지상건물 임대사업이 지체되어 토지임대수입만 발생한 경우라도 지상건물임대전까지를 사업개시전의 기간으로 보아 과세유형전환대상여부를 결정할 수 있는지 여부(기각)

청구인은 서울특별시 성동구 OO동 OOOO 대지 625평(이하 “쟁점토지”라 한다)을 67.7.26 취득하여 83년중 청구외 OO운수(주)에 임대하고 임대사업자로 등록하여 부가가치세법상 과세특례자로 신고·납부하여 오다가, 90.2.1부터는 일반과세자로 신규사업자 등록한 후, 91년 제1기부터 92년 제1기까지의 기간중 쟁점토지 지상의 위 OO운수(주) 소유의 3층 건물 1,488.32㎡를 취득하여 4층 건물 4,018.9㎡(이하 “지상건물”이라 한다)로 증축하고, 지상건물의 취득 및 증축에 소요된 비용을 위 같은기간(91년 제1기 ～ 92년 제1기)의 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제받은 사실이 있다.

처분청은 청구인의 신규개업한 날이 속하는 90년 제1기분의 공급대가 합계액을 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달된다 하여 부가가치세법 시행령 제74조의2 제3항의 규정에 의하여 91년 제1기부터 과세특례자로 유형전환된 것으로 보고, 같은법시행규칙 제23조의3 제3항의 규정에 의거 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 92.7.1 청구인에게 부가가치세 140,327,500원(91년 제1기분 65,723,040원, 91년 제2기분 53,409,390원, 92년 제1기분 21,195,070원)을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 92.8.31 심사청구를 거쳐 92.12.9 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구인은 83.2월경부터 쟁점토지를 청구외 OO운수(주)에 임대하여 과세특례자로서 임대수입을 발생시켜 오고 있는 바, 위 OO운수(주) 소유의 지상건물을 매입하고자 하여 일반과세자로 신규사업자등록하였으나, 감정의뢰등의 절차로 양도·양수가 지체되어 지상건물의 취득이 완료된 91.2월까지는 과세특례사업자 당시의 임대소득만 발생하였으므로 청구인의 경우 일반과세자에서 과세특례자로의 유형전환 여부는 지상건물의 임대수입이 실제로 발생한 91년 제1기 확정기간의 공급대가를 12월로 환산한 가액을 기준으로 하여야 하고, 처분청은 부가가치세법상의 과세유형전환에 따른 통지와 사업자등록증을 정정하여 교부한 사실이 없었는데도 단순히 서식에 불과한 과세특례포기서를 제출하지 않았다하여 과세특례자로 과세유형이 변경된 것으로 보고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 행정편의에 치우쳐 국민의 재산권을 침해하였으므로 위법한 처분이라고 주장한다.

국세청정은 청구인이 90.2.1 일반과세자로 사업자등록(부동산 임대)하였고, 90년 제1기분의 공급대가 합계액을 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달(17,358,732원)하는 사실과, 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 사실에 다툼이 없으므로 처분청이 부가가치세를 과세한 것은 적법하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 90.2.1 사업자등록당시 청구인이 의도하던 쟁점토지 지상건물의 임대사업이 지체되어 종전의 쟁점토지 임대수입만 발생한 경우 지상건물의 임대가 실제로 개시된 때까지의 기간을 사업개시전의 기간으로 보아 이 기간(90.2.1～91.2.20)을 제외하고, 지상건물의 임대가 실제로 개시된 과세기간의 공급대가에 의하여 과세유형전환대상 여부를 결정하여야 하는지 여부에 다툼이 있다.

나. 관련규정

부가가치세법 제25조(과세특례) 제1항에 『직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 과세특례 규정을 적용한다』고 규정하고, 같은법시행령 제74조(과세특례의 범위)제1항 제1호에 “대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해공급대가의 합계액이 36,000,000원에 미달하는 때”를 규정하고 있고, 그 제3항에 “제1항에 규정하는 금액을 계산함에 있어서 직전 1역년중 휴업하거나 직전년 제1과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자에 대하여는 휴업기간 또는 사업개시전의 기간을 제외한 잔여기간에 대한 재화 또는 용역의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 한다”고 규정하고 있으며,

같은법 제30조(과세특례의 포기) 제1항 및 제2항에 “일반과세에 관한 규정을 적용받고자 하는 과세특례자는 과세기간개시 10일전에 정부에 신고하여야 한다”고 규정하고 있고,

같은법시행령 제74조의2(과세특례 및 일반과세의 적용시기) 제1항에 “과세특례의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다”고 규정하고, 그 제2항에 제1항의 경우에 당해사업자의 소관세무서장은 법제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다”규정하고, 그 제3항에 “제1항에 규정한 시기에 법제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법제25조의 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법제25조의 규정을 적용한다”고 규정하고 있다.

다. 청구인을 과세특례자로 유형전환시킨 처분의 적법여부

첫째, 청구인은 90.2.1을 개업일로 하여 부가가치세법상 일반과세자로 사업자등록(OOOOOOOOOOOO)하였고, 개업일이후 발생한 임대수입금액에 대하여 90년 제1기분 부가가치세 신고시 이를 신고·납부(과세표준 6,575,278원, 납부세액 657,527원)하였으며, 이 기간(90.2.1～90.6.30)의 공급대가를 12월로 환산하면 17,358,733원이 되므로 36,000,000원에 미치지 못할뿐만 아니라, 이 금액에는 사업개시전의 기간(90.1.1～90.1.31)에 발생한 수입금액이 포함되지 아니한 것이라 하겠고,

둘째, 부가가치세법시행령 제74조의2 제3항에 일반과세자로부터 과세특례자로 과세유형이 전환되는 사업자에 대하여는 그 통지에 관계없이 과세특례규정을 적용하도록 규정하고 있어, 일반과세자로부터 과세특례자로 과세유형전환시의 통지규정과 사업자등록증의 정정교부규정은 그 통지여부 및 그 정정교부 여부가 각각 과세유형전환의 효력에 영향을 미치는 강행규정이라고 판단되지 아니하며(국심 92중77, 92.4.10 등 다수 같은 뜻임),

셋째, 일반과세자로 사업자등록을 하였으나 전시 부가가치세법 제25조에서 규정한 과세특례의 기준에 해당되는 개인사업자가 된 경우에 일반과세자로 적용받기를 원하는 때에는 같은법 제30조 제2항 및 같은법시행령 제78조 제1항의 규정에 의한 과세특례포기신고서를 소관세무서장에게 제출하여야 하며, 설사 청구인이 일반과세자로 부가가치세 과세표준신고를 하였다거나, 사업자등록증을 일반과세자로 검열받은 사실이 있다 하더라도 위 포기신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당연히 과세특례규정을 적용받는 사업자로 과세유형이 전환된다고 보아야 할 것이다(대법원 판례 89누1469, 89.8.8 및 국심 86서1931, 87.1.26, 국심 91서2187, 92.1.23 등 다수 같은 뜻임).

따라서 청구인의 90년 제1기분의 공급대가를 12월로 환산한 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달하고, 전시 부가가치세법 제30조 제2항 및 같은법 시행령 제78조 제1항에 규정한 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 사실에 다툼이 없는 이 건, 처분청이 이미 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 것은 적법하다고 판단된다.

따라서, 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-부가가치세법 시행령 제74조의2 제3항

-부가가치세법 시행령 제78조

유사 판례