[사건번호]조심2012서1864 (2012.09.14)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]10.12.27. 개정된 조세특례제한법 제77조는 그 부칙 제25조에 따라 공포일(10.12.27.)이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용되는 것인바, 09년에 공익사업시행자로 지정되기 전의 사업자에게 양도한 쟁점토지에 대하여 동 개정법령을 적용하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제77조

[참조결정]조심2012서1865

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.4.17. 경기도OOO 답 1,652.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO에 취득한 후 2009.4.4. 주택건설사업자인 주식회사 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 OOO억원에 양도하였고, 양도소득세 예정신고시 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 세율 35%를 적용하여 양도소득세OOO원을 신고·납부하였으며, 이후 쟁점토지가 소재한 지역이 아파트주택사업지구로 지정되어 2011.11.14. 사업인정고시가 되었고, 청구외법인이 사업시행자로 지정되었다.

나. 청구인은 쟁점토지가 「조세특례제한법」제77조에 의하여 공익사업용 토지로서 양도소득세 감면대상이며, 비사업용 토지에 해당하지 아니하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 사유로 2011.12.16. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점토지의 양도 당시 청구외법인은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에서 규정한 공익사업시행자로 지정을 받지 않았기 때문에, 위 감면규정 및 장기보유특별공제를 적용할 수 없다는 취지로 2012.2.11. 거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 과세당국은 그동안 「조세특례제한법」제77조에서 공익사업의 시행자에 대하여 “사업인가를 받은 사업시행자”라고 명백히 규정하고 있지 아니하다가, 2010.12.27. 위 조항을 개정하면서 “사업시행자로 지정 되기 전의 사업자에게 양도한 토지 중에 사업시행자로 지정된 때부터 소급하여 5년이내 양도한 토지”를 포함하도록 하였는바, 위 개정내용은 신설 규정이라기보다는 그 조항의 의미를 명확하게 한 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점토지의 양도시점인 2009년에도 같은 취지로 위 조항을 해석하여 양도소득세 감면을 적용하여야 한다.

(2) 「소득세법 시행령」제168조의14 제3항에 의하여「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지는 비사업용토지에 해당되지 아니하는 것인바, 쟁점토지는 2000.4.17. 취득한 것으로 2011.11.14. 사업인정고시가 되었으므로 장기보유특별공제 적용대상이다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제77조가 2010.12.27. 개정되어 사업시행자로 지정되기 전의 사업자에게 공익사업용 토지 등을 양도한 경우에도 일정 요건을 충족하면 양도소득세 감면을 적용받을 수 있도록 변경하였으나, 동 개정 규정은 부칙 제25조에 의하여 공포일(2010.12.27.)이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것인바, 쟁점토지의 양도시기는 2009.4.4.로서 종전 규정을 적용하여야 하는 것이므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

(2) 「소득세법 시행령」제168조의14 제3항 규정에 의거 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지일 경우 비사업용토지로 보지 아니하고 있으나, 위 규정은 사업시행자에게 양도한 경우에만 적용할 수 있어 본 건과 같이 사업시행자로 지정되기 전의 사업자는 위 규정에 해당하는 사업시행자로 볼 수 없으므로 비사업용토지로 보아야 하며, 따라서 장기보유특별공제 대상에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 법률」에서 규정한 공익사업의 사업시행자로 지정되기 전에 해당 사업자에게 토지를 양도한 경우

① 「조세특례제한법」제77조에 의한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부

② 비사업용토지에 해당하지 아니하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제77조【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시및주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 기타 법률에 의한 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우 당해 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세년도의 과세표준신고시 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 제1항 제1호의 규정에 의한 공공사업의 시행자가 사업시행의 인가등을 받은 날부터 3년이내에 당해 공익사업에 착수하지 아니하는 경우

2. 제1항 제2호의 규정에 의한 사업시행자가 대통령령이 정하는 기한내에 도시및주거환경정비법에 의한 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

(2) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되, 「보금자리주택 건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

②거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 "지정 전 사업자"라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2012년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다.이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다. <신설 2010.12.27.>

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항 또는 제2항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업에 착수하지 아니하는 경우

2. 제1항 제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

※부칙 제25조【공익사업용 토지등에 대한 양도소득세 감면에 관한 적용례】제77조 제2항, 제3항, 제5항 및 제9항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)심리자료에 의하면, 청구인이 쟁점토지를 2000.4.17. 취득한 후 2009.4.4. 청구외법인에게 양도하였으며, 쟁점토지가 소재한 지역이 아파트주택사업지구로 지정되어 2011.11.14OOO으로부터 사업인정고시가 되었고, 청구외법인이 사업시행자로 지정된 사실이 나타난다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다.

청구인은 「조세특례제한법」제77조가 2010.12.27. 개정되면서 “사업시행자로 지정되기 전의 사업자에게 양도한 토지 중에 사업시행자로 지정된 때부터 소급하여 5년 이내 양도한 토지”가 포함되었으며, 동 개정규정은 신설 규정이라기보다는 그 조항의 의미를 명확하게 한 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점토지의 양도시점인 2009년에도 같은 취지로 위 조항을 해석하여 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나,

위 조항은 공익사업시행자에게 부동산을 양도한 자에게 예외적으로 양도소득세를 부과하지 아니하도록 조세정책상 특혜를 주는 규정으로서 감면요건을 엄격하게 적용하여야 하는 것으로, 2010.12.27. 개정되면서 공익사업용 토지의 범위에 사업시행자 지정 전에 양도한 토지 중에 사업시행자로 지정된 때부터 소급하여 5년 이내 양도한 토지도 포함하도록 되었으나, 이는 부칙 제25조에 의하여 공포일(2010.12.27.)이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것이므로 2009년에 양도한 쟁점토지의 경우 이를 소급적용할 수 없다고 판단된다(조심 2012서1865, 2012.6.26., 같은 뜻임).

(3) 쟁점②에 대하여 본다.

본 건과 같이 사업시행자로 지정되기 전의 사업자에게 토지를 양도한 경우에는 「소득세법 시행령」제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) 제3항의 규정에 의한 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」등에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로 인정할 수 없으므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 적용을 배제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.