실지조사금액을 양도가액, 소유권이전등기일을 양도시기 본 처분의 당부(기각)

가. 청구인은 2005.12.29. OOO에게 OOOO OOO OOO OOO OOOOO 대 1,987㎡ 등 13필지(이하 “쟁점토지”라 한다) 토지에 대한 소유권이전등기를 한 후, 2006.5.30. 처분청에 실지거래가액(양도가액 520,000,000원, 취득가액 5,000,700원, 토지형질변경 등 필요경비 300,000,000원)에 의한 양도소득세 41,580,000원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 공동매수자 OOO이 쟁점토지 등에 대한 전체 거래금액이 3,200,000,000원임을 확인함에 따라 별지<표1>과 같이 쟁점토지에 대한 양도가액을 2,716,279,876원으로 경정하여 2007.12.17. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 699,942,080원을 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.15. 이의신청을 거쳐 2008.4.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인과 매수자 OOO은 2004년 6월경 쟁점토지에 설정된 은행채무를 승계하는 조건으로 매매계약을 체결하여 계약금으로 2004.6.30.에 1억원, 2004.9.22.에 1억원, 중도금 및 잔금으로 2004.11.24.에 3억원을 지급받았지만, 그 당시 은행이 부동산담보대출 비율을 하향조정함에 따라 매수인이 건물을 준공한 후에 채무인수가 가능하였기에 쟁점토지에 대한 소유권을 곧바로 이전하지 못하고 2005년에 소유권이전등기를 한 것이다. 2004년 12월 매수자 OOO 명의로 건축허가가 접수되었고, 2005.1.31. 매수자 OOO이 주유소를 설치하고자 OOOO OOOO로부터 농지전용 변경허가를 받았으므로 쟁점토지에 대한 소유권은 2004년에 실제 이전된 것이다.

청구인은 최초 매매계약서에 총 매매대금을 3,200,000,000원으로 책정하였지만, 매매한 토지 중 OOO 소유 토지는 260,000,000원에 직접 거래되었고, 처분청이 조사한 바와 같이 쟁점토지의 매매대금 27억1천6백만원 중 계약금과 잔금으로 5억원을 받았으며 나머지 잔금 22억원은 은행채무를 승계하는 조건이었다. 쟁점토지 등기부에는 소유권이전등기가 2005년에 이루어졌지만 잔금 청산 및 부동산인도가 2004년도에 모두 이루어진 경우이므로 양도시기를 2004년 12월로 보아 기준시가로 과세함이 타당하다. 한편, 청구인이 양도소득세를 실지거래가액으로 신고한 것은 2005년에 OOOO OOO이 투기지역으로 고시된 이후라서 어쩔 수 없이 그렇게 신고한 것이며, 양도소득세 신고시 제출한 검인계약서는 매수인 OOO이 동업관계에 있는 OOO에게 토지소유권을 이전하면서 작성한 것이므로 청구인이 양도소득세를 탈루하고자 검인계약서를 작성하여 제출한 것은 아니다. 설령, 실지거래가액으로 양도소득세를 계산할 경우에도 쟁점토지의 취득가액은 환산가액으로 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

부동산에 대한 양도시기는 대금청산일과 소유권이전등기일 중 빠른 날이 되는 것이며, 대금청산일을 언제로 볼 것인지는 매매계약서상의 계약조건, 매매대금의 수수상황, 거래당시의 정황, 당해 부동산에 설정된 근저당권 등을 종합하여 판단하여야 할 것인바, 쟁점토지는 당초 매수인 OOO과 청구인 간에 대금청산이 이루어지지 않은 상태에서 2005.12.29. OOO에게 소유권이전등기가 이루어졌고, 등기부등본에는 2006.3.30. 쟁점토지에 대한 근저당설정 사항이 변경된 것이 나타나므로, 소유권이전등기일인 2005.12.29.을 양도시기로 적용한 것은 정당하다. 또한, 청구인은 양도소득세를 실지거래가액으로 계산할 경우에도 환산가액으로 취득가액을 적용하여야 한다고 주장하지만, 쟁점토지에 대한 취득당시 실지거래가액이 확인되는 경우이므로 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 실지거래가액으로 신고한 금액이 사실과 달라 처분청이 실지조사한 금액을 양도가액으로, 소유권이전등기일(2005.12.29.)을 양도시기로 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우

6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률등을 감안하여 당지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

(2) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래 가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

(3) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(3-1) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(괄호생략)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(4) 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(4-1) 소득세법시행령 제176조의 2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 제1호 내지 제7호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가

제3항 제1호의 매매사례가액 × ―――――――――――――――

또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(괄호생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지에 대한 ‘매매계약서’(일자 미기재, 매도인 청구인, 매수인 OOO, 입회인 중개인 OOO)에는 청구인이 OOO에게 OOOO OOO OOO OOO OOOOO 외 14필지(4000평의 지분 50%)를 3,200,000,000원에 매매하기로 하면서, 본 계약은 은행대출 승인후 체결한다고 기재되어 있다.

(2) 처분청의 ‘양도소득세 조사서’(2007년 11월)에는 청구인 소유의 13필지 토지와 OOOO OOO OOO OOO OOOOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO, OOOOO번지 OOO 소유의 8필지 토지, OO O OOOOO번지 OOO 소유의 1필지 토지 및 OO O OOOOO, OOOOO, OOOOO 번지 OOO 소유의 건물 등 OOOOOO O OOO OOO 일체가 OOO, OOO에게 3,200,000,000원에 양도된 경우이므로 청구인의 실지 양도가액은 2,716,279,876원, OOO과 OOO의 양도가액은 240,000,000원, OOO의 양도가액은 243,720,124원으로 경정한다고 기재되어 있다.

(3) 처분청이 이 건 심리자료로 제출한 영수증(영수증을 받는자 미기재)에는 청구인이 쟁점토지 대금으로 2004.11.24. 500,000,000원, 2005.3.31. 100,000,000원을 각각 수령하였음이 나타난다.

(4) 매수자 OOO(OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOO OOOOOOOO)이 처분청에 제출한 ‘부동산 거래사실 확인서’(2007.10.9.)에는 자신이 2006.3.21. OOO 외 1인이 소유하던 OOOO OOO OOO OOO OOOOO 외 8필지 토지 3,531㎡를 3,200,000,000원에 거래하였음을 확인한 것으로 나타난다.

(5) OOOO OOOO가 매수자 OOO에게 통지한 ‘농지전용허가서’(2005.1.31.)에는 매수자 OOO이 쟁점토지 중 OOOO OOO OOO OOO OOOOOOOO와 OOO 소유의 토지 중 OO O OOOOO, OOOOOOO에 대하여 2005.1.31. OOOO으로부터 ‘주유소 설치’ 목적의 ‘농지전용(변경)허가증’을 발급받았음이 나타난다.

(6) 쟁점토지의 ‘등기부등본’에는 청구인 소유의 토지 13필지가 2005.12.29. 매매를 원인(원인일 2005.12.26.)으로 OOO에게 소유권이전등기를 하였으며, OOO과 OOO 소유의 토지는 2006.3.21. OOO에게 소유권이전등기를 하였음이 나타난다.

(7) 청구인의 ‘양도소득세 신고서’ 및 처분청의 ‘양도소득세 경정결의서’에는 청구인이 쟁점토지에 대한 매매가액이 520,000,000원으로 기재된 검인계약서를 첨부하여 2006.5.30. 실지거래가액(양도시기 2005.12.29., 양도가액 520,000,000원, 취득가액 5,000,700원, 토지형질변경 등 필요경비 300,000,000원)에 의한 양도소득세를 신고한 데 대하여, 처분청은 쟁점토지의 실지 양도가액을 2,716,279,876원으로 경정하고 취득가액을 청구인이 당초 신고한 가액 5,000,700원(매매계약서 첨부)으로 계산하여 양도소득세 699,942,086원을 경정결정한 것으로 나타난다.

(8) 이를 바탕으로, 청구인이 실지거래가액으로 신고한 금액이 사실과 달라 처분청이 실지조사한 금액을 양도가액으로, 소유권이전등기일(2005.12.29.)을 양도시기로 적용하여 양도소득세를 부과한 처분이 타당한지를 살펴본다.

(가) 소득세법 제114조 제4항에서는 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제162조 제1항에서는 부동산에 대한 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 ‘대금청산일’을, 대금청산일이 불분명한 경우에는 부동산등기부에 기재된 ‘등기접수일’을 양도시기로 적용한다고 규정하고 있다.

(나) 이 건의 경우, 청구인이 실지거래가액으로 신고한 금액이 사실과 달라 처분청이 실지조사에서 확인한 금액을 쟁점토지의 양도가액으로 적용한 경우로서 청구인은 쟁점토지에 대한 대금청산이 2004년에 사실상 이루어졌다고 주장하지만, 쟁점토지의 등기부등본에는 소유권이전등기원인일이 2005.12.26.로 기재되어 있는 점, 청구인이 이 건 양도소득세 신고시 쟁점토지의 양도시기를 2005.12.29.로 기재한 점, 청구인이 2005.3.31. 쟁점토지 대금의 일부인 1억원을 수령하고 이에 대한 영수증을 교부한 점, 매수자 OOO이 2006.3.21. 이 건 관련토지를 취득하였다고 확인한 점 등을 감안하면, 쟁점토지에 대한 대금청산이 2004년에 사실상 이루어졌다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(다) 또한, 청구인은 쟁점토지에 대한 취득가액을 환산가액으로 적용하여야 한다고 주장하지만, 청구인이 이 건 양도소득세 신고시 쟁점토지 취득과 관련된 계약서를 첨부하여 매매계약서의 금액을 실지거래가액으로 신고한 경우로서 처분청이 이를 실지거래가액으로 인정하였는바, 청구인이 취득에 관한 계약서가 사실과 다르게 작성되었음을 입증하지 않는 한 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(9) 따라서, 처분청이 실지조사에서 확인한 금액을 양도가액으로, 소유권이전등기일을 양도시기로 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.