조심 2020지0406 (2020.07.14)

취득

경정

처분청은 당초 이 건 토지의 지목변경 취득세를 면제하였으나 동 취득세는 「지방세특례제한법」제78조 제1항 및「경상북도 도세감면조례」제10조 등에 따라 100분의 60 감면대상에 해당하고 위 조항에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보기도 어려우므로 처분청이 이 건 토지의 지목변경 취득세 전체를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

｢지방세특례제한법｣ 제78조 제1항

OOO시장(남구청장)이 2019.11.15. 청구법인에게 한 취득세 OOO의 부과처분은OOO 토지 56,456.1㎡에 대한 지목변경 취득세의 100분의 60을 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.5.1. OOO 토지 56,456.1㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)의 지목을 임야에서 공장용지로 변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)한 후,「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항 및 같은 법 부칙 제25조에 따른 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 면제받았고, 취득세 면제에 따른 농어촌특별세 OOO을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 지목변경일(2015.5.1.)부터 3년(이하 “유예기간”이라 한다)이 경과할 때까지 이 건 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않았다고 보아 2019.11.15. 청구법인에게 이 건 지목변경에 따른 공사비용OOO(신고분 OOO, 누락분 OOO)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.1.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 토지는 청구법인의 공장부지 내 토지로서 이미 공장용 건축물이 있어 토지와 함께 일단의 공장을 구성하고 있고, 공장의 부속토지에 해당되는지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정하여야 하며(대법원 1995.11.21. 선고 95누3312 판결), 이 건 토지를 포함한 청구법인의 OOO공장 내 모든 토지가 공장입지기준 면적 이내의 토지에 해당하는바, 그 지상에 산업용 건축물 등이 존재하는지 여부에 관계 없이 이 건 토지는 공장용 건축물의 부속토지에 해당하므로 이는 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용한 것으로 보는 것이 타당하다.

(2) 청구법인은 이 건 토지에 공장용 건축물을 신축하기 위하여 이 건 지목변경 공사를 하였으나, 지목변경 후 지질조사 과정에서 이 건 토지의 지반이 철강재 제조공장을 신축하기에는 너무 연약하고 산사태 등이 발생하는 경우 지반 붕괴가 우려됨에 따라 이 건 토지에 공장 신축계획을 포기한 후 야적장으로 사용하고 있는바, 이는 해당 사업에 직접 사용하는 경우에 해당되거나 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유로 유예기간 내에 이 건 토지에 산업용 건축물 등을 신축하지 못한 것이므로 정당한 사유에 해당된다.

(3) 청구법인은 2012.3.12. OOO지사로부터 OOO국가산업단지 제2연관단지 내 OOO의 실시계획 인가를 받은 후 그 사업의 일환으로 2013.5.6. 이 건 지목변경 공사를 착공하였고, 지목변경공사 착공 당시 시행 중인 구「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제1항에서 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있으므로 이 건 지목변경의 취득일이 2015.5.1.이라 하더라도 이 건 지목변경에 따른 취득세는 구 「지방세특례제한법」 제78조 제1항을 적용하여 면제하는 것이 실질과세의 원칙 및 납세자의 신뢰보호 원칙에 비추어 타당하다.

(4) 설령, 이 건 지목변경이 구 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따른 취득세 면제 대상에 해당되지 않는다 하더라도 청구법인이 산업단지개발사업의 시행자 지위에서 이 건 토지를 산업단지로 조성하는 공사(이 건 지목변경)를 완료한 이상, 이 건 토지에 산업용 건축물 등을 신축하였는지 여부에 관계 없이 이 건 지목변경에 따른 취득세는 「지방세특례제한법」제78조 제1항 및「OOO 도세감면 조례」(2015.4.6. 조례 제3612호로 개정된 것, 이하 같다)제10조 제1호에 따라 산출한 세액의 100분의 60 감면 대상이라 할 것이므로 이 건 취득세 중 100분의 60에 해당하는 세액은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 건 토지가 청구법인의 OOO공장 내에 소재하는 토지로서 사실상의 공장용 건축물의 부속토지이므로 이는 산업용 건축물의 용도에 직접 사용하는 것이라고 주장하나, 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 “산업용 건축물이 이미 건축되어 있는 토지”를 포함한다고 해석할 수는 없으므로 설령 이 건 토지가 청구법인의 포항공장 내 공장용 건축물의 부속토지에 해당된다고 하더라도 이를 산업용 건축물의 건축에 직접 사용한 것으로 볼 수는 없다.

(2) 청구법인은 이 건 지목변경일(2015.5.1.) 이전에 산사태 등으로 지반에 문제가 생길 수 있음을 알았던 것으로 보이고, 청구법인이 이 건 토지의 유예기간 내 건축물 건축공사를 하지 못한 데에 법령상ㆍ사실상의 장애 사유가 있다고도 보기 어려우며, 이 건 토지를 공장 신축용 자재를 보관하는 야적장으로 사용하였다 하더라도 이를 산업용 건축물 등을 건축하는 것과 동일하다고 볼 수는 없는바, 청구법인은 정당한 사유 없이 유예기간 내에 이 건 토지에 산업용 건축물 등을 건축하지 않았다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 당초 이 건 취득세 신고 당시 취득세 신고서 등에 이 건 지목변경의 취득일을 2015.5.1.로 기재하였으므로, 만약 청구법인이 이 건 지목변경에 따른 토지(공장용지)의 실제 사용일이 2014년이라고 주장한다면, 이는 청구법인이 지방세법령에서 규정하고 있는 신고·납부의무를 위반한 것임을 스스로 인정하는 것인바, 이에 대한 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

(4) 청구법인은 2015.5.1. 이 건 지목변경을 완료한 후, 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따라 취득세를 면제받았으므로 그 후 면제받은 취득세의 추징 시점에 와서 「지방세특례제한법」제78조 제1항을 적용하여야 한다고 주장하는 것은 취득세의 경우 감면 받은 조항에 따라 그 추징 여부를 판단하여야 하므로 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

산업단지개발사업의 시행자가 산업단지로 조성(지목변경)한 토지에 그 조성일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등을 신축하지 않았다고 보아 지목변경에 따른 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1960.10.19. 강관, 강판, 강재제조업 등을 목적사업으로 설립된 후, OOO국가산업단지 제2연관단지에서 철강재 제조업을 영위하고 있다.

(나) OOO지사는 2012.3.12. 청구법인을「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 이 건 토지가 소재한 산업단지 조성사업의 시행자로 지정하고, 그 실시계획을 인가하였다(산업단지지원과-1458).

(다) 청구법인은 2013.5.28. 이 건 조성사업의 일환으로 이 건 토지의 지목변경공사를 착공하여 2015.5.1. 이 건 지목변경 공사를 완료(준공인가 전 사용승인)하고, 2015.6.26. 이 건 지목변경에 따른 취득세 등을 신고하면서 제출한 취득세 감면신청서의 감면신청사유에는 “산업단지 감면”이라고만 기재되어 있을 뿐 구체적인 조항은 기재되어있지 아니하나, 처분청이 발급한 ‘취득세(이 건 지목변경) 기한 내 신고서’에 “2015.12.31.까지 사업시행자와 분양계약을 체결하고 산업단지 내에 산업용 건축물을 신․증축 부동산”이라고 기재되어 있는 것으로 보아 처분청은 이 건 지목변경을 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목 및 같은 법 부칙 제25조에 따라 취득세를 면제한 것으로 보인다.

(라) 처분청 담당공무원이 2019.7.30. 이 건 토지의 현장을 확인한 후 작성한 출장복명서에는 “이 건 지목변경일(2015.5.1.) 당시「지방세특례제한법」산업단지 감면조항에 따라 지목변경에 따른 취득세를 경감받았으나 출장일 현재 주생산물인 파이프만 적재한 야적장 및 비어있는 상태로 산업용 건축물을 건축하지 않은 점을 미루어 경감된 취득세 추징대상으로 판단되지만, 청구법인이 부득이한 사유로 지연됐다고 하여 증빙서류를 검토하기로 함”이라고 기재되어 있다.

(2) 「지방세법」제7조 제4항에서 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」제78조 제1항 및 제8항에서「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 감면하되 지방자치단체의 장은 100분의 25의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다고 규정하고 있으며,「OOO 도세감면조례」제10조 제1호에서 「지방세특례제한법」제78조 제1항의 경우에는 취득세의 100분의 60을 2016.12.31.까지 경감한다고 규정하고 있다.

또한 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016.12.31.까지 경감하되, 그 부칙 제25조에서 산업단지 개발사업의 시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결하고 산업단지 에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017.12.31.까지 종전의 법률(취득세 면제)을 적용한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 규정하고 있는 “산업단지를 조성하기 위하여 취득”에는 매매․신축 등에 의한 취득뿐만 아니라 토지의 지목변경에 의한 취득도 포함하는 점, 청구법인은 산업단지개발사업의 시행자의 지위에서 조성공사를 시행하여 이 건 토지의 지목을 임야에서 공장용지로 변경하였으므로 이는 산업단지를 조성하기 위한 취득에 해당된다고 보이는 점, 매매 등에 의한 취득과 지목변경에 의한 취득을 별개의 과세대상을 보아야 하는 이상 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 토지에 대하여 취득세를 감면받지 못하였다고 하여 그 조성공사(지목변경)에 따른 취득세가 당연히 감면대상에서 제외되는 것은 아닌 점, 청구법인은 이 건 토지를 산업단지로 조성하여 처분청으로부터 사용승인을 받았으므로 그 자체로 취득세 감면대상에 해당된다고 보이는 점, 이 건 지목변경의 경우 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따라 취득세 감면여부를 가려야 하나 처분청은 같은 조 제4항을 적용하여 취득세를 면제하였는바, 이는 그 사실관계 등을 착오함에 따른 것으로 보이는 점, 청구법인과 처분청은 이 건 지목변경에 대한 취득세가 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 면제대상임을 전제로 청구주장과 그에 대한 답변을 하였으나 이 건 토지의 지목변경 취득세는 위 조항에 따른 면제 대상이 아니므로 청구주장과 처분청의 답변이 정당한지 여부를 다툴 실익이 없는 점, 산업단지조성을 위한 지목변경의 경우 「지방세특례제한법」제78조 제1항 단서의 적용이 사실상 불가하므로 입법적 보완이 필요한 것으로 보이지만 현행 조문 상 추징사유가 발생한 것으로 보기도 어려운 점 등에 비추어 이 건 취득세 등은 「지방세특례제한법」제78조 제1항 및「OOO 도세감면조례」제10조 제1호에 따라 100분의 60 감면대상에 해당하므로 처분청이 이 건 토지의 지목변경 취득세 전체를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 한편, 청구법인은 이 건 지목변경에 대하여 구 「지방세특례제한법」제78조 제1항을 적용하여 그 취득세를 면제하여야 한다고 주장하나, 2014.12.31. 개정된「지방세특례제한법」부칙 제25조에서 같은 법 제78조 제4항에 대하여만 별도의 경과 규정을 두고 있고, 같은 법 제78조 제1항에 대하여는 지방자치단체의 조례로 정하는 율을 추가로 경감하도록 규정하고 있는 이상, 이 건 지목변경에 대하여 종전의 법률을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법

제7조[납세의무자 등] ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제78조[산업단지 등에 대한 감면] ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조 에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사를 끝내면 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사가 끝난 후에 정당한 사유 없이 3년 이내에 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 산업용 건축물 등의 신축이나 증축으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 2016년 12월 31일까지 경감한다.

2. 2016년 12월 31일까지 산업단지 또는 산업기술단지 안에서 신축하거나 증축한 산업용 건축물등 및 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대해서는 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60을 경감)한다.

④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지 등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자[공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(3) 지방세특례제한법 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제25조[산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례] 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물 등을 건축［공장용 건축물( 「건축법」제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(4) 구 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것)

제78조[산업단지 등에 대한 감면] ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조 에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(5) 경상북도 도세감면조례(2015.4.6. 조례 제3612호로 개정된 것)

제10조[물류단지 등에 대한 감면] 「지방세특례제한법」제71조 제4항 및 제78조 제8항에 따라 취득세를 경감하는 대상과 그에 따른 감면율의 적용은 다음 각 호에 따른다.

1. 「지방세특례제한법」제71조 제1항 및 제78조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항의 경우에는 취득세의 100분의 60을 2016년 12월 31일까지 경감한다.