수정세금계산서의 감액세액을 매출세액에 가산하고 감액 공급가액을 익금산입하여 과세한 처분의 당부(경정)

OO세무서장이 2007.12.12. 청구법인에게 한 2003.2기 부가가치세 122,678,250원 및 2003사업연도 법인세 307,786,720원의 부과처분은 청구법인의 2003.7.14. 발행 수정세금계산서를 적법한 것으로 보아 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구법인은1996.6.18. 건축설계, 종합감리 서비스업으로 사업자등록을 한 법인으로서, 2003.1.30. 주식회사 OOOOO(이하 “청구외법인”이라 한다)와 OOOOOOOOOO 건설사업관리용역계약(계약금액 : 7,125,000천원, 용역기간 : 2003.2.1.～2005.9.30.)’을체결한 후 계약내용에 따라 2003.2.6.～2003.6.14. 기간 중 계약금(10%) 수령액 712,500천원을 포함한 1,443,867,190원(공급가액)의 세금계산서 4매를 아래 표와 같이 발행·교부하고 2003.1기 부가가치세를 신고하였다가(2003.2.17. 계약금 712,500천원 및 2003.4.25. 부가가치세 71,250천원 수령, 기성금은 지급받지 못함),

2003.7.14. 계약금 수령액과 지급받지 못한 기성금을 상계조치하여 달라는 청구외법인의 요청에 따라 712,500천원의 감액 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 발행하고 감액세액을 매출세액에서 차감하여 2003.2기 부가가치세를 신고하였다.

(OO O O)

처분청은 청구외법인이 서면으로 계약해지통지서를 발송한 2004.11.23. 용역계약이 해지된 것으로 보아 청구법인의 2003.7.14. 발행 쟁점수정세금계산서를 일방적으로 발행된 부적법한 세금계산서라 하여 감액세액을 매출세액에 가산하고 감액 매출액을 익금산입하여 2007.12.12. 청구법인에게 2003.2기 부가가치세 122,678,250원 및 2003사업연도 법인세 307,786,720원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2008.1.17.이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2003.7.14. 미지급된 기성금을 계약금과 상계조치하고 잔액은 회사가 정상화되면 지급하겠다는 청구외법인의 요청에따라 쟁점수정세금계산서를 발행·교부하여 실질적인 계약해지를 하였는 바, 청구외법인이 2003년 6월 사기분양사건으로 사실상 파산상태에 있었는데도 2004.11.23. 서면으로 계약해지통지를 하였다는 법정관리인의 주장은 신의칙에 반하는 것이며, 쟁점수정세금계산서에 의한 감액처리는 회계처리를 유발하는 결정적인 사건확정일에 한 것으로 기업회계기준과 실질과세원칙에 부합하는 정당한 처리에 해당하는데도 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

민법상 계약의 해제는 당초 계약을 소급하여 무효화하고 해지는 해지일을 기준으로 장래의 사건을 무효화시키는 법률적 효력이 있는 바, 청구외법인이 2004.11.23. 회사정리법에 의한 계약해지를 통지하였으므로 이를 계약해지로 보아야 할 것이고, 청구법인이 2003.7.14. 계약의 해지를 이유로 미회수된 기성금을 계약금과 상계하기 위해 일방적으로 발행한 쟁점수정세금계산서의 감액세액을 매출세액에서 차감하여 신고한 것은 부가가치세법상 인정되지 아니한 부당한 회계처리이므로 이 건 과세처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구외법인의 계약해지통지서 발송일(2004.11.23.)을 계약해지일로 보아 청구법인의 2003.7.14. 발행 쟁점수정세금계산서의 감액세액을 매출세액에 가산하고 감액 공급가액을 익금산입하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

부가가치세법 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

1. 에누리액

2. 환입된 재화의 가액

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액

4. 국고보조금과 공공보조금

5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자

6. 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액으로서 대통령령이 정하는 할인액

③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 대손금ㆍ장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다

같은법제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 세금계산서 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

같은법 시행령 제59조(1994.12.31, 대통령령 제14471호로 개정된 것)【수정세금계산서】법 제16조 제1항의 규정에 의하여세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 계약서 및 부가가치세 신고서 등에 의하면, 청구법인은 2003.1.30. 청구외법인과 OOOOOOOOOO 건설관리용역계약(용역기간 : 2003.2.1.～2005.9.30, 계약금액 : 7,125,000,000원)’을 체결한 후, 계약금액의 10%를 계약체결 후 15일 이내에 현금으로, 계약금액의 90%를 2개월 마다 균등하게 청구하며 청구 후 14일 이내에 현금으로 지급한다는 약정내용에 따라 2003.2.6.～2003.6.14. 기간 중 공급가액 1,443,867,190원의 세금계산서 4매를 청구외법인에게 교부하고 2003.1기 부가가치세를 신고하였고, 그 후 청구법인은 미지급된 기성금 일부를 기 지급된 계약금으로 상계조치하니 협조하여 달라는 청구외법인의 요청(2003.7.4.)에 따라 2003.7.14. 발행한 쟁점수정세금계산서의 감액세액을 매출세액에서 차감하여 2003.2기 부가가치세를 신고하였으나 청구외법인은 해당 과세기간에 쟁점수정세금계산서와 관련한 신고를 하지 않은 것으로 확인되고, 구체적인 세금계산서의 수수내역은 아래 표와 같다.

(OO O O)

O OO OOO OOOO OOOOOO(OOOOOOOOOO)O OO OOOO

한편, 청구외법인은 2003.6. 부도발생 및 임원진이 사기혐의로 구속된 데에 이어 2003.12.22. 법정관리개시신청 및 2004.7.30. OOOOOOOO의 법정관리인가 결정이후인 2004.11.23. 청구법인에게 계약해지통지서를 발송한 것으로 나타난다.

(2) 부가가치세 및 법인세 결정결의서 등에 의하면, 처분청은 세금계산서 불부합자료의 발생에 따라 청구법인 및 청구외법인의 소명을 거쳐 청구법인이 청구외법인의 계약해지통지일(2004.11.26.)에 감액 수정세금계산서를 발행·교부하지 아니하고 2003.7.14. 일방적으로 쟁점수정세금계산서를 발행한 것으로 보아 쟁점수정세금계산서의 감액세액을 2003.2기 매출세액에 가산하고, 감액 매출액을 2003사업연도 법인소득금액에 산입하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세하는 한편, 청구법인이 기성금 매출채권 731,367,190원 및 부가가치세 73,136,190원에 대해 3년의 소멸시효를 적용하여 2006사업연도의 대손금으로 손금산입 및 2006.1기 과세기간의 대손세액으로 공제하여 달라는 경정청구를 받아들인 사실이 확인된다.

(3) 청구법인은 2003.7.14.을 계약해지일로 보아 쟁점수정세금계산서를 발행하고 계약금 수령액과 미회수한 기성금을 대체한것은 적법한 처리이었다는 주장이고, 처분청은 청구외법인이 서면으로 계약해지통지를 한 2004.11.23.이 계약해지일인데도 청구법인이 쟁점수정세금계산서를 일방적으로 발행하고 감액세액을 매출세액에서 차감한 것으로 부당한 회계처리라는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 부가가치세법 시행령 제59조에 의하면, 같은법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 같은법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 규정하고 있으므로, 청구법인이 처분청의 경정통지이전에 쟁점수정세금계산서를 발행하였으므로 이는 적법한 수정세금계산서로 보여진다.

(나) 청구법인과 청구외법인간에 2003.1.30. 작성된 ‘건설사업관리용역(CM) 계약서’ 등에 의하면, 청구외법인은 2003.2.1.～2005.9.20.기간 중 계약금액을 7,125,000,000원(부가가치세 별도)으로 하고그 중10% 상당액을 계약금으로 하여 계약체결 후 15일 이내 현금으로 지급하고, 청구법인은 계약 후 15일 이내에 계약금액의 10%에 해당하는 금액에 대하여 계약이행보증서를 제출하도록 하며, 기성금은 계약금액의 90%를 2개월 마다 균등하게 청구하도록 정하고 있는 바, 부가가치세법상 공급시기는 용역대가의 각 부분을 받기로 한 때이고 이 건과 같이 청구법인이 용역수행이전에 계약의 이행을 담보하기 위하여 계약금을 선수하는 경우의 공급시기는 용역의 진행정도에 따라 용역대가(매출)로 충당되는 때로 봄이 타당하다 할 것이고, 청구법인이 2003.3.31.～2003.6.14. 기간 중 3회에 걸쳐 계약서상 용역수행에따른 기성금 731,671,190원의 매출세금계산서를 발행·교부하였으나그 대가를 지급받지 못하여 매출채권으로 처리하였고, 그 후 더 이상의용역제공이나 매출세금계산서의 교부사실은 없는 것으로 확인된다.

(다) 또한, 계약일반조건 제17조(계약변경 및 정산) 제7항에서 청구외법인은 공사의 계속 수행이 어려울 경우 청구법인과의 합의 하에 용역을 일시정지할 수 있으며, 용역의 일시정지 기간 중 용역비 산정은 상호 협의하여 월별로 산정된 금액과 청구법인의 간접손실을 고려한 금액으로 실비 정산한다고 정하고 있고, 제18조(계약해제, 해지) 제1항에서 청구외법인이 현저한 사업계획 변경으로 본 계약의 전부 및 일부를 해제, 해지할 필요가 발생하여 청구법인이 이에 동의한 경우 또는 청구법인이 청구외법인의 용역비를 30일 이상 지연하는 경우 계약을 해제, 해지하기로 하고 제3항에서는 천재지변 등 부득이 한 사유로 계약이행이 곤란하게 된 경우에는 쌍방 합의하에 계약을 해제, 해지할 수 있도록 하고 있으며, 제5항에서는 계약이 해제, 해지될 경우 계약의 해제, 해지시점까지 청구법인이 실행한 용역에 대한 용역비는 용역비 기성율에 의거 월별 단위로 실비정산하며 기타의 사항은 상호 협의하여 처리하도록 정하고 있다.

(라) 청구법인은 용역계약을 체결한 후 2개월 마다 기성금을청구한다는 약정내용에 따라 2003.4.3. 1차 기성금(2003.2.1.～3.31.) 400,781,250원 및 2003.6.3. 2차 기성금(2003.4.1.～5.15.) 300,585,940원을 청구만 한 상태에서 2003.5.9. 청구외법인의 용역계약의 일시정지요청에 따른 최소한의 실비용역비로서 3차 기성금(2003.5.15.～6.14.) 30,000,000원을 다시 청구하면서 기성금의 조속한 지급을 계속 요청한 것으로 나타나고(일시정지기간은 3개월을 초과할 수 없도록 명시하고 있음), 청구외법인은 일시정지요청 직후인 2003년 6월 부도 발생과 함께 임원진의 구속 등으로 인해 더 이상 공사의 계속 수행이 곤란한 상태에 있었으며, 청구법인은 2003.7.14. 청구외법인 스스로가 담보성격으로 선급한 계약금을 돌려받지 않는 대신에 기성금 채무와의 상계하는 정산을 하고 청구법인도 동일하게 처리하도록 한 요청(2003.7.4.)을 받아들여 쟁점수정세금계산서를 발행하고 계약금 수령액과 매출채권인 기성금을 대체한 것은 쌍방 합의에 따른 계약의 해지로서 적정한 처리인 한편, 외부회계감사기관의 감사인도 청구법인의 이와 같은 회계처리에 대하여 적정의견을 밝힌 것으로 나타난다.

(마) 위 사실관계를 종합하여 보면, 처분청은 청구외법인의 법정관리인이 계약해지를 통지한 2004.11.23. 용역계약이 해지되었는데도 청구법인이 그에 앞선 2003.7.14. 발행 쟁점수정세금계산서를 일방적으로 발행한 부적법한 감액 세금계산서에 해당한다 하여 감액세액을 매출세액에 가산하고 청구법인이 매출누락을 한 것으로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세하면서, 청구법인의 기성금 매출채권이 당해 과세기간부터 장부상 계속 남아있는 것임을 전제로 3년의 단기소멸시효를 적용하여 2006.1기 대손세액의 공제 및 2006사업연도 대손금으로 손금산입하여야 한다는 청구법인의 경정청구를받아들인 것은 적정하지 못한 처분이고, 청구법인이 발행한 쟁점수정세금계산서를 일방적으로 발행된 부적법한 수정세금계산서로 볼 것이 아니라 쌍방 합의하에 발행된 적법한 수정세금계산서로 봄이 타당하다 할 것이다.

따라서 처분청이 잘못 받아들인 청구법인의 경정청구를 바로잡아 해당 과세기간의 부가가치세 및 법인세를 경정하여 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 청구법인의 2003.7.14. 발행 쟁점수정세금계산서를 부적법한 것으로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례