1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 원고는 2016. 10. 28. 피고와 사이에, 피고로부터 양주시 C 외 1필지 및 피고가 그 지상에 건축하는 요양원 목적의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 35억 6,000만 원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였는데, 위 매매계약의 일부 내용은 아래와 같다.

6. 매매조건

가. 매매금액에는 토지비, 건축비, 건축에 소요되는 제반비용 포함임. -설계비, 감리비, 시설부담금, 농지전용부담금, 각종인입비(전기, 수도, 가스 등)

나. 등기비, 취등록세 및 승인시 필요한 시설비용은 원고 부담임. 부가세는 별도임(부가세 환급은 추후 상의 협조 사항임)

나. 원고는 의정부세무서에 이 사건 건물에 관한 부가가치세 신고를 하였고, 그에 따라 의정부세무서로부터 부가가치세 환급 명목으로 2016. 11. 16. 2,000만 원, 2017. 2. 10. 5,000만 원, 2018. 2. 12. 151,030,000원을 각 지급받았다.

다. 의정부세무서는 2019. 6. 13.경 원고에게 ‘비영리법인의 고유목적사업관련 매입세액 불공제 결정’을 이유로, 위와 같이 그동안 원고에게 환급해온 부가가치세액에 10%의 가산세액을 가산하여 총 244,205,540원의 과세처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 청구원인에 관한 판단

가. 청구원인의 요지 피고는 이 사건 건물이 노유자시설로서 비영리법인의 고유목적사업에 관한 재산으로서 부가가치세 관련 매입세액 불공제 대상이고, 따라서 부가세 신고를 하면 일단 부가가치세 상당액을 환급받았다가 가산세를 붙여 반환하게 될 것임을 잘 알고 있었다.

그럼에도 피고는 원고를 대리(대행)하여 이 사건 신고를 하고, 그에 따른 환급금을 원고로부터 지급받음으로써...