한 주간교육일지에 의하면, 2015.8.17.～2015.9.25. 쟁점면적을 활용하여 직원의 직무교육을 실시한 것으로 나타난다.

(자) 청구법인이 제출한 손익계산서에 나타나는 청구법인의 연도별 매출액 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구법인의 연도별 매출액 내역

(2) 청구법인 대표이사 OOO은 2020.1.15. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 이 건 부동산을 취득하여 공장을 신축할 당시(2012～2013사업연도) 연간 매출액 규모에 비추어 3층 규모의 작업공간이 필요하다고 판단하였으나 이 건 부동산 신축 이후 매년 매출액이 급감하게 되어 1층과 2층 작업장만으로 매출액을 소화하였고, 쟁점면적은 주로 유휴설비, 재고자산 등을 적치하거나, 직원의 직무교육, 체력단련 등을 위한 장소로 활용하기도 하였으며, 시무식, 종무식 등과 같은 직원 전체 행사 등을 진행하는 공간으로 계속 활용하였고, 청구법인의 납품구조상 일시에 대량의 제품을 제조하여 납품하는 경우가 많으며, 그러한 특성으로 인하여 납품 전 일정기간 동안 일시적으로 대량의 재고자산을 적재할 공간이 필요하여 쟁점면적을 재고자산 적재 공간으로 사용할 수밖에 없는 상황이므로, 연중 일정기간 필수적으로 사용되는 공간임에도 현장확인 당시 일시적으로 공실상태였다고 하여 이를 해당 사업에 사용하지 아니하였다고 보는 것은 부당하다는 취지로 의견을 진술하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점면적을 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다는 의견이나, 청구법인은 2014.12.16. 이 건 부동산에 대하여 공장등록을 하고 심리일 현재까지 변압기 제조업 공장 및 청구법인의 본점으로 사용하고 있고, 쟁점면적을 제3자에게 임대하는 등 다른 용도로 사용한 사실이 없는 점, 청구법인은 납품구조상 일시적으로 다량의 재고자산을 적재할 공간이 필요하여 쟁점면적을 사용하였고, 쟁점면적 중 일부 공간은 직원교육장, 체력단련장으로 사용한 것으로 주장하고 있는 점, 청구법인의 내부기안문서, 주간교육일지 및 거래처 확인서 등에 의하면 청구법인이 쟁점면적을 재고자산, 설비 및 집기 비품 등의 적재 공간이나 직원 교육장소 등으로 활용한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 주민세(재산분) 과세액을 줄이기 위하여 처분청 현장확인(2016.9.12., 2018.11.22.)시 쟁점면적을 공실인 상태로 두었다고 주장하고 있는 점 등에 비추어 두 번의 현장확인 결과와 청구법인의 주민세(재산분) 신고사실 만으로 청구법인이 2015년～2018년의 기간 동안 쟁점면적을 해당 사업에 사용하지 아니한 것으로 단정하기는 어렵다고 판단된다.

다만, 처분청의 현장확인 당시 공실상태였던 것으로 확인된 이상 실제로는 쟁점면적을 해당 사업에 계속하여 사용하였다는 사실에 대한 입증책임은 청구법인에게 있다고 할 것이고, 제출된 증빙자료만으로는 청구법인이 쟁점면적을 해당 사업에 사용했다는 사실을 확인하기에 부족하다고 판단되므로, 처분청에서 쟁점면적이 청구법인의 해당 사업에 사용되었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.