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재조사
청구인이 쟁점토지를 취득하기 위하여 지출하였다는 쟁점이자비용과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 대가로 지급하였다는 쟁점대가를 양도소득세 계산시 필요경비로 공제할 수 있는지 여부
조세심판원 조세심판 | 조심2019중1077 | 양도 | 2019-09-05
[청구번호]

조심 2019중1077 (2019.09.05)

[세 목]

양도

[결정유형]

재조사

[결정요지]

청구인과 ◇◇◇◇ 간의 공유재산 매매계약서에는 취득원가이외에 지급일에 따라 분할납부할 이자금액이 별도로 기재되어 거래가액을 구성하고 있고, 이는 「소득세법 시행령」제163조 제1항 제3호의 “당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우”에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점이자비용을 필요경비로 공제하지 아니하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단되고 한편, ◎◎◎에 대한 사실확인 및 청구인으로부터 추가자료를 제출받는 방법 등에 의하여 청구인이 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리의 대가로 ◎◎◎, ◆◆◆에게 실제 지급한 것으로 확인되는 금액이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨

[참조결정]

조심2016전0870

[주 문]

OOO이 2018.7.18. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 2000.8.19. 청구인이 OOO으로부터 OOO를 매입하면서 작성한 공유재산 매매계약서상의 이자금액 OOO을 필요경비에 산입하고, 청구인이 위 토지를 취득하기 위하여 OOO에게 실제 지급한 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 토지(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상건물을 2016.4.14. 양도한 후 2016.6.30. 토지의 취득가액이 불분명하다고 보아 환산 취득가액으로 하여 관련 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. OOO은 처분청에 대한 정기감사결과, 쟁점토지가 공공기관인 OOO으로부터 분양받은 토지로서 청구인이 OOO에게 지급한 금액 중 이자를 제외한 OOO을 실지 취득가액이라고 보아 양도소득세를 경정하도록 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2018.7.18. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.10.11. 이의신청을 거쳐 2019.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 OOO과 쟁점토지와 관련하여 공유재산 매매계약을 체결하고 지급한 매매원금 OOO은 물론, ① 동 공유재산 매매계약서에 기재되어 있는 이자금액 OOO(이하 “쟁점이자비용”이라 한다)과 ② 청구인이 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리의 구입대가로 지급한 OOO(이하 “쟁점대가”라 한다)을 모두 취득가액으로 인정하여야 한다.

(1) 쟁점이자비용은 취득원가로서 양도소득금액에서 공제하여야 한다.

「소득세법 시행령」제163조 제1항 제3호에는 “거래당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액을 가산하여 취득원가에 포함한다”고 규정되어 있는바, 청구인이 OOO과 공유재산 매매계약을 체결하면서 연부계약 내용대로 부담한 쟁점이자비용을 양도소득금액에서 공제하지 않은 것은 부당하다.

(2) 청구인이 OOO로부터 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리(쟁점토지로 환지처분이 이루어지기 전의 종전토지 및 그 지상건물 등의 소유권 및 점유권)를 유상OOO으로 매입·취득한 사실이 명백하므로 이를 양도가액에서 공제하여야 한다.

(가) 청구인은 2000.6.27. OOO이 소유자로 되어 있는 OOO 토지(지상 건물을 포함하여 이하 “종전①토지”라 한다)와 OOO가 1999년 이전부터 OOO으로부터 점용허가를 득한 후 사용해 오던 같은 구 OOO 토지(국유지로 이하 “종전②토지”라 하고 종전①토지와 합하여 “종전토지”라 한다)의 점유 권한 등을 매매계약을 통해 쟁점대가에 양수하였다.

(나) OOO은 위 양도에 따라 환지 전 부동산 소유권에 관한 권리 등이 OOO으로부터 청구인에게 이전된 사실을 인정하였다.

(다) 2000년 6월경 OOO 주거환경개선사업구역 내 편입된 아래 종전토지의 환지처분이 예정됨OOO에 따라, 청구인은 OOO로부터 쟁점토지(환지예정지)를 취득할 수 있는 권리를 정당하게 양도받았음을 이유로 2000.8.19. OOO과 위 환지예정지OOO, 대지면적 307.4㎡]를 매수하는 내용의 공유재산 매매계약을 체결(연부취득 : 취득가액 OOO, 분납이자 OOO 합계 OOO)한 후 2005.12.28. 소유권이전등기를 경료하였다.

<사유지 및 국공유지 관리처분조서>

<환지확정 처분내역(2004.10.20. 확정고시)>

(라) 양도소득세는 자산의 양도와 그에 따른 소득이 있음을 전제로 하여 과세하는 것이고, 자산의 양도에 따른 소득을 확정하려면 자산을 양도한 대금에서 자산의 취득, 보유와 양도에 따른 비용 등을 공제하여야 하는바, 그 자산의 취득이나 보유 등 권리 이전을 위해 직접 지출한 비용을 양도가액에서 필요경비로 공제OOO 결정문 참조)하여 양도소득세를 결정해야 한다.

그럼에도 처분청은 이전 단계인 소유권이전 등에 관련된 대금 수수의 지출 사실을 인정하면서도 쟁점대가를 점유자에게 지급한 이사비용이나 합의금 성격의 보상금에 해당되는 것으로 보아 양도소득금액계산 시 공제할 대상이 아니라고 결정한 것은 부당하다.

(마) OOO도 소유권 등의 변동사항을 인정하여 공유재산 매매계약 체결 대상자를 당초 OOO에서 청구인으로 변경하여 공유재산 매매계약을 체결하였는바, 제3자간 소유권이 이전된 부동산 거래(매매)행위에 아무런 대가없이 소유권이 이전되었다고 보는 것은 거래관행상 있을 수 없다.

나. 처분청 의견

쟁점대가는 지급 사실의 유무와 관계없이 점유자에게 지급한 이사비용이나 합의금 성격의 보상금에 해당되어 양도비로 볼 수 있는 자본적지출 비용에 해당되지 않는 것이고, 쟁점대가와 관련된 객관적인 증빙자료가 없으므로 당초 처분은 정당하다.

(1) 처분청이 청구인의 양도소득세 신고내용 중 당초 토지분 취득환산가액을 부인하고 공공기관인 OOO이 분양한 토지의 실지거래가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 경정한 부분에 대해서는 청구인과 다툼이 없고, OOO은 아래와 같이 종전①토지를 1998.7.16. OOO에게 매매한 사실과 매매 이후에도 계속적으로 사업한 사실이 OOO 전산망에 확인된다.

<환지전 종전토지 매매>

<환지전 부동산의 사업자현황>

위와 같이 종전①토지의 소유자(점유자)인 OOO의 점유 내역이 인정되더라도 청구인이 지급한 필요경비는 양도차익 계산시 양도가액에서 공제되는 필요경비인 토지의 효용이나 자산의 가치를 상승시키는 자본적지출액에 해당되지 아니하며, 자산의 취득․양도를 위하여 직접 지출한 양도비에도 해당되지 않는바, 이는 쟁점부동산을 점유하고 있던 점유자로부터 소유권을 이전받기 위한 필연적인 비용이라기 보다는 지급의무가 없는 점유자들에게 지급한 보상차원의 합의금에 해당될 것으로 판단된다.

(2) 청구인은 종전①토지의 점유자인 OOO에게 점유권한을 포함하여 OOO을 지급하였다고 주장하나, 이는 당초 양도신고 당시에는 없던 지출로서 추가 필요경비에 해당되는 것으로 확인서 이외에 객관적인 증빙자료는 없는 상태이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점토지를 취득하기 위하여 지출하였다는 쟁점이자비용과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 대가로 지급하였다는 쟁점대가를 양도소득세 계산시 필요경비로 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

제6조(권리·의무의 승계 등) ① 제22조 제4항, 제23조 제3항 또는 제24조 제3항의 규정에 의한 고시(이하 "사업시행고시"라 한다)가 있는 경우에는 그 구역안의 토지 또는 건축물 등에 관하여 권리를 가진 자(이하 이 조에서 "권리자"라 한다)는 그 권리의 변동이 있을 때에는 증빙서류를 첨부하여 시행자에게 이를 신고하여야 한다.

② 시행자와 권리자의 변동이 있을 때에는 이 법 또는 이 법에 의한 명령이나 규약·정관 또는 시행규정이 정하는 바에 의하여 종전의 시행자와 권리자가 행하거나 시행자와 권리자에 대하여 행한 처분·절차 기타의 행위는 새로이 시행자와 권리자로 된 자가 행하거나 새로이 시행자와 권리자로 된 자에 대하여 행한 것으로 본다.

제6조(권리·의무의 승계 등) ② 시행자와 권리자의 변동이 있을 때에는 이 법 또는 이 법에 의한 명령이나 규약·정관 또는 시행규정이 정하는 바에 의하여 종전의 시행자와 권리자가 행하거나 시행자와 권리자에 대하여 행한 처분·절차 기타의 행위는 새로이 시행자와 권리자로 된 자가 행하거나 새로이 시행자와 권리자로 된 자에 대하여 행한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래 사실이 나타난다.

(가) 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역은 아래와 같다.

(나) 쟁점토지의 개발 배경을 살펴보면, OOO은 주거환경개선지구로 변경지정OOO된 OOO에 대하여「도시 저소득주민의 주거환경개선사업을 위한 임시조치법」제6조에 따라 주거환경개선계획을 수립한 후 1997.9.22. OOO에게 제출OOO하여 1997.12.15. 승인·처리OOO되었다.

(다) OOO 주거환경개선사업을 진행하면서 구역 내의 토지와 건축물 등에 대한 현황조사를 실시한 후 토지 등의 조서를 작성한바 있으며, 작성된 확인조서에 따르면 종전①토지(사유지) 및 종전②토지(국·공유지) 등의 종전 소유자의 현황은 아래와 같다.

<종전①토지(사유지) 및 건축물의 종전 소유자>

<종전②토지(국·공유지)의 소유자 변동 사항>

(라) 종전②토지(구거)는 OOO 주거환경개선사업 구역 내에 포함되는 토지로서, 동 구거 부지는 OOO가 1997년부터 식당점포로 사용하기 위해 OOO으로부터 하천·구거 부지 점용허가를 득한 후 대부받아 2000.8.18.(청구인이 OOO과 공유재산 매매계약을 체결한 날)까지 사용한 사실이 있고, 동 토지(구거 : 국·공유지)의 확인조서에 당시 OOO가 점유(1997년∼ 2000.8.18.까지)한 사실이 나타난다.

(마) 종전토지는 아래와 같이 환지예정지OOO로 지정된 후 환지 전 지번(예정번지)을 받았다.

(바) 쟁점토지에 대하여는 2004.10.20. 환지확정처분(고시)이 이루어졌는바, 그 내역은 아래와 같다.

(사) 청구인이 제출한 매매계약서에는 청구인이 종전①토지 및 그 지상 건물을 OOO로부터 OOO에 매수한 것으로 기재되어 있으나, 청구인은 OOO에게 OOO을 지급하였다고 하면서 아래와 같이 영수증(사본) 3매를 제출하였다.

(아) 이후 청구인은 2000.8.19. OOO과 공유재산 매매계약을 체결하여 쟁점토지(환지예정지)를 취득하였는바, 동 공유재산 매매계약서 중 대금 납입과 관련된 부분의 주요내용은 아래와 같다.

(2) 처분청 심리자료와 청구인이 제출한 자료 등을 종합해 보면, OOO이 OOO 주거환경개선사업을 하면서 환지 전 토지(종전토지) 및 지장물 등을 공공용지 협의취득 또는 보상금을 지급하고 그 소유권을 취득하여 환지예정지 지정처분을 한 후, 동 환지예정지(환지확정처분 이후에는 쟁점토지)를 다시 종전토지 및 지장물 등의 소유자 등에게 매각(공유재산 매매)한 것으로 나타나는바, 청구인은 이러한 환지예정지(공유재산)를 매입할 수 있는 권리의 대가로 쟁점대가를 지급한 것으로 보인다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 취득하기 위한 권리의 대가로 OOO(쟁점대가)을 OOO에게 지급하였다고 하면서 건축물(무허가) 명의이전 신고서 및 관련 종전①토지 매매계약서, 그리고 이와 관련한 OOO의 명의변경 신고처리 공문과 OOO의 의견조회 공문, OOO가 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리의 대가로 청구인으로부터 OOO을 영수하였다는 OOO의 자부(子婦) OOO의 사실확인서, 그 외 OOO 주거환경개선사업 개선계획 변경 및 지적고시 공문, 편입토지 조서, 토지 및 건축물조서, 토지조서(국유지), OOO 주거용 개선사업지구내 국·공유지 점용자 명단제출 공문, 국·공유지 관리처분조서, OOO 구획정리 환지 조서 등의 각 사본을 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점이자비용이 필요경비 공제대상인지 여부에 대하여 살피건대, 「소득세법」제97조 제1항에서 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 제1호 가목에서 자산 취득에 든 실지거래가액을 규정하고 있고, 「소득세법 시행령」제163조 제1항에서 “ 「소득세법」제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다”고 하면서 제3호에서 “당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액을 가산하여 취득원가에 포함한다”고 규정하고 있다.

따라서 청구인과 OOO 간의 공유재산 매매계약서(2000.8.19. 체결)에는 취득원가OOO 이외에 지급일에 따라 분할납부할 이자금액OOO이 별도로 기재되어 거래가액을 구성하고 있고, 이는 「소득세법 시행령」제163조 제1항 제3호의 “당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우”에 해당하는 것으로 보이는 점, 동 매매계약은 2000.8.19. 체결되었으나 쟁점토지의 소유권이전등기가 2005.12.28.(이미 전체 거래가액의 99%가 지급된 시점임) 이루어진 사실로 볼 때 청구인이 일시납을 선택하지 아니하고 분할납부를 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점이자비용을 필요경비로 공제하지 아니하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점대가가 필요경비 공제대상인지 여부에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점대가는 점유자에게 지급한 이사비용이나 합의금 성격의 보상금에 해당되어 양도비로 볼 수 있는 자본적지출에 해당되지 않으므로 필요경비로 공제할 수 없다는 의견이나,

판례는 아파트입주권을 얻기 위하여 무허가건물을 매수하였다면 위 무허가건물의 양수는 이에 터잡아 장차의 아파트입주권을 취득하기 위한 것일 뿐 무허가건물 자체를 취득하기 위한 것은 아니라고 봄이 당사자의 실질적인 의사에 부합한다고 볼 것이어서 위 입주권을 OOO로부터 취득함에 있어 OOO에 대하여 아무런 대가를 직접적으로 지급한 사실이 없다고 하더라도 위 아파트입주권을 취득하기 위한 전제로서 매수한 위 무허가건물의 양수대금은 위 아파트입주권의 취득에 소요된 실질적인 경비라 할 것OOO이라고 판단하고 있는바, 청구인이 OOO으로부터 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리를 얻기 위하여 OOO에게 지급한 위 권리의 양수대금인 쟁점대가는 원칙적으로 쟁점토지의 취득에 소요된 경비로 볼 수 있다 할 것이다.

다만, 청구인은 쟁점대가를 지급하였다는 증빙으로 당시 수기로 작성한 영수증(사본) 3매 외에는 금융증빙 등 객관적인 입증자료를 제출하지 못하고 있고, 청구인이 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리를 얻기 위하여 OOO와 체결한 종전토지 및 그 지상 건물의 매매계약서에는 그 매매가액이 OOO으로 기재되어 있는바, OOO에 대한 사실확인 및 청구인으로부터 추가자료를 제출받는 방법 등에 의하여 청구인이 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리의 대가로 OOO에게 실제 지급한 것으로 확인되는 금액이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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