[청구번호]조심 2016중3333 (2018. 1. 11.)

[세목]법인[결정유형]경정

[결정요지]‘유예기간 중에 있는 기업’이 ?중소기업기본법? 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점법인을 중소기업이 아닌 것으로 보아 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

[관련법령] 조세특례제한법 시행령제2조

[참조결정]조심2015서2043

OOO이 2016.6.3. 청구법인에게 한 2012사업연도 법인세 OOO원의 부과처분과 2016.7.6. 청구법인에게 한 법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원의 부과처분은 청구법인을 「 조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 본문에 따라 2012사업연도까지 중소기업 유예기간 중에 있는 기업으로 보아 세액을 경정하고, 2012사업연도에 주식회사 OOO의 투자주식에서 발생한 처분손실 OOO원을 손금산입하며, 2013사업연도에 주식회사 OOO의 전환사채에서 발생한 처분손실 OOO원을 손금산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009사업연도에 자기자본 OOO원을 초과하여 「 조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 따라 2012사업연도까지 중소기업 유예기간으로 보아 연구인력개발비 세액공제를 하였으나 처분청은 감사원 지시에 따라 관계기업인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 실질적 독립성 상실을 이유로 이를 배제하고 2016.6.3. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정고지하였다.

나. 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고시 중소기업 유예기간 종료 후 3년내 법인에 대한 15%의 공제율을 적용하여 법인세를 신고하였으나 처분청은 이를 부인하고 중견기업에 대한 8%의 공제율을 적용하여 2016.7.6. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 소프트웨어 개발업을 영위할 목적으로 1990.11.2. 설립된 법인으로 2009년 7월 주식회사 OOO에 인수되어 동일 기업집단에 속한 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 발행한 전환사채(이하 “쟁점전환사채”라 한다)를 2009.8.13. OOO원에 취득(2009.8.13.)한 후 OOO원의 감액평가손실을 손금불산입하여 오다가 2013년 쟁점전환사채를 OOO원에 처분 후 위 감액평가손실 OOO원을 손금에 산입하였고, 경영지표 달성에 따른 경영성과급 OOO원(이하 “쟁점임원보수”라 한다)을 청구법인의 임원에게 지급하였다.

라. 처분청은 쟁점전환사채 취득을 특수관계자간 업무무관가지급금으로 보아 OOO원을 손금에서 부인하고, 쟁점임원보수를 지급규정이 미비된 과다경비로 보아 손금에서 부인하여 2016.7.6. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO원을 경정고지하였다.

마. 청구법인은 2010.11.15. 특수관계법인인 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 대한 대여금 OOO원을 OOO원으로 출자전환하여 OOO 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하였고, 2012.2.2. 쟁점주식을 OOO원에 처분하여 OOO원을 처분손실로 계상하였다.

바. 처분청은 쟁점주식의 시가를 OOO임에도 청구법인이 주당 OOO원에 매입한 것은 특수관계자간 주식의 고가매입으로 보아 시가초과액 OOO원을 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 2016.7.6. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정고지하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2016.8.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「 조세특례제한법 시행령」 제2조 제2항 본문과 같은 항 각 호 외의 부분 단서는 원칙과 예외의 관계로서 원칙이 예외에 우선하여 적용되어야 하고 동 조항의 입법취지 및 해석에 비추어 볼 때 중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정기간 세제혜택을 부여하는 것으로서 이미 유예기간 중에 있는 기업에 대한 그 유예기간의 실효 여부는 법문대로 해석함이 타당하므로 청구법인의 자기자본이 OOO원 이상이 되는 2009사업연도와 그 다음 3개 과세연도인 2012사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용하여 중소기업으로 보는 것이 타당하다.

(2) 당초 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 OOO의 주식 전부를 2010.4.28. OOO에게 매각하여 OOO은 OOO그룹의 계열사에서 제외되었고 동시에 청구법인과의 특수관계도 해소되었다. 또한, 청구법인의 최대주주였던 주식회사 OOO(이하 “OOO”라고 한다)는 2010.9.28. 주식회사 OOO에 청구법인 주식 OOO와 경영권을 OOO에 매각하는 계약을 체결하고 2010.12.21. 거래를 완료하였고, 이로써 청구법인은 OOO과의 특수관계가 완전히 해소되었다. 그럼에도 불구하고, 처분청은 청구법인과 OOO의 특수관계가 소멸하는 날까지 회수되지 않은 가지급금으로 보아 이 건 처분손실을 부인한 처분은 부당하다.

(가) 처분청은 당초 세무조사시 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금에 대한 처분손실은 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산 부인규정을 들어 이 건 과세처분을 하였으나 청구법인의 심판청구 후 특수관계 소멸시까지 정당한 사유 없이 회수하지 않은 가지급금에 대해 익금산입하여야 한다는 「법인세법 시행령」제11조로 처분이유를 변경하였다. 이는 과세처분의 근거법령을 변경한 것으로 「국세기본법」제16조 및 같은 법 제55조에 따른 근거과세의 원칙에 반하는 것으로 취소사유에 해당한다.

(나) 처분청은 「법인세법 시행령」제11조를 근거로 이 건 과세처분을 하였으나, 이를 근거로 한 과세처분은 청구법인과 OOO의 특수관계 해소 시점을 기준으로 법인세를 과세하고, OOO의 사주인 OOO 등 귀속자에 대한 소득처분이 이루어졌어야 하나 세무조사시 이를 과세하지 아니하였으며, 특수관계의 해소 시점이 아닌 청구법인의 쟁점전환사채 처분시점에 과세하는 것은 부당하고, 설령 부당행위계산 부인을 근거로 과세한다 하더라도 특수관계가 계속되는 기간에 대해서만 부당행위로 과세할 수 있는 것으로 쟁점전환사채 처분시를 기준으로 한 법인세 과세는 부당하다.

(다) 처분청은 청구법인이 OOO과의 특수관계 소멸 이후 채권의 회수노력을 하지 않았다는 의견이나, 청구법인은 주식회사 OOO로 경영권이 바뀐 후에는 지속적으로 쟁점전환사채의 이자지급을 요청하였고, 1년이 경과한 2011년 9월부터는 OOO에 소송을 제기하여 이자와 원금을 회수하기 위한 노력을 다하였기 때문에 처분청의 의견은 사실과 다르다.

(라) OOO의 순자산가액을 기초로 한 평가에 따르면 쟁점전환사채 발행시점인 2009년에 주당 OOO원, 주식회사 OOO의 경영권 인수로 인한 청구법인과 OOO의 특수관계가 해소된 2010년에 주당 OOO원으로 나타나 전환사채의 주식전환 행사가액인 OOO원을 초과하고 있어 쟁점전환사채는 청구법인의 경영권 변동 당시 부실자산이 아니었다.

또한, 처분청은 청구법인이 쟁점전환사채 매입할 당시 OOO가 OOO과 관계회사를 통해 청구법인의 기업인수 자금을 유출한 혐의가 있다는 내용의 언론보도자료를 제출하여 쟁점전환사채의 거래의 부당함을 입증하려 하나, 위 내용의 형사사건은 OOO에서 무죄로 확정되어 청구법인과 OOO과의 관계에서 아무런 형사상 죄책이 없음이 입증되었다.

(3) 청구법인은 당초 OOO의 발행주식 40.07%를 소유한 최대주주였으나 2010.11.1. OOO 주식 전부를 주식회사 OOO에 매각하여 특수관계가 소멸하였고, 가령 이를 부인한다 하더라도 주식회사 OOO가 보유하던 청구법인 주식을 2010.12.21. 주식회사 OOO에 매각함에 따라 청구법인은 OOO과의 특수관계가 소멸하였고, 청구법인의 쟁점주식 취득에 부당행위계산 부인 규정을 적용하기 위해서는 특수관계가 있을 것을 요건으로 하고 있는바, 청구법인이 쟁점주식을 취득한 시점을 기준으로 과세하는 것은 별론으로 하더라도 OOO과의 특수관계가 해소된 쟁점주식 매각시를 기준으로 처분손실에 대한 손금부인은 부당하다.

(4) 청구법인의 정관 제34조에서 임원의 보수를 주주총회에서 결정하도록 하고 있고, 2012.3.23. 정기주주총회에서 임원의 보수한도를 OOO원으로 결의하였으며, 임원보수규정에 따라 쟁점임원보수를 포함한 실제 집행금액은 OOO원으로 주주총회에서 승인된 한도내에서 집행되었다.

주주총회 등의 승인을 받은 임원급여지급기준에 따라 임원에게 지급되는 금액은 사전에 그 기준이 확정되어 이익조작의 가능성이 매우 낮고, 임원에게 보수를 주더라도 그 보수보다 더 많은 수익을 창출할 수 있으면 법인에게 이익이 되는 것이므로 청구법인이 조사당시 지급된 금액에 대하여 정확히 일치하는 주주총회와 이사회 회의록을 제시하지 못하였다고 하여 경영성과가 있는 임원에 대하여 쟁점상여금 전액을 손금에서 제외한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「 조세특례제한법 시행령」제2조 제1항은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 ‘실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 적합할 것’을 요구하면서, “ 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 ‘별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는’은 ‘ 「 조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는’으로 본다.”고 규정하고 있는바,

(가) 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 「중소기업기본법 시행령」제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수가 1,000명 미만, 자기자본이 1,000억원 미만, 매출액이 1,000억원 미만, 자산총액이 5,000억원 미만이어야 이를 중소기업으로 볼 수 있고, 「중소기업기본법 시행령」제3조의2에 따르면 지배기업이 단독으로 또는 친족과 합산하여 직전 사업연도 말일 현재 종속기업의 주식 등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 상호간에 지배 또는 종속의 관계가 성립하여 관계기업에 속하게 된다.

(나) 청구법인은 2007사업연도부터 종속기업의 주식 등을 50%이상 소유하면서 최다출자자이므로 「중소기업기본법 시행령」제2조 및 제3조에 의거 관계기업에 해당하고, 환산자기자본이 2009사업연도부터 1천억원 이상으로 「 조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 3호의 실질적 독립성 요건을 충족하지 아니한다.

(다) 「 조세특례제한법 시행령」제2조 제2항은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 각 호 외의 부분 단서가 규정하고 있는 중소기업 제외요건에 해당하거나 같은 법 제1항 제1호의 중소기업 규모기준에 해당하지 않게 된 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하면서, 단서에서 제1항 제3호의 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있어 「조세특례제한법 시행령」의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 유예기간 적용이 배제됨은 명백하다.

(2) 「법인세법 시행령」 제11조 9의2호는 특수관계법인과의 특수관계가 소멸하는 날까지 회수되지 않은 가지급금은 익금산입하여야 하며 정당한 사유가 있을 경우 및 회수가능한 것이 객관적으로 입증 될 시 그러하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이는 청구법인이 특수관계 소멸이후 객관적인 회수노력을 입증하여야 하며 특수관계 소멸이후에도 별다른 회수노력을 기울이지 아니하다가 대손금을 손금산입하는 비정상적인 자금대여를 제재할 목적으로 마련된 규정이다. 특수관계법인 OOO은 쟁점전환사채를 발행하여 받은 금액을 다른 신주인수권채권을 상환하는데 사용하였음이 감사보고서 및 재무제표를 통해 확인되고, 쟁점전환사채로 납입된 금액이 투자 등의 용도로 사용되지 않고 기존의 신주인수권부사채 상환을 목적으로 사용된 것은 투자의 목적 보다는 관계사의 채무를 해소하기 위한 자금대여로 볼 수 있다.

(3) 처분청이 쟁점주식의 처분손실을 손금불산입한 이유는 대여금에 대한 손금불산입이 아닌 특수관계자 주식을 고가로 취득한 부당행위계산부인에 따른 시가초과액 OOO원을 손금불산입한 것은 정당하다. 또한, 청구법인이 쟁점주식을 취득하기 위해 현물출자한 채권은 OOO과 그 관계회사의 채권을 청구법인이 인수한 것으로 경제적 합리성이 결여되어 있다.

(4) 청구법인은 쟁점임원보수를 정관 및 연도별 인사팀의 경영성과지급규정 및 임원보수규정 및 구체적인 심사 결재과정을 통해 지급된 것으로 주장하지만 청구법인의 정관(제34조)에는 “이사의 보수와 퇴직금 지급에 대해 주총에서 결의한다”라고 되어 있으나 주총 및 이사회회의 등에서 임원 경영성과급 지급에 대한 결의한 적이 없다.

청구법인은 사용인 급여지급규정 상의 상여금지급 비율을 준용하여 쟁점임원보수를 지급하였다고 주장하나 2012사업연도 경영성과급 내역을 살펴보면, 직원은 평가등급을 5단계로 구분하여 평가 후 지급 기준급여의 0%∼185% 범위 내에서 지급하였고, 임원의 경우 개인별로 평가한 바 없이 직책(A: 회장, 사장, B: 경영지원실장, C: 그 외 임원)에 따라 A등급은 600%, B등급은 300%, C등급은 0%∼200%를 지급한 것으로 나타나, 청구법인은 직원과 동일한 비율로 성과급을 지급한 것도 아니다. 따라서, 쟁점임원보수를 손금불산입한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 중소기업 유예기간 적용중인 청구법인이 관계회사의 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하자 유예기간을 중단하고 법인세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점전환사채 및 쟁점주식을 특수관계자간 업무무관가지급금 및 자산의 고가매입으로 보아 처분손실을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부

③ 청구법인의 임원에게 지급한 쟁점임원보수를 과다경비로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인에 대한 중소기업유예기간 적용 중단과 관련하여 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인과 관계회사인 OOO의 2009년 자기자본은 아래 <표1>과 같고, 청구법인은 2009사업연도 기준 OOO의 주식 99%를 소유한 최다출자자이므로 OOO는 청구법인의 관계기업에 해당하며, 청구법인은 2009사업연도에 자기자본 1,000억원을 초과하여 「조세제한특례법 시행령」제2조 제2항에 따라 중소기업 유예를 적용받고 있었던 것으로 나타난다.

(나) 처분청은 감사원의 처분지시에 따라 청구법인이 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정(2012.1.1. 시행)된 「 조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호에 따른 실질적 독립성 규정에 따른 중소기업에 해당하지 아니하여 2012사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 보아 2012사업연도와 2015사업연도의 연구인력개발비세액공제를 부인 및 공제율을 변경하여 적용한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점전환사채와 관련하여 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 아래와 같이 2009.8.13. 특수관계법인인 OOO이 발행한 OOO원 상당의 쟁점전환사채를 취득하였고, 쟁점전환사채는 액면가 OOO원인 OOO의 주식 OOO주를 액면가에 취득할 수 있는 권리가 부여되어 있으며, 만기는 2012.8.12.이다.

(나) 청구법인의 최대주주인 OOO는 2010.12.21. 청구법인 주식을 제3자에 매각하였고, 처분청은 이로 인하여 청구법인과 OOO의 특수관계가 소멸한 것으로 판단한 것으로 나타난다. 그러나 청구법인은 OOO이 2010.4.28. OOO 주식을 매각하여 청구법인과 OOO의 특수관계가 소멸하였다고 주장하였고 처분청은 이에 대한 추가조사가 필요하다는 입장이다.

(다) 청구법인 대표이사의 확인서에 의하면 청구법인은 쟁점전환사채를 투자유가증권으로 계상하였고, 20102011사업연도에 쟁점전환사채 중 OOO원을 제외한 나머지 OOO원을 감액손실로 인식하여 계상한 후 이를 전액 손금불산입하였으며, 청구법인은 OOO을 상대로 약정이자 지급을 청구하는 소를 OOO에 제기하여 인용 확정판결을 받았고, 2013사업연도에 쟁점전환사채를 주식회사 OOO에게 OOO 청산에 의한 예상배당액인 OOO원에 양도하였고, 처분이익 OOO원을 인식한 후, 20102011사업연도에 손금불산입한 감액손실분을 손금산입하였다.

(3) 쟁점주식과 관련하여 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 당초 OOO에 대한 채권 OOO원이 있었고, 2010.11.15. OOO에 이를 출자전환하였으며, 처분청은 출자전환 당시 쟁점주식 취득가액의 시가초과액을 OOO원으로 보아 청구법인이 2012.2.2. 쟁점주식을 처분하면서 계상한 처분손실에 대해 위 시가초과액 상당액을 손금불산입하였다. 이와 관련하여 청구법인의 대표이사인 OOO은 아래와 같은 확인서(2016.5.23.)를 작성하였다.

(나) 쟁점주식 매각을 진행하기 위해 청구법인에서 검토한 기안문(2011.1.27.)에 의하면, 청구법인은 OOO의 연속된 영업손실과 낮은 성장가능성 및 잦은 최대주주대표이사 변경으로 경영환경이 불안정하다고 판단하여 부실자산 매각에 따른 투자금 조기회수와 매각대금 유입에 따른 재무상태 개선 그리고 처분손실에 따른 법인세 절감효과를 위해 쟁점주식 매각을 추진한 것으로 나타난다. 장내처분시 하루에 OOO주만 거래해도 총 거래량의 20%이상을 차지하게 되어 쟁점주식 처분에 80일 이상 소요되며, 강한 매도세로 인하여 시가 하락에 큰 영향을 미칠 것으로 예상되어 블록딜을 추진하되 OOO의 대주주인 OOO 외에는 쟁점주식을 매수할 투자자를 찾기 힘들다고 판단하여 쟁점주식 전체를 OOO측에 매각하기로 하는 것이 합리적이라는 결론을 낸 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 아래와 같이 쟁점주식을 취득할 당시 OOO과 특수관계가 없었다는 주장과 그 증빙을 제시하였고, OOO의 공시자료는 청구법인의 주장을 뒷받침하고 있는 것으로 보인다.

(다) 처분청은 당초 청구법인이 보유한 OOO 주식 양도가 완료한 시기가 불분명하고, 양수인인 OOO은 OOO의 경영권을 취득하였음에도 불구하고 2010.12.31. OOO 주식 전부를 장내매도하여 실질적인 경영권 양도 여부가 불확실하고, 청구법인의 임원인 OOO은 OOO의 임원으로 2010.10.31.까지 근무하고, 쟁점주식취득일(2010.11.15.) 보름 전에 퇴임하여 OOO 경영에 영향력을 행사하고 있었던 것으로 보이므로 쟁점주식의 출자전환일 이전에 특수관계 소멸 여부가 불분명하다는 입장이다.

(4) 쟁점임원보수를 손금 부인한 처분이 부당하다는 청구주장과 관련하여 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 심리자료로 제출된 청구법인의 정관 제34조에 의하면 이사의 보수를 주주총회의 결의로 정하도록 하고 있고, 쟁점임원보수의 지급 근거인 주주총회의사록을 제출하지는 아니하였으나 청구법인은 2012.3.23. 정기주주총회에서 이사의 보수 한도를 OOO원으로 결의하였다고 주장한다.

(나) 경영성과급지급규정(2011.1.1. 시행)이 주주총회에서 승인되었는지 여부는 확인되지 아니하고, 임원과 직원의 경영성과급 지급기준은 임원의 경우 월평균 급여의 0～600%, 직원의 경우 0～300% 내에서 차등 적용하도록 기재되어 있다. 2013년 경영성과급 지급안OOO은 2012년 경영지표 달성에 따라 2012.1.1.～경영성과급 지급시(2013.1.30. 지급 예정)까지 근무한 임직원을 대상으로 하고 있고, 평가등급별로 0～185%의 지급률을 정하면서 임원은 별도의 기준(회장사장 600%, 경영지원실장 300%, 그 외 임원 0～200%)을 마련하였으며 경영성과급 지급안은 대표이사의 승인으로 집행되는 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점법인이 중소기업에 해당하지 아니한다는 의견이나, 「중소기업기본법」에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제9조 제1호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 같은 조 제3호는 ‘중소기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 청구법인을 중소기업이 아닌 것으로 보아 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대,

1) 쟁점전환사채의 경우 「법인세법」제19조의2 제2항 제2호 등의 입법 취지는 법인이 특수관계자에게 업무와 무관하게 가지급금을 제공하고 그 회수에 노력을 기울이지 아니하다가 대손사유가 발생하여 채권 회수가 불가능하게 된 경우에는 그 대손금을 손금불산입함으로써 특수관계자에 대한 비정상적인 자금대여관계를 유지하는 것을 제한하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있다고 보이는 점, 법인이 특수관계자에게 업무와 무관하게 가지급금을 제공한 후 대손사유가 발생하기 전에 특수관계가 소멸하였다면 더 이상 비정상적으로 자금을 대여하고 있는 것이라고 볼 수 없으므로 업무무관 가지급금에 대한 세법상 규제를 가할 필요가 없는 점 등을 감안하여 보면, 「법인세법」제19조의2 제2항 제2호 등에 따라 대손금을 손금에 산입할 수 없는 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금인지 여부는 그 대여행위 당시가 아닌 그 대손사유가 발생할 당시를 기준으로 판단하여야 할 것(대법원 2014.7.24. 선고 2012두6247 판결, 조심 2015서2043, 2015.11.25., 같은 뜻임)인바,

청구법인이 쟁점전환사채를 취득한 시점에는 OOO과의 특수관계가 존재하였으나 쟁점전환사채를 처분한 시점에 특수관계가 이미 소멸하였다는 사실에 대해 다툼이 없고, 청구법인은 OOO을 상대로 약정이자 지급을 청구하는 소를 제기하는 등 OOO으로부터 채권을 회수하기 위한 조치를 취한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점전환사채의 처분손실을 부인하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

2) 쟁점주식의 경우, 청구법인이 쟁점주식을 처분할 당시에 OOO과의 특수관계가 소멸하였다는 사실에 대해 다툼이 없고, 청구법인이 쟁점주식을 취득할 당시에 특수관계가 있었는지 여부에 대해 다툼이 있으나 청구법인이 쟁점주식을 취득할 당시에는 특수관계가 없었다는 사실이 공시자료에 나타나 있고, 이에 반하는 다른 객관적인 증빙이 없는 점, 청구법인과 OOO의 특수관계 소멸시기와 청구법인이 쟁점주식을 취득한 시기가 근접하여 실질적인 특수관계가 존재하는 상태에서 쟁점주식을 취득하였을 가능성이 있으나 가능성만을 이유로 과세요건사실을 확정할 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인과 OOO과의 특수관계가 있음을 전제로 한 부당행위계산부인 규정을 적용하기 어려워 보인다.

설령, 청구법인과 OOO의 특수관계가 존재한다 하더라도 다음과 같은 이유로 부당행위계산부인 규정을 적용하기 어려워 보인다. 처분청은 청구법인이 OOO의 주식을 시가보다 고가로 인수하였으므로 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제1호에 해당하는 부당행위계산부인 규정을 적용해야 한다는 의견이나, 자본거래로 인한 순자산의 증가나 감소를 익금 또는 손금에 산입하지 않도록 규정한 법인세법령의 내용과 취지 등을 종합하여 보면, 주주 등인 법인이 특수관계 있는 다른 법인이 발행한 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하였다 하더라도 이를 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우로 보아 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제1호를 적용하여 부당행위계산부인을 할 수는 없다 할 것(대법원 2014.7.24. 선고 2013두15729 판결, 같은 뜻임)인바,

청구법인이 유상증자를 통하여 특수관계 있는 OOO의 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하였다고 하더라도 이는 자본거래로서 자산을 고가로 매입한 경우로 볼 수 없으므로 쟁점주식의 처분손실을 손금산입한 거래에 부당행위계산부인 규정을 적용하여야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 주주총회에서 임원보수한도를 정한 것만으로는 임원상여금 지급규정이 마련된 것으로 보기 어렵고, 쟁점임원보수 지급규정이 정관 또는 주주총회의 사전승인을 거친 것이라는 청구주장을 뒷받침하는 증빙이 부족하며, 설령 사전승인을 거쳤다 하더라도 임원 경영성과급 지급액을 차등 지급하면서 그 산정 근거가 명시되어 있지 아니하여 쟁점임원보수를 청구법인의 손금으로 인정하기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.