서면-2016-부동산-3473(2016.09.27)

양도

어업인이 2015년 12월 31일 이전에 어업용 토지 등을 영어조합법인에 현물출자하면서 토지 등이 담보하고 있는 채무를 함께 어업조합법인에 승계시키는 경우에 감면이 적용되는 ‘현물출자로 발생한 소득’은 양도소득 금액에 양도가액에서 해당 채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액으로 하는 것임

조세특례제한법제67조

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 양식어업을 영위하는 어업인등이 영어조합법인을 설립하여해당 양식업(수산업법제41조제3항제2호에 따른 육상해수양식어업)에직접 사용되는 토지 등을 현물출자함(현물출자일:2014.06.09)

- 총자산가액에서 총부채를 차감한 순자산가액을 현물출자함

- 부채는 양식장을 담보로 하여 금융기관으로부터 차입한 것으로 현물출자시 영어조합법인이 해당 채무를 승계함

○ 질의내용

-현물출자 당시 양도물건에 설정된 채무를 법인에서 부담하는경우, 해당 채무상당액에 상응하는 양도소득세는 세액감면에서 제외되는지 여부

2. 관련법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법제67조【영어조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】(2014.12.23 법률 12853호로 개정되기 전의 것)

①∼③ 생략

④ 대통령령으로 정하는 어업인이 2015년 12월 31일 이전에 대통령령으로 정하는 어업용 토지 등을 영어조합법인과 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 어업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다. <개정 2013.1.1>

⑤ 제4항에 따라 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 그 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(이하 생략)

( 조세특례제한법 제67조 2015.12.15 개정)

④ 대통령령으로 정하는 어업인이 2018년 12월 31일 이전에 대통령령으로 정하는 어업용 토지 등을 영어조합법인과 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 어업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15>

○ 조세특례제한법 시행령 제64조【영어조합법인 등에 대한법인세의 면제 등】(2015.2.3 법률 26070호로 개정되기 전의 것)

①∼② 생략

③법 제67조제4항에서 "대통령령으로 정하는 어업인"이란 「수산업법」에 의한 어업인으로서 현물출자하는 어업용 토지등이 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 군 구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시 군 구 또는 해당 어업용 토지등으로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 거주하면서 직접 어업에 종사하는 자를 말한다. <개정 2005.2.19, 2008.2.22, 2010.2.18, 2013.2.15>

④법 제67조제4항에서 "대통령령으로 정하는 어업용 토지등"이란 양식어업에 직접 사용되는 토지 및 건물을 말한다. <개정 2010.2.18>

⑤법 제67조제5항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 당해 어업용 토지 등에 대한 감면세액에 현물출자로 취득한 총출자지분중 3년 이내에 양도한 출자지분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한다. <개정 2000.12.29>

( 조세특례제한법 시행령 제64조 2015.2.3 개정)

③법 제67조제4항에서 "대통령령으로 정하는 어업인"이란 「수산업법」에 의한 어업인으로서 현물출자하는 어업용 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 어업용 토지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 직접 어업에 종사하는 자를 말한다. <개정 2005.2.19, 2008.2.22, 2010.2.18, 2013.2.15, 2015.2.3>

( 조세특례제한법 시행령 제64조 2016.2.5 개정)

③법 제67조제4항에서 "대통령령으로 정하는 어업인"이란 「수산업법」에 따른 어업인으로서 현물출자하는 어업용 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 어업용 토지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 해당 어업용 토지를 어업에 4년 이상 직접 사용한 자를 말한다. <개정 2005.2.19, 2008.2.22, 2010.2.18, 2013.2.15, 2015.2.3, 2016.1.22, 2016.2.5>

( 조세특례제한법 시행령 제64조 2016.6.21 개정)

③법 제67조제4항에서 "대통령령으로 정하는 어업인"이란 「수산업법」에 따른 어업인 또는 「수산종자산업육성법」에 따른 수산종자생산업자(바다, 바닷가, 수산종자생산업을 목적으로 인공적으로 조성된 육상의 해수면을 이용하는 수산종자생산업자로 한정한다)로서 현물출자하는 어업용 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 어업용 토지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 해당 어업용 토지를 어업에 4년 이상 직접 사용한 자를 말한다. <개정 2005.2.19, 2008.2.22, 2010.2.18, 2013.2.15, 2015.2.3, 2016.1.22, 2016.2.5, 2016.6.21>

○ 조세특례제한법제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

① 생략

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 제66조제5항ㆍ제6항 및 제8항을 준용한다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15>

③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. 이 경우 제66조제9항 및 제10항을 준용한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.6.22, 2015.12.15>

(이하 생략)

○ 조세특례제한법제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

①∼③ 생략

④ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 농지 또는 「초지법」에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15>

⑤ 제4항에 따라 양도소득세를 감면받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 그 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2014.12.23>

⑥ 제4항에 따라 감면받은 양도소득세를 제5항 본문에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한다. <개정 2014.12.23>

⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1, 2015.6.22, 2015.12.15>

⑧ 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

⑨ 제7항을 적용받은 농업인이 현물출자로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 출자일부터 3년 이내에 처분하는 경우에는 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제7항에 따른 이월과세액(해당 영농조합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세로 납부하여야 한다. <신설 2014.1.1, 2014.12.23>

⑩ 제7항에 따른 이월과세액을 제9항에 따라 납부하는 경우 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하며, 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한다. <신설 2014.1.1>

○ 조세특례제한법시행령제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

①∼③ 생략

④ 법 제66조제4항 및 법 제68조제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지ㆍ초지 또는 부동산(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말하며, 법 제66조제7항 및 제68조제3항에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지등이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구, 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다. <개정 2005.2.19, 2008.2.22, 2009.11.26, 2010.2.18, 2013.2.15, 2014.2.21, 2015.2.3, 2015.12.22, 2016.1.22>

⑤ 법 제66조제4항 및 법 제68조제2항에 따라 현물출자함으로써 발생한 소득에 대하여 양도소득세가 감면되는 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지와 그 경작에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농로ㆍ수로등에 사용되는 토지로 한다. 다만, 제66조제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 제외한다. <개정 2005.2.19, 2016.2.5>

⑥ 법 제66조제5항에 따른 양도소득세의 납부는 농지를 현물출자하기 전에 자경하였던 기간과 현물출자후 출자지분 양도시까지의 기간을 합한 기간이 8년 미만인 경우에 한정하되, 납부하여야 하는 세액은 해당 농지에 대한 감면세액에 총출자지분에서 3년 이내에 양도한 출자지분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제4항의 현물출자하는 농지등이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구, 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. <개정 2000.12.29, 2015.2.3, 2016.2.5>

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작 기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

(이하 생략)

○ 법규과-1163, 2014.11.05

「조세특례제한법 시행령」제63조제4항에서 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 「조세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정 되기 전의 것) 제68조제2항에 따라 농지를 농업회사법인에 현물출자하면서 농지가 담보하고 있는 채무를 함께 농업회사법인에 승계시키는 경우에 감면이 적용되는 ‘현물출자로 발생한 소득’은 양도소득 금액에 양도가액에서 해당 채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액으로 하는 것입니다.