[사건번호]조심2013서0120 (2013.03.26)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

[관련법령] 조세특례제한법 제99조의3

[참조결정]조심2010서2935

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 1982.11.14. 취득한 OOO 551- 37 주택(이하 “종전주택”이라 한다)의 재개발로 2003.1.29. 취득한 같은 동 1279 OOO아파트 104-1701(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.4.3. 양도한 후 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 신축 후 5년간의 양도소득에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정이 적용되는 것으로 보아 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 2012.4.17. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세OO,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.16. 이의신청을 거쳐 2012.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조의3 제1항의 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득은 양도로 인하여 발생하는 양도소득금액 전액을 의미하는 것이므로 취득일로부터 5년간 발생하는 소득이라고 해석될 여지는 없고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생하는 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있어 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우에는 적용될 여지가 없다 할 것이다.

종전주택 철거후 주택을 신축하여 신축주택을 양도한 경우에는 종전주택을 양도한 것이 아니므로 신축주택의 양도소득만이 있을 뿐, 종전주택의 양도소득이란 존재할 수 없고, 종전주택을 철거하고 그 토지에 주택을 신축하는 경우 종전주택은 소멸하고 신축주택의 구성요소로 되는 것이며, 신축주택을 양도하는 경우 종전주택의 양도소득은 개념상 존재할 수 없고 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 사이의 가치 상승분은 신축주택의 양도소득에 포함되므로 신축주택을 그 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우 면제되는 소득은 그 주택의 양도로 인하여 발생하는 모든 소득금액으로 봄이 타당할 것이므로 전체 양도소득금액에 대하여 과세특례를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

종전주택을 취득하여 보유하다가 멸실하여 신축주택으로 양도한 경우 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하지 아니한다고 하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. (이하 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정된 것) 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다

제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 신축주택을 2006.4.3. 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 감면신청하였고, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(나) 청구인은 1982.11.14. 종전주택을 취득하였고, 종전주택의 재개발로 2003.1.29. 신축주택을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2008.1.28.이고, 신축주택을 2006.4.3. 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(다) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 「조세특례제한법」제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2002.10.31.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(2) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 청구인은 신축주택을 그 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우 면제되는 소득은 그 주택의 양도로 인하여 발생하는 모든 소득금액으로 하여야 한다는 주장이나, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하는 것으로 보기 어렵다 할 것이다(조심 2010서2935, 2011.6.30.외 다수 같은 뜻).

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.