대체취득에 따른 취득세 등의 과세표준으로서 그 초과액을 사실상 취득가액이 아닌 시가표준액으로 산정하는 것이 적정한지 여부(경정)

처분청이 청구인에게 2006.3.8. 신고 및 납부받은 취득세 1,213,390원, 농어촌특별세 606,670원, 등록세 1,213,390원, 지방교육세 242,670원, 합계 3,276,120원을 취득세 1,030,030원, 농어촌특별세 309,000원, 등록세 1,030,030원, 지방교육세 412,000원, 합계 2,781,060원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 ○○○○지구 임대아파트 건설사업지구로 편입되어 수용된 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 143번지외 2필지 1,210㎡ 중 5분의1 지분 242㎡ 및 그 지상건축물 2개동중 2분의1 지분 189.89㎡(이하 “이 사건 수용부동산”이라 한다)에 대하여 2006.11.10. 총 보상금액 423,524,960원중 212,300,000원을 수령함과 동시에 주택재건축조합 조합원 소유지분 같은 시 ○○구 ○○동 205번지외 3필지 54.7208㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 경매로 위 수령금액으로 대체취득하므로 그 산정기준을 사실상 취득가액으로 보아 초과액이 없자 취득세 등을 비과세 하였고, 또한, 청구인이 2007.2.8. 조합원으로부터 같은 시 ○○구 ○○동 411번지 ○○○○○○ 아파트 304동 901호 120.14㎡(이하 “이 사건 공동주택”이라 한다)를 대체취득하자 이를 개인간 거래로 보아 그 산정기준을 시가표준액으로 함으로서 이 사건 공동주택의 시가표준액(170,095,080원)에서 이 사건 수용부동산의 시가표준액(157,223,636원)에 총보상금중 금회 수령액 131,337천원에 대한 비율(0.3101)을 곱하여 산출한 건축물 부분에 대한 시가표준액(48,755,759원)을 차감한 가액(121,339,321원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율 및 같은 법 제273조의 2의 감면 규정을 적용하여 산출한 취득세 1,213,390원, 농어촌특별세 606,670원, 등록세 1,213,390원, 지방교육세 242,670원, 합계 3,276,120원을 2007.3.8. 신고납부하였고, 그 후 2007.5.1. 청구인이 이의신청을 하자 그 결정기관은 2007.6.19. 청구인이 나머지 보상잔금 79,887,960원을 수령하자 이 사건 수용부동산중 건축물 부분의 시가표준액을 상기와 같은 산정방식 중 금회 수령액을 총보상금으로 나눈 비율(0.3101)을 총보상금에서 토지경락대금을 차감한 잔액에 총보상금을 나눈 비율(0.4987)로 수정적용하여 산출한 시가표준액(91,682,804원)을 과세표준으로 관련세율을 적용하여 산출한 취득세 916,820원, 농어촌특별세 458,400원, 등록세 916,820원, 지방교육세 183,360원, 합계 2,475,400원으로 2007.6.27. 경정결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 주택재건축사업 조합원의 토지지분을 법원경매에 의하여 212,300천원에 2006.11.10. 경락취득한 후 위 조합원이 분양받게 될 이 사건 공동주택중 건축물 신축부담금 131,337,000원을 시공회사인 ○○건설(주)에 2006.12.5. 등에 직접 납부하였으나, 이 사건 공동주택이 준공한 이후이므로 부득이 당초 조합원 명의로 소유권보존등기와 동시에 청구인에 소유권이전등기를 경료한 것일 뿐이고, 실제는 청구인이 시공회사에서 정한 분양가액을 납부한 것이므로 사실상 취득가액에 해당하는데도 시가표준액에 미달된다는 이유로 이를 인정하지 아니한 것이 부당하며, 설령, 이 사건 공동주택에 대한 과세표준을 정함에 있어서 시가표준액을 기준으로 하는 것이 맞는다고 하더라도, 이 사건 공동주택에 대한 시가표준액 170,095,080원에는 토지가액과 건축공사비가 합산된 것이라면, 청구인은 경락받은 이 사건 공동주택의 토지지분의 가액이 212,300,000원이므로 이것 자체로도 위 시가표준액을 초과하였을 뿐만 아니라, 이 사건 공동주택과 동일한 일반분양용 아파트의 분양가액 318,700,000원 및 시공회사가 산정한 신축공사비 조합원부담금 131,337,000원 및 경락금액 212,300,000원은 모두 공증된 가액임이 틀림없고 이러한 공증된 금액에 의하여 산정된 취득가액은 이 사건 수용부동산의 보상금액에 미달되므로 대체취득 비과세대상이라고 주장하면서 이 사건 신고 및 납부처분의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대체취득에 따른 취득세 등의 과세표준으로서 그 초과액을 사실상 취득가액이 아닌 시가표준액으로 산정하는 것이 적정한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제109조제1항에서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」·「도시계획법」·「도시개발법」 등 관계법령의 규정에 의하여 토지등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자( 「관광진흥법」 제55조제1항의 규정에 의한 조성계획의 승인을 얻은 자 및 「농어촌정비법」 제30조의 규정에 의한 농어촌정비사업시행자를 포함한다)에게 부동산(선박·어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 동법 제78조제1항 내지 제4항 및 제81조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(「관광진흥법」에 의한 조성계획고시일 및 「농어촌정비법」에 의한 개발계획고시일을 포함한다)이후에 대체취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 부가능한 경우에는 취득이 가능한 날을, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조제2항의 규정에 의하여 보상금을 채권으로 지급받는 경우에는 채권상환기간만료일을 말한다)부터 1년이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산등을 취득한 때(건축중인 주거용부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니하지만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법등은 대통령령으로 정한다고 하고, 같은 법 제111조제2항에서 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의하나, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 하며, 같은 조제5항에서 그 제4호의 공매방법에 의한 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 하고, 같은 법시행령 제79조의3제1항에서 법 제109조제1항 단서의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 방법은 다음 각호와 같다고 하면서 그 제1호에서 부동산등의 대체취득이 법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 사실상의 취득가격에서 매수·수용·철거된 부동산등의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다고 하며, 그 제2호에서 부동산등의 대체취득이 법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 시가표준액(법 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다)에서 매수·수용·철거된 부동산등의 매수·수용·철거 당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 2006.11.29. 대한주택공사 ○○지역본부장이 발급한 이 사건 수용부동산에 대한 토지수용확인서에서 이 사건 수용부동산은 ○○○○○○○지구 임대아파트건설사업구역에 편입되어 423,524,960원으로 보상금이 책정된 사실 및 이 사건 공동주택을 대체취득물건으로 되어 있고, 2006.6.30.에 212,300천원을, 같은 해 11.10.에 131,337천원을 2007.6.19.에 나머지 잔금 79,887,960원을 각각 수령하였으며, 2006.11.30. ○○지방법원 ○○지원이 발급한 부동산경매(2005타경○○○○○)매각대금완납증명원에서 ○○○이 소유하고 있는 같은 시 ○○구 ○○동 205번지 22.1305㎡ 및 같은 동 206번지 7.365㎡ 및 같은 동 13.7322㎡ 및 같은 동 11.8215㎡에 대하여 청구인은 최고가 낙찰자로서 매각대금 212,300천원을 2006.11.10. 완납한 사실이 기재되었고, 2006.12.5. ○○건설(주)이 발급한 청구인에 대한 분양대금 납입확인서에서 분양대금 131,337,000원을 2004.8.12.부터 2006.7.31.까지 총 9차에 걸쳐 분할납부하도록 되어 있는 것을 청구인이 2006.11.27. 및 2006.12.5. 전액 납부한 것으로 되어 있으며, 2007.3.8. 이 사건 공동주택은 ○○○으로 소유권보존등기경료한 다음 청구인은 2007.1.29. ○○○으로부터 매매로 취득함을 등기원인으로 소유권이전등기를 경료하였고, 2006.7.27. 이 사건 공동주택이 준공인가되므로 집합건축물대장 명의를 ○○○으로 등재되었으며,이 사건 수용부동산의 시가표준액은 총 157,223,636원으로 그 중○○동 143번지상 건축물은 66,860500원 및 ○○동 143-1번지상 건축물은 231,336원으로 평가하였고, 1996.1.31.부터 2006.11.30.까지 청구인은 같은 시 소사구 ○○동 143번지로 주민등록이 되어 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 조합원 토지지분과 공동주택을 분양받은 권리를 경락으로 취득하였고, 이에 따라 시공회사가 정한 이 사건 공동주택에 대한 조합원분담금액을 본인이 직접 납부하였으므로 이는 법인장부상 입증되는 사실상 취득가액으로서 보상금 수령금액에 초과되지 않는다고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제109조제1항 및 같은 법 제79조의3제1항 등에서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 수용되어 당해 사업인정고시일이후에 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년이내에 대체할 부동산의 취득에 대하여 취득세를 부과하지 아니하지만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과한다고 하면서 그 산정기준은 법 제111조제5항의 사실상 취득가액에 해당되는 경우는 보상금액으로, 그렇지 아니한 경우는 시가표준액으로 한다고 하고 있는 바, 청구인의 경우, 2006.11.29. 관할공사에 발급한 토지수용확인서에서 이 사건 수용부동산에 대한 보상금이 423,524,960원으로 책정된 사실 및 이 사건 공동주택을 대체취득물건으로 되어 있고, 2006.6.30.에 212,300천원을, 같은 해 11.10.에 131,337천원을 각각 수령하였으며(2007.6.19. 나머지 잔금 79,887,960원을 수령), 2006.11.30. 관할법원이 발급한 매각대금완납증명원에서 ○○○이 소유하고 있는 이 사건 토지에 대하여 청구인은 2006.11.10. 매각대금 212,300천원을 완납한 사실이 기재되어 있고, 2006.12.5. 시공회사가 발급한 분양대금 납입확인서에서 청구인은 분양대금 131,337,000원을 2006.11.27. 및 2006.12.5. 전액 납부한 것으로 되어 있으며, 2007.3.8. 이 사건 공동주택은 ○○○으로 소유권보존등기경료한 다음 청구인은 ○○○으로부터 소유권이전등기를 경료하였고, 한편, 2006.7.27. 이 사건 공동주택이 준공인가되므로 집합건축물대장 명의를 ○○○으로 등재되었으며, 1996.1.31.부터 2006.11.30.까지 청구인은 같은 시 ○○구 ○○동 143번지로 주민등록이 되어 있는 사실을 종합하여 볼 때, 청구인은 이 사건 토지를 경락으로 취득하였으므로 지방세법 제111조제5항에 의한 사실상 취득가액에 해당되어서 이 사건 수용부동산의 보상금액으로 그 대체취득의 초과액 산정기준을 삼은 것은 적법하다고 하겠으나 이 사건 공동주택은, 비록 청구인이 이 사건 토지와 이 사건 공동주택을 분양받을 권리를 경매로 취득하였으므로 이 사건 공동주택에 대한 조합원부담 건축비분담금액을 시공회사에 직접납부하였다고 하더라도, 2006.7.27. 준공인가되어 같은 날 조합원인 매도인으로 공부상 대장에 등재되었고, 청구인이 이 사건 토지 등을 경매로 취득한 시점은 2006.11.10.일 뿐만 아니라 이 사건 공동주택에 대한 잔금 납부일도 같은 해 12.25.이므로, 관련 법령상 유상취득의 경우 그 취득시기는 잔금을 완납할 때로 본다는 규정에 비추어, 매도인인 조합원이 이미 취득한 이 사건 공동주택을 조합원 개인으로부터 청구인이 취득한 것으로 보아야 할 것이고, 그러므로 이는 개인간 거래로서 대체취득 초과액 산정기준을 관련 법령상 사실상 취득가액이 아닌 시가표준액으로 하여야 할 것으로서, 처분청은 이 사건 공동주택의 시가표준액은 170,095,080원(이 가액은 대지권 가액 59,268,510원이 제외되었으므로 청구인이 토지가액이 포함되었다는 주장은 받아들일 수 없다고 하겠음)으로, 이 사건 수용부동산중 건축물 부분의 시가표준액은 이 사건 수용부동산의 시가표준액(157,223,636원)에 2006.11.10. 수령한 보상금액을 총보상금액(423,524,960원)을 나눈 비율을 곱한 가액 48,755,759원으로 각각 산정하므로 양자간 121,339,321원의 초과액이 발생하여 이를 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부받았으나 당초 처분청에서 이 사건 수용부동산중 이 사건 토지의 시가표준액은 90,131,800원으로, 그 중 건축물 부분의 시가표준액은 67,091,836원으로 각각 산정하였으므로 후자의 시가표준액 및 이 사건 공동주택의 시가표준액을 비교하면 양자간의 초과액 103,003,244원이 발생하여서 이를 과세표준으로 취득세 등을 신고납부받아야 하는데도, 2007.6.27. 이의신청 결정기관에서 이 사건 수용부동산중 건축물 부분의 시가표준액을 총보상금에서 토지경락대금을 차감한 잔액에 총보상금을 나눈 비율(0.4987)로 수정적용하여 산출한 가액(91,682,804원)으로 그 초과액을 산정한 다음 취득세 등을 경정결정한 것을 불문으로 하더라도, 그 초과액을 121,339,321원으로 하여 취득세 등을 신고납부받은 처분은 잘못이 있다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 11. 26.

행 정 자 치 부 장 관

참조조문

-공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

-공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 제2항