[청구번호]조심 2018부2146 (2018. 9. 12.)

[세목]법인[결정유형]취소

[결정요지]청구법인은 ◎◎◎이 감사업무를 수행하였음을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있으나, ▣▣▣의 경우 해외어학연수는 청구법인의 업무와 관련이 있는지 여부가 객관적으로 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 관련한 처분은 잘못이 없으나, 청구법인이 설계연수교육 수료증, 준공식 참석사진, 이사회 의사록 등으로 보아 ▣▣▣이 실제로 근무하지 아니하였다고 보기는 어려운 점, 이 건 수출계약이 수정됨에 따라 당초 공급가액(내국신용장 발행금액)이 변경되었던 것으로 보아 처분청이 임의로 매출가격환원법을 적용하여 한 처분으로 보이는 점, 청구법인은 월합계 세금계산서를 수취하고 있어서 단순히 각 사업연도말 세금계산서상 매입액이 재고상태로 그대로 남아 있다고 추정하기에는 그 과세근거가 부족한 점, 쟁점자가운전보조금 관련 시내?외를 구분하지 아니하고 모든 출장에 대하여 월 ooo만원을 지급함으로써 출장비 정산을 갈음하는 것은 상대적으로 많은 비용이 소요되는 시외출장을 감안하면 자가운전보조금 지급의 적용범위를 시내출장으로 제한하는 것이 현실에 부합하다 할 수 있는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

[관련법령] 법인세법 제26조

[참조결정]조심2014중5817 / 조심2013서4483

OOO세무서장이 2017.7.6. 청구법인에게 한 2012～2015사업연도 법인세 합계 OOO의 각 부과(통지)처분은,

1. 처분청이 가공경비로 본 김OOO에 대한 인건비 합계 OOO 중 어학연수기간 동안 지급된 급여를 제외한 나머지는 손금산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 소득금액변동통지에서 제외하며,

2. 청구법인이 사업양수도시 취득한 OOO 등 11개 품목의 취득가액은 최종 수출가액인 OOO으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 처분청 평가금액 OOO과의 차액 OOO을 소득금액변동통지에서 제외하며,

3. 처분청이 2012～2014사업연도 기말재고자산 과소계상액으로 산정한 합계 OOO은 익금불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

4. 2012～2015사업연도 원천징수분 근로소득세 합계 OOO을 각 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 대표이사 김OOO이 개인사업자로 등록하여 운영하던 업체를 2012.4.30. 법인으로 전환하여 OOO에서 자동차부품 제조업을 영위하고 있다.

나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.2.10.～2017.3.16. 기간 동안 청구법인의 2012～2015사업연도에 대한 법인세 등 통합조사를 실시한 결과, 아래 <표1>과 같은 사실을 적출하여 처분청에 경정결의서(안)을 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2017.7.6. 청구법인에게 2012～2015사업연도 법인세 합계 OOO을 아래 <표2>와 같이 대표이사 등에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.10.10. 이의신청을 거쳐 2018.4.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 이사 김OOO 및 감사 손OOO에 대한 인건비 지출액 합계 OOO을 가공경비로 보아 손금불산입하여 상여로 소득처분을 하였으나, 법인과 달리 개인은 대표자의 급여를 필요경비로 계상할 수 없으므로 특수관계자의 인건비 비중에 있어서 법인이 개인에 비하여 높은 것은 당연하고, 김OOO이 개인사업을 영위할 당시 손OOO에게 인건비를 지급하지 아니하였다 하여 청구법인이 지급한 손OOO에 대한 인건비를 부인하는 것은 전혀 합리적인 이유가 되지 못할 뿐 아니라, 설사 손OOO 및 김OOO이 비상근 임원에 해당한다 하더라도 이들에 대한 인건비 지급액이 법인의 규모, 영업내용, 근로의 제공 및 경영참여 사실여부 등에 비추어 법인의 소득을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하지 아니하는 이상 손금으로 인정되어야 할 것이다.

(가) 김OOO은 1985년 가내수공업으로 사업을 시작하여 2012년 법인으로 전환한 후 2015년 12월 현재의 공장으로 확장이전하였으며, 대부분의 자수성가한 기업가가 그러하듯이 김OOO도 사업초창기에 전화를 받거나 현장의 부족한 일손을 보태는 등 사업 전반에 걸쳐 배우자인 손OOO의 도움을 받을 수밖에 없었고, 이러한 손OOO의 사업 참여는 현재까지도 계속되고 있다.

(나) 손OOO은 법인 전환과 동시에 청구법인의 감사에 선임되어 「상법」 및 정관에서 정하고 있는 감사업무 이외에도 회사의 자금을 관리·집행하는 중요한 업무를 겸하고 있고, 손OOO의 집무실 또한 청구법인의 사무실 4층에 별도로 마련되어 있으나, 조사청은 조사시 감사실의 존재 여부를 별도로 확인하지 않았다. 또한, 손OOO은 법인전환 이전에는 회사로부터 급여를 지급받지 아니하였는데, 이는 세법에 대한 무지와 개인사업자의 특성상 자금의 임의 인출이나 사적사용이 용이하다는 사실에 기인한 것일 뿐 근로를 제공하지 않았기 때문이 아니다.

(다) 한편, 조사청은 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 임직원의 출퇴근사항을 확인할 수 있는 서류와 기타 특수관계에 있는 임원이 실제 청구법인에 인적용역을 제공하고 근무한 사실을 입증할 수 있는 서류 등의 제출을 요구하였고, 청구법인은 이에 따라 이사회 결의서 등 일부 보관하고 있는 서류를 제출하기는 하였으나, 열악한 조직과 담당직원의 퇴사, 2015년 두 차례에 걸친 회사 이전 등으로 인하여 대부분의 서류가 분실멸실되어 제출이 어렵다는 취지의 확인서를 작성한 사실이 있다.

(라) 청구법인의 일반 근로자의 출근 시간은 7시 50분인데 비하여 임원의 경우 매일 오전 7시에 출근하여 관리자 회의를 개최하고 있고, 일반 근로자들은 연장근로, 야간근로 및 휴일근로 등을 파악하여 인건비에 이를 반영하여야 하므로 근태관리가 반드시 필요한 반면, 임원의 경우 근태관리가 크게 필요하지 아니하나, 현재 사업장으로 이전하면서 근태관리시스템을 지문인식시스템으로 교체한 시점부터는 임원에 대한 별도의 근태관리를 할 필요가 없어졌다. 조사청이 근태카드 제출을 요청하였으나, 청구법인은 2015년 9월까지는 근태카드를 작성하다가 이후 지문인식을 통한 보안시스템OOO 사용으로 별도의 근태카드를 작성하지 아니하였다. 또한, 조사청은 36일이라는 조사기간 동안 단 4회 청구법인을 방문하여 형식적으로 조사에 임하였고, 실제 근무한 김OOO 및 손OOO이 근무하지 아니하는 것으로 보았는데, 이는 현직원 및 퇴사한 직원 등을 통하면 근무사실을 명확하게 확인할 수 있음에도 확인 조사 없이 일방적으로 쟁점인건비를 부인한 것이다.

(마) 「법인세법 시행령」 제43조에서 상근·비상근 여부에 관계없이 회사에서 임원에게 지급하는 급여는 부당행위계산 부인규정이 적용되는 경우를 제외하고 손금산입하도록 규정하고 있다. 따라서 설령 손OOO이 상근이 아닌 비상근감사라 할지라도 법인의 임원에 대하여 출근부를 비치하지 아니하는 것은 일반적인 관행이고, 손OOO이 청구법인의 경영에 대한 의사결정은 물론 금융업무 등 중요업무에 관여하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 손OOO에게 지급한 인건비는 손금산입함이 타당하고, 손OOO의 급여에 대하여 손금불산입하는 것은 청구법인의 감사를 부인하는 것으로 결국 청구법인은 감사가 없는 주식회사라는 불합리한 결과에 이르게 되는바, 법인의 의사결정과 업무 집행을 위해서는 이사, 대표이사 및 감사 등 최소한의 임원은 필수적으로 있어야 하고 임원에게 지급되는 보수가 그 법인의 규모, 영업내용, 당해 임원의 직무내용, 그 밖에 사용인에 대한 급여지급규정과 보수 등에 비추어 과다한 경우로서 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 경우가 아니라면 이를 손금으로 인정하여야 할 것이다.

(바) 김OOO은 김OOO이 수차례 고시에 실패하자 가업을 김OOO에게 승계하기로 결정하고 2012년 법인전환을 계기로 김OOO을 청구법인에 입사(등기임원)하도록 하였으며, 김OOO은 입사 후 회사 전반의 업무를 익히기 위하여 구매, 총무, 수출 등 여러 업무에 현재까지 종사하고 있으며, 청구법인은 해외사업을 위해서는 외국어가 필수일 뿐 아니라 경영인으로서의 다양한 경험이 요구된다고 보아 김OOO을 2012년 12월부터 14개월간 거래처OOO의 모기업이 있는 OOO로 해외연수를 보내게 되었는바, 청구법인은 별도의 연수규정을 마련하고 있지는 않으나, 해외연수에 필요한 항공료, 체재비 등 일체를 지급하지 아니하는 대신 김OOO과는 근로계약이 계속되고 있고 연수가 종료되면 복귀하여 계속 근무하여야 한다는 점과 당해 연수가 청구법인의 수출사업과 장래 회사 경영을 위하여 반드시 필요한 것이라는 점을 감안하여 연수기간 중에도 김OOO에게 급여를 지급한 것이다.

(사) 김OOO은 2014년 4월 회사에 복귀하여 구매업무에 종사하게 되었고, 구매업무를 위해서는 고객사로부터 오는 도면을 이해하는 것이 필수적이라서 설계관련 공부를 꾸준히 병행하였으며, 2014년 7월에는 회사의 설계담당 임원을 비롯한 설계팀 직원들과 함께 기본 설계모델링 연수도 다녀온 사실이 있고, 현재는 회사의 구매팀에서 구매업무를 총괄하고 있다.

(아) 한편, 조사청은 청구법인에 대한 조사과정에서 4차례 청구법인을 방문하였고, 그 당시 김OOO은 회사에 거의 상주하고 있어서 김OOO의 근무사실을 충분히 알 수 있었을 것이며, 김OOO이 OOO을 이수한 사실 및 공장건물 신축준공식(2015.12.18.)에 참석한 사실, 청구법인 인근의 편의점 및 병원에서 사용한 신용카드 사용내역만 보아도 김OOO의 근무사실을 명확하게 확인할 수 있음에도 이를 인정하지 아니하였다.

(자) 또한, 청구법인이 이 건 세무조사시 제시한 근태카드를 감정결과도 손OOO과 김OOO의 근무사실을 입증하고 있다. 청구법인은 이 건 조사시 2012년 6월분 손OOO의 근태카드와 2012년 5월분 김OOO의 근태카드 각 1매씩 제시하였으나, 조사청은 당해 근태카드에 대하여 ‘출처 불명의 것으로서 임의로 작성한 것이므로 신빙성이 없다’고 자의적인 판단을 하였다. 이에 청구법인은 추가로 확보한 근태카드를 OOO에 감정 의뢰하여 ‘당해 근태카드는 2012년경에 작성된 문서로 추정된다’는 감정결과를 통보받았다.

(차) 따라서 법인이 직원으로 근무 중인 기업주의 아들에게 해외유학에 소요되는 비용과 유학기간 중의 급여를 지급하는 경우, 당해 비용이 법인의 사업 또는 수익과 직접 관련 있는 경우에는 손금에 산입하는 것이나, 이에 해당하는지 여부는 지급규정·사규 등의 합리적인 기준 및 사회통념상 일반적으로 용인되는 통상적인 범위 등을 종합적으로 고려하여 사실판단하여야 할 것OOO인바, 근무 중인 임원에게 별도의 해외연수에 소요되는 비용을 지급하지 아니하고 단지 급여만 지급한 것이 사회통념상 용인되는 통상적인 범위를 벗어난 것이어서 해당 연수기간에 지급한 인건비 상당액이 부당행위계산 부인대상인지의 여부는 별론으로 하고, 이들에 대한 인건비는 「법인세법 시행령」 제43조에서 규정하고 있는 동일 직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우에 해당하지 아니하는 이상 손금으로 인정함이 타당하다.

(2) 청구법인이 사업양수도를 통한 법인전환 과정에서 취득한 재고자산(이하 “쟁점양수자산”이라 한다)은 이미 수출계약이 완료된 완제품에 대한 평가액인 OOO으로 계상되었고, 동 평가액은 「법인세법 시행령」 제72조에서 규정하는 시가에 해당하는바, 조사청은 청구법인이 양수한 자산을 원가법으로 평가하여야 한다는 전제하에 매가로 계상한 제품의 자산가액을 원가로 감액하고(조사청은 평가액의 계산근거를 제시하지 못하고 있음), 기술서류와 체재비용 등은 자산성이 없다고 임의로 판단하여 청구법인이 양수자산을 OOO만큼 과대평가하였다고 보았다.

한편, 청구법인은 사업양수도 당시 이미 수출계약이 완료된 제품 및 관련 기술서류와 현지파견비용 등을 감안하여 제3자와의 확정된 거래가액으로 양수자산을 평가하는 과정에서 추후 계약변경이 이루어졌던 사실을 간과하고 당초 계약액으로 양수자산을 평가함으로써 결과적으로 OOO 상당의 재고자산을 법인전환 과정에서 과대평가한 사실이 있으며 청구법인도 이러한 오류는 인정하나, 쟁점양수자산은 하나의 계약에 의하여 거래되는 단일거래의 개념으로 제품가격과 기술서류 및 체재비용 등 일련의 거래조건들이 감안되어 그 거래가격이 결정된 것임에도 조사청은 개별 항목별로 자산성 유무를 임의로 판단하였을 뿐 아니라 제3자 간에 거래된 가격을 무시한 채 자의적인 방법으로 산출된 원가를 적용하고 있다.

따라서 사업양수도 과정에서 특정한 자산을 임의로 과대평가함으로써 결과적으로 신설법인이 개인사업장의 자산을 시가보다 높은 가격으로 양수하였다면 이에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용하는 것은 당연하고, 이 경우 특수관계 없는 제3자 간의 매매사례가액이 존재한다면 그 가액은 시가로 인정되어야 할 것인바, 쟁점양수자산의 경우 특수관계 없는 제3자 간에 최종적으로 확정된 매매가액을 시가로 보아 그 가액을 초과하여 양수한 금액OOO을 익금에 산입하는 것은 별론으로 하더라도 조사청이 임의로 원가법을 적용하여 평가하거나 거래의 특성을 무시한 채 개별 자산별로 자산성 유무를 판단하여 계산한 금액을 기준으로 쟁점양수자산을 평가하여 그 차액을 익금에 산입한 처분은 부당하므로 쟁점양수자산은 제3자 간에 확정된 매매가액(내국신용장상 금액)인 OOO으로 평가되어야 한다.

(3) 조사청은 ‘기초재고자산의 실사에 입회하지 못하였고, 대체적인 방법에 의해서도 2014.12.31. 현재 보유 중인 재고자산 수량에 대해 만족할 만한 결과를 얻지 못하였으며, 이로 인하여 손익계산서에 보고된 연간손익 등에 수정을 요하는 사항이 있는지 여부를 결정할 수 없었다.’는 회계감사보고서상 회계법인의 한정의견을 근거로 청구법인이 신고한 2012～2014사업연도의 기말재고자산(이하 “쟁점기말재고”라 한다)이 과소계상된 것으로 보았으나, 이는 최초로 외부감사 대상에 해당되어 전기 재무제표에 대한 외부감사가 이루어지지 아니한 경우 모든 외부감사보고서는 예외 없이 전기 재고자산의 실사를 거치지 않았음을 사유로 한정의견을 제시한 것으로, 청구법인에 대한 한정의견이 곧 회사의 기초재고자산이 허위로 계상되었다는 것을 의미하는 것은 아니고, 감사인의 입장에서도 단지 기초재고자산의 가액을 합리적인 방법으로 추산할 수 없다는 의견을 개진한 것에 불과하다.

조사청은 ‘선입선출법을 적용받는 청구법인이 해당연도 말에 매입한 원재료는 당연히 기말재고(원재료나 재공품)로 남아 있었을 것이 자명하기에 기말재고를 최소한의 수치로 산정한 것이며, 「국세기본법」상 근거과세원칙을 준수하여 계산한 것’이라는 의견이나, 최소한의 수치로 산정한 것이기 때문에 근거과세원칙을 준수하였다는 조사청의 입장은 오히려 근거과세원칙을 위배하였음을 자인하는 것과 다름이 없다.

청구법인은 세무조사 과정에서 조사청이 재고자산이라고 주장하는 금액에 대하여 세금계산서를 매월 말일을 기준으로 수취하기 때문에 이러한 조사청의 추정은 타당하지 않다는 점과 당해 금액에는 원재료뿐 아니라 소모품비와 외주가공비가 포함되어 있다고 수차례 해명하였으나, 조사청은 매입세금계산서 수취분에 소모품비와 외주가공비가 포함되어 있다고 하더라도 이는 기말재공품에 해당되고, 청구법인이 재고수불부 등을 제시하지 못하므로 매년 12월 31일에 수취한 세금계산서상 매입액은 기말재고로 보아야 한다는 과세논리로 쟁점기말재고와의 차액을 익금산입하였다.

청구법인에 대한 외부감사시 회계법인이 기초재고자산을 대체적인 방법으로도 확정하지 못한 것을 조사청이 확정하였다면 적어도 장부나 증빙서류에 의하여 어떠한 자산이, 어떠한 OOO와 관련하여, 어떠한 형태로 기말에 남아 있는지를 객관적이고 합리적으로 설명할 수 있어야 하는데, 최소한의 기말재고만을 추산한 것이므로 근거과세원칙을 준수한 것이라는 조사청의 의견은 어느 한 사업연도의 기말재고가 왜곡되면 그것이 이후 사업연도의 과세소득금액의 계산에도 영향을 미치게 되는 재고자산의 특성을 고려하면 납득하기 어렵다.

또한, 조사청은 이전의 사업연도와 비교하여 2015사업연도 기말재고가 상대적으로 큰 것에 대하여 청구법인이 합리적인 소명을 하지 못하였다는 의견이나, 재고자산의 실재성 여부는 세무조사를 담당한 조사청이 충분히 확인할 수 있었을 것이고, 조사결과 당해 재고자산이 사실에 부합하지 아니하다면 그 부분에 대하여 경정하면 족할 것이나, 오히려 공장신축 등으로 인하여 금융기관의 차입금이 크게 증가한 청구법인으로서는 기말재고를 실제보다 과대계상함으로써 영업이익을 어느 정도 발생하여야 하는 입장이라서 오히려 의도적으로 분식하여도 부족할 것인데, 조사청은 막연히 기말재고가 과소계상된 것으로 추정하고 청구법인이 재고수불부 등을 제시하지 못한다는 사유만으로 기말재고를 임의로 추산하여 그 과소계상액을 익금산입한 이 건 처분은 부당하다.

(4) 조사청은 청구법인의 장부상 출장업무를 수행하는 근로자들이 실제 지출한 경비를 출장 근로자 개인이 아닌 청구법인의 현금과 신용카드를 통하여 지출한 사실이 객관적 증빙에 의하여 확인되고, 청구법인의 취업규칙 제12조 제2항에서 ‘회사는 행선지별 여비, 숙박비, 현지교통비 등 실비에 충당된 비용을 지급한다고 규정하고 있는 점 등을 근거로 청구법인이 2012～2015사업연도 동안 임직원 등에게 지급한 자가운전보조금 합계 OOO을 과세대상으로 보았으나, 청구법인의 취업규칙 중 출장여비 지급에 관한 규정은 시외출장의 지급기준을 마련한 것으로 대부분의 취업규칙에서 인용하고 있는 통상적인 표현에 지나지 아니하고, 실제로 청구법인이 근로자에게 지급한 여비 정산액은 모두 시외출장과 관련된 것인데도, 조사청은 당해 지급액이 시내출장과 관련된 것인지 시외출장과 관련된 것인지 여부를 확인하지 아니하고 단지 출장여비를 정산하여 지급하였다는 사실만으로 비과세 여부를 판단한 것으로 보인다.

또한, 조사청은 ‘시내출장에 따른 여비 대신 지급받는 자가운전보조금은 「소득세법 시행령」 제12조 제3호에 따른 비과세 소득에 해당하는 것이며, 지출증빙이 확인되는 실비변상 정도의 시외출장여비도 같은 호에 따른 비과세 소득에 해당되는 것이나, 시외출장여비의 해당 여부는 출장목적, 출장지, 출장기간 등을 감안하여 사실판단할 사항’이라는 예규OOO를 처분의 근거로 제시하고 있으나, 위 행정해석은 시외출장여비만을 따로 지급하는 경우에는 자가운전보조금은 비과세 대상이라는 취지의 것으로, 조사청은 이를 자의적으로 해석한 것에 불과하다.

「소득세법 기본통칙」12-12…1에서 영 제12조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 종업원이 시내출장 등에 따른 여비를 별도로 지급받으면서 연액 또는 월액의 차량운전보조금을 지급받는 경우 시내출장 등에 따라 소요된 실제 여비는 실비변상적인 급여로 비과세하나, 차량운전보조금은 영 제38조 제1항 제10호에 의한 근로소득에 포함된다고 규정하고 있는바, 위 규정은 자가운전보조금과는 별도로 시내출장 등에 따른 여비를 따로 지급하는 경우를 예시한 것으로 자가운전보조금을 지급한다는 이유로 상대적으로 많은 비용이 지출되는 시외출장여비를 정산하는 경우까지 그 적용범위를 확대해석하는 것은 입법취지와 일관된 행정해석의 입장에도 반하는 것이다. 따라서 처분청이 쟁점자가운전보조금을 근로자들에 대한 과세소득으로 보아 청구법인에게 원천징수분 근로소득세를 과세한 이 건 처분은 사실관계의 확인을 소홀히 한 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 법인 사주의 가족(주주 및 임원)이라는 이유로 정당한 근로를 제공하지 않았음에도 회사 자금을 무상으로 제공받고, 회사는 이를 장부상 인건비로 처리하여 손비로 인정받는 것은 조세형평에 위배되고 건전한 사회통념상 허용될 수 없다. 청구법인의 2012～2015사업연도 인건비 총액 중 대표이사 및 그 가족들 3인의 인건비는 OOO으로 총인건비 OOO의 15.16%를 차지하고 있고, 개인에서 법인으로 사업양수도 전후로 특별한 사정이 없었음에도 2011·2012년 개인사업자 당시 특수관계인에 대한 인건비(0.83%)와 비교하여 과중한 것으로 확인된다. 청구법인은 세무조사 당시 해외체류 중이었던 대표이사 아들의 인건비 신고를 위하여 원천세 신고서류를 허위로 작성한 것으로 보임에도 국내에서 근무하지 않고 해외에 체류 중이더라도 법인등기부등본에 임원으로 등재되어 있다면, 즉 형식적 요건만 구비되어 있다면 인건비 처리가 가능하다고 소명하였다.

청구법인과 같이 통상 중소 규모의 비상장법인은 사주 1인의 지배로 운영되고, 법인 설립의 형식적 요건을 충족하기 위하여 사주의 가족을 임원(이사, 감사)이나 주주에 등재시키는 것이 일상화되어 있으며, 이 때 비상근 이사·감사에 대한 인건비 처리시 조세회피 문제가 발생할 수 있다. 조사청은 손OOO과 김OOO이 근로를 제공한 사실을 확인하고자 청구법인에게 수차례 관련 자료의 제출을 요청하였으나, 청구법인은 회신하지 아니하였다. 즉, 이 건 세무조사 기간 동안 청구법인이 손OOO 등이 정상적인 근로용역을 제공하였다는 증빙으로 제출한 서류는 내용이 불분명한 몇 장의 출퇴근카드에 불과하다. 따라서 청구법인의 규모, 영업내용, 근로의 제공 및 경영참여 사실여부 등에 비추어 쟁점인건비는 청구법인이 근로의 제공 없이 계상한 가공경비에 해당한다.

(가) 청구법인은 손OOO이 「상법」 및 정관에서 정하고 있는 감사업무를 수행하였음을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제시한 사실이 없고, 손OOO이 청구법인의 자금을 관리하였다 하여 인건비 계상이 적정하다고 주장하나, 비상근 상태에서 단지 통장관리만으로 고액의 인건비를 지급한다는 것은 건전한 상식과 사회통념에 비추어 용인되기 어려워 보이며, 손OOO은 다수의 건물을 임대하는 부동산 임대업을 영위 중인 것으로 확인되고, 근로의 제공 및 경영참여 사실이 확인되는 객관적 증빙의 제시가 없는 상태에서 급여를 손금으로 처리한 것은 청구법인의 소득을 부당하게 감소시킨 것이라 할 수 있다.

(나) 청구법인은 조사청이 세무조사시 법인 건물 4층에 위치하고 있는 감사실에 대한 확인을 소홀히 하였다고 주장하나, 조사청은 조사기간 동안 청구법인의 사업장을 확인하였는데, 1층에는 부사장실, 구매팀, 기술영업팀 및 OOO이, 2층에는 기업부설연구소 및 연구소장실이, 3층에는 관리본부 및 사장실이, 4층에는 숙직실이 각각 배치되어 있었고, 수차례 조사 출장 과정(4층 숙직실 면담 과정 포함)에서도 손OOO이 출근한 사실과 감사실이 존재한다는 사실은 확인되지 않았다. 또한, 청구법인이 제출한 소명서에 기재되어 있는 “법인의 임원은 근무시간 및 일자에 제한받지 아니하고, 상근 임원일 수도 있고 비상근 임원일 수도 있다. 한 달에 한 번 나와도 되고 자유이다.”라는 내용에 비추어 보더라도 손OOO이 이 건 과세기간 동안 비상근 상태임을 추정할 수 있고, 손OOO이 비상근이었다는 사실은 이 건 조사시 청구법인 실무자의 답변OOO을 통해서도 확인된다.

(다) 청구법인이 제시한 손OOO의 출퇴근카드에 대하여 OOO은 당해 카드는 2012년경에 작성된 문서로 추정된다고 감정하였으나, 세무조사 종료시점에 청구법인이 조사청에 제시한 손OOO의 2012년 6월 출퇴근카드 ‘성명란’에 투명테이프가 붙여져 있어서 원천적으로 감정이 불가능하였을 것이므로 위 감정원이 감정한 출퇴근카드는 손OOO이 아닌 다른 근로자의 것일 가능성도 배제할 수 없으며, 이 건 조사 당시 청구법인의 실무자는 임원은 근태관리를 하지 않는다고 진술한 후 “임원 근태서류를 보관 중이지 않는다.”는 내용의 확인서를 작성하였고, 이 건 심판청구시도 임원은 일반 사용자와 달리 근태관리가 불필요하고 임원에 대하여 출근부를 비치하지 아니하는 것은 일반적인 관행이라고 주장하면서도 불복 전 과정을 통하여 위 주장과 상반되는 출퇴근카드를 제시하는 것만 보더라도 청구주장에 대한 신빙성이 부족함을 알 수 있다.

청구법인이 제시한 손OOO의 2015년 9월분 출퇴근카드에 “2015.9.7.(월) 7시 52분 출근하여 18시 2분에 퇴근하였다.”고 기재되어 있으나, 손OOO의 출입국내역을 보면 2015.9.7. 입국하였음이 확인되어 출퇴근카드의 기재내역을 신뢰하기 어렵고, 청구법인은 이에 대하여 손OOO이 2015.9.7. 오후 3시경에 입국하여 회사에 4시에 도착하여 사장과 같이 퇴근한 사실이 있다고 진술하였으나, 청구법인이 제시한 위 2015년 9월분 출퇴근카드에는 2015.9.7. ‘오전 7시 52분’에 출근하였다고 기록되어 있어서 청구법인의 진술내용에는 신빙성이 없으며, 특히, 2012년 6월～12월분 출퇴근카드 중 손OOO이 해외체류 사실이 있는 2012년 12월분 출퇴근카드만 제출하지 아니한 것도 이해하기 어렵다.

(라) 따라서 청구법인은 손OOO이 실제로 3년 8개월 동안 정상 출근하여 근무하였다면 출퇴근증빙과 실제 수행한 업무에 관한 서류(이사 업무수행 일지, 차량운행 일지, 출장일지, 기안·품의·결재 서류 등) 등이 상당할 것임이 자명함에도 이를 제시하지 못하고 있고, 세무조사 당시 청구법인이 제출한 소명서 및 출퇴근 현황 등에 비추어 손OOO은 청구법인에 실제로 노무를 제공하였다고 보기 어려우므로 손OOO의 인건비를 부인한 이 건 처분은 정당하다.

(마) 청구법인은 김OOO이 2012.5.1.～2012.11.30. 기간 동안 실제로 근무하였다고 주장하나, 출퇴근증빙과 실제 수행한 업무관련 서류(이사 업무수행 일지, 차량운행 일지, 출장일지, 기안·품의·결재 서류 등)가 상당할 것임에도 이를 제시하지 못하고 있고, 분개장, 계정별원장, 현금출납장 및 전표 등의 장부를 검토하여도 김OOO이 이사로서 상기 기간에 업무를 수행하였다는 연관성을 확인할 수 있는 거래사실이 전혀 발견되지 않았다. 또한, 김OOO은 2012.12.1.～2014.2.10. 기간 동안 캐나다에서 해외연수를 하였는데, 청구법인은 해외사업을 위해서는 외국어가 필수일 뿐 아니라 경영인으로서 다양한 경험이 필요하다고 보아 김OOO으로 하여금 해외연수를 가게 하였고, 별도의 유학경비를 지급하지 않았기에 인건비 지급이 정당하다고 주장하나, 법인이 임원 또는 사용인에게 관리기법의 습득 및 생산성 향상 등을 목적으로 해외연수를 보내고 그 경비를 부담하는 경우 사회통념상 적정하다고 인정되는 것은 손금에 산입할 수 있는 것이나, 김OOO의 유학이 청구법인의 사업과 관련 있는지 여부를 확인할 수 있는 객관적 증빙의 제시가 없으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(바) 청구법인은 김OOO의 OOO 수료증, 준공행사 참석 사진(2015.12.18.) 및 김OOO이 근무하는 모습을 촬영한 사진 등을 제시하였으나, 청구법인이 제시한 2014년 7월 김OOO의 출퇴근카드에는 위 연수기간 동안 출퇴근한 시각이 기재되어 있고 2014년 7월 근태카드에도 근무한 것으로 되어 있어서 오히려 근태카드의 내용을 신뢰하기 어려우며, 촬영시기가 불분명한 사진만으로 김OOO의 근무 사실을 입증할 수는 없다 할 것이다. 설령, 김OOO이 위 연수를 수료한 것이 사실이라 하더라도 비상근 상태에서 교육수료 사실만으로는 이사의 지위에서 근로를 제공하고 경영에 참여한 것으로 볼 수 없으며, 공장신축 준공식에 참석하였다는 사실이 근로를 제공하였다는 객관적 증빙이 되지는 못한다.

(2) 조사청은 「법인세법 시행령」 제72조 제1항 제2호에서 정한 방법으로 사업양수도일(2012.4.30.) 현재 제품의 취득가액을 산정하기 위하여 적법한 절차를 밟았으나, 청구법인은 재고자산 계상의 근거가 되는 자료 및 서류를 보관하고 있지 아니하여 제출이 불가하다는 내용의 확인서만 제시할 뿐 취득가액의 산정근거가 되는 어떠한 것(제품 수불부, 제품제조 관련 원재료비, 노무비, 경비 투입내역 등)도 제시하지 아니하였고, 조사청은 이에 따라 「법인세법 기본통칙」42-74···3을 근거로 매가환원법을 적용하여 취득가액을 산정하였으며, 청구법인도 이에 대하여는 세무조사시 어떠한 이의나 항변을 제기한 사실이 없다.

(가) 청구법인은 쟁점양수자산OOO은 이미 수출계약이 완료된 완제품에 대한 정당한 평가액으로, 조사청이 임의로 원가법을 적용하여 평가하거나 거래의 특성을 무시한 채 개별 자산별로 자산성 유무를 판단하는 것은 부당하다고 주장한다. 즉, 쟁점양수자산은 제3자 간에 확정된 매매가액(내국신용장 금액)인 OOO으로 평가되어야 한다는 주장이다.

(나) 개인사업자 OOO과 청구법인(을) 간의 사업양수도 계약서 제3조에서 “을은 2012.4.30.을 양도양수기준일로 하여 동일 현재의 갑의 장부상 자산총액과 부채총액을 인수하기로 한다.”고 약정하고 있고, 동 계약서에 첨부된 재산목록 및 별지에 의하면 자산 등이 취득원가(장부상가액)를 기준으로 평가된 사실이 확인된다. 「법인세법 시행령」 제72조 제1항 제2호에서 자산의 취득가액은 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 원재료비, 노무비, 운임, 하역비, 보험료, 수수료, 공과금(취득세와 등록세를 포함), 설치비 기타 부대비용의 합계액이라 규정하고 있고, 이 건 사업양수도로 인하여 권리의무를 포괄적으로 양도하는 개인의 취득원가가 곧 양수자인 청구법인의 취득원가가 됨이 자명하다. 즉, 청구법인은 쟁점양수자산을 제3자 간에 확정된 매매가액(내국신용장 금액)인 OOO으로 평가하여야 한다고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제72조 제1항에는 자산의 취득원가를 ‘제3자 간에 확정된 매매가액’으로 하여야 한다는 어떠한 규정도 명시되어 있지 아니하다.

(다) 청구법인은 당초 개인사업자에서 법인사업자로 사업을 포괄양수도 하면서 쟁점양수자산을 원가법으로 평가하여야 하는데 업무미숙으로 이윤을 가산하여 과대평가한 것이라고 시인하였음에도 이 건 심판청구시 ‘확정된 매매가액’으로 평가하여야 한다고 주장하고 있다. 이러한 청구법인의 시가 평가에 대한 주장은 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제3호 나목에 근거한 것으로 보이는데, 이는 청구법인이 쟁점양수자산을 이 건 법인전환시 사업양수도 방법을 통하여 취득하였음에도 현물출자 방법으로 취득한 것으로 오인한 결과라 할 수 있다.

(라) 이 건 사업양수도계약서상 제품가액 OOO 및 2012사업연도 손익계산서상 타계정대체액 OOO의 금액에 포함된OOO은 사업양수도일 현재 「법인세법 시행령」 제72조에서 정한 자산의 취득원가에 해당하지 아니하므로 2012.4.30. 현재 명세서상 위 2개 품목은 실체가 없는 재고자산임이 명백하다. 단일거래 개념으로 거래가격이 결정되어야 한다는 청구주장은 사실관계를 왜곡하려는 의도로 밖에 보이지 않는다.

(마) 조사청은 당초 계약 변경 전의 금액OOO을 기준으로 원가를 산정하였고 이후 계약이 변경되었다면 변경 후의 금액인 OOO에 원가율(78.4%)을 적용하여 원가를 재산정하여야 할 것이나, 재산정된 쟁점양수자산의 원가인 OOO은 조사청이 당초 산정한 OOO에 미치지 못하는바, 불이익변경 금지의 원칙에 의하여 쟁점양수자산의 원가를 OOO으로 산정한 당초 처분은 유지되어야 한다.

(바) 청구법인은 쟁점양수자산을 과대평가하여 동 과대평가액이 개인사업자에게 지급되어 동 사업자의 원가에 반영되었으므로 과대평가액은 손금산입하고 ‘기타사외유출’로 소득처분함이 정당하다고 주장하나, 청구법인 입장에서는 사업양수도 시점인 2012년 기초재고가 과대계상되어 타계정대체액을 통하여 매출원가에 반영(매출원가 과대 계상)된 것이기에 청구법인의 2012년 기말재고 계상 및 평가와는 관련이 없다. 즉, 청구법인의 기초재고 과대계상에 따른 손금불산입액에 대하여는 자동으로 손금추인되지 않는다. 청구법인은 쟁점양수자산이 2012년 기초재고인데 기말재고로 혼동하고 있는 것으로 보인다.

(사) 청구법인이 사업양수도시 제품을 허위·과대평가를 통하여 실제 대가보다 과도하게 대표이사인 김OOO에게 지급하였음이 사업양수도계약서, 분개장, 계정별원장 등의 장부 및 관련 서류에 의하여 확인되고, 이는 청구법인이 기초재고의 과대계상(평가)을 통하여 종국적으로 김OOO에게 양수도대가를 과다하게 지급한 것이 되므로, 이 건 소득의 귀속자인 김OOO에게 상여로 소득처분함이 타당하다. 즉, 이 같은 행위는 법인자금이 사외유출되어 특수관계인인 임원(대표이사)의 개인재산 형성에 기여한 행위라 할 수 있다.

(3) 2015사업연도 청구법인에 대한 OOO의 외부감사보고서상 재무성과와 현금흐름에 대한 ‘한정의견’을 보면, “우리는 2015.4.30.에 회사의 감사인으로 선임되었기 때문에 보고기간 개시일 현재의 재고자산 실사에 입회하지 못하였습니다. 우리는 대체적인 방법에 의해서도 2014.12.31. 현재 보유 중인 재고자산 수량에 대해 만족할 만한 결과를 얻지 못하였습니다. 기초 재고자산이 재무성과와 현금흐름의 결정에 영향을 미치기 때문에 우리는 손익계산서에 보고된 연간손익과 현금흐름표에 보고된 영업활동으로부터의 순현금흐름에 수정을 요하는 사항이 있는지 여부를 결정할 수 없었습니다.”라고 기재되어 있는 것으로 보아 외부감사인 입장에서도 2015사업연도 기말재고OOO와 2014사업연도 기말재고OOO 간의 37배가 넘는 비상식적인 차이에 대하여 문제를 인지할 수밖에 없었을 것으로 보이고, 2014사업연도 기말재고가 임의로 허위계상된 것이라면 재무제표에 중대한 영향을 미치게 되므로 감사결과에 대한 귀책사유 문제 때문에 재고자산 부분에 ‘한정의견’을 제시한 것으로 보인다. 조사청이 쟁점기말재고 계상액을 부인한 주요 근거는 다음과 같다.

(가) 청구법인의 사업연도별 재고자산과 매출액 신고내역을 비교하여 보더라도 2015·2016사업연도에 비하여 2012～2014사업연도의 매출액 대비 재고자산이 임의로 과소계상된 것으로 보이고, 특별한 사정이 없는 이상 제조업의 원가구성 비율은 큰 변동이 없으며, 1인 주주가 지배하는 법인의 경우 외부감사가 보다 투명한 것으로 보이므로 매출액 대비 재고자산 추계 등의 복합적인 방법을 통하여 재고자산을 추정할 수 있을 것이다. 청구법인이 조사청의 2012～2014사업연도 재고자산 평가가 부당하다고 주장하면서도 2012～2014사업연도와 현격한 차이를 보이는 2015·2016사업연도 재고자산에 대하여 소명하지 못하는 것도 납득하기 어렵다.

(나) 청구법인은 고객으로부터 도면과 함께 발주를 받아 소재를 구매하여 가공·조립 공정을 거쳐 납품하는 특징을 가지고 있고, 이러한 사업특성상 자재창고를 보유하고 있지 아니하며 안전재고로 보유하고 있는 것은 볼트 등 규격화되어 있는 소모품들에 불과하다고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제73조 제1호에서 재고자산의 범위에 제품 및 상품, 반제품 및 재공품, 원재료, 저장품을 포함하고 있고, 청구법인은 소모품비와 외주가공비를 재고자산이 아니라고 주장하나, 위 시행령과 법인세 신고시 제출한 제조원가명세서상 구성항목(원재료비, 노무비, 경비, 총제조비용, 재공품 재고, 제품제조원가)을 살펴보면, 청구주장에 오류가 있음을 확인할 수 있다. 즉, 제조업 특성상 완제품이 출고되기 전까지는 모두 재고자산(상품, 제품, 반제품, 재공품, 원재료 등)으로 장부에 반영되어야 한다. 조사청은 청구법인의 공장내부를 현장 확인할 때에도 상당한 양의 재고(원재료, 재공품 등)가 있는 사실을 확인하였고, 공장에 보관하고 있지 아니하는 재고는 금형 판매를 위하여 임가공을 위탁받은 OOO 등의 임가공 전문업체(하청업체)에 보관 중인 것으로 보인다.

(다) 조사청은 「법인세법 시행령」 제73조 제1호에 따라 쟁점기말재고의 적정 계상 여부를 확인하고자 청구법인에게 재고자산 실사 서류, 원재료·재공품·제품·수불부, 재고별 제품취득원가 산정 관련 원재료비, 노무비, 경비 투입내역 등을 요청하였으나, 청구법인은 재고자산 계상 근거 자료 및 서류를 보관하고 있지 아니하여 제출이 불가하다는 내용의 확인서(2017.7.20.) 외에는 어떠한 자료도 제시하지 아니하였다. 청구법인의 법인세 신고서, 과세전적부청구서, 이의신청서, 심판청구서상 기말재고와 관련한 주장은 아래 <표2>와 같이 서로 일치하지 아니하고 이는 기말재고가 실제 얼마인지를 심판청구일 현재도 명확하게 알지 못한다는 사실을 간접적으로 자인한 것이라 할 수 있다.

OOO

(라) 기말재고자산의 평가는 매출원가에 반영되어 손금에 직접 영향을 미치므로 손금의 정상 계상 여부의 입증책임은 당연히 청구법인에게 있고, 이와 같은 손금의 입증책임을 지우기 위하여 「국세기본법」 제82조의3 및 「법인세법」 제112조에 근거하여 납세자로서의 협력의무를 부여하고 있음에도 청구법인은 이러한 의무를 전혀 이행하지 아니하고 조사청의 경정내용이 부당하다고 주장하는 것이다. 조사청이 당초 조사시(2017년 2월) 3～5년 전으로 소급하여 실제 재고를 조사하는 것이 현실적으로 불가능하다 하여 청구법인이 기말재고를 임의로 계상한 후 관련 서류를 없애거나 은닉시에 재고자산 적정 계상 여부에 대하여 수집된 자료에 근거하여 과세하지 않는다면 이는 과세의 공평 및 공정성에 위배되는 것이다. 조사청의 재고자산의 산정이 완벽하지는 아니하나 확보 가능한 관련 서류를 근거로 평가하는 것이 가장 합리적인 방법일 것이다.

(마) 조사청은 청구법인의 원재료계정이 수록되어 있는 전산장부와 청구법인의 거래처로부터 수취한 매입세금계산서 등을 근거로 선입선출법을 적용하여 과세표준을 경정하였기에 「국세기본법」상 근거과세원칙에 위배되지 아니하고, ‘최소한 수치’로 산정하였다고 한 것은 실제로 청구법인의 감사보고서, 연간 매출액, 연간 매입액 등에 비추어 보면 실제 재고금액은 상당할 것이나, 최소한의 금액을 산정한 것이다. 즉, 조사청은 청구법인이 해당연도 말에 계상한 원재료 매입액은 당연히 재고(원재료나 재공품 상태)로 남아 있을 것이라고 보아 계정별원장, 분개장 및 세금계산서상 원재료 매입내역을 근거로 선입선출법을 적용하여 쟁점기말재고를 산정하였다. 이러한 조사청의 재고자산 산정방법이 부당하다면 청구법인은 조사청이 기말재고로 본 금액이 당해 연도에 판매되어 매출원가에 기반영되었음을 근거서류(재공품·제품 수불부 등)를 제시하여 반증하면 될 것이다.

(사) 따라서 청구법인과 동일 지역에서 동일한 업종(주형 및 금형제조업)을 영위하고 있는 법인사업자 중 2012～2014사업연도 연간 매출액 상위 10개 법인의 법인세 신고내역에 나타난 매출액 대비 재고자산 평균비율(6.2%)보다 청구법인의 매출액 대비 재고자산 평균비율(1.5%)이 극히 과소한 것으로 나타나고, 청구법인이 생산하는 제품의 제조기간이 상당한 것으로 보이는 점 등에 비추어 조사청의 쟁점기말재고에 대한 평가금액은 정당한 방법을 통하여 산정되었다.

(4) 청구법인은 자가운전보조금을 지급하고 있는 근로자들의 시내출장여비는 별도로 정산하여 지급하지 않고, 다만 시외출장의 경우 유류대, 숙박비, 식대 등의 일정 항목을 정산하여 지급하고 있다고 주장하나, 청구법인으로부터 징취한 2012～2015사업연도 장부(여비교통비, 차량유지비, 현금출납장 등)를 보면 시·내외를 불문하고 유류대, 식대, 교통비, 숙박비 등의 지출내역이 기재되어 있고, 조사청은 2017.2.10. 청구법인에게 사규, 급여 규정 등의 제출을 요청함에 따라 출장 관련 규정이 명시되어 있는 유일한 서류인 ‘취업규칙 변경신고서’를 확보하였는데, 청구법인이 OOO에 제출한 “취업규칙 변경신고서”에 첨부된 취업규칙 제12조 제1항에서 사용자는 업무수행을 위하여 필요한 경우 사원에게 출장을 명할 수 있고, 제2항에서 회사는 행선지별 여비, 숙박비, 현지교통비 등 실비에 충당될 수 있는 비용을 지급한다고 각각 규정하고 있는 것으로 나타나므로 시내출장여비는 별도로 정산하여 지급하지 않는다는 청구주장을 신뢰하기 어렵고, 시내·외 출장지의 구분기준은 각 사업체별 형편, 규정 및 기타의 요인 등에 따라 상이할 것이며, 통상적으로 시내·외를 불문하고 출장시에는 유류대, 식대, 교통비, 숙박비 등의 경비가 소요될 것이다.

또한, 청구법인은 「소득세법 기본통칙」12-12···1은 자가운전보조금과는 별도로 시내출장 등에 따른 여비를 지급하는 경우를 예시한 것으로, 시외출장여비를 정산하는 경우까지 그 적용범위를 확대해석하는 것은 입법취지와 행정해석의 입장에서 반하는 것이라고 주장하나, 동 통칙상 ‘시내출장 등’이란 문구를 오직 ‘시내출장’으로 제한하여 해석하여야 한다는 청구주장은 법적 근거가 없고, 「소득세법」 제12조 제2호 자목 및 같은 법 시행령 제12조 제3호 적용시 시내·외 출장에 대한 구분 없이 적용함이 합목적적인 해석으로 보이며, 청구주장은 종업원이 시내출장 등에 따른 여비를 별도로 지급받으면서 연액 또는 월액의 자기차량운전보조금을 지급받았는지 여부와 무관한 것으로 보인다OOO.

따라서 청구법인의 분개장, 계정별원장 및 현금출납장 등의 장부를 보면, 출장 업무를 수행하는 근로자들이 지출한 실비, 즉 청구법인의 사업관련 출장 업무에 소요되는 실제 경비를 출장 근로자 개인이 아닌 청구법인의 현금과 신용카드를 통하여 지출한 사실이 객관적 증빙에 의하여 확인되고, 청구법인도 이를 손금으로 처리한 점, 청구법인이 근로자에게 출장비·여비 등의 명목으로 금품을 제공하는 것과 별도로 자가운전보조금을 월 OOO씩 일률적으로 지급하면서 비과세 근로소득으로 신고한 사실이 근로소득지급명세서 등에 나타나는 점, 청구법인이 OOO에 제출한 “취업규칙변경신고서”에 첨부된 취업규칙 제12조에 따르면 청구법인이 출장 등에 소요된 실제여비를 출장 근로자에게 지급한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 근로자들에게 지급한 쟁점자가운전보조금은 비과세 근로소득으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 특수관계자인 손OOO과 김OOO에게 지급한 것으로 계상한 인건비를 가공경비로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부

② 청구법인이 법인전환시 양수한 자산을 과대평가한 것으로 보아 과대계상액 상당을 익금산입하여 법인세를 과세하고 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부

③ 2012～2014사업연도 기말재고자산을 과소계상한 것으로 보아 과소계상액 상당을 익금산입하여 법인세를 과세하고 유보로 소득처분할 수 있는지 여부

④ 청구법인이 비과세 근로소득으로 신고한 자가운전보조금을 과세소득으로 보아 원천징수분 근로소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

(2) 법인세법

제26조[과다경비 등의 손금불산입] 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

제41조[자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제42조[자산ㆍ부채의 평가] ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

② 제1항 제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.

(3) 법인세법 시행령

제43조[상여금 등의 손금불산입] ③ 법인이 지배주주 등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제72조[자산의 취득가액 등] ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

7. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

제74조[재고자산의 평가] ① 제73조 제1호의 규정에 의한 재고자산의 평가는 다음 각 호의 1에 해당하는 방법(제1호의 경우에는 동호 각 목의 1에 해당하는 방법을 말한다) 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.

1. 원가법：다음 각 목의 1에 해당하는 방법에 의하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법

나. 먼저 입고된 것부터 출고되고 그 재고자산은 사업연도종료일부터 가장 가까운 날에 취득한 것이 재고로 되어 있는 것으로 하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "선입선출법"이라 한다)

바. 재고자산을 품종별로 당해 사업연도종료일에 있어서 판매될 예정가격에서 판매예정차익금을 공제하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "매출가격환원법"이라 한다)

④ 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 납세지 관할세무서장이 선입선출법(매매를 목적으로 소유하는 부동산의 경우에는 개별법으로 한다)에 의하여 재고자산을 평가한다. 다만, 제2호 또는 제3호에 해당하는 경우로서 신고한 평가방법에 의하여 평가한 가액이 선입선출법(괄호 생략)에 의하여 평가한 가액보다 큰 경우에는 신고한 평가방법에 의한다.

1. 제3항 제1호의 규정에 의한 기한 내에 재고자산의 평가방법을 신고하지 아니한 경우

제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

(4) 소득세법

제12조[비과세소득] 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

자. 대통령령으로 정하는 실비변상적(實費辨償的) 성질의 급여

(5) 소득세법 시행령

제12조[실비변상적 급여의 범위] 법 제12조 제3호 자목에서 “대통령령으로 정하는 실비변상적(實費辨償的) 성질의 급여”란 다음 각 호의 것을 말한다.

3. 일직료ㆍ숙직료 또는 여비로서 실비변상 정도의 금액(종업원의 소유차량을 종업원이 직접 운전하여 사용자의 업무수행에 이용하고 시내출장 등에 소요된 실제여비를 받는 대신에 그 소요경비를 당해 사업체의 규칙 등에 의하여 정하여진 지급기준에 따라 받는 금액 중 월 20만원 이내의 금액을 포함한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점인건비에 관한 것은 다음과 같다.

1) 청구법인의 대표자가 개인사업자로 등록하여 운영하던 OOO와 청구법인의 사업자등록 내용은 아래 <표3>과 같다.

OOO

2) 청구법인의 법인등기사항증명서에 의하여 확인되는 임원현황은 아래 <표4>와 같다.

OOO

3) 이 건 과세기간 동안 손OOO과 김OOO의 출입국자료는 아래 <표5>와 같다.

OOO

4) 청구법인의 정관에 기재되어 있는 이사와 감사의 직무는 다음과 같다.

OOO

5) 조사청은 2017.2.10. 및 2017.2.13. 청구법인에게 2012.5.1.～2015.12.31. 기간 동안의 차량운행 및 출장일지, 특수관계인인 임직원의 근태서류 및 업무수행 증빙자료, 재고자산 계상 근거자료 등의 제출을 요청하였으나, 청구법인은 2012.2.20. 동 기간의 이사회 의사록, 이사·감사의 업무수행일지, 차량운행일지, 임직원의 출장일지 및 출퇴근 근거서류, 재고실사 서류 및 사업연도별 재고수불내역을 보관하고 있지 아니하여 제출할 수 없다는 내용의 확인서를 제출한 것으로 나타난다.

6) 청구법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 김OOO 및 손OOO에 대한 쟁점인건비 지급내역은 아래 <표6>과 같고, 법인전환 전후의 인건비 변동내역을 비교하면 아래 <표7>과 같은데, 2012∼2015사업연도 인건비 총액 중 대표이사 및 그 가족 3인의 인건비는 OOO으로 총인건비OOO의 15.16%를 차지하는 반면, 법인전환 전 2011·2012년 특수관계인에 대한 인건비 비율은 0.83%인 것으로 나타난다.

OOO

(나) 쟁점양수자산에 관한 것은 다음과 같다.

1) OOO는 2012.3.29. OOO 소재 OOO와 러시아 소재 OOO에 대한 물품공급계약을 체결하고 같은 날 내국신용장이 개설되어 상품의 생산을 완료하였으나, 선적되지 아니함에 따라 청구법인이 OOO 등 11개 품목의 쟁점양수자산을 양수하여 재고자산으로 계상하였는바, OOO와 OOO 간에 2011.12.26. 작성된 물품공급계약서의 주요 내용은 다음과 같고, 이후 2012.1.31. 물품공급가격을 당초 합계 OOO에서 OOO로 변경하여 재계약한 것으로 나타나며, 청구법인의 쟁점양수자산 평가액은 아래 <표8>과 같다.

OOO

2) 청구법인이 2012.4.17. OOO 체결한 사업양도양수계약에 의하면 2012.4.30.을 기준일로 하여 자산과 부채를 포괄양수도하기로 약정하고 있고, 첨부된 재산목록에 의하면 쟁점양수자산의 금액은 OOO으로 되어 있는바, 사업양도양수 계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

3) 조사청은 쟁점양수자산이 원가법으로 평가되어야 한다는 전제하에 아래 <표9>와 같이 OOO만큼 과대평가된 것으로 보아 동 금액을 익금산입하고 대표자에 대한 상여로 소득처분하였다.

OOO

(다) 쟁점기말재고에 관한 것은 다음과 같다.

1) 청구법인의 사업연도별 쟁점기말재고 및 매출액 신고내역은 아래 <표10>과 같고, 조사청은 청구법인이 쟁점기말재고를 아래 <표11>과 같이 과소계상한 것으로 보아 동 과소계상액을 각 사업연도에 익금산입하여 유보로 소득처분(다음 사업연도에 손금으로 추인)한 것으로 나타난다.

OOO

2) 청구법인은 2015사업연도부터 외부감사를 받고 있고, 2015사업연도 재무성과와 현금흐름에 대하여 감사인인 OOO은 한정의견을 제시하였는바, 감사보고서에 기재되어 있는 한정의견의 내용은 다음과 같다.

OOO

(다) 쟁점자가운전보조금에 관한 것은 다음과 같다.

1) 청구법인이 신고한 지급명세서 등에 의하면, 청구법인은 임직원 등에게 매월 OOO의 자가운전보조금을 지급하고 이를 비과세 근로소득으로 신고한 것으로 확인되는 반면, 조사청은 쟁점자가운전보조금을 과세소득에 해당한다고 보아 청구법인에게 이 건 원천징수분 근로소득세를 과세한 것으로 나타난다.

OOO

2) 청구법인이 2016년 7월 OOO에 신고한 취업규칙 제12조의 내용은 다음과 같다.

OOO

3) 청구법인 계정별원장의 여비교통비계정에 의하면, 해외 및 시외출장비로 보이는 항목 외에도 ‘시내교통비 지급’ 항목, ‘지하철OOO 운임’ 및 ‘시내버스 운임’ 등이 포함되어 있고, OOO 내에 위치한 주유소, 식당 등에 대한 지출내역이 나타난다.

(2) 청구법인은 다음과 같이 주장하며 관련 증빙자료 등을 제시하고 있다.

(가) 손OOO과 김OOO은 청구법인에서 실제 근무하였고, 쟁점인건비를 부인함은 청구법인의 감사 및 이사를 부인하는 것과 같다고 주장하며 아래와 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

1) 청구법인은 이 건 조사시 2012년 6월 손OOO의 근태카드와 2012년 5월 김OOO의 근태카드 각 1매씩 제시하였고, 위 근태카드를 OOO에 감정을 의뢰한 결과, 당해 근태카드는 2012년경에 작성된 문서로 추정된다는 내용을 통보받았다.

2) 청구법인은 손OOO의 근무사실을 입증하는 증빙으로 감사실 내외부를 촬영한 사진 6부, 손OOO의 명함, 근태카드, 이사회의사록(2015.12.9.), 손OOO의 감사 중임승낙서(2015.3.31.) 및 법무법인 OOO으로부터 공증OOO받은 정기주주총회 의사록OOO, 직원 10명과 구내식당 운영자 OOO 및 거래은행 직원들OOO이 작성한 근무사실확인서, 청구법인의 회계감사를 수행한 OOO의 공인회계사 5명이 작성한 확인서 2부 등을 각각 제시하고 있다.

3) 청구법인은 김OOO의 근무사실을 입증하는 증빙으로 김OOO의 근무모습을 촬영한 사진, 김OOO의 명함, 김OOO의 OOO 수료증, 청구법인 확장이전 준공식(2015.12.18.) 참석 사진, 이사결정서OOO 이사회 의사록OOO, 임시주주총회 의사록OOO, 임원 퇴직급여 지급규정, 임원 급여 및 상여금 규정, 주주전원의 서면결의서(2015.6.30.), 허OOO 등 직원 10명과 구내식당 운영자 안OOO 및 거래처인 OOO에서 작성한 근무사실확인서, 김OOO의 OOO 수료증(2014.10.6.), 김OOO이 거래처에 보낸 전자메일 6건, 김OOO이 청구법인 인근의 편의점 및 병원에서 사용한 신용카드 사용내역, 김OOO이 청구법인 직원으로서 건강검진 후 통보받은 건강검진결과 통보서 1부, 2015년 11월부터 2015년 12월까지의 근무기록부(보안업체 에스원 출력분) 등을 제시하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점양수자산을 최종 확정된 공급가액(내국신용장 개설금액)으로 평가하여야 하고, 동 공급가액은 수출가액으로서 현지 구매자와의 협상에 따라 제품 외에 기술서류OOO의 제공과 현지파견비용OOO의 정산 등을 감안하여 책정된 것이라서 이들 모두가 OOO를 구성하여 거래된 것이므로 특정한 품목이 공급에서 제외되는 등 특별한 사정이 없는 한 계약품목 전체를 단일거래로 파악하여야 한다고 주장하며 아래와 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

1) 청구법인은 쟁점양수자산에 대하여 내국신용장 발행금액OOO을 영세율 과세표준으로 하여 2012년 제1기 부가가치세 확정신고를 한 것으로 확인되고, 부가가치세 신고서에 첨부한 영세율첨부서류 제출명세서상 내국신용장 발급일자는 2012.3.29., 선적일자는 2012.5.15., 외화가격은 OOO로 각각 기재되어 있다.

2) 청구법인은 이 건 수출계약이 추후 수정됨에 따라 당초 공급가액(내국신용장 개설금액)이 OOO에서 OOO으로 변경되었음에도 이를 반영하지 아니하여 조사청이 산정한 과대평가액 OOO에 대하여는 이의를 제기하지 아니하였다.

(다) 청구법인은 월 합계로 매입액을 계상하고 있음에도 조사청이 원재료계정의 각 사업연도말 매입액을 기준으로 쟁점기말재고가 과소계상된 것으로 추정하고 청구법인이 재고수불부 등을 제시하지 못한다는 사유만으로 쟁점기말재고를 임의로 산정하고 그 과소계상액을 익금에 산입한 이 건 처분은 부당하다고 주장한다.

(라) 또한, 청구법인은 취업규칙 중 출장여비 지급에 관한 규정은 시외출장에 관한 지급기준을 마련한 것이고, 실제로 청구법인이 근로자 등에게 지급한 여비 정산액은 모두 시외출장과 관련된 실비변상 정도의 것이므로 시내출장에 따른 여비를 대신하여 지급받는 쟁점자가운전보조금은 비과세 근로소득에 해당한다고 주장한다.

(3) 한편, 처분청은 이 건 처분은 정당하다는 의견이고 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

(가) 처분청은 청구법인이 이 건 조사시 손OOO 및 김OOO이 정상적인 근로용역을 제공하였음을 입증할 수 있는 증빙으로 제출한 것은 내용이 불분명한 몇 장의 출퇴근카드에 불과하고 그 밖에 어떠한 증빙의 제시도 없으므로 쟁점인건비를 부인함이 타당하다는 의견이다.

1) 청구법인은 손OOO이 법인전환 후 뿐 아니라 개인사업자로서 사업을 영위하던 기간에도 동일한 업무를 계속·반복적으로 수행하였다고 주장하나, 개인사업자 기간에는 손OOO에 대한 인건비를 필요경비에 산입한 사실이 없는 것으로 나타난다.

2) 청구법인의 직원은 이 건 조사시 손OOO이 출근하지 아니하고 통장관리 정도의 업무를 수행한다고 진술한 것으로 나타난다.

3) 청구법인은 이 건 조사시 임원에 대한 근태서류는 보관하고 있지 않다는 내용의 확인서를 작성한 사실이 있음에도 손OOO의 2015년 9월분 출퇴근카드를 제시하였는데, 동 카드에는 손OOO이 2015.9.7.(월) 7시 52분 출근하여 18시 2분에 퇴근한 것으로 기재되어 있으나 손OOO의 출입국내역에 의하면 손OOO은 2015.9.7. 입국한 것으로 나타난다.

4) 청구법인은 김OOO의 해외연수는 업무상 필수적으로 요구되는 것이라서 연수에 필요한 비용을 부담하는 대신 연수기간 동안 계속하여 급여를 지급한 것은 정당하다고 주장하나, 처분청은 청구법인의 업무와 김OOO의 해외연수와의 관련성이 불분명하다는 의견이고, 청구법인은 연수규정을 구비하고 있지 않는 것으로 나타난다.

5) 청구법인이 제시한 수료증에 의하면, 김OOO은 2014.7.21.～2014.7.24. 기간 동안 OOO에 참가한 것으로 기재되어 있으나, 2014년 7월분 김OOO의 출퇴근카드에는 위 연수기간 동안 김OOO이 출퇴근한 시각이 기재되어 있다.

(나) 처분청은 청구법인과 OOO 간에 체결한 사업양도양수계약 제3조에 따라 청구법인이 OOO의 장부상 자산총액과 부채총액을 인수하기로 약정하였으므로 쟁점양수자산의 가액을 원가법을 적용하여 산정함이 타당하다는 의견이고, 조사청은 청구법인이 취득가액 계산의 근거가 되는 어떠한 원시서류(제품수불부, 원재료비·노무비·경비 투입내역 등)도 제시하지 아니하여 다음과 같은 과정을 통하여 쟁점양수자산의 취득원가를 산정하였다고 답변하고 있다.

1) 사업양수도 전 개인사업자 OOO의 연도별 매출, 매출원가 및 매출총이익을 근거로 매출원가비율을 산정하면 아래 <표13>과 같다.

OOO

2) 청구법인의 2012·2013사업연도 매출, 매출원가 및 매출총이익의 구성은 아래 <표14>와 같고, 2016사업연도 법인세신고서상 매출원가 비율은 75.6%인 것으로 나타난다.

OOO

3) 조사청은 위에서 산정한 매출원가비율 78.4%를 근거로 매가환원법OOO을 적용하여 아래 <표15>와 같이 쟁점양수자산의 취득가액을 산정하였다.

OOO

(다) 처분청은 청구법인의 회계감사인이 2015사업연도 재고자산 부분에 대하여 ‘한정의견’을 제시하였고, 2015사업연도 기말재고OOO와 2014사업연도 기말재고OOO 간에 37배가 넘는 차이를 보이는 등 2015·2016사업연도와 비교할 때 2012～2014사업연도 매출액 대비 재고자산이 임의로 과소계상된 것으로 볼 수 있다는 의견이며, 조사청은 청구법인이 재고자산의 계상근거가 되는 어떠한 원시서류(재고실사 서류, 원재료·재공품 등 수불부, 제품취득원가 투입 내역 등)도 제시하지 아니하여 다음과 같은 방법으로 쟁점기말재고를 산정하였다고 답변하고 있다.

1) 조사청은 청구법인이 선입선출법을 적용하고 있으므로 각 사업연도말 계정별원장, 분개장 및 매입세금계산서 등에 의하여 확인되는 원재료 매입액은 기말재고(원재료나 재공품 상태)로 남아 있을 것이라는 전제하에 총계정원장상 원재료계정의 각 사업연도말 매입액을 당초 청구법인이 계상한 기말재고에 가산하여 쟁점기말재고를 산정하였다.

2) OOO에서 청구법인과 동일한 업종(주형 및 금형제조업)을 영위하고 있는 법인사업자들 중 2012～2014사업연도 연간매출액 상위 10개 법인의 법인세 신고내역에서 확인되는 매출액 대비 재고자산의 비율은 아래 <표16>과 같다.

OOO

(라) 처분청은 청구법인이 시내·외를 불문하고 출장시에는 유류대, 식대, 교통비 및 숙박비 등 실제 소요된 경비를 정산하여 지급하고 있음에도 추가로 매월 OOO 상당의 쟁점자가운전보조금을 지급하고 있으므로 이는 비과세 근로소득에 해당하지 아니한다는 의견이다.

1) 청구법인의 분개장, 계정별원장 및 현금출납장 등의 장부에 의하면, OOO를 경계로 하여 시·내외를 구분한다고 가정하더라도 청구법인은 시·내외를 불문하고 유류대, 식대, 교통비, 숙박비 등을 지급한 사실이 나타난다.

2) 청구법인의 2012년 5월 여비교통비계정은 아래 <표17>과 같다.

OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 손OOO 및 김OOO이 실제 근무하지 아니하여 쟁점인건비를 손금에 산입할 수 없다는 의견이나, 임원에게 지급되는 보수가 그 법인의 규모, 영업내용, 당해 임원의 직무내용, 그 밖에 사용인에 대한 급여지급 사항과 그 법인과 동종·동일 규모의 사업을 영위하는 법인이 임원에게 지급하는 보수에 비추어 과다한 경우로서 조세부담을 부당하게 감소시키는 경우가 아니라면 이를 손금으로 인정하여야 할 것OOO인바,

청구법인은 손OOO이 감사업무를 수행하였음을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있고, 비상근 상태인 손OOO에게 단지 통장관리만으로 고액의 인건비를 지급한다는 것은 건전한 상식과 사회통념에 비추어 용인되기 어려워 보이며, 손OOO은 다수의 건물을 임대하는 부동산 임대업을 영위하고 있는 것으로 확인되므로, 근로의 제공 및 경영참여 사실이 객관적으로 확인되지 아니하는 이상 손OOO에 대한 인건비를 손금으로 인정하기 어렵다 할 것이다.

한편, 김OOO의 경우 청구법인이 설계연수교육 수료증(2014.7.21.～2014.7.24.), OOO, 준공식 참석 사진, 김OOO이 날인한 이사결정서(2015.6.30., 2015.12.9.)·이사회 의사록(2015.12.9.)·임시주주총회 의사록(2012.6.1.)·서면결의서(2015.6.30.), 김OOO이 거래처에 보낸 전자메일 6건, 김OOO이 청구법인 인근의 편의점 및 병원에서 사용한 신용카드 사용내역, 김OOO이 청구법인 직원으로서 건강검진 후 통보받은 건강검진결과 통보서 1부, 지문인식 방식의 근무기록부OOO 등을 제시하고 있고, 김OOO은 이 건 과세기간 동안 다른 직업이나 사업을 영위한 이력이 없는 것으로 확인되며 청구법인의 법인등기부등본에 사내이사로 계속 등재되어 있는 점 등에 비추어 김OOO이 실제로 근무하지 아니하였다고 보기는 어려우므로 김OOO에 대한 인건비는 손금에 산입함이 타당하나, 김OOO의 해외어학연수는 청구법인의 업무와 관련이 있는지 여부가 객관적으로 확인되지 아니하므로 그 기간 동안에 지급된 인건비는 손금으로 인정하기 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청은 가공경비로 보아 손금불산입한 쟁점인건비에서 김OOO에 대한 인건비 중 어학연수기간을 제외한 기간 동안 지급된 것에 대하여는 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 소득금액변동통지에서 제외함이 타당하다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인과 OOO 간에 체결한 사업양도양수계약 제3조에 따라 청구법인이 OOO의 장부상 자산총액과 부채총액을 인수하기로 약정하였으므로 쟁점양수자산의 가액을 원가법을 적용하여 산정함이 타당하다는 의견이나, 위 사업양도양수계약서에 첨부된 재산목록에는 쟁점양수자산의 금액이 당초 청구법인이 신고한OOO으로 기재되어 있는 점,

조사청은 OOO가 쟁점양수자산을 취득한 가액을 확인할 수 있는 장부 등 객관적 증빙이 없다 하여 매출가격환원법을 적용하여 쟁점양수자산의 취득가액을 산정하였으나, 「법인세법 시행령」 제74조 제1항 및 제4항에서 법인이 재고자산의 평가방법을 매출가격환원법 등으로 신고하지 아니하면 선입선출법에 의하여 재고자산을 평가한다고 규정하고 있는데, 청구법인은 재고자산의 평가방법을 별도로 신고하지 아니한 점,

이 건 수출계약이 수정됨에 따라 당초 공급가액(내국신용장 발행금액)이 OOO으로 변경되었고, 청구법인도 이에 따라 2012년 제1기 부가가치세 확정신고시 쟁점양수자산의 영세율 과세표준을 OOO으로 신고한 것으로 나타나며, 청구법인은 양수도기준일(2012.4.30.) 당시 이미 내국신용장이 발급(2012.3.29.)되어 계약금액이 확정된 상태에서 계약당사자로서의 지위를 그대로 승계받은 것으로 보이므로 그 계약금액을 취득당시 시가로 볼 수 있는 점 등에 비추어 조사청이 쟁점양수자산의 취득가액을 산정할 수 없는 상황에서 임의로 매출가격환원법을 적용하여 그 가액을 OOO으로 산정함은 잘못이 있다 할 것이므로, 처분청은 쟁점양수자산의 취득가액을 최종수출가액인 OOO으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 처분청 평가금액 OOO과의 차액 OOO을 소득금액변동통지에서 제외함이 타당하다고 판단된다.

다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 조사청은 청구법인의 회계감사인이 2015사업연도 재고자산 부분에 대하여 ‘한정의견’을 제시하였고, 2015사업연도 기말재고와 2014사업연도 기말재고 간에 37배 이상의 차이를 보이는 점 등에 비추어 쟁점기말재고가 과소계상된 것으로 보아 당초 청구법인이 계상한 기말재고에 각 사업연도말 계정별원장, 분개장 및 매입세금계산서 등에 의하여 확인되는 원재료 매입액을 합산하여 쟁점기말재고를 산정하였으나, 청구법인은 월합계 세금계산서를 수취하고 있어서 단순히 각 사업연도말 세금계산서상 매입액이 재고상태로 그대로 남아 있다고 추정하기에는 그 과세근거가 부족한 점,

청구법인은 임가공업체로부터 입고된 부품 등을 조립과정을 통하여 완제품을 생산하여 즉시 출고하는 형태로 운영되고 있어서 실제 볼트와 같이 규격화된 것 외에는 재고자산으로 보유하고 있지 아니하여 재고수불부 등을 작성할 필요가 없고, 공장신축 등으로 금융기관 차입금이 과다한 청구법인 입장에서는 기말재고를 과소계상할 이유가 없다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점기말재고를 과소계상한 것으로 보아 그 차액을 익금산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 시내·외를 불문하고 출장시에 유류대, 식대, 교통비 및 숙박비 등 실제 소요된 경비를 정산하여 지급하고 있음에도 추가로 매월 OOO 상당의 쟁점자가운전보조금을 지급하고 있으므로 이는 비과세 근로소득에 해당하지 아니한다는 의견이나, 청구법인은 근로소득으로 본 쟁점자가운전보조금은 시내출장에 따른 여비 대신 지급받는 것으로 「소득세법 시행령」 제12조 제3호에 따른 비과세소득에 해당하고, 지출증빙이 확인되는 실비변상 정도의 시외출장 여비도 같은 호에 따른 비과세소득에 해당함에도 처분청이 시외출장비에 대하여는 실비변상 성격의 금액으로 인정한 반면, 시내출장비에 해당하는 쟁점자가운전보조금은 과세대상 급여로 보아 이 건 근로소득세를 과세한 처분은 부당하고 주장하고 있는바, 청구법인이 지출증빙을 갖추어 지급을 청구하는 시외출장비와 별도로 시내출장에 소요된 경비를 출장여비 지급에 관한 규정에 따라 자기 소유차량 기준을 갖춘 상태에서 자가운전보조금 명목으로 지급하고 있고, 시내·외를 구분하지 아니하고 모든 출장에 대하여 월 OOO을 지급함으로써 출장비 정산을 갈음하는 것은 상대적으로 많은 비용이 소요되는 시외출장을 감안하면 자가운전보조금 지급의 적용범위를 시내출장으로 제한하는 것이 현실에 부합하다 할 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점자가운전보조금을 과세소득으로 보아 청구법인에게 근로소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.