관세조사 통지를 받은 직후 이루어진 청구법인의 수정신고에 대하여 수정수입세금계산서 발급대상이 아닌 것으로 보아 그 발급을 거부한 처분의 당부

1. 처분개요 가. OOO세관장은 OOO 기간동안 청구법인에 대하여 관세조사를 실시하기 위하여 2014.3.13.「관세법」제114조에 따라 청구법인에게 관세조사의 사전통지를 하였고, 청구법인은 OOO 이를 수령하였다. 나. 청구법인은 OOO세관장의 관세조사의 사전통지를 받고 처분청에 OOO 수입신고번호 OOO, 같은 날 OOO 수입신고번호 OOO 외 2건, OOO 수입신고번호 OOO 외 1건, OOO 수입신고번호 OOO에 대하여 수정신고하였으나, 처분청은 OOO 수입신고번호 OOO에 대하여 과세가격 산정의 잘못을 이유로 들어 반려를, OOO 수입신고번호 OOO에 대하여 가산세의 기재누락을 이유로 들어 보완통보를 하였고, 이에 청구법인은 수입신고번호 OOO와 관련하여 OOO 수입신고번호 OOO 외 15건으로 수정신고하였으나, 가산세의 기재를 누락하여 OOO 처분청의 보완통보를 받고 OOO 다시 수정신고하였으며, 수입신고번호 OOO와 관련하여 OOO 다시 수정신고(OOO 이루어진 청구법인의 수정신고를 이하 "쟁점수정신고"라 한다)하였다. 다. OOO 청구법인은 쟁점수정신고에 따른 부족세액인 OOO원을 납부한바, OOO 처분청에 수정수입세금계산서의 발급을 신청하였으나, OOO세관장은 OOO 청구법인에게 기업 심사결과를 통지하면서 청구법인의 쟁점수정신고는 기업조사 통지를 받고 수정신고를 한 경우로 ‘수정수입세금계산서 미발급 대상’임을 통보하였고, OOO 처분청은 OOO세관장의 의견에 따라 수정수입세금계산서 발급 대상이 아니라는 이유로 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.14. 심판청구를 제기하였다.

청구인주장

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 위험관리 및 법규준수도 향상을 위해 과세누락이 없는지를 정기적으로 검토하고자 2014년 2월경 연중사업계획의 일환으로 OOO에 검토를 의뢰한바, 쟁점수정신고는 이와 같은 정기점검차원에서 진행된 자발적 신고로 OOO세관장의 관세조사와는 관련이 없고, 이러한 사실은 청구법인이 관세조사 이전부터 자진신고계획을 수립하고 OOO을 선정하여 검토 및 준비작업을 진행 중이었던 점, 수정신고 준비를 위해 청구법인에 상주하고 있던 OOO의 관세사가 OOO세관장의 기업심사통지서의 교부시 입회한 점 및 청구법인이 관세조사 예정사실과 부족세액에 대한 경정사실을 미리 알았거나 알 수 있었다면 사전통지 직후 불과 1시간 남짓 또는 며칠 만에 수정신고 사안을 확정한 후 관련 사유서 및 증빙 등을 모두 구비하여 전산으로 접수한다는 것이 현실적으로 불가능했을 점 등을 보아도 알 수 있으므로, 쟁점수정신고는 청구법인의 내부계획에 따라 진행된 자발적 수정신고로 관세조사가 없었더라도 수정신고가 진행되었을 것임이 명확하게 추단되어 관세조사의 통지는 쟁점수정신고의 직접적인 원인이나 동기로 볼 수 없다. (2) 또한, 청구법인의 쟁점수정신고 사안인 로열티나 수량할인의 경우 실제 과세가능성이 명백하였기 때문에 수정신고를 하였던 것이 아니라 별도의 유권해석이 필요하다는 OOO의 의견을 고려하여 보수적인 입장에서 의사결정을 한 것으로, 부가가치세의 추징이 명확했다고 볼 수 없고, 수정신고 없이 관세조사가 진행되었을 경우 부가가치세의 추징으로 직접 연계되었을 가능성을 확신할 수 없다는 점에서 청구법인은 부가가치세의 추징될 것을 미리 알고 쟁점수정신고에 이른 것으로 볼 수 없고, 쟁점수정신고에 대한 경과 및 정황 등에 비추어 관세조사로 인한 부가가치세의 추징을 회피하기 위한 것이 아니라 자발적인 수정신고로 부가가치세를 추가로 납부할 의도였음으로 보는 것이 타당하다. (3) 수정수입세금계산서의 발급을 제한하는「부가가치세법 시행령」제72조 제2항은 관세조사의 통지로 인하여 세관장이 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고를 하는 경우를 말하는 것으로, 단순히 기업심사통지서를 교부하였다는 사실만으로는 부족하고 수정신고의 동기 및 정황, 조사배경과 수정신고 사안과의 연관성, 조사의 진행상황 및 조사통지 후 시간의 경과 등을 종합적으로 고려하여 그 구체적 타당성이 있는지를 살펴야 할 것이며 비록 기업심사통지서를 수령하였더라도 세관장이 결정 또는 경정할 것을 미리 알았다는 점이 동기가 되어 수정신고에 이렀다는 점이 인정되어야만 수정수입세금계산서의 교부가 발급되는 것으로 엄밀하게 해석되어야 한다. (4) OOO세관장의 관세조사와 쟁점수정신고는 아무런 인과관계가 없음이 명확하고, 청구법인은 OOO세관장의 관세조사 사실을 알지 못하고 자체적으로 수립된 계획에 따라 수정신고를 준비하는 과정에서 관세조사를 통지 받은 것임에도 단순히 기업심사통지서를 수령한 이후에 수정신고가 완료되었다는 사실만으로 성실한 신고납부를 위하여 스스로 수정신고한 청구법인은 ‘납세자의 귀책사유가 없는 경우’에 해당한다고 보는 것이 타당하고, 쟁점수정신고의 직접적 원인이 되는 수정신고의 의사에 비추어 선의의 피해자임에도 오로지 수정수입세금계산서의 교부제한의 면책사유에 해당되지 않는다고 단정하여 수정수입세금계산서의 발급을 거부한 처분은 부당하므로 「부가가치세법」제35조 제2항 제1호를 적용하여 ‘세관장이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 수정신고한 경우’로 보아야 하므로 처분청의 수정수입세금계산서 발급거부처분은 취소되어야 한다.

처분청주장

나. 처분청 의견 (1)「부가가치세법」제35조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제72조 제3항에 따라 세관공무원으로부터 관세조사의 통지를 받거나 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 현지출장, 확인업무에 착수한 시부터는 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등의 경우 등을 제외하고는 수정수입세금계산서의 발급이 제한된다고 할 것인바, 이 사건에서 청구법인은 OOO세관장으로부터 관세조사의 통지를 받았고 청구법인이 쟁점수정신고를 한 시점은 OOO 이후이므로 이는 관세조사의 통지를 받은 이후임이 명백하다. (2) 청구법인이 쟁점수정신고를 한 사유는 수입물품의 과세가격 누락, 잘못된 품목분류에 따른 낮은 관세율의 적용에 따른 것으로 청구법인의 단순한 착오에 기인하였거나 청구법인에게 귀책사유가 없음을 증명한 경우에 해당한다고 볼 수 없고, 청구법인이 OOO에게 검토를 의뢰하여 받은 사실이 수정신고와 동일시되지 않는 점 등에 비추어 이 사건 수정수입세금계산서의 발급거부처분은 적법하다.

쟁점사항

3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 세관장의 관세 조사의 통지를 받은 직후 이루어진 청구법인의 수정신고에 대하여 수정수입세금계산서 발급대상이 아닌 것으로 보아 그 발급을 거부한 처분의 당부

심리 및 판단

[쟁점물품설명] [사실관계및판단] 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 OOO세관장의 기업심사 이전부터 쟁점수정신고를 준비하여왔다고 주장하면서, OOO 직원이 청구법인을 방문한 내역, 청구법인 내부의 전략구매 원가혁신계획(Risk 사전진단 및 전략적 대응을 위하여 부가세 미공제 가능성을 사전점검한다는 내용이 기재됨, OOO), 쟁점수정신고와 관련한 청구법인과 OOO간의 아래의 <표1>의 내부회의록(수정신고사안을 확정하고 2014년 3월말까지 수정신고를 조기진행한다는 내용이 기재됨,OOO) 및 청구법인 담당직원이 쟁점수정신고와 관련하여 처분청 납세심사과 직원과 OOO 통화하였다는 확인서(쟁점수정신고 중 로열티와 관련하여 수정신고 방법 등을 사전협의하였다는 주장임)를 제출하였다. <표1> 청구법인과 OOO간 내부 회의록 (2) OOO세관의 심사담당공무원이 청구법인을 방문하여 ‘기업(실지) 심사통지OOO’를 청구법인에게 교부하였다. (3) 청구법인이 제출한 전자메일 화면저장 등에 따르면, OOO부터 청구법인 담당직원은 OOO 담당직원에게 쟁점수정신고를 요청하는 전자메일을 발송하였고, OOO은 OOO부터 처분청에 수정신고한바, 청구법인의 수정신고ㆍ납부 및 처분청의 승인 일시 등은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 수정신고, 승인 및 납부 일시 등 쟁점수정신고의 내용은 ‘로열티 누락, OOO 품목분류 및 OOO 단가정정’이고, OOO은 수입신고번호 OOO의 수정신고와 관련하여 ‘OOO 청구법인으로부터 수정신고를 요청받았으나, OOO 담당자는 OOO 이를 수정신고하였고, 2014.3.18. 오류사항을 확인하여 재전송하였으며, 2014.3.21. 오류사항을 ’가산세 신고누락‘임을 확인하여 정정하여 최종 재전송을 하였다’는 확인서를 제출하였다. (4) OOO세관장은 OOO 청구법인에 대한 기업심사 후 OOO의 품목분류 등에 대한 지적사항에 대하여 관세 등 총 OOO원에 대하여 기업심사결과를 통지한바, 기업심사결과통지에는 쟁점수정신고와 관련된 내용은 기재되어 있지 않다. (5) 청구법인은 OOO 처분청에 쟁점수입신고와 관련하여 처분청에서 발행한 납부고지서에 따라서 관세 및 부가가치세를 납부하였으므로 수입세금계산서 수정교부 신청서에 따라 수정수입세금계산서의 발급을 신청하였다. (6) OOO세관장은 OOO 청구법인에 대한 기업실지심사결과를 통지하면서 쟁점수정신고에 대하여 ‘수정신고를 준하는 중에 기업조사 통지를 받고 수정신고를 한 경우’로서 ‘수정수입세금계산서 미발급대상’이라고 통지하였고, 처분청은 OOO 청구법인의 수정수입세금계산서 발급신청에 대하여 거부한바, 동 거부 공문에는 처분청이 OOO세관장에게 수정수입세금계산서 발급신청과 관련하여 검토를 요청한 사실과 이에 대한 OOO세관장의 회신내용이 아래 <표3>과 같이 기재되어 있다. <표3> 청구법인의 요청에 대한 OOO세관장의 회신내용 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」제35조 제2항 제2호에서 수입자가 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위가 발생하여 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 「관세법」에 따라 수정신고를 한 경우로서 각 목에 해당하는 경우에만 수정수입세금계산서를 발급하도록 규정하고 있는바, 쟁점수정신고는 OOO세관장의 기업심사 통지가 있은 후에 이루어진 것으로 청구법인은 쟁점수정신고 당시 과세표준 및 세액을 경정할 것을 미리 안 경우에 해당한다고 할 것이고, 청구법인이 쟁점수정신고를 OOO세관장의 기업심사 통지 이전부터 준비해 오다가 기업심사 통지 직후에 쟁점수정신고를 하였다고 하여 이를 달리 보기 어렵다고 판단된다. 또한, 쟁점수정신고는 청구법인이 수입한 물품의 수입신고와 관련하여 ‘로열티 누락, OOO 품목분류 및 OOO 단가정정’에 대한 것이고 청구법인이 제시한 사정만으로는 이를 청구법인의 단순 착오로 확인되거나 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우로 볼 수 없어 「부가가치세법 시행령」제72조 제4항 제3호에 해당하지 않는다고 할 것이므로 청구법인이 납부한 부가가치세에 해당하는 수정수입세금계산서의 발급을 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

결론

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「관세법」제131조와「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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