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기각
매출누락금액을 과․면세분을 구분하지 않고 전액 과세매출로 산입한 처분의 당부
조세심판원 조세심판 | 조심2018서4632 | 부가 | 2019-03-25
[청구번호]

조심 2018서4632 (2019.03.25)

[세 목]

부가

[결정유형]

기각

[결정요지]

청구인이 2014년~2016년 기간 동안 신고한 면세사업수입금액은 ooo원이고, 국민건강보험공단에서 확인한 급여총액은 ooo원으로 확인되는바, 청구인은 위 기간 동안 면세사업수입금액을 ooo원만큼 과다하게 신고된 사실이 확인되며, 이는 청구인이 과세매출분을 면세매출분으로 신고하여 관련 부가가치세를 누락한 것으로 보이는 점, 청구인이 약국 조제 외 과세매출분 ooo원에 대한 부가가치세를 누락한 것으로 보이므로 2016년말 과다계상한 기말상품재고액 ooo원에 대한 환산매출누락액인 ooo원 전액을 과세매출로 산입하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 환산매출액 전액을 과세매출로 산입한 것이 부당하다는 청구주장을 받아들이기 어려움

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1985.4.10.부터 현재까지 OOO 소재에서 OOO을 운영하는 사업자이다.

나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.6.1.부터 2018.6.20.까지 청구인에 대한 통합 세무조사를 실시하였고, OOO의 2013년 제1기분부터 2016년 제2기 과세기간 동안 부가가치세 과세매출 신고누락분에 대하여 관할 세무서에 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 2018.8.14. 청구인에게 2014년 제2기분 OOO원, 2015년 제1기분 OOO원, 2015년 제2기분 OOO원, 2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원 합계 OOO원의 부가가치세를 각 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 OOO의 2016년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대해 환산매출액 OOO원(대응원가 OOO원)을 매출누락으로 보아 과세하였으나, 청구인이 납득하지 못한 상태에서 충분한 설명도 없이 매출누락 확인서에 서명 날인하라고 하고 그에 따라 과세한 처분은 부당하다.

(2) 일반적인 관례에 따라 소매약국에서는 매년 시효가 지난 약품을 선별하고 찾아서 관할 구청에 폐기처분 신고를 하는데, OOO에 아래 확인서 내용과 같이 OOO원 상당을 폐기처분 신고하였으므로 매출금액에서 제외시키는 것이 타당하다.

OOO

(3) OOO의 매출누락금액 OOO원에 대하여 부가가치세 면세분과 과세분을 구분하지 않고 전액 과세매출로 산입한 처분은 부당하다.

OOO

나. 처분청 의견

(1) 기말상품재고액 과다계상액에 대한 환산매출액 OOO원(이에 상응하는 매출원가 OOO원)을 과세분 매출누락으로 보아 과세한 처분은 부당하다는 주장에 대하여

(가) 2013년 기말상품재고액 과다계상액은 OOO원이고, 청구인이 수정신고한 2013년 환산 매출액 OOO원이다. 이에 대하여 조사청은 2013년 환산 매출액을 OOO원으로 재계산하여 환산 매출누락액 차이금액 OOO원에 대한 부가가치세를 경정하였다.

① 2013년 귀속분(수정신고 반영 前)부터 2017년 귀속분까지의 OOO의 표준손익계산서는 아래 <표2>와 같다.

OOO

② 청구인은 2014.12.1. 2013년 귀속분 종합소득세 확정신고분에 대한 수정신고를 하였는데, 청구인은 2013년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대하여 매출누락액을 환산하면서, 동 매출누락에 대응하는 매출원가 OOO원과 동일한 금액으로 계산하여 신고하였다.

③ 조사청은 세무조사 당시에 2013년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대하여 청구인이 주장하는 당해업소의 매매총이익률을 적용하여 매출누락액을 OOO원으로 재계산하여 산정하였고, 환산 매출누락액 OOO원에 대하여 부가가치세를 경정하였다.

④ 2013년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대한 조사청의 경정내역은 아래 <표3>과 같다.

OOO

(나) 2016년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원이고, 청구인은 이에 대하여 아무런 수정신고도 하지 아니하였으며, 이에 대하여 조사청은 2014년부터 2016년까지 환산매출액 OOO원에 대한 부가가치세를 경정하였다.

① 청구인은 2013년 귀속분(수정신고 반영 後)부터 2017년 귀속분까지의 OOO의 표준손익계산서는 아래 <표4>와 같다.

OOO

② 세무조사 당시 OOO의 2016년 기말재고액와 2017년 기초재고액의 차이에 대하여 해명하여 줄 것을 요구하였고, 청구인은 2014년부터 2016년까지 장부에 기말상품재고액이 실제와 다르게 과다계상되어 있어 2017년 장부에는 기초재고를 실제대로 계상하였다고 주장하였다.

③ 그럼에도 2016년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대하여 청구인은 2014년 귀속분부터 2016년 귀속분까지 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대하여 아무런 수정신고도 하지 아니하였다.

④ 청구인과 조사청 간에는 2016년 기말상품재고액 OOO원으로 계상된 사실과 2017년 기초상품재고액 OOO원으로 계상된 사실에 대하여 이견이 없다.

⑤ 조사청은 2016년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대하여 청구인이 주장하는 당해업소의 매매총이익률을 적용하여 계산한 매출누락액 OOO원에 대하여 부가가치세를 경정하였는바, 당초 처분은 정당하다.

⑥ 2016년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대한 조사청의 경정내역은 아래 <표5>와 같다.

OOO

(2) OOO의 2013년부터 2016년말까지 약품폐기 신고분 OOO원을 매출누락에서 제외시켜야 한다는 주장에 대하여

청구인은 의약품(재고자산)을 폐기처분하였다고 주장하나, 의약품 폐기와 관련된 증빙서류를 제출한 사실이 없고, 장부상에 재고자산 처분손실 계정과목 등으로 타계정 대체하여 회계처리한 사실도 없다. 따라서 청구인은 약품폐기처분에 대하여 어떠한 회계처리도 하지 아니하였고 증빙서류도 제시하지 못하였으므로 당초 처분은 정당하다.

(3) 과세분과 면세분 매출을 구분하지 않고 전액 과세매출로 산입한 것은 부당하다는 주장에 대하여

(가) 약국업의 경우 매출은 과세(매약)분과 면세(조제) 분으로 구분되고, 면세수입금액은 국민건강보험공단 청구자료에 의하여 확인된다.

(나) OOO의 매출은 의약품 매출(처방전에 기초한 조제의약품 매출과 처방전 없이 판매하는 일반의약품 매출로 구성)과 의약외품 매출로 구성되어 있다.

(다) 청구인이 2014년부터 2016년까지 신고한 면세사업수입금액은 OOO원이며, OOO이 제출한 자료금액(OOO의 2014년부터 2016년까지 요양급여비용의지급에 관한 자료 및 의료급여비용의지급에 관한 자료)은 OOO원으로 확인된다.

(라) 청구인이 신고한 면세사업수입금액과 OOO이 제출한 자료금액(면세)을 비교하면 청구인이 신고한 면세사업수입금액이 OOO원만큼 과다 신고된 사실이 확인되고, 이는 청구인이 과세매출분을 면세매출분으로 신고하여 부가가치세를 누락하였다.

(마) 따라서 청구인은 아래 <표6>과 같이 약국 조제약 외 과세매출분 OOO원을 면세사업수입금액로 보아 부가가치세를 누락하였으므로 당초 처분은 정당하다.

OOO

(바) 2016년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대한 환산 매출누락액 OOO원 전액을 과세매출로 산입한 이유는 청구인이 면세사업수입금액으로 이미 신고한 금액이 <표5>와 같이 OOO 자료금액(면세)보다 더 많이 신고되어 있어 청구인이 과세매출분을 면세매출분으로 신고하였기 때문이다.

(사) 따라서 조사청이 2016년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대한 환산 매출누락액 OOO원 전액을 과세매출로 보아 부가가치세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①기말상품재고액 과다계상액에 대한 환산매출액 OOO원을 매출누락으로 보아 과세한 처분의 당부

②OOO의 2013년부터 2016년말까지 약품폐기 신고분 OOO원을 매출누락에서 제외할 수 있는지 여부

③매출누락금액을 과․면세분을 구분하지 않고 전액 과세매출로 산입한 처분의 당부

나. 관련 법령

제57조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.

제26조[재화 또는 용역의 공급에 대한 면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

제104조[추계 결정·경정 방법] ① 법 제57조 제2항 단서에 따른 추계는 다음 각 호의 방법에 따른다.

1. 장부의 기록이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 법 제57조제1항에 따른 경정을 받지 아니한 같은 업종과 같은 현황의 다른 사업자와 권형(權衡)에 따라 계산하는 방법

2. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율(生産收率)이 있을 때에는 생산수율을 적용하여 계산한 생산량에 그 과세기간 중에 공급한 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법

3. 국세청장이 사업의 종류·지역 등을 감안하여 사업과 관련된 종업원, 객실, 사업장, 차량, 수도, 전기 등 인적·물적 시설의 수량 또는 가액과 매출액의 관계를 정한 영업효율이 있을 때에는 영업효율을 적용하여 계산하는 방법

4. 국세청장이 사업의 종류별·지역별로 정한 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 기준에 따라 계산하는 방법

가. 생산에 투입되는 원재료, 부재료 중에서 일부 또는 전체의 수량과 생산량의 관계를 정한 원단위 투입량

나. 인건비, 임차료, 재료비, 수도광열비, 그 밖의 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율

다. 일정기간 동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가의 관계를 정한 상품회전율

라. 일정기간 동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률

마. 일정기간 동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

5. 추계 경정·결정 대상 사업자에 대하여 제2호부터 제4호까지의 비율을 계산할 수 있는 경우에는 그 비율을 적용하여 계산하는 방법

6. 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 음식 및 숙박업과 서비스업에 대해서는 국세청장이 정하는 입회조사기준에 따라 계산하는 방법

제35조[면세하는 의료보건 용역의 범위] 법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

4. 「약사법」에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청에서 제출한 과세증빙자료는 다음과 같다.

(가) 처분청은 2018.8.14. 청구인에게 2014년 제2기분 OOO원, 2015년 제1기분 OOO원, 2015년 제2기분 OOO원, 2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원 합계 OOO원의 부가가치세를 각 경정·고지한 것으로 나타난다.

(나) 처분청은 2018.6.20. 청구인으로부터 OOO의 과․면세 신고오류 확인서를 받았고, 그 내용은 다음과 같다.

OOO

(다) 2014년 제1기부터 2016년 제2기까지 OOO이 OOO으로부터 지급받은 공제금(본인부담금+공단부담금) 내역은 다음 <표7>과 같다.

OOO

(2) 청구인이 제출한 증거서류는 다음과 같다.

(가) <표8>과 같이 OOO의 2014년 제2기부터 2016년 제2기까지 과세기간 동안의 ‘신용카드매출전표등 발행금액 집계표’를 제출하였다.

OOO

(나) 기타 증빙자료로 ‘2015년 세무신고자료분석’ 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인과 처분청 간에는 OOO의 2016년 기말상품재고액이 OOO원 과다계상된 사실에 대하여 이견이 없는 점, 청구인은 복식부기의무자에 해당하고, 2017년 상품재고액을 실사하면서 2016년 기말상품재고액 과다계상액을 확인하였음에도 이에 대하여 아무런 수정신고도 하지 아니한 점, 처분청은 청구인이 작성한 매출누락 확인서의 내용과 같이 2016년 기말상품재고액 과다계상액 OOO원에 대하여 청구인이 주장하는 당해업소의 매매총이익률을 적용하여 계산한 매출누락액 OOO원에 대하여 부가가치세를 경정한 점 등에 비추어 기말상품재고액 과다계상액에 대한 환산매출액을 매출누락분으로 보아 과세한 처분은 부당하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 세무조사 당시 의약품 폐기와 관련된 증빙서류를 제출한 사실이 없고, 이를 장부에 재고자산처분손실 등으로 회계처리한 사실도 없는 점, 청구인이 제출한 약품도매업체의 확인서는 임의로 작성하기 용이하고, 이것만으로는 유효기간이 지난 의약품 폐기 여부를 확인하기 어려우며, 청구인이 폐기한 의약품의 내역 및 금액을 확인할 수 있는 객관적인 증빙을 제출하지 못한 점 등에 비추어 의약품 폐기 신고분을 매출누락에서 제외시켜야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 약국업의 경우 매출은 과세(매약)분과 면세(조제) 분으로 구분되고, 이중 면세수입금액은 OOO 청구자료에 의하여 확인이 가능한 점, 청구인은 세무조사 당시 처분청에 OOO의 과․면세 신고오류 확인서를 작성하여 제출한 점, 청구인이 2014년~2016년 기간 동안 신고한 면세사업수입금액은 OOO원이고, OOO에서 확인한 급여총액은 OOO원으로 확인되는바, 청구인은 위 기간 동안 면세사업수입금액을 OOO원만큼 과다하게 신고된 사실이 확인되며, 이는 청구인이 과세매출분을 면세매출분으로 신고하여 관련 부가가치세를 누락한 것으로 보이는 점, 청구인이 약국 조제 외 과세매출분 OOO원에 대한 부가가치세를 누락한 것으로 보이므로 2016년말 과다계상한 기말상품재고액 OOO원에 대한 환산매출누락액인 OOO원 전액을 과세매출로 산입하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 환산매출액 전액을 과세매출로 산입한 것이 부당하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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