[청구번호]국심 2006중3564 (2007. 4. 13.)

[세목]양도[결정유형]취소

[결정요지]8년이상 자경농지에 대한 양도소득세는 그 면제조건이 충족되면 당연히 면제되는 것이고, 기한내 세액면제신청서의 제출이 없었더라도 면제요건에 해당하는 경우에는 양도소득세를 면제하여야 하는 것임

[관련법령] 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 / 조세특례제한법시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

[따른결정]조심2017전4720

OOO세무서장이 2006.1.9 청구인에게 한 2004년 귀속 양도소득세 48,848,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

청구인은 OOO번지 토지(이하 “종전농지”라 한다)의 대토로 취득한 OOO (이하 “쟁점토지①”라 한다)와 같은 곳 OOO(이하 “쟁점토지②”라 한다)를 2004.1.16 대한주택공사에 양도(수용)한 후, 2004.4.12 OOO(이하 “대토농지”라 한다)를 취득하였다.

청구인은 2004.3.22 쟁점토지①·②(이하 “쟁점토지”라 한다)의 양도

소득에 대하여 농지대토에 의한 비과세 규정을 적용하여 양도소득세 예정신고하였다.

처분청은 청구인의 쟁점토지①의 양도에 대하여는 8년이상 자경농지로서

감면대상에 해당되는 것으로 보아 양도소득세를 비과세 결정하였으나, 쟁점토지②의 양도에 대하여는 대토농지중 일부를 실지 농지로 사용하지 않았다고 하여 농지대토의 비과세 대상에 해당하지 않는 것으로 보아, 2006.1.9. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 48,848,000원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.4.5 이의신청을 거쳐 2006.10.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지②도 대토이전 종전농지의 경작기간과 대토이후부터 수용시점까지의 경작기간을 합산하면 8년이상 자경농지에 해당하므로 양도소득세 감면대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점토지②의 자경기간을 종전농지의 경작기간과 합산하면 8년이상 자경 양도소득세 감면대상에 해당한다고 주장하나, 구체적인 입증자료를 제시하지 못하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지②의 경작기간을 대토이전 종전농지의 경작기간과 대토이후부터 수용시점까지의 경작기간을 합산하면 8년이상 자경농지에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[농

지법 제32조의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등" 이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세

의 감면】 ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령

이 정하는 거주자”라 함은 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)

안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한

때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시

( 지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

⑥ 소득세법 제89조 제2호 및 제4호의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ

분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.

(3) 소득세법 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는

양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로

인하여 발생하는 소득

4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득

(4) 소득세법 시행령 제153조 【농지의 비과세】① 법 제89조 제2

호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)를 교환 또는 분합하는 경우로서 교환 또는 분합하는 쌍방 토지가액의 차액이 가액이 큰 편의 4분의 1 이하인 경우를 말한다.

1. 국가 또는 지방자치단체가 시행하는 사업으로 인하여 교환 또는 분합하는 농지

2. 국가 또는 지방자치단체가 소유하는 토지와 교환 또는 분합하는 농지

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계

(가) 청구인이 쟁점토지① 및 쟁점토지② (이하 “쟁점토지”라 한다)를 대한주택공사에 양도(수용)한 후, 2004.3.22 쟁점토지의 양도소득에 대하여 농지대토에 의한 비과세규정을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였으며 2004.4.12 대토농지를 취득하였다.

(나) 처분청은 청구인의 양도소득세 신고를 인정하여 당초에는 쟁점토지①·② 모두에 대해 양도소득세를 비과세결정하였으나, 쟁점토지②에 대해서는 농지대토 사후관리 확인결과 대토농지가 인근 음식점의 주차장으로 사용되고 있으며, 청구인이 대토농지 소재지에 실제 거주하지 않았고 직접 자경한 사실도 없다고 보아 농지대토에 의한 비과세규정을 부인하고 이 건 양도소득세를 부과한 사실이 처분청의 경정결의서등에 의해 확인된다.

(다) 청구인은 쟁점토지②에 대해 당초 농지대토에 의한 비과세 주장을 하였으나, 처분청으로부터 농지대토 요건에 해당하지 않는 것으로 이 건 양도소득세를 고지받자 양도소득세가 비과세되는 8년이상 자경농지로 보아야 한다며 당초의 주장을 변경한 후, 다음과 같은 주장과 증거서류를 제시하고 있다.

첫째, 청구인은 쟁점토지②가 대토하기전 종전농지의 경작기간과 대토이후 수용시 까지의 경작기간을 합산하면 모두 8년이상 자경농지에 해당한다는 주장이므로 이를 살펴본다.

OOO

둘째, 대한주택공사가 쟁점②토지를 수용할 당시 2004.6.12 작성

한 영농조사서를 보면 아래와 같다.

OOO

셋째, OOO조합장이 청구인에게 지원한 2000년부터 2005년까지의 영농자재비 (비료, 농약 등)를 보면 아래와 같다.

OOO

(라) OOO 사업지구(담당자: OOO)에서 작성한 청구인에 대한 실농보상비 산정 내역서를 보면 아래와 같다.

OOO

(2) 판 단

처분청은 쟁점토지②에 대해서는 농지대토 사후관리 확인결과 대토농지가 인근 음식점의 주차장으로 사용되고 있으며, 청구인이 대토농지 소재지에 실제 거주하지 않았고 직접 자경한 사실도 없다고 보아 농지대토에 의한 비과세규정을 부인하고 이 건 양도소득세를 부과하였으나, 위 사실관계 및 관련법령에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점토지②를 대한주택공사에게 양도(수용)할 당시 8년이상 자경농지에 해당하는 것으로 보이는 바, 8년이상 자경농지에 대한 양도소득세는 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되는 것이고 면제신청이 있어야만 면제되는 것이 아니라 할 것이고, 그 면제신청에 관한 규정은 양도인으로 하여금 양도소득세 등의 과세표준과 세액을 결정함에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하다 할 것이므로 납세의무자로부터 소정의 기한내 세액면제신청서의 제출이 없었더라도 면제요건에 해당하는 경우에는 양도소득세를 면제하여야 할 것이다 OOO 같은 뜻임).

따라서, 쟁점토지②가 8년이상 자경농지에 해당하므로 양도소득세 감면대상에 해당한다는 청구주장은 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.