beta
[사건번호]
[사건번호]조심2015서0625 (2015.07.09)
[세목]
[세목]법인[결정유형]취소
[결정요지]
[결정요지]등기사항전부증명서에 의하면 합병 후 청구법인을 존속법인으로 등재하였고, 청구법인이 ㈜ㅇㅇㅇ의 주주들에게 청구법인의 신주 ㅇㅇㅇ주를 발행하여 합병대가를 지급한 것으로 나타나고 있어 구체적이고 객관적인 근거가 없이 합병법인을 ㈜ㅇㅇㅇ 라고 추정하기는 어려울 뿐만 이나라 합병대가로 전액 청구법인의 주식만을 교부하는 등「법인세법」상의 피합병법인 순자산 양도차익의 비과세 요건을 갖춘 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인을 피합병 법인으로 간주하여 합병에 의한 자산양도차익에 대하여 법인세를 과세한 처분은 잘못임
[관련법령]
[관련법령] 국세기본법 제14조 / 법인세법 제44조 / 법인세법 제44조의2 / 법인세법 제44조의3
[참조결정]
[참조결정]조심2014서4032
[주 문]
심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인(구, OOO 주식회사)은 1979.11.22.부터 현재까지 OOO, B동 30층(OOO)을 본점소재지로 하여 건설업을 영위하고 있는 법인사업자로, 2010.11.1. 청구법인의 당시 주주인 명OOO(2.5%, 10,000주)(이하 “명OOO 등”이라 한다)이 자신들이 보유한 청구법인의 비상장주식 400,000주를 (주)OOO(이하 “OOO”라 한다)에 OOO원에 양도하기로 하는 주식양수도계약을 체결하고 계약금 OOO원을 수령한 상태에서 2010.11.5. 청구법인을 합병법인으로, OOO를 피합병법인으로 하는 합병계약을 체결하고 2010.12.14. 합병등기를 하였다.
나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.4.29.～2013.7.30. 기간 동안 청구법인에 대하여 법인세통합조사를 실시한 결과, 명OOO 등이 OOO로부터 수령한 주식양도대금OOO원의 자금원천이 청구법인의 자금인 사실을 확인하고 명OOO 등이 청구법인 주식을 OOO에 양도하기로 계약한 후 청구법인이 OOO를 합병한 거래는 형식에 불과하고 그 경제적 실질은 사실상 청구법인이 피합병법인(합병으로 인하여 소멸하는 법인에 해당)이므로 명OOO 등이 사실상의 합병법인인 OOO로부터 합병대가로 OOO원을 지급받은 것으로 보아 명OOO 등에게 의제배당소득 OOO원에 대한 종합소득세를, 청구법인에게 합병에 의한 자산양도차익 OOO원에 대한 법인세를 각각 부과하도록 과세자료를 관할 세무관서(명OOO 등 : 용산세무서장 등, 청구법인 : 처분청)에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.4.15. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다(OOO장은 2013.9.15.～2013.9.16. 명OOO 등에게 2010년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였음).
다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.7. 이의신청을 거쳐 2014.11.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
「법인세법」에서는 합병주체의 적용과 관련하여 「법인세법」상 납세의무는 「상법」에 의한 합병법인 또는 피합병법인을 기준으로 판단하도록 규정하고 있고, 과세당국에서는 기업회계기준상 매수회사와 「상법」상의 합병법인이 상이한 경우 「상법」상의 합병법인 또는 피합병법인의 구분에 따라 「법인세법」상의 납세의무를 판단하는 것으로 해석(법인-2509, 2008.9.18. 외 다수)하고 있으나, 처분청은 「상법」에 의한 합병법인의 주체를 부인하고 기업회계기준과 동일하게OOO를합병법인으로, 청구법인을 피합병법인으로 간주하여 청구법인에 대한 자산양도손익을 계상하여 익금산입하였는바, 이는 동일한 사실관계에 대한 「법인세법」상 납세의무의 판단에 있어 기존의 과세당국의 의견과는 배치되는 과세처분에 해당한다.
(2) 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 청구법인이 합병법인이 되는 것은 경제적으로 당위적인 의사결정에 해당된다.
(가) 청구법인은 1979년 설립되어 30년의 역사를 가진 법인으로서 기계설비 공사업계에서 2010년 합병 당시 기준으로 시공능력이 6위에 해당하는 선도기업에 해당하였고, 매출액 규모도OOO보다 훨씬 컸는바(청구법인 : 약 OOO원,OOO : 약 OOO원), 합병시 청구법인이 합병법인이 되는 것은 당연한 결과라 하겠다.
(나) 또한, 건설업이라는 업종의 특성상 공사수주가 곧 기업의 성장 및 존속과 일치하며, 회사의 브랜드 가치, 매출액 규모 및 시공능력 등은 향후 공사의 수주에 중대한 영향력을 행사하므로 양사 간 합병시 청구법인이 합병법인이 되어OOO를흡수합병한 경제주체의 선택은 합리적인 귀결이다.
(3) 「법인세법」상 일정한 요건을 충족한 합병의 경우 자산양도손익이 없는 것으로 할 수 있고, 2010년 청구법인이OOO를흡수합병시 합병요건을 모두 갖춘 적격합병에 해당하는바, 자산양도차익이 발생할 여지가 없다.
(가) 「법인세법」제44조 제1항에 의하면, 피합병법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액에서 피합병법인의 순자산장부가액을 뺀 금액을 자산양도손익으로 보아 익금 또는 손금에 산입하여야 한다.
(나) 다만, 「법인세법」제44조 제2항에서 아래 요건을 모두 충족한 합병(적격합병)의 경우에는 양도대가를 합병등기일 현재의 순자산장부가액으로 보아 양도손익이 발생하지 아니하도록 규정하고 있는바, 청구법인과OOO 간의 합병은 「법인세법」상의 적격합병요건을 모두 충족하였다.
1) 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것 : 청구법인과 OOO는 각각 1979.11.22., 1994.10.4. 설립된 법인으로 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인에 해당하므로 동 요건을 충족한다.
2)피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식등이 일정한 방법에 따라 배정되고, 일정요건의 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것
가) 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상일 것 : 합병법인인 청구법인은 합병시 신주(액면가 OOO원, 발행주식수 10,000주)를 발행하여 이를 피합병법인인 OOO의 주주에게 교부하였으며 별도의 합병교부금은 지급하지 아니하였는바, 합병대가 전액이 주식에 해당하므로 동 요건을 충족한다.
나) 당해 주식등이 일정한 방법에 따라 배정될 것 : 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등에 합병으로 인하여 받은 주식등을 배정할 때에는 주주등에게 다음의 산식에 따른 가액 이상의 주식등을 배정하여야 하는바, 합병법인인 청구법인은 피합병법인인 OOO의 주주에게 합병대가 지급시 피합병법인 지분율에 비례하여 합병신주를 교부하였으므로 동 요건을 충족한다.
합병대가의 총 합계액 | × | 법인세법시행령 제80조의2 제4항에 규정한 주주등의 피합병법인에 대한 지분비율 |
다) 일정요건의 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식 등을 보유할 것 : 피합병법인인 OOO의 주주는 모두 이 건 합병으로 인하여 취득한 합병법인의 주식을 2010사업연도 종료일까지 보유하였으므로 동 요건을 충족한다.
3) 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 : 합병법인인 청구법인은 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일인 2010.12.31.까지 OOO로부터 승계한 사업인 설비공사 및 건설업을 계속하였으므로 동 요건을 충족한다.
따라서, 청구법인과 OOO 간의 합병은 「법인세법」제44조 제2항에 따른 적격합병요건을 충족하므로 관련 규정에 따라 익금에 산입하여야 할 자산양도차익이 본질적으로 발생할 수 없다.
(4) 위와 같이 「법인세법」상 납세의무는 「상법」에 의한 합병법인 또는 피합병법인을 기준으로 판단하도록 하고 있는 다수의 유권해석이 존재하고, 2010년 합병시 청구법인을 합병법인으로 하여OOO를흡수합병한 의사결정은 당시 합병당사자 간 매출액 규모, 시공능력 및 향후 공사수주 역량 등을 고려한 자연스러운 결과였으며, 이에 대한 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법률관계는 존중되어야 한다는 점, 자산양도차익은 「법인세법」상 적격합병 요건을 충족하지 못하는 경우에 한하여 익금에 산입할 수 있는 것이나 청구법인과OOO간의 합병은 「법인세법」상의 적격합병에 해당하는 점 등으로 볼 때, 「상법」상으로 합병법인이 명확한 청구법인을 처분청이 임의적으로 피합병법인으로 간주하고 그에 따른 자산양도차익을 익금산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 형식적으로는 청구법인이 합병 후 존속법인이나, 청구법인 구 주주 명OOO 등이 합병거래를 통해 합병대가를 현금으로 수령하고 주주에서 탈퇴하였으므로 청구법인이 실질적으로 소멸법인에 해당하고, 명OOO 등이 수령한 합병대가 중 청구법인의 순자산장부가액 초과분은 비적격합병에 따른 양도차익에 해당한다.
(가) 명OOO 등이 2010.11.1. OOO에 청구법인 주식 100%를 OOO원에 양도한 후 합병이 되어 단순양도에 해당한다고 주장하나, 청구법인 주식이 실질 양도되지 않은 상태에서 합병되었고, 이면약정을 통해 합병을 전제로 하고 합병이 완료되어야 종결되는 주식양도거래를 하였으므로 실질적으로는 주식양도거래가 아닌 합병거래에 해당하므로 동 주식양도거래로 인해 명OOO 등이 수령한 현금은 합병교부금이다.
1) 이면약정을 통해 양도와 동시에 합병거래를 약정한 사실이 확인되고 명OOO 등은 주식양도 전에 당시 청구법인 대표이사 이OOO과 합병에 대해 논의하였다. 명OOO 등과 OOO 간에 2010.11.1. 체결된 주식양수도계약서의 부속계약서는 명OOO(당시 실사주), 이OOO(당시 대표이사), 성OOO(이OOO의 배우자), OOO(성OOO이 대주주)가 계약의 당사자인데, 동 부속계약서 제1조에 ‘2010.11.5.까지 합병계약을 체결하고, 2010.12.15.까지 합병절차를 완료하여야 한다’고 명시되어 동 주식양도계약은 명OOO과 이OOO 간에 회사인수합병을 전제로 하고 있음을 알 수 있고, 실제 2010.11.5. 합병계약이 체결되었으며, 명OOO과 이OOO도 2010.11.1. 주식양수도계약 1개월 전부터 OOO와 합병하는 것에 대하여 논의한 것으로 진술하고 있다.
2) 주식양수도계약일에 주식명의개서 사실이 객관적인 증빙에 의해 확인되지 아니하고, 계약금만 받고 주식명의개서를 하였다는 것은 비상식적이다. 2010.11.1. 주식양도계약서를 체결하고, 주식양도대금 OOO원 중 2010.11.4.까지 계약금 OOO원만 수령한 상태에서 계약일인 2010.11.1. 주식명의개서를 한 것은 통상적인 거래행위도 아니고, 청구법인의 명의개서 대리인 OOO은행 증권대행부에 2010.12.31. 명OOO 등과 청구법인의 대리인 설OOO이 내방하여 명OOO 등에서 청구법인으로 명의개서하고 주식에 질권을 설정한 것으로 확인되나, 명OOO 등이 주장하는 2010.11.1. 명의개서는 객관적으로 확인이 되지 않는다. 또한, 청구법인 주식 전부를 명OOO이 합병시까지 보유한 것으로 보아 동 주식양도거래가 합병등기일까지 주식양도가 완료되지 않은 것으로 보아야 하고, 설령 명의개서가 합병 전에 이루어졌다 하더라도 이는 「소득세법」상 양도시기를 맞추기 위하여 이루어진 형식적인 명의개서로 보아야 할 것이다.
3) 명OOO은 주식양도 후에도 계속 양도주식에 대한 주주권을 향유하고 있었다. 주식양수도계약서의 부속계약서 제2조에 ‘주식양수도계약의 중도금 지급이 완료될 때까지 양도주식의 의결권 행사를 명OOO에게 위임한다’, ‘의결권 위임을 위하여 별첨4 기재내용과 형식(주총참석권리, 주총안건의결권 등 부여, OOO 주주로 되어 있는 한 계속 위임)의 위임장에 날인하여 법인인감증명서와 함께 명OOO에게 제공한다’라고 명시되어 있고, 제9조 ‘의결권 위임의무를 위반하는 경우 손해배상금과 별도로OOO원을 위약금으로 명OOO에게 지급한다’고 이면약정을 하여 명OOO이 OOO에 양도한 주식에 대한 주주권을 실질적으로 향유하게 하였고, 이OOO은 ‘명OOO 회장이 청구법인의 법인인감을 갖고 있어서 청구법인과 OOO의 합병승인에 대한 주주총회에 명OOO이 참석하여 날인하였다’라고 진술한 점 등으로 보아 형식적으로는 명OOO 등 청구법인의 구 주주가 OOO에 청구법인 주식 100%를 양도하였다 하더라도 합병등기 전까지 실질적으로 명OOO 등이 청구법인 주식 100%에 대한 주주권을 행사한 것으로 나타나므로 이는 주식의 실질양도가 된 것이 아니다.
4) 명OOO은 합병계약 당시 및 합병관련 주주총회에 참석하였다. 명OOO이 OOO에 주식을 실질양도하였다면 명OOO이 청구법인의 주주총회에 참석할 이유가 없으며 청구법인과 OOO 간에 합병계약서 작성시 명OOO이 참석한 것으로 확인되고 있는바, 이는 명OOO이 OOO에 주식을 실질양도하지 않은 증거이면서 동 주식양도거래의 실질은 합병거래임을 보여주고 있는 것이다.
5) OOO의 현금보유 상황으로 보아 OOO는 합병을 하지 않으면 주식양도대금 OOO원을 지급할 수 없는 상황이었다. OOO의 현금보유상황으로 볼 때, OOO원을 자체 조달하여 청구법인 주식 100%를 매입하는 것은 현실성이 없었고, 명OOO이 경영권 양도 및 법인 합병과정에 대한 절차를 법무법인 OOO에 의뢰하였고, 이OOO은 청구법인의 경영권을 인수하기 위해 법무법인 OOO에서 제시한 절차와 방법에 따라 그 형식을 맞추었을 뿐, 이OOO 및 OOO의 주주의사에 따라 청구법인 주식의 인수합병이 진행된 바 없고, OOO가 당초 계약금 OOO원 지급시에도 이OOO은 ‘법무법인 OOO에서 제시한 일정대로 대금을 지급하려고 자금을 힘들게 마련하였는데, OOO원은 은행차입금이고 개인차입금 OOO원은 청구법인과 OOO의 합병절차가 마무리되면 바로 상환하겠다고 약속하고 김OOO(청구법인 임원) 등 지인에게 차입하였다’라고 진술한 점, 당초 계약금 OOO원 지급을 위한 채무상환이 합병 이후 청구법인의 OOO 공사대금 회수액 및 OOO 등 어음할인액으로 2010.12.23～2010.12.28. 개인 차입금 OOO원을 상환한 것으로 확인되고, 은행차입금 OOO원도 2011.1.19. 청구법인의 OOO 공사대금 회수액으로 상환한 것으로 나타나며, 당초 주식양수도계약서상 중도금OOO원 지급일자를 합병 이후인 2010.12.16.로 지정하고, 실제 2010.12.17. 지급한 OOO원도 청구법인의 공사대금 회수액으로 지급된 점으로 볼 때, 현실적으로 합병을 하지 않고서는 명OOO 등이 OOO원의 주식양도대금 회수가 불가능하였으므로 법무법인 OOO이 알려준 방법과 절차에 따라 명OOO 등의 필요에 의해 주식 양도형식을 취하면서 동시에 합병이 진행된 것이다.
따라서, 명OOO 등과 OOO 간의 주식양도거래는 형식에 불과하고 거래의 실질은 합병거래를 통하여 명OOO 등이 청구법인에 유보된 자금을 회수하려고 한 것으로서 합병에 따른 배당소득에 대한 세금을 의도적으로 회피하기 위하여 주식양도거래 형식을 이용한 것에 불과하다.
(나) 합병직전 상황을 보면, 청구법인은 실질적으로 폐업에 준하는 상태이었고, OOO가 청구법인을 인수한 후 상호만 청구법인을 사용하는 것과 동일하다.
1) 합병 전 청구법인은 인적·물적 구성 및 신규공사 수주내역 등으로 보아 폐업에 준하는 상황이었다. 합병 전까지 청구법인의 직원현황은 2008년 92명, 2009년 37명, 2010년 22명(본사 인원만 남음)으로 나타나고, 2009년부터 차량, 회원권, 부동산 등 자산을 매각하여 OOO원정도 현금화한 바 있고, 2007년 OOO원, 2008년 OOO원, 2009년 OOO원 총OOO원의 현금 배당하였으며, 2008년 OOO 공사건 이후 공사수주가 없었고(공사진행시 공사도급금액의 10～15% 수준의 선투자금액을 줄여 최대한 현금 유보액을 높일 목적이 있었음), 2010년 11월 당시 마무리되는 현장만 있었고 신규현장이 없는 상황으로 실질적으로 폐업에 준하는 상황이었다.
2) 합병 당시 청구법인이 폐업 전 단계이었음은 대표이사 이OOO의 진술로도 확인된다. 청구법인의 대표이사 이OOO은 ‘명OOO 회장이 2007년경 청구법인에 대한 OOO국세청의 세무조사가 끝나고 사업을 계속할 마음이 떠나서 청구법인의 현장공사 마무리 후 공사인원 사직서를 받고 공도구, 가설재, 차량을 매각하는 방식으로 점차 사업축소를 하면서 폐업을 준비하려는 단계에 있었다’, ‘청구법인 영업팀 직원과 함께 OOO로 이동하여 OOO에서 업무를 계속하려고 준비하고 있었다’는 진술도 같은 맥락이다.
(다) 합병 후 청구법인의 주주구성을 보더라도 청구법인은 소멸법인에 해당한다. 청구법인과 OOO 간 합병 후 존속법인의 주주구성을 보면, 청구법인의 구 주주 명OOO 등이 합병대가를 현금으로 수령하고 청구법인 주식이 소각됨과 동시에 주주에서 탈퇴하였는바, 주주가 없는 법인은 청산된 것으로 간주하므로 청구법인이 OOO에 흡수합병되어 실질적으로 청구법인이 소멸된 것으로 볼 수 있다.
(2) 위와 같이 실질적으로 소멸한 청구법인의 구 주주 명위식 등이 합병과정에서 합병대가를 전액 현금으로 수령한 경우 동 합병거래는 비적격 합병거래에 해당하므로 명OOO 등에 대하여는 합병에 따른 의제배당으로 과세하고, 청구법인의 순자산장부가액을 초과한 합병대가 OOO원에 대하여 「법인세법」제44조에 따라 청구법인의 자산양도차익으로 하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
「상법」상 합병법인(존속법인)인 청구법인을 사실상 피합병법인(소멸법인)으로 간주하여 피합병법인의 합병에 의한 자산양도차익을 익금산입하고 법인세를 과세한 처분의 당부
나. 관련 법률
(1) 국세기본법
제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
제44조(합병시 피합병법인에 대한 과세) ①피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액
2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산장부가액"이라 한다)
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것
2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것
3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것
제44조의2(합병시 합병법인에 대한 과세) ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.
② 합병법인은 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)에 미달하는 경우 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등분할하여 익금에 산입한다.
③ 합병법인은 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등분할하여 손금에 산입한다.
제44조의3(적격합병시 합병법인에 대한 과세특례) ① 제44조 제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.
② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.
③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. 다만,대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우
④ 합병법인은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다.
⑤ 제44조 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 제44조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 아니하더라도 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하여 제1항 및 제2항을 적용한다. 이 경우 제3항 및 제4항은 적용하지 아니한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청의 2010사업연도 법인세 과세내역은 아래 <표1>과 같은바, 처분청은 청구법인이 피합병으로 소멸하면서 청구법인의 구 주주 명OOO 등이 합병대가 OOO원을 지급받은 것으로 보아 의제배당 소득에 대하여 명OOO 등에게 2010년 귀속 종합소득세 OOO원을, 청구법인의 자산양도차익 OOO원에 대하여 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원을 각 과세하였다.
OOO
(2) 합병계약서(2010.11.5.)는 아래 <표2>와 같은바, 2010.11.5. 청구법인을 합병법인, OOO를 피합병법인으로 하는 합병계약을 체결하였고, 2010.12.14.을 합병기일로 하여 청구법인은 OOO를 흡수합병하였으며, 등기부등본상의 합병등기일은 2010.12.14.로 나타난다.
OOO
(3) 청구법인의 2010사업연도 감사보고서(제31기)에 의하면, 청구법인은 OOO를 흡수합병하였음에도 「기업인수합병 등에 관한 회계처리 준칙」에 따라 회계상 실질적인 매수회사는 의결권 등을 행사하여 결합된 실체를 지배하고 있는 주주가 속한 OOO이므로 경제적 실질에 따라 소멸된 OOO를 매수회사(합병법인)로 하여 청구법인의 자산 및 부채에 대해 매수법을 적용하여 회계처리한 것으로 나타난다.
(4) 법인사업자 조사종결보고서(2013년 7월)에 의하면, 조사청은 주식양도거래를 이용한 배당소득 회피여부를 검토한 결과, 청구법인 구 주주 명OOO 등이 OOO에 청구법인 주식 400,000주(100%)를 OOO원에 양도하는 형식을 취한 후 합병절차를 통해 청구법인을 이OOO에게 넘겨주면서 청구법인에 투자한 자금을 회수한 것으로 합병 후 존속법인의 주주는 OOO 주주만으로 구성되어 있어 실질적으로 청구법인이 소멸된 것이므로 명OOO 등이 수령한 대금은 합병대가로 보는 것이 타당한 것으로 보아 명OOO 등의 청구법인 주식 취득자금 초과액 OOO원에 대하여 합병에 따른 의제배당으로 과세하고, 청구법인에 대하여는 자산양도손익 OOO원에 대한 법인세를 과세(당초 청산소득으로 과세하였다가 취소)한 것으로 나타난다.
(5) 청구법인의 구 주주 명OOO 등이 OOO와 체결한 주식양수도계약서 및 그 부속계약서(2010.11.1.)의 주요내용은 아래 <표3>와 같이 나타난다.
OOO
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인과 OOO 간의 합병 형식에 불구하고 경제적 실질은 청구법인이 피합병법인에 해당한다 하여 청구법인에게 순자산양도차익과 관련한 법인세를 과세하였으나, 청구법인과 OOO는 「상법」에 따라 청구법인을 합병법인으로 OOO를 피합병법인으로 하여 2010.11.5. 합병계약을 체결하고, 2010.12.14. 합병등기를 경료하였으므로 합병등기가 이루어진 시점에 청구법인은 합병법인으로서 OOO는 피합병법인으로서 합병의 효력이 발생하였다고 볼 수 있는 점, 청구법인의 구 주주인 명OOO 등은 2010.11.1. 쟁점주식을 OOO에게 OOO원에 양도하기로 하는 주식양수도계약을 체결하고 법무법인 OOO에게 쟁점주식의 주권을 인도하여 교부하였고, 2010.12.14. 합병등기가 경료되어 쟁점주식의 양도일이 합병등기일 이전이므로 합병일 현재 청구법인의 주주는 명OOO 등이 아닌 OOO로 볼 수 있는 점, 등기사항전부증명서상 합병 후 청구법인을 존속법인으로 등재하였고, 청구법인이 OOO의 주주들에게 청구법인의 신주(10,000주)를 발행하여 합병대가를 지급한 것으로 나타나고 있어 구체적이고 객관적인 근거가 없이 합병법인을 OOO로 추정하기 어려울 뿐 아니라 합병대가로 전액 청구법인의 주식만을 교부하는 등 「법인세법」상 적격합병의 요건을 갖춘 합병이어서 피합병법인 순자산양도차익의 비과세 대상에 해당하는 것으로 보이는 점, 합병 전 OOO의 주주인 명OOO 등에게 의제배당소득세를 과세한 처분을 다툰 동일 사건에 대한 선결정례(조심 2014서4032, 2015.1.7.)에서 이 건 합병 당시 명OOO 등은 합병으로 소멸한 법인의 주주에 해당되지 아니하고, 이 건 거래로 인한 경제적 효과가 명OOO 등이 청구법인에게 유보된 자산을 회수하는 결과가 되었다고 하더라도 그러한 이유로 실질과세 원칙을 들어 당사자가 선택한 거래형식을 부인하기는 어렵다고 판단한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인을 사실상 피합병법인으로 간주하여 피합병법인의 합병에 의한 자산양도차익에 대하여 익금산입하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.