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[청구번호]
[청구번호]조심 2015광5078 (2017. 5. 12.)
[세목]
[세목]법인[결정유형]기각
[결정요지]
[결정요지]청구법인들의 매출누락은 20**년부터 계속적?반복적으로 이루어졌고, 과세관청의 세원포착이 어렵도록 그 증빙을 고의로 파기한 것으로 보이는 점, 청구법인들은 엑셀프로그램을 통해 실제 청구법인들의 거래상황에 대해 파악할 수 있음에도 거액의 임대보증금 등을 장부에 계상하지 아니하고 이를 실질 대표이사와 관련회사에 유출한 것으로 나타나 자산?부채의 단순누락으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인들에게 이 건 부당과소신고가산세를 적용하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨
[관련법령]
[관련법령] 국세기본법 제47조의3 / 국세기본법 제12조 / 법인세법 제55조의2 / 법인세법 시행령제92조의2
[주 문]
OOO이 2015.7.2. 유한회사 OOO(대표자 OOO)에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원은 OOO의 분양원가 과대계상에 대해 일반과소신고가산세를 적용하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인 유한회사 OOO(대표자 OOO, 이하 “청구법인①”이라 한다)는 OOO에 사업장을 두고 OOO에 아파트 499세대를 매입하여 임대‧분양하는 회사이고, 청구법인 유한회사 OOO(대표자 OOO, 이하 “청구법인②”라 한다)는 OOO에 사업장을 두고 OOO 등에 아파트 766세대를 매입하여 임대‧분양하는 회사이며, 청구법인 유한회사 OOO(대표자 OOO, 이하 “청구법인③”이라 한다)는 OOO에 사업장을 두고 OOO 등에 아파트 4,344세대를 매입하여 임대‧분양하는 회사이다.
나.OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.9.22.～2015.6.11.청구법인①‧②‧③(이하 “청구법인들”이라 한다)의 2009～2013사업연도법인세 통합조사를 실시하여 청구법인들의 자산‧부채 누락 및 손익의 과대‧과소 계상을 확인하여 이를 OOO세무서장에게 통보하였고, 이에 OOO세무서장(이하 “처분청①”이라 한다)과 OOO세무서장(이하 “처분청②”라 한다)은 <별지>와 같이 관련 법인세를 각 경정‧고지하였다.
다. 청구법인들은 이에 불복하여 2015.9.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견
가. 청구인들 주장
(1) 청구법인들에 대한 과소신고가산세는 일반과소신고가산세(10%)를 적용하여야 한다.
(가) 업무무관 가지급금에 대한 인정이자와 지급이자 손금불산입액은 기업회계와 세무회계의 차이에 대한 세무조정사항인바, 이를 사기나 그 밖의 부정한 행위로 보아 부당과소신고가산세(40%)를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
(나) 청구법인들은 임대계약기간 만료 전 전출한 임차인에게 위약금을 공제한 나머지 임대보증금을 반환하면서 위약금을 수익으로 계상하지 아니하였으나, 월세 등 수입금액의 과다계상 및 경비지출액을 누락하여 누락된 수익보다 비용이 더 크므로 청구법인이 포탈한 법인세가 없음에도 사기나 그 밖의 부정한 행위로 보아 부당과소신고가산세(40%)를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
(다) 청구법인①은 OOO에 소재한 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 중 일부를 분양OOO하면서 분양원가를 산정할 때, 빌딩에서 공동으로 사용하는 주차장을 분양원가에 포함하였으나 처분청은 이를 빌딩 전체면적 중 분양면적이 차지하는 비율로 주차장 원가를 배분하여 청구법인①의 잔여 건물‧토지에 대한 장부가액을 경정하였고, 이는 단순한 신고 누락에 해당함에도 불구하고 부당과소신고가산세(40%)를 과세한 처분은 부당하다.
(라) 조사청은 청구법인들을 「조세범처벌법」위반 혐의로 검찰에 고발하였으나 OOO은 사기나 그 밖의 부정한 행위에 대한 증거불충분으로 불기소 결정을 한 사실이 있다.
(2) 청구법인들이 양도한 아파트는 「법인세법 시행령」제92조의2 제2항에 해당하는 5년 이상 임대한 매입임대주택이므로 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인들에 대한 부당과소신고가산세 적용은 정당하다.
(가) 청구법인들은 임대보증금 등으로 조성된 자금을 사외에 유출하고 이를 장부에 기록하지 아니하였고, 이에 따른 가지급금 인정이자 및 지급이자 손금불산입액을 신고하지 아니하여 법인소득을 누락하였으며, 임대수입과 위약금 등을 엑셀프로그램에 의하여 기록‧관리하고 있음에도 이를 계상하지 아니하여 법인 소득을 누락한 것은 조세포탈을 위한 소득 은닉에 해당하는바, 이는 고의적이고 적극적인 부정한 행위이므로 부당과소신고가산세를 적용하여야 한다.
(나) 청구법인들은 임대차계약서를 근거로 세대별 임대차 관리자료를 엑셀프로그램을 이용하여 임대보증금 등을 체계적으로 관리하고 있었지만 일정 시점의 엑셀자료를 삭제하여 그 내역을 확인할 수 없게 하였고, 처분청은 기존 장부 및 증빙제출을 요구하였으나 청구법인들은 이를 제출치 아니하여 「조세범처벌법」제17조 제5호에 따른 500만원의 과태료를 부과하였다.
이와 같이, 청구법인들은 과세자료를 삭제하는 등 처분청이 실제 내용을 파악할 수 없게 하였고, 누락된 임대보증금 등을 부당하게 사외유출하여 임대아파트를 취득하는데 일부 사용하기도 하였으나, 대표자의 개인자금 등으로 사용하고, 관계회사에 임의로 대여하는 등 조세를 포탈하기 위해 고의적으로 이중장부를 작성한 것이므로 이는 고의적이고 적극적인 부정한 행위에 해당한다.
(다) 청구법인①은 2013사업연도 법인세 신고시 양도소득이 발생한다는 사실을 인지하였음에도 조세를 회피하기 위해 양도차익이 발생하지 않도록 고의적으로 분양원가 OOO원을 과다계상하였으므로 부정한 행위에 해당한다.
(2) 청구법인들이 2013사업연도에 양도한 주택의 취득시기는 2007년 또는 2008년으로 임대기간 7년을 충족하지 못하였으므로 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 청구법인들에게 부당과소신고가산세를 과세한 처분의 당부
② 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분의 당부
나. 관련 법령
(1) 국세기본법
제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.
제47조의3[과소신고·초과환급신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
가.부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(국제거래에서발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액
2.제1호 외의 경우:과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고를 과소신고한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우: 다음 각 목의 금액 중 큰 금액에 제1항 제1호 나목에 따른 금액을 더한 금액
가. 제1항 제1호 가목에 따른 금액
나. 부정행위로 과소신고된 과세표준관련 수입금액에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액
2. 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항·제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고하거나 신고하지 아니한 경우: 제1항 각 호의 구분에 따른 금액에 그 과소신고되거나 무신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 더한 금액
③ 제1항 및 제2항은 「부가가치세법」에 따른 사업자가 아닌 자가 환급세액을 신고한 경우에도 적용한다.
④ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이와 관련하여 과소신고하거나 초과신고한 부분에 대해서는 제1항 또는 제2항의 가산세를 적용하지 아니한다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 상속세·증여세 과세표준을 과소신고한 경우
가. 신고 당시 소유권에 대한 소송 등의 사유로 상속재산 또는 증여재산으로 확정되지 아니하였던 경우
다. 「상속세 및 증여세법」 제60조 제2항·제3항 및 제66조에 따라 평가한 가액으로 과세표준을 결정한 경우
라. 「법인세법」 제66조에 따라 법인세 과세표준 및 세액의 결정·경정으로 「상속세 및 증여세법」 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따른 증여의제이익이 변경되는 경우(부정행위로 인하여 법인세의 과세표준 및 세액을 결정·경정하는 경우는 제외한다)
2. 「부가가치세법」 제45조 제3항 단서가 적용되는 경우
⑤ 삭제
⑥ 이 조에 따른 가산세의 부과에 대해서는 제47조의2 제3항, 제5항 및 제6항을 준용한다.
⑦ 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 계산과 그 밖에 가산세의 부과에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 국세기본법 시행령
제12조의2[부정행위의 유형 등] ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.
② 법 제26조의2 제1항 제4호 다목에서 “대통령령으로 정하는 거짓 신고 또는 누락신고를 한 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1.상속재산가액 또는 증여재산가액에서 가공의 채무를 빼고 신고한 경우
2. 권리의 이전이나 그 행사에 등기, 등록, 명의개서 등(이하 이 호에서 “등기등”이라 한다)이 필요한 재산을 상속인 또는 수증자의 명의로 등기등을 하지 아니한 경우로서 그 재산을 상속재산 또는 증여재산의 신고에서 누락한 경우
3. 예금, 주식, 채권, 보험금, 그 밖의 금융자산을 상속재산 또는 증여재산의 신고에서 누락한 경우
(3) 조세범 처벌법
제3조[조세 포탈 등] ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
(4) 법인세법
제55조의2[토지등 양도소득에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
1.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액
가. 「소득세법」 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)
나. 「소득세법」 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지
다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 “별장”이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액.다만, 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.
제92조의2[토지등양도소득에 대한 과세특례] ① 삭제
② 법 제55조의2 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
1. 「임대주택법」에 따라 다음 각 목의 구분에 따른 호수이상의 국민주택[ 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 「주택법」에 따른 주택으로서 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적( 「소득세법 시행령」 제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 주택. 이하 이호에서 같다]을 임대하고 있는 법인이 7년(서울특별시인 경우에는 10년) 이상 임대한 국민주택
가. 서울특별시인 경우: 5호
나. 인천광역시 및 경기도인 경우: 3호
다. 수도권 밖의 지역인 경우: 1호
제92조의2[토지등양도소득에 대한 과세특례] ① 삭제
② 법 제55조의2 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
1. 「임대주택법」에 따라 3호[ 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 1호] 이상의 주택[「주택법」에 따른 주택으로서 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적( 「소득세법 시행령」제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 주택. 이하 이 호에서 같다]을 임대하고 있는 법인이 5년 이상 임대한 주택
부칙 <대통령령 제22812호, 2011.3.31.>
제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제36조의2 제2항부터 제12항까지의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행한다.
제10조[토지 등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 적용례] 제92조의2 제2항 제1호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 주택부터 적용한다.
제15조[토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용받는 임대주택의 임대기간에 관한 경과조치] ① 이 영 시행 전에 종전의 제92조의2 제2항 제1호(이하 “종전의 규정”이라 한다)에 따라 임대기간 요건을 제외한 다른 요건(이하 “임대기간 외의 요건”이라 한다)을 모두 충족한 주택의 경우에는 제92조의2 제2항 제1호의 개정규정(이하 “개정규정”이라 한다)에도 불구하고종전의 규정에 따른 임대기간 요건을 충족하는 날과 개정규정에 따른 임대기간(이 영 시행일 이후 최초로 임대한 날부터 계산한다) 요건을 충족한 날 중 빠른 날에 임대기간 요건을 충족한 것으로 본다.
② 이 영 시행 전에 종전의 규정에 따른 임대기간 외의 요건을 충족하지 못한 주택의 경우에는 이 영 시행일 이후 개정규정에 따른 임대기간 외의 요건을 모두 충족한 후 최초로 임대한 날부터 주택의 임대기간을 계산한다.
다. 사실관계 및 판단
(1)청구법인①에 대한 조세범칙조사 조사종결보고서(2015년 6월)에 의하면 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.
(가) 청구법인①은 2013사업연도 임대수입을 OOO원 과대계상하고, 필요경비 OOO원을 과소계상 한 것으로 나타나며 위약금수입 OOO원을 과소계상 하였고, 건물 임대보증금 OOO원을 과소계상 하는 등 자산ㆍ부채 및 손익의 과대ㆍ과소신고가 있었던 것으로 나타난다.
(나) 조사청은 아래 <표1>과 같이 청구법인①의 가지급금‧가수금 증감내역을 조사하였고, 업무무관 가지급금에 대한 지급이자 손금불산입액을 검토한 내역은 아래 <표2>와 같으며, 업무무관 가지급금에 대한 인정이자를 검토한 내역은 아래 <표3>과 같다.
(다) 청구법인①이 소유하고 있는 OOO은 아래 <표4>와 같이 지상1층, 5층이 점포와 오피스텔로 구성되어 있고, 나머지 지상2층～4층은 주차장으로 구성되어 있으며, 청구법인①은 OOO의 2층～4층 주차장의 건설원가를 분양원가에 산입하여 분양원가를 과대계상하였고, OOO의 양도차익에 대한 조사청의 조사내용은 아래 <표5>와 같다.
(라)청구법인①의 부정행위 여부에 대해 아래와 같이 기재되어 있다.
1) 청구법인①은 엑셀프로그램을 이용하여 임대보증금, 월세수입금, 위약금 수령 등을 체계적으로 전산관리하고 있었음이 확인되고, OOO의 집무실에서 세대별 임대보증금 내역 등이 발견되었으며, OOO은 실제 임대보증금 내역을 알고 있으면서도 장부에 계상하지 아니하고 개인 자금으로 유출하는 등 조세포탈을 위한 이중장부 작성으로 판단하였다.
2) OOO은 청구법인①의 자금을 OOO에게 유출하였고, 이는 소득의 조작 또는 은폐에 해당하는 부정행위이다.
3) OOO은 청구법인①이 2013년 양도한 OOO의 경우 분양에 따른 거액의 양도차액 발생을 세무대리인 OOO 세무사로부터 확인 후, 기 분양된 상가와 오피스텔에 분양원가를 과다계상하여 OOO원에 이르는 양도차익을 과소신고한 것은 「조세범처벌법」제3조 제6항 제4호가 규정한 소득의 조작 또는 은폐에 해당하여 부정행위이다.
(마) 청구법인①은 2013사업연도 중 임대하던 아파트 17세대를 양도하면서 토지 등 양도소득 OOO원에 대한 법인세를 무신고하였다.
(2)청구법인②에 대한 조세범칙조사 조사종결보고서(2015년 6월)에 의하면 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.
(가) 청구법인②의 2012‧2013사업연도 손익의 과대‧과소계상 내역은 아래 <표6>과 같고,자산‧부채의 과대‧과소계상 내역은 아래 <표7‧8>과 같다.
(나) 조사청은 아래 <표9>와 같이 청구법인②의 가지급금‧가수금 증감내역을 조사하였고, 업무무관 가지급금에 대한 지급이자 손금불산입액을 검토한 내역은 아래 <표10>과 같으며, 업무무관 가지급금에 대한 인정이자를 검토한 내역은 아래 <표11>과 같다.
(다)청구법인②의 부정행위 여부에 대해 명의상 대표자는 OOO으로 되어 있으나 실지 대표자는 OOO의 배우자인 OOO로, 청구법인②의 임대보증금 등의 자금은 청구법인②의 장부에 계상하지 아니한 채 부당하게 유출되었다고 기재되어 있고, 조사청은청구법인②가 엑셀프로그램을 이용하여 임대보증금, 월세수입금, 위약금 수령 등을 체계적으로 전산관리하고 있었음이 확인되며, OOO의 집무실에서 세대별 임대보증금 내역 등이 발견되었으며, OOO은 실제 임대보증금 내역을 알고 있으면서도 장부에 계상하지 아니하고 개인 자금으로 유출하는 등 조세포탈을 위한 이중장부 작성으로 판단하였다.
(라) 청구법인②는 2013사업연도 중 임대하던 아파트 19세대를 양도하면서 토지 등 양도소득 OOO원에 대한 법인세를 무신고하였다.
(3)청구법인③에 대한 조세범칙조사 조사종결보고서(2015년 6월)에 의하면 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.
(가) 청구법인③의 2012‧2013사업연도 손익의 과대‧과소계상 내역은 아래 <표12>와 같고, 임대보증금 및 임대주택자산 과소계상 내역은 아래 <표13>과 같으며,그 외 자산‧부채의 과소계상 내역은 아래 <표14‧15>와 같다.
(나) 조사청은 아래 <표16‧17>과 같이 청구법인③의 가지급금 내역을 조사하였고, 업무무관 가지급금에 대한 지급이자 손금불산입액과 인정이자 익금산입액을 검토한 내역은 아래 <표18>과 같다.
(다) 청구법인③의 부정행위 여부에 대해, 명의상 대표자는 OOO으로 되어 있으나 실질 대표자는 OOO의 배우자인 OOO(청구법인③의 100%주주, OOO 진술)로, 청구법인③의 임대보증금 등의 자금이 청구법인③의 장부에 계상되지 아니하고 부당하게 유출된 사실이 있고, 엑셀프로그램을 이용하여 임대보증금, 월세수입금, 위약금 수령 등을 체계적으로 전산관리하고 있었음이 확인되며, OOO의 집무실에서 세대별 임대보증금 내역 등이 발견되었고, OOO은 실제 임대보증금 내역을 알고 있으면서도 장부에 계상하지 아니하고 개인 자금으로 유출하는 등 조세포탈을 위한 이중장부 작성으로 판단하였다.
또한, 청구법인③은 임대보증금 등에 대한 엑셀 자료를 삭제하고 최근자료만 보관하여 기존 내용을 확인할 수 없게 하였고, 조사청은 세무조사기간 중 임대보증금 등을 파악할 수 있는 장부 및 증빙서류 제출을 요구하였으나 제출 기한 안에 제출하지 아니하여 OOO원의 과태료(2014.10.28.)를 부과하였으며, 고액의 가지급금을 계상하지 아니하여 소득의 조작 및 은폐를 행한바, 고의적이고 적극적인 부정행위로 판단하였다.
(라) 처분청은 청구법인③의 2013사업연도 임대주택 양도와 관련하여 양도차익 합계액 OOO 중 임대주택의 과세특례 임대기간요건( 「법인세법 시행령」제92조의2 제2항)을 갖추지 못한 부분인 OOO원에 대해 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 과세하였다.
(4) 청구법인들에게 공통되는 사실관계는 아래와 같다.
(가) OOO의 불기소결정서(2016.10.4.)에 의하면 청구법인들의 실질 대표인 OOO에 대해 OOO 등이 「조세범처벌법」위반 혐의로 고발하였고,OOO은 청구법인들이 법인세 신고누락이사기나 그 밖의 부정한 행위로 보아야 하는지 여부에 대해 익금과 손금의 동시 누락은 회계처리 오류에 따른 것으로 익금누락보다 손금누락이 많아 법인세 탈루에 해당하지 않고, 가지급금 인정이자와 지급이자 손금불산입은 세무조정 사항이며, 조사청과 청구법인들의 토지 등 양도소득에 대한 법인세 누락은 관계 법령에 대한 해석차이로 인한 미신고라는 OOO의 주장을 배척하기 어렵고, 고발인의 주장만으로는 피의사실을 인정하기에 부족하여 증거불충분에 의한 불기소 결정을 하였다.
(나) 청구법인들에 대한 부당과소신고가산세는 손익의 과소‧과대 계상 그리고 업무무관가지급금에 따른 인정이자 및 지급이자 손금불산입에 적용되었다.
(다) 청구법인들은2011.3131. 「법인세법 시행령」제92조의2가 개정되어 2013년 양도 당시 임대기간 요건이 5년을 충족하고 있고, 기타 요구되는 요건 등을 갖추고 있어 토지 등 양도소득세에 대한 과세특례 대상이라고 주장하고 있는바, 관련법령인 「법인세법」제55조의2 제1항 제2호에 의하면 대통령령으로 정하는 주택 등을 양도한 경우 양도소득의 100분의 30을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 납부하여야 하나, 면적과 임대기간 요건을 충족하는 경우 「법인세법 시행령」제92조의2에 따라 과세하지 않도록 하고 있고, 위 시행령은 2011.3.31. 개정되어 종전 수도권 밖의 지역 임대기간 7년 이상 요건을 완화하여 임대기간 5년 이상 임대로 변경되었으나, 「법인세법 시행령」부칙 제14조 제1항에 의하면 개정 전 규정에 따른 임대기간 7년 요건을 충족하는 날과 개정에 따른 임대기간(이 영 시행일 이후 최초로 임대한 날부터 계산) 5년 요건을충족하는 날 중 빠른 날에 임대기간 요건을 충족한 것으로 보고 있다.
(5)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여살피건대,
(가)청구법인들의 매출누락은 2009년부터 계속적‧반복적으로 이루어졌고, 과세관청의 세원포착이 어렵도록 그 증빙을 고의로 파기한 것으로 보이는 점, 청구법인들은 엑셀프로그램을 통해 실제 청구법인들의 거래상황에 대해 파악할 수 있음에도 거액의 임대보증금 등을 장부에 계상하지 아니하고 이를 실질 대표이사와 관련회사에 유출한 것으로 나타나 자산‧부채의 단순누락으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인들에게 이 건 부당과소신고가산세를 적용하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
다만, 청구법인①의 OOO의 경우, 건물취득을 위한 공사원가를 분양부분과 미분양부분으로 배분함에 있어 분양부분의 분양원가에 과다하게 계상하였지만, 공사원가를 부실기재하거나 공사원가 배분을 고의적으로 은폐한 정황을 입증할 충분한 증빙이 제시되지 아니하여 이를 부정한 행위로 보기 어려워 청구법인①의 2013사업연도 법인세 OOO원 중 OOO의 분양원가 과다계상에 대해 일반과소신고가산세를 적용하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
(6) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 「법인세법」과 그 시행령이 정한 요건을 갖춘 경우 과세하지 아니하는 것이고, 2011.3.31. 「법인세법 시행령」제92조의2의 개정으로 수도권 밖의 지역의 경우 임대기간 요건이 7년에서 5년으로 단축되었지만 같은 법 시행령 부칙에서 개정된 기간요건의 적용대상을 제한하고 있는바, 청구법인들이 2013사업연도에 양도한 임대주택들은 개정된 「법인세법 시행령」시행일 이후 최초로 임대한 날부터 양도일까지 5년의 임대기간을 충족하고 있지 못할 뿐만 아니라, 최초 임대시부터 7년의 임대기간을 충족하지 못하고 있는 것으로 보여 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세 대상이 아니라는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.