[사건번호]조심2011지0257 (2012.10.10)

[세목]취득[결정유형]경정

[결정요지]이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 하는 과정에서 매입한 국민주택채권 매각손실금액은 이 건 토지를 취득한 후 등기하는 과정에서 발생된 비용으로서 이 건 토지의 취득세 및 등록세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다 할 것이고, 청구법인이 이 건 토지를 취득하는 과정에서 청구법인이 대리납부한 부가가치세 또한 취득세 등의 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다 할 것임.

[관련법령] 지방세법 제111조 및 제130조, 같은 법 시행령 제82조의3

처분청이 2010.11.15. 청구법인에게 한 취득세 OOO, 농어촌특별세OOO,OOOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO원의 부과처분은 과세표준에 포함된 토지의 부동산 등기시 매입한 국민주택채권 처분손실금액 및 대리납부한 부가가치세액을 취득세 및 등록세 등의 과세표준에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2008.12.30. OOO 등 토지 83,165.8㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 2009.1.22. OOO 소재 주상복합건축물 531,670.28㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 취득하고 취득세 등을 신고납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 건축물에 대한 취득세 등을 신고납부하면서 채권처분손실금액 등 OOO을 취득세 등의 과세표준에서 누락한 사실과 이 건 토지에 대한 취득세 등을 신고납부하면서 감정평가수수료, 채권처분손실금액 등 OOO을 취득세 등의 과세표준에서 누락한 사실을 확인하고, 2010.11.15. 누락가액에 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 토지의 취득과 관련하여 외국법인으로부터 용역을 제공받고 해당 부가가치세를 징수하여 청구법인이 대리납부한 부가가치세액은 취득세 과세표준에 포함되지 아니함에도 취득세 및 등록세 과세표준에 산입한 이 건 취득세 등의 부과처분은 위법하다.

(2) 청구법인이 이 건 토지 및 건축물을 취득하고 등기 등을 하는 과정에서 주택법 제69조 및 같은 법 시행령 제91조에 의거하여 국민주택채권을 매입한 후, 해당 국민주택채권을 처분함에 따라 채권처분손실이 발생하였으며, 처분청이 채권처분손실액을 이 건 토지 및 건축물의 취득세 등의 과세표준에 산입하여 취득세 등을 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

이 건 취득세 등을 과세하면서 부가가치세는 취득세 과세표준에 포함되어 있지 아니하며, 국민주택채권 매각차손은 주택법에서 주택을 건설 공급하고자 하는 자는 국민주택채권 매입을 의무화 하도록 되어 있고, 국민주택채권매입비용은 취득에 따른 간접비용으로 취득세 과세표준에 포함되며, 부동산 취득시점에 그 채권을 매각한 경우에는 매각차손만을 취득에 따른 간접비용으로 보는 것이 타당하므로 이 건 과세처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 대리납부한 부가가치세액, 토지 등기시 매입한 국민주택채권 매각손실금액 및 건축허가시 매입한 국민주택채권 매각손실금액이 취득세 및 등록세 과세표준에 포함되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)

제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

제130조(과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.

③ 제111조 제5항 및 제6항에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 제111조 제5항 및 제6항에 따른 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다.다만, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)지방세법 시행령(2009.5.6. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것)

제82조의3(취득가격의 범위) ① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

제99조의 2(과세표준액의 적용) ① 법 제130조 제3항 단서 규정에 의하여 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 변경된 가액을 과세표준액으로 할 경우에는 등기·등록일 현재의 법인장부 또는 결산서 등에 의하여 입증되는 가액을 과세표준액으로 한다.

(3) 구 부가가치세법(2009.4.1. 법률 제9617호로 개정되기 전의 것)

제34조(대리납부) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 용역의 공급을 받는 자(공급받은 당해 용역을 과세사업에 공하는 경우를 제외한다)는 그 대가를 지급하는 때에 부가가치세를 징수하고 제18조 제4항 및 제19조 제2항의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 또는 주소지 관할세무서장에게 납부하여야 한다.

1. 「소득세법」 제120조 또는 「법인세법」 제94조의 규정에 의한 국내사업장(이하 이 조에서 "국내사업장"이라 한다)이 없는 비거주자 또는 외국법인

2. 국내사업장이 있는 비거주자 또는 외국법인 (비거주자 또는 외국법인의 국내사업장과 관련없이 용역을 제공하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에 한한다)

② 제1항의 경우에 용역의 공급을 받은 자가 동항의 규정에 의하여 부가가치세를 사업장 또는 주소지 관할세무서장에게 납부하지 아니한 때에는 사업장 또는 주소지 관할세무서장은 그 납부하지 아니한 세액에 그 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산하여 국세징수의 예에 의하여 징수한다.

(4) 구 부가가치세법 시행령(2009.5.8. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것)

제85조(대리납부) ① 법 제34조 제1항에 따라 징수한 부가가치세는 다음 각 호의 사항을 기재한 부가가치세대리납부신고서와 함께 이를 징수한 사업장 또는 주소지 관할세무서장에게 납부하거나 「국세징수법」에 의한 납부서에 부가가치세대리납부신고서를 첨부하여 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

1. 용역공급자의 상호·주소·성명

2. 대리납부하는 사업자의 인적사항

3. 공급가액 및 부가가치세액

4. 기타 참고사항

(5) 주택법(2009.1.30 법률 제9366호로 개정되기 전의 것)

제67조 (국민주택채권의 발행 등) ① 정부는 국민주택사업에 필요한 자금을 조달하기 위하여 국민주택기금의 부담으로 국민주택채권을 발행할 수 있다.

② 제1항의 국민주택채권은 국토해양부장관의 요청에 의하여 기획재정부장관이 발행한다.

③ 국민주택채권에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「국채법」을 적용한다.

④ 국민주택채권의 종류·이율, 발행의 방법·절차 및 상환과 발행사무취급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제68조 (국민주택채권의 매입) ① 다음 각호의 1에 해당하는 자중 대통령령이 정하는 자는 국민주택채권을 매입하여야 한다.

1. 국가 또는 지방자치단체로부터 면허·허가·인가를 받거나 등기·등록을 신청하는 자

2. 국가·지방자치단체 또는 「정부투자기관 관리기본법」 제2조의규정에 의한 정부투자기관과 건설공사의 도급계약을 체결하는 자

3. 이 법에 의하여 건설·공급하는 주택을 공급받는 자

② 제1항의 규정에 의하여 국민주택채권을 매입하는 자의 매입금액과 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(6) 주택법시행령(2009.2.3. 대통령령 제21290호 개정되기 전의 것)

제95조(국민주택채권의 매입) ① 법 제68조의 규정에 의하여 제1종 국민주택채권을 매입하여야 하는 자와 그 매입기준은 별표 12와 같다.

② 국가 또는 지방자치단체의 장이 별표 12에 규정된 면허·허가 또는 인가를 하거나 등기 또는 등록을 하게 하는 경우 및 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관이 건설공사의 도급계약을 체결하는 때에는 그 상대방에게 제1종 국민주택채권을 매입하게 하여야 한다. 이 경우 국토해양부령이 정하는 바에 의하여 매입의무자의 매입사실을 확인하여야 한다.

③ 제1종 국민주택채권의 매입에 관하여 필요한 사항은 이 영에 규정된 것외에는 국토해양부장관이 기획재정부장관과 협의하여 정한다.

④ 법 제68조의 규정에 의하여 국토해양부장관은 주거전용면적이 85제곱미터를 초과하는 분양가상한제 적용주택을 공급받고자 하는 자에 대하여 제2 종국민주택채권을 매입하도록 할 수 있다. 이 경우 제2항 후단의 규정은 제2종 국민주택채권의 매입사실 확인에 관하여 이를 준용하며, 제2종 국민주택채권의 매입기준·매입절차 및 매입의 효력 등에 관하여는 국토해양부령으로 정한다.

주택법시행령 [별표 12]국민주택채권매입대상 및 금액표

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2008.12.30. OOO 등 토지 83,165.8㎡를 OOO으로부터 취득한 후 취득세 등 OOO을 신고납부하였고, 2008.12.30. 위의 토지를 청구법인 명의로 등기하였다.

(나) 청구법인은 2009.1.22. OOO 소재 주상복합건축물 531,670.28㎡를 취득하고, 취득세 등을 신고납부하였다.

(다) 처분청은 청구법인이 이 건 건축물에 대한 취득세 등을 신고납부하면서 채권처분손실비용 등 OOO을 취득세 등의 과세표준에서 누락한 사실과 이 건 토지에 대한 취득세 등을 신고납부하면서 감정평가수수료, 채권처분손실비용 등 OOO을 취득세 등의 과세표준에서 누락한 사실을 확인하고 2010.11.15. 이 건 취득세 등을 부과고지 하였다.

<표 1> 취득세 등의 과세표준 누락내용

(라) 처분청은 청구법인이 매입한 채권은 국민주택채권으로 건축물분은 이 건 건축물의 건축허가시 매입하였고, 토지분은 이 건 토지의 부동산 등기시 매입한 것을 확인하였다.

(마) 청구법인이 2008.4.25. OOO에게 신고한 부가가치세대리납부신고서에 의하면 청구법인은 외국법인으로부터 용역을 제공받고 부가가치세 OOO을 대리납부 신고한 것으로 되어 있다.

(2) 쟁점사항에 대해 살펴본다.

(가) 구 지방세법 제111조 제5항의 규정에 의하면 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득은 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제130조 제3항의 규정에 의하면 제111조 제5항 및 제6항에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 제111조 제5항 및 제6항에 따른 사실상의 취득가액을 등록세 과세표준으로 하되, 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제82조의3 제1항의 규정에 의하면 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)]을 포함토록 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 처분청은 이 건 토지 취득과 관련하여 청구법인의 장부에 토지매입 부대비용 대리납부세액 OOO이 기장되어 있음에 따라 이 금액도 이 건 토지의 취득세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 취득세 등을 과세하였으나, 청구법인이 2008.4.25. OOO에게 신고한 부가가치세대리납부신고서에 의하면 청구법인은 외국법인으로부터 용역을 제공받고, 구 부가가치세법(2009.4.1. 법률 제9617호로 개정되기 전의 것) 제34조 제1항의 규정에 따라 외국법인이 납부하여야 할 부가가치세 OOO을 징수하여 세무서에 신고하였음이 확인되므로 이 금액은 청구법인이 외국법인으로부터 용역을 제공받고 지급한 대가에 대한 부가가치세에 해당하여 구 지방세법 시행령 제82조의3 제1항의 규정에 따라 취득세 등의 과세표준에서 제외되는 것이 타당함에도, 처분청은 사실관계를 오인하여 이 금액을 이 건 토지의 취득세 등의 과세표준에 포함하여 취득세 등을 과세한 잘못이 있는 것으로 판단된다.

또한, 처분청이 제출한 취득세 등의 과세내용에 의하면 청구법인이 이 건 건축물의 건축허가시 매입한 국민주택채권 매각손실금액 및 이 건 토지의 등기시 매입한 국민주택채권 매각손실금액이 취득세 등의 과세표준에 포함되어 있음이 확인되고 있으나, 이 건 건축물의 건축허가시 매입한 국민주택채권 매각손실금액은 이 건 건축물의 취득시기 이전에 이 건 건축물의 취득을 위하여 소요되는 금액에 해당하므로 이 건 건축물의 취득세 등의 과세표준에 포함되는 것이 타당하고, 이 건 토지 등기시 매입한 국민주택채권 매각손실금액은 이 건 토지를 취득한 후 등기하는 과정에서 발생된 비용인 이상, 이 건 토지의 취득세 및 등록세 과세표준에 포함되지 않는 것으로 보는 것이 타당하다.

따라서, 처분청이 대리납부 부가가치세액과 토지 등기시 매입한 국민주택채권 매각손실금액을 취득세 등의 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 일부 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호·3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.