2006-0231 (2006.05.29)

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기각

일반 업무에 사용할 목적으로 취득하는 부동산은 면제대상이 아니고 감면확인서를 발급하여도 가산세를 부과할 수 있므로 취득세 등을 부과함

조세특례제한법 제119조【등록면허세의 면제 등】 / 조세특례제한법시행령 제116조【지방세면제】 / 지방세법 제138조 / 지방세법 제138조【대도시 지역 내 법인등기 등의 중과 】 / 지방세법 제131조【부동산등기의 세율】 / 지방세법 시행령 제102조【대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】 / 지방세법 제138조【대도시 지역 내 법인등기 등의 중과 】

청구인의 심사청구를 기각한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2002.8.26. 서울특별시 ○○구 ○○동 33번지 대지 2,982㎡와 그 지상건축물 37,015.87㎡ 중 청구외 (주)○○증권의 지분(대지 2,982㎡ 중 561.3㎡, 건축물 37,015.87㎡ 중 7,075.85㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득 등기함에 따라 그 일부 부동산(건축물 1,855.09㎡ 및 부속토지 147.2㎡, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)을 정리금융기관이 취득 등기하는 부동산으로 보아 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조제1항제17호 및 같은 법 제120조제1항제16호의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제하였으나, 그 후 청구인이 쟁점 부동산을 일반업무시설로 사용하고 있으므로 구 조세특례제한법에서 규정하고 있는 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니한다고 보아 그 해당 부분에 대하여 안분계산한 취득가액(6,136,807,300원)을 과세표준으로 구 지방세법(2002.12.30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 같은 법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 147,283,360원,농어촌특별세 13,500,970원, 등록세 662,775,180원, 지방교육세 121,508,780원,합계 945,068,290원(가산세 포함)을 2005.12.12. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은구 조세특례제한법 제119조제1항제17호 및 같은 법 제120조제1항제16호, 구 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제116조제5항에서 취득세 등 면제대상으로 규정하고 있는 예금자보호법 제36조의5제1항에 규정된 업무를 수행하기 위하여 취득한 재산의 범위에 예금자보호법이 규정하고 있는 정리업무를 수행한 결과로 발생하는 부실(우려)금융기관 및 청산법인 등으로부터의 자산의 매입, 인수에 따른 취득 뿐만 아니라 그와 같은 업무를 수행하는 청구인의 사무실로 사용하기 위하여 취득한 것까지를 포함하는 것으로 해석하여야 하겠고, 만일 “업무를 수행하기 위한 취득”을 관계법령에 규정된 정리업무를 수행한 결과로 발생하는 부실(우려)금융기관 및 그 청산(또는 파산)법인, 정리금융기관, 예금보험공사 등으로부터의 자산의 매입, 인수에 따른 취득으로만 한정한다고 한다면 조세특례제한법상의 동 규정을 “업무수행으로 인한 취득” 또는 “업무에 의한 취득”으로 기술하였어야 타당할 것이라 할 것이며, 또한, 청구인은 이 사건 부동산 취득에 따른 취득신고를 하면서 쟁점 부동산의 감면에 대하여 처분청에 지방세감면신청을 하였고, 이에 처분청은 관계법령을 검토한 후 취득세 등의 감면대상이 된다는 지방세감면확인서를 통지하였는바, 이와 같은 처분청의 공적 의사표시를 믿고 쟁점 부동산을 감면대상으로 인지한 청구인에게 납세의무의 이행을 기대하는 것은 무리라 할 것이어서 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다 하겠으므로 가산세 부과는 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내의 정리금융기관이 부동산을 취득 등기한 후 그 일부를 일반업무시설로 사용하는 경우 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 조세특례제한법 제119조제1항제17호 및 같은 법 제120조제1항제16호에서 예금보험공사 또는 정리금융기관이 취득하는 재산(대통령령이 정하는 재산에 한한다) 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제116조제5항에서 법 제119조제1항제17호에서 “대통령령이 정하는 재산”이라 함은 예금자보호법 제18조제1항제4호 내지 제7호 또는 동법 제36조의5제1항에 규정된 업무를 수행하기 위하여 취득한 재산을 말한다고 규정하고 있으며, 구 예금자보호법(2002.12.26. 법률 6807호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조제1항제4호 내지 제7호에서공사는 이 법의 목적을 달성하기 위하여예금보험기금의 관리 및 운용·손해배상청구권의 대위행사·보험료의 수납·보험금등의 지급·부실금융기관의 정리 및 이에 부대하는 업무, 예금자등의 보호를 위하여 정부가 위탁 또는 지정하는 업무, 기타 다른 법령에서 정하는 업무를 행한다고 규정하고 있고, 같은 법 제36조의5제1항에서 정리금융기관은 예금등 채권의 지급, 대출등 채권의 회수 기타 부실금융기관의 정리업무를 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 업무로서 재정경제부장관이 승인한 업무를 수행한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를하는 때에는 그 세율을 제131조및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고,구 지방세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17849호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조제2항에서법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하면서 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.12.27. 구 예금자보호법 제36조의5에 의한 예금 등 채권의 지급, 대출 등 채권의 회수, 기타 부실(우려)금융기관의 정리업무의 효율적 수행을 위하여 설립된 법인으로서, 2002.8.26. 이 사건 부동산을 취득한 다음 쟁점 부동산을 일반 업무시설용으로 사용하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 면제대상 재산의 범위에 예금자보호법이 규정하고 있는 정리업무를 수행한 결과로 발생하는 부실(우려)금융기관 등으로부터의 자산의 매입, 인수에 따른 취득 뿐만 아니라 이러한 업무를 수행하는 청구인의 사무실로 사용하기 위하여 취득한 것까지도 포함하는 것으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 조세특례제한법 제119조제1항제17호 및 같은 법 제120조제1항제16호, 같은법시행령 제116조제5항, 구 예금자보호법 제18조제1항제4호 내지 제7호 및 같은 법 제36조의5제1항에서 정리금융기관이 예금보험기금의 관리 및 운용·손해배상청구권의 대위행사·보험료의 수납·보험금등의 지급·부실금융기관의 정리 및 이에 부대하는 업무, 예금자등의 보호를 위하여 정부가 위탁 또는 지정하는 업무, 기타 다른 법령에서 정하는 업무와 예금등 채권의 지급, 대출등 채권의 회수 기타 부실금융기관의 정리업무를 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 업무로서 재정경제부장관이 승인한 업무를 수행하기 위하여 취득하는 재산 및 이와 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 예금보험공사가 예금보험기금을 투입하여 정리금융기관을 설립하는 취지가 부실금융기관의 정리를 효율적으로 추진하기 위함에 있고, 정리금융기관 또한 부실금융기관의 정리를 위하여 일정기간 동안 한시적으로 존속할 것을 전제로 설립된 점 등으로 미루어 볼 때, 구 조세특례제한법상 면제대상이 되는 부동산의 범위는 예금보험공사 또는 정리금융기관이 부실금융기관을 정리하는 과정에서 그 정리업무의 일환으로서 취득하게 되는 부동산에 한한다 하겠고, 자체사용(보유) 목적이나 일반업무에 사용할 목적으로 취득하는 부동산까지도 면제대상으로 보기는 어렵다 할 것이며, 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자에게 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과하여야 할 것(대법원 판결 98두1253, 2000.9.8.)인바, 당초 처분청이 쟁점 부동산에 대하여 구 조세특례제한법에 의한 취득세와 등록세의 면제대상으로 보아 이를 면제하였다가 다시 추징한 처분은 과세관청의 공적인 견해표명이나 관행 등에 반하는 처분이 아니고 관계법령의 규정을 잘못 적용하여 위법·부당하게 된 행정행위를 바로잡은 경우에 해당된다 할 것으로, 처분청이 감면확인서를 발급하였다는 사정만으로는 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 5. 29.

행 정 자 치 부 장 관