조심 2019서1758 (2019.10.01)

양도

취소

처분청 의견대로 일시적 2주택자의 유예기간 연장(3년→5년)의 적용대상을 공공기관 이전 당시 이전 부서에 근무한 자에 대해서만 제한적으로 적용하기 위해서는 동 유예기간 연장의 적용대상인 “공공기관의 종사자”의 적용범위에 대한 명확한 기준을 정하였어여야 할 것이나, 관련 규정에 이에 대해 아무런 세부기준을 마련하고 있지 아니한 점, 청구인은 ‘지방이전 공공기관 종사자 등에 관한 주택특별공급 운영기준’에 따른 특별분양 청약자격을 얻어 쟁점특별분양주택을 취득한 날로부터 5년 내에 종전주택을 양도한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특별분양주택 취득일로부터 3년이 지난 시점에 종전주택을 양도하였다 하여 1세대1주택 특례 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

소득세법 시행령 제155조

OOO세무서장이 2019.2.11. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1981.4.1.～2015.12.31. 기간 동안 OOO(이하 “쟁점공사”라 한다)에서 근무하던 자로서 1994.9.27. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 ｢국가균형발전법｣ 제2조 제9호 규정에 해당되는 쟁점공사의 지방이전(부산광역시) 계획에 따라 2013.9.24. OOO(이하 “쟁점특별분양주택”이라 한다)를 특별분양으로 취득하였고, 2018.8.31. 종전주택을 양도한 후 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항 규정에 따라 쟁점특별분양주택 취득일로부터 5년 이내의 종전주택의 양도에 대해 1세대1주택 비과세를 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점공사가 수도권 밖으로 이전한 2014.12.9. 당시에는 청구인이 이전부서에 근무하지 않았으므로 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항 적용대상이 아니고, 쟁점특별분양주택 취득일로부터 3년이 지난 후의 종전주택 양도는 1세대1주택 비과세 적용대상이 아니라고 보아 2019.2.11. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO결정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항에서 정한 요건을 모두 충족하였으므로 종전주택의 양도는 1세대1주택 비과세가 적용되어야 한다.

｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항에서 그 적용요건으로 ｢국가균형발전 특별법｣ 제2조 제9호에 따른 공공기관이 수도권 밖으로 이전(이하 “①요건”이라 한다)할 것, 공공기관의 종사자가 종전에 1세대 주택을 보유(이하 “②요건”이라 한다)할 것, 종전의 주택 보유기간은 2년 이상(이하 “③요건”이라 한다)일 것, 공공기관이 이전한 시․군 또는 이와 연접한 시․군 지역에 소재하는 주택을 취득(이하 “④요건”이라 한다)할 것, 이전 지역에 있는 주택을 취득한 날부터 5년 이내에 종전의 주택을 양도할 것(이하 “⑤요건”이라 한다)을 각각 규정하고 있는바,

쟁점공사는 청구인이 재직 중이던 2014.12.9. 부산광역시로 이전(①요건)하였고, 청구인은 1994.9.27. 서울특별시 송파구 소재 종전주택을 취득하여 25년간 보유 및 거주(②․③요건)하다가 쟁점공사가 부산광역시로 이전 결정됨에 따라 2013.9.24. 쟁점특별분양주택을 취득(④요건)하였으며, 취득일로부터 5년 이내인 2018.8.31. 종전주택을 양도(⑤요건)한 것이므로 종전주택의 양도는 1세대1주택 비과세가 적용되어야 한다.

(2) 처분청은 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항에서 규정하고 있지 아니한 요건을 창설하여 청구인에게 양도소득세를 과세하였다.

(가) ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항에서 5가지 적용요건을 규정하고 있을 뿐, 해당 공공기관이 이전할 당시에 공공기관 종사자가 반드시 수도권 밖에서 근무하는 요건은 규정되어 있지 않는데도 처분청은 청구인이 쟁점공사가 부산광역시로 이전할 당시 이전부서에 근무하지 않았다는 사유로 종전주택의 양도에 대해 1세대1주택 비과세 적용을 배제하였다.

(나) ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항에서 공공기관의 지방 이전시 공공기관의 종사자가 반드시 함께 이전해야 한다는 요건을 규정하고 있지 않은 사유는 공공기관의 지방이전계획 발표 이후에도 기관 운영 상황에 따라 인력배치의 속도나 비율이 얼마든지 달라질 수 있기 때문(｢공공기관의 원활한 지방이전을 위한 계획수립 방안연구｣, 국토연구원)으로

공공기관 지방이전시 함께 지방으로 이전할 것을 예정하고, 연고도 없는 지방에 주택까지 매입한 지방이전 공공기관 종사자가 기관의 인사방침에 따라 이전시점에 해당 지역에서 근무하지 못하는 경우가 생기더라도 그들에 대해서도 일시적 2주택 해소를 위한 특례기간이 적용되어야 할 것이다.

만약, 처분청 해석대로라면 인력의 순차적인 지방배치가 이루어지는 과정에서 1차적인 지방배치 인원들만 위 특례기간을 적용받을 수 있게 되어 동 규정 취지에 부합하지 않는 결과를 초래하게 된다.

(다) 공공기관 지방이전 계획은 여러 차례의 심의 및 내부 방침 등으로 계획 내용이 변경될 수 있기 때문에, 공공기관 지방이전으로 인하여 지방에 주택을 취득한 이전기관 종사자가 기관의 인사방침으로 1차 지방배치 인원에서 제외되었다고 하여 일시적 2주택 비과세 적용요건으로 종전주택에 대해 3년의 처분기간만을 허용하게 되면 지나치게 단기간 내에 처분할 것을 강제하게 되고, ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항의 적용대상은 본래 1세대1주택 적용대상으로서 지방에 소재한 주택을 취득하지 않았더라면 당연히 비과세 적용대상자에 해당된다는 점을 감안하면 매우 불합리한 결과가 초래된다.

(라) 아울러, 지방이전 공공기관 종사자들은 공공기관이 지방으로 이전되지 않는다면 굳이 지방에 주택을 매입할 이유도 없는 경우가 대부분으로 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항은 위와 같은 일시적 2주택에 대한 종전주택의 처분기한을 5년으로 연장하여 공공기관의 지방이전을 장려함과 동시에 지방주택을 취득한 공공기관 종사자들에게 종전주택을 처분할 수 있는 충분한 기간을 부여하기 위한 취지임을 감안할 때 청구인의 종전주택의 양도는 1세대1주택 비과세 적용대상으로 해석함이 타당하다.

(3) 청구인은 공공기관 지방이전 방침에 따라 쟁점특별분양주택을 취득한 경위 등을 볼 때 종전주택 양도에 1세대1주택 비과세가 적용되어야 한다.

(가) 청구인은 쟁점공사의 지방이전계획에 따라 지방이전이 예정되어 있었기 때문에 쟁점공사 기관장이 발급한 확인서에 의해 특별공급주택인 쟁점특별분양주택을 취득할 수 있었다.

(나) 쟁점공사가 지방이전을 한 시점인 2014년 12월에 청구인은 정년을 1년 앞둔 시점이었으나, 당시 ｢고용상 연령차별금지 및 고령자고용촉진에 관한 법률｣(이하 “고령자고용법”이라 한다) 개정으로 쟁점공사도 정년을 만 60세로 상향할 지에 대한 내부적인 논의가 있어 위 경우 정년이 3년 후로 연장됨에 따라 지방이전이 예정되어 있었던 상황(실제 청구인보다 생년월일이 한해 늦은 직원들의 경우 고령자고용법 개정으로 정년이 2년 연장되어 지방으로 이전하였음)으로 실제 위 규정 개정이 늦추어짐에 따라 쟁점공사 지방이전 직전에 청구인은 1차 지방배치 인원에서 제외되었고, 통상 공공기관의 경우 정년을 1년 미만 남겨둔 시점에는 본사에서 근무하다가 정년퇴직하는 경우가 많아 2015년 6월경 예정되어 있던 2차 지방인원 인사발령 대기자에는 포함된바 있다. 처분청 의견대로라면 쟁점공사 지방이전 시점에 단 10일만 근무하더라도 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항의 적용대상이 되고, 1차 지방이전에 포함되지 않은 경우에는 그 이후 인사발령으로 지방에 근무하는 경우에는 동 규정을 적용받을 수 없게 되어 조세형평에도 부합하지 않는다.

(다) 청구인은 종전주택을 약 25년 동안 계속하여 보유하면서 거주해 왔고, 쟁점공사가 지방이전 하는 계획에 따라 연고도 없던 부산광역시에 소재한 쟁점특별분양주택을 취득하게 된 것으로 청구인은 쟁점공사 지방이전 계획에 따라 국가에서 장려한 지방이전 방침을 충실히 따랐을 뿐이다. 그러나, 쟁점공사 지방이전 직전에 청구인이 1차 지방배치 인원에서 제외되는 특별한 사정이 발생하였고, 당초 5년의 유예기간이 보장되었다가 3년 이내에 종전주택을 양도하지 않았다는 사유로 1세대1주택 비과세 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다. 더군다나, 청구인은 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항을 적용받기 위해 25년간 거주하던 종전주택을 양도할 수 밖에 없었고, 현재는 종전주택에 세입자로 거주하고 있다. 동 규정의 적용에 있어 국가가 장려한 시책을 충실히 따른 청구인에게 오히려 손해가 가해져서는 안되고, 청구인의 특별한 사정은 반드시 고려되어야 한다.

나. 처분청 의견

｢국가균형발전 특별법｣ 제2조 제9호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우로서 공공기관의 종사자가 구성하는 1세대가 해당 공공기관이 이전한 시(특별자치시․광역시 및 ｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다)․군 또는 이와 연접한 시․군 지역에 소재하는 다른 주택을 취득하는 경우 수도권 밖으로 이전할 당시 해당 공공기관에 종사하지 아니한 경우에는 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항이 적용되지 아니하는 것(서면-2019-부동산-3, 2019.1.5.)으로 청구인은 2014년 12월 쟁점공사 지방이전 당시 이전 부서에 근무하지 않은 사실이 나타나므로 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항 적용대상이 아니므로 쟁점특별분양주택 취득일 이후 3년이 지난 시점의 종전주택의 양도는 1세대1주택 비과세 적용대상으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 이전 공공기관의 종사자로서 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항의 적용요건을 충족하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제89조【비과세양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

(2) 소득세법 시행령

제155조【1세대1주택 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고, 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수 되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

???? 제1항을 적용할 때 수도권에 소재한 법인 또는 ｢국가균형발전 특별법｣ 제2조 제9호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우로서 법인의 임원과 사용인 및 공공기관의 종사자가 구성하는 1세대가 취득하는 다른 주택이 해당 공공기관 또는 법인이 이전한 시(특별자치시·광역시 및 ｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군 또는 이와 연접한 시·군의 지역에 소재하는 경우에는 제1항 중 "3년"을 "5년"으로 본다. 이 경우 해당 1세대에 대해서는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.

(3) 국가균형발전 특별법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

9. “공공기관”이란 중앙행정기관, ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣ 제4조에 따른 공공기관, 그 밖의 공공단체 중 대통령령으로 정하는 기관을 말한다.

(4) 지방이전 공공기관 종사자 등에 관한 주택특별공급 운영기준(2012.3.22. 국토해양부고시 제2012-131호)

제2조【정의】이 기준에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “종사자”란 제4조에 따른 기관(이하 “특별공급대상 기관”이라 한다)의 장이 재직증명서를 발급할 수 있는 사람(견습․수습직원, 무기계약자를 포함한다)을 말한다. 다만, 기간제근로자는 1년 이상 근무한 자로서 당해 소속된 기관이 이전하는 날까지 계약이 유지되는 자에 한한다.

제4조【특별공급 대상자】① 사업주체가 예정지구 등에서 공급하는 주택의 특별공급 대상자는 다음 각 호와 같다. 다만, 법 제29조 단서에 따라 개별이전 하는 경우에는 이전기관의 종사자로 한정한다.

1. 해당 예정지구 등으로 이전하거나 예정지구 등에 설치하는 국가기관, 지방자치단체 및 공공기관 종사자

제5조【청약자격】① 제4조에 따른 특별공급대상인 종사자는 그가 속한 기관(이하 “주택특별공급 대상기관”이라 한다)이 예정지구 등에 이전 또는 설치하기로 확정된 날(지방이전계획 승인일, 부지계약일 또는 건축승인 후 착공일을 말한다)로부터 예정지구 등에 이전 또는 설치한 날(업무개시일 또는 법인등기일을 말한다) 이후 3년이 되는 날까지의 기간 중에 근무하는 주택특별공급 대상기관의 종사자만 해당하며, 파견자 및 휴직자 등 일시적으로 주택특별공급 대상기관에 종사하지 않는 종사자의 경우 주택특별공급 대상기관의 장이 원소속 부서를 기준으로 특별공급대상 여부를 판단한다.

② 이전공공기관의 경우 제1항에 따른 주택특별공급 대상기관의 종사자는 지방이전계획상 이전하는 부서에 근무하는 종사자(지방이전계획상 이전하는 부서가 특정되어 있지 않은 경우 또는 이전하는 부서의 명칭이 변경된 경우에는 주택특별공급 대상기관의 장이 이전하는 부서에 근무함을 확인하는 자를 포함한다)만 해당한다. 다만, 이전하는 부서에 근무하는 종사자로서 지방이전계획상 잔류 대상 업무를 담당하는 자는 제외하고, 잔류하는 부서에 근무하는 종사자로서 지방이전계획상 이전 대상 업무를 담당하는 자는 포함한다.

③ 제4조 제1항 및 제5조 제1항에도 불구하고 해당 주택특별공급 대상기관이 이전하는 지역과 다른 지역으로 이전하는 이전공공기관에 1년 이상 파견근무 하는 사람에 대해서는 주택특별공급을 시행하는 지역의 관할 광역시장․도지사․특별자치도지사(이하 “시․도지사”라 한다)의 확인을 거쳐 파견된 지역에서 특별공급을 할 수 있다.

④ 제1항에 따른 특별공급 대상자는 입주자 모집공고일 현재 주택특별공급 대상기관에 근무하여야 하며, 주택특별공급 대상기관의 장은 입주자모집 공고일을 기준으로 소속직원의 특별공급 대상자 자격여부를 확인하여 별지 제1호 서식에 따른 주택특별공급 대상자 확인서(이하 “확인서”라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 입주자모집 공고일 당시 해당 주택의 입주일(주택의 입주일이 해당 기관이 이전하는 날 보다 빠른 경우에는 해당 기관이 이전하는 날을 말한다) 이전에 특별공급 대상자로서의 자격을 상실할 것으로 명확히 판단되는 사람에게는 확인서를 발급하여서는 안 된다.

제14조【부적격자 소명】사업주체가 제13조에 따라 적격여부를 확인한 결과, 입주대상자로 선정된 사람이 부적격자로 판정된 경우에는 해당 입주대상자에게 그 사실을 통보하고, 통보한 날부터 10일 이상의 기간을 정하여 소명할 수 있도록 하여야 한다.

제15조【입주대상자 선정취소 등】① 사업주체는 제14조에 따른 소명자료를 확인한 결과, 부적격자로 최종 확정된 사람에 대하여는 입주대상자 선정대상에서 제외하거나 공급계약을 취소하여야 한다.

② 입주대상자 선정이 취소된 부적격자는 그 후 특별공급 대상자로서의 자격을 갖추어도 당첨일로부터 1년 동안 ｢주택공급에 관한 규칙｣ 제19조의5에 따라 특별공급되는 다른 주택의 입주대상자로 선정될 수 없다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 통합전산망의 ‘근로소득 지급 명세서’에 의하면, 청구인이 쟁점특별분양주택 취득 당시(2013.9.24.)와 쟁점공사가 수도권 외의 지역(부산광역시)으로 이전할 당시(2014.12.9.)의 근무지는 다음과 같고, 청구인은 쟁점공사에서 2015.12.31.자로 정년퇴직 하였는바, 쟁점공사 지방 이전 이후 이전부서인 본사에서 근무한 적이 없다는 사실에 대해서는 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점공사 이전부서에 실제 근무하지 아니한 채 정년퇴직하였으므로 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제16항 규정의 적용대상이 아니라는 의견이나,

｢소득세법 시행령｣ 제155조 제1항에서 국내에 1주택을 소유한 1세대가 종전의 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(이하 “일시적 2주택”이라 한다), 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고, 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보도록 규정하면서

같은 조 제16항에서 제1항을 적용할 때 ‘수도권에 소재한 법인 또는 ｢국가균형발전 특별법｣ 제2조 제9호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우로서 법인의 임원과 사용인 및 공공기관의 종사자가 구성하는 1세대가 취득하는 다른 주택이 해당 공공기관 또는 법인이 이전한 시·군 또는 이와 연접한 시·군의 지역에 소재하는 경우에는 제1항 중 “3년”을 “5년”(이하 “유예기간”이라 한다)으로 본다’고 규정하고 있는바,

조세법률주의의 원칙상 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 비과세요건이나 감면요건도 엄격하게 해석하여야 하며 납세자에게 유리하다고 하여 합리적인 이유 없이 함부로 유추해석이나 확장해석을 하는 것은 허용되지 않는다 할 것(대법원 1999.10.12. 선고 99두6699 판결 등 같은 뜻임)인바,

위와 같이 ｢국가균형발전 특별법｣ 제2조 제9호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우 일시적 2주택자의 5년의 유예기간 적용 요건인 “공공기관의 종사자”는 문언상 다른 주택의 취득 당시를 기준으로 해석되는바, 국토교통부에서 정한 ‘지방이전 공공기관 종사자 등에 관한 주택특별공급 운영기준’에 의하면 특별분양 청약자격에 대해 지방이전계획상 이전하는 부서에 근무하는 종사자(제5조 제2항)로 엄격히 제한하고 있고, 제15조에서 부적격자에 대해서는 입주자격을 취소하는 것으로 규정하고 있는데, 청구인은 동 기준상 지방이전 공공기관 종사자에 해당되는 것으로 인정되어 쟁점특별분양주택을 취득하게 되었고, 사후에 부적격자로 입주자격이 취소된 사실이 없는 등 쟁점특별분양주택 취득 당시 동 기준에 따른 공공기관 종사자에 해당되는 것으로 보아야 할 것인 점,

처분청 의견대로 일시적 2주택자의 유예기간 연장(3년→5년)의 적용대상을 공공기관 이전 당시 이전 부서에 근무한 자에 대해서만 제한적으로 적용하기 위해서는 동 유예기간 연장의 적용대상인 “공공기관의 종사자”의 적용범위에 대한 명확한 기준을 정하였어여야 할 것이나, 관련 규정에 이에 대해 아무런 세부기준을 마련하고 있지 아니한 점,

청구인은 ‘지방이전 공공기관 종사자 등에 관한 주택특별공급 운영기준’에 따른 특별분양 청약자격을 얻어 쟁점특별분양주택을 취득한 날로부터 5년 내에 종전주택을 양도한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특별분양주택 취득일로부터 3년이 지난 시점에 종전주택을 양도하였다 하여 1세대1주택 특례 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.