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주문
1. 피고가 원고에 대하여, 2014. 3. 24. 한 2008 사업연도 귀속 법인세 12,830,043,850원(가산세 포함)의...
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 에스케이 주식회사를 지주회사로 하는 기업집단 에스케이에 속하는 계열회사이다.
에스케이씨앤씨 주식회사(이하 ‘에스케이씨앤씨’라 한다) 역시 기업집단 에스케이에 속하는 계열회사로서 원고와는 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호가 정한 특수관계인의 지위에 있다.
원고는 석유 및 화학제품을 제조판매하는 업체이고, 에스케이씨앤씨는 정보기술 시스템의 구축계획 및 운영전략 기획, 시스템 설계, 개발, 구축 및 운영을 지원하는 IT(Information Technology) 서비스 업체이다.
나. 원고는 1998. 11. 25. 에스케이씨앤씨와 사이에 정보시스템 구축 및 운영에 관한 서비스 용역계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였는데, 용역기간은 1999. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지였고, 용역금액 중 인건비는 정부 고시인 ‘소프트웨어 사업대가의 기준’에 따라 한국소프트웨어산업협회가 공표하는 소프트웨어 기술자의 등급별 1일당 노임단가를, 투입시간을 고려하여 1개월당 노임단가로 환산한 다음, 여기에 제경비 및 기술료를 더한 인건비단가(이하 ‘고시단가’라 한다)를 기준으로 투입인력수에 비례하여 정하기로 하였다.
이후 이 사건 계약은 2020. 12. 31.까지로 갱신되었다.
원고는 이 사건 계약에 따라 2008. 1. 1.부터 2012. 7. 4.까지 에스케이씨앤씨에게 정보시스템 구축 및 운영에 관한 서비스 용역의 대가로 합계 121,148,000,000원을 지급하였다.
다. 서울지방국세청장은 원고에 대한 법인세 세무조사를 실시한 결과, 다른 회사는 에스케이씨앤씨에게 고시단가에서 할인된 금액을 용역대금으로 지급하는데 반하여, 원고는 에스케이씨앤씨에게 고시단가 그대로를 기준으로 용역대금을 지급함으로써, 특수관계자와의...