가산세를 직접 차감하고 나머지 세액만 환급한 처분의 당부(경정)

OO세무서장이 국세심판원의 심판결정(OO OOOOOOOOO, 2007.12.12.)에 따라 2008.1.4. 청구인에게 2005년 제1기분 부가가치세를 환급하면서 환급할 세액에서 가산세 36,137,468원을 직접 차감하고 환급한 처분은 이를 취소하고, 위 가산세를 별도로 과세하여 환급할 세액에서 충당하는 방법으로 징수하는 것으로 하여 환급할 세액을 경정하며, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 ‘OOOO’이라는 상호로 ‘건축재료 도매업’을 영위하는 사업자로 2005.7.25. 매출과세표준을 2,236,708천원, 매입과세표준을 1,624,542천원으로 하여 2005년 제1기분 부가가치세 61,216천원을 신고·납부하였으나, 처분청은 청구인이 신고한 공급가액 2,131,181천원의 매출세금계산서 및 이와 관련된 공급가액 1,482,565천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 실물거래가 없는 가공세금계산서로 조사하여 2006.6.30. 청구인을 자료상으로 고발하였다.

나. 이에 따라 청구인은 2007.4.23. ‘쟁점세금계산서를 청구인의 매출과 매입에서 각 차감하여 2005년 제1기분 부가가치세 64,861,676원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다가 처분청이 2007.5.29. ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하자, 2007.7.26. 심판청구를 제기하였으며, 국세심판원은 2007.12.12. ‘청구인이 한 경정청구에 대한 거부처분을 이를 취소한다’는 취지의 심판결정(OO OOOOOOOOO, 2007.12.12. 참조)을 하였다.

다. 처분청은 위 심판결정에 따라 2008.1.4. 청구인이 경정청구한 부가가치세를 환급하면서 매입·매출처별세금계산서합계표불성실가산세 36,137,468원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 차감한 나머지 세액 28,724,204원만 환급하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2008.3.31. 재차 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

국세기본법 제80조 제2항에서 “심판청구에 대한 결정이 있은 때에는 당해 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다”고 규정하였고, 이 건 심판결정의 취지는 “쟁점세액의 환급을 요청하는 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다”는 것이므로 쟁점세액 전액을 환급하여야 함에도 처분청이 쟁점가산세를 제외한 나머지 세액만 환급한 것이므로 부당하며,

설사 처분청의 재경정 처분 내용이 정당하다 할지라도, 재화나 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 교부하거나, 재화나 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 교부받은 경우에 2%의 가산세를 과세하도록 한 규정이 2007.1.1. 이후에 신설되었고, 청구인은 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제받은 사실이 없으므로 쟁점세금계산서에 대하여 매입·매출처별세금계산서합계표불성실가산세를 과세한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

2007.12.12.자 국세심판원의 결정내용을 보면, 주문에서 “처분청이 2007.5.29. 청구인에게 한 2005년 제1기분 부가가치세 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다”고 하였고, 심리 및 판단에서 “청구인이 당초 신고한 2005년 제1기분 부가가치세는 쟁점세금계산서상의 공급가액 및 매입세액을 과세표준 및 매입세액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 할 것이므로 처분청에서 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하지 않은 것으로 판단된다”고 하였으므로 경정청구의 내용대로 환급하여야 한다는 청구주장은 심판 결정의 취지를 오해한 것으로 판단되며,

청구인은 이 건 가산세 관련규정이 2007년에 신설되었다고 주장하나 사업자가 매입·매출처별세금계산서합계표를 불성실하게 기재하여 신고한 경우 가산세를 부과하도록 한 규정은 이 건 과세요건 성립당시의 부가가치세법 제22조 제3항 및 제4항에서 명확하게 규정하고 있었고, 청구인은 쟁점세금계산서에 대하여 매입세액을 공제받은 사실이 없다고 주장하나 당초 매입세액을 공제받았다가 공제 취소하고 과다신고한 매출세액과의 차액인 쟁점세액을 환급하여 주도록 경정청구한 사실이 처분청 전산자료에 의하여 확인되므로 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

국세심판원의 환급 거부처분 취소 결정에 따라 부가가치세를 환급하면서 환급할 세액에서 가산세를 직접 차감하고 나머지 세액만 환급한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정된 것) 제80조 【결정의 효력】 ① 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정은 관계행정청을 기속한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있은 때에는 당해 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

(2) 행정소송법(2002.1.26. 법률 제6627호로 개정된 것) 제30조 【취소판결등의 기속력】 ① 처분등을 취소하는 확정판결은 그 사건에 관하여 당사자인 행정청과 그 밖의 관계행정청을 기속한다.

② 판결에 의하여 취소되는 처분이 당사자의 신청을 거부하는 것을 내용으로 하는 경우에는 그 처분을 행한 행정청은 판결의 취지에 따라 다시 이전의 신청에 대한 처분을 하여야 한다.

③ 제2항의 규정은 신청에 따른 처분이 절차의 위법을 이유로 취소되는 경우에 준용한다.

(3) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제22조 【가산세】 ② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

3. 제20조 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다

1. 제17조 제2항 제1호의2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

⑦ 제1항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 또는 제3항의 규정을 적용하지 아니하고, 제3항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 2005년 제1기분 부가가치세 신고시 제출한 매출 및 매입세금계산서 중 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공세금계산서로 조사하여 2006.6.30. 청구인을 자료상으로 고발하였고, 청구인이 쟁점세금계산서를 청구인의 매출과 매입에서 각 차감하여 쟁점세액을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 한데 대하여 2007.5.29.자로 거부처분을 하였다가, 2007.12.12.자 국세심판원의 심판 결정에 따라 쟁점세액을 환급하면서 부가가치세법 제22조 제3항 및 제4항에 따라 쟁점가산세를 과세하였는 바,

2007.12.12.자 국세심판원의 심판결정(OOOOOOOOO, 2007.12.12.) 내용을 보면, 주문은 “처분청이 2007.5.29. 청구인에게 한 2005년 제1기분 부가가치세 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다”로 되어 있고, 3. 심리 및 판단에서 “청구인이 당초 신고한 2005년 제1기분 부가가치세는 쟁점세금계산서상의 공급가액 및 매입세액을 과세표준 및 매입세액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 할 것이므로 처분청에서 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하지 아니한 것으로 판단된다”로 되어 있다.

(2) 청구인은 위와 같이 심판 결정문의 주문이 “청구인의 경정청구에 대한 처분청의 거부처분을 취소한다”로 기재되었으므로 쟁점세액 전액을 환급하여야 한다고 주장하고 있으므로 먼저 이에 대하여 살펴본다.

(가) 국세기본법 제80조 제2항에 의하면, “심판청구에 대한 결정이 있은 때에는 당해 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다”고 규정하고 있고, 행정소송법 제30조 제2항에서 “판결에 의하여 취소되는 처분이 당사자의 신청을 거부하는 것을 내용으로 하는 경우에는 그 처분을 행한 행정청은 판결의 취지에 따라 다시 이전의 신청에 대한 처분을 하여야 한다”고 규정하고 있다.

(나) 따라서, 심판결정에 의하여 취소되는 처분이 당사자의 신청을 거부하는 것을 내용으로 하는 경우에는 그 처분을 행한 행정청은 심판결정의 취지에 따라 다시 이전의 신청에 대한 처분을 하여야 하는 것이므로 처분청은 일단 쟁점세액 전액을 국세환급금으로 결정하였어야 한다.

(3) 한편, 이 건 과세요건 성립당시의 부가가치세법 제22조 제3항에 의하면, 사업자가 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에는 그 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 매출처별세금계산서합계표불성실가산세로 과세하도록 되어 있고, 같은 조 제4항에 의하면, 사업자가 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우에는 그 다르게 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는금액을 매입처별세금계산서합계표불성실가산세로 과세하도록 되어 있다.

(가) 청구인은 가공거래에 대하여는 세금계산서합계표불성실가산세를 과세할 수 없다는 종전의 대법원 판례(OOO OOOOOOO, 1990.6.26. 참조)의 취지에 따라 이 건에도 쟁점가산세를 과세할 수 없다고 주장하나, 청구법인이 원용한 위 대법원 판례는 세금계산서합계표제도가 신설되기 이전의 세금계산서불명가산세에 관한 판례로 세금계산서합계표제도시행일(1995.1.1.) 이후는 원용할 수 없는 판결(OOO OOOOOOOOOO, 2003.6.13. 참조)이며,

(나) 매출 매입처별세금계산서합계표불성실가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 부가가치세의 납세의무를 지는 사업자에게 세금계산서합계표의 기재사항을 사실대로 정확하게 기재하여 과세관청에 제출할 의무를 부과하고, 사업자가 정당한 이유없이 이에 위배하여 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하거나 사실과 다르게 기재한 때에 사업자의 고의 과실을 고려함이 없이 행정상 제재로 부과되는 가산세이며, 원래 가산세는 징수절차의 편의상 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 하여 그 세법에 의하여 산출된 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐, 세법이 정하는 바에 의하여 성립 확정되는 국세와는 본질적으로 그 성질이 다른 것이므로, 재화를 공급하는 사업자가 가공거래로 인한 가공의 매출금액과 가공의 매입금액을 합산하여 기재함으로써 매출 매입처별세금계산서합계표의 공급가액을 사실과 다르게 기재하였다면, 사업자는 그 가공거래부분에 대하여 부가가치세 납세의무를 부담하는지 여부와는 상관없이 사실과 다르게 기재된 세금계산서합계표의 공급가액에 대하여 부가가치세법 제22조 소정의 매출 매입처별세금계산서합계표불성실가산세를 납부할 의무가 있다고 할 것이다(OOO OOOOOOOOO, 2003.5.16., OO OOOOOOOOO, 2003.11.28. 같은 뜻임).

따라서, 이 건 청구인에게는 쟁점세액을 환급하는 것과는 별개로 쟁점세금계산서에 대하여 매출 매입처별세금계산서합계표불성실가산세를 과세하는 것이 타당하다고 판단된다.

(4)위의 내용을 종합하여 보면, 국세심판원은 당초 청구인과 처분청이 쟁점가산세에 대하여 다툰 사실이 없으므로 청구인이 심판청구를 제기하여 다툼의 대상이 된 처분인 “청구인의 경정청구에 대한 처분청의 거부처분”이 정당한지 여부에 대하여만 판단을 한 것이고, 처분청은 위 심판결정에 따라 쟁점세액을 환급 결정하면서 쟁점가산세의 부과처분을 별도로 하고 이를 쟁점세액에서 충당하는 행정상의 번거로움을 피하기 위하여 쟁점가산세를 환급할 세액에서 직접 차감한 것으로 보이나,

당초 심판결정의 취지가 쟁점세액의 환급 거부처분을 취소하는 것이므로 처분청은 부가가치세법 제22조 제3항 및 제4항의 규정에 따라 쟁점가산세의 부과처분을 별도로 하고, 이에 따른 세액을 당초 처분인 거부처분을 취소함에 따라 발생한 환급세액에서 충당하는 것은 별론으로 하더라도 일단 쟁점세액 전액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008 년 7 월 29 일

주심조세심판관 이 영 우

배석조세심판관 이 광 호

남궁 훈

이 전 오

참조조문

유사 판례