[청구번호]조심 2011부5016 (2012. 3. 6.)

[세목]법인[결정유형]경정

[결정요지]중소기업에 해당하였던 법인에 새로이 실질적 독립성 요건에 변동이 생겨 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이므로 이에 대하여는 중기법 개정령의 경과규정을 적용할 수 없고, 중기법 개정령의 기준에 따라 실질적 독립성 요건을 상실하여 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보는 것이 타당함

[관련법령] 조세특례제한법 제7조 / 조세특례제한법 제26조

[참조결정]조심2009구0189 / 국심2000서2348

[따른결정]조심2009구0189

OOO세무서장이 2011.11.4. 청구법인에게 한 법인세 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원 및 2008사업연도 OOO원의 부과처분은

1. 청구법인이 심판청구시 지출내역을 제출한 OOO원(2006년 OOO원, 2007년 OOO원)이 임시투자세액공제 대상 지출액인지 여부를 재조사하여 임시투자세액공제 대상 지출액에 해당하는 경우, 처분청이 중소기업특별세액감면 적용을 배제한 세액의 범위내에서 임시투자세액공제를 적용하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 ‘자동차부품 제조업’을 영위하는 법인으로, 2006～2007사업연도에는 청구법인이 2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정된 「중소기업기본법 시행령」(이하 “중기법 시행령”이라 한다) 부칙 제2조의 유예기간 적용대상이라 판단하여 중소기업 특별세액감면을 적용하여 법인세 신고를 하고, 2008사업연도에는 중소기업이 아닌 것으로 보아 중소기업 특별세액감면을 적용하지 아니하고, 임시투자세액공제를 적용하여 법인세 신고를 하였다가, 동 부칙의 유예기간을 2008.12.31.까지로 연장한 2007.9.10. 대통령령 제20260호로 개정된 「중기법 시행령」의 부칙에 따라 2008사업연도에도 중소기업 특별세액감면을 적용하는 것으로 2008사업연도 법인세 경정청구를 하여 관련 세액을 환급받았다.

나. 이후, 처분청은 감사원의 감사결과 처분지시에 따라 청구법인이 중소기업이 아닌데도 중소기업에 대한 세액감면을 받았다고 보고 중소기업 특별세액감면 적용을 배제하고 2008사업연도에 대하여는 당초 법인세 신고시 청구법인이 적용하였던 임시투자세액공제를 적용하여 2011.11.4. 청구법인에게 법인세 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.11.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

(1) 청구법인은 중기법 시행령 개정령 시행일에 자산총액 OOO원 이상인 일본국법인 OOO가 청구법인 발행주식 총수의 30%이상을 소유하고 있어 종전 규정에 의하면 중소기업이었으나 그 시행으로 중소기업이 아니게 되었으므로 중기법 시행령 개정령 부칙 유예기간의 적용대상에 해당하여 2008.12.31.까지 중소기업으로 의제됨에도 사실관계를 착오하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(2) 설사, 청구법인을 중소기업으로 보지 않는다 하더라도, 조세특례제한법상 중소기업특별세액감면과 임시투자세액공제는 중복 적용이 불가능하여 청구법인은 사업용 자산에 대한 투자를 하였음에도 불구하고 임시투자세액공제보다 유리한 중소기업특별세액감면만을 적용하였는바, 중소기업특별세액감면을 배제하는 경우 임시투자세액공제를 적용해주어야 할 것인데도 처분청은 2008사업연도에만 이를 적용하였으므로 2006～2007사업연도 법인세도 임시투자세액공제를 하여 세액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 중기법 시행령 개정령 부칙의 경과조치는 중기법 시행령 개정령 시행당시 중소기업에 해당하던 기업이 다른 요건의 변동 없이 오직 중기법 시행령 개정령의 시행만으로 인하여 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에만 적용되는 것인데, 청구법인의 경우처럼 중기법 시행령 개정령 시행일에 자산총액 OOO원 이상이던 OOO가 청구법인 발행 주식의 40%를 소유하다가 시행일 이후인 2005.12.29. 주주가 변동되어 OOO는 지분을 상실하고 중기법 시행령 개정령 시행일에 자산총액 OOO원 미만이던 OOO이 청구법인 발행주식 100%를 소유하게 되었는데 그 자산총액이 5천억원 이상이 되었다면 청구법인은 중기법 시행령 개정령의 시행만으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이 아니라 청구법인의 실질적 독립성 요건에 변동이 생겨 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이므로 그와 같은 경우에는 중기법 시행령 개정령 부칙의 유예기간을 적용받을 수 없다.

(2) 또한, 임시투자세액공제는 대통령령이 정하는 바에 따라 법인세 신고기한 내에 세액공제신청을 하거나 경정청구 기간 내에 적법하게 신고하여야 할 수 있는 것이고, 새로운 투자액도 확인되지 않으므로 중소기업특별세액감면을 적용할 수 없는 경우에 임시투자세액공제를 적용하여야 한다는 주장도 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 2005.12.27. 개정된 중기법 시행령 개정령 부칙 제2조에 따라 청구법인이 2006～2008사업연도에도 중소기업에 해당된다고 볼 수 있는지 여부

② 중소기업특별세액감면 적용이 배제되는 경우, 임시투자세액공제를 적용할 수 있는지 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다(단서 및 이하 생략).

제26조 [임시투자세액공제] ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. (단서생략)

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

제127조 [중복지원의 배제] ④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조(주: 중소기업에 대한 특별세액감면), 제12조의2, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 법률 제4666호로 조세감면규제법개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제4항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조(주: 임시투자세액공제), 제94조, 제104조, 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 ① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제4조제1항에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 제조업(이하 각 업종 생략)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 「증권거래법」에 의한 주권상장법인·협회등록법인으로서 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29>

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호의 규정에 적합할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각호의 1의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 「중소기업기본법 시행령」 별표의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다.

제23조 [임시투자세액공제] ① 법 제26조제1항에서 "대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액"이라 함은 광업, 제조업(이하 업종 생략)을 영위하는 내국인이 2007년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

② 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 7을 말한다.

③ 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 과세연도"라 함은 제1항의 규정에 의한 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다.

④ 제1항 및 제3항의 규정을 적용함에 있어서 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항의 규정을 준용한다.

⑤ 법 제26조 제1항의 규정에 의하여 세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 중소기업기본법 시행령(2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것)제3조【중소기업의 범위】중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항의 규정에 의한 중소기업은 다음 각호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 당해 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 당해 기업의 상시근로자수·자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 적합한 기업. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 기업을 제외한다.

가. 상시근로자수가 1천명 이상인 기업

나. 증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인

2.소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업

(4) 중소기업기본법 시행령(2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정된 것) 제3조【중소기업의 범위】「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항의 규정에 의한 중소기업은 다음 각호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 당해 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 당해 기업의 상시근로자수·자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 적합한 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업을 제외한다.

가. 상시근로자수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인

2. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업

[별표 2]

중소기업의 소유 및 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조제2호관련)

1.제3조제1호 나목의 규정에 의한법인이 발행주식( 「상법」 제370조의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다) 총수의100분의 30이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것

2. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

부칙 제2조 (경과조치) 이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하는 회사를 제외한다)에는 이 영 시행일부터 3년간은 이를 중소기업으로 본다.

(5) 중소기업기본법 시행령(2007.9.10. 대통령령 제20260호로 개정된 것) 부칙 제2조 (경과조치) 2005년 12월 27일 당시 대통령령 제19189호 중소기업기본법 시행령 일부 개정령 부칙 제2항에 따라 중소기업에 해당하는 것으로 보는 기업은 2008년 12월 31일까지 이를 중소기업으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면감사원은 ‘국제거래 과세실태 특정감사’ 결과 청구법인 외 6개 법인이 자산 5천억원 이상 법인이 지분의 30%이상 소유하고 있어 중소기업에 해당되지 않음에도 아래 <표1>과 같이 중소기업에 대한 특별세액감면 등을 적용받았다고 지적하면서 부당하세 감면·세액공제된 법인세를 징수하라는 취지의 처분지시를 하였고 이에 처분청은 청구법인에게 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 아니하고 이 건 법인세를 부과하였다.

OOO

(2) 청구법인의 주주현황은 아래 <표2>와 같다.

OOO

(3) OOO, 이글공업의 자산총액은 아래 <표3>과 같다.

OOO

(4) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 중기법 시행령 개정령 부칙의 경과조치는 시행령 개정으로 인한 제도변경 등으로 인해 예상하지 못한 불이익을 방지하기 위하여 기존 법령에 의해 혜택을 누리고 있었던 기업들에 대하여 기업경영의 안정성을 보장하고자 일정기간 적용시한을 연기하여 기한의 이익을 주는 제도라는 점, 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 의하면 중소기업이 실질적 독립성이 없는 기업으로 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위 경과규정은 ‘중기법 시행령 개정령 시행 당시’ 중소기업에 해당하는 기업이 다른 요건의 변동 없이 오직 개정령의 시행만으로 인하여 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에만 적용되는 것이고, 그 시행 이후에 실질적 독립성 요건에 변동이 생겨 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 적용되지 않고 요건 변동 당시 시행되는 중기법 시행령 개정령의 기준에 의하여야 하는 것으로 봄이 타당하다고 할 것이다(조심 2009구0189, 2009.04.28 같은 뜻임).

(나) 이와 같은 관점에서 이 건을 살펴보면, 청구법인의 경우, 중기법 시행령 개정령 시행일에 자산총액 OOO원 이상이던 OOO가 청구법인 발행 주식의 40%를 소유하여 중기법 시행령 개정령 시행전에는 중소기업이었던 법인이 중기법 시행령 개정령 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우로서 개정령 부칙 경과규정의 적용대상이었으나, 그 이후 청구법인의 지분에 변동이 생겨 2005.12.29. 청구법인의 발행주식 100분의 100을 소유하게 된 OOO의 자산총액이 2005.3.31.에는 OOO원 미만이었다가 2006.3.31.에 OOO원 이상으로 규모가 확대되었는바, 이는 중소기업에 해당하였던 법인에 새로이 실질적 독립성 요건에 변동이 생겨 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이므로 이에 대하여는 중기법 시행령 개정령의 경과규정을 적용할 수 없고, 중기법 시행령 개정령의 기준에 따라 실질적 독립성 요건을 상실하여 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서, 2005년말에 개정된 중기법 시행령 부칙의 경과규정에 따라 청구법인을 2005～2006사업연도 중소기업으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 중소기업특별세액공제가 적용되지 않을 경우 당초 법인세 신고시 적용하지 않았던 임시투자세액공제를 적용하여 세액을 경정하여야 한다고 주장하며 아래 <표4>와 같이 임시투자액 및 그에 대한 세액공제액 내역을 제시하였다.

OOO

(나) 조세특례제한법 제26조 제5항 및 조세특례제한법 시행령 제23조 제5항에서 임시투자세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준 신고와 함께 투자세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있으나, 위 관련법령에서 임시투자세액공제는 법령에서 규정된 투자에만 해당하면 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 등을 감면하게 되어있는 것으로서 다른 특별한 감면요건이 규정되어 있지 아니할 뿐만 아니라, 원칙적으로 감면신청을 하여야 할 것이지만 감면신청을 하지 아니한 경우에 감면대상에서 제외한다는 규정이 없어 위 감면신청규정이 감면신청을 한 경우에만 감면을 적용한다는 강제규정으로 볼 수 없으므로, 청구법인이 2006사업연도 내지 2007사업연도 법인세 신고시 임시투자세액공제신청을 하지 않았다 하더라도 감면요건이 충족되면 세액을 감면하는 것이 타당하다고 판단된다(국심 2000서2348, 2001.5.21. 같은 뜻임).

(다) 다만, 위 지출액은 처분청 조사당시 제출되지 아니한 것으로 동 지출액이 전액 임시투자세액 공제대상 지출액에 해당하는지 여부가 불분명한 점이 있으므로 이에 대하여는 처분청이 그 지출내역을 재조사하여 동 지출액이 조세특례제한법 제26조 제1항에서 정한 임시투자세액공제 요건을 충족하는 지출액인 경우에 임시투자세액공제를 적용하는 것이 타당하고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

OOO