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[청구번호]
조심 2019중0670 (2019.07.29)
[세 목]
법인
[결정유형]
기각
[결정요지]
청구법인이 제출한 쟁점금액의 세부내역을 보면, ‘신사옥이전으로 인한 전기공사비’, ‘신사옥 이전으로 인한 바닥보수 공사비’, ‘신사옥 온수 및 수도설비 공사비’ 등의 명목으로 지출된 것으로 나타나는바, 이는 청구법인이 본점을 ◇◇◇◇◇에서 ◎◎◎ □□□로 이전하면서 신사옥의 인테리어나 전기․수도 공사 등을 위하여 지출한 비용으로 보이고, 이 외 쟁점금액이 조특법 시행규칙 [별표2]에서 정한 첨단기술설비 취득비용이거나 이를 구축하기 위하여 직접 소요된 부대비용이라고 인정할만한 객관적이고 구체적인 증빙이 제시되지 아니하였으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
[관련법령]
[참조결정]
국심2007부3191
[주 문]
심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 1990년부터 검체검사, 건강검진, 식품․위생검사, 임상시험 지원, 유전자 분석, 신약개발 등의 사업을 영위하기 위하여 설립된 비영리 재단법인OOO이다.
나. 청구법인은 본점을 수도권과밀억제권역인 OOO에서 OOO로 이전하면서 2013사업연도부터 2016사업연도까지 의료기기 취득 및 부대공사 등에 지출한 OOO원은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제24조에 따른 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당하고, 세액공제시 중견기업인 경우 적용되는 공제율(2015～2016사업연도 투자금액의 5%)이 적용된다고 보아 2018.7.16. 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
다. 처분청은 2014～2016사업연도에 OOO 본점에서 사용하기 위하여 지출한 의료기기 구입액 OOO원은 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당하나, 나머지 OOO원은 수도권과밀억제권역 내에 소재한 사업장OOO에서 사용하기 위하여 지출한 비용이거나 본점 이전시 발생한 건물공사비이므로 세액공제 대상에 해당하지 아니하고, 청구법인은 중소기업 업종(「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업)을 주된 사업으로 영위하지 아니하여 조특법 제24조 제1항 및 같은 법 시행령 제21조의 중견기업에 해당하지 아니한다고 보아 공제율을 5%가 아닌 3%를 적용하여 2018.10.26. 아래 ＜표1＞과 같이 OOO원을 환급하고, 나머지 청구는 거부하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.22. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 처분청이 경정청구시 부인한 2013～2016사업연도 투자액 OOO원 중 2014～2015사업연도에 ‘건설가계정’의 과목으로 회계처리된 OOO은 ‘첨단기술을 이용하거나 응용하여 제작된 설비’를 위해 소요된 비용에 해당하므로 조특법 제24조에 따른 투자세액공제 대상에 해당한다.
(가) 청구법인의 주요목적사업인 검체검사 등을 하기 위해서는 첨단장비가 반드시 필요하고, 건설가계정으로 계상된 쟁점금액은 첨단장비를 정상적으로 사용하기 위해 반드시 필요한 전용자산에 해당한다.
1) 청구법인의 검체검사, 건강검진, 식품 및 위생검사, 임상시험 지원, 유전자 분석, 진단제품 및 신약개발 등의 주요사업을 영위하기 위해서는 첨단장비(전문 의료기기, 검사․진단장비 등)가 반드시 필요하다. 이에 청구법인은 본점을 OOO에서 OOO로 이전하면서 구입한 첨단장비를 사용하기 위하여 천장․전기․바닥․폐수배관공사, 클린룸설치 등을 진행하고 이와 관련된 쟁점금액을 ‘건설가계정’으로 회계처리하였다.
2) 청구법인이 사용하는 첨단장비는 전문의료기기, 검사 및 진단 장비로, 온도․습도 등에 큰 영향을 받으며 전력사용량이나 수도사용량도 일반적인 법인의 사용량과는 달라 관련된 설비를 갖추어야 정상적으로 사용할 수 있다.
(나) 또한, 청구법인이 검체검사 등을 진행하기 위해서는 검사샘플을 온전한 상태로 보존하는 것이 필수적이며, 건설가계정의 쟁점금액은 검사샘플을 온전한 상태로 보존하기 위해 투자한 금액이다.
1) 청구법인의 검사나 검진, 임상실험 등에 사용되는 샘플의 경우 온도변화로 인해 변질되기 쉬우므로 이를 보존해야 하고, 검사 중에 발생하는 화학물질 폐기, 검사샘플 처리 등을 위해 건설가계정에 포함된 공사를 진행하였다.
2) 과세관청에서는 “내국법인의 생산성 향상을 도모하기 위하여 투자한 설비가 당해 사업에 직접 사용되는 경우 조특법 제24조에 따른 생산성 향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상이 되는 것”이라고 해석(법인세과-626, 2013.11.6., 기획재정부 조세특례제도과-241, 2012.3.26.)하였고, 조세심판원(2007부3191, 2008.1.10.)은 “사업과 관련하여 설비한 자산이 내국법인의 사업에 직접 사용되는 필수적인 사업용 자산에 해당하는 경우 (임시)투자세액공제는 타당하다”고 판단한바 있다.
(2) 청구법인이 영위하는 사업은 조특법 시행령 제2조에서 규정하고 있는 중소기업 업종 중 ‘「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업’에 해당한다.
(가) 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 조특법 제24조 제1항에 서 “내국인이 생산성 향상을 위하여 ‘첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비’ 등에 투자하는 경우 투자금액의 100분의 3(중견기업의 경우 100분의 5)에 상당하는 금액을 법인세에서 공제한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제10조 및 제21조에서 중견기업이란 같은 법 시행령 제2조 제1항에 따른 업종을 주된 사업으로 영위할 것 등을 그 요건으로 규정하면서, 제2조 제1항에서 중소기업의 업종으로 “「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업”을 규정하고 있다.
(나) 조특법상 중소기업을 판단할 때 상시 사용하는 종업원 수․자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」별표1의 규정에 의하며 해당 기업의 업종의 분류 및 분류기호는 한국표준산업분류에 따르도록 하고 있는바, 한국표준산업분류표상 청구법인이 영위하는 ‘보건업(코드번호 86)’은 ‘인체질환의 예방과 치료를 위한 보건서비스를 제공하는 산업활동’을 말하고, 이는 병원, 의원, 공중보건의료업, 기타보건업으로 분류되는데, 청구법인은 이 중 ‘외래환자를 위주로 진료행위를 하는 의료기관’인 의원에 속하며, 의원은 다시 일반의원, 치과의원, 한의원, 방사선진단 및 병리검사 의원으로 분류되는데, 청구법인은 이 중 ‘혈액검사 및 진단촬영을 포함한 진단서비스를 제공하는 의료기관’인 ‘방사선진단 및 병리검사 의원’에 포함된다.
(다) ‘보건’과 ‘의료’의 사전적정의(‘보건’이란 건강을 온전하게 잘 지킴, 병의 예방, 치료따위로 사람의 건강과 생명을 보호하고 증진하는 일’이고, ‘의료’는 ‘의술로 병의 고침, 또는 그런 일’)와 「보건의료기본법」제2조의 기본이념(보건의료를 통하여 모든 국민이 인간의로서의 존엄과 가치를 가지며 행복을 추구할 수 있도록 하고 국민 개개인이 건강한 삶을 영위할 수 있도록 제도와 여건을 조성하며, 보건의료의 형평과 효율이 조화를 이룰 수 있도록 함으로써 국민의 삶의 질을 향상) 등을 고려하면, 일반적으로 보건업은 의료업을 내포하고 있다고 보아야 한다.
(라) 또한, 「의료법」제3조에서 의료행위를 하는 의료기관을 의원급 의료기관, 조산원, 병원급 의료기관으로 열거하고 있고, 여기서 의료행위란 같은 법 제12조에 “의료인이 하는 의료․조산․간호 등 의료기술의 시행”이라고 정의하고 있으며, 의료기관을 개설하려는 경우 같은 법 제33조에 따라 ‘의료기관 개설신고 증명서’를 발급받아야 하고, 의료기관을 개설하지 아니하고는 의료업을 할 수 없다고 명시하고 있는바, 청구법인은 2015.3.5. OOO시장으로부터 ‘재단법인 OOO의 명칭으로 의료기관 개설신고증명서를 발급받은 사실이 있으며, 해당 증명서에는 ‘진단검사의학과’, ‘병리과’가 진료과목으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 청구법인은 「의료법」상 의료기관 중 ‘의원’에 해당하므로 조특법 시행령 제2조 제1항에 따른 중소기업 업종을 영위하고 있는 것으로 보아야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인이 건설가계정으로 계상한 쟁점금액은 조특법 제24조에 따른 투자세액공제 대상에 해당하지 아니한다.
(가) 조특법 제24조 제1항 제2호에 의하면, 청구법인이 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비에 투자하는 경우 그 투자금액의 일정부분에 상당하는 금액을 법인세에서 공제할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제21조 및 같은 법 시행규칙 제12조에서 생산성향상시설에 대하여 [별표2]에 첨단기술설비로서 당해 사업에 직접 사용되는 것으로 열거되어 있으나, [별표2]에 규정한 설비 중 청구법인이 주장하는 쟁점금액과 관련된 공사비는 포함되어 있지 아니하다.
(나) 청구법인은 2014사업연도 중 OOO와 연구소 이전건립을 위한 업무협약을 체결하고 사업장을 수도권과밀억제권역인 OOO에서 OOO로 이전하였는바, 청구법인이 건설가계정으로 계상한 쟁점금액 내역을 보면, 대부분 신사옥의 인테리어 공사비, 전기 및 배관공사비, 냉난방 공사비, 전산실 이전 구축공사 및 창호공사 등을 위해 지출한 것으로, 이는 청구법인이 사업장을 이전하면서 지출한 통상적인 건축물 및 부대공사 비용에 불과하므로 쟁점금액은 생산성향상 시설 투자세액공제 대상에 해당하지 아니한다.
(2) 청구법인은 「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업을 주된 사업으로 영위하고 있지 아니하므로 중견기업에게 적용되는 공제율을 적용할 수 없다.
(가) 2014.12.23. 법률 제12853으로 개정되어 2015.1.1.부터 시행된 조특법 제24조에 의하면, 중견기업의 경우 투자금의 100분의 5에 상당하는 금액을 법인세에서 공제한다고 되어 있고, 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 조특법 시행령 제10조 제1항에서 중견기업이란 제2조 제1항에 따른 업종을 주된 사업으로 영위하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제2조 제1항에서 “「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업”을 중소기업 업종의 하나로 열거하고 있고, 「의료법」제3조 제1항에서 “의료기관이란 의료인이 공중 또는 특정 다수인을 위하여 의료․조산의 업(이하 “의료업”이라 한다)을 하는 곳”을 말한다고 규정하고 있다.
(나) 청구법인은 검체검사, 임상시험 지원, 유전자 분석 등을 주된사업으로 영위하는 비영리법인으로, 처분청 방문시 ‘공중 또는 특정 다수인을 위하여 의료업’을 하는 현장을 확인하지 못하였고, 2015사업연도 법인세 신고시 제출한 중소기업 등 기준검토표에도 청구법인이 중소기업 업종을 주된 사업으로 영위하고 있지 않은 것으로 신고하였으므로 의료기관 개설신고를 하였다는 사실만으로 청구법인이 「의료법」에 따른 의료업을 주된 사업으로 영위한다고 보기 어렵다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 쟁점금액이 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부
② 청구법인이 중소기업 업종인 ‘「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업’을 주된 사업으로 영위하고 있는지 여부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 법인등기부등본에 의하면, 청구법인은 OOO 설립되었고, 명칭은 OOO이며, 사업목적은 다음과 같다.
(나) 국세청 전산자료에 의하면, 청구법인의 본점은 OOO에 소재하고, 지점은 OOO을 소재지로 하여 OOO으로 등록되어 있다.
(다) 청구법인 정관의 주요내용은 다음과 같다.
(라) 청구법인이 2013～2016사업연도에 지출한 의료기기 구입비용 및 건축공사비용 등은 아래 ＜표2＞와 같다.
(마) 청구법인은 2018.7.16. 조특법 제24조에 따라 위 ＜표2＞의 지출액에 대하여 ‘생산성향상시설 등에 대한 투자세액공제’를 적용하고, 중견기업에 해당하므로 2015사업연도부터 투자금액의 5%의 공제율을 적용하여 달라는 취지로 아래 ＜표3＞과 같이 경정청구를 하였다.
(바) 처분청의 경정청구 검토보고서(2018년 10월)의 주요내용은 다음과 같다.
1) 2013～2014사업연도분 경정청구에 대하여 보면, 조특법 제130조 제1항에 따라 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 중소기업이 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 제24조 제1항 제1호를 적용하지 아니하므로 본점을 OOO로 이전하기 전인 2013～2014사업연도에 투자한 금원은 세액공제 대상에 해당하지 아니하나, 2014사업연도에 지출된 투자금액 중 주식회사 OOO에게 지급한 의료기기 구매액 OOO원(2014.10.1. 계약, 2015.1.21. 설치)은 2014사업연도에 계약하였으나 청구법인이 2015사업연도에 수도권과밀억제권역이 아닌 OOO로 이전하면서 OOO본점에 설치하기 위하여 지출한 것으로 확인되므로 이에 대한 세액공제는 인정한다.
2) 2015～2016사업연도분 경정청구에 대하여 보면, OOO본점에 설치된 의료장비는 세액공제 대상에 해당하나, 건축물 및 부대공사와 관련하여 지출한 금액(건설가계정, 건물부속설비, 비품으로 계상된 항목)이나 수도권과밀억제권역에 있는 OOO에서 사용하기 위하여 취득한 사업용 고정자산의 취득금액은 세액공제 대상에 해당하지 아니한다.
(사) 청구법인은 위 ＜표2＞의 ‘비품’, ‘건설가계정’, ‘건물부속설비’로 계상한 비용 중에서 ‘건설가계정’으로 계상된 항목의 일부는 투자세액공제 대상이라는 취지로 이 건 심판청구를 제기하였다.
(2) 청구법인이 2015사업연도 법인세 신고시 제출한 「중소기업 등 기준검토표」에 의하면, 중견기업 요건 중 ⓛ 조특법상 중소기업 업종을 주된 사업으로 영위할 것, ② 상호출자제한기업집단 소속기업이 아닐 것, ③ 직전 3년 평균 매출액 3천억원 미만일 것이라는 요건에 모두 N 표시한 것으로 나타나는바, 동 요건 중 ①의 업종 요건을 제외한 ②, ③의 중견기업 요건을 청구법인이 충족한다는 점에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.
(3) 청구법인의 2015～2016사업연도 법인세 신고서에 의하면, 수입금액은 아래 ＜표6＞과 같다.
(4) 청구법인이 제출한 증빙서류의 주요내용은 다음과 같다.
(가) 청구법인이 심판청구시 건설가계정으로 계상된 비용 중 투자세액공제대상이라고 주장하는 항목은 아래 ＜표7＞과 같은바, 세부내역에 의하면, ‘신사옥이전으로 인한 전기공사비’, ‘신사옥 이전으로 인한 바닥보수 공사비’, ‘신사옥 이전에 따른 전기공사비’, ‘신사옥 온수 및 수도설비 공사비’ 등의 명목으로 지출된 것으로 나타난다.
(나) 청구법인이 「의료법」제33조 및 같은 법 시행규칙 제25조에 따라 발급받은 의료기관 개설신고증명서OOO의 주요내용은 아래 ＜표8＞과 같다.
(다) 한국표준산업분류 제10차 개정 분류 해설서(통계청 고시 제2017-13호 2017.1.13.)의 주요내용은 다음과 같다.