이 건 경정청구가 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 청구주장의 당부 등

조세심판원 조세심판 | 2020-09-02 | 조심2019서3039 | 양도

[청구번호]

조심 2019서3039 (2020.09.03)

[세 목]

양도

[결정유형]

경정

[결정요지]

쟁점법인세액은 쟁점평가액의 산정에 기초가 되는 요소로 위 조세심판 결정에 의하여 다른 것으로 확정된 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 경정청구는 후발적 경정청구 사유에 해당함. 또한, 평가기준일 현재 확정되지 아니한 법인세액을 부채에 가산하지 아니한다는 명문의 규정이 없으므로 쟁점법인세액을 부채에 가산하여 쟁점평가액을 산정하는 것이 타당한 점 등에 비추어 이 건 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함

[참조결정]

조심2016전3748

[주 문]

OOO2019.5.23. 주식회사 OOO각각 한 경정청구 거부처분은 주식회사 OOO비상장주식 167,224주를 평가할 때 주식회사 OOO부담한 2011사업연도 법인세 및 지방소득세 합계 OOO부채에 가산하고, 동 주식의 1주당 가액과 신고한 1주당 평가액OOO차액 상당액에 주식수를 곱한 금액에 한하여 신고불성실가산세를 적용하여 신고한 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.8.30. 청구법인과 각각 특수관계인인 청구인 OOO(쟁점법인의 대표이사, 이하 OOO한다)와 청구인 OOO로부터 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 비상장주식 167,224주OOO 「상속세 및 증여세법」에 따른 보충적 평가방법에 따라 평가한 금액(이하 “쟁점평가액”이라 한다)으로 1주당 OOO양수하였고, 청구법인은 2013.3.30. 2012사업연도 법인세를, OOO는 2012.11.30. 각각 2012년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.1.21.~2016.6.30. 기간 동안 쟁점법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점법인의 2011사업연도 소득금액을 증액경정하고 2016.7.1. 법인세 OOO경정․고지하는 한편, 쟁점평가액을 OOO으로 증액하고 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2018.3.22. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO경정․고지하는 한편 2018.3.19.~2018.4.17. 기간 동안 OOO대한 양도소득세 조사를 실시하여 2018.4.4. OOO에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO(신고불성실가산세 OOO포함)을 각각 경정․고지하였다.

라. 쟁점법인은 조사청의 세무조사 결과에 불복하여 2016.9.26. 심판청구를 제기하였고 2018.11.19. 일부 인용(조심 2016전3748)되어 조사청은 쟁점법인의 2011사업연도 소득금액 OOO을 감액경정한바, 쟁점법인은 2011사업연도의 경우 법인세와 지방소득세 합계 OOO(이하 “쟁점법인세액”이라 한다)을 부담하게 되었다.

마. 청구법인, OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 위 조사청의 감액경정분을 쟁점평가액 산정시 반영하는 한편 쟁점법인세액을 쟁점법인의 부채에 가산하고 신고불성실가산세를 면제하여 달라는 취지로 2019.2.18. 처분청에 아래 <표>와 같이 경정청구를 하였으며, 처분청은 쟁점법인세액을 쟁점법인의 부채에 가산하지 아니하여 쟁점평가액을 OOO결정하고, 신고불성실가산세를 면제하지 아니하여 2019.5.23. 경정청구금액의 일부를 환급하였으며 나머지는 환급청구는 거부하였다.

<표> 경정청구 및 환급 내역

(단위 : 원)

바. 청구인들은 이에 불복하여 2019.7.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 이 건 경정청구는 「국세기본법」 제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하여 적법한 청구이다.

(2) 「상속세 및 증여세법 시행규칙」 제17조의2 제3호 가목에서 “평가기준일까지 발생된 소득에 대한 법인세액”은 부채에 가산하도록 규정되어 있음에도 쟁점법인세액을 부채에서 차감하여 한 이 건 처분은 부당하다. 쟁점평가액을 바로 잡는 과정에서 당초 처분청의 평가방법이 어떠했는지는 고려대상이 아니며 당초 처분청의 평가방법을 이유로 경정청구 대상에서 제외할 근거도 없다.

(3) 청구법인은 쟁점주식 양수 당시 쟁점법인의 법인세 경정을 예측할 수 없었는바, 청구법인의 2012사업연도 법인세 신고 이후에 이루어진 쟁점법인의 법인세 경정을 이유로 신고불성실가산세를 부과한 처분은 위법하다. 예비적으로 신고불성실가산세 부과가 정당하다 하더라도, 「국세기본법」 제48조 제1항 제2호에 따른 “정당한 사유가 있는 경우”에 해당하므로 가산세 부과는 면제되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 쟁점평가액을 OOO증액하여 2018.3.22. 청구법인에게 법인세를, 2018.4.4. OOO에게 양도소득세를 경정․고지한바, 고지서 송달일부터 90일이 경과한 이 건 심판청구는 부적법하다.

(2) 부과제척기간(5년)이 도과하였고, 쟁점법인세액을 쟁점법인의 부채에 가산하고 신고불성실가산세를 면제하여 달라는 청구 부분은 조세심판 결정(조심 2016전3748, 2018.11.19.)에 따른 쟁점법인의 소득금액 증액경정과 무관한 사항으로 후발적 경정청구 대상도 아니므로 해당 청구부분을 거부한 이 처분은 정당하다. 청구인들이 쟁점주식을 양도한 날이 주식의 평가기준일이고 평가기준일 현재 확정되지 아니한 쟁점법인세액은 부채에 가산할 수 없다.

(3) 양도소득세 및 법인세의 경우 주식의 평가차이에 따른 가산세 감면을 규정하고 있지 아니한 점, OOO경우 쟁점법인의 대표이사로 재직하고 있던 점을 감안할 때 청구인들의 가산세를 감면할 정당한 사유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 경정청구가 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호에 따른후발적 경정청구 사유에 해당한다는 청구주장의 당부

② 쟁점법인세액을 쟁점법인의 부채에 가산하여 쟁점평가액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 청구법인은 과소신고가산세를 부과하지 않을 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 국세청 전산자료와 조세심판 결정(조심 2016전3748)에 의하면, 쟁점법인의 대표이사는 OOO배우자이며, 청구법인의 지분은 OOO2%를 소유하고 있다.

(나) 2012.5.20. 청구외 회계법인이 작성한 쟁점법인의 비상장주식 평가보고서를 보면, 「상속세 및 증여세법」상 비상장주식 평가방법에 따라 평가한 결과 2012.3.31. 기준 쟁점법인의 주식가치는 1주당 OOO기재되어 있다.

(다) OOO청구법인 및 OOO청구법인이 2012.5.31. 각각 체결한 주식양수도계약서 등을 보면, 청구법인은 쟁점법인의 주식을 OOO로부터 164,250주를, OOO로부터 2,974주를 1주당 OOO양수하였고, 잔금일은 2012.8.30.로 기재되어 있다.

(라) 처분청의 경정청구 검토조서를 보면, 처분청은 쟁점법인의 2011사업연도 법인세 등 추가납부세액 OOO쟁점주식 평가기준일(2012.3.31.) 기준 채무가 아닌 것으로 보아 쟁점법인의 부채에서 제외하여 쟁점평가액을 OOO결정하였고, 유가증권 매입가액 평가차이로 법인세를 과소신고하는 경우 가산세 적용을 제외한다는 규정이 없는 점, 2012사업연도 법인세의 부과제척기간과 불복청구 기한이 도과된 점을 이유로 신고불성실가산세 면제 청구를 거부하였음이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 처분청은 쟁점법인세액을 쟁점법인의 부채에 가산하여 달라는 청구주장은 경정청구 기간을 도과하였고 후발적 경정청구 사유에도 해당되지 아니한다는 의견이나, 「국세기본법」 제45조의2 제1항 제1호는 “최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있는바, 조사청은 쟁점법인에 대한 세무조사를 실시하고 2016.7.1. 쟁점법인에게 법인세 OOO경정․고지하였으나 우리 원의 조세심판 결정(조심 2016전3748, 2018.11.19.)에 따라 해당 법인세액이 감액되어 비로소 쟁점법인세액이 결정된 점, 쟁점법인세액은 쟁점평가액의 산정에 기초가 되는 요소로 위 조세심판 결정에 의하여 다른 것으로 확정된 것으로 보이는 점, 비록 청구인들이 2018.3.22. 및 2018.4.4. 고지된 법인세 및 양도소득세에 대하여 불복청구를 한 바 없으나 그러한 사정만으로 쟁점평가액을 적법하게 산정하려는 청구인들의 후발적 경정청구를 배제하는 것은 불합리해 보이고 그 배제 규정도 없는 점 등에 비추어 이 건 경정청구는 후발적 경정청구 사유에 해당하여 적법하다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 처분청은 쟁점주식의 평가기준일 현재 확정되지 아니한 쟁점법인세액은 부채에 가산할 수 없다는 의견이나, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제55조 제1항에 따라 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하고 같은 조 제2항의 위임을 받은 같은 법 시행규칙 제17조의2 제3호에 따라 평가기준일까지 발생된 소득에 대한 법인세액은 부채에 가산하여 계산하여야 하는바, 쟁점법인세액은 2011사업연도에 발생한 소득에 대한 법인세액으로 평가기준일(2012.3.31.)까지 발생된 소득에 대한 법인세액에 해당하는 것으로 보이는 점, 평가기준일 현재 확정되지 아니한 법인세액을 부채에 가산하지 아니한다는 명문의 규정이 없는 점 등에 비추어 쟁점법인세액을 부채에 가산하여 쟁점평가액을 산정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대해 살피건대, 처분청은 청구인들에게 과소신고가산세를 감면할 정당한 사유가 없다는 의견이나, 청구인들은 2012.5.20. 청구외 회계법인을 통해 쟁점평가액을 산정하였고 쟁점평가액은 조사청의 세무조사와 우리 원의 조세심판 결정(조심 2016전3748, 2018.11.19.)을 원인으로 변경되었는바, 청구인들에게 귀책이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구인들의 경우 「국세기본법」 제48조 제1항 제2호에 따른 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 대한 정당한 사유가 있는 경우라 하겠다.

다만, 청구인들이 당초 법인세와 양도소득세를 신고시 쟁점주식의 1주당 평가액을 OOO하였고 쟁점②에 대한 이 건 심판결정에 따라 쟁점주식의 1주당 평가액이 재산정될 것인바, 각 평가액의 차액을 근거로 산정되는 동 주식 평가액의 과소신고 부분에 대해서는 청구인들에게 귀책사유가 있다 할 것이므로 이에 대해서는 신고불성실가산세를 부과함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 상속세 및 증여세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21292호로 일부개정된 것)

제55조(순자산가액의 계산방법) ① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

②제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

(2) 상속세 및 증여세법 시행규칙(2011.7.26. 기획재정부령 제223호로 일부개정된 것)

제17조의2(순자산가액의 계산방법) 영 제55조 제2항의 규정에 의한 무형고정자산·준비금·충당금등 기타 자산 및 부채의 평가에 있어서 당해 법인의 자산 또는 부채에 차감하거나 가산하는 방법은 다음 각호의 구분에 의한다.

1. 평가기준일 현재 지급받을 권리가 확정된 가액은 이를 자산에 가산하여 계산할 것

2. 선급비용(평가기준일 현재 비용으로 확정된 것에 한한다)과 「법인세법 시행령」 제24조 제1항 제2호 바목의 규정에 의한 무형고정자산의 가액은 이를 자산에서 차감하여 계산할 것

3. 다음 각목의 가액은 이를 각각 부채에 가산하여 계산할 것

가. 평가기준일까지 발생된 소득에 대한 법인세액, 법인세액의 감면액 또는 과세표준에 부과되는 농어촌특별세액 및 지방소득세액

나. 평가기준일 현재 이익의 처분으로 확정된 배당금·상여금 및 기타 지급의무가 확정된 금액

다. 평가기준일 현재 재직하는 임원 또는 사용인 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액

(3) 국세기본법

제22조의3(경정 등의 효력) ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

④ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이와 관련하여 과소신고하거나 초과신고한 부분에 대해서는 제1항 또는 제2항의 가산세를 적용하지 아니한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 상속세ㆍ증여세 과세표준을 과소신고한 경우

가. 신고 당시 소유권에 대한 소송 등의 사유로 상속재산 또는 증여재산으로 확정되지 아니하였던 경우

나. 「상속세 및 증여세법」 제18조부터 제23조까지, 제23조의2, 제24조, 제53조 및 제54조에 따른 공제의 적용에 착오가 있었던 경우

다. 「상속세 및 증여세법」 제60조 제2항ㆍ제3항 및 제66조에 따라 평가한 가액으로 과세표준을 결정한 경우

라. 「법인세법」 제66조에 따라 법인세 과세표준 및 세액의 결정ㆍ경정으로 「상속세 및 증여세법」 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따른 증여의제이익이 변경되는 경우(부정행위로 인하여 법인세의 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하는 경우는 제외한다)

2. 「부가가치세법」 제45조 제3항 단서가 적용되는 경우

3. 제1호 라목에 해당하는 사유로 「소득세법」 제88조 제2호에 따른 주식등의 취득가액이 감소된 경우

제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.