토지는 기준시가로, 건물은 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세할 수 있는지(경정)

반포세무서장이 2000.1.20. 청구인에게 한 양도소득세 83,073,310원의 부과처분은 청구인이 양도한 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOOOO 대지 382.5㎡는 기준시가에 의하여, 그 지상건물 989.46㎡는 양도가액을 169,710,000원으로, 취득가액을 204,545,000원으로 하여 양도소득세과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실

청구인은 1987.12.3. 취득한 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 대지 382.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)지상에 1988.8.17. 건물 989.46㎡(지하1층, 지상4층의 근린생활시설임. 이하 “쟁점건물”이라 하고 쟁점토지와 쟁점건물을 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 1997.2.12. 쟁점부동산을 양도하고 양도가액은 실지거래가액(1,650,000,000원)으로, 취득가액은 실지양도가액을 기준시가로 환산하여 산출한 가액(810,292,214원)으로 하여 양도차익을 산정하여 1998.5.3. 양도소득세 384,146,167원을 신고납부하였다.

처분청은 쟁점부동산의 경우 소득세법 제100조 제1항 단서규정의 적용대상이 아니며 취득당시의 실지거래가액이 증빙에 의하여 확인되지 아니한다 하여 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 2000.1.15. 청구인에게 양도소득세 83,073,318원을 추가로 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2000.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 당초 이 건 심판청구에서 쟁점부동산의 양도가액은 1,650,000,000원임이 확인되나 토지와 건물의 취득가액이 증빙에 의하여 확인되지 아니하므로 구 소득세법 제100조 제1항 단서 및 같은법시행령 제166조 제1항의 규정에 따라 쟁점부동산 양도가액을 기준시가에 의하여 안분계산하여 토지와 건물의 가액을 산정하고, 토지와 건물의 취득가액은 양도당시의 실지거래가액을 기준시가로 환산하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고하였으므로 청구인의 신고는 정당하다고 주장하였으나 청구취지를 쟁점건물의 양도가액 및 취득가액은 처분청의 조사서 및 증빙에 의하여 확인되므로 실지거래가액으로, 쟁점토지는 취득당시의 실지거래가액이 확인되지 아니하므로 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세하여야 한다고 주장하는 것으로 변경하였다.

나. 처분청 의견

구 소득세법 제100조 제1항 단서(일방실사) 및 같은법시행령 제166조 제1항 및 제2항의 규정은 제158조 제1항 제1호·제3호 및 제5호의 기타자산, 제158조 제1항 제4호의 기타자산 중 국세청장이 기준시가를 고시하지 아니한 자산, 제157조 제5항의 비상장주식, 제4항의 부동산을 취득할 수 있는 권리, 취득후 1년 이내에 부동산을 양도하는 경우와 양도자가 양도소득세과세표준 및 세액의 결정일 이내에 서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우(이 경우는 상속 또는 증여받은 자산의 경우에 한한다)에 적용할 수 있도록 하고 있어 이 건의 경우 구 소득세법 제100조 제1항 단서규정의 적용대상이 아니므로 같은법시행령 제166조 제5항 제2호의 규정에 의하여 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 당초처분이 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

청구인의 쟁점부동산양도에 대하여 쟁점토지는 기준시가로, 쟁점건물은 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다.

제96조【양도가액】 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다(95.12.29. 개정)

제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1 취득가액

가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다(95.12.29. 단서개정)

제99조【기준시가의 산정】①제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조의 규정에 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1호의 자산

가. 토지(95.12.29. 개정)

지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(단서생략)

나. 건물

다목의 경우를 제외하고는 대통령령이 정하는 과세시가표준액에 의한 가액

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액중 어느하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

(2) 소득세법시행령(1997.12.31. 대통령령 제15565호로 개정되기 전의 것)

제164조【토지·건물의 기준시가 산정】

③ 법 제99조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령이 정하는 과세시가표준액 의한 가액”이라 함은 지방세법시행령 제80조 제1항에서 규정한 시가표준액에 의한 가액(동호 단서의 가감산율은 적용하지 아니한 가액으로 한다)을 말한다(96.12.31. 개정)

⑩ 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정된 전의 지방세법상 시가표준액 을 말한다(96.4.27. 개정)

1990년 1월1일을 기준 으로 한 개별공시지가

취득당시의 시가표준액

1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액

다. 사실관계 및 판단

청구인이 쟁점부동산을 양도하고 실지거래가액에 의하여 신고하였는데 처분청이 이를 부인하고 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세한 데 대하여 청구인은 토지를 기준시가에 의해 과세한다 하더라도 건물은 실지거래가액이 확인되므로 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여과세하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 청구인은 쟁점부동산을 1997.2.12 양도하고 1998.5.23 양도가액을 1,650,000,000원으로, 취득가액은 양도가액을 기준시가로 환산한 가액(698,659,860원)으로 하여 양도소득세 384,146,167원을 신고납부 하였으며, 처분청은 쟁점부동산의 취득가액이 확인되지 아니한다하여 기준시가(양도가액 1,875,944,700원, 취득가액 771,592,162원)에 의하여 양도소득세 83,073,318원(결정세액 468,131,815원)을 2000.1.15 추가로 고지한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 의해 확인된다.

(2) 처분청의 쟁점부동산에 대한 양도소득세실지조사서를 보면, 쟁점부동산의 양도가액 1,650,000,000원은 관련서류와 매수자인 OOO외 1인의 거래사실확인서에 의해 실지거래가액으로 확인되고 취득가액은 쟁점토지 취득당시의 매매계약서가 없어 확인되지 않고, 쟁점 건물의 취득가액은 도급계약서는 없으나 청구인의 사업장 관할세무서인 강남세무서에 신고된 1988년1기 확정 부가가치세신고서에 의하여 쟁점 건물 신축대금지급액이 204,545,000원으로 확인된다고 되어 있다.

(3) 청구인은 쟁점부동산이 경매진행중에 양도하여 부득이 개별공시지가보다도 낮은 가액인 1,650,000,000원에 양도하게 되었다고 주장하고 있고 처분청도 실지양도가액이 관련서류와 매수자의 거래사실확인서에 의해 확인된다고 한 점을 보면, 쟁점부동산의 실지양도가액은 1,650,000,000원이라고 인정된다 할 것인 바, 쟁점부동산의 토지와 건물가액을 구분하지 아니하고 일괄표시하였으므로 소득세법 제100조 제2항에 의하여 쟁점부동산의 양도당시 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 계산된 토지가액 1,480,290,000원과 건물가액 169,710,000원을 쟁점토지와 쟁점건물의 실지양도가액으로 인정할 수 있다 할 것이다.

(4) 청구인은 쟁점토지를 1987.12.3. 취득하여 동 지상에 1988.8.17 쟁점건물을 신축하였는 바, 쟁점토지의 실지취득가액을 알 수 있는 계약서나 금액을 제시하지 아니하여 실지취득가액이 확인되지 아니하나 쟁점건물의 취득가액은 처분청의 이 건 양도소득세실지조사서에 나타난 바와 같이 청구인이 쟁점건물을 신축하고 신축대금이 204,545,000원이라고 1988년 제1기 부가가치세를 신고한 사실이 있으므로 동 공사대금을 쟁점건물의 실지취득가액으로 인정할 수 있다 할 것이다.

(5) 위 사실관계를 종합해 보면 쟁점부동산 중 쟁점토지는 실지양도가액은 확인되나 실지취득가액이 증빙 등에 의하여 확인되지 아니하므로 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 쟁점건물은 실지양도가액이 169,710,000원으로, 실지취득가액이 204,545,000원으로 확인되므로 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하여 쟁점부동산양도에 대한 양도소득세를 과세하여야 할 것이다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례