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사건번호
부산세관-조심-2016-37
제목
조세심판 결정통지
심판유형
심판청구
쟁점분류
관세평가
결정일자
2016-06-29
결정유형
처분청
부산세관
첨부파일
주문
1. OOO세관장이 OOO 청구법인에게 한 가산세 OOO원의 부과처분과 OOO 청구법인에게 한 수정수입세금계산서 발급 거부처분은 이를 취소하고,2. OOO세관장이 OOO 청구법인에게 한 관세 OOO원 및 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인의 이전가격정책이 적용되는 전체 기간을 대상으로 OOO의 이전가격정책과 정상가격산출방법 사전승인(Advance Pricing Agreement)상의 정상가격산출방법을 고려하여 정상영업이익률 도출과정의 적정여부, 이전가격 관련 주요 변수(판매량, 판매단가, 판매비용, 환율 등) 예측의 적정여부, 이전가격 사후조정 및 그 조정결과의 이전가격 반영여부 등 특수관계가 거래가격에 영향을 미친 것인지 여부 등을 재조사하여, 「관세법」 제30조부터 제35조까지에 규정된 방법을 순차적으로 검토하여 과세가격을 결정한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.
청구경위
가. 청구법인은 OOO 소재 OOO(청구법인의 지분을 OOO 보유한 본사, 이하 “OOO”라 한다) 및 그 관계사로부터 원료를 수입하여 OOO 등으로 가공하여 판매하거나 이들의 완제품을 수입하여 국내에 판매하는 업체로, OOO까지 OOO 관계사들로부터 수입신고번호 OOO으로 완제품 제조용 원료(이하 “쟁점물품”이라 한다)를 수입하였다. 나. 처분청은 OOO까지 청구법인에 대한 법인심사 결과, 청구법인이 OOO 하반기 가격인상분이 적용되기 전까지 사이에 OOO및 그 관계사로부터 수입한 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받은 것으로 보아 거래가격을 불인정하고 국내판매가격을 기초로 과세가격을 결정하는 방법(이하 “제4방법”이라 한다)으로 과세가격을 재산정하여 OOO 청구법인에게 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지하였고, OOO 청구법인이 신청한 수정수입세금계산서의 발급을 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.
청구인주장
(1) 청구법인은 거래순이익률법에 따라 객관적이고 합리적으로 거래가격을 결정하고 이에 따라 수입신고를 하였으므로 거래가격을 부인하거나 특수관계가 가격에 영향을 미쳤음을 입증할 아무런 근거가 없음에도, 처분청이 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 의하여 영향을 받은 것으로 보아 관세 등을 부과한 처분은 부당하다. 청구법인은 OOO 이후부터 특수관계자로부터 수입한 물품의 가격을 거래순이익율법(수입가격 = 국내판매가격 비용 정상영업이익)으로 결정하였는바, 이 때 적용되는 정상영업이익은 동종 유사기업의 정상영업이익에 대한 조사를 기초로 산출한 것으로 국세청장으로부터 정상가격산출방법 사전승인을 받은 것이고, 차년도 예상 매출액이나 경비가 차년도에 실제 발생한 매출액이나 경비와 유사하고 실제 영업이익률이 정상 범위내에 있거나 영업이익조정금액이 미미한 경우에는, 차년도의 거래가격을 차차년도에 그대로 사용하여도 차차년도의 영업이익률이 정상 범위 내에 있을 것이라는 합리적인 예상을 바탕으로 차년도의 거래가격을 그대로 차차년도의 거래가격으로 하여 수입신고한 것이다. 처분청은 OOO 청구법인에 대한 관세조사시 청구법인의 거래가격이 특수관계에 영향을 받지 아니하였다고 인정하여 영업이익조정금액만을 과세가격에 산입하는 처분만을 하고 조사를 종결하였고, 관세평가분류원장은 OOO 쟁점물품과 같이 수입물품을 원재료로 하여 국내에서 제조․가공한 물품을 판매한 후 동 판매에서 실현한 영업이익률을 기준으로 영업이익조정금액을 추가 송금하는 경우, 동 추가 송금액은 수입물품에 대하여 지급하는 것이 아니므로 과세가격에 포함되지 않는다고 회신한바 있다. 처분청은 청구법인이 통제할 수 없는 미래의 불확실성을 이유로 거래가격의 정당성을 문제 삼거나 실제 영업이익률이 정상 범위를 초과한 특정 과세기간만을 문제 삼으면서, 청구법인의 수입가격이 타업체의 수입가격에 비하여 저가이고, 전단계 원료의 국제가격 상승분이 쟁점물품의 거래가격에 반영되지 않았으며, 정상가격산출방법 사전승인(Advance Pricing Agreement, 이하 “APA”라 한다)를 통하여 영업이익 조정장치가 전제되었기 때문에 수입가격을 인상하지 않은 것이라는 의견이나, 청구법인의 수입가격에는 수출자의 통상이윤 등이 충분히 반영되어 있고, 그 가격은 우리나라와 경제상황이 유사한 OOO의 수입가격과 유사한 수준이며, 쟁점물품 중 주요 품목인 OOO 생산비용과 처분청이 전단계 원료라고 하는 OOO 가격과는 크게 연관이 없다는 점 등에서 타당하지 아니하다. 결국 처분청은 이 건 처분 이전까지 청구법인의 거래가격 결정 방법을 그대로 인정하여 오다가, 일부기간에 해당하는 OOO 상반기의 영업이익률이 높다는 이유만으로 쟁점물품의 수입거래가격을 합리적인 근거 없이 부인했을 뿐이다. (2) 청구법인은 국세청으로부터 APA를 받은 이전가격 결정방법에 따라 거래가격을 결정하고, 「관세법」 제30조에 따라 결정한 과세가격으로 쟁점물품을 수입신고하여 관세를 납부하여 왔고, OOO세관장 역시 OOO 청구법인에 대한 기업심사에서 청구법인의 거래가격을 인정하여 조사를 종결하였는바, 이러한 상황에서 청구법인이 「관세법」 제30조가 아닌 같은 법 제33조 또는 제35조에 규정된 방법으로 과세가격을 결정하여 신고할 것을 기대하기는 어렵다 할 것이다. 더욱이 관세평가분류원장은 영업이익조정액에 대한 청구법인의 질의에 대하여 명문으로 그 금액이 과세가격에 포함되지 않는다고 회신하였는바, 청구법인은 위와 같은 관세평가분류원장의 견해를 신뢰하여 아무런 조정을 거치지 않고 실제 거래가격 그대로 수입신고를 하고 관세를 납부하여 왔을 뿐, 청구법인이 어떤 다른 의도를 가지고 과세가격을 낮게 신고하거나 관세를 납부하지 아니한 것이 아니다. 또한, 이 건 부과처분은 관세과세가격의 평가에 대한 것으로, 단순히 사실관계의 오인이나 법률상의 부지․오해를 넘어 관련 법령의 해석에 대한 청구법인과 처분청 간의 견해 대립에 따른 것이고, 처분청 스스로도 OOO 기업심사에 따른 OOO세관장의 견해 및 관세평가분류원장의 견해를 변경하여 이 건 부과처분을 하였으므로, 대법원의 확립된 판례(대법원 1992.10.23. 선고 92누2936 판결, 대법원 2008.12.11. 선고 2006두17840 판결 등)에 따르더라도 청구법인에게는 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. 결국, 어느 모로 보나 청구법인에게는 이 건 부과처분에 있어 관세의 신고․납부 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정되는바, 가산세 부과처분은 취소되어야 하고, 수정수입세금계산서는 발급되어야 한다.
처분청주장
(1) 쟁점물품의 신고가격은 특수관계가 거래가격에 영향을 미친 것이므로 거래가격은 인정될 수 없다. 청구법인과 수출자인 OOO 및 그 관계사는 「관세법 시행령」 제23조 제1항의 특수관계자에 해당하고, 쟁점물품의 이전가격 결정방법이 거래순이익률법이라고 하면서도 정상적인 거래순이익률법으로 거래가격을 결정하지 않았거나, 수입물품의 거래가격을 본사가 일방적으로 결정하는 등 정상적인 가격결정 관행에 부합하지 않는 방법으로 결정하였다. 이는 가격결정의 주요 변수인 환율이 연도별로 변동하고, 2008년 구조조정에 따른 인력감축으로 2009년 판매관리비가 대폭 감소하였으며, 2010년도의 경우 수입물품의 국내판매에서 실현한 영업이익율이 정상영업이익율 보다 제조는 5.1배, 상품은 6.7배 정도 높게 실현되는 등 수입가격 변동요인이 발생하였음에도 OOO까지 대부분의 수입가격이 변동되지 않았다는 사실에서 알 수 있다. 처분청은 수출자인 OOO 매출총이익률이 OOO에서 OOO로 대폭 증가한 것은 판매물품의 가격을 인상하였기 때문이고, 이는 OOO 수출한 동일물품의 가격이 OOO에 전반적으로 인상된 것에서 알 수 있는바, 수출자의 생산제품을 단순히 재판매하기만 하는 청구법인의 OOO 매출총이익률OOO 원천 생산기술과 기반 제조시설을 보유한 수출자의 매출총이익률보다 높거나 비슷한 것은 수출자가 청구법인에게는 쟁점물품의 판매가격을 인상하지 않았거나 수출자가 판매시 쟁점물품의 생산원가에 가산되는 이윤을 충분히 확보하지 않았기 때문이다. 청구법인과 수출자는 특수관계자간 거래에 따른 이익 보상장치를 APA를 통하여 사전에 갖추고 정상이익을 초과한 부분을 수출자에게 사후지급함으로써 OOO 하반기 가격인상분이 적용되기 전까지의 이전가격을 인상하지 않았던 것이므로 이는 특수관계 및 APA가 수입가격의 결정에 영향을 미친 것으로 보아야 한다. 청구법인이 수입한 쟁점물품의 가격과 비교업체의 가격을 조사하여 본 바, 주요 수입물품인 OOO 원유에서 석유화학 공정을 거쳐 생산되는 열가소성 플라스틱수지로 그 가격은 제조공정상 원유 특히 전단계 원재료인 OOO 가격에 영향을 많이 받는 품목이므로 원재료의 가격변동 추이와 유사해야 함에도 특정시기OOO에는 전단계 물질인 OOO 평균 수입가격OOO보다 낮아 전단계 원료의 가격상승 추이를 전혀 반영하고 있지 못하고, 그 수입가격은 아래 <표1>과 같이 타업체의 수입가격보다 현저히 낮은 수준이다.<표1> 쟁점물품의 수입가격과 타업체 수입가격의 비교 이는 「관세법」 제30조 제4항 및 같은 법 시행령 제24조에서 규정한 신고가격이 동종·동질물품 내지 유사물품의 거래가격과 현저한 차이가 있는 등 이를 과세가격으로 인정하기 곤란한 합리적 의심의 사유에도 해당하여 청구법인이 그 사유를 소명하여야 함에도, 영업상황의 변화에도 장기간 수입가격의 변동이 없는 사유에 대하여 이전가격 조정금액이 미미한 경우 매출액 수준이 유사할 것으로 추정되어 수입가격을 유지하였다는 막연한 주장으로 일관하였고, 당시 거래가격 결정의 변수인 영업상황의 변화에 따른 품목군별 정상영업이익 분석자료나 기본 예측자료조차 작성된 사실이 없어, 처분청은 특수관계가 가격에 영향을 미친 것으로 판단하고, 청구법인이 2010년부터 2011년 하반기 가격인상분이 적용되기 전까지의 거래가격으로 수입신고한 건에 대하여, 「관세법」 제30조 제3항의 규정에 의거 거래가격을 부인하고 같은 법 제31조부터 제35조까지에 규정된 방법을 순차적으로 검토하여 제4방법으로 과세가격을 결정한 것이다. 위와 같이 처분청이 판매를 둘러싼 제반 상황을 검토하여 특수관계가 가격에 영향을 미친 것으로 보아 거래가격을 불인정한 것은「관세법」과 WTO 관세평가협정에 따른 적법한 처분이고, 청구주장과 같이 OOO 상반기까지의 영업이익률이 높다는 이유만으로 아무런 근거없이 쟁점물품의 거래가격을 불인정한 것이 아니라, 처분청은 쟁점물품의 거래가격에 OOO 비롯한 전단계 원료의 국제가격 상승분이 반영되지 않은 점, 수출자의 판매가격에 생산원가에 추가하는 통상의 이윤이 충분히 반영되지 않은 점, 타업체에 비하여 쟁점물품의 수입가격이 현저히 낮은 점, 국내 영업상황의 변화가 수입가격에 전혀 반영되지 않아 높은 영업이익률을 달성한 점, 수입가격 조정의 필요성에도 불구하고 정상적인 이전가격 결정절차에 따라 수입가격을 조정하지 아니한 점 등 구체적으로 특수관계가 가격에 영향을 미쳤음을 의심할 만한 합리적 사유를 제시하고 이에 대한 소명을 요구하였음에도, 청구법인이 특수관계가 가격에 영향을 미치지 않았음을 입증할 충분한 자료를 제출하거나 소명을 하지 아니하였으므로 청구법인의 거래가격을 부인한 것이다. (2) 처분청은 「관세법 시행령」 제27조 제5항의 규정에 의거 「수입물품 과세가격 결정에 관한 고시」(이하 “과세가격 결정고시”라 한다) 제26조에서 정한 동종․동류비율 산출을 위한 비교대상업체 선정 방식에 따라 적법하게 비교대상업체를 선정하였다. 처분청은 제4방법 적용을 위해 과세가격 결정고시 제26조 제1항에서 정한 대로 관세평가분류원장으로부터 통보받은 비교대상업체의 매출액 총합계액에서 매출총이익 총합계액이 차지하는 비율을 기초로 산출한 동종·동류비율을 청구법인에게 통보하였고, 동종·동류비율을 통보받은 청구법인은 같은 고시 제27조 규정에 따라 처분청을 경유하여 관세평가분류원장에게 이의제기를 하였으나 관세평가분류원장은 비교대상업체가 적법한 절차에 따라 선정되었다는 이유로 이의제기를 수용하지 않았다. 처분청은 「관세법 시행령」제27조 및 과세가격 결정고시 제26조에 규정된 절차에 따라 동종․동류의 수입물품으로 인정되는 품목번호의 범위를 정하여 연도별 수입실적을 기준으로 선정된 상위 100개 업체 중 업종범위로 결정된 업종부호가 대표업종인 업체를 선별하고, 동 업체들에서 외감 적정 여부, 납세의무자와 국내판매형태 유사 여부, 특수관계의 거래가격 영향 여부, 매출원가 대비 품목번호에 대한 수입금액의 비중 등을 검토하여 최종 비교대상업체를 적법하게 선정한 것이므로 OOO를 제외하고, OOO 추가로 포함시키라는 청구주장은 타당하지 않다. 처분청이 비교대상업체를 선정함에 있어 품목번호의 범위는 청구법인의 수입실적 검토를 통해 수입물품의 대부분이 포함되는 제3907호, 제3920호, 제3911호로 결정하고, 업종범위는 청구법인의 대표업종 등을 고려하여 합성고무 및 플라스틱물질 도매업(G46733), 가공 및 재생 플라스틱 원료 생산업(C20303), 그 외 기타 플라스틱 제품 제조업(C22299)으로 결정하였는바, 청구법인이 2014.11.24. 동종․동류비율에 대한 이의제기를 할 때에도 품목번호의 범위와 업종범위에 대해서는 문제를 삼지 않았다. OOO 보면, 동 사가 수입하는 물품 중 OOO 같은 품목번호에 해당하는 물품이고, 대표업종 역시 청구법인과 동일한 G46733으로 동종․동류물품을 취급하는 업체이며, 비록 동 사가 특수관계자로부터의 수입 비중이 큰 것이 사실이나 세관장이 특수관계가 거래가격에 영향을 주었다고 결정한 경우에만 비교대상업체에서 제외되는 것이므로 2014년 기업심사 결과 특수관계가 거래가격에 영향을 미치지 않았다고 판정된 바 있어 동 사를 비교대상업체에서 제외하여야 할 이유가 없다. OOO 보면, 동 사의 업종부호는 G46773으로 청구법인과 동일하나 동종․동류물품의 품목번호의 범위인 제3907호, 제3920호, 제3911호의 수입비중은 OOO 불과하여 동종․동류물품을 수입한다 볼 수 없고, 이에 따라 동 품목번호의 범위에 대한 수입실적 역시 상위 100개 업체에 해당하지 않아OOO 비교대상업체로 선정되지 못한 것이다.
쟁점사항
① 특수관계가 거래가격에 영향을 미쳤는지 여부 ② 가산세 부과처분의 당부 ③ 수정수입세금계산서 발급 거부처분의 당부
심리 및 판단
[쟁점물품설명] [사실관계및판단] (1) 청구법인은 OOO 출자하여 OOO 제조 및 판매를 목적으로 설립한 회사(OOO 주식회사)로, OOO 부문을 인수하면서 사명을 OOO 유한회사로 변경하였고, OOO 다시 현재의 사명 OOO 유한회사로 변경하였으며, 현재 청구법인의 지분은 OOO 보유하고 있고, 본사는 OOO에, 제조사업장은 OOO에 두고 있으며 매출에서 제조부문이 차지하는 비율은 OOO 정도이다. 청구법인은 쟁점물품을 OOO 및 그 관계사OOO로부터 수입하고 있으며 수출자와 청구법인은 「관세법 시행령」 제23조 제1항 제4호의 특수관계에 해당한다. (2) OOO 관계사간의 이전가격 결정정책(TP Policy) OOO은 상품(완제품 수입, 도매부문)과 제품(원재료 수입, 제조부문)으로 구분하여 거래순이익률방법(TNMN, 이전가격 = 예상평균 판매가격 - 제반비용 - 정상이윤)을 적용하여 부문별로 이전가격(거래가격)을 결정하며, 이전가격결정의 주요변수는 판매단가, 판매량, 판매관리비, 환율 등이다. OOO 매 회계연도 4/4분기 초에 3/4분기까지의 실제 실적과 4/4분기 추정실적을 바탕으로 전체 회계연도의 영업이익률을 추정한 후 정상이익률과 비교하여 정상범위를 벗어나면 이를 조정[관계사간 Credit Memo(이익) 또는 Debit Memo(손실)를 통하여 정산]하여 동 회계연도의 매출원가에 직접 가산하거나 차감하는 방식으로 회계장부에 반영하고, 회계감사 이후의 실제 영업이익률과 정상이익률을 비교하여 정상범위를 벗어나면 정상범위내로 최종조정을 실시하는데, 회계처리 및 청구방식은 중간조정과 동일하며, 이전가격 조정은 차년도 또는 차기의 이전가격에는 영향을 미치지 아니한다. OOO은 원칙적으로 연 1회 당해연도 4/4분기 초에 품목군별로 차년도에 적용할 이전가격을 결정하지만 사후보상 조정장치OOO가 없는 국가OOO에 적용할 이전가격은 매분기 조정을 실시한다. 처분청이 파악한 청구법인의 이전가격 실제 적용례를 보면, OOO 시절에는 매년 4/4분기에 품목군별로 이전가격을 갱신하여 익년도 수입분에 적용하면서 사후 조정금액은 잠정 및 확정가격신고를 통하여 실제지급금액에 가산하였고, OOO 사업부 인수하여 사명을 OOO 변경한 후에는 OOO 이전가격 정책을 유지하여 OOO 품목군별 수입가격을 설정하여 적용하였고, OOO 국세청으로부터 정상가격산출방법 사전승인(APA)을 받았으며, OOO까지는 수입가격을 조정하지는 않았으나 이익조정을 실시하였고, OOO 이전가격에 대한 협상을 개시하여 OOO 하반기부터 변경된 가격을 적용하기 시작하였으며, OOO까지 수입신고가격은 단가가 미확정되었다는 이유로 잠정가격으로 신고하였다. 청구법인이 제출한 OOO의 관계사간 국제 이전가격정책의 한글번역본 중 발췌한 ‘이전가격 결정과정 및 보고서’ 부분은 다음과 같다. (3) 청구법인은 OOO 국세청장에게 정상가격산출방법 사전승인을 신청하여 OOO 붙임과 같은 내용의 ‘정상가격산출방법 사전승인서’를 교부받았다. (4) 청구법인의 OOO까지 이전가격 조정전․후의 영업손익 및 이전가격 조정금액은 아래 <표1>과 같다.<표1> 이전가격 조정전․후의 영업손익 및 조정금액 (5) 처분청은 청구법인의 OOO 실제 영업이익률이 아래 <표2>와 같이 정상 영업이익률보다 제조부문은 OOO, 도매부문은 OOO 정도 높은 것으로 확인되고, 청구법인의 수입가격이 국내 영업상황의 변수인 환율, 매출액 및 판매단가의 상승, 판매관리비의 변동 등에 직접적인 영향을 받는 구조임에도 OOO 상반기까지 장기간(3년 6개월) 변동이 없었고, 쟁점물품의 생산에 필요한 원료의 국제가격 상승분이 수입가격에 전혀 반영되어 있지 않은 것은 수입가격을 낮게 결정하였거나, 정상적인 거래순이익율법으로 수입가격을 결정하지 않았음을 의미한다는 의견이다.<표2> 청구법인의 영업이익률 비교 (6) 처분청은 아래 <표3>과 같이 청구법인의 OOO 매출이익률이 OOO이고 수출자의 매출이익률이 OOO 것에 비추어 수출자가 쟁점물품의 판매시 생산원가에 추가하는 통상적 이윤 등을 충분히 반영한 것으로 볼 수 없다는 의견이다.<표3> 수출자와 청구법인의 매출이익률 비교 (7) 처분청은 아래 <표4>와 같이 청구법인이 2010년도 매출수량 및 금액을 예측하면서 매출수량은 OOO 증가할 것으로 예상하면서도 매출액은 전년대비 OOO 증가할 것으로 예측함으로써 임의로 평균판매단가를 축소하는 방법 등으로 예상매출액의 외형을 대폭 축소하였다는 의견이다.<표4> 청구법인의 2010년 매출 계획 청구법인은 당시 경제위기상황으로 2010년도 예상매출액을 낙관할 수 없어 예상매출액 등을 보수적으로 수립함에 따라 쟁점물품의 거래가격을 조정할 필요가 없었다고 주장하나, 처분청은 고의로 매출액을 축소하여 실제로는 영업이익을 초과달성함으로써 2010년도 및 2011년도에 대규모의 이전가격 조정금액을 지급하였다는 의견이다. 아래 <표5>는 처분청이 청구법인의 주요 수입품목의 수입가격 변동내역을 정리한 것으로, 처분청은 OOO 상반기까지 가격변화가 없는 것은 OOO 청구법인의 전신인 OOO 인수한 후 OOO부터 이전가격을 종전보다OOO 낮게 설정한 후 청구법인이 OOO 국세청으로부터 APA를 받았으므로 이전가격을 힘들게 조정할 실익이 없어졌기 때문이라는 의견이다.<표5> 주요 수입품목의 수입가격 변동 내역 (8) 청구법인의 주요 수입품목인 OOO 거래가격이 <표1>과 같이 타업체의 거래가격과 비교하여 전반적으로 낮다는 처분청의 의견에 대하여, 청구법인은 아래 <표6>과 같이 타업체의 수입량은 청구법인에 비하여 작으므로 수량차이를 조정하지 아니하고 비교하는 것은 부당하다고 주장한다.<표6> OOO 수입실적 (9) 관세평가분류원장은 OOO ‘거래순이익률법에 의한 이전가격 조정이 수입물품 가격과 관련이 있는지 여부’에 대하여 문서번호 OOO로 청구법인에게 다음과 같이 회신하였다.ÿ (10) 관세청장은 OOO 문서번호 OOO로 「국제조세 조정에 관한 법률」에 의하여 수입가격을 사후 조정한 경우 관세의 과세가격과 관련하여 다음과 같이 회신하였다. 또한, OOO 문서번호 OOO로 이전가격 조정금액이 과세가격에 포함되는지 여부에 대하여 다음과 같이 각각 회신한 바 있다. (11) OOO세관장은 OOO 청구법인의 전신인 OOO에게 ‘플라스틱 원재료 등의 과세가격 적정성 여부’ 심사결과(발췌)를 다음과 같이 통지하였다. (12) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 OOO 상반기까지 청구법인의 영업이익률이 정상영업이익률보다 현저히 높았음에도 이를 수입가격에 반영하지 아니한 점, 원재료와 제품의 가격변동추이가 서로 상이한 점 등에 비추어 특수관계가 가격에 영향을 미쳤다는 의견이나, 청구법인이 OOO의 이전가격정책과 OOO 국세청과의 APA를 통해 거래순이익률방법으로 정상영업이익률을 산출하고 그 정상영업이익률을 달성할 수 있도록 이전가격을 결정한 것으로 보이는 점, 이전가격정책과 APA에 따라 동일한 이전가격결정방법이 적용되는 전체 기간을 대상으로 하였을 때 비록 시차가 있으나 특정 기간에 발생한 과도한 영업이익의 조정분이 수입가격에 반영된 것으로 보이는 점, 주요 품목에 대한 다른 업체와 청구법인의 가격차이가 거래물량의 차이 등을 고려할 때 인정가능한 범위인 것으로 보이는 점, 청구법인의 원재료 수급과정을 고려할 때 원재료 가격과 제품 가격이 서로 연동되는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 특수관계가 가격에 영향을 미치지 않았다고 볼 수 있는 측면이 있다 할 것이다. 그러나, 청구법인이 특수관계자인 OOO 관계사와의 거래에서 거래순이익률법에 의하여 쟁점물품의 수입가격을 결정하면서 실제영업이익률이 정상영업이익률을 초과하거나 미달하는 경우 미리 정해진 약정에 따라 사후 보상조정을 통하여 정상영업이익률을 달성할 수 있도록 이전가격을 조정하는 것은 이전가격의 사후조정이 WTO 관세평가협정 예해 4.1의 가격조정약관(Price Review Clause)에 해당하지 아니하는 이상 그 수입가격은 원칙적으로 특수관계에 의하여 영향을 받았다고 볼 수 있는 점, 청구법인의 이전가격정책과 APA의 정상가격산출방법에 의하여 산출된 정상영업이익률이 서로 일치하는지 여부 및 정상영업이익률을 산출하기 위한 비교대상업체들이 청구법인과 그 수행기능․위험부담 및 사용자산 등의 측면에서 가장 유사한 업체들로 선정되었는지의 여부 등이 불명확한 점, 익년도 이전가격을 결정하기 위하여 당해 연도 4/4분기초에 익년도의 예상 판매량․판매단가․판매비용․환율 등을 예측하면서 그 당시 청구법인이 속한 동종업계의 시장상황 등 제반 경제적 여건을 고려할 때 그 예상값이 적정하게 산정되었는지 여부가 불명확한 점, OOO 이후 이 건 처분 당시까지를 대상으로 할 때 이전가격 사후조정 및 그 조정결과가 당해 또는 차기의 이전가격에 어떻게 반영되었는지 여부가 불명확한 점 등에 비추어 쟁점물품의 거래와 관련하여 이 건 과세대상기간 뿐만 아니라 청구법인의 이전가격정책이 적용되는 전체 기간을 대상으로 OOO의 이전가격정책과 APA의 정상가격산출방법을 모두 고려할 때 정상영업이익률 도출과정의 적정 여부, 이전가격 관련 주요 변수(판매량, 판매단가, 판매비용, 환율 등) 예측의 적정 여부, 이전가격 사후조정 및 그 조정결과의 이전가격 반영 여부 등을 재조사하여 특수관계가 가격에 영향을 미친 것인지 여부를 판단하는 것이 타당하다 할 것이다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 관세평가분류원장의 회신내용은 특수관계가 거래가격에 영향을 미쳤는지의 여부와는 무관한 점, OOO세관장이 OOO 청구법인의 실제 거래가격을 인정하고 영업이익 조정액을 과세가격에 산입하는 처분을 한 기간과 이 건 과세대상기간은 서로 상이한 점, 국세청의 APA에 따라 이전가격을 결정한 것이 이 건 과세처분에서 청구법인의 책임을 면할 사유로 볼 수 없는 점 등을 근거로 가산세 부과처분은 적법하다는 의견이나, 청구법인은 OOO세관장의 기업심사 당시부터 이 건 처분 당시까지 동일한 이전가격 결정방법을 사용하여 수입가격을 결정하였고, OOO 기업심사 당시 OOO세관장은 청구법인의 실제 거래가격을 인정하고 「관세법」 제30조를 적용하여 과세가격을 결정한 사실이 있는 점, 청구법인은 OOO 기업심사 결과통보에 따라 영업이익 조정액을 과세가격에 가산하기 위하여 이 건 처분 당시까지 실제 거래가격으로 잠정가격신고를 하여 온 점, 관세평가분류원장은 청구법인에게, 관세청장은 타업체에 대하여 과세가격이 「관세법」 제30조에 의하여 결정된 경우로서 수입물품을 원재료로 하여 국내에서 제조․가공된 물품을 판매한 후 실현된 영업이익률을 기준으로 추가송금하는 금액 또는 수입 후 판매량 등에 따른 수입자의 영업이익 증감에 따라 수출자에게 사후 송금하는 금액은 관세의 과세가격에 포함되지 않는다고 회신한 사실이 있는 점, 처분청도 OOO 상반기까지를 제외한 기간에 대하여는 특수관계가 가격에 영향을 미치지 않았음을 인정하고 있는 점, 이 건은 동일한 이전가격 결정방법으로 거래가격을 결정하는 전체 기간 중 영업이익 조정액이 과다하게 발생한 특정 기간에 대하여만 특수관계가 가격에 영향을 미쳤다고 보아 관세 등을 과세한 건으로 이는 법령의 해석에 있어 의심되는 부분에 대한 견해의 대립으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 의하여 영향을 받지 않았다는 OOO 기업심사 당시 OOO세관장의 통지내용을 신뢰하고 그 이후부터 이 건 처분 당시까지 실제 거래가격으로 과세가격을 결정하여 수입신고하거나, 실제 거래가격으로 과세가격이 결정되는 경우 영업이익 조정액은 과세가격에 포함되지 않는다는 관세평가분류원장과 관세청장의 회신내용을 신뢰하고 OOO의 영업이익 조정액을 과세가격에 가산하지 아니한 것인바, 쟁점물품의 수입거래와 관련하여 특수관계가 가격에 영향을 미치지 아니하였다는 통지내용과 영업이익 조정액이 과세가격에 포함되지 않는다는 회신내용이 존재하는 이상, 청구법인에게 동일한 이전가격 결정방법으로 거래가격이 결정되는 전체 기간 중 일부 특정 기간에 대하여만 거래가격이 특수관계에 의하여 영향을 받았다고 보아 과세가격 결정방법을 「관세법」 제30조에서 같은 법 제33조로 변경하면서까지 실제 거래가격을 과세가격으로 하지 아니하고 국내판매가격을 기초로 이를 역산하는 방법으로 새로이 과세가격을 결정하여 수입신고할 것을 기대하는 것은 무리라고 할 것이므로 이 건 부과처분을 함에 있어 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 할 것이다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 쟁점②에 관한 판단과 같은 취지에서 청구법인에게 수정수입세금계산서의 발급을 제한할 귀책사유가 있다고 보기 어려우므로 수정수입세금계산서의 발급을 거부한 처분 또한 잘못이 있다고 판단된다.
결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「관세법」제131조, 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.