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[사건번호]
조심2009지0037 (2009.08.24)
[세목]
취득
[결정유형]
취소
[결정요지]
주무부처인 특허청에서도 청구법인을 기술진흥단체로 해석하고 있고 특허청의 위탁용역이 전체 사업수익의 대부분을 차지하고 있으므로 기술진흥단체로 봄이 타당함
[관련법령]
지방세법 제288조【사회단체 등에 대한 감면】 / 국세기본법 제81조【심사청구에 관한 규정의 준용】
[주 문]
청구법인이 2008.5.9. 이 건 부동산을 취득한 후 처분청에 신고납부한 취득세 508,030,000원, 등록세 508,030,000원, 지방교육세 101,606,000원, 농어촌특별세 50,803,000원, 합계 1,168,469,000원은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분 개요
가. 청구법인은 2008.5.9. 서울특별시 OOO OOO 146-2 외 4필지의 토지 2,199㎡와 그 지상 건축물 8,633.67㎡(이하 ‘이 건 부동산’이라 한다)를 취득하여 같은 날 과세표준을 25,401,500,000원으로 하고 「지방세법」 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 508,030,000원 및 지방교육세 101,606,000원을 신고납부한 후, 2008.6.9. 위 과세표준에 「지방세법」 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 508,030,000원 및 농어촌특별세 50,803,000원을 신고납부하였다.
나. 청구법인은 「지방세법」 제288조 제2항에 규정된 기술진흥단체에 해당되므로 신고납부한 취득세 등은 감면되어야 한다고 주장하며 2008.8.6. 이의신청을 거쳐 2008.12.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인의 정관 및 법인등기부 등본상 설립목적 및 목적사업의 구체적인 내용을 보더라도 청구법인이 기술진흥을 위하여 설립된 단체임이 명확하고, 실질적인 업무수행도 출원기술이 효과적으로 특허화 될 수 있도록 기술개발을 지원하고 있으며, 예산은 96% 이상이 기술진흥을 위한 사업에 직접적으로 지출되고 있고, 인적구성 및 설비자산 또한 기술진흥사업을 위해 적합하게 구성되어 있는바, 형식적인 요건 뿐만 아니라 실질직으로도 「지방세법」 제288조 제2항에 규정된 기술진흥단체에 해당되므로 이 건 부동산 취득과 관련된 취득세 등은 감면되어야 한다.
나. 처분청 및 서울특별시장의 의견
(1) 「지방세법」 제288조 제2항은 기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 및 등록세의 면제요건으로 국가로부터 허가 또는 인가를 받거나 「민법」 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 단체로 규정하고 있을 뿐 그 단체의 해당여부를 결정하는 판단요건은 별도로 규정한 것이 없는바, 동 규정에서 규정한 기술진흥단체라 함은 그 규정의 취지에 비추어 “과학 및 산업기술을 연구ㆍ개발하여 이를 보급하거나 지원하는 것을 주된 목적으로 하는 단체”를 의미하고, 과학 및 산업기술의 연구ㆍ개발 등이 그 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에서 정한 “기술진흥단체”에 해당한다고 볼 수 없으며, 어느 단체가 “기술진흥단체”에 해당하는지 여부는 단체의 명칭여하를 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행 상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다.
(2)청구법인의 경우 「민법」 제32조 및 「산업자원부장관 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제4조의 규정에 의하여 특허청장으로부터 법인설립 허가을 받아 설립된 법인이기는 하나 법인등기부상 목적사업과 조직도, 당해 법인의 재무제표, 사업활동을 통하여 실질적인 사업의 내용을 검토한 결과 기존 특허정보의 내용을 보유하면서 외부에서 연구용역 의뢰시 그 정보를 제공하고 그에 따른 사업수익을 주업으로 하고 있고, 예산지출 등도 직접 기술진흥을 위한 연구ㆍ개발 사업이 아닌 인건비 및 퇴직급여 등 사업지원 등을 위하여 간접적으로 사용되고 있으므로 직접 연구ㆍ개발을 위해 설립된 기술진흥단체로 볼 수 없다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인이 「지방세법」 제288조 제2항에 규정된 ‘기술진흥단체’에 해당되는지 여부
나. 관련 법령
(1) 지방세법
제288조 (사회단체 등에 대한 감면) ② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 「민법」 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체ㆍ문화예술단체ㆍ체육진흥단체ㆍ청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세ㆍ도시계획세 및 공동시설세를 면제(기술진흥단체와 체육진흥단체가 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 과세한다)한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
(2) 발명진흥법
제6조(발명에 대한 인식 향상과 발명 활동의 촉진) 특허청장은 발명에 대한 국민의 인식 향상과 발명 활동의 촉진을 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.
4.발명 활동에 대한 산업재산권 정보 등의 지원
제21조(OOOOOOOO) ① 산업재산권과 관련된 선행기술(先行技術) 정보자료를 효율적으로 보급하기 위하여 OOOOOOOO를 둔다.
②OOOOOOOO는 다음 각 호의 사업을 한다.
1. 선행기술연구를 위한 시설 또는 설비의 제공
2. 선행기술정보의 분석 및 제공
3. 외부 용역에 따른 선행기술의 검색
4. 그 밖에 선행기술정보자료의 보급에 관한 사업
⑤OOOOOOOO는 제2항에 따른 사업 수행에 필요한 자금을 충당하기 위하여 수익사업을 할 수 있다.
(3) 특허법
제58조(선행기술의 조사 등) ① 특허청장은 특허출원의 심사(국제출원에 대한 국제조사 및 국제예비심사를 포함한다)에 있어서 필요하다고 인정할 때에는 전문기관을 지정하여 선행기술의 조사, 국제특허분류의 부여 그 밖에 대통령령이 정하는 업무를 의뢰할 수 있다.
②특허청장은 특허출원의 심사에 관하여 필요하다고 인정할 때에는 정부기관·당해 기술분야의 전문기관 또는 특허에 관한 지식과 경험이 풍부한 자에게 협조를 요청하거나 의견을 들을 수 있다. 이 경우 특허청장은 예산의 범위안에서 수당 또는 비용을 지급할 수 있다.
제217조의2(특허문서전자화업무의 대행) ① 특허청장은 특허에 관한 절차를 효율적으로 처리하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 특허출원·심사·심판·재심에 관한 서류 또는 특허원부를 전산정보처리조직과 전산정보처리조직의 이용기술을 활용하여 전자화하는 업무 또는 이와 유사한 업무(이하 "특허문서전자화업무"라 한다)를 지식경제부령이 정하는 시설 및 인력을 갖춘 법인에게 위탁하여 수행하게 할 수 있다.
(4) 상표법
제22조의2(전문조사기관에 대한 상표검색 의뢰등) ① 특허청장은 상표등록출원의 심사에 있어서 필요하다고 인정하는 경우에는 전문조사기관을 지정하여 상표검색을 의뢰할 수 있다.
제3조(국가연구개발사업의 기획 등) ① 중앙행정기관의 장은 국가연구개발사업을 추진하고자 하는 경우에는 그에 대한 기술적ㆍ경제적 타당성 등에 대한 사전조사 또는 기획연구를 수행하여야 한다.
②중앙행정기관의 장은 제1항에 따른 사전조사 또는 기획연구를 함에 있어서 응용연구단계및개발연구단계의국가연구개발사업의경우에는국내외특허동향, 기술 동향 및 표준화 동향(연구개발결과와 표준화의 연계가 필요한 경우에만 해당한다)을 조사하여야 한다. 다만, 「중소기업기본법」 제2조제1항에 따른 중소기업이 주관연구기관이 되어 수행하는 2년 이내의 단기사업의 경우에는 그러하지 아니하다.
다. 사실관계 및 판단
(1)청구법인은 1995년 「발명진흥법」 제정당시 OOOOO의 부설기관인 OOOOOOOO로 설립되었다가 독립법인화 추진방안에 따라 2002.1.12. 「민법」 제32조 및 「산업자원부장관 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조의 규정에 의하여 특허청장으로부터 법인설립 허가(OOOOOOOO)를 받아 설립된 비영리재단법인으로 정관상 산업계ㆍ연구소ㆍ학계 등에 국내외 산업재산권 및 기술정보 등을 효율적으로 정보화하고 보급함으로써 산업의 국제경쟁력을 제고하고 기술발전에 기여함을 설립목적으로,산업재산권 정보의 조사ㆍ연구를 위한 시설 또는 설비의 제공사업ㆍ산업재산권 정보 조사분석 및 제공사업ㆍ산업재산권 정보의 가공 및 보급사업ㆍKIPRIS(특허기술정보서비스) 사업 등을 목적사업으로 하고 있다.
(2) 청구법인은 「발명진흥법」ㆍ「특허법」 및 「상표법」 등 관련법령에 따라 특허청장으로부터 위탁 또는 용역을 받아 KIPRIS(특허기술정보서비스) 운영, 특허고객콜센터 운영, 특허문서전자화센터 및 데이터관리센터 운영, PCT 최소문헌 DB구축, 특허기술동향조사, 선행기술조사 및 IPC(국제특허분류) 부여, 상표조사분석 등의 업무를 수행하고 있는바, 2007년도 결산서상 사업수익(49,779백만원)의 대부분이 특허청 관련 수익(42,339백만원)이고, 사업비용(49,898백만원) 또한 대부분 직접사업비(14,211백만원)와 인건비(30,104백만원, 관리부문 160여명, 사업본부 370여명)로 지출되고 있으며, 청구법인의 질의에 대하여 주무부처인 특허청은 2008.7.1. 청구법인의 주 사업내용이 기술진흥에 기여하고 있으므로 「지방세법」 제288조 제2항에 규정된 기술진흥단체에 해당한다고 회신하였다.
(3) 「지방세법」 제288조 제2항에는 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 「민법」 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체ㆍ문화예술단체ㆍ체육진흥단체ㆍ청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정되어 있는바, 여기서 기술진흥단체라 함은 ‘과학 및 산업기술을 연구ㆍ개발하여 이를 보급하거나 지원하는 것을 주된 목적으로 하는 단체’를 의미하고, 과학 및 산업기술의 연구ㆍ개발 등이 그 부대사업의 하나에 불과한 단체는 ‘기술진흥단체’에 해당한다고 볼 수 없으며, 어느 단체가 ‘기술진흥단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다(OOO OOOOO OOOOO OO OOOOOOOOO OO OO)
(4)청구법인은 특허청장의 허가를 받아 설립된 비영리재단법인으로 특허청의 위탁ㆍ용역을 받아국내외 특허정보를 정보화하여 일반에게 보급하고 특허기술의 신규성ㆍ진보성에 대한 전문적인 조사ㆍ분석 결과를 특허청에 제공하는 것을 주된 사업으로 수행하고 있는 점, 청구법인이 수행하고 있는 사업내용은 청구법인의 정관상 목적사업에 부합하는 점, 특허청의 위탁ㆍ용역 관련 수익이 전체 사업수익의 85% 이상을 차지하고 있는 점, 사업수익의 90% 가량이 위 사업수행을 위한 직접사업비와 인건비로 지출되고 있는 점, 주무부처인 특허청에서도 청구법인을 기술진흥단체로 해석하고 있는 점 등을 종합하면 청구법인은 국내외 특허정보를 수집ㆍ가공하여 일반에게 보급하고 특허기술의 신규성ㆍ진보성에 대한 조사ㆍ분석을 통해 특허청의 업무를 지원함으로써 산업의 국제경쟁력을 제고하고 기술발전에 기여하고 있으므로 「지방세법」 제288조 제2항에 규정된 ‘기술진흥단체’에 해당하는 것으로 볼 수 있다 할 것이다.
따라서,청구법인이2008.5.9. 이 건 부동산을 취득한 후 처분청에 신고납부한 취득세 등은 이를 취소되어야 할 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제65조 제1항 제3호 및 제81조의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.