쟁점금액의 세금계산서를 토지의 자본적 지출에 관련된 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부(경정)

OO세무서장이 2010.10.12. 청구인에게 한 2010년 제1기 부가가치세13,450,670원은 청구인이 수취한 153,268,802원의 매입세금계산서 중 100,550,000원은 건축·구축물 등과 관련된 지출로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 추가로 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.9.18.부터 OOO OOO OOOO OOO동 839-2에서 지류인쇄가공 등 제조업을 영위하는 사업자로서, 사업장 이전을 위하여 2010.5.25. OOO OOO OOO OO리 690-4 외 2필지 4,991㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 공장을 신축(이하 “쟁점공사”라 한다)하면서 공급가액 153,268,802원의 매입세금계산서를 수취하여 2010.7.26. 동 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 2010년 제1기 부가가치세 확정신고를 하였다.

나. 처분청은 2010.8.23. 부가가치세 환급현지확인 결과 청구인이 쟁점공사와 관련하여 수취한 153,268,802원의 매입세금계산서 중에서 120,084,620원은 토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아 2010.9.6. 청구인에게 2010년 제1기 부가가치세 13,450,670원을 과세한다는 과세예고통지를 하였다.

이에 청구인은 2010.10.5. 과세전적부심사를 청구하였으나, 처분청은청구인의 과세전적부심사 결정서 수령일(2010.11.4.) 전인 2010.10.12. 청구인에게 2010년 제1기 부가가치세 13,450,670원을 경정·고지한 후,2010.11.3. 직권으로 2010년 제1기 부가가치세 1,341,600원을 경정감하고, 2010.11.5. 환급세액 2,695,810원을 위 경정·고지세액에 충당하였으며, 청구인은 재경정 및 환급충당 후의 무납부 금액에 가산금 403,520원을 포함한 9,816,780원을 2010.11.30. 납부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 주위적 청구

처분청이 토지의 자본적 지출로 본 108,084,620원(환급현지확인시 부인한 120,084,620원에서 12,000,000원을 직권으로 감액경정) 중에서 100,550,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 바닥 콘크리트공사, 배수공사, 옹벽공사, 진입도로 포장공사 등과 관련된 측량비, 중장비 사용료 등이므로 이를 토지의 자본적 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

(2) 예비적 청구

쟁점금액은 토지조성과 공장건물 및 구축물 등에 공통으로 관련되어 그 실지귀속이 구분되지 않으므로 「부가가치세법 시행령」제61조(매입세액의 안분계산)에 따라 매입세액을 안분계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 주위적 청구

2010.8.23. 청구인에 대한 부가가치세 환급현지확인 결과, 2010년 8월 초부터 지하층이 없는 바닥기초공사가 이루어지고 있었고, 옹벽 및 건축을 위하여 사용하였다고 주장하는 중기사용료(80,550,000원)는 지대가 낮은 부분을 메우는 공사에 사용된 것이며, 석축 및 진입도로 포장공사와 관련된 세금계산서는 5,916,000원을 수취하여 정상적으로 매입세액을 공제받았고, 다른 건축을 위한 공사가 없었으므로 쟁점금액을 토지와 관련된 것으로 보아 동 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 예비적 청구

주위적 청구에서 보는 바와 같이 쟁점금액은 토지와 관련된 금액임이 확인되므로 안분계산 대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점금액의 세금계산서를 토지의 자본적 지출에 관련된 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부

② 쟁점금액 관련 매입세액을 「부가가치세법 시행령」제61조(매입세액의 안분계산)에 따라 안분계산하여야 하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점금액의 세금계산서를 토지의 자본적 지출에 관련된 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부에 대하여 본다(쟁점①).

(가) 처분청의 부가가치세 환급현지확인 보고서(2010.8.23.)에는 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 중에는 토지의 형질변경을 위한 측량, 경계복원, 토지메우기 및 정지작업, 옹벽설치공사 등이 이루어졌는 바, 측량, 경계복원 및 대지 조성공사와 관련된 120,084,620원은 토지와 관련된 것으로 관련 매입세액은 불공제 대상이고, 옹벽설치공사 및 건축설계비와 관련된 33,184,180원에 대한 매입세액은 공제하는것이 타당하다고 기재되어 있으며, 과세전적부심사결정서(2010.10.29.)에는 위 120,084,620원 중에서 설계용역비 12,000,000원에 대하여 추가로 관련 매입세액을 공제하는 것으로 기재되어 있다.

(나) 쟁점금액의 거래내용, 처분청 의견 및 청구주장은 아래 <표1>와 같다.

OOOOOOOOOO (OO O OO)

(다) 청구인의 세무대리인인 세무사 김OO은 「국세기본법」제58조 및 같은 법 시행령 제47조의 규정에 의한 의견진술(2011.4.5.)을 통하여2010년 상반기에 신축건물의 바닥공사는 완료된 상태였고현재 공정은 90%정도로 2011년 5월에 준공예정이며, 쟁점금액의 세금계산서는 바닥 콘크리트공사, 배수공사, 옹벽공사, 진입도로 포장공사 등에 소요된 장비사용료 등이므로 이를 토지의 자본적 지출로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 진술하였다.

(라) 청구인은 쟁점금액은 토지와 관련된 것이 아니라 쟁점토지 지상에1,394㎡ 공장을 신축하는 것과 관련된 것이라고 주장하면서,당시 건축물 바닥 콘크리트 공사가 진행중이고, 옹벽공사가 완료되었으며, 배수공사 및 흄관공사 등이 완료된 것으로 나타나는 사진 12매(2010.8.26. 촬영), 쟁점토지 지상에 8개동 1,394㎡ 건물을 신축하는 것으로 기재되어 있는 건축신고필증(OOOO OOOOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO),신고일부터 1년 이내에 공사에 착공하도록 기재되어 있는 건축신고(신축)수리 공문(OOOOOOOO, OOOOOOOOOO),쟁점금액과 관련된 장비가 건축공사 등과 관련된 것으로 나타나는 건설장비 사용 운행일지, 중장비 사업자의 사실확인서 등을 제시하고 있다.

(마) 살피건대, 처분청은 쟁점금액을 토지와 관련된 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 과세하였으나, 청구인이 2010.8.26. 촬영한 사진에는 건축물 바닥 콘크리트 공사가 진행중이고, 옹벽공사가 완료되었으며, 배수공사 및 흄관공사 등이 완료된 것으로 나타나는 바, 건축물 바닥 콘크리트 공사는 콘크리트 양생기간 등의 상당한 시간이 소요되고, 옹벽공사, 배수공사 및 흄관공사 등은 일반적으로 건축물 공사 이전에 이루어지는 점 등을 고려하면 청구인이 제시한 사진상의 공사는 적어도 2010년 상반기에 이루어진 것으로 보이고,건축신고필증,건축신고(신축)수리 공문 및 청구인의 의견진술 등에 의하면 2010년 상반기에 쟁점공사가 착공되어 심리일 현재 건물이 거의 완공단계에 이른 것으로 보이며,청구인이 제시한 건설장비 사용 운행일지, 중장비 사업자의 사실확인서 등에 의하면 쟁점금액과 관련된 장비는 건축공사 등에 사용된 장비로 확인되는 점 등을 종합하면, 쟁점금액의 세금계산서는건축·구축물 관련 세금계산서로 보이므로 청구인이 수취한 153,268,802원의 매입세금계산서 중 결국 처분청이 토지와 관련된 지출로 보아 관련 매입세액을 불공제한 108,084,620원 중에서 쟁점금액(100,550,000원)은 건축·구축물 등과 관련된 지출로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 추가로 공제하여 그 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

(2) 청구인의 예비적 청구(쟁점②)는 위 (1)에서 주위적 청구가 인용되었으므로 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례