[사건번호]조심2012중0887 (2013.04.25)

[세목]부가[결정유형]경정

[결정요지]청구인이 △△△에게 건물을 무상으로 사용수익하게 한 것은 처음부터 부동산임대업을 하기 위한 것이 아니라 청구인의 만화산업을 육성하기 위한 것이며, 그 성격상 사업성이 없어 부동산임대사업자에 해당하지 아니한 것으로 보이는 바, 쟁점1건물의 건축비용 관련 매입세액은 공제대상이 아닌 것으로 보는 것이 타당함

[관련법령] 부가가치세법 제17조

OOO세무서장이2011.7.25. 청구인에게 한 2008년 제1기 부가가치세 의 경정청구 거부처분은 청구인이 기부채납 방식으로 취득한 경기도 OOO 301동 203, 204, 205, 206, 207, 301, 302, 303호, 304호 건물 취득관련 매입세액 OOO원을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 2008년 제1기분 부가가치세 신고시 청구인 소유의 경기도 OOO 건물(이하 “쟁점1건물”이라 한다)의 건축비용 관련 매입세액 OOO원(이하 “쟁점1매입세액”이라 한다) 및 청구인이 기부채납 방식으로 취득한 경기도 OOO 301동 203호 외 8호수(이하 “쟁점2건물”이라 한다)의 매입세액 OOO원(이하 “쟁점2매입세액”이라 한다), 대물변제계약으로 취득한 같은 주소 OOO 외 12개 호수(이하 “쟁점외건물”이라 한다)의 매입세액 OOO원(이하 “쟁점외매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하지 아니하고 신고하였다.

나. 청구인은 2011.7.25. 쟁점1매입세액, 쟁점2매입세액 및 쟁점외매입세액이 공제받을 수 있는 매입세액에 해당하는 것으로 하여 2008년 제1기 부가가치세에 대해 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2011.10.21. 쟁점외매입세액에 대해서만 공제를 인정하고, 쟁점1매입세액과 쟁점2매입세액에 대해서는 각 공익목적 공급 및 재화의 무상공급에 해당한다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.1.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1-1) 청구인은 쟁점1건물을 「공유재산 및 물품관리법」등에 따라 재단법인 OOO(이하 “쟁점1법인”이라 한다)에 무상임대하고 있는바, 2007년부터 지방자치단체의 부동산임대용역이 공·사익목적 여부에 관계없이 과세대상으로 규정한 「부가가치세법 시행령」제38조에 따라 쟁점1건물의 임대용역도 과세대상에 해당하는 것이므로 쟁점1매입세액은 공제대상에 해당하고, 지방자치단체가 행정재산을 관리위탁하는 경우, 「공유재산 및 물품관리법」제20조 및 제27조에서 사용수익허가를 받은 것으로 보도록 규정하고 있어 민간부문의 임대차거래와 경제적 실질이 동일하며, 기존의 다수 예규 및 판례 등에서도 그 상대가 누구든 부동산임대용역의 제공으로 보고 있어 부가가치세 과세대상에 해당하므로 쟁점1매입세액은 공제되어야 한다.

청구인은 만화산업의 진흥과 관련된 사업을 쟁점1법인에게 위탁하고, 이의 원활한 수행을 돕기 위해 예산지원과 함께 청구인의 고유판단과 관련법령의 근거에 따라 쟁점1건물을 무상으로 제공하고 있고,만화산업의 진흥을 고유목적사업으로 하여 설립된 쟁점1법인은 독립된 법인격과 대외적 대표성을 가지고 운영재원 확보를 위해 자기책임과계산으로 쟁점1건물 일부를 재임대하는 수익사업을 병행하고 있는바, 쟁점1법인이 쟁점1건물 임대에 대한 모든 의사결정 및 의무이행을 독자적으로 하고 있고, 그에 따른 모든 결과도 쟁점1법인에게 귀속되므로 사업의 위탁과 공유재산의 임대를 분리하여 공유재산의 임대를 쟁점1법인의 실질적인 부동산임대로서 별개의 과세사업으로 보아야 하고, 청구인은 결코 만화산업의 진흥을 위한 사업주체가 아니다.

위와 같이 지방자치단체의 부동산임대용역이 과세로 전환된 이상 쟁점1매입세액을 불공제할 아무런 법적근거가 없고, 청구인은 만화산업 진흥사업을 지원하기 위해 소유 부동산을 무상으로 제공하고 있을 뿐, 지방자치단체 고유사무를 진행하고 있는 것이 아닌데도 처분청이 객관적인 증빙자료나 합리적 이유의 제시없이 쟁점1매입세액을 불공제함은 부당하며, 민간분야의 부동산임대와 비교했을 때도 과세형평, 근거과세원칙, 실질과세원칙에도 부합하지 아니한다.

(1-2) 설령, 쟁점1법인의 법적, 실질적 독립성을 인정하지 아니하고, 만화산업의 진흥을 위한 제반사업의 추진을 청구인이 직접 수행한 것이어서 쟁점1법인에 대한 부동산임대를 부인하고, 청구인이 직접 쟁점1건물을 자가 사용하거나 제3자 등에게 임대한 것이라면, 쟁점1매입세액 중 쟁점1건물에서 만화가 등 제3자에게 직접 임대하거나 불특정 다수에게 대여한 부분의 매입세액은 임대 관련 수입사업으로 과세사업에 해당하므로 이를 공제하는 것이 마땅하다.

(2-1) 주식회사 OOO(이하 “쟁점2법인”라 한다)는 청구인에게 OOO 사업을 제안하고 청구인과 사업부지 확보방식, 도로 등 기반시설 건설방식, 상호간 권리와 의무 등을 규정한 협약을 체결하여 동 사업을 진행하였고, 이러한 협약에 따라 청구인이 당해 사업단지 A블럭에 연접한 도로의 건설과 관련하여 부지의 매입비용(OOO원)을 부담하며, 건축물의 분양광고 및 홍보의 지원, 공사과정에서 제기되는 각종 민원처리 협조 등의 제반편의를 제공한데 대하여 2006.2.9. 청구인에게 완성건물의 일부인 쟁점2건물을 기부채납의 형식을 빌어 대물변제로 제공하였으며, 청구인은 이를 현재까지 기업체 및 연구기관에 임대하는 부동산임대용역에 사용하고 있는바,

쟁점2법인 입장에서는 청구인으로부터의 신속한 사업시행 승인의 획득, 부지매입비용을 청구인이 부담함에 따른 초기자금부담의 완화, 청구인의 분양광고·홍보지원에 따른 건물분양의 활성화, 민원처리에서 지방자치단체의 공정하고 객관적인 협조 등의 효익이 있고, 청구인 입장에서는 사업단지 일부부지, 인접도로부지, 연결도로부지, 공공시설부지 등 매입을 위하여 총 OOO원을 선부담하고 그 반대급부로 부가가치세를 포함한 OOO원 이상의 가치를 지니는 쟁점2건물을 획득하여 부동산임대업에 활용함과 동시에, 사업시행으로 인한 관내 산업활성화를 도모할 수 있어, 쟁점2건물의 취득은 그 대가성이 입증되므로 부가가치세 과세대상으로 볼 수 있으며, 기존의 예규 및 판례는 기부채납조건에 대가관계가 수반되는 경우에는 과세대상이라는 것이 일반적인 입장이다.

청구인은 쟁점2건물과 관련하여 쟁점2매입세액이 명기된 매입세금계산서를 교부받아 이를 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 이미 신고한 바 있고, 쟁점2건물의 취득을 위하여 OOO원(연결도로까지 포함할 경우 약 OOO원)을 부담하였는데 이는 위 세금계산서상 쟁점2건물의 공급대가 OOO원을 초과하므로 결국 청구인이 부가가치세를 부담한 것이며, 설령 청구인의 최소부담액 OOO원이 쟁점2건물의 공급대가 OOO원과 건물 부속토지분 OOO원의 합계 OOO원에 미달한다는 관점에서 청구인이 부가가치세를 부담하지 아니하였다고 보더라도, 쟁점2법인이 이미 납부한 매출세액에 대한 부담주체는 청구인과 쟁점2법인간에 협약상 약정내용을 기초하여 협의·결정할 문제이지 쟁점2매입세액의 공제여부와는 관련이 없는 것이므로 청구인이 쟁점2건물의 취득을 위하여 부담한 매입세액은 모두 공제되어야 한다.

(2-2) 설령, 위의 청구주장이 받아들여지지 아니한다면, 쟁점2법인은 매출세액을 잘못 납부한 것이어서 심판청구일 현재 경정청구 기한은 경과되었다 하더라도 국세 부과제척기간은 도과되지 아니하였으므로 처분청은 관련 매출세액을 쟁점2법인에게 돌려주어야 한다.

나. 처분청 의견

(1-1) 청구인은 OOO 설치 및 운영조례’에 의해 쟁점1법인을 설립하고, 전용건물인 쟁점1건물을 건립하여 만화영상사업을 전략사업으로서 집중 육성하고 있는바, 쟁점1법인은 청구인의 만화사업의 전략적 운영을 위해 설립되었고, 청구인과의 협의 및 위탁에 의해 업무를 진행하고 있으며, 시예산, 도비, 국비 등으로 운영비를 충당하고 있다. 쟁점1건물의 건립취지는 부천시내 각지에 산재한 만화사업 관련 단체 등을 유치하여 집적화하기 위한 목적으로, 청구인이 쟁점1법인으로 하여금 쟁점1건물을 사용하게 하는 것 또한 이러한 목적을 달성하기 위한 것이고, 궁극적으로 청구인이 하고자 하는 것은 부동산임대사업이 아니라 부천시의 지리적 위치와 특성에 맞추어 만화산업의 육성 및 활성화하려는 것으로, 만화산업 진흥사업은 청구인의 전략사업이자 고유업무다.

청구인이 쟁점1법인에게 쟁점1건물을 사용·수익하게 하는 것은 청구인이 전략사업 추진을 위하여 쟁점1법인을 지원하는 것이고, 청구인은 쟁점1건물에 대하여 사업성과 무관하여 「부가가치세법」상 사업자의 지위가 아니며, 청구인은 부동산임대사업자로 사업자등록이 되어 있기 때문에 사업자라는 주장이나, 지방자치단체의 경우 「부가가치세법 시행령」제4조 제1항 제13호에 업무를 총괄하는 장소에 등록할 수 있는 특례를 둔 것으로, 임대사업자 여부는 사업자등록증이 아닌 각 사업장의 성격에 따라 판단할 사항으로 쟁점1법인은 부가가치세가 과세되는 부동산임대사업자에 해당하지 아니한다.

청구인이 쟁점1법인을 위한 전용건물로 쟁점1건물을 건축하여 이에 대해 청구인이 쟁점1건물을 쟁점1법인에게 무상임대한 것에 대해 부가가치세 과세대상이라고 하는 것은 부동산임대에 있어 민간부문과 국가등의 가격차이로 인한 불형평성을 해소하기 위해 개정된 「부가가치세법」개정취지와도 맞지 않다.

(1-2) 처분청은 쟁점1법인을 독립적인 법적 실체로 보고 있으며, 작가 등과 임대차계약을 체결한 것 역시 쟁점1법인이므로 청구인에게 이와 관련된 세액을 환급할 이유가 전혀 없다.

(2-1) 대물변제란 채권자의 승낙을 얻어 그 채권의 목적물 대신 다른 것으로 채무를 변제하는 일을 말하고, 기부채납은 어떤 일에 보조의 목적으로 재물을 내어주고 이를 받아들이는 행위를 말하는 것으로, 대물변제 형식을 취한 쟁점외건물은 청구인이 토지를 매입하여 사업자에게 소유권을 이전해 주고 이에 대한 대가로 취득한 것이므로 청구외매입세액을 공제한 것이고, 나머지 쟁점2건물은 어떠한 채권·채무관계가 없는 상태에서 받은 것으로 대물변제에 해당하지 않으므로 쟁점2매입세액의 공제를 부인한 것이다.

청구인은 인접도로개설을 위한 부지를 매입하는데 상당한 돈이 소요되어 이렇게 소요된 비용은 기부채납형식으로 받은 쟁점2건물 가액을 월등히 초과하므로 그 대가를 지급한 것과 동일하다는 주장이나, 도로개설을 위한 부지를 청구인이 매입하였고, 소유권 또한 청구인에게 있다는 점에서 청구인과 쟁점2법인과는 채권·채무관계가 성립되지 아니하여 청구인이 대물변제로 쟁점2건물을 취득하였다고 볼 아무런 근거가 없다. 청구인이 제출한 “폐농수로부지 개발계획도”를 보면, 대물변제와 기부채납에 해당하는 부지가 합쳐져 있어 A블럭 매입비용 중 소유권을 청구인이 갖고 있는 부지까지 쟁점2건물의 취득에 대한 대가성을 주장하는 것은 맞지 않다.

청구인은 쟁점2법인의 기부서상 “OOO 3차사업 분양에 대한 광고 및 홍보지원”, “공사진행 중 인허가 관련 및 민원처리에 대한 업무협조”, “기타사항(시내버스 / 경유노선 신설 등)”과 같은 협조사항을 들어 대가성을 주장하고 있으나, 관내 산업단지 활성화를 위해 지방자치단체가 당연히 해야 할 업무를 대가성과 연결하는 것은 이치에 맞지 않아 쟁점2매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

(2-2) 청구인의 예비적 청구내용은 청구인이 당사자가 아니므로 심사청구 대상이 되지 않아 논의에서 제외한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

ⓛ-1청구인이 OOO에게무상임대한 청구인 소유건물의 건축비용 관련 매입세액의 공제여부(주위적 청구)

ⓛ-2 위의 청구주장이 기각이라면, OOO이 제3자에게 임대하고 있는 부분에 대한 매입세액이라도 공제하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

②-1 청구인이 기부채납으로 제공받은 건물이 대가성 있는 대물변제에 해당하여 관련 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부(주위적 청구)

②-2 위의 청구주장이 받아들여지지 않는다면 사업자의 매출세액을 환급하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 부가가치세 현지확인 종결보고서에 의하면, 청구인은 쟁점1법인과 체결한 “OOO 운영·관리 위탁 협약서”에 근거하여 2008년 신축한 쟁점1건물을 2009년부터 무상으로 사용·수익하도록 하고 있으며, 동 협약서에서 쟁점1법인은 청구인이 위탁한 사업에 대하여 설립목적(부천시의 만화산업 진흥)에 반하는 행위를 일체 할 수 없고, 부천시장은 쟁점1법인의 효율적인 운영과 관리가 필요한 경우에는 소속공무원을 파견하거나 겸임하게 할 수 있도록 정하고 있다.

또한, 청구인은 2008년 쟁점2건물과 쟁점외건물을 각 기부채납 및 대물변제 형식으로 취득하였는데, OOO을 설립하여 쟁점2건물과 쟁점외건물의 관리를 위탁하였고, 동 재단은 청구인을 대신하여 청구인이 집중육성하고 있는 금형산업과 관련된 연구기관인 OOO, OOO, OOO과 유상 또는 무상으로 대부계약을 체결하였으며, 대부계약서상에는 대부자산의 사용목적을 “중소기업 기술개발 촉진과 지역특화산업육성을 위하여 산업기반기술조성사업 등 공동연구과제를 원활히 수행하고 기술개발 및 인력양성 지원을 위하여 공간을 사용하여야 한다”로 규정하고, 입주기관에 대한 평가를 통해 “연구 및 생산 등 사업실적이 극히 저조하여 향후 전망이 불투명하거나 계약을 성실히 이행하지 아니한 것”으로 평가되면 계약연장을 불가하거나 해지, 퇴거할 수 있는 조항을 두고 있다.

OOOOOOOOOO OOOO OOOO OOOO

(OO : O)

<표2> 쟁점2건물 및 쟁점외건물 대부계약 체결내용

(OO : O, OOOO OO)

위의 사실과 관련하여 처분청은 청구인이 만화영상산업을 전략적으로 육성하기 위해 쟁점1법인이 쟁점1건물을 사용·수익하게 함에 있어 청구인이 위탁한 사업목적 범위내로 한정하고, 이를 위반하는 경우 사용·수익을 중지하게 하는 협약을 체결하여 청구인의 사업육성 목적과 일치시킨 점에 비추어, 청구인이 쟁점1법인으로 하여금 쟁점1건물을 사용·수익하게 하는 것은 부동산임대사업이라는 사업성보다는 문화예술의 발전이라는 공익을 증대하기 위한 목적이므로 쟁점1매입세액은 공제하지 아니하는 것으로 결정하였다. 아울러 2007년부터 국가 등이 공급하는 부동산임대용역을 과세로 전환한 「부가가치세법」개정취지는부동산임대에 있어 민간부문과 국가등의 가격차이로 인한 불형평성을 해소하기 위한 것인데, 청구인은 민간 사업자들과 경쟁관계에 있다고 볼 수 없어 쟁점1매입세액을 공제하는 것은 동 법률의 개정취지와도 맞지 않는 것으로 판단하였다.

쟁점2건물 및 쟁점외건물과 관련하여 처분청은 청구인이 금형산업을 전략사업으로 지정한 후, 삼정동 OOO를 금형단지로 지정하였고, 이를 통해 금형집적화단지 OOO를 조성하여 세계적인 금형산업 전진기지로 육성하고자 하는 전략을 갖고 있으며, 이에 따라 연구기관 등으로 하여금 쟁점2건물 및 쟁점외건물을 사용·수익하게 함은 부천지역의 경제발전과 중소기업의 동반성장이라는 공공의 이익증대라는 목적은 있으나, 취득목적을 공익증대라는 목적으로만 한정할 수 없다고 보아 쟁점외매입세액에 대해서는 부동산 임대사업용 건물취득으로 보아 매입세액공제를 하는 것이 타당하다고 판단하였다. 다만, 쟁점2매입세액은 청구인이 기부채납 방식으로 취득하여 반대급부가 없는 무상이므로 「부가가치세법」제12조 제1항 제19호의 “국가·지방자치단체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역”에 해당하는 것으로 보아 쟁점2매입세액을 공제할 수 없는 것으로 판단하였다.

(2) 위 처분청의 의견에 대해 청구인은 만화산업 진흥사업을 추진한 것은 사실이나, 동 사업의 원활한 추진을 위하여 중앙부처의 승인을 받아 법적, 회계적 관점에서 완전히 독립된 쟁점1법인을 설립, 해당사업의 수행을 위탁하고 있고, 쟁점1건물을 관리위탁방식으로 무상임대하고 있어 만화산업 진흥사업의 실질적·법적·경제적 실체는 쟁점1법인인데도 처분청은 청구인이 제시한 증빙자료를 부인할 수 있는 증빙이나 근거를 전혀 제시하지 않고 있으며, 청구인은 부동산임대사업자로, 쟁점1건물의 취득관련 매입세금계산서를 교부받았고, 쟁점건물을 임대에 활용하고 있기에 쟁점1매입세액의 공제를 신청한 것이며, 아울러 특례에 따라 업무총괄장소를 기준으로 적법한 사업자등록도 하였고, 청구인 관할구역내 부동산 사용수익허가, 도로점용허가, 차고지사용허가 등에 대해서도 매출세액을 부과하고 있으며, 처분청 또한 관련 매입세액의 공제를 허용한 바 있는바, 쟁점1건물의 건축비용 관련 매입세액의 공제에 있어 어떠한 절차적, 법률적 하자도 없는 상황에서 매입세액 공제를 허용하지 아니하는 것은 전혀 타당하지 아니하다고 주장하였다.

또한, 청구인은 쟁점1건물을 언제든지 유상임대로 전환할 수 있고, 쟁점1법인 이외의 자에게 임대할 수 있으며, 쟁점1법인도 자체의사결정에 따라 다른 건물로 사업장을 이전할 수 있으므로 민간사업자와 경쟁관계가 없다는 처분청 의견은 근거가 없고, 지방자치단체가 관련법령에 따라 행하는 관리위탁방식의 사용수익허가, 도로점용허가, 차고지 허가, 일반재산의 대부 등은 그 경제적 실질이 부동산임대에 해당하여 이에 대해 부가가치세를 부과하고 있는 바, 쟁점1건물의 경우에도 이러한 경우에 해당한다 할 것이므로 부가가치세 과세대상이며, 쟁점1매입세액 또한 공제대상에 해당한다는 주장이다.

쟁점①-2와 관련하여 청구인은 처분청이만화산업의 진흥사업의 위탁 및 부동산 임대가 별개임을 인정하고 있고, 쟁점1건물을 기반으로 수행하는 쟁점1법인의 사업 모두를 청구인의 고유목적사업으로 보아야만 처분청의 쟁점1매입세액의 공제불허가 논리적 타당성이 있는 것이므로 적어도 쟁점1건물의 제3자 임대부분이라도 청구인이 부동산임대업을 수행하는 것으로 보아 이와 관련된 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하였다.

(3) 청구인이 제출한 쟁점1건물의 부동산등기부등본 및 일반건축물 대장에 의하면, 청구인은 2009.8.13.(전시동 건물), 2009.9.15.(사무동 건물) 쟁점1건물의 소유권보존등기를 하였고, 쟁점1건물은 지하 2층(주차장, 기계실, 전기실, 근린생활시설)/지상 5층(일반업무시설), 연면적 15,421.06㎡의 사무동 건물과, 지하 1층(공조실, 수장고) / 지상 4층(상영관, 도서관, 전시장 등), 연면적 8,341.79㎡의 전시동 건물로 구성되어 있는 사실이 나타난다.

(4) 청구인은 쟁점1법인이 독립된 법인격과 대외적 대표성을 가지고 운영재원 확보차원에서 자기책임과 계산으로 쟁점1건물 일부를 재임대하는 수익사업을 수행하였다고 주장하며, ⓛ 쟁점1법인의 시설물 대관운영의 독립성에 대한 증빙자료로 쟁점1건물의 효율적 관리와 이용자의 편의를 위해 필요한 경우 시설을 민간에게 위탁하여 운영할 수 있다(제6조)고 규정한 쟁점1법인의 ‘시설운영규정’, ② 쟁점1법인 원장은 쟁점1건물 시설을 개인, 단체, 기관 등에 대관할 수 있고(제3조), 정부, 경기도, 청구인이 직접 주관하는 행사의 경우에는 쟁점1건물의 시설을 무료로 대관할 수 있다(제7조)고 규정한 ‘시설대관규칙’, ③ 2010년과 2011년 쟁점1법인이 쟁점1건물 시설을 유료 또는 무료로 대관한 사실이 나타나는 ‘OOO 대관 현황’자료, ④ 공유재산의 유상사용허가서, ⑤ 청구인이 2011.8.2. 쟁점1법인에게 쟁점1건물 세미나실의 대관을 신청하는 청구인의 대관신청 공문, ⑥ 쟁점1법인의 이사회는 이사회에서 선출하는 이사장, 이사장 추천으로 이사회의 의결후 이사장이 임명하는 원장, 사단법인OOO 또는 협회 추천 소속 임원 1명, 사단법인 OOO 또는 연대 추천 소속 임원 1명, 부천시 업무담당 국장, 부천시가 추천한 경기도의회 의원 1명, 부천시의회 의장이 추천한 부천시의회 의원 1명으로 구성된 이사, 부천시 업무담당 부서장 1명과 이사회에서 선출한 1명인 감사로 구성된다는 사실이 나타나는 쟁점1법인의 이사회 구성계획(안), ⑦ 쟁점1법인 정관, ⑧ 쟁점1법인의 법인등기부등본, ⑨ 쟁점1법인의 사업자등록증, ⑩ 쟁점1법인의 2010사업연도 재무제표(운영성과표, 이익잉여금 처분계산서), ⑪ 쟁점1법인의 재무제표에 대한 외부회계감사보고서 및 법인세 신고서등을 제출하였다.

(5) 청구인은 쟁점1건물을 쟁점1법인에게 무상임대하고 있는 것에 대한 법률적 근거로 「공유재산 및 물품관리법」및「OOO 설치 및 운영조례」를 들고 있는바, 「공유재산 및 물품관리법」제20조 제1항은 “지방자치단체의 장은 행정재산에 대하여 그 목적 또는 용도에 장애가 되지 아니하는 범위에서 사용 또는 수익을 허가할 수 있다”라고 규정하고 있고, 제27조 제1항은 “지방자치단체의 장은 행정재산의 효율적인 관리를 위하여 필요하다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방자치단체 외의 자에게 그 재산의 관리를 위탁(이하 “관리위탁”이라 한다)할 수 있다”, 제2항은 “행정재산의 관리위탁을 받은 자는 제20조에 따라 해당 행정재산의 사용·수익허가를 받은 자로 본다”라고 규정하고 있다.

또한, 「OOO 설치 및 운영조례」는 쟁점1법인이 「민법」에 따른 재단법인으로(제4조), 만화규장각 등을 관할하고(제5조), 이사회에서 사업수행에 관한 중요사항을 심의의결하며(제8조), 쟁점1법인의 운영 및 사업에 필요한 재원은 국비·도비·지원금, 청구인의 출연금, 쟁점1법인의 사업수익금 및 그 밖의 수입등으로 충당하고(제9조), 청구인은 만화문화의 창달과 만화산업 진흥을 위하여 사무의 일부 또는 전부를 쟁점1법인에게 위탁하며(제12조), 쟁점1법인의 원활한 운영을 위하여 필요한 경우에는 공유재산의 무상대부·사용허가·위탁 및 물품의 관리를 전환할 수 있다(제13조)고 규정하고 있다.

(6) 청구인과 쟁점1법인은 2009년 8월경 부천시 만화산업 진흥을 위해 “OOO 운영·관리 위탁 협약서”을 체결하였는바, 동 협약서 제2조에서 청구인은 쟁점1법인에게 쟁점1건물(OOO) 운영 및 관리, OOO 운영 및 관리 등의 업무를 위탁한 것으로 나타난다.

(7) 청구인은 예비적 청구와 관련하여 쟁점1건물이 사무동 건물과 전시동 건물로 구성되어 있고, 쟁점1법인의 자체 사무실, OOO박물관용도의 면세사업과 부동산 임대 및 대관용도의 과세사업이 있어 쟁점1매입세액 중 공제대상 매입세액을 다음 <표3>과 같이 산정하였다.

OOOOOOOOOOOOOOOOO O OOOO OO

(OO : O)

(8) 청구인은 쟁점2건물 기부채납의 대가성과 관련된 증빙자료로 ①기부채납 경위요약서[OOOOO 주식회사(이하 OOO”이라 한다)가 지방으로 이전하면서공장부지에 아파트형 공장건립을 위한 사업을 계획, 지주 공동사업 방식으로 부지소유는 OOO이, 공장건립은 OOO 주식회사(이하 OOO”이라 한다)가 담당하면서 SPC인 쟁점2법인을 설립하였으나, 사업부지 여건상 반드시 필요한 진입도로 예정지가 OOO 소유의 폐농수로로, 일반사업자가 매입이 어려워 청구인이 매입하여 줄 것을 요청하였고, 청구인이 OOO로부터 매입할 매입부지 중 일부는 아파트형 공장 사업부지에 편입하고 토지소유권을 청구인에서 사업자로 이전하는 대신아파트형 공장 13개호(쟁점외건물)를 대물로 받으며, 사업부지와 인접한 도로(A블럭) 매입비용은 청구인에서 부담한 가액만큼 사업자가 부담하겠다는 내용의 사업제안에 따라 아파트형 공장 9개호(쟁점2건물)를 기부채납 받기로 하였고, 이에 따라 사업완료 후 청구인은 2007.12.5. 쟁점2건물과 쟁점외건물을 기부채납과 대물변제 형식으로 소유권을 이전받았으며, 쟁점2법인은2008.1.3. 청구인에게 세금계산서를 교부하였다는 취지], ②OO OOOOO OO 사업 추진 협약서[협약당사자 : 청구인, OOOOO, OOOO, 내용 :청구인이 부천 OOO 사업자가 사업을 추진할 수 있도록 동부간선 폐농수로부지 매입과 일부 부지의 아파트형공장 건립부지로 편입 등 필요한 조치와 지원을 하여야 하고(제4조), 사업자는 도로 등 기반시설공사 부담 시행과 아파트형공장 건립부지로 편입되는 부지에대한 대물상환, 일부 도로 편입부지비의 부담 및 대물상환 등 사업계획서 대로 이행하여야 한다(제5조)], ③ OOO 3차 사업계획서[2005년 4월 OOO 작성, 내용 : OOO 사업의 진입도로 확보 방안으로 사업자가 “사업부지 편입면적 : 대물상환조건, A블럭 도로부지 : 기부채납 형태”를 내용으로 하여 “부천시 부지 매입비 중 일부 재정적 부담”역할을 수행하고, 이에 따른 도로공사비용이 편입부지 1,690평이 OOO원(1,690평 × OOO원/평당), A블럭 도로부지 1,614평이 OOO원{(1,614평 × OOO원(부천시 평당매입금액)}이 소요될 것으로 예상] 등을 제출하였다.

(9) 청구인이 제출한 쟁점2건물 기부채납 관련 증빙자료에 의하면, 쟁점2법인이 2006.2.9. 3가지 협조요청사항과 함께 청구인에게 쟁점2건물을 기부하기로 하였고, 청구인은 쟁점2법인이 아파트형공장인 쟁점2건물을 기부함에 따라 이를 공유재산으로 취득하기로 하였으며, 쟁점2건물(3,810.04㎡)을 2005.10.7. 아파트형공장 분양공고시의 금액인 OOO원으로 평가하고, 이를 R/D기관(OOO)을 유치하여 기업하기 좋은 인프라 구축, 부천시의 부품소재산업 특화, 입주기업의 기술개발 지원 등의 용도로 사용하기로 계획한 사실이 나타난다.

(10) 청구인은 쟁점2건물 및 쟁점외건물을 OOO에 관리위탁하였고, OOO에 유상임대 12개호, OOO에 유상임대 4개호, OOO에 무상임대 5개호, 장래공간(대기) 1개호를 2007.12.10. ～ 2009.8.31.까지 임대하였으며, 2009.9.1. 이후에는 OOO에게 쟁점2건물 및 쟁점외건물 전체를 무상임대하였고, 청구인은 임대료 부과에 따른 세금계산서를 발행하여 부가가치세신고를 해 왔다고 주장하며, 그 증빙자료로 쟁점2건물 및 쟁점외건물의 건물임대현황표, 공유재산 무상사용 위탁관리·운영협약서(청구인 - OOO), 공유재산 대부계약서(OOO), 세외수입 공유재산 임대료 부과내역서 및 부가가치세 내역서 등을 제출하였다.

(11) 청구인이 제출한 쟁점2건물의 부동산등기부등본에 의하면, 쟁점2법인은 2008.1.3. 쟁점2건물에 대한 소유권보존등기를 한 후, 2006.2.23. 기부채납을 등기원인으로 하여 2008.1.3. 청구인에게 소유권을 이전한 것으로 나타난다.

(12) 쟁점2법인은 2008.1.3. 쟁점2건물 및 쟁점외건물을 청구인에게 소유권 이전한 후, 공급가액 OOO원, 세액 OOO원, 공급받는 자를 청구인으로 하여 매출세금계산서를 발행하였고, 청구인은 이를 매입처별 세금계산서합계표에 기재하여 부가가치세 신고하였음이 청구인이 제출한 매출세금계산서 및 청구인의 매입처별세금계산서합계표에 나타난다.

(13) 청구인이 제출한 청구인과 OOO가 체결한 “동부간선 폐농수로부지 매매계약서”, 청구인의 폐농수로부지 매매대금 지급내역자료, 폐농수로부지의 부동산등기부등본 등을 종합하면, 청구인은 2005.8.22. 동부간선폐농수로부지 7필지 22,848㎡를 OOO(종전 OOO)로부터 OOO원에 매입하는 계약을 체결하였고(매매대금 지급완료 : 2007.6.5.), 이 중 쟁점외건물과 관련된 4,819.0㎡는 부천 OOO 아파트형공장 사업부지로 편입되어 소유권이 OOO에서 청구인, 쟁점1법인에게 순차적으로 이전되었으며, 청구인에게 기부채납된 쟁점2건물과 관련된 5,029.0㎡는 도로부지로 편입되어 OOO에서 청구인에게 소유권이 이전된 사실이 나타난다.

(14) 쟁점①-1에 대하여 본다.

청구인은 쟁점1건물을 산하단체인 쟁점1법인에게 사용수익하게 하는 것이 과세대상인 부동산임대업에 해당하므로 쟁점1매입세액이 매출세액에서 공제되어야 한다는 의견이나, 청구인이 쟁점1법인에게 쟁점1건물을 사용수익하게 하는 것이 「부가가치세법」상 과세대상인 용역의 공급에 해당하고, 그에 따라 쟁점1건물의 건축 관련 매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액인지 여부는 그 거래가 수익을 목적으로 하고 있는지와 그 규모, 회수, 태양 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 할 것인바(대법원 1994.9.9. 선고 93누17522 판결 : 대법원 1993.2.23. 선고 92누14526 판결 등 참조),

쟁점1건물은 청구인의 만화산업 진흥정책에 따라 건립당시부터 쟁점1법인에게 오로지 무상으로 사용수익하게 할 목적으로 건축된 것으로 보여 청구인이 이를 쟁점1법인에게 사용수익하게 한 것이 부동산의 임대 또는 양도시 부가가치세의 과세를 전제로 하는 일반적인 부동산임대사업과는 다르다 할 것이고, 지방자치단체가 행정자산을 산하단체에게 사용수익하게 하였다는 사실만으로 그 사업성 여부에 관계없이 반드시 부동산임대사업자의 지위에 있다고도 보기 어려우므로 쟁점1매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당하지 아니한 것으로 보인다. 따라서 쟁점1매입세액의 공제를 구하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(15) 쟁점①-2에 대하여 본다.

청구인은 쟁점1매입세액 중 쟁점1건물에서 만화가 등 제3자에게 직접 임대하거나 불특정 다수에게 대여한 부분의 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하나, 청구인은 쟁점1건물을 쟁점1법인으로 하여금 사용수익하게 하였을 뿐, 쟁점1건물을 만화가 등 제3자에게 임대하거나 불특정 다수에게 대여한 주체는 청구인이 아닌, 쟁점1법인이므로 제3자 등에 대한 쟁점1건물의 임대 또는 대여와 직접 관련이 없는 청구인에게 쟁점1매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(16) 쟁점②-1에 대하여 본다.

통상적인 부동산 개발사업의 경우, 사업시행사가 사업과 관련된 도로부지의 매입비용을 부담하여 도로를 건설한 후 관련 법령에 따라 이를 지방자치단체 등 관리청에 기부채납하는 것이 일반적이고, 이에 따라 사업절차가 진행되면 지방자치단체가 도로부지의 매입자금을 부담하지 않더라도 완성된 도로의 소유권이 지방자치단체에게 귀속되는 것이 일반적인데, 이 건의 경우, 청구인은 쟁점2법인과 체결한 부천 테크노파크 사업추진 협약서에 의해 사업시행사인 쟁점2법인이 부담하여야 할 사업부지 인근 도로부지의 매입비용을 부담하였고, 쟁점2법인은 청구인이 매입한 도로부지에 도로건설공사를 시행하였으며, 이에 따라 건설된 도로의 소유권이 결국 청구인에게 귀속되었고, 쟁점2법인은 쟁점2건물의 소유권을 청구인이 부담한 위 도로부지 매입비용 이외에 별다른 반대급부없이 청구인에게 이전한 점 등을 감안하면, 쟁점2건물이 비록 기부채납의 형식으로 청구인에게 소유권이 이전되었으나, 청구인은 이를 유상으로 취득한 것으로 보이고, 청구인은 쟁점2법인으로부터 취득한 쟁점2건물을 연구기관 등에 유무상으로 임대하고 그에 대한 부가가치세를 신고하였으므로 쟁점2건물의 취득과 관련된 쟁점2매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당하는 것으로 보인다. 따라서 부가가치세의 과세사업인 부동산임대업에 사용되고 있는 쟁점2건물의 취득과 관련된 매입세액인 쟁점2매입세액의 공제를 구하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(17) 쟁점②-2에 대해서는 쟁점②-1에서 쟁점2매입세액을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보았기 때문에 심리의 실익이 없어 그 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.