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[청구번호]
조심 2018서2939 (2020.01.16)
[세 목]
법인
[결정유형]
취소
[결정요지]
청구법인은 201x년 x월까지는 국가로부터 어떠한 용역대가도 받지 않다가 201x.xx.x. ○○○○○ 운영세칙을 개정하여 ○○○○○ 이용자로부터 실비 수준의 관리비를 징수하여 제경비에 사용하였는데, 청구법인이 ○○○○○ 이용자로부터 받은 관리비는 국가로부터 받은 용역대가의 성격이라기보다는 국가가 그 관리 실비 상당액을 수익자인 이용자들에게 분담시킴에 따라 보전받은 실비의 일부에 불과한바, 청구법인이 쟁점사업을 통해 별도의 사업적 수입을 얻었다고 인정하기 어려운 점, 만약 쟁점사업을 수익사업으로 보는 경우, 국가기관의 관리․통제를 받는 청구법인이 국가와의 거래를 통해 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다는 상황을 상정하기 어려운바, 이 건이 부당행위계산부인 규정의 적용대상이라고 단정하기 어렵고, 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는다면 매년 쟁점사업에서 발생한 고액의 손실이 다른 수익사업의 과세소득에서 차감되어 오히려 청구법인의 법인세 부담이 줄어드는 결과가 되는 점 등에 비추어 볼 때 이 건 과세대상이 된 기간 동안의 쟁점사업은 법인세법상 수익사업에 해당하지 아니한다 할 것이므로 처분청이 쟁점사업을 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단됨
[관련법령]
법인세법 제3조 / 법인세법 제29조 / 법인세법 제52조 / 부가가치세법 제7조 / 부가가치세법 제29조
[참조결정]
조심2012서4403 / 조심2017서2274
[주 문]
OOO장이 2018.3.27. 및 2018.6.7. 청구법인에게 한 2012∼2014사업연도 법인세 합계 OOO원, 2013년 제1기∼2014년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 OOO사업조직에 속한 부동산의 효율적 관리·운영으로 OOO자산의 적극적 활용과 가치향상을 도모하고, OOO사업 종사자에 대한 복지증진에 기여함을 목적으로 2000년 11월에 설립된 비영리 재단법인이다.
나. 청구법인은 OOO사업본부와 도급계약을 체결하여 제공하는 OOO사 시설관리·위생관리·금융창구 경비 등의 사업은 수익사업으로, OOO사 시설 최적화 지원사업, OOO사업 종사자에 대한 복지증진사업 등은 비수익사업(고유목적사업)으로 구분하면서 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세를 신고․납부하고 있으며, 그 외에 OOO수련원 운영사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 경우 2010～2014사업연도는 비수익사업, 그 외의 기간(2009사업연도 이전, 2015사업연도 이후)에는 수익사업으로 분류하였다.
다. 처분청은 2018.3.12.∼2018.3.28. 기간 동안 2012사업연도에 대한 서면확인, 2018.4.30.∼2018.5.31. 기간 동안 2013사업연도에 대한 법인통합조사 및 2014사업연도에 대한 법인세 및 부가가치세 부분조사를 실시한 결과, ① 쟁점사업을 「법인세법」상 수익사업으로 분류(쟁점사업의 경비지출액 손금산입)하고 ② 각 사업연도별로 쟁점사업 경비지출액 상당의 고유목적사업준비금을 손금불산입하며 ③ 청구법인이 특수관계자인 OOO사업본부에 쟁점사업을 무상 또는 저가 공급하였다고 보아 시가와 대가의 차액을 익금산입하는 한편, ④ 그와 같은 금액을 「부가가치세법」상 과세표준에 더하여 아래 ＜표1＞과 같이 2018.3.27. 및 2018.6.7. 청구법인에게 2012∼2014사업연도 법인세 합계 OOO원, 2013년 제1기∼2014년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.
＜표1＞ 경정․고지내역 등
＜표2＞ 처분청의 법인세 세무조정 내역
라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.6.22. 및 2018.8.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) [쟁점①] 쟁점사업은 비영리법인인 청구법인이 설립 목적을 위해 수행하는 고유목적사업이고 수익성 또한 전혀 없으므로 수익사업이 아니다.
(가) 「법인세법 시행령」제2조 제1항에서 수익사업이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 “수익”(2013.2.15. “수입”으로 단어 변경·개정됨)이 발생하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 대법원(1996.6.14. 선고 95누14435, 2005.9.9. 선고 2003두12455 판결)에서는 ‘사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위하는 것이어야 한다’고 판시하였으며, 조세심판원 선결정례(조심 2012서4403, 2014.8.11, 조심 2017서2274, 2018.5.21.)에서도 해당사업이 수익사업의 요건을 갖추려면 이익의 분배 여부, 수익목적의 사업인가의 여부, 수익성을 갖고 있는지 여부 등에 따라 판단해야 한다고 결정하면서, 특정 사업에 수익 또는 수입이 발생했다고 하여 수익사업에 해당한다고 본 처분청의 주장을 배척한 바 있다.
(나) 청구법인은 2012년 1월부터 2013년 9월까지는 쟁점사업과 관련하여 시설 보유자인 OOO사업본부 및 시설이용자인 OOO사업 종사자에게 어떤 대가도 수취한 바 없었으므로 당연히 수익성이 없고, 수익(수입)을 기본 요건으로 하는 수익사업의 문언에도 부합하지 않는다.
(다) 청구법인은 2013년 10월부터 시설이용자에게 실비 수준의 관리비를 수취하였지만 ① 청구법인이 수취한 관리비는 운영세칙에서 수련원 운영비 보전에만 사용하도록 규정되어 사용 목적이 제한된 바, 당초부터 이익을 분배할 목적이 없는 점, ② OOO수련원은 OOO사업 종사자에 대한 복지 정책의 일환으로 운영되는 시설이고, 이용 대상이 한정되어 있어 민간 시설과 달리 수익을 목적으로 하는 시설이 아닌 점, ③ 운영세칙상 관리비는 ‘수련원 이용자에게 부과하는 수련원 이용에 필요한 실비’로 정의하고 있어 그 자체로 실비변상적인 금액임을 알 수 있으며, ④ 고정비성 경비를 고려할 경우 수익이 발생할 수 없는 구조로 사업 자체에 수익성이 없는 점(2013·2014사업연도에 각각 OOO원 손실), ⑤ 쟁점사업은 행정규칙에 따라 위탁받은 청구법인만이 수행할 수 있고 다른 시장 참여자가 없는 구조이므로 과세 형평성 문제가 발생하지 않는 점을 고려할 때 수익사업으로 볼 수 없다.
(라) 처분청은 청구법인이 단순히 정관변경을 근거로 수익사업에서 목적사업으로 변경하였고, 이를 통해 법인세를 회피하고자 하는 의도가 있었다는 것이나, 이는 선후 관계를 왜곡한 주장이다. 청구법인은 시기별로 거래 구조, 계약 형태, 세무신고 방법에 맞추어, OOO사업본부와 실무위탁 도급계약을 작성하여 OOO사업본부에게 시설관리용역을 제공하는 기간에는 해당 사업에 수익성이 존재하는바, 수익사업으로 신고하였고, 청구법인의 설립목적 달성을 위해 OOO수련원을 직접 운영하는 기간에는 OOO수련원 이용자에게 무상(또는 실비)으로 용역을 제공하여 사업에 수익성이 없어 고유목적사업으로 신고한 것이고, 이러한 상황에 맞추어 정관도 변경한 것이다.
＜그림1＞ 쟁점사업의 시기·거래형태별 거래구조 비교
＜표3＞ 쟁점사업의 시기별 계약 및 세무신고 비교
(2) [쟁점②] 쟁점사업에 사용된 지출액(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 고유목적사업에 지출한 금액으로 보지 않더라도 2012∼2014사업연도에 손금계상한 고유목적사업준비금은 쟁점비용을 제외한 다른 고유목적사업 지출액으로 모두 사용하였으므로 익금에 산입할 금액은 없다.
(가) 비영리법인의 경우 수익사업 소득에 대하여 법인세를 과세함으로써 고유목적사업 등에 사용할 재원 중의 일부를 국가 등에 귀속시키는 대신 고유목적사업준비금의 적립을 통하여 법인 내부에 유보하게 하여 비영리내국법인이 고유목적사업 등을 원활하게 수행하는데 도움을 주기위해 고유목적사업준비금을 손금산입하도록 하고 있다.
(나) 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는 금액은 OOO를 한도로 하며, 청구법인은 해당 한도에 맞추어 손금산입하였다.
＜표4＞ 청구법인의 고유목적사업준비금 손금산입 내역
(다) 손금으로 산입한 고유목적사업준비금은 해당 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업으로 지출하여야 하며, 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 미사용 잔액을 익금에 산입하는데, 청구법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 당해 사업연도에 모두 지출하여 익금에 산입할 미사용 잔액이 없었다.
(라) 처분청은 쟁점비용이 고유목적사업 지출액에 해당하지 않는다고 보았으나 이를 인정하더라도 다른 고유목적사업 지출액만으로도 미사용한 고유목적사업준비금 잔액은 없다.
(마) 처분청은 청구법인의 고유목적사업준비금 미사용 잔액이 있는지 유무와 관계없이 쟁점비용 전액을 고유목적사업준비금 익금산입 대상으로 과세하였고, 결과적으로 청구법인이 고유목적사업준비금으로 손금산입한 OOO원을 익금산입하였는바, 이는 부당하다.
(바) 처분청이 제시한 대법원 판례(2017.3.9. 선고 2016두59249 등, 이하 “쟁점판례”라 한다)는 청구법인의 경우와 명백히 다르므로 그 판례의 논지를 이 건에 적용할 수 없다.
1) 쟁점판례는 ① 학교법인이 토지의 매각처분이익 전액을 고유목적사업준비금으로 손금산입하였고, ② 해당 매각 대금을 정기예금으로 관리해 오다가 투자부동산을 취득하였으며, ③ 5년이 경과한 시점에도 고유목적사업준비금을 미사용한 사실관계 하에서, 고유목적사업준비금을 고유목적사업이 아닌 다른 용도에 사용하여 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러나 과세혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면, 5년의 유예기간에도 불구하고 투자부동산을 취득한 사업연도에 익금산입할 수 있다고 판단하였다.
2) 반면, 청구법인의 경우 ① 쟁점사업과 관련 없는 수익사업 전체 소득금액의 OOO 상당액을 고유목적사업준비금으로 계상하였고, ② 쟁점사업에 사용한 자금과 고유목적사업준비금 계상금액은 연관관계가 존재하지 아니할 뿐만 아니라, ③ 다른 목적사업의 존재로 쟁점 사업을 제외하고도 고유목적사업준비금을 5년 내에 이미 사용한 점을 고려할 때 ④ 당초 부여한 과세 혜택을 배제시킬 이유가 없다.
＜표5＞ 쟁점판례와 청구법인 사례 비교
(3) [쟁점③] 청구법인의 거래상대방은 OOO사업본부가 아니라 OOO수련원 이용자인 개인들로서 상호 특수관계가 없고, 청구법인과 OOO사업본부는 위수탁관계일 뿐 이윤을 보상하는 관계가 아니며, 시가도 지나치게 높아 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분은 부당하다.
(가) 청구법인이 OOO수련원 이용 용역을 제공하는 대상자는 공무원, 집배원, 순직 공무원 가족 등으로 청구법인과는 특수관계가 없어 부당행위계산부인을 적용할 수 없다.
＜그림2＞ 쟁점사업의 거래구조
(나) OOO사업본부는 청구법인에게 「OOO사업 운영에 관한 특례법」에 따라 쟁점사업에 대한 행정권한을 위탁한 것으로 부당행위계산부인 대상이 되는 사업적 거래관계에 있다고 볼 수 없으며, 위탁 받은 사업의 운영 과정에서 손실이 발생하였다고 하여 위탁자에게 손실에 대한 보상 명목으로 이윤까지 가산하여 청구할 수는 없는 것이다.
(다) 또한, 처분청이 부당행위계산부인의 과세에 적용한 시가(쟁점비용에 OOO 이상을 가산)는 청구법인의 2013․2014사업연도 영업이익률이 OOO임을 고려할 때 지나치게 높아 시가로서 부적법하다.
(4) [쟁점④] 쟁점사업은 비특수관계자인 수련원 이용자와의 거래이므로 「부가가치세법」상 부당행위계산부인을 적용할 수 없고, 특수관계인과의 거래로 보더라도 용역의 무상공급에 해당하므로 과세할 수 없다.
(가) 쟁점사업은 청구법인과 특수관계가 없는 OOO수련원 이용자 사이의 거래이므로 부당행위계산부인을 적용할 수 없다. 청구법인은 수련원 이용 용역의 대가로 시설 이용자로부터 수취한 금액에 대해 신용카드매출전표 등을 발급하고 부가가치세를 신고․납부하였고, 청구법인과 시설 이용자인 개인들은 특수관계자에 해당하지 아니하므로 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분은 부당하다.
(나) 설혹, 청구법인과 OOO사업본부 사이에 별도의 용역 제공 관계가 있다고 보더라도 청구법인은 OOO사업본부로부터 어떠한 대가도 수취한바 없어 용역의 무상공급에 해당하므로 과세대상에서 제외해야 한다. 청구법인은 2013년 9월까지는 쟁점사업과 관련하여 OOO사업본부로부터 어떠한 대가도 받지 않았고, 2013년 10월부터는 OOO수련원 이용자들로부터 이용료(관리비)로 OOO원을 수취하였을 뿐 OOO사업본부로부터 받은 대가는 없다.
(5) [쟁점⑤] 2014사업연도에 대한 과세는 중복조사 금지 규정을 위반한 것이므로 취소되어야 한다.
(가) 처분청은 2016.9.7.～2016.10.12. 기간 동안 청구법인의 2014사업연도에 대하여 법인세, 부가가치세, 원천세, 주식변동조사를 포함하는 법인사업자 통합조사(이하 “1차 세무조사”라 한다)를 실시하고, 2018년 4월 30일부터 2018년 5월 31일까지 2014사업연도에 대하여 법인세 및 부가가치세에 대한 부분 세무조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하여 이 건 과세처분을 하였으므로 중복조사 금지원칙을 위반한 것이다.
(나) 중복조사 예외사유인 ‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하려면, 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 제외하고 새로운 자료에 근거해야 하나 처분청은 그 근거로 오직 청구법인이 정관을 변경한 사항을 들고 있으나, 청구법인의 정관은 1차 세무조사 당시 처분청의 요청으로 제출한 바 있고, 청구법인 인터넷 홈페이지OOO나 공공기관기업공개시스템OOO에서 정관을 공시하고 있으므로 새로운 자료라고 볼 수 없다.
(다) 중복조사 예외사유인 ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’에 해당하려면, 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우여야 하나 처분청은 원인행위를 언급하지 아니하였고, 쟁점사업을 고유목적사업으로 볼 것인지 여부는 매년 독립적으로 선택 가능한 것으로 여러 사업연도에 걸친 동일한 원인행위가 있다고 볼 수 없으며, 단순히 같은 종류의 잘못이 되풀이된 것에 불과하다.
나. 처분청 의견
(1) [쟁점①] 2013.2.15. 개정된 「법인세법 시행령」 제2조 제1항에 따라 계속․반복적으로 수입이 발생하는 쟁점사업은 수익사업으로 분류함이 타당하고, 쟁점사업은 한국표준산업분류상 사업시설 유지․관리 서비스업에 해당하므로 쟁점사업을 수익사업으로 보아야 한다.
(가) 「법인세법 시행령」 제2조 제1항에서 수익사업에 대하여 “한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 ‘수익’이 발생하는 것”으로 규정하다가 2013.2.15. 개정시 ‘수익’을 ‘수입’으로 변경 규정하여 수익사업의 범위가 조정되었다. 이는 당초 대법원이 수익사업 해당 여부를 수익성의 유무에 따라 판단하던 문제를 해결하고자 계속․반복적 수입이 있다면 모두 수익사업으로 분류하기 위한 취지로 보인다. 따라서 현재까지 생산된 수익성 유무를 수익사업의 판단기준으로 삼은 판례 등은 전부 위 시행령 개정 전의 규정과 관련된 것이므로 그것들을 이 건에 참고하는 것은 적절치 않다.
(나) 비영리법인의 사업이 수익사업에 해당하는지는 정관상 고유목적사업의 분류와 관계 없이 사업 내용 그 자체에 따라 판단하여야 하고, 쟁점사업은 한국표준산업분류상 “사업시설 유지․관리 서비스업”으로서 수익사업에 해당한다.
1) 청구법인은 당초 수익사업으로 정관에서 분류 및 제세 신고하던 쟁점사업을 2009.9.17. 정관개정시 목적사업에 추가하였다가 2015.1.7. 다시 정관을 개정하여 수익사업으로 변경하였다. 한편, 청구법인이 OOO사업본부에 제공하고 있는 용역 중 쟁점사업과 유사한 “OOO사 시설 유지관리 용역”은 2009년 이전부터 현재까지 계속 수익사업의 지위를 유지하고 있다. 청구법인은 고유목적사업준비금을 변칙 사용하기 위해 2009.9.17.～2015.1.7. 기간 동안 쟁점사업을 정관상 목적사업으로 분류하였을 뿐 실질이 수익사업임에는 변함이 없다.
2) 쟁점사업은 OOO수련원을 이용하는 고객은 일반 대중이 아닌 OOO사업본부 산하 직원 등으로서 OOO사업 종사자에 대한 복지증진에 기여하기는 하나 공익적 성격이 강한 다른 비영리법인의 사업과는 그 성격이 다르고, 오히려 「법인세법 시행령」 제2조에 따른 한국산업분류에 의한 “사업시설 유지․관리 서비스업”으로서 일반적인 영리법인의 수익사업과 그 성격이 유사하다.
3) 쟁점사업은 2009년 이전 및 2015년 이후에는 OOO사업본부와 “OOO사(수련원 포함) 관리 업무 위탁계약”을 체결하여 수익사업으로 운영되고 있고, 이용자들에게 관리비OOO를 부과하고 있는 사정을 감안하면, 수익구조 자체만으로 수익성이 없는 사업에 해당한다고 볼 수도 없다.
(2) [쟁점②] 고유목적사업준비금을 목적 외의 수익사업 등에 사용하는 경우 해당 금액을 즉시(지출이 발생한 사업연도) 익금산입한 처분은 타당하다.
(가) 고유목적사업준비금제도의 취지는 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업에 사용하도록 하여 비영리법인이 공익사업 등 목적사업을 원활하게 수행할 수 있도록 지원하는 데 있다.
(나) 쟁점판결(2017.3.9. 선고 2016두59249)에서 대법원은 ‘비영리내국법인이 5년의 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용하여 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러남으로써 앞서 본 바와 같은 과세혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면 5년의 유예기간에도 불구하고 사용금액 상당을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있다고 봄이 상당하다’고 판시하였다.
(다) 청구법인의 결산서를 보면, 2013․2014사업연도 중 OOO수련원 이용자로부터 이용료 합계 OOO원을 받아 목적사업의 고유목적사업준비금 항목의 수련원관리비 수입으로 더한 후, 같은 기간 중 쟁점비용으로 총 OOO원을 고유목적사업비로 지출하였다. 청구법인의 이러한 행위는 고유목적사업준비금의 사용목적을 위배하여 다른 수익사업(쟁점사업)의 비용으로 지출한 것이므로 해당 비용을 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다.
(라) 청구법인은 2009.9.17. 이전에는 쟁점사업을 수익사업으로 분류하면서 그 이익의 일부를 고유목적사업준비금으로 손금산입하였고, 청구법인의 2013․2014사업연도 중 고유목적사업비 지출항목 중 대부분(2014사업연도의 경우 목적사업비 총집행액 OOO원 중 쟁점사업의 경비가 OOO원으로 약 OOO에 이름)이 쟁점사업의 경비로 사용되었는바, 만약 청구법인이 2009.9.17. 쟁점사업을 목적사업으로 변경하지 않았다면 그 당시 고유목적사업준비금 잔액 대부분이 사용기간 내에 사용되지 아니하여 다시 익금에 환입하였어야 할 것이다.
(마) 만약, 위와 같은 행위가 용인된다면 비영리법인이 정관개정을 통해 고유목적사업준비금 제도를 악용하여 수익사업의 법인세를 회피할 수 있게 되어 조세형평에 어긋나고, 준비금 제도의 취지에 맞지 않는다.
(바) 따라서 청구법인이 2013․2014사업연도 중 쟁점사업에 사용한 고유목적사업준비금 OOO원(쟁점사업의 관리비수입금액 구분경리 고유목적사업준비금 계상액 OOO원 포함)은 수익사업에 사용하여 고유목적사업에 사용된 것이 아니므로 해당 사업연도의 익금에 산입한 처분은 타당하다.
(사) 한편, 청구법인은 고유목적사업준비금 손금산입액(2013․2014사업연도 합계 OOO원)을 초과하여 익금산입하여 부당한 처분이라고 주장하나, 청구인이 2009년 9월에 쟁점사업을 목적사업으로 정관변경하여 2010․2011년에 쟁점사업에 사용한 고유목적사업준비금 OOO원(부과제척기간 경과로 익금산입하지 않은 금액)이 있고, 2013․20114사업연도에 고유목적사업준비금 손금산입한 OOO원 및 수련원 관리비수입을 고유목적사업준비금으로 계상(손금계상한 것으로 봄)한 OOO원(수입금액 대응원가로 손금산입 경정함)을 고려하면, 청구법인의 2013․2014사업연도 고유목적사업준비금 손금산입액은 OOO원(2010․2011사업연도 사용액을 더하면 OOO원)이므로 손금산입액(2013․2014사업연도 합계 OOO원)을 초과하여 익금산입하였다는 청구주장은 타당하지 않다.
(3) [쟁점③] 세법상 특수관계인인 OOO사업본부에게 무상 또는 저가로 용역을 공급하였으므로 유사용역인 “OOO사업 부동산 관리․운영 위탁수수료”를 쟁점사업의 시가로 하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.
(가) OOO사업본부는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제1호에 따라 청구법인에게 사실상 영향력을 행사하는 특수관계인에 해당한다.
청구법인의 임원은 이사장(前 지방OOO사업청장), 비상임이사[現 OOO사업본부 과장(당연직), 기타 외부4명] 등으로 구성되어 있고, 청구법인의 정관에 의하면 OOO사업본부장이 임원의 임면권 행사, 사업계획 및 예산 승인, 정관변경 인가 등 권한을 가지고 있음을 규정하고 있으므로 양자 간에 특수관계인에 해당한다.
(나) 청구법인의 거래상대방은 OOO수련원 이용자가 아니라 그 소유자이자 운영주체로서 쟁점사업의 위탁자인 OOO사업본부이다.
1) OOO사업본부장 훈령인 “OOO수련원 운영세칙(이하 “운영세칙”이라 한다)” 제1조에서 “OOO사업본부가 직원의 능률증진을 위하여 운영하는 OOO수련원의 운영에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다”고 규정되어 있고, OOO수련원 운영주체는 OOO사업본부장 및 운영관서장으로 되어 있고, 2013.10.1. 개정된 운영세칙에서 관리비를 제경비에 사용하도록, 2014.12.1. 개정된 운영세칙은 관리비를 국고 세입처리하도록 하고 있다.
2) OOO사업본부가 마련한 각 연도별 경영합리화시행계획에는 “청구법인 목적사업 범위확대로 수련원 등 복지시설 유지․관리 서비스 실시 1월”, “수련원 서비스 수준향샹을 통한 이용자 만족도 제고” 등이 기재되어 있고, OOO사업본부는 OOO수련원의 운영주체로서 조달청 나라장터에서 계약하여 2013․2014사업연도 중 OOO수련원 15개소에 대한 총 43건의 환경개선 및 보수공사를 하고 합계 OOO원의 예산을 집행하였다.
(다) 청구법인이 OOO사업본부에게 쟁점사업을 무상 또는 저가로 공급한 것은 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는바, 부당행위계산부인 대상에 해당한다.
1) 청구법인은 쟁점사업이 정관상 수익사업인 기간(2009.9.17. 이전 및 2015.1.7. 이후)에 OOO사업본부와 ‘OOO 청사 등 시설관리업무 위탁계약(수련원 포함)’을 체결하고 용역을 제공하였는데, 쟁점사업이 정관상 목적사업의 지위에 있던 2009.9.17.～2015.1.7. 기간 동안 고유목적사업준비금 OOO원을 변칙사용하면서 특수관계자인 OOO사업본부에 무상 또는 저가로 쟁점사업의 용역을 공급하여 정당한 대가를 받지 않았다.
2) OOO사업본부는 2013.10.1. OOO수련원을 유료화로 전환하고 OOO수련원 운영세칙을 개정하였고, 청구인은 OOO사업본부와 OOO수련원 운영 위탁계약서를 체결하고 수련원 이용고객으로부터 1일 OOO원 상당의 실비수준에 현저히 미치지 못하는 관리비를 수취하여 인건비 등 제경비에 사용하였다.
(라) 부당행위계산부인을 적용하기 위해 “OOO사업 부동산 관리․운영 위탁수수료 산정기준” 및 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙」(이하 “국가계약법 시행규칙”이라 한다)에 따라 산정한 시가는 적법하다.
1) OOO수련원(33개소)은 OOO(OOO사업본부) 소유로, OOO사업 부동산에 포함되고 OOO수련원 위탁운영 및 시설관리는 OOO 사업법 제17조에 따른 OOO사업 부동산 관리․운영 위탁업무에 해당한다. 쟁점사업과 유사한 “OOO사업 부동산 관리․운영 위탁수수료 산정기준”으로 시가를 산정한 것은 적법하다.
2) 국가계약법 시행규칙 제6조 및 제8조에서 “용역”의 경우 예정가격을 결정할 때, 일반관리비를 제 경비 합계액의 OOO로, 이윤은 노무비․경비 및 일반관리비의 합계액에 OOO로 곱하여 계산하도록 되어 있고, 처분청이 산정한 시가도 동 규정과 같은 기준으로서 시가로서의 타당성이 인정된다.
3) 청구법인은 쟁점비용에 일반관리비 OOO와 이윤 OOO를 포함한 시가가 청구법인의 2013․2014사업연도 영업이익률 OOO에 비해 지나치게 높다고 주장하나, 쟁점비용에는 일반관리비가 포함되어 있지 않고, 청구법인의 목적사업 결산서상 쟁점비용은 목적사업 총지출액의 큰 부분OOO을 차지하고, 총관리비는 총사업비의 OOO이므로 시가산정시 일반관리비를 더한 처분이 부당한 것이 아니다.
(4) [쟁점④] 2013년 제1기는 용역의 무상공급으로, 2013년 제2기 이후는 부당하게 낮은 대가를 수취한 것으로 보아 시가에 따라 부가가치세 과세표준을 산정한 처분은 적법하다.
2013.6.7. 개정되기 전의 「부가가치세법」제13조에서 용역의 무상공급에 대하여 시가로, 2013.6.7. 개정된 「부가가치세법」 제29조에서 용역의 저가공급에 대하여만 부당행위계산부인 규정을 적용하도록 하였다. 따라서 청구법인이 쟁점사업의 대가를 받지 아니한 2013년 제1기는 용역의 무상공급에 대하여, 청구법인이 이용자로부터 수련원 이용료를 받은 2013년 제2기 이후부터는 용역의 저가공급에 대하여 시가와의 차액을 과세표준으로 산정한 처분은 적법하다.
(5) [쟁점⑤] 2014사업연도분 법인세 및 부가가치세 부분조사는 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제1호(조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우) 및 제3호(2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우)의 중복조사 예외사유에 해당한다.
(가) 이 건 부분조사는 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 해당한다.
1) OOO은 2016.9.7.～2016.10.12. 기간 동안 청구법인의 2014사업연도분 법인통합조사를 실시하여 자료제출요구를 하였으나, 청구법인은 ① 2009년 이전 및 2015년 이후 개정된 정관, ② OOO수련원 운영세칙, ③ 2009～2013년 및 2015년 OOO사 등 OOO사업 부동산 관리운영 위탁계약서 등 수익사업 해당 여부를 검토할 수 있는 자료를 제출하지 않았고, 청구법인의 이 건 심판청구와 동일한 주장(쟁점사업은 수익사업이 아님)을 반박할 근거가 없어 이 건의 조사항목을 검토하지 않은 것으로 보인다.
2) 처분청은 2018.3.12.∼2018.3.28. 기간 동안 청구법인의 2012사업연도에 대한 법인세 서면확인을 실시하면서 2008년～2016년 정관 및 이사회 회의록 등 자료 확보하여 청구법인이 당초 정관에 수익사업으로 규정하던 쟁점사업을 2009년 고유목적사업으로, 2015년 수익사업으로 정관을 재변경한 사실, 쟁점사업이 수익사업에 해당하며 쟁점사업의 제공에 고유목적준비금을 사용하여 사업비를 지출한 사실을 확인하였다. 위와 같은 사정은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우에 해당한다.
(나) 이 건 부분조사는 “2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우”에 해당한다.
청구법인은 2012～2014사업연도에 고유목적사업준비금을 고유목적사업이 아닌 OOO수련원 시설관리 등 수익사업의 고유목적사업비로 지출 및 사용하였고, 이는 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 것이 아니라, 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우(대법원 2017.4.27. 선고 2014두6562 판결 참조)에 해당하므로 적법한 재조사이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① (법인세 주위적 청구) 쟁점사업이 수익사업에 해당하는지
② (법인세 예비적 청구) 쟁점비용 전액을 2012∼2014사업연도에 과세하는 방법이 적법한지 여부
③ (법인세 예비적 청구) 쟁점사업에 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부
④ (부가가치세 주위적 청구) 쟁점사업에 「부가가치세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부
㉮ 2013년 9월까지 용역의 무상공급에 해당한다는 청구주장의 당부
㉯ 2013년 10월 이후 부당하게 낮은 대가를 받은 것인지 여부
⑤ (법인세 및 부가가치세 공통 예비적 청구) 2014사업연도에 대한 과세처분이 중복조사에 따른 것이어서 위법하다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점①과 관련하여 제출된 심리자료의 내용은 아래와 같다.
(가) 청구법인의 쟁점사업과 관련한 일반사항은 아래와 같다.
1) 청구법인의 정관에 기재된 목적 및 사업 종류 등은 아래와 같고, 쟁점사업은 2010～2014사업연도 중 목적사업으로 규정되어 있다.
2) OOO수련원은 OOO(OOO사업본부)가 국내 관광지에 소유하고 있는 휴양시설로서 2013년 기준 34개소에 총 550개 객실의 규모로, 청구법인이 OOO사업본부로부터 수탁운영하고 있고, 그 이용대상자는 OOO사업본부 소속 공무원, 별정OOO 직원, 순직 직원의 가족, 실질적 OOO업무종사자, OOO 및 산하 조직의 직원, 우수고객(OOO사업 등에 기여한 자) 등으로 되어 있다.
3) 쟁점사업과 관련한 청구법인의 규정변경 및 세무처리 내용은 아래와 같다.
4) 청구법인은 정관상 쟁점사업이 수익사업으로 규정되어 있던 시기(2009.9.17. 이전 및 2015.1.7. 이후)에 각각 “OOO 청사 시설관리 업무위탁 계약” 및 “OOO사업 부동산 관리․운영 위탁도급 계약”상 관리시설의 일부에 OOO수련원을 포함하여 인건비 상당액 및 일반관리비 OOO와 이윤 OOO 상당의 업무위탁수수료를 받은 것으로 나타난다.
(나) 청구법인의 손익현황은 아래 ＜표6＞과 같고, 청구법인은 처분청이 수익사업으로 과세한 2013․2014사업연도에는 쟁점사업이 수익성이 없어 쟁점사업을 수익사업으로 볼 수 없다고 주장한다.
＜표6＞ 쟁점사업의 연도별 손익현황
1) 비영리법인의 수익사업과 관련하여 2013년 개정된 법률의 규정은 아래와 같다.