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경정
쟁점매입세액을 공통매입세액이 아니라 과세사업 관련 매입세액으로 볼 수 있는지 여부
조세심판원 조세심판 | 조심2011서0944 | 부가 | 2013-09-24
[청구번호]

[청구번호]조심 2011서0944 (2013. 9. 24.)

[세목]

[세목]부가[결정유형]경정

[결정요지]

[결정요지]청구법인이 OO으로부터 스크린도어를 공급받아 같은 날 동 시설물을 지하철 이용 승객의 안전보호를 조건부로 광고사업용(과세사업)으로 OO에게 장기임대한 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 스크린도어를 과세사업과 면세사업에 공통사용되는 시설물로 보아, 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 하여 안분계산(공급가액 비율)하여 면세사업 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못임

[관련법령]
[주 문]

OOO세무서장이 2010.12.6. 청구법인에게 한 부가가치세 2006년 제2기분 OOO원, 2007년 제2기분 OOO원, 2008년 제1기분 OOO원의 각 부과처분은, 청구법인이 주식회사 OOO으로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원(2006.9.26.자 1차 협약분 1매 OOO원, 2007.12.31.자 2차 협약분 2007.12.31. 3매 OOO원, 2008.3.31.자 2매 OOO원)의 매입세금계산서를 과세사업과 관련된 것으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 「지방공기업법」 제49조에 따라 설립되어, OOO을 운영하는 여객운송용역(부가가치세 면세사업으로 전체 사업의 90% 상당을 차지한다) 등을 공급하는 법인으로 역사 내 점포 임대 및 광고 등의 과세사업도 함께 영위하고 있는데, 이용승객의 안전사고를 방지하기 위한 승강장 안전시설 확충 등을 이유로 OOO를 설치하고자, 시공자가 OOO를 설치하여 이를 완공한 후, 그 대가로 시공자가 일정기간 동안 무상으로 OOO를 활용하여 광고영업을 할 수 있는 조건으로 시공자를 공모하였고, 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)을 시공자로 선정하였다.

나. 청구법인은 OOO를 완공한 후에, 실질적인 시설물 운영개시일을 공급시기로 하여 공급가액 합계 OOO원(= 2006.9.26.자 1차 협약분 1매 OOO원 + 2007.12.31.자 2차 협약분 3매 OOO원 + 2008.3.31.자 2매 OOO원)의 매입세금계산서를 수취하고, OOO에게 설치대가로 제공한 광고영업수익권과 관련하여 위 매입세금계산서의 거래일자와 공급가액을 동일하게 한 매출세금계산서를 교부한 후, 그 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 과세사업인 광고사업용 시설물 임대사업에 직접 대응되는 것으로 보아 해당 과세기간의 부가가치세 신고시 이를 전액 공제하였다.

다. 처분청은 OOO는 광고영업을 위한 시설물에 해당하기도 하지만, 청구법인의 주된 사업인 지하철 운송용역(면세사업)과도 밀접한 관련이 있는 공통 시설물에 해당하므로 쟁점매입세액을 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아, 이를 공급가액 비율로 안분계산하여 면세사업 매출분(평균 89.6%)에 상당하는 매입세액을 불공제하는 등 하여, 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO원(2006년 제2기분 OOO원, 2007년 제1기분 OOO원, 2007년 제2기분 OOO원, 2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제1기분 OOO원으로, 이 중 이 건 OOO 관련 세액은 OOO원이다)을 경정·고지하였다.

라.청구법인은 이에 불복하여 2011.2.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

과세당국은 “기부채납되는 사회기반시설의 무상사용기간 동안, 동 시설의 운영에 관한 모든 사업의 주체는 기부채납자가 되며, 기부채납 받는 자는 부동산임대업자로 취급되는 것이므로, 민자에 의한 SOC건설사업에 있어 민간운영기간 중 정부는 부동산임대용역을 제공하는 것”으로 유권해석(서울지하철 OOO : 재부가-870, 2007.12.20. ; 지자체 토지상의 건축물 신축·기부채납 : 서면3팀-2737, 2007.10.2. ; BTL방식의 기숙사 기부채납 : 부가-89, 2011.1.21.)하고 있다.

청구법인과 OOO간의 실시협약에 따르면 민간운영기간 동안 OOO에 관한 모든 권한과 의무를 청구법인으로부터 포괄적으로 부여받아 자신이 광고용으로 사용하는 부분에 국한하지 않고, OOO 전체의 운영·관리·유지 보수에 대한 책임과 이에 소요되는 모든 비용을 부담하면서 OOO를 운영·수익하도록 약정한 점에서(실시협약 제3, 4, 30, 33, 34조 등 참조), 민간운영기간 동안 OOO 전체의 운영주체는 OOO으로 보아야 하고, 청구법인은 OOO를 공급받는 동시에 지하철 이용승객의 안전이용을 조건부로 OOO 전체를 사용할 수 있는 권한을 부여한 것에 불과한 것으로 보아야 한다.

따라서, 비록 승객의 안전을 목적으로 OOO를 청구법인의 사업장에 설치하였지만 OOO의 입장에서는 그 실질이 OOO 전체를 과세사업인 광고사업에 공할 목적으로 건설하고 민간운영기간동안 건설비에 상당하는 임차료를 부담하고 사용·수익하는 것이라는 점에서, 실시협약에 따른 민간운영기간 동안에는 청구법인은 OOO를 시설물 임대의 과세사업에 사용하는 것으로 보아야 하므로, 쟁점매입세액은 면세사업인 여객운송사업과 과세사업인 광고(또는 임대)사업에 공통되는 매입세액이 아니라 과세사업(광고용 시설물 임대사업)과 직접 관련된 매입세액에 해당하는 것이어서, 이를 전액 공제함이 타당하다.

나. 처분청 의견

시설물 발주자인 청구법인의 입장에서 OOO 설치의 가장 큰 목적은 지하철 이용승객의 안전도모를 위한 것으로, 이용되는 지하철 시설물의 부수적인 시설물이고, 다만 부수적으로 광고판으로도 이용되고 있는 것으로 봄이 타당하므로, 결국 이는 면세사업(여객승객운송사업)과 과세사업(광고사업)에 공통으로 사용되는 시설물에 해당하는 것이므로 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분하여 면세사업분 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

거래형태에 비추어 지하철 OOO 설치 관련 매입세액은 공통매입세액이 아니라 과세사업(광고사업용 시설물 임대) 관련 매입세액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령 : 별첨

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심판청구서, 청구법인과 OOO간의 ‘실시협약’, 청구법인의 내부기안문, 열차출입문 사고피해보상내역서 및 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 안전하고 신속한 대중교통의 제공을 통한 시민의 복리증진을 목적으로 「지방공기업법」제49조 및 서울특별시 OOO 설치조례에 따라 서울특별시가 100% 출자하여 설립한 일반법인으로, 서울특별시 지하철 OOO을 통해 주로 부가가치세 면세사업인 여객운송용역을 공급하는 사업을 영위하고 있으며, 역사 내 점포 임대, 광고 등의 부가가치세 과세사업도 겸영하고 있다.

(나) 청구법인은 당시의 사회적 요청 등을 감안하여, 이용승객의 안전사고 방지 등을 위한 승강장 안전시설을 확충하고자 지하철 출입문과 연계된 OOO를 설치하려고 하였으나, 누적된 적자 등으로 인한 재정(부채) 문제로 인하여 직접 설치가 어려워지자, OOO의 설치는 민간업체가 하되 그 대가로 해당 민간업체에게 완공 후 일정기간 동안 OOO의 일부를 활용한 광고영업수익권을 무상으로 제공하는, 이른바 ‘광고영업권의 무상사용 조건부 시설물 수증(사용)방식’으로 사업을 추진하기로 하였고, 공개입찰을 거쳐 시공사를 OOO으로 선정한 후, 아래 ‘<참고1> OOO 설치 현황’과 같이 OOO를 설치하는 계약을 체결하였다.

<참고1> OOO 설치 현황

OOO

(다) 청구법인과 OOO간에 체결된 2004.12.17.자 1차 실시협약 및 2006.12.20.자 2차 실시협약의 주요내용은 아래 ‘<참고2> 실시협약의 주요내용’과 같은데, 1·2차 실시협약 모두 준공과 동시에 OOO의 소유권이 OOO에게 귀속되는 것으로 나타난다.

구분

주요 내용

협약당사자

·갑 : 청구법인

·을 : 1차 OOO

제1조

(협약목적)

승강장에 OOO 시설을 제작·설치·운영하는 사업을 “을”의 자본으로 시행함에 있어 필요한 사항을 정함

제2조

(정의)

·시설운영권 : 본 협약에 따라 “을”이 사업시설을 유지관리·운영하고 이를 이용하여 광고수익사업을 할 수 있는 권리

·사업시설 : 실시계획 및 본 협약에 따른 지하철 승강장 OOO시스템, 관련 인터페이스 설비, 그 유지, 보수, 관리, 운영을 위한 시설

·사업수익률 : “갑”과 “을”이 합의하여 결정한 “을”의 본 사업에 대한 기대수익률

·운영기간 : 본 협약에 따라 “을”이 “갑”에 대하여 본사업과 관련된 시설운영권을 행사하여 사업시설을 사용·수익할 수 있는 기간

제3조

(을의 권리 등)

“갑”은 “을”에게 다음 각호의 행위를 할 수 있는 자격·권한·권리 부여

① 사업시설의 제작·설치, 시운전 및 운영

②사업시설의 유지관리와 이를 위한 승강장 OOO를이용한 광고수입사업

제4조

(사업시행과 사업시설물의 귀속)

·"을“은 제4장(제작·설치 및 시운전에 관한 사항)이 정한바에 따라 사업시설을 준공하여야 하며, 사업시설의 소유권은 준공과 동시에 ”을“에게 무상으로 귀속됨

·준공 후 “갑”은 “을”에게 운영개시일로부터 운영기간의 종료일까지 존속하는 사업시설에 관한 시설운영권을 부여

제6조

(운영기간)

제13조

(조정)

·준공확인필증을 교부받고 서면으로 시설운영권을 부여받은 날로부터 (1차) 22년, (2차) 16년 7개월로 함

·총사업비 변경이 있거나, “을”의 사업수익률이 200% 이상이 될 경우 운영기간 조정

제30조

(유지관리)

제33조

(교육훈련)

·“을”은 사업시설의 기능이 유지되도록 운영기간 중 유지관리를 하여야 하며,선량한 관리자로서 주의의무를 다하여 공익목적에 맞도록 사업시설을 관리하여야 함

·“을”은 현장에 배치되는 운영 및 유지관리 직원에 대한교육은 물론 “갑”의 기술분야 근무자 및 역 근무자들에대하여 고장 등 사고발생시의 신속한 조치를 위한 교육을 “을”의 부담으로 시행하여야 함

제34조

(광고권)

·“을”은 본 협약에 따라 운영기간 동안 광고주로부터 광고료를 받고 사업시설 중승강장 OOO 전면의 일정부분에 광고물을 게첨하는 방법으로 광고를 할 수 있음

제48조

(기간만료로인한 협약의 종료)

·본 협약은 제49조(협약의 해지)의 규정에 의하여 해지되지 않는 한 제6조(운영기간)에서 정한 운영기간의만료에 의하여 종료되고, 이 경우 “을”의 시설물의 소유권 및 운영권은 “갑”에게 귀속됨

제49조

~제52조

(협약의 해지)

·상대방에게 귀책사유가 있는 경우 각 당사자는 협약을 해지할 수 있으며, 이 경우 사업시설은 “갑”에게 귀속되고 “을”의 시설 운영기간도 종료되며, “갑”은 소정의 해지시 지급금을 “을”에게 지급함

<참고2> 실시협약의 주요내용

(라) 그리고 부가가치세 관련 세무처리 및 회계처리 방법의 경우, 1차 실시협약에는 명확한 처리 기준이 나타나지 않는 반면, 각자의 고문세무사로부터의 검토의견을 근거로 한 2차 실시협약에는 사업대상 시설자산 설치원가를 기준으로 쌍방합의에 의한 운영기간 확정일에 OOO(‘을’)은 재화공급으로, 청구법인(‘갑’)은 용역공급으로 동일한 금액의 세금계산서를 각각 교부(시설자산은 청구법인이 자산계상하고 감가상각함)하기로 한 것으로 나타나며, 그에 따라 청구법인은 아래 ‘<참고3> 세금계산서 수수 내역’과 같이 OOO의 실지 운영개시일을 공급시기로 하여 OOO으로부터 이 건 매입세금계산서를 수취하고, 같은 날 OOO에게, 동일한 공급가액으로 민간운영기간 동안 OOO를 이용한 광고영업수익권을 제공하면서 매출세금계산서를 교부한 것으로 나타난다.

<참고3> 세금계산서 수수 내역

(단위 : 백만원)

OOO

(마) OOO은 2007.12.26. 청구법인에게 OOO 등 12개 승강장에 OOO 설치를 완료하고 동 시설물과 관련하여 유형자산 확정금액을 통보하였고, 이에 청구법인은 2008.1.8. 등 동 OOO를 조건부 수증자산으로 취득한 것으로 내부보고 한 후, 이를 자산으로 등재하고 각 사업연도별로 감가상각비를 손금산입 하고 있으며(OOO 또한 광고영업수익권을 무형자산으로 계상한 후 이를 상각하고 있다), 위 (라)항 기재 세금계산서 수수시 OOO과 청구법인이 작성한 결의전표 등에는 OOO를 교환거래로 인한 기계장치(선로설비)를 양·수도하는 것으로 기재되어 있으며, 처분청 조사 당시 청구법인의 담당직원인 김OOO, 김OOO도 “OOO와 광고영업수익권의 교환거래로 보아 매출·매입세금계산서를 주고받았다”라는 취지로 진술한 것으로 나타난다.

(바) 한편, OOO의 법인등기부등본상 사업목적은 지하철승강장 OOO 시스템의 건설, 관리 및 운영에 관한 사업, 동 시설물을 이용한 광고에 관한 모든 사업(광고기획, 광고제작, 광고설치, 광고판매, 광고대행업 등)으로 되어 있는데, OOO가 설치된 이후 OOO은, 청구법인과의 실시협약에 따라 청구법인측 이용승객을 위한 출입문 부분을 포함한 OOO 전체의 운영·유지·관리에 대한 모든 책임과 권리를 부여받아 자신의 인력, 조직 및 비용으로 이를 운영하여 왔으며, 운영 중 OOO 개폐 불량 등으로 인하여 지하철 승객이 상해를 입거나 승객 소유의 물품이 파손되는 등의 사고가 발생시 OOO이 직접 피해보상을 협의하고 배상금을 지급한 사실(2005년 상해 2건, 물품파손 2건, 현금배상액 등 합계 OOO원, 2006년 상해 1건, 물품파손 10건, 현금배상액 등 합계 OOO원, 2007년 물품파손 10건, 현금배상액 등 합계 OOO원, 2008년 물품파손 8건, 현금배상액 등 합계 OOO원, 2009년 상해 2건, 물품파손 3건, 현금배상액 등 합계 OOO원)이 나타난다.

(사) 이 건 이후 OOO이 국철에, OOO선에, OOO가 각 도시 지하철에 설치한 OOO의 경우, 대부분 자체 발주를 통하여 설치하였고, 그에 따라 「부가가치세법」상 영세율이 적용된 것으로 나타난다.

(2) 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호에 의하면, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것인데, 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항 등은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 이를 공통매입세액으로 보아 공급가액비율 등에 따라 이를 안분 계산하도록 하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여, 처분청이 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 면세사업 관련 매입세액을 부인하고 부가가치세를 과세한 처분에 대하여 살펴본다.

(가) 우선, 「민간투자법」제4조에 의하면 민간투자사업의 추진방식은 크게,사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식[동조 제1호, 이른바 ‘BTO(Build-Transfer -Operate)’ 방식]과 사회기반시설의 준공 후 일정기간동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식[동조 제3호, 이른바 ‘BOT(Build-Operate-Transfer)’ 방식]으로 나눌 수 있고, 이 때 어느 경우에 해당하느냐에 따라 시설물 소유권의 이전 시기, 시설물의 관리·운영권자, 재화(시설물)의 공급인지 아니면 용역(건설)의 공급인지 여부 및 그 공급시기, 그에 따른 회계 및 세무처리 방법이 다르게 되는데,

청구법인의 경우 서울특별시가 100% 출자한 일반법인으로 국가 또는 지방자치단체에 해당하지 않고, OOO이 「민간투자법」 제13조 제1항에 따른 시설사업기본계획을 주무관청에 제출한 사실도 없어 위 「민간투자법」이 그대로 적용되는 것으로 보기는 어려운 점, 따라서 OOO으로부터 청구법인으로의 이 건 OOO의 소유권 이전을 ‘기부채납’이라 칭하기도 어려우며, 실제 이 건 OOO의 설치 등은 청구법인과 OOO간의 실시협약에 근거하여 이루어진 점, 청구법인은 이 건 OOO가 ‘BOT’ 방식으로 설치되었다고 주장하는 반면, 처분청은 그 실질이 교환거래를 통한 ‘BTO’ 방식이라는 의견으로 그 성격에 대하여 서로 달리 보고 있으며, 실시협약의 내용에도 불구하고 청구법인은 OOO 완공 후 이를 조건부로 취득한 것으로 회계처리 하고, 이에 대한 감가상각을 하고 있는 점 등을 고려하면, 이 건을 「민간투자법」에 따른 다른 사업들과 동일한 경우로 보아 과세처분의 적법 여부 등을 판단하기에는 어려움이 있다.

(나) 그에 따라 보건대, 이 건의 경우 OOO이 OOO를 완공하여 청구법인에게 이를 공급하는 동시에, 민간운영개시일(준공확인필증을 교부받고 서면으로 시설운영권을 부여받은 날)로부터 민간운영기간(1차 22년, 2차 16년 7개월) 종료일까지 승객 출입문을 포함한 OOO 전체를 유지·관리·운영하고, 이를 이용하여 광고수익사업을 할 수 있는 권리를 부여받은 점, 이를 이유로 청구법인은 OOO으로부터 실질적인 민간운영개시일을 공급시기로 하여 공급가액 합계 OOO원의 이 건 매입세금계산서를 교부받았고, 이와 동시에 OOO에게 OOO 전체를 이용할 수 있는 광고영업수익권을 공급한 것으로 하여 같은 금액을 공급가액으로 한 매출세금계산서를 교부한 점, 실시협약에 따라 OOO은 OOO 전체의 유지·관리·운영에 관한 책임을 부담하였고, 그에 따라 자신의 인력, 조직 및 비용을 투입하여 광고를 위한 자신의 목적은 물론 승객 안전 증진을 위한 청구법인의 목적에도 맞게 OOO를 운영하여 온 점, OOO 운영 과정에서 개폐 불량 등으로 지하철 승객이 상해를 입거나 승객 소유의 물품이 파손되는 등의 사고가 발생하는 경우 1차적으로 청구법인이 아닌 OOO이 해당 피해자와 피해보상을 합의하고 배상금을 지급하여 온 점 등을 종합할 때, 청구법인은 OOO으로부터 OOO를 공급받고, 같은 날 이를 OOO에게 승객 안전 증진(유지)을 조건으로 하여 광고사업용으로 OOO를 장기임대준 것으로 볼 수 있다 하겠다.

(다) 물론, OOO의 본래 기능인 승객 안전 증진은 청구법인이 직접 수행하여야 하는 고유한 책무로 볼 수 있는 측면도 있긴 하나,

민간사업자가 참여하여 건설된 사회간접자본시설은 일정기간 동안 본래의 용도에 사용하기 위한 시설물의 기능과 민간사업자의 투자비 회수목적을 위한 수익사업의 기능을 동시에 보유할 수밖에 없고, 이 경우 각 기능을 누가 보유·이용·관리하는지 여부는 일률적으로 정할 수는 없는 것으로, 본래의 용도가 가지는 공익적 성격(민간자본 유치의 목적)과 당사자간의 구체적 협의 내용 등에 따라 달라질 수 밖에 없는 것이며, 때로는 민간사업자가 수익사업의 기능을 활용하는 과정에서 부수적으로 본래의 용도가 수행되는 결과가 발생하는 경우도 있을 수 있다 할 것인데,

이 건의 경우 공기업인 청구법인의 재정부족으로 인하여 민간기업인 OOO이 참여하여 이 건 OOO를 설치하게 되었고, 양자간의 실시협약에 따르면 OOO은 OOO를 건설(설치)하는 것 뿐만 아니라, 이후의 운영·유지·보수 등의 책임을 모두 부담하고 있으며, OOO의 특성상 일단 설치가 된 이후에는 지하철의 운행과 연계되어 OOO가 정상적으로 개폐가 된다면, 그 자체로 승객 안전 증진의 효과가 발생하고, 별도의 용역의 제공이 특별히 요구되는 것은 아닌 점 등에 비추어, OOO이 광고사업에 활용하기 위하여 OOO의 임대용역을 공급받고, 이를 정상적으로 운영·유지·보수하는 과정에서 사실상 청구법인이 OOO를 설치한 근본 목적인 승객 안전 증진 기능도 함께 담당한 것으로 볼 수 있다 할 것이다.

(라) 또한, 이 건을 판단함에 있어서는, OOO 고유의 목적이 승객 안전 증진이라면, 원칙적으로는 여객운송용역을 제공하는 청구법인이 자신의 책임과 자금으로 이를 설치하는 것이 합리적이라 할 것이고, 그렇다면 이 경우 청구법인이 공급받은 용역은 「부가가치세법」상 영세율 적용대상인 도시철도건설용역( 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제3호 참고)에 해당하게 되어, 이 건 이후 전국적으로 설치된 대다수의 OOO의 사례와 같이 청구법인이 실질적으로 부가가치세를 부담하게 되는 경우가 발생하지는 않았을 점과,

OOO는 그 설치만으로 승객 안전 증진의 효과가 있는 반면, 이를 통한 이용승객 증가나 요금인상 등 여객운송용역에 미치는 구체적인 효과는 사실상 측정하기가 곤란한 측면이 있는데, 청구법인이 OOO를 공급(취득)받고 OOO를 이용하여 임대용역을 공급하면서 받은 임대수익은 그 전체가 매출세액의 대상이 되고, 이와 관련된 쟁점매입세액은 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 그 일부만(청구법인 사업의 특성으로 인하여 공제가능한 매입세액은 10% 내외에 불과하다)이 공제가능한 매입세액이 된다면, 청구법인에게만 다소 불합리한 결과가 되는 점 등을 고려할 필요가 있다 할 것이다.

(바) 따라서, 이 건 OOO와 관련된 쟁점매입세액은 공통매입세액이라기 보다는 청구법인의 과세사업인 광고사업용 시설물 임대와 직접 관련된 매입세액으로 보는 것이 보다 합리적인 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

별첨. 관련법령

제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.

제12조【면세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1~5. (생략)

6. 여객운송용역. 다만, 항공기·고속버스·전세버스·택시·특수자동차·특종선박 또는 고속철도에 의한 여객운송용역으로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다.

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세공급가액

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × ───────

총공급가액

② (삭제, 1980.12.31.)

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만,건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

제61조의2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 =

과세사업과 면세사업의 공급가액이

확정되는 과세기간의 면세공급가액

{총 공통매입세액 × [1- ─────────────────] - 기공제세액}

과세사업과 면세사업의 공급가액이

확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 =

과세사업과 면세사업의 사용면적이

확정되는 과세기간의 면세사용면적

{총공통매입세액 × [1- ───────────────── ] - 기공제세액}

과세사업과 면세사업의 사용면적이

확정되는 과세기간의 총사용면적

(3) 사회기반시설에 대한 민간투자법[2011.8.4. 법률 제10983호로 개정되기 전의 것)

제1조【목적】이 법은 사회기반시설에 대한 민간의 투자를 촉진하여 창의적이고 효율적인 사회기반시설의 확충·운영을 도모함으로써 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다

제4조【민간투자사업의 추진방식】민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다)

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식

3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되는 방식

5. 민간부문이 제9조의 규정에 의하여 사업을 제안하거나 제12조의 규정에 의하여 변경제안을 하는 경우 당해 사업의 추진을 위하여 제1호 내지 제4호 외의 방식을 제시하여 주무관청이 타당하다고 인정하여 채택한 방식

6. 기타 주무관청이 제10조의 규정에 의하여 수립한 민간투자시설사업기본계획에 제시한 방식

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