쟁점연구개발비에 대한 연구인력개발비 세액공제 적용 여부

가. 청구법인은 1952년 10월경 설립되어 방위산업물자의 생산 및 연구개발을 수행하고 있는 방산업체로 OOO원(2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원)을「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 하여 법인세 OOO원(2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 2013.1.21. 및 2013.3.19. 각각 제기하였다.

나. 처분청은 청구법인이 국방과학연구소, 방위사업청 등으로부터 위탁받아 수행하는 연구개발 등에 지출한 재료비와 인건비 등은 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 2013.3.21. 및 2013.4.15. 청구법인의 위 경정청구를 거부통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 경정청구 당시 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 추가 산입한 금액 중

재료비의 경우 방산물자의 연구개발사업은 모두 정부의 위탁연구용역 형태로 수행될 수밖에 없는 방위산업의 특수성과 위탁자인 정부기관이 수익사업을 영위하지 아니하여 이중으로 세액공제가 적용되지 않는 점을 고려하여 청구법인이 위탁받아 수행하는 연구개발활동 과정에서 발생한 재료비는 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당한다 할 것이고,

인건비의 경우 전업적으로 연구개발업무에 종사하여 연구개발 업무를 직접적으로 지원하는 연구보조원 및 연구관리직원에 대한 인건비 또한 세액공제 대상에 해당한다 할 것이며,

위탁연구비 등의 경우 조특법 시행령 별표6의 1.연구개발란 나목에 따라 연구개발전담부서 외에서 지출한 연구개발수행 관련 위탁연구비 등도 세액공제 적용대상에 해당한다 할 것이므로

합계 OOO원(2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원, 이하 “쟁점연구ㆍ인력개발비”라 한다)을 조특법 제10조의 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점연구․인력개발비 중 재료비의 경우 2009.2.4. 신설된 조특법 시행령 제8조 제2항 제7호에 의하면 ‘위탁받아 수행하는 연구활동’은 연구인력개발비용에서 제외하도록 규정하고 있고, 조세법률주의에 따라 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 확장해석이나 유추해석은 허용하지 않고 법문대로 해석․적용하여야 하는 것이 타당하므로 2009.1.1 이후 개시하는 과세연도부터는 위탁받은 연구개발과 관련하여 지출한 금액은 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 것으로 해석함이 타당한 점, 청구법인이 위탁받은 연구활동에 지출한 재료비 등은 도급자인 국방과학연구소 등으로부터 도급금액을 수령하여 전액 보전 받았으므로 경제적 실질 측면에서 볼 때 연구인력개발비 세액공제 비용이 발생하지 아니한 것으로 평가할 수 있고 국방과학연구소로부터 연구개발과 관련한 모든 비용을 보전받고 이와 더불어 수익도 발생하면서 세액공제을 받는 것은 오히려 이중 혜택으로 볼 여지가 있을 뿐만 아니라 청구주장과 같이 위탁하는 사업자가 민간사업자이면 세액공제를 부인하고 국가등 공공기관일 경우만 세액공제를 적용한다면 법령의 근거도 없이 민간사업자로부터 위탁받은 사업자를 부당하게 차별하는 결과를 초래하는 점, 사인간의 일반적인 위수탁 연구개발은 위탁자의 요구에 따라 수탁자가 연구개발을 완료하지 못하면 비용을 보전 받지 못하는 것으로 청구법인만의 특수한 상황은 아니므로 자기의 책임과 비용으로 연구활동을 하였다는 사유만으로 세액공제를 받을 수 있는 것이 아닌 점 등을 볼 때, 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 보기 어렵고,

인건비의 경우 위탁연구와 관련한 인건비를 연구개발 세액공제 대상에서 제외하면 추가로 증가하는 세액공제 대상이 없으며,

나머지 위탁훈련비 또한, 연구․인력개발비 세액공제가 직전 4개년의 연평균 지출액을 초과하는 금액에 대해 세액공제를 하는 방식이므로 청구법인이 주장하는 재료비와 인건비에 대해 세액공제 부인하면 위탁연구비 및 위탁훈련비에 대해 세액공제 대상으로 인정하더라도 환급할 세액이 없으므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점연구․인력개발비를 국가 등으로부터 위탁받은 연구개발 등의 용역을 수행하기 위하여 지출한 비용으로 보아 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제9조 [연구·인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

제10조 [연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제8조 [연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

동 시행령 [별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

참조조문

-조세특례제한법 시행령 제8조 제2항 제7호

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