조심 2019중0183 (2019.04.02)

법인

재조사

처분청이 시가로 산정한 임차료는 실제임차료와 약 46배 이상의 차이가 나는 금액으로, 인근 시세와도 과도한 차이를 보이고 있어 현실성이 결여되었고, 청구법인이 지급한 임차료가 과다하다고 보기에도 그 과세근거가 부족하나, 임대차 관계에 대한 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 시가는 당해 부동산과 유사한 임대사례를 비교하여 산정하여야 하며, 임대사례가 없는 경우에도 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용상 실태, 사용범위는 물론, 임대료를 형성하는 개별적인 요인과 인접지역내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 검토하는 것이 합리적이라고 할 것이므로 처분청은 청구법인이 제시한 임대사례를 근거로 쟁점부동산의 임차료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단됨

법인세법 제52조

OOO세무서장이 2018.8.28. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO원(2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원 및 2017사업연도분 OOO원)의 각 부과처분은 청구법인이 제시한 임대사례를 근거로 OOO 외 4필지 토지 15,142㎡ 및 건물 8,635㎡의 임차료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2008년 설립되어 대형 입축사류펌프 등을 제작하는 업체로, 2013～2017사업연도 동안 특수관계인인 건물주 김OOO 등으로부터 OOO 외 4필지 토지 15,142㎡ 및 건물 8,635㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 임차하고 임차료 합계 OOO원을 지급하였다.

나. OOO세무서장은 2017년 7월 청구법인에 대한 2016사업연도 법인세 교차조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점부동산에 대한 임차료를 과다지급한 것으로 보아 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제89조의 부당행위계산 부인규정을 적용하여 실제임차료와 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호에 따라 산정한 적정임차료와의 차액을 손금불산입하여 법인세를 과세할 것을 통보함에 따라 처분청은 2017.11.1. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

이후, 국세청장은 2018.8.4. OOO세무서장에 대한 정기감사를 실시한 결과, 청구법인에 대한 2016사업연도 법인세 조사시 쟁점부동산의 임차료 시가 산정에 오류가 있음을 발견하는 한편, 2013․2014․2015․2017사업연도 지급임차료에 대하여도 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세할 것을 지적하였고, 처분청은 이에 따라 2018.8.28. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원(2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원 및 2017사업연도분 OOO원)을 각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「법인세법」 제52조 제2항에서 부당행위계산의 부인규정을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 즉, “시가”를 기준으로 하며, 이 시가의 범위를 위임받은 시행령 제89조는 제1항에서 당해법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을, 제2항에서 시가가 불분명한 경우에 그 제1호는 감정가액, 제2호는 「상속세 및 증여세법」에 의한 보충적 평가액에 따르도록 규정하고 있으며, 제4항은 제88조 제1항 제7호의 규정에 의한 자산의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 그 제1호 즉, 처분청이 적용한 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가로 보도록 규정하고 있다.

위와 같은 규정을 문리적으로 해석한다면 「법인세법」상 시가의 범위는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항의 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 존재하면 그 가격을, 시가가 불분명하다면 감정가액, 「상속세 및 증여세법」상 보충적 가액을 순차적으로 적용하여야 하며, 같은 조 제4항에 따라 제1항과 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 처분청이 적용한 제4항 제1호를 적용하여야 하므로 처분청은 쟁점부동산의 시가 산정시 우선적으로 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는지 여부에 대한 조사를 선행하여야 함에도 그러한 조사 없이 이 건 처분을 하였다.

(2) 쟁점부동산이 소재하는 지역에는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격 즉, 유사임대사례가 무수히 존재한다. 쟁점부동산이 소재하는 지역 일대는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」상의 성장관리지역(공장유도지역)으로 공장이 밀집되어 있어 많은 임대사례를 발견할 수 있다. 따라서 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 의한 시가가 존재하며, 그 임대사례가격(OOO원/3.3㎡)과 쟁점부동산의 지급임차료(OOO원/3.3㎡)를 비교하여도 오히려 과소지급된 것으로 나타난다. 또한, 인터넷에서 ‘OOO’를 검색하여 건평 100평 이상인 49개의 임대매물을 발췌한 결과, 불특정다수인에게 공시된 주변 부동산의 임대가격(OOO원/3.3㎡)이 공개되어 있다. 따라서 처분청이 임대사례에 대한 조사 없이 곧바로 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호를 적용한 적정임차료를 산정하여 청구법인이 과다하게 지급하였다고 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 위법하다.

(3) 「국세기본법」 제18조 제1항은 세법을 해석․적용할 때는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있고, 제19조는 세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때는 과세의 형평과 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다고 밝히고 있는바, 이 건의 경우 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 따라 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격(OOO원/3.3㎡)이 객관적으로 널리 존재하고, 청구법인이 지급한 임차료(OOO원/3.3㎡)는 임대사례가격보다 오히려 적으며, 제2항에 규정된 시가가 불분명하지 아니함에도 제1항과 제2항을 적용할 수 없다고 보아 가장 후순위로 적용하여야 할 제4항 제1호를 적용하여 객관적으로 조사된 시가(OOO원/3.3㎡)의 1.6%에 불과한 임차료(OOO원/3.3㎡)를 시가로 산정하였다.

또한, 부당행위계산 부인규정을 적용하려면 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 하는 것(대법원 2018.7.26. 선고 2016두40375 판결, 대법원 2018.7.20. 선고 2015두39842 판결 외 다수 참조)이므로 청구법인과 같이 대형 제품을 생산하여 거래처로 운송함에 필수적인 넓은 공장마당의 입지조건까지 고려하면 청구법인이 지급한 이 건 임대료는 지극히 정상적인 시가에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점부동산의 임차료에 대하여 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는지 여부에 대한 조사가 선행되어야 함에도 그러한 조사 없이 이 건 처분이 이루어져 부당하다고 주장하나, 이 건 업무감사는 OOO세무서장에 대한 조사 업무처리의 적법성･타당성을 검증하기 위한 목적에서 이루어진 것으로 청구법인에 대한 법인세 통합조사 종결보고서상 적정임대료 계산방식의 오류를 감사지적한 것이다. 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호에서 ‘유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’에 따라 시가를 계산하도록 규정하고 있고, 여기서 정기예금이자율은 같은 법 시행규칙 제6조에 따른 ‘연이자율’이나 인천세무서장이 이를 ‘월이자율’로 잘못 적용하여 임차료 시가를 과다하게 산정한 것이 감사과정에서 확인되어 고지한 것이다.

즉, 이 건은 청구법인이 2016사업연도에 지급한 임차료 OOO원과 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호에 따라 계산한 적정임대료 OOO원과의 차액 OOO원 중 당초 조사과정에서 부인한 OOO원을 제외한 OOO원을 감사지적하여 손금불산입을 하였고, 타사업연도(201～2015사업연도 및 2017사업연도)에 대해서도 같은 방법으로 경정이 이루어진 것이며, 당초 조사과정에서 유사임대사례를 찾기 어려워 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호를 적용하여 적정임차료를 산정한 것이므로 임차료 시가에 대한 조사 없이 부과처분이 이루어졌다는 청구주장은 이유 없다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산과 임대조건이 유사한 7개 업체의 임대사례와 인터넷상 ‘OOO’를 검색하여 건평 100평 이상인 49개의 매물을 발췌한 내역을 제시하면서 특수관계인에게 지급한 쟁점부동산의 임차료가 적정하다고 주장하나, OOO세무서장은 2017.7.25.부터 2017.9.19.까지의 기간 동안 청구법인에 대한 2014～2016 사업연도 법인통합조사를 실시하였고, 그 과정에서 쟁점부동산의 임차료에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용하기 위하여 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 해당하는 시가가 있는지 여부를 조사하였으나 불분명하여 같은 조 제4항 제1호를 적용하였으며 이에 대하여 청구법인도 쟁점부동산을 임차하면서 임차료를 과다지급한 사실이 있다고 인정하는 내용의 확인서를 작성하였다. 따라서 처분청이 유사임대사례가액을 적용할 수 없음에 따라 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호를 적용하여 적정임차료를 산정하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 특수관계자에게 쟁점부동산의 임차료를 과다지급한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제88조[부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등은 제외하며, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2013～2017사업연도 동안 사주인 김OOO으로부터 쟁점부동산을 임차하여 공장으로 사용하며 임차료 합계 OOO원을 지급하였으나, 처분청은 청구법인이 특수관계인에게 시가보다 임차료를 과다지급한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 이 건 처분을 하였다.

(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

OOO

(나) 청구법인이 2013～2017사업연도 동안 김OOO에게 지급한 쟁점부동산의 임차료는 아래 ＜표2＞와 같다.

OOO

(다) 처분청이 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호를 적용하여 산정한 쟁점부동산의 적정임차료는 아래 ＜표3＞과 같다.

OOO

(라) OOO세무서장의 청구법인에 대한 법인세 조사시 청구법인이 작성한 확인서의 내용은 다음과 같다.

OOO

(마) 그 밖에 국세청장은 당초 OOO세무서장이 청구법인에 대한 법인세 조사과정에서 쟁점부동산에 대한 적정임차료 산정시 2016년 정기예금이자율 1.8%를 연이율이 아닌 월이율로 잘못 계산한 사실을 확인하여 이를 지적한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 처분청이 적정임차료의 산정에 있어서 쟁점부동산과 유사한 임대사례를 비교하거나 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용상황, 사용범위 등 임대를 형성하는 개별적인 요인 및 인접지역 내 다른 부동산의 임대가격 등에 대한 검토 없이 곧바로 「법인세법 시행령」 제89조 제4항을 적용함은 부당하다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

(가) 청구법인이 계산한 쟁점부동산 중 건물의 사업연도별 3.3㎡당 월임차료는 아래 ＜표4＞와 같다.

OOO

(나) 청구법인은 쟁점부동산 인근의 부동산중개업소를 탐문하여 수집한 아래 ＜표5＞와 같은 임대사례를 제시하고 있고, 최근 5년간 임대 시세는 거의 변동이 없다고 주장한다.

OOO

(다) 청구법인이 OOO의 인터넷사이트OOO에서 “OOO”로 검색하여 발췌한 100평 이상의 임대매물 목록은 아래 ＜표6＞과 같다.

OOO

(4) 한편, 처분청은 당초 조사시 쟁점부동산의 임대실례가 존재하지 아니하여 「법인세법 시행령」 제89조 제4항을 적용하여 이 건 적정임차료를 시가로 산정한 것이고, 청구법인도 확인서를 통하여 임차료를 과다지급한 사실을 인정하였으므로 이 건 처분은 정당하다는 의견을 제시하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산에 대한 임차료를 과다지급한 것으로 보아 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제89조의 부당행위계산 부인규정을 적용하여 실제임차료와 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제1호에 따라 산정한 적정임차료와의 차액을 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세하였으나,

「법인세법」 제52조 제2항에서 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조는 매매사례가액, 감정평가액을 적용할 수 없는 경우에 한하여 제4항에서 ‘유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’을 시가로 한다고 규정하고 있으며, 이 경우 부당행위계산부인의 적용 기준이 되는 ‘시가’에 관한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있다고 할 것(대법원 2018.7.26. 선고 2016두40375 판결 외 다수, 같은 뜻임)이다.

한편, 부당행위계산 부인규정상 부동산의 임차료 시가는 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 의한 낮은 가액에 50%를 곱하고 임대보증금을 차감한 후 정기예금이자율을 곱하여 산출하므로 시세에는 훨씬 미달하고, 이러한 관계로 특수관계자로부터 부동산을 임차하여 사용함에 있어 현실적인 시세를 반영하여 임차료를 책정하게 되면 「법인세법」상으로는 고율의 임차료를 지불하게 되는 결과를 초래할 가능성이 커지게 된다. 이 건의 경우도 처분청이 시가로 산정한 임차료(OOO원/3.3㎡)는 실제임차료(OOO원/3.3㎡)와 약 46배 이상의 차이가 나는 금액으로, 인근 시세(OOO원/3.3㎡ 또는 OOO원/3.3㎡)와도 과도한 차이를 보이고 있어 현실성이 결여되었고, 청구법인이 지급한 임차료가 과다하다고 보기에도 그 과세근거가 부족하므로 「법인세법 시행령」 제89조 제1항을 적용하지 아니하고 제4항을 곧바로 적용한 것은 잘못이 있다.

다만, 위와 같이 법 규정에 의하여 산출되는 임차료 시가와 비교하여 그 액수에 차이가 있다고 하더라도 부당행위계산부인 대상인지의 여부를 판단함에 있어서는 임차료 지급행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 대하여 고려할 필요가 있고, 임대차 관계에 대한 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 시가는 당해 부동산과 유사한 임대사례를 비교하여 산정하여야 하며, 임대사례가 없는 경우에도 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용상 실태, 사용범위는 물론, 임대료를 형성하는 개별적인 요인과 인접지역내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 검토하는 것이 합리적이라고 할 것이다.

따라서 처분청은 청구법인이 제시한 임대사례를 근거로 쟁점부동산의 임차료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.