[사건번호]조심2014지1156 (2015.05.15)

[세목]취득[결정유형]취소

[결정요지]학교법인은 쟁점토지를 청구법인으로부터 취득하여 낙후된 학교를 쟁점토지상에 학교 교사를 건축하여 이설할 예정이었으나, 00광역시 교육감은 2011.7.1. 청구법인이 먼저 학교 교사 신축비용을 부담하여 학교 교사를 건축한 후 학교법인 소유의 토지와 대토방식으로 정산하는 것을 학교 이설 승인조건으로 하였으므로 청구법인이 쟁점토지상에 학교 교사를 신축하여 사용승인을 받음과 동시에 학교법인이 쟁점토지를 사실상 취득한 것으로 보는 것이 타당하므로 청구법인을 쟁점토지의 지목변경 당시의 소유자로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 있음

[관련법령] 지방세법 제7조

[참조결정]조심2013지0374

OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1981.6.16. OOO하면서 공부상 지목인 임야가 학교용지로 변경됨에 따라 지목변경에 대한 취득세 납세의무가 성립되었는데도 취득세를 신고·납부하지 않았다.

나.처분청은 지목변경에 소요되는 비용 OOO(가산세 포함)을 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.20. 이의신청을 거쳐 2014.5.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인은OOO로 지목이 변경됨에 따라 이 건 취득세가 과세되었다.

(2)「 지방세특례제한법」제41조 제1항에서「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교 등을 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 학교용지는 「사립학교법」 제28조에 의한 교환허가사항으로 학교법인이 아닌 청구법인은 취득할 수가 없어, 청구법인과 학교법인은 OOO가 실질적으로 사용하고 있는 학교법인의 재산인바, 기본재산교환 허가 이전에도 학교법인의 사실상 소유재산이므로 취득세 면제대상에 대하여 과세한 이 건 처분은 부당하다. 또한, 청구법인은 학교용지를 취득할 수 없으나, 취득할 수 있다 하더라도 종교단체이므로 「지방세특례제한법 제50조」(종교 및 제사단체에 대한 면제)에 따라 취득세 면제대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1)청구법인은 비영리 법인으로서 종교법인(단체)에 해당되고 쟁점토지는 「 지방세특례제한법」제50조(종교 및 제사단체에 대한 면제)의 규정에 따라 취득세 면제 대상이며 또한, 같은 법 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)의 규정에 따라 실질적으로 학교용지로 사용되고 있어 취득세 면제 대상이라고 주장하나, 종교단체 소유의 부동산이 취득세 면제 사유에 해당되기 위해서는 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 종교의식·예배 등 종교목적에 직접 사용되는 부동산에 한하여 면제된다 할 것인바(대법원 2009.6.11. 선고 2007두20027 판결, 2012.8.23. 행정안전부 지방세운영과-2674, 같은 뜻임), 쟁점토지의 지목변경에 대한 납세의무 성립일인 2013.8.13. 현재 학교용지로 사용되고 있으므로 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단되며, 쟁점토지가 학교용지로 사용되어 취득세 면제사유에 해당되기 위해서는 「초·중등교육법」에 따라 학교를 경영하는 자가 해당사업에 직접 사용하여야 하고, 여기서 「초·중등교육법」에 따른 학교를 경영하는 자라 함은 「초·중등교육법」이 정하는 바에 따라 적법한 설립인가를 받은 자를 의미한다(대법원 2006.1.26. 선고 2005두2070 판결, 같은 뜻임)고 할 것인바, 적법한 설립인가를 받은 자는 재단법인인 청구법인이 아닌 학교법인인 OOO이라 할 것이므로 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단되므로 이 건 처분은 정당하다.

(2)청구법인이 인용한 구OOO하였으므로 청구법인이 인용한사례는 개정 전의 사례로서 이 사건에는 적용할 수 없다고 판단되고,

청구법인이 첨부한 조세심판원 결정례(조심 2013지374, 2013.12.24.)의경우OOO의 규정에 따라 취득세 면제 대상이라고 결정한 사례로서 이 사건에는 적용할 수 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종교단체인청구법인 소유의 쟁점토지에 교사를 신축한 후 쟁점토지와학교법인 소유의 토지를 교환하기로 하였으나, 교환등기 전에 쟁점토지가 학교용지로 지목변경된 경우 청구법인의 취득세 면제 여부

나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(2)처분청은 쟁점토지의 소유자는 종교법인인 청구법인이고, 학교 교사 건축물은 학교법인 소유이므로, 토지의 지목변경에 대한 취득세는 과세하고, 학교 교사 건축물은 면제한 것으로 나타난다(학교법인이 건축주로서 준공검사필증 및 건축물 사용승인서를 교부받음).

(3) 청구법인은 쟁점토지를 학교법인에 소유권이전하기로 다음과 같이 확약한 것으로 나타난다[쟁점토지 면적(12,404㎡)과 당초 면적(12,466㎡)과의 차이분(62㎡)은 지적확정측량 결과 감소된 부분임OOO

(4) 청구법인이 2014.3.13. OOO에 대하여 통지한 내용은 다음과 같다.

(5) 청구법인은 정관(제4조 제5호)에 목적사업으로 “교육사업-유치원, 초·중·고등학교 설치 및 운영·지원”을 규정하고 있고, 이에 따라 청구법인은 OOO를 운영하고 있으며, 각 학교에 교사 등을 파견하고 재무적 지원 등을 하고 있는 사실이 청구법인이 제출한 정관, 공문 등으로 확인되며,청구법인의 이사장이 학교법인의 이사장을 겸하고 있고 이사장을 포함한 청구법인의 등기임원 5명 중 4명이 학교법인의 임원(전체 11명)인사실이 법인의 등기사항전부증명서 및 청구법인이 제출한 자료 등으로 확인된다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「 지방세특례제한법」제41조 제1항 및 같은 법 제50조 제1항에서 학교 및 외국교육기관과 종교 및 제사단체가 당해 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 규정하고 있는 점, 청구법인은 정관상 목적사업 중 교육사업을 학교법인을 통하여 하고 있는 점, 학교법인의 50년 된 초등학교의 낙후시설 문제 해결을 위해 청구법인 소유의 쟁점토지를 이전(교환)하여 학교용지로 사용하기로 한 점, 청구법인이 학교 교사 신축비용을 부담하여 학교법인에 기증하기로 함에 따라 학교법인이 건축주로서 학교 교사 건축물에 대한 준공검사필증 및 사용승인서를 교부받은 점, 청구법인의 이사장이 학교법인의 이사장을 겸하고 있으며 이사장을 포함한 청구법인의 등기임원 5명 중 4명이 학교법인의 임원(전체 11명)인 점, 청구법인이 학교법인에게 재정지원을 하고 있는 점 등을 보면, 청구법인과 학교법인은 청구법인의 교육사업과 관련하여 상호 독립적인 관계로 보기 어려워 보이고, 이러한 관계에 있는 청구법인이 학교법인에게 2011.9.10. 쟁점토지의 소유권을 학교법인에게 이전하기로 합의한 ‘소유권 이전확약서’의 경우 당사자간의 이해관계에 따라 계약내용의 이행여부가 불확실한 일반 계약서와는 그 성격이 다르다 할 수 있을 뿐만 아니라,

동 확약서는OOO의 학교이설승인(처분) 조건의 이행으로서 작성된 것으로서 특단의 사정이 없는 한 확약자가 사후에 임의로 취소나 철회를 할 수가 없어 확정적으로 소유권이전의무가 발생하였다 할 것이고, 학교법인이 쟁점토지에 학교 교사를 신축하여 사용승인을 받음과 동시에 학교법인이 위 확약서상의 쟁점토지를 사실상 취득한 것으로 볼 수 있어 보이므로 처분청이청구법인을 쟁점토지의 지목변경 당시의 소유자로 보아 취득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

(1) 지방세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것)

제7조(납세의무자 등) ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

(2) 지방세특례제한법(2013.8.6. 법률 제11999호로 개정된 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교 등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

제50조(종교 및 제사단체에 대한 면제) ① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우