조심2009지0948 (2010.10.05)

등록

경정

직권심리결과 본점 전입과 관련없는 공실상태에 있거나 임대하고 있는 부분에 대한 부동산등기에 대하여도 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 있으므로 이 면적은 등록세 중과세 대상에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정함이 타당함

지방세법 제27조의2【가산세의 부과와 면제】 / 지방세법 제138조【대도시지역 내 법인등기 등의 중과】 지방세법 제27조의2【가산세의 부과와 면제】 / 지방세법 제138조【대도시지역 내 법인등기 등의 중과】

조심2011지0478

처분청이 2009.7.10. 청구법인에게 한 등록세 87,817,450원, 지방교육세 16,196,880원, 합계 104,014,330원(가산세 포함)의 부과처분은 본점용 부동산을 제외한 면적을 등록세 중과세 대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2007.6.11. ○○○ 토지 370.9㎡와 그 지상건축물 1,467.12㎡(지하 1층ㆍ지상 4층, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고 같은 날 그 취득가액 1,745,120,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등 합계 40,682,880원을 신고납부하였다.

나. 그 후 처분청은 청구법인이 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전한 사실을 확인하고 이 건 부동산등기가 등록세 중과세 대상인 대도시 내로의 본점 전입에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아 그 취득가액에 「지방세법」 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 87,817,450원, 지방교육세 16,196,880원, 합계 104,014,330원(가산세 포함)을 2009.7.10. 청구법인에게 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

1998년도부터 피혁제품을 주로 수출하는 자본금 50,000,000원과 직원 4명의 영세 소기업인 개인유사법인으로, 2007.6.11. 이 건 부동산을 취득하였으나 임대가 되지 않은 공실이 많아 종전 사업장의 임차관리비 등을 절감하기 위하여 2008.8.28. 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전하였는바,

2007년도 매출액은 1,084,000,000원으로, 2006년도 1,855,000,000원 대비 771,000,000원(감소비율 41.5％)이 감소하는 등 최악의 경영상태에 있었고(결산서상 당기순이익은 명목숫자에 불과하고, 은행대출금 연장을 대비하여 30,000,000여원의 감가상각을 유보하고 제조원가 중 노무비, 경비 등 95,000,000원의 손비를 계상하지 않아 실제로는 106,000,000원의 결손상황이었음), 급격한 매출하락에 유동성이 막혀 대표이사인 이원창이 사채를 동원하여 운영자금으로 사용하였으며,

결산서상 자본금은 116,000,000원이나 실제 결손금 73,000,000원을 감안하면 법정자본금 50,000,000원 중 40,000,000원이 잠식되는 등 사업이 중대한 위기에 처한 상태에 있었을 뿐만 아니라 청구법인이 2008.8.28. 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전한 직후인 2008.10.30. 처분청에서 세무조사를 실시하였으나 당시 등록세를 중과세한 사실도 없었으므로 가산세를 가산하여 이 건 등록세 등을 부과고지한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

첫째, 구 「지방세법」 제138조 제1항 제2호 및 제3호에서 대도시 내로의 법인 본점의 전입등기 및 그에 따른 부동산등기를 등록세 중과세 대상의 하나로 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항에서 “대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는바,

청구법인의 경우 1998.3.16. 대도시외의 지역인 산업단지 내 ○○○에서 법인을 설립하고 2007.6.11. 대도시 내에 소재하고 있는 이 건 부동산을 취득한 후 2008.8.28. 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전한 사실이 법인등기부등본에서 입증되고 있는 이상,

이 건 부동산등기는 대도시 외의 지역에서 대도시 내로의 본점 전입에 따른 부동산등기에 해당된다 하겠고, 임대되지 않은 공실이 많아 종전 사업장의 임차관리비 등을 절감하기 위하여 본점을 이전하였다고 하여 달리 볼 수는 없다 할 것이다.

둘째, 가산세 면제사유를 규정하고 있는 구 「지방세법 시행령」 제11조 및 13조의2에서의 “그 사업에 심한 손해를 입거나, 사업이 중대한 위기에 처한 때”의 의미는 판매의 격감, 재고의 누적, 거액매출채권의 회수곤란, 거액의 대손발생, 노동쟁의 등으로 인한 조업중단 또는 일반적인 자금경색으로 인한 부도발생이나 기업도산의 우려가 있는 경우 등을 말한다○○○할 것인바,

청구법인의 경우 2008년도 손익계산서상 손실액이 없고 오히려 당기순이익이 65,040,929원으로, 전년 대비 12,050,149원이 증가한 점으로 볼 때, 위 규정의 “그 사업에 심한 손해를 입거나 사업이 중대한 위기에 처한 때”에 해당된다고 보기는 어렵다 할 것이어서 가산세 부분을 면제하여야 한다는 청구인의 주장 또한 받아들일 수 없다 하겠으므로 가산세를 가산한 이 건 등록세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 대도시 외의 법인인 청구법인이 대도시 내의 부동산을 취득등기한 후 이로부터 5년 이내에 당해 부동산으로 본점을 이전한 경우 당해 부동산등기에 대하여 대도시 내 본점 전입에 따른 부동산등기로 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부

(2) 사업이 중대한 위기에 처한 경우에 해당되는 것으로 보아 가산세를 면제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 9924호로 개정되기 전의 것)

제27조의2【가산세의 부과와 면제】① 지방자치단체의 장은 이 법이 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다. 이 경우 가산세는 당해 지방세의 세목으로 한다.

② 지방자치단체의 장은 이 법에 의하여 부과하였거나 부과할 가산세에 있어서 그 부과의 원인이 되는 사유가 천재ㆍ지변ㆍ사변ㆍ화재 그 밖에 이와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 때에는 이를 면제한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 가산세를 면제받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 사유를 명시하여 당해 지방자치단체의 장에게 신청할 수 있다.

제138조【대도시지역 내 법인등기 등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

제150조의2【신고 및 납부】② 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

제151조【부족세액의 추징 및 가산세】등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

(2) 지방세법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것)

제11조【기한의 연장사유 등】① 법 제26조의2 제1항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 사유를 말한다.

4. 납세의무자 또는 특별징수의무자가 그 사업에 심한 손해를 입거나 그 사업이 중대한 위기에 처한 때

제13조의2【가산세의 면제】법 제27조의2 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 제11조 제1항 각 호의 1에 해당하는 사유를 말한다.

제102조【대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점 등”이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

④ 법 제138조 제1항 제2호의 규정에 의한 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항 제3호의 규정에 의한 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입 이후의 부동산등기는 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 1998.3.16. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 지방산업단지인 ○○○를 본점 소재지로 하여 설립된 청구법인은 대도시 외의 지역에서 사업을 영위하다가 2007.6.11. 대도시 내에 위치하고 있는 이건 부동산을 취득등기한 후 2008.8.28. 본점을 이 건 부동산 소재지로 이전하였다.

또한, 2010.8.16. 현재 청구법인은 이 건 부동산 중 지상 1층은 창고 및 주차장으로, 지상 4층은 본점 사무실로 사용하고 있다.

(2) 청구법인의 재무제표상 연도별 당기순이익 등의 현황은 아래 표와 같다.

(3) 「지방세법」 제138조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 대도시 내 본점 전입에 따른 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세한다고 규정하고 있는바,

청구법인은 대도시 외의 지역인 지방산업단지에서 사업을 영위하다가 2007.6.11. 대도시 내에 소재한 이 건 부동산을 취득등기한 후 이로부터 5년 이내인 2008.8.28. 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전한 이상 이 건 부동산등기는 대도시 내로의 본점 전입에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아야 할 것이나,

다만, 등록세 중과세 대상을 판단함에 있어 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이전에 본점 전입과 관련성이 없이 본점 용도가 아닌 임대를 목적으로 취득한 부분에 대한 부동산등기까지 등록세 중과세 대상으로 하는 것은 무리가 있다 할 것으로○○○, 이 건 부동산 중 본점 사무실 및 창고 등으로 사용하고 있는 지상 1층과 지상 4층을 제외한 공실상태에 있거나 임대용으로 제공하고 있는 지하층과 지상 2층 및 지상 3층 부분은 본점 전입과 관련이 있다고 볼 수는 없다 하겠다.

한편, 가산세 면제규정인 「지방세법 시행령」 제11조 제1항 및 제13조의2에서 말하는 “그 사업에 심한 손해를 입거나 사업이 중대한 위기에 처한 때”라 함은 판매의 격감, 재고의 누적, 거액매출채권의 회수곤란, 거액의 대손발생, 노동쟁의 등으로 인한 조업중단 또는 일반적인 자금경색으로 인한 부도발생이나 기업도산의 우려가 있는 경우 등을 의미한다 하겠고,

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다 할 것이나,

청구법인의 경우 2007년도에는 2006년도 대비 매출액과 당기순이익 등의 감소가 있었으나 2008년도에는 증가된 것으로 나타나고 있어 가산세 면제사유인 사업이 중대한 위기에 처한 상태에 있다고 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 이 건 등록세 등을 청구법인에게 부과고지하면서 가산세를 가산한 것은 잘못이 없지만 직권심리결과 본점 전입과 관련없는 공실상태에 있거나 임대하고 있는 부분에 대한 부동산등기에 대하여도 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 있으므로 이 면적은 등록세 중과세 대상에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.