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[청구번호]
[청구번호]조심 2018광0342 (2018. 4. 12.)
[세목]
[세목]양도[결정유형]경정
[결정요지]
[결정요지] 「소득세법 시행령」 제168조의14 제3항 제4호 나목에 상속에 의하여 취득한 도시지역 농지(법 제104조의3 제1항 제1호 나목)는 그 상속개시일부터 5년 이내에 양도하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로 동 조건을 만족하는 쟁점토지의 경우 재촌·자경 여부와 무관하게 사업용 토지로 보아 양도차익의 10%를 장기보유특별공제액으로 산정하고, 동 금액을 쟁점토지의 양도차익에서 공제하여 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함
[관련법령]
[관련법령] 소득세법 제104조의3 / 국세기본법 제45조의2
[참조결정]
[참조결정]국심2006서1035
[주 문]
OOO장이 2017.11.24. 청구인에게 한 2015년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은, 2015.8.10.자 OOO 토지(청구인 지분 해당면적 1,853㎡)의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구인은 2012.3.16. 부친인 OOO로부터 유증을 원인(원인일 2012.1.21.)으로 하여 OOO 토지 3,706㎡의 2분의1인 1,853㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 취득하였고, 2015.8.10. 쟁점토지를 OOO에 양도한 후, 2015.9.4. 양도가액 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고·납부OOO하였다.
나. OOO장(이하 "조사청"이라 한다)은 2016.5.12.부터 2016.8.19.까지 쟁점토지의 공유지분 소유자인 OOO과 청구인 및 양수자 등에 대한 양도소득세 등 조사를 실시하여 청구인이 쟁점토지를 양수자인 OOO에 OOO원에 양도한 사실과 양도대금 수령액 중 OOO원을 동생인 OOO 및 OOO에게 증여한 사실을 확인한 후, 동 조사사항을 처분청에 과세자료로 통보하였다.
다. 처분청은 이에 따라 쟁점토지 양도가액을 OOO원으로 증액하고, 장기보유특별공제액을 OOO원으로 감액하여 2016.9.10. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
라. 청구인은 2017.9.28. 쟁점토지의 공동양도인인 동생들에게 지급된 OOO원을 쟁점토지의 양도가액에서 제외하여야 하고, 쟁점토지의 양도가 사업용토지의 양도에 해당하므로 장기보유특별공제액을 OOO원으로 하여야 한다고 주장하며 총 OOO원의 양도소득세 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2017.11.24. 거부처분하였다.
마. 청구인은 이에 불복하여 2017.12.8. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 「국세기본법」제45조의2 제1항에 의하면 최초 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 경정은 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 할 수 있되 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 경정청구 할 수 있다고 되어 있는바, 쟁점토지의 양도 관련 경정청구는 증액된 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 아니라 당초 신고한 과세표준 및 세액이 잘못 신고가 되어 있기에 그 당초 신고분의 경정을 구하는 것으로 경정청구로 인해 감소한 과세표준은 OOO으로 당초 신고한 과세표준인 OOO원의 범위내에 있으므로 처분청 의견은 부당하다.
또한 대법원 판례에서 경정으로 인해 증가된 과세표준이 있는 경우 90일의 경정청구 기간으로 제한한 취지가 5년의 경정청구기간의 경과 등으로 더 이상 다툴 수 없게 된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대하여 불복을 제한하려는 것에 있음을 보면, 과세관청의 결정 또는 경정이 있는 경우에 그로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 90일 내에 경정청구를 하여야 하지만 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여는 5년의 경정청구 기간을 허용하고 있는 것으로 보는 것이 타당하다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12822 판결 참조).
(2) 「소득세법 시행령」제168조의14 제3항 제4호에 의하면 도시지역에 있는 농지로서 상속으로 취득 후 그 상속개시일부터 5년 이내에 양도하는 토지는 비사업용토지로 보지 않는다고 하였는바, 동 규정은 토지의 비사업용 범위를 「소득세법」제104조의3에서 열거하고 있으나, 부득이한 사유로 취득·양도하는 경우 비사업용토지로 보지 아니하는 예외 조항의 성격으로서 동 규정에서 열거하고 있는 요건을 구비하면 사업용으로 간주된다고 할 것이다(국세청 심사양도 2010-273, 2010.11.8. 참조).
쟁점토지의 경우 토지이용계획확인서상 도시지역에 위치하고 있음을 알 수 있고, 항공사진을 보면 2005년부터 2015년까지 농지로 사용된 것으로 나타나며, 청구인이 확인한 내용에서도 OOO 외 2인이 2005년 9월부터 2015년 8월까지 배추, 무, 고구마, 들깨, 참깨, 상추 등을 재배한 사실이 있고, 설령 토지의 실질 현황이 입증되지 않는다 하더라도 공부상 등재현황인 답으로 보아야 하므로, 상속개시일(2012.1.21.)부터 5년 이내인 2015.8.10. 양도한 쟁점토지의 경우 사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.
(3) 청구인은 부친인 OOO의 사망으로 인해 쟁점토지를 단독으로 유증받았으나, 여기에 이의가 있는 동생들(OOO, OOO, OOO, OOO)이 2015.5.13. 상속회복청구의 소를 제기하였고, 이후 청구인은 쟁점토지의 매매계약금으로 수령한 대금 중 OOO원을 상속회복청구의 소의 취하 조건으로 OOO과 OOO에게 지급하였는바OOO, 이는 총 양도대금 OOO원 중 7명 형제들의 유류분 성격인 OOO 지분 해당금액을 각각 지급한 것이고, 쟁점토지의 명의가 청구인 단독으로 되어 있으나 양도대금의 사실상 귀속자는 청구인을 포함한 3인이므로 공동양도자인 OOO과 OOO에게 지급한 OOO원을 양도가액에서 제외하여야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 「국세기본법」제45조의2 제1항의 개정 연혁과 심판결정례(국심 2006서1035, 2006.11.7.)의 판단부분에서 알 수 있듯이 증액경정처분이 있는 경우 경정 후의 과세표준 및 세액 전액에 대하여 경정청구를 할 수 있는 것이 아니라 경정처분으로 인하여 변경되지 아니하고 남아있는 당초 세액에 대하여만 경정청구를 할 수 있다 할 것이고, 처분청의 추가세액 고지시의 경정사유와는 별개의 사유에 의하여 경정청구를 하는 경우 당초 신고세액에 대하여는 경정청구를 인정함을 알 수 있으며, 청구인이 제시한 대법원 사례의 판단부분에서도 당초처분이 최초신고 및 수정신고한 과세표준과 세액을 그대로 하여 부과처분하였기에 당초 처분에 의하여 부과된 세액에 대하여도 그 위법을 주장하여 취소를 구할 수 있다고 명시하고 있음이 확인되는바, 청구인의 경정청구 내용이 경청처분으로 인하여 변경되지 아니하고 남아있는 당초세액에 해당하는지 또는 최초신고 및 수정신고한 과세표준을 조사청이 그대로 결정하였는지 또는 추가세액 고지시의 경정사유와는 완전 별개사유에 의한 경정청구인지 여부가 이 건 쟁점에 있어 가장 큰 판단기준이라 할 것이다.
경정청구내용 중 장기보유특별공제OOO에 관한 사항의 경우, 조사청의 양도소득세 조사결과 청구인이 장기보유특별공제한 OOO원으로 경정하여 과세표준 및 세액이 증가되었는바, 조사청이 최초신고를 그대로 결정하지 않고 당초 신고한 장기보유특별공제액 OOO원으로 경정하였으므로 이에 따른 증액세액에 대해서는 경정청구가 아니라 불복청구 기간 내에 불복을 청구하였어야 할 사항이고, 공동양도자들의 양도가액에 해당하는 금액으로 OOO원을 양도가액에서 차감하여야 한다는 주장의 경우, 조사청이 신고누락한 OOO원을 양도가액에 포함하여 과세표준 및 세액을 증가시켰는바, 장기보유특별공제와 마찬가지로 조사청이 청구인이 당초 신고한 내용을 그대로 결정하지 않았고, 양도가액을 증가시키는 결정을 하였으므로 이에 따른 증액세액에 대해서는 경정청구가 아닌 불복청구 기간 내에 경정청구 또는 불복청구하였어야 하는 것이다(청구인이 주장하는 OOO원은 조사청의 조사시 양도가액이 아닌 동생들에 대한 증여가액이라고 인정한 사실이 있다).
따라서, 청구인은 이 건 고지서 송달일인 2016.9.10.부터 90일 이내인 2016.12.9.까지 경정청구 또는 불복청구를 제기하였어야 함에도 2017.9.28. 경정청구를 제기하였으므로 이에 대한 거부처분은 정당하다.
(2) 청구인은 쟁점토지가 도시지역에 있는 농지로서 상속으로 취득하고 그 상속개시일로부터 5년 이내에 양도하였으므로 「소득세법 시행령」제168조의14 제3항 제4호 나목에 따라 사업용토지에 해당한다는 주장이나, 이는 조사청이 적용한 법을 달리 적용하여 주장하고 있는 것으로 조사청은 동 조 제3항 제4호 나목이 아닌 제104조의3 제1항 제1호 가목의 자기가 경작하지 아니한 농지를 적용하였는바, 청구인 및 공유자가 자경요건을 미충족하였음을 확인하였고, 아파트건설 예정부지에 속해 있던 쟁점토지가 시행사의 토지매입 진행으로 인해 방치되고 있는 기간에 타인이 텃밭으로 이용하였음을 청구인도 인정하고 있는 사실에서 청구인이 쟁점토지를 자경하지 않은 사실을 알 수 있다.
또한, 「소득세법 시행령」제168조의8 제3항 제2호에서 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에 규정하는「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로 「농지법」제6조 제2항 제4호에 따라 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 3년이 경과하지 아니한 토지를 정하고 있는데 실제 농지에 해당하는지의 여부를 별개로 하더라도 쟁점토지는 상속개시일부터 3년이 경과한 토지(상속개시일 2012.1.21., 양도일 2015.8.10.)이므로 사업용 토지로 보기는 어렵다.
(3) 청구인은 쟁점토지를 2012.1.21. 유증을 원인으로 하여 부친인 OOO로부터 취득한 후, 청구인의 단독명의로 소유권을 이전한 사실이 등기부등본에 나타나고, 2016년 조사청의 조사시 청구인을 상대로 하여 구한 문답서에서도 청구인이 단독으로 상속하였음을 확인할 수 있으며, 쟁점토지의 양도시 OOO과의 매매가격 결정 등 모든 양도행위의 주체자는 청구인이었고, OOO과의 양도계약서에 기재된 양도자 또한 청구인이었으며, 금융거래를 통해 송금된 양도대금 OOO원의 수령자도 청구인이었고, 쟁점토지에 근저당설정된 금융채무 OOO원 또한 청구인이 모두 인수하였으며, 피상속인의 주소지 관할세무서에 신고된 상속세 신고서에서도 쟁점토지는 청구인에게 귀속되었음이 확인되고, 상속세 신고서의 붙임서류에 상속재산 분할협의서는 확인되지 아니한다.
또한 2015.6.2. 청구인의 동생인 OOO 외 1인이 청구인이 쟁점토지를 단독으로 상속받은 것에 대한 반감의 의사표현으로 소유권이전등기 말소청구의 소를 제기한 사실은 있으나, 2015.8.7. 소를 취하한 사실에서 소유권이전등기의 말소청구권 및 상속회복 청구권 행사에 따라 쟁점토지가 공동상속재산으로 확정되어 일부가 동생 2인에게 공유되거나 분할된 것이 아님을 알 수 있고, 청구인이 동생들에게 준 OOO원이 OOO으로의 등기이전이 급했던 상황에서 소 취하의 대가로 증여한 사실이 조사청의 조사과정에서도 확인되므로(조사청 조사시 양도가액에서 차감하지 않고 증여세 과세자료 통보하였다), 쟁점토지의 양도가 동생 2인을 포함한 공동양도자의 양도에 해당하여 OOO원을 양도가액에서 차감하여야 한다는 주장은 이유 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 이 건 경정청구가 최초 신고한 과세표준 및 세액에 대한 것이므로 5년의 경정청구 기간을 적용하여 본안심리를 하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점토지의 양도가 사업용토지의 양도에 해당하므로 양도차익 전체를 대상으로 하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
③ 쟁점토지의 양도자를 청구인과 OOO, OOO 등 3인으로 보아 청구인이 OOO 등에게 지급한 OOO원을 청구인의 양도가액에서 차감할 수 있는지 여부
나. 관련 법령 : <별지>에 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료에 나타난 쟁점토지 취득 및 양도 경위, 조사청의 조사 및 처분청의 부과처분 경위, 청구인의 경정청구 경위 등은 다음과 같다.
(가) 청구인은 2012.1.21. 쟁점토지를 유증을 원인으로 하여 부친인 OOO로부터 취득하였고, 청구인의 동생인 OOO, OOO, OOO, OOO 등 4인은 2015.5.13. OOO에 쟁점토지에 대하여 상속회복청구의 소를 제기하였다.
(나) 청구인은 2015.8.10. 쟁점토지를 OOO에 OOO원에 양도한 후 2015.9.4. 양도가액을 OOO원으로 하고 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고납부하였는바, 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 쟁점토지가 지목상은 전이나 자경요건이 미충족되었다고 보아 전체면적 중 실제 임야에 해당하는 OOO%에 대해서만 요율을 적용하여 공제액OOO을 산정하였다
(다) 조사청은 2016.5.12. 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 OOO원이 기재된 양도계약서 외 OOO원이 기재된 별도 업무위탁계약서를 확인 후 OOO원을 양도가액에 추가하고, 전체면적 중 실제임야 비율이 OOO%로 축소됨에 따라 장기보유특별공제액이 OOO원으로 감액되는 것으로 조사한 후 동 사항을 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.9.10. 총 결정세액을 OOO원으로 결정하여 OOO원을 경정·고지하였다.
(라) 청구인은 2017.9.28. 쟁점토지의 양도가액이 처분청의 경정가액에서 OOO원을 차감한 OOO원이 되어야 하고, 장기보유특별공제는 쟁점토지의 양도차익 전체에 대하여 요율을 적용한 OOO이 되어야 한다고 주장하며, OOO원의 환급을 구하는 경정청구 제기하였다.
(2) 조사청의 조사담당자가 2016년 8월 작성한 청구인 등에 대한 양도소득세 조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다.
(가) 주 조사대상자는 쟁점토지가 포함된 전체토지의 공유자이자 명의자인 OOO으로 하고, 관련인은 OOO 지분의 실제 소유자인 OOO과 OOO, 청구인, 쟁점토지의 양수인인 OOO의 대표자 OOO로 하였으며, 2016.5.12.부터 2016.8.19.까지 조사를 실시하였다.
(나) 혐의내용으로 OOO은 자신의 지분을 2005년에 OOO원에 취득하여 2015년에 OOO원에 양도한 것으로 신고하였으나, 취득가액이 2005년에 거래된 인근토지의 매매사례가액에 비해 너무 높아 취득가액이 과다신고된 혐의가 있고, 청구인은 쟁점토지를 2012년에 상속으로 취득하여 2015년에 OOO원에 양도한 것으로 신고하였으나, OOO의 양도가액보다 OOO원이 적어 다운계약을 통한 양도가액 과소신고 혐의가 있다고 판단하였다.
(다) 양도가액의 경우 청구인이 OOO으로부터 수령한 총 양도대금은 OOO원임이 금융거래내역에서 확인됨에도 OOO원이매매대금으로 기재된 계약서를 양도소득세 신고시 제출하였고, 차액인 OOO원의 경우 업무처리위탁계약서 등 별도의 계약서를 작성한 것으로 확인되는바, 청구인이 양수인 및 형제들과의 소송 등으로 양도과정이 원만하지 않았음은 확인되나 양수자의 청구인에 대한 대금지급시 지출결의서 내용에서 업무처리위탁 관련 지급근거, 지장물 보상액 산정근거 등이 확인되지 않고 토지 매입대금으로 기재·지출된 사실이 확인되는 점, 양수인의 대표인 OOO로부터 징취한 확인서를 보면 업무처리위탁비용 등으로 지급한 것이 아니고 토지매입대금으로 OOO원을 지급한 것이라고 진술한 사실이 확인되는 점, 공유자인 OOO이 제출한 양도신고서 내용에 지장물보상금이 없는 점 등으로 보아 OOO원은 별도 계약서 작성 등의 방법을 통해 양도가액에서 차감하여 과소신고한 것으로 판단하였다.
(라) 기타사항으로 청구인이 수령한 양도대금 중 동생인 OOO, OOO에게 귀속된 OOO은 청구인이 증여한 것으로 판단하여 증여세 누락 혐의자료로 관할 세무서에 과세자료 통보하기로 하였다.
(3) 조사청의 조사통보자료에 따라 처분청이 2016.9.9. 결의한 양도소득세 결정결의서에 의하면, 양도가액을 당초 OOO원으로 증액하였고, 장기보유특별공제액을 당초 OOO원으로 감액하여(재촌요건만 충족하면 되는 임야비율을 OOO로 변경) 총 결정세액을 OOO원으로 증액경정한 것으로 나타난다(차감고지세액은 당초 신고 결정세액인 OOO원을 차감한 OOO원으로 하였다).
(4) 청구인이 2017.9.28. 처분청에 제출한 경정청구서에 의하면, 청구인이 쟁점토지의 매매대금 중 동생들에게 지급한 OOO원은 동생들이 청구인을 상대로 제기한 상속회복청구의 소를 취하하는 대가로 받은 합의금이고, 그 실질이 자신들의 상속지분을 양수인에게 양도한 대가로 수령한 금액이므로 동 OOO원 중 동생들이 증여세로 신고납부한 OOO원을 제외한 OOO원을 청구인의 총 양도가액 OOO원에서 차감하여 그 차액인 OOO원을 쟁점토지의 양도가액으로 하여야 한다고 주장하고 있고, 쟁점토지는 「소득세법 시행령」제168조의14 제3항 제4호 나목에 의거 상속에 의하여 취득한 농지로서 상속개시일부터 5년 이내에 양도하는 토지이므로 무조건 사업용토지로 보아 양도차익 전체에 대하여 장기보유특별공제를 적용OOO하여야 한다고 하고 있다.
(5) 쟁점①과 관련하여 처분청이 심판원에 제출한 추가 의견서의 내용은 다음과 같다.
(가) 「국세기본법」제22조의2(경정의 효력) 및 제45조의2(경정 등의 청구)의 변천 과정 중 2010.12.27. 개정된 내용은 병존설(당초 신고내용과 증액경정처분이 독립하여 유지)을 의미하고 있고, 대법원 판례에서는 경정의 효력에 대해 제한적 흡수설(당초 처분이 증액경정처분에 흡수되나 증액된 세액의 범위내에서 당초 신고나 결정분에 대한 위법사유도 다툴 수 있음)을 취하고 있는바, 이 건 경정청구의 내용이 당초 신고분에 해당하는지 아니면 증액경정분에 해당하는지 여부는 경정청구의 기간이 결정되는 문제로 중요하다.
(나) 이 건에 있어 청구인이 동생들에게 지급한 OOO원을 양도가액에서 제외하여 달라는 부분은 2016년 조사청의 양도소득세 조사시 청구인이 쟁점토지를 단독으로 상속받았고, OOO원을 동생들에게 증여한 금액이라고 하여 증여세 과세자료로 통보한 사실이 있는 등 당초 진술을 번복하는 사항이어서 당초 신고사항으로 다툴 수 없는 것이다.
(6) 한편, 조사청의 이 건 양도소득세 조사기간 중인 2016.7.11. 조사담당자가 작성한 청구인에 대한 문답서 내용에 의하면, 청구인 자신이 쟁점토지 전체를 단독으로 상속받았고, 양수인인 동림동 지역주택조합으로부터 양도대금으로 OOO원을 수령하였으며, 신고양도가액과의 차액인 OOO원은 지장물 보상금OOO과 용역비OOO이고, 지장물 보상금에 대한 근거는 없으며, 지장물보상계약서와 업무처리위탁계약서는 청구인 자신이 요구하여 작성하였고, 쟁점토지는 틀림없이 청구인의 단독 상속재산이라고 답변한 것으로 나타난다.
(7) 처분청이 제출한 국세청 차세대 시스템의 증여세 과세자료 조회내역에 의하면 청구인이 지급한 OOO원을 OOO과 OOO이 수증한 내역으로 하여 과세자료로 관리 중인 것으로 나타난다.
(8) 처분청이 제출한 쟁점토지의 양도대금 수령내역서에 의하면, 청구인이 2014.8.8.부터 2015.8.7.까지 자신의 OOO 및 OOO 5개 계좌를 통해 총 8회에 걸쳐 OOO원을 수령한 것으로 나타난다.
(9) OOO장이 2015.5.13. 발급한 접수증에 의하면 피고를 청구인으로 하고, 원고를 OOO 외 3인으로 하여 상속회복청구의 소(사건번호 2015가단512505, 실질 내용은 진정명의회복을 원인으로 한 소유권이전등기절차 이행 청구)를 제기한 것으로 나타난다.
(10) 청구인과 동생인 OOO, OOO간에 2015.8.5. 작성한 합의서에 의하면, OOO, OOO이 쟁점토지가 청구인의 소유임을 확인하는 대가로 청구인이 OOO, OOO에게 각각 OOO원을 지급하기로 하였고, OOO, OOO이 쟁점토지에 대한 가처분 소송(OOO OOO)을 취하함과 동시에 금 OOO원을 지급하기로 하며, 이후 OOO, OOO이 상속회복청구의 소를 취하하도록 한다고 하였다.
(11) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 본다.
(가) 경정의 효력과 관련하여 「국세기본법」제22조의2 제1항에서는 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다고 규정하고 있고, 경정 등의 청구와 관련하여 제45조의2 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있되 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있다.
(나) 살피건대, 처분청은 경정청구내용 중 장기보유특별공제에 관한 사항은 조사청의 양도소득세 조사결과에 따라 당초 신고한 장기보유특별공제액에 대한 증액경정이 이루어졌고, 양도가액 감액 주장사항도 조사청의 조사결과에 따라 신고누락한 OOO원을 양도가액에 포함하여 과세표준 및 세액을 증가시켰으므로 이에 따른 증액세액에 대해서는 경정청구가 아닌 불복청구 기간 내에 경정청구 또는 불복청구를 제기하였어야 한다는 의견이나, 청구인이 제시하는 경정청구 사유는 양도차익 전액에 대해 장기보유특별공제를 해 달라는 것과 양도가액에서 공동양도자의 귀속분인 OOO원을 제외해 달라는 것으로, 처분청의 경정으로 인해 증가된 양도가액(누락분 OOO원)과 감소된 장기보유특별공제액 등 증액경정의 원인이 된 과세요건사실과는 처분 또는 청구사유를 달리한다 할 것이므로, 이 건 경정청구는 당초 신고로 인해 확정된 과세표준과 세액에 대한 것으로서 경정청구 관련 규정의 취지에 비추어 볼 때 본안에서 다투는 것이 타당하다고 판단된다.
(12) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.
(가) 「소득세법」제104조의3 제1항 제1호 가목에서는 농지로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지는 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 비사업용토지로 보되「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다고 하고 있고, 같은 법 시행령 제168조의8 제3항 제2호에서 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서의 "「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우"의 농지에 「농지법」제6조 제2항 제4호에 따라 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 3년이 경과하지 아니한 토지를 규정하고 있다.
(나) 또한, 「소득세법」제104조의3 제1항 제1호 나목 본문 및 제2항에서는 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군은 제외)ㆍ특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외)ㆍ특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다.) 및 시지역( 「지방자치법」제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍ㆍ면지역은 제외) 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 있는 농지는 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 비사업용토지로 보되, 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 하고 있고, 같은 법 시행령 제168조의14 제3항 제4호 나목에서는 법 제104조의3 제2항에 따라 법 제104조의3 제1항 제1호 나목에 해당하는 농지로 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 5년 이내에 양도하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있다.
(다) 살피건대, 위의 「소득세법」제104조의3 제1항 제1호 가목 및 같은 법 제168조의8 제3항 제2호의 규정에 의하면 「농지법」제6조 제2항 제4호에 따라 상속에 의하여 취득한 농지라 하더라도 상속개시일부터 3년이 경과한 토지는 비사업용토지에 해당한다고 볼 측면이 있으나, 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 및 제2항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제168조의14 제3항 제4호 나목에서는 예외적으로 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등을 규정하고 있는바, 법 제104조의3 제2항에 따라 상속에 의하여 취득한 도시지역 농지(법 제104조의3 제1항 제1호 나목)로서 그 상속개시일부터 5년 이내에 양도하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로 동 조건을 만족하는 쟁점토지의 경우 재촌·자경 여부와 무관하게 사업용 토지로 보아 양도차익의 OOO%를 장기보유특별공제액으로 산정하고, 동 금액을 쟁점토지의 양도차익에서 공제하여 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.
(13) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살펴보면, 청구인은 자신이 동생들에게 지급한 OOO원이 공동양도인의 지위에서 공동양도 대가로 수령한 금원 중 일부이므로 청구인의 양도가액에서 차감하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구인이 쟁점토지를 2012.1.21. 유증으로 취득하여 청구인 단독으로 소유권 이전하였음이 등기부등본에서 확인되고, 조사청의 조사과정에서도 청구인이 단독으로 상속받은 사실을 자인한 점, 양도대금 OOO원이 청구인 개인계좌로 모두 송금된 점, 피상속인의 주소지 관할세무서에 신고된 상속세 신고서상 상속재산 분할협의서가 첨부되지 아니한 점, 청구인의 동생이 4인임에도 소취하의 대가로 지급한 합의금이 OOO 외 1인에게만 지급된 점, 조사청이 동 지급액 OOO원에 대해 증여가액으로 판단한 점 등에서 청구인이 동생 2인에게 지급한 OOO원을 청구인의 양도가액에서 차감해 달라는 주장은 타당하지 아니하다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지>
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□ 관련 법령
(1) 국세기본법 제14조 [실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
제22조의2 [경정 등의 효력] ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.
② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.
제45조의2 [경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
(2) 소득세법 제104조의3 [비사업용 토지의 범위] ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만,「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.
가.「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 산림유전자원보호림, 보안림(保安林), 채종림(採種林), 시험림(試驗林), 그 밖에 공익을 위하여 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것
나. 대통령령으로 정하는 바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야
다. 토지의 소유자, 소재지, 이용 상황, 보유기간 및 면적 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
(3) 소득세법 시행령 제168조의7 [토지지목의 판정] 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.
제168조의8 [농지의 범위 등] ② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「조세특례제한법 시행령」제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」제66조 제14항을 준용한다.
③ 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 "「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다.
1. 「농지법」제6조 제2항 제2호ㆍ제3호ㆍ제9호ㆍ제10호 가목 또는 다목에 해당하는 농지
2. 「농지법」제6조 제2항 제4호에 따라 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 3년이 경과하지 아니한 토지
제168조의9 [임야의 범위 등] ① 법 제104조의3 제1항 제2호 가목에서 "공익을 위하여 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 임야를 말한다.
1.「산림보호법」에 따른 산림보호구역,「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 채종림(採種林) 또는 시험림
2.「산지관리법」에 따른 산지 안의 임야로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 임야. 다만,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(같은 법 시행령 제30조의 규정에 따른 보전녹지지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안의 임야로서 도시지역으로 편입된 날부터 3년이 경과한 임야를 제외한다.
가.「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 산림경영계획인가를 받아 시업(施業) 중인 임야
나.「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 특수산림사업지구 안의 임야
3. 사찰림 또는 동유림(洞有林)
4.「자연공원법」에 따른 공원자연보존지구 및 공원자연환경지구 안의 임야
5.「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」에 따른 도시공원 안의 임야
6.「문화재보호법」에 따른 문화재보호구역 안의 임야
7.「전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률」에 따라 전통사찰이 소유하고 있는 경내지
8.「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」에 따른 개발제한구역 안의 임야
9.「군사기지 및 군사시설 보호법」에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역 안의 임야
10.「도로법」에 따른 접도구역 안의 임야
11.「철도안전법」에 따른 철도보호지구 안의 임야
12.「하천법」에 따른 홍수관리구역 안의 임야
13.「수도법」에 따른 상수원보호구역 안의 임야
14. 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 기획재정부령이 정하는 임야
② 법 제104조의3 제1항 제2호 나목에서 "임야소재지에 거주하는 자가 소유한 임야"라 함은 임야의 소재지와 동일한 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 임야로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주하는 자가 소유하는 임야를 말한다.
제168조의14 [부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간
3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지: 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간
4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간
② 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에 대하여는 해당 각 호에서 규정한 날을 양도일로 보아 제168조의6의 규정을 적용하여 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.
1.「민사집행법」에 따른 경매에 따라 양도된 토지 : 최초의 경매기일
2.「국세징수법」에 따른 공매에 따라 양도된 토지 : 최초의 공매일
3. 그 밖에 토지의 양도에 일정한 기간이 소요되는 경우 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지
③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.
4. 법 제104조의3 제1항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 농지
가. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)
나. 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 5년 이내에 양도하는 토지
(4) 농지법 제6조 [농지 소유 제한] ① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다.
1. 국가나 지방자치단체가 농지를 소유하는 경우
3. 주말ㆍ체험영농(농업인이 아닌 개인이 주말 등을 이용하여 취미생활이나 여가활동으로 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다. 이하 같다)을 하려고 농지를 소유하는 경우
4. 상속[상속인에게 한 유증(遺贈)을 포함한다. 이하 같다]으로 농지를 취득하여 소유하는 경우