[사건번호]조심2014서1578 (2014.05.19)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]환매권의 행사로 쟁점토지의 소유권을 새로이 취득한 것으로 보아야 하므로, 처분청이 환매로 인한 소유권이전등기일을 그 취득시기로 보고, 환매권을 행사하면서 지급한 금액으로 취득가액을 산정하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 소득세법 제97조

[참조결정]조심2014부1084

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1988.8.12. OOO 답 825㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 폐기물처리시설 설치사업의 부지로 OOO에 1999.12.28. 수용되어 2000.1.7. 소유권이전등기되었으나, OOO는 2005년 8월경 폐기물처리시설 설치사업이 취소되자 청구인에게 환매예정통지를 하였고, 청구인은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “공익사업법”이라 한다) 제91조 제1항에 따라 2011.10.25. 쟁점토지를 OOO로부터 환매하여 2011.11.3. 청구인 명의로 소유권이전등기하였다.

이후 쟁점토지가 다시 OOO개발예정지구로 지정되고 2013.3.13. OOO에 수용되어 2013.3.28. 소유권이전등기되었으며, 청구인은 2년 미만 보유세율 적용, 장기보유특별공제 배제, 수용된 쟁점토지에 대한 조세감면조항 배제, 쟁점토지의 환매로 인한 소유권이전등기일을 취득시기로 하고 환매대금을 취득가액으로 한 양도차익에 대하여 2013.5.31. 처분청에 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 환매의 실질은 수용으로 상실한 소유권의 회복으로 이로 인하여 종전의 소유권이 계속되는 것이기 때문에 단기보유 중과세 적용 배제, 장기보유특별공제 적용, 토지수용 관련 조세감면특례조항 적용, 취득가액을 환산가액으로 하여 쟁점토지에 대한 양도소득세 과세표준과 세액을 감액경정하여야 한다는 취지로 2013.10.28. 처분청에 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 수용된 쟁점토지를 환매로 다시 취득한 경우, 쟁점토지의 취득시기는 환매를 원인으로 한 등기접수일인 2011.11.3.이 되므로 당초 신고 내용은 정당한 것으로 보아 2013.12.2. 청구인의 경정 청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2014.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 공익사업법상 환매권을 인정하는 취지는 공용수용이 특정한 공익사업을 위하여 개인의 재산권을 강제적으로 취득하는 것이기 때문에 수용의 전제인 공익사업의 폐지 기타 사유로 수용목적물이 불필요하게 된 경우에 그 소유권을 원래의 소유자 등에게 회복시켜 주는 것이 원소유자의 감정의 존중이나 공평의 원칙에 부합한다는 점에 있으며, 그 핵심은 원소유자에게 소유권을 원상회복하여 토지 소유자로서의 종전의 권리 및 지위를 향유하게 하는데 있으므로 원소유자가 수용되었던 토지 등을 환매로 취득한 경우는 신규취득이 아니고 수용으로 상실하였던 기존의 소유권을 회복하여 환매 이후로도 계속하여 보유하는 것으로 보아야 한다. 이렇게 보유하게 된 토지 등을 재차 공익사업용으로 수용되어 양도한 경우는 당해 자산을 이용한 당초 공익사업 폐지 및 새로운 공익사업 시행에 따른 것일 뿐 자산 보유자의 단기 투기 목적에 따른 것이 아니므로 각종 단기 보유자산에 대한 각종 중과세 및 조세감면규정 적용 여부를 결정함에 있어 당초 자산 취득시를 취득시기로 함이 타당하다.

(2) 또한, 청구인이 쟁점토지에 대한 환매권을 행사하면서 지급하는 환매대금은 공익사업법 제91조에 규정된 법정금액(보상금에 상당한 금액)일 뿐, 당사자간 거래로 이루어진 매매가액이 아니므로 실지거래가액에 해당하지 아니하고, 시가를 반영하여 결정된 가액도 아니므로 이를 실지양도가액에 대응하는 실지취득가액으로 볼 수 없으며, 실지취득가액은 불분명한 경우에 해당하므로 환산취득가액으로 양도차익을 계산함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 공익사업법에 의한 환매는 그로 인하여 결과적으로 환매권자가 종전에 수용된 토지의 소유권을 회복하는 면이 있다 하더라도 환매권자와 사업시행자 사이의 새로운 매매로 보아야 하고 이를 종전의 협의 양도나 수용의 취소 또는 해제로 볼 수는 없어서 이미 이루어진 물권변동의 효력까지 소급하여 소멸시키는 것이 아니다. 따라서 청구인이 2012.2.28. 환매대금을 청산함으로써 쟁점토지의 소유권을 새로이취득한 때를 쟁점토지의 취득시기로 하여 세율, 장기보유특별공제, 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 등을 적용함이 타당하다.

(2) 또한, 환매는 당사자의 의사합의에 의하여 이루어지는 계약의 일종이므로 환매대금은 환매로 인한 취득 및 양도의 실지거래가액이 되는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 수용되었던 쟁점토지를 환매로 재취득하여 보유하다가 다시 수용되어 양도한 경우, 쟁점토지의 취득시기와 취득가액을 환매시기와 환매대금으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : [별지] 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점토지의 수용, 환매 및 재수용에 따른 쟁점토지의 취득시기와 취득금액에 대하여 아래와 같이 주장한다.

(가) 환매제도를 둔 이유는 공공사업에 기여할 목적으로 협의취득에 의하여 자신의 의사가 제한된 상태에서 소유권을 이전하거나 강제로 재산을 수용당한 피수용자에게 종전의 원상태로 재산을 되돌려주어 토지 소유·보유자로 하여금 종전상태에서 누릴 수 있는 권리·이익과 지위를 회복·향유할 수 있게 함으로써 협의취득과 수용으로 인한 피해를 최소화하려는데 있다. 따라서 환매로 회복한 소유권과 보유는 새로운 소유권의 취득이나 보유의 시작이 아니라 협의취득과 수용으로 일시 중단되었던 종전소유권과 보유의 연속이요 연장이며, 환매 전·후의 소유·보유가 서로 별개가 아니라 동일인 하나의 소유·보유인 것이다. 그렇기 때문에 보유기간에 따른 이해차별(단기매매 중과 장기보유특별공제 등)시에는 환매 후의 보유기간만을 따로 떼어 볼 것이 아니라 환매이전의 보유기간까지 합산해서 가늠해야 할 것이며, 이를 따로 떼어 기간계산을 하는 것은 환매의 본질이나 환매제도의 취지·목적에 반한다.

단기보유 중과의 취지와 목적은 양도차익을 노린 부동산투기를 억제하기 위함이다. OOO의 선행 협의 취득이 없었다면 쟁점토지를 계속하여 보유하였을 것이므로 양도차익을 노린 투기가 아님이 명백하고, 환매 후 2차 양도도 청구인의 의사와 관계없이 강제수용당한 것이어서 차익을 노린 투기목적이 아님이 명백하므로 환매취득일 이후 수용일까지의 형식적 기간만 피상적으로 볼 것이 아니라세법해석의 원칙과 기준에 따라 형평에 맞게 합목적적으로 하여야 한다.

장기보유특별공제, 단기보유 중과규정에서 보유기간이 문언상 반드시 양도직전의 단일 보유기간을 뜻하는 것이라고 단정할 근거는 어디에도 없으며, 청구인이 쟁점토지를 양도하기 전에 소유하고 있었던 모든 보유기간을 다 포함하는 뜻으로 해석할 수 있다. 단기매매 중과 규정은 양도인의 자의에 의한 양도의 경우로 한정하여 적용해야지 강제수용의 경우에까지 폭넓게 확대 적용하는 것은 입법취지에 어긋나고 과세형평성, 세법의 합목적적 해석 기준에도 반하며, 국민의 법 감정과도 맞지 아니한다. 수용의 경우에는 소유·보유의 경위와 투기성 여부 등 여러 사정을 참작하여 가능하면 단기보유 여부를 제한적으로 해석하고 보유기간의 의미도 탄력적으로 해석해야 할 것이다.

(나) 청구인이 쟁점토지 환매시 보상금 상당액을 납부하고 OOO가 요구하는 증가금액을 납부하였는데, 보상금 상당액이란 당초 쟁점토지 수용 당시에 받은 보상금의 액수로 당사자가 임의로 변경할 수 없는 것이어서 실지거래가액도 아니고 시가도 아니다. 법에 규정된 법정금액으로 법정가액일 뿐이다. 시가인 보상금을 양도가액으로 하면, 이에 대응하여 취득가액도 시가를 반영하는 실거래가액을 찾아서 해야 형평에 맞는 것이므로 실거래가액이 아닌 보상금 상당액을 실거래가액인양 취득가액으로 삼아서는 안 될 것이다.

환매는 실질적 매매가 아니고 환매취득은 형식적 취득이며, 환매대금은 실지거래가액이 아니고 실질적 거래대금으로 보지 않기 때문에 환매로 취득하는 토지에는 취득세와 등록세를 비과세하고 그 소유권이전등기를 할 때도 등기부에 거래실가를 기재하지 아니한다. 따라서 「소득세법」의 규정에 따라 기준시가를 환산한 가액이나 감정가액을 취득가액으로 하여 양도차액을 산정하여야 한다.

환매금액을 시장가격으로 정하지 아니하는 것은 원소유자에게 수용이 없던 것과는 같은 원상태로 소유권을 회복시켜 수용 이전의 종전 상태에서의 이익을 향유하게 함으로써 수용과 관련된 소유자의 피해를 최소화해 주려는 제도의 목적과 취지에서 기인한 것이다. 양도소득세는 시세차익에 과세하는 것인데, 시가가 아닌 환매금액을 취득가액으로 하여 시세차익을 산정하게 되면 시세차익 외의 부분까지 시세차익으로 오산되어 부당한 결과에 이르게 되며, 이는 원칙적으로 보상금만 되받고 수용한 토지를 환매해 줌으로써 수용으로 인한 피수용자의 피해를 조금이라도 보상해 주려는 환매제도의 취지에도 어긋난다.

(2) 그러나, 「소득세법」 제98조는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항은 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일을 그 자산의 취득시기 및 양도시기로 한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이므로(대법원 1999.6.22. 선고 99두165 판결, 같은 뜻임), 양도의 원인이 당사자간의 계약에 의한 것인지 법률의 규정에 의한 것인지를 불문하고 위 각 규정에 의하여 자산의 양도 및 취득시기를 정하여야 할 것이다(대법원 2002.4.12. 선고 2000두6282 판결, 같은 뜻임).

한편, 공익사업법 제91조 제1항은 토지의 협의취득일 또는 수용의 개시일로부터 10년 이내에 해당 사업의 폐지ㆍ변경 또는 그 밖의 사유로 취득한 토지의 전부 또는 일부가 필요 없게 된 경우 취득일 당시의 토지소유자 등 환매권자는 일정한 기간 내에 그 토지에 대하여 받은 보상금에 상당하는 금액을 사업시행자에게 지급하고 그 토지를 환매할 수 있다고 규정하고 있는바, 위 규정에 따른 환매는 그로 인하여 결과적으로 환매권자가 종전에 협의양도하거나 수용된 토지의 소유권을 회복하는 측면이 있다 하더라도, 이는 어디까지나 환매권자가 종전에 협의양도하거나 수용되어 양도하였던 토지를 공익사업법이 정한 절차에 따라 사업시행자로부터 새로이 매매로 취득하는 것이지 종전의 협의양도나 수용의 취소 또는 해제로 볼 수는 없으므로 이로 인하여 이미 이루어진 물권변동의 효력까지 소급하여 소멸시키는 것이 아니어서, 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 협의양도하거나 수용된 소유자는 이로써 그 토지의 소유권을 상실하였다가 그 이후 공익사업법에서 정한 절차에 따라 해당 토지에 대한 환매권을 행사하고 환매대금을 청산함으로써 그 소유권을 새로이 취득하는 것이므로, 그 토지를 다시 공익사업용으로 그 공익사업의 시행자에게 양도한 경우의 양도 자산의 취득시기는 환매대금 청산일 또는 환매로 인한 소유권이전등기일이 된다(대법원 2012.4.26. 선고 2012두744 판결, 같은 뜻임).

또한, 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 가목은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비 중 취득가액은 양도자산 취득에 든 실지거래가액으로 한다고 규정하는바, 환매권자는 공익사업법 제91조 제1항 및 제4항에 따라 사업시행자에게 환매대상 토지에 대하여 받은 보상금에 상당하는 금액 또는 시가변동을 감안하여 사업시행자와 협의한 환매금액 등을 지급하고 환매권을 행사하여 그 토지를 취득하는 것이므로, 환매로 취득한 자산의 취득에 든 실지거래가액은 환매권자가 환매권을 행사하면서 사업시행자에게 지급한 금액이 된다.

따라서, 위 내용을 종합하여 보면, 청구인이 환매로 취득한 쟁점토지를 다시 양도한 이 건의 경우, 환매로 인한 소유권이전등기일(또는 환매대금청산일)을 그 취득시기로 하고, 청구인이 환매권을 행사하면서 사업시행자에게 지급한 보상금 상당액과 증감액 등을 합한 금액을 그 취득가액으로 하여 양도소득세를 과세함이 타당하므로(조심 2014부1084, 2014.4.22. 같은 뜻임) 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[별지] 관련 법령

(1) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제1조 [목적]이 법은 공익사업에 필요한 토지 등을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모하는 것을 목적으로 한다.

제4조 [공익사업]이 법에 따라 토지등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

2. 관계 법률에 따라 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도ㆍ도로ㆍ공항ㆍ항만ㆍ주차장ㆍ공영차고지ㆍ화물터미널ㆍ궤도(軌道)ㆍ하천ㆍ제방ㆍ댐ㆍ운하ㆍ수도ㆍ하수도ㆍ하수종말처리ㆍ폐수처리ㆍ사방(砂防)ㆍ방풍(防風)ㆍ방화(防火)ㆍ방조(防潮)ㆍ방수(防水)ㆍ저수지ㆍ용수로ㆍ배수로ㆍ석유비축ㆍ송유ㆍ폐기물처리ㆍ전기ㆍ전기통신ㆍ방송ㆍ가스 및 기상 관측에 관한 사업

5. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관, 「지방공기업법」에 따른 지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택 건설 또는 택지 조성에 관한 사업

제91조 [환매권]① 토지의 협의취득일 또는 수용의 개시일(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)부터10년 이내에 해당 사업의 폐지ㆍ변경 또는 그 밖의 사유로 취득한 토지의 전부 또는 일부가 필요 없게 된 경우취득일 당시의 토지소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)은 그 토지의 전부 또는 일부가 필요 없게 된 때부터 1년 또는 그 취득일부터 10년 이내에그 토지에 대하여 받은 보상금에 상당하는 금액을 사업시행자에게 지급하고 그 토지를 환매할 수 있다.

④토지의 가격이 취득일 당시에 비하여 현저히 변동된 경우사업시행자와 환매권자는 환매금액에 대하여 서로협의하되, 협의가 성립되지 아니하면 그 금액의증감을 법원에 청구할 수 있다.

(2) 조세특례제한법

제77조 [공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면]① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20(괄호안 생략)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

(3) 소득세법

제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제97조 [양도소득의 필요경비 계산]① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나.가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조제1항에 따른 세율

2. 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(4) 소득세법 시행령

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

제176조의2 【추계결정 및 경정】② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액