조심 2019서0166 (2020.05.20)

법인

재조사

청구법인이 수행한 공사는 중소기업이 수행하는 계약 기간 1년 미만인 건설 등의 용역에 해당되고, 일부 장기공사는 장부의 내용상 작업진행률을 계산할 수 없는 경우에 해당하는 것으로 보이므로, 쟁점누락수입을 ‘세금계산서 발행일’이 아니라, 공사의 실제 ‘준공일’이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것이 타당하다고 판단됨

법인세법 제66조 / 법인세법 시행령제69조

OOO세무서장이 2018.9.3. OOO주식회사에게 한 2013～2016사업연도 법인세 OOO부과처분, 주식회사 OOO에게 한 2011～2016사업연도 법인세 OOO부과처분 및 OOO세무서장이 2018.9.3. OOO주식회사에게 한 2015～2016사업연도 법인세 OOO부과처분은, 주식회사 OOO주식회사가 OOO주식회사로부터 도급받은 공사 수입금액을 공사의 준공일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것으로 하고, 처분청은 노무일수 인정기준의 재설정, 실제 노무일수의 조사 등을 통해 각 사업연도의 손금에 산입하여야 할 노무비를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

1.처분개요

가. 주식회사 OOO(이하 “청구법인②”라 한다)과 OOO 주식회사(이하 “청구법인③”이라 한다)는 아파트 도장 및 보수공사 전문업체로 2011～2015사업연도 중 특수관계 법인인 OOO주식회사(이하 “청구법인①”이라 하고, 청구법인①․②․③을 “청구법인들”이라 한다)로부터 주로 1년 미만의 단기도급공사를 수주하였다.

나. OOO지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.2.27.∼2018.7.19. 기간 동안 청구법인②ㆍ③에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인②ㆍ③이 분식회계를 통해 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인①로부터 도급받은 공사의 수입금액을 누락(이하 “쟁점누락수입”이라 한다)한 것으로 조사하였다.

＜표1＞ 청구법인②ㆍ③의 연도별 쟁점누락수입 내역

(단위 : 원)

다. 청구법인②ㆍ③은 쟁점누락수입을 인정하면서도, 회계장부에 미계상한 인건비 관련 부외경비내역(이하 “쟁점경비①”이라 한다)을 비용으로 인정해달라고 조사청에 요청하였으나, 조사청은 쟁점경비①에서 근로자별로 월별 청구법인②ㆍ③의 공사현장 근무일수와 타사업장 근무일수를 합한 일수가 27일을 초과하는 경우, 그 초과한 일수에 대한 청구법인②ㆍ③의 부외노무비를 아래 ＜표2＞와 같이 부인하였다.

＜표2＞ 쟁점경비① 관련 부외노무비 부인내역

(단위 : 원)

아울러 조사청은 청구법인들의 공사현장별 일용근로지급대장상 기 신고 인건비(이하 “쟁점경비②”라 한다)에 대해서도 위의 부외노무비 부인방법과 같이 근로자별로 월별 청구법인들의 공사현장 근무일수와 타사업장 근무일수를 합한 일수가 27일을 초과하는 경우 그 초과한 일수에 대한 청구법인들의 노무비를 아래 ＜표3＞과 같이 부인하였다.

＜표3＞ 쟁점경비② 관련 노무비 부인내역

(단위 : 원)

라. 처분청은 조사청으로부터 통보받은 위 과세자료에 따라 쟁점누락수입을 청구법인②ㆍ③의 익금에 산입하고, 쟁점경비①에서 부인된 부외노무비를 제외한 금액을 각각 청구법인②ㆍ③의 손금에 산입하는 것으로 하며, 쟁점누락수입과 쟁점경비②에서 부인된 노무비 등을 각 대표자에게 귀속된 것으로 보아 2018.9.3. 청구법인들에게 아래 ＜표4＞와 같이 법인세를 경정ㆍ고지하고, 소득금액변동통지를 하였다.

＜표4＞ 청구법인들에 대한 연도별 귀속 법인세 및 소득처분 내역

(단위 : 원)

마. 청구법인들은 이에 불복하여 2018.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장

(1) 청구법인②․③이 청구법인①로부터 도급받아 수행한 공사는 중소기업이 수행하는 계약기간 1년 미만인 건설 등의 용역에 해당되고, 일부 장기공사는 장부상 작업진행률을 계산할 수 없는 경우에 해당하므로, 「법인세법」의 관련 규정에 따라 쟁점누락수입은 각 공사 현장별 용역제공 완료일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여야 하나, 처분청은 용역제공 완료일(용역 인도일)을 청구법인②․③이 청구법인①에게 세금계산서를 발행한 날로 보아 준공일과 상관없이 세금계산서 발행일이 속하는 사업연도에 익금으로 산입하였는바, 이는 아래와 같은 이유 등으로 부당하다.

(가) 청구법인①은 발주처와의 계약금액 전부를 계약일이 속하는 사업연도에 매출로 인식하는 자체적인 방식의 법인세 신고를 위해, 매출액과 매출원가를 대응시킬 목적으로 청구법인②ㆍ③에게 계약상 잔금을 지급하지 않았음에도 하도급 계약금액 전부에 대해 세금계산서 발행을 요청하여 발급받아왔으므로 청구법인②ㆍ③의 세금계산서 발행일은 용역제공 완료일인 준공일과 일치하지 않는다.

(나) 청구법인②ㆍ③은 처분청에 쟁점누락수입 관련 공사의 계약금액, 착공ㆍ준공일, 공사원가 발생액 등을 정리한 자료(이하 “현장별 공사현황자료”라 한다) 등을 제출하였는바, 현장별 공사현황자료에 용역제공 완료일이 객관적으로 나타나므로 실제 용역제공 완료일인 준공일을 기준으로 쟁점누락수입의 익금 귀속연도를 조정해야 한다.

(2) 다수 판례(대법원 1994.10.28. 선고 94누5816 판결, 대법원 1998.5.5. 선고 96누6518 판결 등)에서 장부상 손비로 반영하지 못한 부외노무비의 지출사실이 인정되면 이를 손금에 산입할 수 있다고 판시하고 있는바, 처분청 역시 위와 같은 전제 하에, 청구법인들이 지출한 부외노무비를 원칙적으로 손금으로 인정하였으나, 쟁점누락수입 관련 공사의 현장소장에게 일괄지급 된 노무비가 청구법인②ㆍ③의 일용근로자에게 실제 지급되었는지를 확인할 수 없다고 하면서, 임의로 노무비 일수 인정기준을 27일로 정하여 근로자별로 월별 청구법인②ㆍ③의 공사현장 근무일수와 타사업장 근무일수를 합한 일수가 27일을 초과하는 경우, 초과한 일수에 대한 부외노무비를 부인하였고, 같은 이유로 청구법인들이 기 신고한 노무비 중 일부의 금액도 손금 부인하였다. 그러나 이는 아래와 같은 이유 등으로 부당하다.

(가) 청구법인들은 현장소장에게 금융계좌 등으로 지급한 금액들에 대해 일일이 일용 노무자의 신분증을 제시받아 근로내역을 확인 후 일용근로 지급대장을 작성하고 소득세 원천징수를 이행하였으므로 노무비 지출 사실은 명백하다. 만일, 현장소장이 청구법인들로부터 지급받은 노무비를 노무비 지급용도가 아닌 다른 용도로 사용했다면, 이는 현장소장의 일탈행위로 횡령죄가 성립할 뿐이고, 현장소장에 대한 노무비 지급이 명확히 확인되는 이상 청구법인들이 지급한 노무비의 손금성은 충분히 소명된 것으로 보아야 한다.

(나) 청구법인들이 처분청에 제출한 일용노무비 지급대장을 보면, 대부분의 일용 근로자들은 청구법인들에게 월별 17∼19일 정도 노무를 제공하였을 뿐 27일을 초과하는 노무를 제공한 자가 없다. 그럼에도, 처분청은 특정 노무자가 청구법인들과 관계없는 타사업장에서 근로를 제공한 날까지 나름의 방법으로 합산하여 월별 청구법인들의 공사현장 근무일수와 타사업장 근무일수를 합한 일수가 27일을 초과한 일수에 대해 청구법인들의 노무비에서만 부인하였는바, 처분청이 청구법인들이 계상한 노무비는 부인하고, 타사업장이 계상한 노무비는 인정해야 할 아무런 합리적 근거가 없다.

(다) 처분청은 청구법인들이 주장하는 부외노무비를 모두 손비로 인정하면 공사이익률이 마이너스가 된다고 주장하나, 처분청 주장은 쟁점누락수입과 부외노무비만으로 산정한 결과여서 부당하다. 청구법인들의 정당한 공사이익률은 당초 신고한 공사수입금액 및 공사비용에 쟁점누락수입과 부외노무비를 모두 반영하여 산정해야 하는데, 이와 같이 산정하면 청구법인의 공사이익률은 마이너스가 되지 않는다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인②․③은 세금계산서 교부기준으로 공사수입금액을 경정하는 것은 옳지 않으며 현장별 공사현황자료에 나와 있는 공사 준공일 기준으로 법인세 수입금액을 재계산하여야 한다고 주장하나, 청구법인②․③의 공사는 거의 대부분 청구외법인①의 공사를 하도급 받아 진행한 단기공사에 해당한다. 청구법인②․③은 쟁점누락수입 중 소송이 진행 중인 공사현장 등에 대하여 소송이 확정되지 않아 누락금액을 다시 산정하여야 한다고 주장하나, 소송진행 중인 공사현장은 청구법인②․③이 청구법인①로부터 하도급을 받아 진행한 공사로 청구법인②․③의 공사수입 인식과는 관련이 없다.

(2) 처분청은 청구법인②ㆍ③이 제출한 부외노무비에 대해 실제 발생원가 여부를 검토하고자 하였으나, 쟁점누락수입의 규모나 법인세 신고상황 등에 비추어 상당한 부외노무비가 존재할 수밖에 없다는 사실만이 명확할 뿐, 부외노무비는 현금 또는 현장소장 명의의 은행계좌로 지급된 금액으로 청구법인②ㆍ③이 제출한 일용근로지급대장에 기재되어 있는 일용근로자에게 실제로 지급되었는지 여부를 확인할 수 없었다. 위와 같이 부외노무비를 전부 인정할 수도, 부인할 수도, 그렇다고 소득금액을 추계할 수도 없는 상황에서 부외노무비 인정기준이 필요하여 처분청은 아래 내용과 같이 인정기준을 마련하였고, 청구법인②ㆍ③도 이에 동의하였다.

(가) 일용근로자에 적용할 기준은 월별 근무일수가 유일한 기준으로, 처분청은 청구법인②ㆍ③과 합의하여 월별근무 최대가능일수를 27일로 산정하고 이를 초과하는 일용노무비는 부인하는 것으로 결정하였고, 합의된 결정에 따라 부외노무비를 손금으로 인정하였는데 청구법인②ㆍ③이 조세심판을 청구하면서 동 합의사실을 부인하며 근거 없는 과세라고 주장하는 것은 신의성실원칙에 위배된다.

(나) 쟁점누락수입 대비 부외노무비의 발생이 과다하여 청구법인②ㆍ③의 주장대로 부외노무비를 모두 손금으로 인정할 경우 공사이익률이 마이너스가 되고, 오히려 환급이 발생하는 이상한 상황이 발생한다. 결국, 쟁점누락수입에 대응하는 청구법인②ㆍ③의 부외노무비는 수익ㆍ비용 대응원칙에 맞지 않아 부외노무비 전액을 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점누락수입의 귀속시기가 세금계산서 발행일 인지 용역제공을 완료한 날인 준공일 인지 여부

② 노무비 일수 인정기준을 초과한 노무비를 손금부인한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

(2) 법인세법 시행령

제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로정하는 경우

2. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 국세통합전산망에 의하면, 청구법인들의 주요 사항은 아래 ＜표5＞와 같이 나타난다.

＜표5＞ 청구법인들의 주요 사항

(나) 서울동부지방검찰청의 불기소결정서(사건번호 2018년 형제39864호, 2019.8.2.)에 의하면, 처분청은 청구법인들이 수입금액을 임의로 조절할 목적으로 사업연도 말에 공사수입을 공사선수금으로 대체하였다가 다음연도 초에 반대분개를 통해 다시 공사수입으로 계상하는 방법으로 수입금액을 누적하여 관리해 오다가 2016년 초순경 고의로 반대분개를 하지 않고 이를 소멸시키는 방법으로 조세를 포탈한 혐의로 청구법인 ②․③ 및 청구법인 ①의 대표이사 OOO고발하였고, 검찰은 동 고발 건에 대해 증거불충분을 이유로 무혐의 처리한 것으로 나타난다.

(다) 「법인세법」관련규정에 따라 쟁점누락수입을 각 공사 현장별 ‘용역제공 완료일(용역 인도일)’이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 점에 대해서는 처분청과 청구법인②ㆍ③ 간 이견이 없으나, ‘용역제공 완료일’에 대해 처분청은 ‘세금계산서 발행일’로, 청구법인②ㆍ③은 ‘준공일’로 판단하고 있는 것으로 심리자료에서 확인된다.

(라) 현장별 공사현황자료에 의하면, 쟁점누락수입과 관련 공사의 대부분은 하자보수, 추가공사, 소송진행 등으로 인해 준공일이 계산서발행일이 속하는 사업연도 이후인 것으로 나타난다.

(마) 청구법인들의 노무비명세자료 등에 의하면, 근로자들의 근무일수는 통상 17∼19일 정도로 계상되어 있으나, 처분청은 임의로 노무비 일수 인정기준을 27일로 정하고 근로자별로 월별 공사현장 근무일수와 타사업장 근무일수를 합한 일수가 27일을 초과하는 경우, 초과한 일수에 대한 청구법인들의 노무비만 부인한 것으로 확인된다.

(바) 처분청은 쟁점누락수입 대비 부외노무비의 발생이 과다하여 청구법인②ㆍ③의 주장대로 부외노무비를 모두 손금으로 인정할 경우 공사이익률이 마이너스가 된다는 입장이나, 청구법인②ㆍ③이 당초 신고한 공사수입금액에 쟁점누락수입을 합하여 수입으로 하고 당초 신고한 공사비용에 부외노무비를 합하여 비용으로 하여 공사이익률을 계산해보면, 공사이익률이 아래 ＜표6＞과 같이 나타난다.

＜표6＞ 공사이익률 산정(청구법인② 기준, 처분청 제시자료 적용)

(단위 : 백만원, %)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도와 관련하여 「법인세법 시행령」제69조 제1항 제1호는 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설 등의 경우 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인②ㆍ③이 수행한 공사는 중소기업이 수행하는 계약 기간 1년 미만인 건설 등의 용역에 해당되고, 일부 장기공사는 장부의 내용상 작업진행률을 계산할 수 없는 경우에 해당하는 것으로 보이므로, 쟁점누락수입을 ‘세금계산서 발행일’이 아니라, 공사의 실제 ‘준공일’이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 노무비 일수 인정기준은 당초 처분청과 청구법인들이 합의한 내용으로서 청구법인들이 이 건 심판을 청구하면서 동 합의사실을 부인하며 근거 없는 과세라고 주장하는 것은 신의성실원칙에 위배된다는 의견이나, 처분청은 청구법인들의 동의나 객관적 기준 등의 제시 없이 일방적으로 노무비 일수 인정기준을 27일로 정한 것으로 보이는 점, 처분청은 특정 노무자가 청구법인들과 관계없는 타사업장에서 근로를 제공한 날까지 합산하여 월별 청구법인들의 공사현장 근무일수와 타사업장 근무일수를 합한 일수가 27일을 초과하는 경우, 초과한 일수에 대해 청구법인들의 노무비에서만 부인하였는바, 처분청은 합리적 근거 없이 타사업장이 계상한 노무비는 전부 인정하고 청구법인들이 계상한 노무비만 부인한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청의 과세판단 근거인 노무비 일수 인정기준은 불합리해 보이므로 처분청이 청구법인들에게 이 건 법인세를 경정․고지하고 청구법인들의 대표자들에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.