[사건번호]조심2014중4523 (2014.11.25)

[세목]부가[결정유형]기각

[결정요지]쟁점폐비닐사업은 부가가치세 비과세대상에 해당하므로 관련 매입세액 중 실지귀속이 분명한 것은 전액 불공제하고, 공통매입세액에 대하여는 안분계산 대상으로 봄이 타당하고, 청구법인들이 쟁점수탁사업을 통하여 수령하는 대가가 실비 이상으로 보여 쟁점수탁사업이 부가가치세 면제대상에 해당하지 아니하므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 없음

[관련법령] 부가가치세법 제12조 / 부가가치세법 시행령제29조 / 부가가치세법 시행령제37조

[참조결정]조심2010중2936

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인(1980년 9월 환경부 산하 비영리공공기관으로 구 OOO가 2010.1.1. 청구법인으로 합병)은 구「한국환경자원공사법」에 따라 1979.8.17. 설립된 정부출연 비영리법인으로서, 폐비닐을 수집·선별하여 즉시 판매가 가능한 부분은 폐비닐 상태로 판매(이하 “쟁점①사업”이라 한다)하고, 즉시 판매가 불가능한 부분은 자체 처리시설에서 가공·처리한 후 생산된 제품을 판매(이하 “쟁점②사업”이라 한다)하며, 그 중 일부는 환경부로부터 국고보조금을 지원받아 외부에 위탁하여 처리하는 사업(이하 “쟁점③사업”이라 하고, 쟁점②·③사업을 합하여 “쟁점폐비닐사업”이라 한다)을 영위하는 한편, 국가나 지방자치단체로부터 수탁 받은 환경시설 설치·지원사업 등(이하 “쟁점수탁사업”이라 한다)을 영위하면서, 2009년 제2기 부가가치세 과세기간까지 쟁점폐비닐사업에 대하여 과세사업을 영위하는 것으로 보아 매입세액을 전액 공제받는 것으로 하여 부가가치세를 신고하여 왔고, 쟁점수탁사업에 대하여는 면세사업을 영위하는 것으로 보아 관련 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

나. 청구법인은 OOO의 법인제세통합조사(2010.4.19.～2010.5.20. 및 2011.3.19.～2011.4.29.) 결과에 따라 쟁점폐비닐사업을 부가가치세 비과세사업으로 매입세액을 불공제하고, 쟁점수탁사업을 과세사업으로 하여 2010년 제2기～2012년 제2기 부가가치세를 신고·납부하였다가,

2014.1.27. 쟁점폐비닐사업을 과세사업으로, 쟁점수탁사업을 면세사업으로 하여 매출세액과 매입세액을 각 계산하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용 안분하여 2011년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2012년 제1기 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2014.3.26. 경정청구에 대한 거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「부가가치세법」(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1항, 제2조, 제6조 제1항 및 같은 법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1항, 제2조의 규정에 의하면, 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 유체물 또는 무체물을 인도 또는 양도하는 것은 부가가치세 과세거래에 해당되고, 「부가가치세법」제17조 제2항 각 호는 공제하지 않는 매입세액을 규정하고 있는데 이는 제한적·열거적 규정이므로 사업관련성이 인정되는 매입세액은 위 규정에서 열거하고 있는 것 외에는 모두 공제되어야 하며, 이러한 특별규정 없이 그 공제를 부인할 수 없다는 것이 조세법률주의 원칙상 당연한 귀결인바(대법원 1995.12.21. 선고 94누1449 판결, 참고), 청구법인의 폐비닐 또는 폐비닐의 가공품이 「부가가치세법 시행령」제1조 제1항에 규정된 유체물에 해당되므로 처분청이 과세사업으로 인정한 쟁점①사업뿐만 아니라, 판매를 전제로 하는 쟁점폐비닐사업도 과세사업에 해당되어 관련 매입세액을 공제하여야 한다.

또한, 청구법인의 폐비닐 관련 사업을 위하여 필요한 작업에 해당되는 가공품 등의 생산 내지 외부위탁처리에 필요한 비용도 과세사업인 폐비닐 관련 사업을 위하여 투입되는 비용이라 할 것이므로 이와 관련된 매입세액은 사업관련성이 인정되는 매입세액으로서 공제되어야 할 것이고, 관련 소송의 제1심 판결(서울행정법원 2012.1.20. 선고 2011구합8048 판결)과 제2심 판결(서울고등법원 2013.8.23. 선고 2012누5277 판결)에서도 동일한 취지로 판시를 한바 있다.

(2) 「부가가치세법」제12조 제17호 및 같은 법 시행령 제37조의 규정에 의하면, 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 1에 규정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 재화 또는 용역에 대해서는 부가가치세가 면제되는바, 청구법인은 특별법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 제7호에서 정한 ‘공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업’을 하는 단체에 해당하고, 쟁점수탁사업은 청구법인이 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 재화 또는 용역에 해당하므로 부가가치세 면제대상이다.

따라서, 처분청은 이 건 처분의 공제대상인 매입세액의 범위에 관한 법리를 오해한 것으로서 위법하므로 처분청이 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 쟁점②사업은 「부가가치세법 시행령」제29조 제11호의 규정에 의거 부가가치세 면제대상이며 이와 관련된 매입세액은 불공제 대상이고, 쟁점③사업과 관련하여 발생한 매입세액은 환경부 등으로부터 지원받은 출연금과 보조금을 재원으로 지출된 것으로 이러한 출연금, 국고보조금 등은 대가관계에 따른 것이 아니라서 부가가치세 과세표준에서 제외하고 있고, 관련 매입세액은 부가가치세 비과세 관련 매입세액으로서 「부가가치세법」제17조 제2항에 의거 매입세액 불공제 대상이다.

(2) 청구법인은 쟁점수탁사업이 「부가가치세법」제12조 제1항 제17호에 의거 면세용역에 해당한다고 주장하나, OOO의 조사내용에 의하면, ‘청구법인이 사업상 수입과 정부출연금을 재원으로 운영되고 있으나, 영업이익이 발생되고 있고, 동 이익금은 정부출연금 보전으로도 부족한 기관운영비에 충당되며, 잔액이 남을 경우 잉여금으로 적립되고 있어 2004년 이후 누적잉여금이 OOO원에 달하는 바, 이는 청구법인의 사업을 통하여 수령하는 대가가 실비 이상의 대가에 해당하므로 청구법인이 제공하는 용역이 무상 또는 실비에 해당하지 않는다’고 조사된 점으로 보아 부가가치세가 면제되는 거래로 볼 수 없다(2013년 감심 제125～130호, 2013.8.29. 참조).

따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 거부처분을 한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점폐비닐사업을 부가가치세 면제 또는 비과세사업으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

② 쟁점수탁사업을 부가가치세 과세사업으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「부가가치세법」제12조 제1항 제5호에서 의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 용역의 공급에 대하여서는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제17조 제2항 제6호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매입세액 불공제하는 것으로 규정하고 있으며, 「부가가치세법 시행령」제29조 제11호는 「폐기물관리법」제25조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 같은 법 제29조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역을 법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 의료보건용역으로 범위로 정하고 있다.

(나) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인은 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리, 폐기물재활용시설의 설치·운영 등의 사업을 수행하고 있으며, 사업소에서는 농경지에 방치되는 폐비닐을 무상수거하여 일부 폐비닐은 가공과정 없이 상품으로 판매하고, 그 외의 폐비닐은 중간가공시설이나 폐비닐처리공장으로 보내어 재활용하고 있으며, 폐비닐처리공장은 「폐기물관리법」제29조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치신고를 한 사업장으로 폐비닐의 파쇄, 세척, 융용 등의 공정을 거쳐 펠렛 등의 부산물을 생산하는 재활용사업을 수행하며, 폐비닐중간시설 또한 같은 법 제29조의 규정에 의하여 폐기물시설의 설치신고를 한 사업장으로서 폐비닐을 파쇄하고 이물질을 제거한 후 박스 형태로 압축하는 재활용작업이 이루어지며, 압축물형태의 가공품이 부산물로 생산되고 있고, 2005년 이후 청구법인의 처리시설만으로는 재활용하지 못하여 적체된 폐비닐에 대하여 시멘트 킬른 연료화사업으로 소각 재활용하거나, 민간에 기술공모하여 위탁처리재활용하는 방법이 사용되고 있는데 이에 소요되는 비용은 별도로 편성된 국고보조금으로 충당하는 것으로 나타난다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 정부로부터 받는 국고보조금을 재원으로 수행하는 시멘트 킬른 및 민간 위탁소각사업은 수혜자가 모든 국민이며, 사업운영비 보전 목적의 출연금 수입은 폐비닐처리용역의 대가로 지급받는 것이 아니므로 부가가치세 비과세대상으로서, 이와 관련된 매입세액의 경우 실지귀속이 분명해 보이므로 관련 매입세액은 불공제하여야 할 것으로 보이고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 「부가가치세법 시행령」제61조의 규정에 따라 비과세사업인 국고보조금 및 출연금수입과 과세사업의 공급가액비율로 안분 계산하여 과세사업 해당분에 한하여 매입세액을 공제되어야 할 것으로 보이는 점에서 처분청이 쟁점폐비닐사업에 대하여 면세 또는 비과세사업에 해당된다 하여 전액 불공제하고 과세사업과 비과세사업 공통매입세액에 대하여는 안분계산 대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2010중2936, 2010.12.29. 합동회의, 같은 뜻임).

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 「부가가치세법」제12조 제1항 제17호에서 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 것으로서 대통령령으로 정하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 「부가가치세법 시행령」제37조 제1호에서 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역을 법 제12조 제1항 제17호에서 대통령령으로 정하는 것으로 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 청구법인은 쟁점수탁사업이 청구법인 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 재화 또는 용역에 해당하므로 부가가치세 면제대상이라고 주장하나, 청구주장을 받아들이려면 쟁점수탁사업이 「부가가치세법」제12조 제1항 제17호 및 구 「부가가치세법 시행령」제37조 제1호에 해당되는지를 판단하여야 하는바, 청구법인은 쟁점수탁사업이 실비로 공급하는 용역에 해당하는지를 심리할 수 있는 증거자료의 제시가 없는 반면, OOO이 ‘청구법인이 사업상 수입과 정부출연금을 재원으로 운영되고 있으나, 영업이익이 발생되고 있고, 동 이익금은 정부출연금 보전으로도 부족한 기관운영비에 충당되며, 잔액이 남을 경우 잉여금으로 적립되고 있어 2004년 이후 누적잉여금이 OOO원에 달하는 것’으로 조사한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점수탁사업을 통하여 수령하는 대가가 실비 이상의 대가에 해당하는 것으로 보이므로 위 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.