[청구번호]조심 2017서2707 (2017. 10. 17.)

[세목]법인[결정유형]기각

[결정요지] 「조세특례제한법」제10조를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 직원으로서 연구업무에 종사하는 연구요원 등의 인건비에 대하여만 세액공제를 인정하고 있는 점, 이 건의 경우 세액공제를 부인한 연구원의 쟁점인건비 상당액은 처분청이 세무조사과정에서 확보한 조직도, 구내전화번호부, 조직구성도 및 근태부에 의해 연구개발 업무부서 외에 소속되어 근무한 것으로 확인되는 점, 이들이 실제 기안한 품의서 등에서도 영업부와 관리부 등 연구소 외의 부서에서 업무를 수행하였다는 사실이 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비를 부인하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨

[관련법령] 국세기본법 제10조 / 국세기본법 제81조의2 / 법인세법 제67조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.OOO장(조사2국장, 이하 “조사청”이라 한다)은 2016.9.21.부터 2016.10.20.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과 청구법인이 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받은 연구소 직원 인건비 중 일부 직원들은 연구소 외의 부서에 소속되어 있거나, 연구 외의 기타업무에 종사한 직원의 인건비(이하 “쟁점인건비”라 한다)를 세액공제 받은 사실을 확인하였다.

나. 조사청은 조사대상기간 중 연구 및 인력개발비 세액공제 요건에 해당하지 않는 직원들에게 지급된 인건비에 대한 세액공제 신청액을 다음 <표1>과 같이 부인하고 이를 통보함에 따라 처분청은 2017.1.9. 청구법인에게 OOO원을 2017.1.9. 각 경정 고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2017.4.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 기업부설연구소의 개요 및 인사발령 현황

청구법인은 소프트웨어 개발·공급업과 의료·미용기기 제품 등에 적용되는 전기, 전자제품의 기술개발과 함께 관련 제품을 제조하고 있으며, 최근 3년 사이에 20여 가지의 신제품을 출시할 만큼 지속적인 연구 활동을 하고 있다.

청구법인의 연구소는 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보하고 있고, 연구개발활동에 직접 사용하는 기계, 기구 및 재료를 구비하여 「기초연구진흥 및기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」 제2조제1항의 연구시설 및 전담요원 요건을 충족하고 있다.

참고로, 청구법인의 연구개발업무는 연구소에서 이루어지고 있지만, 연구결과물의 성능 테스트 등은 생산관리부에 별도로 설치된 품질관리 및 신뢰성 테스트에 사용하는 설비 등을 함께 사용하는 경우가 있으나 인력이 생산관리부서와 연구소 전담요원으로 명확히 구분되므로 연구소 연구전담요원의 인건비에 대하여만 세액공제를 신청하였다.

청구법인은 수차례에 걸쳐 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제27조 제1항에 의해 연구소에 관한 검증을 위탁받아 설립된 한국산업기술진흥협회 연구소인증단(이하 “인증단”이라 한다)으로부터 연구소에 대한 검증을 받았고, 인증단으로부터 서면으로 인사발령을 하는 것이 중요하다는 조언을 받은 후 연구소 직원에 대해 서면으로 인사발령하고 있다.

(2)조사청이 연구소 직원 중 연구소 외 타 부서에서 근무하는 것으로판단하는데 활용한 근거서류는 실제 근무상황과 다른 서류다.

(가) 조사청은 세무조사시 직원배치표, 조직도, 구내전화번호 및 연락처, 조직구성도와 근태부(직원 생일 기재)를 임의제출의 형식으로 받아가서 이를 근거로 청구법인이 연구소에 근무한다고 신고한 연구전담요원 중 일부를 타 부서에 근무한다고 판단하여 세액공제 대상에서 배제하였는데, 이 자료는 청구법인이 제대로 알지도 못하는 것들이며, 청구법인 직원들의 실제 근무사실을 반영한 서류가 아니므로 이 자료만을 근거로 청구법인의 연구전담요원이 연구소 외에 업무를 수행하였다고 판단하는 것은 부당하다.

(나) 조직도는 업무상 사용을 위해 작성한 것이 아니라, 대외 광고목적으로 작성된 문서로 생산부의 인원이 현저히 적어 균형을 맞추고자 작성한 것이므로 실제의 근무현황과는 차이가 있으며, 실제 업무를 진행함에 있어서 이 조직도를 제시하거나 사용한 적이 없다. 이에 대한 근거로 조직도 상 생산관리팀으로 표시된 OOO는 개발업무 중 하드웨어 신뢰성 테스트 및 성능향상 개발 업무를 수행하고 있는데, 테스트기의 설치장소가 생산부 있어 연구소에 배정된 자리를 두고 있으면서도, 자주 생산부의 테스트기 설치장소에서 성능테스트 업무를 수행하였고, 업무 특성상 개선사항을 파악하여 신규 연구개발에 적용하기 위해서 생산부와 밀접한 관련이 있을 수밖에 없는 상황이다.

인증단에서 청구법인의 연구소 현지확인 실사 때에도 조직도 상 생산관리팀으로 표시된 OOO를 비롯한 연구전담요원들의 전담 여부와 연구활동 내역을 검증한 바 있으며 연구전담요원으로 인정받은 바 있다.

(다) 구내전화번호 및 연락처도 실제 근무상황이 반영되지 않은 서류이다. 청구법인은 연구원의 연구효율성을 높이기 위해 지정 PC로 작업하는 연구전담요원 외에는 별도의 좌석이 지정되지 않고 각자의 업무편의에 따라 연구 개발 업무를 진행하도록 하고 있는 회사정책을 시행하고 있으며, 자금여력 상 연구전용장비를 구매하지 못해 연구개발에 과정 중 ‘성능 및 품질에 대한 테스트’ 과정을 생산관리부서에 설치된 장비로 진행하고 있어 연구전담요원이 상주하는 생산관리부서를 연락처로 기재한 것일 뿐이다. 이러한 사실은 아예 소속부서를기재하지 않은 구내전화번호 및 연락처도 있다는 점에서 인정할 수 있다.

상기와 같은 사유로 제품개발의 일환인 성능 및 신뢰성 테스트를 수행하였던 OOO이 구내전화번호부에서는 생산부로 표기된 것이며, OOO은 2014년 8월부터 연구소에 근무하였으나 2015년 2월말부터 국내영업부로 보직 변경되어 근무부서가 다르게 표시된 것일 뿐이다.

(라) 근태부 자료도 직원들의 생일을 관리할 목적으로만 작성한 문서로 근무내용을 공식적으로 확인할 공식자료가 아니다.

OOO이 제1공장 소속으로 표시되어 있었던 것은 연구개발 업무를 수행하지만, OOO은 제품 공정 및 성능 개선 작업, OOO은 제품 신뢰성 테스트를 제1공장에서 주로 수행하여 직원생일 파악시 제1공장으로 표기된 것일 뿐이고, 관리부로 표기된 OOO 2015년 7월 연구소 소속으로 입사하였으나, 2016년 1월부터는 자재관리부로 보직 변경하여 2016.9.12. 수정된 2015년 근태부에 관리부로 표기된 것이다.

(3)연구전담요원 상시 인원을 3명 미만으로 보아 연구소 직원 인건비 전액을 세액공제 부인한 처분에 대한 반론

「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 근거한 기업부설연구소로 인정받은 후 인증단의 현장검증 및 서면검증을 받았고, 검증 결과 연구소의 현황 및 연구전담요원의 인원수 및 연구 전담 여부가 법률이 정한 기준에 적합하다는 판정을 받아 현재까지 적격 연구소로 인정받아 왔다.

이와 같이 인증단이 적격 연구소로 인정하였음에도, 연구소 적격여부 검증권한이 없는 조사청이 인적요건을 자체 조사하여 “연구소 전담요원 인원 수” 부족을 사유로 연구소 요건 미충족으로 판단하였는데, 조사청은 요건충족 여부를 최종판단할 권한이 없고, 보직변경이 수시로 있는 소기업의 연구전담요원의 근무현황을 감안할 때 수개월 내지 수년이 경과한 시점에서 특정 시점에서 작성된 서류만 가지고 사실 판단하는 것은 기업의 실상을 정확히 반영할 수 없으며, 조직도, 전화번호 등은 체계적 관리가 되는 대기업과 달리 실무담당자들의 편의에 의해 작성되는 경우가 많아 기업의 실제근무상황이 반영된 서류로 볼 수 없다.

따라서, 연구전담요원의 소속 및 전담 여부에 대한 판단은 청구법인이 공식적으로 직원들에게 통지한 실제 인사발령서에 의하는 것이 가장 타당할 것이며, 인사발령서에 의할 경우 청구법인의 연구소는 기업부설 연구소 요건을 충족한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점인건비가 세액공제대상 인건비에 해당한다고 주장하나 이는 조사청이 확인한 사실과 다르다.

조사청은 청구법인에 대한 조사기간 중 청구법인 내부의 PC 등에서 작성일자 등을 확인할 수 있는 구내전화번호 및 연락처, 직원조직도, 직원 생일확인 명단(상단에 근태부로 기재하여 보관중), 출력본 및 전산 파일 등을 확인하고 청구법인의 동의하에 이를 제출받은 사실이 있다.

상기 전산자료는 청구법인이 실제 필요에 따라 작성하여 보관중인 내부 서류로서 여기에 기재되어 있는 근무자의 담당부서 및 근무배치도는 해당 근무자의 실제 근무부서 및 담당업무를 확인할 수 있는 실질적인 증빙서류로서 청구법인이 주장하는 것처럼 임의 또는 오류로 작성되었다고 볼 근거가 없다.

조사청은 조직도, 구내전화번호 등이 실제 소속을 판단할 수 있는 서류인지를 대사하기 위해 업무집행 서류인 청구법인 내부품의서를 확인하였는데, 2015년 송년회 직원선물 구매, 전시회 부스 구매와 관련 청구법인 내부품의서 등을 보면 상기 기안 내용은 회사 영업부 및 관리부서에서 작성된 서류들로 내부기안 팀장 등은 OOO등으로 기재되어 있는바, 이는 조사청이 확보한 서류와실제 회사내부 근무 현황과 일치한다.

이와 같이 조사청은 상기 내부 자료에 의해 실제 연구소 외 기타근무부서에 근무한 것이 확인된 연구소 직원의 명단을 확인하고 이에 근거하여 관련된 인건비를 세액공제시 배제하여 결정하였으며 조사청이 연구소 외 근무사실을 확인하지 못한 이외 연구소 직원들에 대한 인건비 등에 대해서는 청구법인의 제출서류 내용대로 인정하였다.

아울러, 청구법인은 제출한 인사발령장이 공식적인 서류라는 취지의 주장을 하고 있으나 동 서류는 청구법인도 주장한 바와 같이 인증단의 검증을 받기 위해 작성한 것으로 조사청이 확인한 실지 조사결과가 소명한 내용과 다르게 나타날 경우 실제 조사결과에 따라 경정하는 것이 실질과세 원칙에 부합하는 것으로 볼 수 있다.

(2)연구소 인원요건 미충족에 따른 세액공제 부인 관련

「기초연구법 시행령」 제16조의2 제1항에 따른 기업부설 연구기관 전담요원 수에 관한 규정을 살펴보면, 청구법인과 같이 소기업자가 설립한 기업부설 연구기관인 경우 연구전담요원은 3명 이상으로 하도록 규정되어 있는바 조사청이 조사를 통해 확인한 월별 실제 연구 전담 근무 직원 수를 살펴보면 2013년과 2014년은 연평균 연구소 인원이 3명 미만으로 상기 연구전담요원 수를 충족하지 못하는 것이 확인된다.

따라서, 조사청은 상기의 사유로 연구전담요원 수를 충족하지 못하는 기간 동안의 연구 전담 직원 인건비에 대해 「조세제한특례법 시행령」별표 6에 기재된 기획재정부령으로 정하는 연구 전담부서 근무 및 연구개발 서비스업에 종사하는 자의 인건비 해당 요건을 충족하지 않은 것으로 보아 해당 세액의 공제를 부인한 것이다.

「조세특례제한법 시행규칙」 제7조 제3항에서 “기획재정부령으로정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들이연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다고 규정하고 있으며,

조사청은 세액공제요건을 명시한 위 규정에 따라 청구법인의 연구소가 세액공제 요건에 해당하는지 여부를 조사하여 이 사건 과세처분을 결정한 것으로 조사청과 검증방법과 검증목적이 다른 인증단의 검증결과대로 세액공제대상 여부를 결정하는 것은 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제10조 [연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우: 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법시행령

제8조 [연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제7조【연구 및 인력개발비의 범위】③ 영 별표 6의 제1호 가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

④ 영 제9조 제1항 제1호 및 제2항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사람"이란 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

(4) 기초연구법 시행령

제16조의2【기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준】① 법 제14조의2 제1항에서“연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관”이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 미래창조과학부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설 연구기관 : 5명 이상. 다만, 「중소기업기본법 시행령」제8조 제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 소프트웨어 개발·공급업과 의료기기·미용기기 등을 제조 및 판매하는 사업을 영위하는 법인으로 청구법인 부설 연구소를 운영하면서 2013년부터 2015년까지의 기간에 대한 연구 및 인력개발비 관련세액 OOO원을 법인세 신고시 공제하여 신고하였다.

(2) 청구법인은 조사기간 중 연구소 운영방법 등에 대해 <표2>와 같이 소명서를 제출하였다.

(3) 청구법인은 인증단의 조언을 받은 후 실제 연구소에서 근무하는 직원들에 대해서는 공식적인 인사발령을 하여 왔다고 주장하며 인사발령장을 제출하였고, 인사발령장을 기준으로 연도별 소속, 직책 등을 재정리하면 <표3>과 같다.

(4) 청구법인은 조사청이 판단의 근거로 활용한 청구법인의 조직도,구내전화번호 및 연락처, 근태부와 연도말 기준으로 작성(작성일 미상)한 직원배치표의 부서명, 인원이 일치하지않아 판단의 근거로 사용하기에는 신뢰성이 낮다고 주장하며, <표4>, <표5>, <표6>과 같이 비교표를 제출하였다.

(5) 청구법인은 신제품 개발 후 매년 수십개의 의장권을 등록하고 우수디자인 상품으로 선정되는 등「기초연구진흥 및기술개발지원에 관한 법률 시행규칙」에서 인정받은 대로 지속적으로 연구개발 활동을 수행하고 있다고 주장하며 OOO를 제출하였다.

(6) 조사청이 청구법인 연구소 직원인건비 중 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 조사청은 세무조사시 청구법인의 사업장에서 작성·보관된 <표7>의 서류를 연구소 직원의 실제 근무부서 판단에 활용하였다.

(나) 연구소 직원의 인건비 세액공제 부인은 1차적으로 연구소 외 부서에 근무하거나 연구업무만을 전담하지 않는 것으로 확인된 직원의 인건비에 대한 세액공제를 부인하고, 1차 부인된 연구인원을 제외한 연구소 인원이 3명미만으로 계산된 사업연도는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조의2 제1항의 규정에 따른연구소 요건 미충족을 사유로 연구소 소속인원의 인건비 전액을 부인하였다.

(다)처분청은 연구원으로 신고되어 있는OOO이 청구법인이2013년 7월 작성한조직도에는 생산관리팀으로 등재되어 있는 사실을 확인하고 이들의 2013년 인건비를 세액공제 부인하였다.

(라) 청구법인이 2014년 10월 작성한 구내 전화번호 및연락처 서류에서OOO에 소속된 사실을 확인하고, 연구소 외 근무를 사유로 이들의 2014년 인건비를 세액공제 부인하였다.

(마)청구법인이 작성·보관하고 있는 2015년 근태부(직원 생일이 기재된 명세)에서 OOO에 근무하고 있는 사실을 확인하고 이들의 2015년 인건비에 대한 세액공제를 부인하였다.

(바)조사청은 사실판단의 근거로 활용한 청구법인의 조직도, 구내전화번호 및 연락처, 조직구성도, 근태부(직원생일) 서류가 실제근무내역을 반영한 서류인지를 검토하기 위해영업부와 관리부에서 작성한 품의서 및 품의서 첨부서류인 견적서를 대사하였고, 검토결과 근거서류가 실제근무사실을 나타내고 있으며, 인건비 부인대상 연구원들이 연구소 외에 근무한 사실을 확인하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법」제10조를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 직원으로서 연구업무에 종사하는 연구요원 등의 인건비에 대하여만 세액공제를 인정하고 있는 점, 전담부서의 지원인력의 경우에도 연구업무에 종사하는 연구요원의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 한하여 그 인건비에 대한 세액공제를 인정하고 있는 점 등을 종합해보면, 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용된다고 해석하여야 할 것이며, 나아가 연구업무 외의 다른 업무는 연구업무 전담연구원의 연구업무 수행과 직접적인 관련성을 갖는다는 사정이 인정되지 않는 한 연구업무에 포함되는 것으로 해석할 수 없다고 할 것이고, 과세대상인 인건비가 비과세 혹은 면세대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있다고 할 것인바(대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결, 서울고등법원 2011.2.10. 선고 2010누25635 판결, 같은 뜻임),

이 건의 경우 세액공제를 부인한 연구원의 쟁점인건비 상당액은 처분청이 세무조사과정에서 확보한 조직도, 구내전화번호부, 조직구성도 및 근태부에 의해 연구개발 업무부서 외에 소속되어 근무한 것으로 확인되는 인건비이며, 이들이 실제 기안한 품의서 등에서도 영업부와 관리부 등 연구소 외의 부서에서 업무를 수행하였다는 사실이 확인되는 점 등에 비추어 해당 연구원들이 연구업무에 전담하였다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 보이므로 처분청이 쟁점인건비에 대한 세액공제를 부인하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.