조심 2012서0523 (2012.08.06)

법인

경정

쟁점인건비 ○,○○○백만원 중 □□□백만원 상당액은 연구개발 업무와 무관한 각종 시험의 원서접수 등 일상업무를 주로 하고 지출된 비용으로 보이고, △△△백만원 상당액은 전업적으로 연구개발을 한 것이 아닌 겸업자임이 성과평가서에 나타나는 점 등에 비추어, 청구법인의 연구개발 인력이 운영부서 업무에 일시적으로 관여하였다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 보이므로 처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

법인세법 제24조/ 법인세법 제25조/ 조세특례제한법 제10조

국심1997광0893

조심2013부3868 / 조심2013서0773 / 조심2014중3244/조심2016서3647 / 조심2017구0277

OOO세무서장이 2011.10.12. 별지와 같이 청구법인에게 한 법인세OOO원의 부과처분은 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도부터 2009.4.1.～2010.3.31.사업연도까지의 대학발전기금 중 접대비로 본 OOO원을 법정기부금으로 손금산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 입시 및 교육 전문기업으로서 주된 수입은 전국 대학을 상대로 한 대입원서접수 대행수수료, 대학 광고를 청구법인이 운영하는 홈페이지 및 청구법인이 발행하는 대입정보안내 잡지 “OOO”에 게재하는 대가로 받는 광고수수료, 배너광고제작 수입 및 유료컨텐츠 수입 등으로 구성되어 있으며, 그 수입 중 일부인 OOO원(이하 “대학발전기금”이라 한다)을 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도부터 2009.4.1.～2010.3.31.사업연도까지(이하 “이 건 사업연도”라 한다) OOO대학교 등에 지급하였다.

또한, 교육서비스 경쟁력 향상을 위해 청구법인 기업부설연구소에서 연구 업무를 수행하고 이 건 사업연도 동안 연구개발비 명목으로 인건비 OOO원(이 중에서 겸임직원인건비 OOO원을 이하 “쟁점인건비”라 한다)을 지급하였다.

청구법인은 이 건 사업연도 법인세 신고시 대학발전기금을 법정기부금으로 전액 손금산입하였고, 쟁점인건비는 「조세특례제한법」 제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2011.3.9.～2011.5.2. 기간에 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하고 청구법인이 이 건 사업연도 중에 지급한 대학발전기금 중 청구법인과 대학별 거래금액 중 일정률로 지급한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 업무관련 접대성 경비로 조사하였고, 쟁점인건비는 연구․인력 개발에 전담하지 않고 지출된 것으로 판단하였다. 이후 OOO지방국세청장은 쟁점금액을 접대비 한도초과 손금불산입하고 쟁점인건비는 쟁점세액공제를 부인하여 과세하도록 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2011.10.12. 청구법인에게 별지와 같이 이 건 사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 청구법인이 대학발전기금을 납부하는 것은 청구법인이 교육 관련 사업을 하고 있고 그 수익의 일정부분 기부를 통해 사회적 공헌을 하는 것이 그 본질이고, 대학에서 발생하는 매출은 대부분 원서접수 대행수수료로서 대학원서 접수는 한국대학교육협의회 등 관련기관으로부터 직접적인 통제와 관여 하에 있어 사실상 원서접수 대행 업무는 기부행위와 직접적인 상관성은 없으며, 청구법인은 매출이 없거나 기부금보다 적은 매출이 발생하는 대학에도 기부를 하고 있어 업무연관성의 이유로 법정기부금을 유사접대비로 판단하는 것은 상당한 무리가 있다.

특히, 형식적인 요건을 엄격히 적용하여 다소의 업무연관성이 있다고 하더라도, 그것이 공익성의 가치를 무시할 정도는 아니라고 판단되며, 업무연관성을 엄격하게 적용하면 연관성이 없는 단체는 없을 것이므로 직접적인 업무연관성이 있는 경우에 한해서 적용해야 하고, 따라서 청구법인이 대학에 기부하는 행위가 직접적으로 업무연관성이 있다고 볼 수 없다. 청구법인은 학생들을 고객으로 하며 교육과 연관된 사업을 운영하는 기업으로서 가급적이면 교육의 발전과 학생들에게 도움을 주고자 교육과 관련된 대학에 기부를 하는 것인데, 그것을 업무연관성이라는 이유로 기부금이 아니라고 부정하는 것은 논리가 미약하고, 업무적으로 어떤 구체적인 연관성이 있고, 인과관계가 있는지에 대해서 조사청이 청구법인에게 제시한 근거는 전혀 없다.

업무연관성은 기부하는 단체와 기부금을 받는 단체가 어떤 특정 분야(부서)에서 업무적인 거래 관계 유무로 판단하는 것이 아니라, 그 금전적인 혜택을 업무와 연관하여(즉, 과거에 대한 답례나 미래의 혜택에 대한 사례) 지급을 하였느냐로 해석하는 것이 법취지에 맞고, 이런 측면에서 쟁점금액은 전혀 그러한 성격의 것이 아니며, 비영리단체의 특성상 쟁점금액이 친목을 두텁게 하거나, 거래관계의 원활한 진행을 도모한다고 볼 수 없다.

조사청이 업무연관성을 주장하면서 원서접수 수수료의 10%, 15%, 20% 등을 기재한 내부결제서류를 근거로 거래처에 업무와 관련하여 지출한 접대비라고 단정하였으나, 이는 청구법인이 대학별로 기부금 지급 금액범위를 산정하기 위한 것으로 대학 측과 사전 기부약정서 등 구체적인 서면 약정을 하지는 않았지만 내부적 기준 또는 대학의 요구 등으로 관행적으로 묵시적 약정 또는 기준에 의하여 사회통념과 상관행에 비추어 아주 정상적인 기부행위인바, 접대비가 아닌 이상 기부금의 대상과 그 금액에 대한 결정은 회사의 자의적인 판단으로 하는 것이 당연하며 세무당국이 이를 제한할 수 없다.

(예비적 청구) 판매부대비용은 지급기준 또는 지급의무 없이 임의로 지출하는 접대비와는 달리 상품 등의 판매와 관련하여 거래처에 대하여 기준 또는 약정에 따라 지급의무가 발생하는 비용으로 건전한 사회 통념과 상관행에 비추어 정상적인 거래라고 인정될 수 있는 범위 내의 금액으로 기업회계기준에 따라 계상한 금액을 말하고, 「법인세법 시행령」 제19조 제1의2호에 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)은 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하도록 규정하고 있으며, 조세심판례(국심 97광893, 1997.9.5.)에 의하면 사전약정이 없더라도 장려금 지급이 관행이거나 계속하여 그 전부터 지급되고 있는 경우에는 사전약정 사실을 인정하고 그 지급과 수령의 사실이 용인되면 판매부대비용으로 인정하고 있다.

(2) 기업의 부설연구소는 궁극적으로 서비스화(상업화)를 시키는 것이 목적이고, 연구개발을 통해 구축된 시스템은 연속성의 차원에서 그 서비스가 실용화되도록 적용과 관련된 업무가 불가피하게 발생할 수밖에 없다. 청구법인의 경우 운영부서가 별도로 조직되어 있고 인력도 별도 배치되어 있지만 연구개발을 통해 연구의 결과물이 운영파트에서 어떻게 실용화되고 있는지를 분석․검토하여 차후의 개발에 적용하기 위해서는 불가피하게 운영업무에 잠시 관여하게 될 수밖에 없는 것이 엄연한 현실이며, 조사청에서는 단지 연구소 직원들이 매년 작성하는 연도별 성과평가서를 검토하고 전업적으로 연구개발 업무에 종사하지 않고 주된 영업활동 및 다른 부서 전산지원 등 업무를 겸임한 직원에 대해 세액공제를 부인하였는바, 연도별로 작성하는 연구소 직원들의 성과평가서는 직원들이 업무성과를 부풀리기 위해 모든 영역의 업무를 나열하는 것이 통상적이다. 운영이라는 용어는 실제 운영업무를 수행하는 것이 아니라 운영업무에 관여하는 것을 의미하므로 이를 근거로 연구업무에 전업적으로 종사하지 않았다고 하는 것은 부당하다 할 것인바, 연구개발 인력이 운영부서 업무에 일시적으로 관여하였다고 하여 겸임으로 보아 세액공제를 배제하는 것은 수용하기 어렵다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 청구법인의 내부결재 서류인 「2010학년도 대학별 발전기금 기부에 관한 건」에 의하면, OOO대학교 등 6곳에 원서접수대행수수료의 10%, OOO여자대학교는 원서접수대행수수료의 20%, OOO여자대학교는 원서접수대행수수료의 15%를 대학발전기금으로 지급하는 것을 신청한다고 나타나는바, 이는 쟁점금액에 대한 업무연관성이 회사내부기안서류 등의 객관적 자료를 통해 확인(회사계상 법정기부금 중 대학 매출액과 연관성이 없는 기부금은 접대성 경비에서 제외)되고 있다. 조사당시 청구법인에게 모든 대학발전기금의 내부기안서류 제출을 요구하였으나, 청구법인이 나머지 기안서류는 제출에 응하지 아니하였으며, 납세자의 지배하에 있는 서류를 납세자가 제출에 협조하지 않는 상황에서 상기의 서류만으로도 일응의 입증을 충분히 하였다고 할 것이고, 이와 같이 쟁점금액은 매출이 발생하는 전국 대학에 원서매출액 및 광고매출액을 기준으로 10%～20%로 차등하여 대학발전기금으로 지출되었기에 거래처에 업무와 관련하여 지출한 비용임이 분명하다.

청구법인과 같이 대학원서접수를 대행하고 있는 업체는 거래처를 1개 대학이라도 더 확보하기 위해 서로 경쟁관계에 있는 상황에서 적극적인 접대를 하지 않으면 당연히 불리하게 되는 것인바, 청구법인은 각 대학과의 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하고자 접대할 수 밖에 없는 구조이다. 청구법인이 제출한 자료 중 내부기안문서인 「OOO대학교 협찬의 건」품의서에도 “작년까지 OOO(원서접수 대행업체) 단독접수에 따른 협찬이 있던 부분을 OOO에 요청, 작년에 본교에 PDP 및 복사기 협찬,OOO에는 복사기 협찬되었지만, 금년에는 OOO에게 협찬을 못 받기에, 일정부분을 OOO에서 보전해 달라고 요청함”이라는 내용이 기재되어 있는바, 이와 같은 문서를 보더라도 청구법인이 거래처인 대학에 대한 접대의 필요성은 충분히 존재하는 것이다.

대학발전기금 명세서에 의하면 매출액이 발생한 대학 중 예를 들면 OOO대 OOO원, OOO대 OOO원, OOO여대 OOO원, OOO여대 OOO원, OOO대 OOO원, OOO대 OOO원, OOO대 OOO원, OOO여대 OOO원, OOO대 OOO원과 같이 매년 기부금이 달라지고 있어 이는 매출액과 상당히 연동되어 기부금 을 산정한 사실을 알 수 있으며, 매출이 발생하지 않은 대학 중 OOO학교는 매년 OOO원, OOO학교 OOO원과 같이 일정금액을 기부금으로 산정하여 매출과 연관성이 없음을 알 수 있고, 결국 청구법인이 대학에 기부금 형태로 지출한 것은 기부금 낼 의사가 있었다기 보다는 거래처와의 매출액 유지․향상을 위한 접대성격이 강하다고 보아야 한다. 따라서 청구법인처럼 실질이 접대비인데도 형식상 대학에 지출했다는 사정만으로 법정기부금으로 전액 손금인정해 준다면, 이러한 법률상 허점(loophole)을 이용하여 조세형평을 구현하기 어려울 것이다.

(예비적 청구) 판매부대비용은 그 지출경위나 성질, 액수 등을 건전한 사회통념 및 상관행에 비추어 볼 때 상품 또는 제품의 판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되는 것으로, 법인이 매출신장 등을 위해 사전약정에 의하여 모든 거래처에 동일한 조건으로 금품을 지출한 경우에는 이를 판매부대비용으로 볼 수 있으나, 매사업연도 청구법인의 매출이 발생한 200여곳의 전국대학 중 13∼22곳에만 원서매출액 및 광고매출액을 기준으로 10%∼20% 등 대학별로 차등하여 쟁점금액이 지급되었으며, 지급대학 선정기준 등이 불명확한 점을 볼 때 이는 판매부대비용에 해당하지 않고 접대성 경비에 해당한다.

(2) 쟁점세액공제를 적용하기 위해서는 실제 연구소 직원들이 어떤 업무를 수행했는지가 중요한 판단자료이고, 조사청은 세무조사 당시 청구법인 연구소 직원들이 실제 어떤 일을 수행했는지에 대하여 청구법인에 관련 자료들을 제출할 것을 요청했고 그에 따라 청구법인은 직원들이 작성하고 관리자가 결재한 성과평가서를 제출한 것이며 이를 기초로 연구소 직원들이 수행한 업무에 대해 직원별로 일일이 파악을 하였던 것이며, 성과평가서에는 직원 본인이 수행한 업무에 대한 자기평가, 상급 관리자가 작성한 상사평가, 피평가자와 상급관리자의 이름, 서명, 날짜가 구체적으로 기재되어 있는 서류로서 “각 부분은 기술되어야 할 요건을 완벽하게 갖추고 있음을 확인합니다”라는 자체검증 및 확인기능이 있는 가장 객관적인 서류라고 할 것이므로 청구법인이 성과평가서를 근거로 연구업무 종사여부를 판단하는 것이 부당하다고 하는 것은 막연한 주장에 불과하다.

연구소 직원들의 종사업무를 분석한바, 연구개발 업무와는 전혀 관련없는 업무에만 종사한 직원이 이 건 사업연도에 46명(OOO원, 금액기준 69%, 연도별 중복자를 포함한 누적기준)이며, 일부 연구개발 업무와 원서접수 등 기타 업무를 겸임한 직원이 20명(OOO원, 금액기준으로 31%, 연도별 중복자를 포함한 누적기준)으로서 연구개발 인력이 운영부서 업무에 일시적으로 관여하였다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① (주위적 청구) 쟁점금액이 법정기부금인지 접대비인지

(예비적 청구) 쟁점금액이 업무연관성이 있어 법정기부금으로 볼 수 없다면 판매부대비용에 해당하는지 여부

② 연구개발에 전담하지 않은 겸임직원의 쟁점인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점ⓛ 중 주위적 청구에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 쟁점금액이 접대성 경비에 해당한다고 하면서, 법인세 조사종결복명서(2011년 5월), 법인세경정결의서, 과세전적부심사결정서, 법정기부금 검토내역, 쟁점금액 명세, 접대 필요성을 입증하기 위한 “OOO대학교 협찬의 건” 내부품의서, 2010학년도 대학별 발전기금 기부에 관한 건(내부품의서), 청구법인 및 OOO(경쟁업체) 홈페이지 화면, OOO대․OOO대 원서접수화면(청구법인 단독접수) 등의 증빙과 함께 아래와 같은 의견을 제시하였다.

1) 기부금의 기본 개념은 업무와 무관하게 아무 대가없이 지출한 비용을 말하고, 접대비는 업무와 관련있는 거래처에 지출한 비용으로서 업무관련성 유무가 판단의 기준인바, 만약 청구법인의 대학발전기금 지출에 대하여 업무관련성 유무를 따지지 않고 곧바로 전액 손금인정해 준다면 이는 매출처가 대학인 청구법인의 경우는 법정기부금으로 전액 손금 인정받고, 매출처가 대학이 아닌 청구법인 외의 대부분의 업체는 매출처에 지출시 접대비 한도시부인 계산이 적용되어 거래처가 어디냐에 따라 차별하게 되는 결과를 초래하여 조세법의 대원칙인 공평의 개념에도 부합하지 않는다.

2) 청구법인과 같이 대학원서접수를 대행하고 있는 업체는 거래처를 1개 대학이라도 더 확보하기 위해 서로 경쟁관계에 있는 상황에서 적극적인 접대를 하지 않으면 당연히 불리하게 되는 것인바, 청구법인은 각 대학과의 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하고자 접대할 수 밖에 없는 구조이다.

3) 과세전적부심사청구에서도 “기부금과 접대비의 구분은 그 명칭이나 형식에 불구하고 업무관련성 유무로 구분하여야 할 것인바, 쟁점금액은 청구법인의 원서접수 대행매출 및 광고 매출이 발생하는 대학 중 일부 대학에 대해 지급한 것으로 업무관련성이 인정되므로 기부금으로 보기는 어렵다”라고 판단하였다.

(나) 청구법인은 쟁점금액이 법정기부금에 해당한다고 하면서, 2011년 4년제 대학 원서접수대행 현황 및 매출이 없는 대학에도 기부금을 지급한 명세 등의 증빙과 함께 아래와 같이 주장하였다.

1) 일반적으로 기업의 사회에 대한 기부활동은 기업에 대한 이미지 제고, 잠재적 고객에 대한 홍보효과 등의 간접효과로 미래 경영활동에 도움이 되는 것이 주지의 사실인바, 조사청의 주장대로라면 이러한 기업의 모든 기부활동은 간접적으로 영업활동에 영향을 미쳤으므로 접대활동으로 해석되어야 하는 상황이 발생하여 업무연관성에 대한 해석은 엄격하게 하여야 하고, 또한 ‘업무와 관련된 자’의 범위에 사업과 직․간접적인 이해관계에 있는 자를 말한다고 하면, 간접적으로 이해관계가 있는지에 대한 범위가 상당히 애매모호해져 법규정의 다의적 해석으로 인해 조세행정의 혼란이 초래될 것이다.

2) 현재 대부분의 기업에서 기부행위는 장래 잠재적 고객관리의 하나로 장려되고 있고, 특히 최근 고액의 대학등록금이 사회적 문제가 되면서 대학생들의 등록금 부담을 완화하기 위해서는 기업의 기부 문화를 더욱 확산시켜 나가야 할 것이다.

(다) 「법인세법」(2009.12.31. 법률 제9898호로 일부개정되기 전의 것) 제19조 제2항에 “손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”로 규정하고 있고, 같은 법 제24조 제2항 제4호 가목의 「사립학교법」에 따른 사립학교에 시설비·교육비·장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금을 법정기부금으로 규정하고 있으며, 같은 법 제25조 제5항에 “접대비란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다”고 규정하고 있다.

(라) 청구법인의 불복대리인과 처분청의 조사공무원이 2012.7.4. 이 건 심리시 조세심판관 회의에 참석하여

청구법인의 불복대리인은 “쟁점금액은 거래처 접대비 성격이 아닌 법정기부금이다”라는 취지의 의견진술을 하였고,

처분청의 조사공무원은 “주거래처인 대학에 매출액에 비례하여 쟁점금액을 지급한 것은 업무관련 접대성 경비에 해당한다”라는 취지로 진술하였다.

(마) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 대학발전기금을 지급할 때 반드시 매출이 발생한 대학에만 지급한 것이 아닌 점, 매출이 발생한 대학과 쟁점금액 지급처와의 상관관계가 명확히 나타나지 않는 점, 청구법인의 내부품의서 일부만을 가지고 매출이 발생한 전체 대학에 지급한 대학발전기금을 접대비로 단정하기에는 무리가 있어 보이는 점, 대학원서접수시 수험생이 원서접수대행 업체를 청구법인과 그 경쟁업체 중에서 임의로 선택할 수 있도록 하는 대학이 많이 나타나고 있는 점, 쟁점금액을 지급한 형태 등에 비추어 단지 대학과 거래관계가 있었다는 사정만으로 쟁점금액을 접대비로 보기에는 무리가 있어 보이는 점(대법원 2008.7.10. 선고, 2006두9436 판결 참조), 사회통념 등에 비추어 쟁점금액을 정상적인 기부행위로 볼 수 있다는 청구주장이 설득력이 있어 보이는 점 등을 고려하여 볼 때 처분청이 쟁점금액을 접대비로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(2) 쟁점ⓛ 중 예비적 청구는 주위적 청구에 대한 판단에서 쟁점금액을 법정기부금으로 인정하였으므로 심리 실익이 없어 그 판단을 생략한다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 쟁점인건비가 쟁점세액공제 대상이 아니라고 하면서, 원서접수자 및 유지보수자 등 겸임을 유형별로 분류한 연구인력개발세액공제 내역표, 연도별 연구소직원 성과평가서, 겸임직원 인건비 상세내역 및 실제 연구개발 업무 종사자 현황 등을 제출하였다.

(나) 청구법인은 쟁점인건비가 쟁점세액공제 대상이라고 하면서, 청구법인 연구소의 연구개요서, 연구소 인력 인사기록표(김OOO 외 총42매), 연구소 인력 성과평가서(Assessment Sheet, 김OOO 외), 연구결과 보고서[성적계산모듈시스템 연구보고서(2009.9.), 충원녹취시스템 연구보고서(2010.2.), 합격예측 시스템 연구보고서 요약(2010.2.), 응용 프로그램(윈도우 웹기반) 모니터 연구보고서 요약(2009.6.)], 온라인 지원서 요구 분석 정의서(2009.5.21.) 및 온라인 지원서 연구진행보고서 요약(2010.2.) 등을 제출하였다.

(다) 「조세특례제한법」(2010.1.1. 법률 제9921호로 일부개정되기 전의 것) 제9조 제5항에 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(2009.12.24. 대통령령 제21904호, 일부개정 되기 전의 것) [별표 6]에 “자체연구개발에 대한 연구ㆍ인력개발비는 연구개발을 위한 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙(2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 일부개정되기 전의 것) 제7조 제2항에 「“기획재정부령이 정하는 자”란 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다」고 규정하고 있다.

(라) 청구법인의 불복대리인과 처분청의 조사공무원이 2012.7.4. 이 건 심리시 조세심판관 회의에 참석하여

청구법인의 불복대리인은 “성과평가서를 작성할 때 직무성과를 좋게 하기 위해 기재를 많이 하면서 겸업의 내용이 일부 들어갔으며, 중소기업의 특성상 원서접수가 몰릴 때 잠깐 도와줄 수도 있고 개발시스템 현장을 확인하는 것도 있음을 참작하여야 하는바, 연구원이 일시적으로 겸업하였다는 이유로 쟁점인건비를 쟁점세액공제대상에서 제외한 것은 부당한 처분이다”라는 취지의 의견진술을 하였고,

처분청의 조사공무원은 “성과평가서를 분석한 결과, 연구개발과 무관한 인건비가 OOO원(69%)이고 나머지 인건비 OOO원(31%)은 일시적 겸임이 아닌 상시 겸임으로 연구개발에 전담하지 않은 인건비에 해당하므로 당초 처분은 정당하다”라는 취지로 진술하였다.

(마) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법」제10조(연구 및 인력개발비 세액공제)를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 쟁점세액공제가 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 쟁점세액공제가 적용된다고 해석하여야 할 것인바(대법원 2011.6.24. 선고, 2011두6844 판결; 서울고등법원 2011.2.10. 선고, 2010누25635 판결, 같은 뜻임),

이 건의 경우 쟁점인건비 중 OOO원(전체 69%) 상당액은 연구개발 업무와 무관한 각종 시험의 원서 접수 등의 일상 업무를 주로 하고 지출된 비용으로 보이고,OOO원(전체 31%) 상당액은 전업적으로 연구개발을 한 것이 아닌 겸업자임이 성과평가서에 나타나는 점 등에 비추어 청구법인의 연구개발 인력이 운영부서 업무에 일시적으로 관여하였다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 보이므로 처분청이 쟁점세액공제를 부인하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

(단위: 원)