국심1994서3764 (1994.12.09)

취소

소유권이전등기접수일은 93.6.25 이므로 구공장의 양도일은 92.12.4 이어서 처분청이 91.12.31 개정된 법령에 의하여 공장입지기준면적을 초과하는 토지에 대하여 법인세 및 특별부가세를 감면배제한 처분은 정당함.

조세감면규제법 제42조【공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제】

국심1994광2293

OO세무서장이 93.12.16 청구법인에게 결정고지한 92.1.1～92.12.31 사업년도분 법인세 267,357,879원 및 특별부가세354,272,656원 합계 621,630,530원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

주식회사 OOO(이하 “청구법인“이라 한다)는 73.12.31 취득한 서울특별시 강서구 O동 OOOOOO 외 7필지 공장대지 4,732.2㎡ 및 건물 900.9㎡(이하 “구공장“이라 한다)를 91.3.18 청구외 OO주택조합과 매매대금 108억원에 양도계약을 맺어 계약당일에 20억원을 수령하고 91.5.11 중도금 30억원을 수령하였으나 당초 잔금청산일인 91.6.30 에 위 OO주택조합측의 계약불이행으로 잔금을 수령하지 못하고 92.12.4 이 되어서야 잔금청산을 하고서 93.6.25 위 OO주택조합으로 소유권이전등기를 경료했으며, 청구법인은 경기도 송탄시 OO동 OOOOOOO, 공장대지 10,152.3㎡ 지상에 건물 7,773.5㎡(이하 “신공장“이라 한다)를 93.11.30 신축하여 94.3.12 현재 가동중에 있는 법인으로서 청구법인은 92.1.1～92.12.31사업년도분 법인세신고시 조세감면규제법 제42조 제1항에 의한 법인세 2,660,473,093원(구공장 양도차익에 따른 법인세전액 해당분) 및 특별부가세 2,072,456,824원(구공장 양도차익에 따른 특별부가세 2,590,571,031원의 80%임)을 감면세액으로 하여 신고(신고일자 93. 3.31)하고 법인세 1,458,858,050원 및 특별부가세 518,114,270원을 납부하였다.

처분청은 공장지방이전에 따른 법인세감면규정과 관련된 조세감면규제법시행령 제36조 제6항을 적용함에 있어서 구공장의 양도시기는 실제 잔금수령일인 92.12.4 이므로 감면적용판단기준일도 92.12.4 이 된다 하여, 91.12.31 개정된 위 시행령 제36조 제6항의 규정을 적용하여 공장입지기준면적을 초과하는 토지(1,534.4㎡)에 대한 법인세 및 특별부가세 감면을 배제하고 93.12.16 청구법인에게 92.1.1～92.12.31사업년도분 법인세 267,357,879원 및 특별부가세 354,272,656원 합계 621,630,530원을 추가로 과세하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.2.12 심사청구를 거쳐 94.6.7 심판청구를 하였다. (청구법인은 추가로 과세된 당해처분뿐만 아니라 당초 특별부가세 감면신청도 잘못되었다하여 구공장 양도차익에 따른 법인세 및 특별부가세 전액을 면제해 주어야 한다고 불복하고 있음)

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

공장지방이전에 따른 법인세 감면규정과 관련된 조세감면규제법 시행령 제36조 제6항이 91.12.31 대통령령 제13545호로 개정되면서 동 부칙 제2조(일반적 적용례)에서 “개정법률 중 소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세년도분부터 적용한다”고 규정하고 있음에도 불구하고, 다시 부칙 제3조 제1항에서 “..... 제36조 제6항.....의 개정규정은 92.1.1 최초로 양도하는 것부터 적용한다”라는 경과규정을 둔 것은 과세대상이 될 원인행위를 한 이후에 세법이 불리하게 개정되고 과세대상행위가 완성될 시점이 개정된 세법시행일 이후에 도래하게된 경우에 일반법리에 따른 위 부칙 제2조를 그대로 적용하게 되면 납세의무자의 신뢰에 반하게 되므로 신뢰를 보호하기 위한 예외 규정으로 위 부칙 제3조 제1항의 규정을 둔 것으로 보아야 한다는 대법원 판례에 따라 구공장의 양도에 따른 감면적용판단기준일은 OO주택조합과 구공장 양도계약을 한 계약일인 91.3.18 이 되며, 따라서 88.12.31 신설되고 91.12.31 개정전인 조세감면규제법시행령 제36조 제6항을 적용하여야 하며, 이 경우 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항에 의거 법인세 및 특별부가세가 전액면제되므로 비록 청구법인이 세법의 착오로 법인세는 전액면제를 신청하고 특별부가세는 신공장 투자액이 구공장 양도가액의 80%에 해당될 것을 예상하여 구공장 양도차익에 따른 특별부가세 2,590,571,031원의 80%인 2,072,456,824원만 감면을 신청하였다고 하더라도 흡수설에 따라 구공장 양도차익에 따른 법인세 및 특별부가세 전액을 면제해 주어야 타당하다.

나. 국세청장 의견

조세감면규제법 제42조(공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제) 제1항 및 제2항에서 공장지방이전을 위하여 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 법인세와 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있고, 동법시행령 제36조 제6항에서 공장입지기준면적을 초과하는 부분은 법 제42조의 규정을 배제하고 있는데, 이 규정은 91.12.31 개정된 규정으로 개정전에는 양도소득세 감면배제만 규정하고 있다가 개정시 법인세 및 특별부가세 감면배제를 규정하게 됨으로써 처분청이 양도시기를 실제잔금청산일(92.12.4)로 보아 개정후 동 규정을 적용하였음을 알 수 있는 바, 청구법인은 양도시기를 중도금 수령일이나 계약상 잔금약정일로 보아야 하며, 이 때 규정되지 않았던 감면배제에 관한 사항을 개정후 동 규정을 적용함으로써 감면배제한 처분은 부당하다고 주장하므로 구공장의 양도시기가 언제인가를 판단해야 하는 바, 조세감면규제법상 취득 및 양도시기에 관한 규정은 없으나 법인세법시행령 제124조의2 제3항에 취득 및 양도시기에 관하여 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용하도록 하고 있으므로 청구법인이 실제잔금청산일은 92.12.4 이라는데 다툼이 없고, 이 건 소유권이전등기접수일은 93.6.25 이므로 구공장의 양도일은 92.12.4 이다.

따라서 처분청이 91.12.31 개정된 법령에 의하여 공장입지기준면적을 초과하는 토지에 대하여 법인세 및 특별부가세를 감면배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 공장지방이전에 따른 법인세 등 감면과 관련하여 구공장 양도계약일과 양도시기(잔금청산일) 사이에 관련 감면규정이 납세자에게 불리하게 개정된 경우 어느 때의 규정을 적용하여 감면여부를 판단함이 타당한지 여부

(2) 당초 특별부가세 세액면제신청시 산출세액의 80%만 신청하였으나 관련법령에 의거하여 특별부가세 산출세액 전액을 면제하여야 한다는 주장의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련규정

(1) 조세감면규제법 제42조(공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제) 제1항에서 『대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득과 국가·지방자치단체로부터 지급받은 이전보상금에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세를 면제한다』고 규정하면서, 제2항에서 『대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 있고, 제5항에서 『제1항 및 제2항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액면제신청서 등을 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다』고 규정하고 있으며, 동법시행령 제36조 제1항에서 『법 제42조의 규정에 의하여 면제하는 세액은 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액 중 적은 금액으로 한다. 이 경우 이전 전의 공장(이하 이조에서 “구공장”이라 한다)의 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니하는 자산이 있는 경우에는 장부가액을 말한다)과 공장의 이전과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금의 합계액으로 하고, 이전후의 공장(이하 이조에서 “신공장”이라 한다)의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다. (89.12.30 개정)

1. 면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. 면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율(100분의100을 초과하는 경우에는 100분의100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액』이라고 규정하고 있고, 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 면제세액을 계산함에 있어서 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전함으로써 신공장의 대지 면적이나 공장가액을 알 수 없는 경우에는 제5항의 규정에 의한 공장의 시공일·준공일 또는 취득일까지는 구공장의 대지면적 및 구공장의 가액 이상의 공장을 시공·준공 또는 취득한 것으로 본다(86.6.30 개정)』고 규정하고 있으며, 제3항에서 『법 제42조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세·특별부가세 또는 양도소득세를 면제받고자 하는 내국인은 공장양도일이 속하는 과세년도의 과세표준신고(거주자인 경우에는 자산양도차익예정신고를 포함한다)와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 다음의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다.

1. 공장의 이전을 완료하여 사업을 개시하고 구공장을 양도하는 경우에는 재무부령이 정하는 이전완료보고서와 사업자등록증 사본

2. 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우에는 재무부령이 정하는 이전계획서』라고 규정하면서, 제6항에서 『거주자가 공장을 지방으로 이전하기 위하여 양도하는 구공장의 대지 중 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준초과 용지가 있는 경우 그 기준초과용지에 대하여는 법 제42조 제2항의 규정을 적용하지 아니한다. (88.12.31 신설)』고 규정하고 있는 바, 이 건에서 문제가 되고 있는 위 제6항은 91.12.31 개정되어 『구공장 또는 신공장의 대지가 재무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 제1항 내지 제5항 및 법 제42조의 규정을 적용하지 아니한다. (91.12.31 개정)』고 규정되었고, 이에 관한 동 시행령부칙(1991.12.31 대통령령 제13545호) 제2조(일반적 적용례)에서 『이 영중 소득세 또는 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세년도부터 적용한다』고 규정하면서, 동 부칙 제3조(양도소득세 등의 감면에 관한 적용례등) 제1항에서 『...제36조 제6항...의 개정규정은 1992년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 것부터 적용한다』고 규정하고 있다.

한편, 조세감면규제법 제2조(용어의 정의) 제1항 본문에서 “이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다”면서 제1호에서 『이 법에서 “내국인”이라 함은 소득세법 제1조의 거주자 또는 법인세법 제1조의 내국법인을 말한다』고 규정하고 있고, 소득세법 제1조 제1항 제1호의 “거주자”라 함은 “국내에 주소를 두거나 1년이상 거소를 둔 개인”을 말한다고 규정하고 있다.

(2) 조세감면규제법 제66조(특별부가세의 비과세 및 감면의 배제)에서 『법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이 법 또는 다른 법률 중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다』고 규정하면서, 동법시행령 제54조(특별부가세의 비과세 및 감면의 배제)에서 『법 제66조에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 1981년 1월 1일 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련 이 없는 부동산판정기준에 해당하는 것을 말한다(개정 85.12.31)』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 처분경위

(1) 청구법인은 구공장을 OO주택조합과 매매대금 108억원으로 양도하기로 91.3.18 계약을 하면서 20억원을 수령하고 91.5.11 중도금 30억원을 수령하였으나 잔금 58억원은 당초계약서상 잔금지급일인 91.6.30 수령하지 못하고 92.12.4 수령하였음과 청구법인이 92.1.1～92.12.31사업년도분 법인세과세표준신고시(신고일자 93.3.31) 아래와 같이 세액면제(감면)신청서를 제출하면서 신고·납부하였음이 확인되며 이러한 사실에 대하여 청구법인과 처분청은 다툼이 없음이 관련자료에 의거 확인된다.

- 아 래 -

(2) 처분청은 청구법인의 위 신고에 대하여 서면분석을 하면서 청구법인이 실제로 잔금을 수령한 92.12.4이 구공장의 양도일이라 하여 전시한 91.12.31 개정후의 조세감면규제법시행령 제36조 제6항을 적용하여 공장입지기준면적(3,202.7㎡)을 초과하는 토지(1,534.4㎡)에 해당하는 법인세 및 특별부가세 감면을 배제하여 법인세는 신고감면세액 2,660,573,093원 중에서 감면세액 2,426,005,064원만 인정하고 기준면적 초과부분 상당세액인 234,568,029원을 감면배제하여 이에 가산세 등을 합하여 267,357,879원을 추가로 과세하고, 특별부가세는 신고감면세액 2,072,456,824원 중에서 감면세액 1,751,441,369원만 인정하고 기준면적초과부분 상당세액인 321,015,455원을 감면배제하여 이에 대한 가산세 등을 합하여 354,272,656원을 추가로 과세하였음이 인정된다.

(3) 청구법인은 처분청이 93.12.16 전시한 법인세 및 특별부가세를 추가로 과세하였으므로 이 건 처분외에 당초신고한 내용도 흡수설에 의거 다툴 수 있다고 주장하면서, 세법의 착오로 특별부가세를 전액면제신청을 하여야 할 것을 산출세액의 80%만 신청하였으므로 당초 신고·납부내용을 포함하여 법인세는 2,660,573,093원, 특별부가세는 2,590,571,031원 전액을 면제해서 경정하여야 한다고 주장하고 있다.

라. 관련법령의 개정이 있을 경우, 구공장 양도에 따른 감면적용판단기준일을 계약일로 보아 개정전의 관련규정을 적용할 수 있는지 여부

(1) 전시한 조세감면규제법시행령 제36조 제6항은 『거주자가 공장을 지방으로 이전하기 위하여 양도하는 구공장의 대지 중 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준초과용지가 있는 경우 그 기준초과용지에 대하여는 법 제42조 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.(88.12.31 신설)』에서 1991.12.31 대통령령 제13545호에 의하여 『구공장 또는 신공장의 대지가 재무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 제1항 내지 제5항 및 법 제42조의 규정을 적용하지 아니한다. (91.12.31 개정)』로 개정 되었는 바, 91.12.31 개정전의 동 조항은 “개인인 거주자에게 해당되는 조항으로서 공장지방이전시 기준초과용지가 있는 경우 그 기준초과용지에 대하여는 양도소득세 감면을 배제한다”고 규정하고 있을 뿐 법인의 법인세에 대하여는 기준초과용지 여부에 관계없이 조세감면규제법 제42조 제1항에 의거하여 면제하는데 어떠한 제한도 두고 있지 않고 다만, 특별부가세의 경우 전시한 조세감면규제법 제66조 및 동법시행령 제54조에 의하여 “1981년 1월 1일 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산판정기준에 해당하는 것” 즉 위 기준초과용지에 대해서 동법 제42조 제2항에 규정한 감면을 배제하고 있는데 반하여, 91.12.31 개정후의 시행령 제36조 제6항의 규정은 “개인인 거주자 및 법인을 막론하고 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 제42조의 규정을 적용하지 아니하므로 공장입지기준면적을 초과하는 부분은 법인세·특별부가세 및 양도소득세 감면을 배제한다”고 해석된다.

(2) 이 건의 경우, 91.12.31 개정전 조세감면규제법 시행령 제36조 제6항의 규정을 적용하게 되면 청구법인은 쟁점부동산을 73.12.31 취득하였으므로 동법 제66조 및 동법시행령 제54조에도 해당되지 않아 구공장양도에 따른 법인세 및 특별부가세는 기준초과용지에 관계없이 면제되나, 91.12.31 개정후의 동법시행령 제36조 제6항의 규정을 적용하게 되면 기준초과용지부분의 법인세 및 특별부가세는 감면이 배제되므로 청구법인의 구공장양도에 따른 감면적용판단기준일을 계약일(91.3.18)로 볼 것인가, 아니면 실제잔금청산일(92.12.4)로 볼 것인가에 따라 법적용 여부가 달라지게 되어 여기에 대하여 살펴본다.

(3) 전시한 조세감면규제법시행령 부칙(1991.12.31 대통령령 제13545호) 제2조(일반적 적용례)에서 『이 영중 소득세 또는 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세년도부터 적용한다』고 규정하면서, 동 부칙 제3조 제1항에서 『... 제36조 제6항...의 개정규정은 1992년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 것부터 적용한다』고 규정하고 있는 바, 세법의 개정이 있는 경우에는 각 세법에 정한 과세요건이 완성되어 납세의무가 성립된 당시에 시행하는 법률에 의하여 납세의무의 유무와 그 내용범위가 결정되고 이러한 법리를 확인하는 의미에서 같은 개정시행령 부칙 제2조가 일반적 적용례라는 제O아래 “소득세 또는 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세년도부터 적용한다”고 규정하고 있음에도 불구하고 다시 동 시행령부칙 제3조 제1항의 경과 규정을 둔 것은 과세대상이 될 원인행위를 한 이후에 세법이 불리하게 개정되고 과세대상행위가 완성되는 시점이 개정된 세법시행일 이후에 도래하게 된 경우에 위의 일반법리에 따른 위 부칙 제2조를 그대로 적용하게 되면 납세의무의 존부와 그 내용범위에 관한 납세의무자의 신뢰에 반하게 되므로 이러한 납세의무자의 신뢰를 보호하기 위하여 위의 일반원리에 따른 위 부칙 제2조에 대한 예외를 규정할 필요에 의하여 위 부칙 제3조 제1항의 규정을 두게 된 것으로 볼 것이고 동 규정은 조세의무의 존부 및 범위에 관한 납세의무자의 신뢰를 보호하고 조세법 적용에 관한 예측가능성과 법적 안정성을 보장하여 납세자의 재산권에 대한 부당한 침해를 방지하기 위한 필요에서 규정한 것으로 풀이되는 점에서 동 부칙 제3조 제1항은 조세감면규제법시행령 제36조 제6항의 규정이 납세의무자에게 불이익하게 개정됨에 따라 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라 할 것이다. (대법 91다4348, 91.4.12 및 국심 94광2293, 94.10.26 같은 뜻임)

그렇다면 이 건의 경우처럼 위에서 본 91.12.31 개정된 조세감면규제법 시행령 제36조 제6항의 시행일 이전에 양도계약(91.3.18)이 있었던 구공장 양도에 따른 감면적용여부 판단기준일을 계약일인 91.3.18 로 보아 91.12.31 개정 전의 구 조세감면규제법 시행령 제36조 제6항과 동법 제66조 및 동시행령 제54조가 적용되어야 하므로 구공장양도차익에 따른 법인세 및 특별부가세는 면제되어야 타당하며, 처분청이 91.12.31 개정후의 위 시행령 제36조 제6항을 적용하여 공장입지기준면적초과분에 해당하는 법인세 및 특별부가세의 감면을 배제하여 전시한 세액을 추가로 과세한 것은 위법한 처분이라고 판단된다.

마. 구공장양도차익에 따른 특별부가세 산출세액전액을 면제해 주어야 한다는 주장의 당부

한편 청구법인은 당초 구공장 양도차익에 따른 세액면제신청시 법인세는 전액(2,660,573,093원) 면제신청하고 특별부가세는 감면신청할시에 세법의 해석 착오로 감면대상세액의 80%만 신청하였으나, 처분청이 청구법인의 신고 내용을 서면분석한 결과 추가로 과세하였으므로 흡수설에 의하여 당해 불복 청구에서 당초 신고·납부내용도 다툴 수 있다고 하면서 구공장 양도차익에 따른 법인세 및 특별부가세를 100% 전액 면제해 주어야 한다고 주장하고 있고 전시한 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항에서도 법인세 및 특별부가세를 전액면제해주도록 규정하고 있으나, 조세감면규제법 제42조 제5항에서 “세액면제 신청은 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액면제신청서 등을 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있고, 또한 청구법인 스스로 당초 특별부가세 세액면제신청시 구공장 양도가액에서 신공장 예상투자액이 차지하는 비율이 80%가 될 것이라 예상하여 구공장 양도차익에 따른 특별부가세 산출세액 2,590,571,031원의 80%인 2,072,456,824원을 면제신청하였으며, 실제로 신공장 투자액이 구공장양도가액의 76% 상당임이 추정되므로 법인세는 전액면제하되 특별부가세는 구공장 양도차익에 따른 특별부가세 산출세액 전액이 아닌 청구법인이 면제신청한 2,072,456,824원만 면제하는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.