조심 2019소3284 (2020.02.18)

부가

경정

처분청이 쟁점건설용역의 공급시기를 중간지급조건부 용역의 공급으로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이라고 판단됨

부가가치세법 제16조 / 부가가치세법 제40조 / 부가가치세법 시행령 제29조 / 부가가치세법 시행령 제81조 / 부가가치세법 시행규칙 제20조

OOO이 2019.6.5. 청구인에게 한 2018년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구인이 동 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 OOO로부터 교부받은 공급가액 OOO원의 세금계산서를 매입세액 공제대상으로 보아 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2017.10.13. 공동사업자 OOO과 함께 OOO으로부터 OOO 지상 연면적 615.21㎡ 공동주택(다세대주택, 총 6세대) 신축허가를 받아 2018.2.9. 주식회사 OOO(이하 “시공사”라 한다)과 공사용역계약을 체결하고, 다세대주택 임대사업등록OOO 한 후 공사진행에 따라 시공사에게 지급한 공사대금에 대하여 중간지급조건부 용역의 공급으로 보아 계산서를 발급받아 신고하였다.

나. 청구인은 2018.3.14. OOO으로부터 공사 진행 중 주택으로 허가받은 전체 건물 중 일부OOO를 근린생활시설로 건축용도변경허가를 받았고, 2018.9.30. 건물 전체를 완공하여 2018.10.19. 사용승인을 받은 후 2018.10.22. 근린생활시설의 상가 임대를 목적으로 ‘OOO’이라는 상호로 사업자등록OOO을 하였다.

다. 청구인은 당초 시공사로부터 주택 부분에 대하여 중간지급조건부 용역의 공급으로 보아 계산서를 발급받았으나, 공사 진행 중 용도변경한 근린생활시설 부분(이하 “쟁점건설용역”이라 한다)은 공사준공일인 2018.9.30. 공사대금 전액에 대하여 세금계산서OOO를 발급받아, 2019.1.25. 매입세액 OOO원의 환급을 구하는 2018년 제2기 부가가치세 신고를 하였다.

라. 처분청은 청구인과 시공사 간 공사용역 계약상 주택과 근린생활시설의 구분이 명확하지 아니하여 당초 주택공사용역과 쟁점건설용역이 동시에 진행되는 하나의 건설공사로서 그 공급시기를 중간지급조건부 용역의 공급으로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하여, 쟁점세금계산서상 매입세액 OOO원 중 일부인 OOO원을 인정하고, 초과환급신고가산세 OOO원을 부과하여 2018년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2019.8.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점건설용역의 공급시기는 공사가 완료되고 공사대금이 확정된 2018.9.30.이므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

(1) 처분청은 계약서상 주택과 근린생활시설의 구분이 명확하지 아니하고, 건물 전체로 보면 주택과 근린생활시설이 동시에 진행되는 하나의 건설공사로서 쟁점건설용역을 중간지급조건부용역으로 보아야 한다는 의견이나, 이는 처분청의 자의적 판단에 불과하며 청구인과 시공사가 합의한 쟁점건설용역의 공급시기는 공사가 완료되어 전체 공사대금을 확정한 시점이다. 공사대금의 지급시기는 당사자간 의사합치에 따라 결정되어야 할 사적자치의 영역에 속하는 사항이고, 청구인과 시공사는 주택에서 근린생활시설로 건축용도변경허가를 받은 직후 공사대금을 산정하는 것에 현실적으로 무리가 있다고 판단하였고, 실제 준공 당시까지 설계변경이 이루어져 공사완료 시점까지 공사대금을 산출할 수 없는 사정 등을 감안하였다. 청구인과 시공사는 당초 다세대주택 건설공사만을 계약하였으므로 계약서상 공사대금의 경우 주택을 기준으로 책정되어 있었고, 청구인이 OOO으로부터 받은 건축용도변경허가에 따르면 근린생활시설 부분(쟁점건설용역)의 비중이 크지 아니하고 건물 대부분은 당초와 같이 주택으로 구성되어 있으며, 쟁점건설용역의 대금 정산은 공사완료 시점에 하는 것이 건축공정이나 세금계산서 발급 측면에서 절차상 명료하고, 쟁점건설용역에 대하여 최초 계약서에서 정한 시기에 대금을 지급한다고 정한 바가 없다.

(2) 「부가가치세 시행규칙」 제20조 제1항에 따르면 중간지급조건부로 용역을 공급한 경우는 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우에 해당하여야 하나, 쟁점건설용역은 이에 해당하지 아니한다. 처분청은 쟁점건설용역의 계약금을 받기로 한 날을 2018.2.9.로 보고 있으나, 이는 주택 부분에 대한 계약금일 뿐이며, 청구인과 시공사는 2018.9.30.에 쟁점건설용역의 대금에 대하여 쌍방이 합의를 하였고, 2018.6.27. 기지급한 대금 일부를 쟁점건설용역의 대금으로 정하기로 하였으므로 쟁점건설용역의 계약금을 받기로 한 날은 2018.6.27. 또는 2018.9.30.로 보아야 한다. 청구인은 쟁점건설용역의 공사대금을 건물 준공일에 일시 지급하였고, 준공일 이전에 수차례에 걸쳐 공사대금을 지급한 것은 주택 부분에 한정된 것이며, 청구인과 시공사 간에 쟁점건설용역 대금의 지급시기에 대하여 합의한 바가 없다.

나. 처분청 의견

쟁점건설용역은 다세대주택 건설공사와 동시에 진행된 하나의 공사로서 중간지급조건부 용역에 해당하므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

(1) 청구인은 시공사와의 계약서에 기재된 대금 지급시기는 주택 부분만을 의미하고 쟁점건설용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되고 그 가액이 확정되는 때인 공사완료 시점(2018.9.30.)이라고 주장하나, 청구인과 시공사가 체결한 계약서에 따르면 주택 부분과 근린생활시설 부분이 명확히 구분되지 아니하여 청구인이 신축한 건물의 주택과 근린생활시설은 동시에 진행되는 하나의 건설공사로 보는 것이 타당하므로 쟁점건설용역의 공급시기는 중간지급조건부 거래로 판단된다. 청구인과 시공사 간 계약서에 따르면 계약금을 받기로 한 날의 다음날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상이고 그 기간 이내에 계약금외의 대가를 최소한 2회 이상 분할하여 받는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우로서, 「부가가치세법」 제16조 및 같은 법 시행령 제29조 제1항에 따라 그 용역의 공급시기는 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’이고, 청구인은 각 공급시기에 매입세금계산서를 발급받아야 하나 청구인은 시공사로부터 공급시기 이후 쟁점세금계산서를 발급받았다.

또한, 「부가가치세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제81조는 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 공통매입세액 안분기준에 따라 안분하여야 한다고 규정하고 있다. 따라서 청구인은 법령에서 정한 안분기준에 따라 세금계산서를 교부하고 신고․정산하여야 함에도 공통매입세액을 안분하지 아니하고 건물 완공 후 세금계산서를 발급받았으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 2018.9.30.에 이르러 시공사와 쟁점건설용역에 대한 공사대금의 합의가 이루어지면서 2018.6.27. 기지급된 대금 일부를 쟁점건설용역의 대금으로 정하였으므로 쟁점건설용역의 계약금을 받기로 한 날은 2018.9.30. 내지 2018.6.27.이라고 주장하나, 청구인이 OOO에게 제출한 건축용도변경허가신청서에 따르면 청구인은 2017.9.20. 당초 신축건물의 1층을 다세대주택으로 신청하였다가 2018.3.2. 근린생활시설로 용도변경․설계변경 신청하였으므로 청구주장을 신뢰하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건설용역이 중간지급조건부 공급에 해당하는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제16조 [용역의 공급시기] ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제40조 [공통매입세액의 안분] 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제29조 [할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우 : 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

2. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 : 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

가. 법 제29조 제10항 제1호에 따른 경우

나. 법 제29조 제10항 제3호에 따른 경우

다. 사업자가 부동산을 임차하여 다시 임대용역을 제공하는 경우로서 제65조 제2항에 따라 과세표준을 계산하는 경우

3. ～ 4. (생략)

제81조 [공통매입세액 안분 계산] ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.