쟁점금액을 연구ㆍ인력개발비세액공제 대상으로 볼 수 있는지 여부

가. 청구법인은 은행업을 영위하는 법인으로, 2006사업연도 법인세 신고시 전산시스템개발과 관련한 연구․인력개발비에 대한 세액 공제 OOO원을 신청하였고, OOO지방국세청장은 2009.11.13. 2006사업연도 연구․인력개발비 지출액 중 소프트웨어 구입성격의 비용은 세액공제 감면대상이 아니라고 지적하였으며, 청구법인은 소프트웨어 구입성격에 대한 세액공제신청액 OOO원을 수정 신고․납부하였다.

나. OOO지방국세청장은 2009년 6월 청구법인에 대하여 조사한 결과, 2006사업연도 연구․인력개발비에 대한 세액공제청구액 중 수탁기관의 연구개발전담부서에서 직접 수행하지 아니한 연구․인력개발비 지출액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 세액공제대상이 아니므로 세액공제를 배제할 것을 처분청에 통보하였는 바, 처분청은 OOO지방국세청장의 통보자료에 의해 2012.3.30. 청구법인에게 2006 사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비에 대한 위탁개발의 정의는 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”에게 기술개발 용역을 위탁한 경우로 규정하고 있고, 한국산업기술진흥협회의 전담부서 인가요건을 보면, 전담부서는 원칙적으로 영리행위를 할 수 없도록 제한되어 있으며, 관련법에서도 전담부서의 직원들은 해당기업의 연구업무 외에 다른업무를 겸할 수 없도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁업무를 수행하기 어렵다는 점 등을 고려할 때, 연구․인력개발비 세액공제대상은 수탁법인이 전부담부서를 보유한 것으로 충분하므로 전담부서 외 개발비도 세액공제범위에 포함되어야 한다.

2011년 실시된 감사원 특정감사시, 청구법인이 부과처분 받은 본 건에 대하여 불문의결되어 처분청의 기존해석이 유효한 것으로 유지 되었고, 최근 조세심판원 결정에서 전담부서를 보유한 법인에 재위탁한 경우에도 세액공제대상이라고 명시하였다.

따라서, 위탁개발의 경우 수탁법인이 전담부서를 보유하고 있는 경우 전담부서외 개발비도 세액공제범위에 포함된다 할 것이므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

영리업체의 전담부서 외의 부서에서 수행한 시스템개발행위는 창의적 특정기술 개발활동이 아닌 영업활동에 해당되고, 「조세특례 제한법 시행령」[별표6] 1호 나목에서 위탁연구개발의 경우 전담부서에 위탁하는 연구개발비가 세액공제대상이라고 명확히 규정하고 있으며, 전담부서 외의 부서에서 수행한 연구개발 위탁용역비에 대해 세액 공제를 인정할 경우 법령의 규정에 반하여 법적안정성을 크게 해치는 것이다.

청구법인은 관련법에서 전담부서 직원들은 해당기업의 연구업무 외에 다른업무를 겸할 수 없도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁업무를 수행하기 어렵다는 점을 고려하여야 한다고 주장하나, 교육과학기술부에서는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 할 수 있다”고 명확히 회신한 바 있고(교육과학기술부 기초과학정책과-1316, 2012.3.21 참고), 감사원의 불문처리는 아무런 법적 효력이 없는 것으로서 국세청과 조세심판원에 대한 기속력도 없다.

또한, R＆D세액공제는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 창의적 핵심기술연구개발활동에 소요된 비용에 대하여 적용하고, 위탁개발의 경우에는 수탁기업이 전담부서에서 특정기술을 개발했을 때 적용대상이다.

따라서, 영리업체의 전담부서 외의 부서에서 수행한 시스템개발 행위는 창의적 특정기술 개발활동이 아닌 영업활동에 해당되고, 「조세특례제한법 시행령」[별표6] 1호 나목에서 위탁연구개발의 경우 전담부서에 위탁하는 연구개발비가 세액공제 대상이라고 명확히 규정하고 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

연구 및 인력개발비의 경우 수탁법인의 전담부서에서 직접 수행한

것만이 세액공제대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

처분청은 영리업체의 전담부서 외의 부서에서 수행한 시스템개발 행위는 창의적 특정기술 개발활동이 아닌 영업활동에 해당되고, 「조세특례제한법시행령」[별표6] 1호 나목에서 위탁연구개발의 경우 전담부서에 위탁하는 연구개발비가 세액공제대상이라 하여 이 건 처분을 하였고, 청구법인은 위탁개발의 경우 수탁법인이 전담부서를 보유하고 있는 경우 전담부서외 개발비도 세액공제범위에 포함된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 자료를 보면, 청구법인은 2006사업연도 법인세 신고시 전산시스템개발과 관련한 연구․인력개발비에 대한 세액공제 OOO원을 신청하였고, 2009.11.13. 2006사업연도 연구․인력개발비 지출액 중 소프트웨어 구입성격비용은 세액공제 감면대상이 아니라고 지적하였으며, 청구법인은 소프트웨어 구입성격에 대한 세액공제신청액OOO원을 수정신고․납부한 후, OOO지방국세청장은 2009년 6월 청구법인에 대하여 조사한 결과, 2006 사업연도 연구․인력개발비에 대한 세액공제신청액 중 수탁기관의 연구개발 전담부서에서 직접 수행하지 아니한 연구․인력개발비 지출액 OOO원이 세액공제대상이 아니므로 세액공제를 배제할 것을 처분청에 통보하였고, 처분청은 OOO지방국세청장의 통보자료에 의해 이 건 처분을 하였다.

(2) 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에서 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 세액공제대상을 [별표6]의 비용으로 규정하고 있고, 동 [별표6]에서는 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발의 수행함에 따른 비용으로서 자체기술개발 뿐만 아니라 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 등이 포함되는 것으로 규정하고 있다.

(3) 처분청은 연구개발에 대한 세액공제는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 창의적 핵심기술연구개발활동에 소요된 비용만이 적용대상이므로 쟁점금액은 세액공제대상이 아니라는 의견이나, 「조세특례제한법 시행령」[별표6] 구분란 ‘1. 연구개발’ 중 나(위탁 및 공동연구개발)의 ①(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)에서 ‘연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발의 수행함에 따른 비용’이라고 규정하였다가 2010.2.18. 법령 개정시 ‘연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용’으로 개정하였고, 청구법인이 쟁점금액과 관련한 전산시스템 Upgrade 구축계약서(용역공급자 : 주식회사 OOO, 계약기간 : 2004.11.22.～2006.11.21., 계약내용 : 청구법인의 경영 및 영업활동에 필요한 제반 은행업무를 전산화 하는 신기술 기반의 코어뱅킹 시스템개발, 계약금액 :OOO원) 등에 관한 것으로, 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발은 아닌 것으로 나타난다.

(4) OOO지방국세청장(신고분석2과 담당자 이OOO)은 2012.9.11(화). 조세심판관회의시 ‘청구법인이 신청한 세액공제신청서(OOO 등 20개 업체)상 수탁기관이 모두 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항 [별표6]의 위탁 및 공동기술개발을 위한 전담부서를 보유하고 있다’라는 취지의 의견을 진술을 하였다.

(5) 위탁연구개발의 경우 전담부서에서 위탁업무를 수행하는 연구개발비만이 세액공제대상인지에 대하여 보면, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된「조세감면규제법 시행령」별표6에서 기술개발 용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담 부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구 활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)한 점,

「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당기업은 연구전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담 부서에서는 사실상 위탁업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고, 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발비용을 세액공제대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조), 동일 건에 대하여 감사원의 2003년 OOO지방국세청에 대한 감사시 2001사업연도 청구 법인 연구인력개발비 세액공제 관련 환급경정 청구) 과세되지 않았고, 감사원의 2011년 조세정책 및 법규실태 특정감사(2011.5.30-6.27.)시 문제 제기된 것에 대하여 2012.4.12. 감사위원회의에서 불문의결 되었다고 통지하였다(재정경제감사국 제4과-945).

(6) 위의 내용을 종합하면, 청구법인으로부터 연구개발용역을 수탁받은 업체는 모두 연구개발 전담부서를 보유하고 있음이 OOO지방국세청장에 의해 확인되었고, 쟁점금액과 관련한 용역은 청구 법인의 경영 및 영업활동에 필요한 제반 은행업무를 전산화하는 신기술 기반의 코어뱅킹 시스템 개발과 관련된 것이며, 수탁받은 업체의 전담부서에서 수행하지 아니하였다 하더라도 수탁받은 업체가 수행한 것으로 확인되는 이상, 이는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 봄이 타당하다 할 것이므로 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다[조심 2011서1923(2012.6.8.), 조세심판관합동회의. 같은 뜻임].

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.

참조조문

유사 판례