국심2007부0355 (2007.05.11)

부가

기각

폐기물관리법에 의한 감염성폐기물 수집·운반·처리업의 허가를 받지 않은 사업자가 공급한 감염성폐기물 수집·운반·처리용역은 부가가치세 면세를 적용받을 수 없음

부가가치세법 제7조【용역의 공급】 / 부가가치세법시행규칙 제11조의 2【기타 의료보건위생용역의 범위】

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

청구법인은 2000년 5월부터 폐기물관리법에 의거 의료폐기물 공동운영기구를 설립하고 면세사업자등록하여 병원에 감염성 폐기물수집·운반·처리용역(이하 쟁점용역 이라 한다)을 제공하면서 병원으로부터지급받은 1,207,907,000원(이하 쟁점용역수수료 이라 한다)을 부가가치세 면세수입금액으로 신고하였다.

처분청은 청구법인에 대한 현지확인조사를 실시한 후,쟁점용역수수료를 부가가치세 과세대상용역이라고 보아 2007.1.2 청구법인에게 부가가치세 200,479,320원(2000.2기 11,824,110원, 2001.1기 7,808,110원, 2001.2기 23,033,670원,2002.1기 7,428,920원, 2002.2기 32,383,740원, 2003.1기 21,707,440원,2003.2기 24,093,660원, 2004.1기18,356,290원, 2004.2기 16,795,600원, 2005.1기 19,948,280원, 2005.2기 17,099,500원)을 경정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007. 1. 9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2000년 5월에 폐기물관리법에 의거 의료폐기물 공동운영기구를 구성하여 면세사업자로 사업자등록을 하고, OO시청에 의료폐기물 수집·운반·소각계획서를 제출한 후 OO시청에서 그 계획을 승인받고 의료폐기물을 처리하고그 대가를 받았으므로 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이다.

나. 처분청 의견

부가가치세법 제12조 제1항 제4호에 의료보건용역을 면세로 규정하고 있으며, 동법 시행령 제29조 제11호에는 폐기물관리법 제26조의 규정에 의하여 감염성폐기물 처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 감염성폐기물 수집·운반 및 처리 용역만을 부가가치세 면세로 한정하고 있는 바,

청구법인은 폐기물관리법 제26조의 규정에 의하여 감염성폐기물의 수집·운반·처리업의 허가를 받지 않고 감염성 폐기물을 수집·운반·처리하고 OO시 소재 병원으로부터 쟁점용역수수료를 지급받은 사실이 확인되므로 쟁점용역을 부가가치세 과세대상 용역으로 보아 과세한 처분에 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

감염성 폐기물 수집·운반·처리업의 허가를 받지 않은 사업자가 공급한 감염성 폐기물 수집·운반·처리용역을 과세대상 용역으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

제12조 【면 세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. ∼ 3. (생 략)

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액

5. ∼ 18. (생 략)

② ∼ ⑤ (생 략)

제13조 【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. ∼ 4. (생 략)

③ ∼ ⑤ (생 략)

(2) 부가가치세법시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(「의료법」 또는 「수의사법」의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

1. ∼ 10. (생 략)

11. 「폐기물관리법」 제26조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역

12. (생 략)

제48조 【과세표준의 계산】① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

(3) 부가가치세법시행규칙 제11조의 2【기타 의료보건위생용역의 범위】영 제29조 제7호에 규정에 의하여 부가가치세가 면세되는 의료보건위생용역은 다음의 용역으로 한다.

1. (생 략)

2. 의료법에 의하여 적출물처리업의 지정을 받은 사업자가 공급하는 적출물처리용역

3∼4. (생 략)

(4) 폐기물관리법 제26조【폐기물처리업】 ①폐기물의 수집·운반 또는 처리를 업(이하 "폐기물처리업"이라 한다)으로 하고자 하는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 폐기물처리사업계획서를 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시·도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

②환경부장관 또는 시·도지사는 제1항의 규정에 의하여 제출된 폐기물처리사업계획서를 검토하여 그 적합 여부를 폐기물처리사업계획서를 제출한 자에게 통보하여야 한다.

③제2항의 규정에 의하여 적합통보를 받은 자는 환경부령이 정하는 기준에 의한 시설·장비 및 기술능력을 갖추어 업종별로 시·도지사의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항중 환경부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다. 다만, 지정폐기물을 대상으로 하여 폐기물처리업을 하고자 하는 자는 환경부장관의 허가를 받아야 한다.

④폐기물처리업의 업종구분과 영업내용은 다음과 같다.

1. 폐기물수집·운반업

폐기물을 수집하여 처리장소로 운반하는 영업

제30조 【폐기물처리시설의 설치】①폐기물처리시설은 환경부령이 정하는 기준에 적합하게 설치하여야 하되, 환경부령이 정하는 규모 미만의 폐기물소각시설은 이를 설치·운영하여서는 아니된다.

②제26조제3항의 규정에 의한 폐기물처리업의 허가를 받았거나 받고자 하는 자외의 자가 폐기물처리시설을 설치하고자 하는 경우에는 환경부장관의 승인을 얻어야 한다. 다만, 제1호의 폐기물처리시설을 설치하는 경우를 제외하며, 제2호의 폐기물처리시설을 설치하는 경우에는 환경부장관에게 신고하여야 한다.

1. 학교·연구기관등 환경부령이 정하는 자가 환경부령이 정하는 바에 따라 시험·연구목적으로 설치·운영하는 폐기물처리시설

2. 환경부령이 정하는 규모의 폐기물처리시설

(5) 폐기물관리법 시행규칙 제10조【사업장폐기물배출자의 신고】 ①법 제24조제2항에서 "환경부령이 정하는 사업장폐기물배출자"라 함은 지정폐기물외의 사업장폐기물[폐지 및 고철(비철금속을 포함한다. 이하 같다)을 제외한다. 이하 이 조에서 같다]을 배출하는 자로서 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.

1∼4(생략)

5. 법 제25조제6항의 규정에 의하여 사업장폐기물을 공동처리(이하 "공동처리"라 한다)하는 경우 운영기구의 대표자(제15조제2항제4호 및 제4호의2의 규정에 의한 자를 제외한다)

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 감염성폐기물 수집운반 및 처리용역이 부가가치세 면세용역이라고 주장하는 반면, 처분청은 청구법인이 감염성폐기물 처리업의 허가를 받지 않아 부가가치세 과세대상용역에 해당된다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인이 주무부서인 환경부에 비영리법인 설립허가를 신청하였으나, 환경부에서는 청구법인의 정관에 제시된 목적과 사업이 비영리사업보다는 감염성폐기물 공동처리를 주요사업으로 하고 있어 사단법인을 설립하여야할 근거가 부족하다고 보아 사단법인 설립허가는 불가하다고 통보한 사실이 확인되고, 청구법인은 폐기물관리법상 감염성폐기물 수집운반처리업을 OO시청으로부터 허가를 받지 않은 사실이 확인된다.

(2) 청구법인의 정관에는 감염성폐기물공동사업에 관한 관련규정은 없고, 내부규정인 감염성폐기물 공동사업 처리 규정을 근거로 감염성폐기물의 수집·운반·처리업을 영위하고 있음이 확인된다.

(3) 부가가치세법 시행령 제29조 제11호에 폐기물관리법 제26조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집·운반 및 처리용역은 면세” 라고 규정되어 있는 바, 이는 감염성폐기물의 수집·운반·처리업의 경우 국민건강에 영향을 미칠 수 있는 점을 감안하여 관련법령에 따라 주무관청의 허가를 받은 경우에 한하여 제한적으로 부가가치세를 면제하기 위한 것으로 보이고,또한 허가를 받지 않은 경우에도 부가가치세를 면세하는 경우 허가를 받은 자에게 오히려 관련법상에서 규정하고 있는 장소·시설 등의 허가 요건 준수에 따른 불이익이 발생하게 되는 점을 감안 할 때, 주무관청이 허가를 받지 아니하고 감염성폐기물의 수집·운반·처리업을 영위하는 경우에는 부가가치세 면세를 적용 받을 수 없는 것으로 해석하는 것이 타당하다 할 것이다.

(4)위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면 청구법인의 경우 폐기물관리법상 감염성폐기물 수집·운반·처리업을 주무관청으로부터 허가를 받지 않고 내부규정인 공동사업처리 규정을 근거로 감염성폐기물의 수집·운반·처리업을 영위한 사실이 확인되고, OO시가 청구법인의 감염성폐기물 수집·운반·처리에 대하여 실질적으로 관리·감독한 사실이 확인되지 아니 하므로 처분청이 쟁점용역을 과세대상용역으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 5월 11일

주심국세심판관 주 영 섭

배석국세심판관 허 종 구

안 경 봉

김 재 구