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경정
쟁점공사비와 관련되는 부가가치세 매입세액을 전액 불공제한 처분의 당부(경정)
조세심판원 조세심판 | 국심2000서0898 | 부가 | 2001-02-20
[사건번호]

국심2000서0898 (2001.02.20)

[세목]

부가

[결정유형]

경정

[결정요지]

쟁점공사비와 관련하여 계산한 매입세액을 이 건 처분으로 전액 불공제하여 추징하고 매출누락에 대한 부가가치세를 추징하는 경우에는 국가가 시공사와 갑법인에게 이중으로 부가가치세를 징수하는 결과를 초래하게 되는 모순이 발생하게 되므로 쟁점공사비 전액에 대하여 부가가치세를 매입하였다고 보아 전액 불공제한 처분은 부당

[관련법령]

부가가치세법 제17조【납부세액】 / 부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】

[주 문]

동작세무서장이 1999.9.18. 청구법인에게 한 1999년 제1기분 부가가치세 225,299,035원의 부과처분은 대지조성공사비 공급가액 10,548,181,818원중 매입세액이 발생하지 아니한 6,898,510,909원에 대하여는 관련 매입세액불공제를 배제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실

청구법인은 서울특별시 동작구 OOO O동 OOOOOOO 외 430필지(재개발후 25필지)의 대지 108,712㎡지상에 재개발아파트 2,621세대 및 상가, 유치원 등을 건축하기 위하여 설립된 주택재개발조합으로서 1994.8.4 사업시행인가를 받아 1995.12.28. 청구외 OOO건설주식회사(이하 “시공회사”라 한다)와 총 건설공사비 209,269,429,974원의 건설공사도급계약을 체결하였으며, 시공회사는 1995.12.31. 재개발아파트건설공사를 착공하여 공사를 진행하던 중 1998.12.18.부터 1999.6.15.까지 공사비 총 89,366,481,320원에 대하여 공급가액 30,921,679,580원(과세분 34.6%)의 세금계산서 5매와 공급가액 58,444,801,740원(면세분 65.4%)의 계산서 5매를 청구법인에게 각각 교부하였다.

처분청은 1999년 제1기 부가가치세 환급신고자에 대한 현지 확인조사 결과 시공회사가 청구법인에게 교부한 위 세금계산서에는 대지 조성공사비 공급가액 10,548,181,818원(이하 “쟁점공사비”라 한다)이 전액 포함되어 있는 것으로 보고 이를 토지에 대한 ‘자본적지출’이라 하여 이에 해당하는 부가가치세 매입세액을 계산한 후 이를 전액 불공제하고 가산세를 부과하여 1999.9.18. 청구법인에게 1999년 1기분 부가가치세 225,299,035원을 결정·고지하였다.

청구법인이 이에 불복하여 1999.11.16. 이의신청을 거쳐 2000.3.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 쟁점공사비 10,548,181,818원이 포함된 전체 공사 대금에 대하여 시공사로부터 실지귀속에 의거 과·면세비율을 적용한 세금계산서와 계산서를 각각 교부받은 사실이 양 당사자간 거래사실관계와 시공사측 내부서류 등에 의하여 확인됨에도, 처분청은 청구법인이 대지조성공사비에 대하여 전액 세금계산서로 교부받아 매입세액을 공제 받았다고 보아 그 해당 매입세액을 계산하여 전액 불공제 처리하고 있는 바, 이는 공제받은 바 없는 매입세액에 대한 불공제 처분으로서 국세기본법 제14조같은법 제16조의 실질과세 및 근거과세에 위반되는 것이므로 처분청의 결정은 거래실질에 따라 재경정 결정되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 시공사로부터 수취한 매입세금계산서에 대지조성공사비를 별도로 명기한 사실이 없으므로 대지조성공사가 건축공사에 선행하여 이루어지는 공사진행상의 보편타당한 실상에 비추어 대지조성공사비에 대한 매입세금계산서 수취는 이미 수취한 매입세금계산서 30,921,679,580원에 포함되어 있다고 보아야 할 것이다. 이 건 대지조성 공사비는 임야, 도로, 전, 구주택의 대지 등을 대지화하기 위한 택지조성공사비로 보이며, 이는 토지에 대한 ‘자본적지출’이 분명하므로 이와 관련된 매입세액을 부가가치세법 제17조 제2항 제4호같은법 시행령 제60조 제6항에 따라 전액 불공제처분한 것은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

쟁점공사비와 관련되는 부가가치세 매입세액을 전액 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

같은법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다.

같은법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×

면세공급가액

총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

다. 판단

(1) 이 건 재개발사업의 총 예정건축면적 307,795.85㎡중 과세부분은 106,506.69㎡로서 34.6%이며, 면세부분은 201,288.79㎡로서 65.4%인 점에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없으며,

대지조성공사는 토지의 가치를 증대시키기 위한 ‘자본적지출’이므로 그 용역을 과세대상 용역으로 보고 이에 대한 부가가치세 매입세액을 전시한 관련법령에 따라 불공제하여야 한다는 처분청의 입장에 대하여는 청구법인도 이를 부정하지는 않고 있다.

(2) 이 건 쟁점공사비에 대한 매입세액불공제와 관련하여 청구법인은 매회 공사대금 지급시 시공사로부터 과세·면세비율을 적용한 세금계산서와 계산서를 각각 교부받았으므로 쟁점공사비 중 면세분에 해당하는 공사비에 대하여는 매입세액을 공제받은 사실이 없음에도 이를 공제받았다고 보아 불공제한 처분은 부당하다는 주장인 반면,

처분청은 공사진행상 대지조성공사가 건축공사에 선행하여 이루어지는 보편타당한 실상에 비추어 기 수취한 매입세금계산서 30,921,679,580원에는 쟁점공사비가 당연히 포함되어 있다고 보아야 할 것이므로 쟁점공사비에 해당하는 매입세액을 전액 불공제처분한 것은 정당하다는 입장으로서

이 건은 청구법인이 쟁점공사비에 해당하는 매입세액을 실지로 전액 공제받은 것인지 아니면 쟁점공사비 중 과세거래분에 해당하는 부분만 공제받은 것인지의 여부가 쟁점이 된다고 하겠다.

(3) 처분청과 청구인이 제시한 자료 및 시공회사가 제출한 자료를 근거로 쟁점공사비 관련 세금계산서 발행여부에 대한 사실관계 등을 살펴본다.

(가) 1999.3.30. 시공회사는 청구법인에 대하여 OOOOOO 주택재개발사업 계약금액 209,376,446,400원에 대한 공정율 45.85%의 기성고 89,366,481,320원을 청구하였는 바, 이에 대한 세금계산서 등 발행내역을 살펴보면, 시공회사는 위 과·면세비율을 적용하여 1998.12.18.부터 1999.6.15.까지 면세분 58,444,801,740원에 대하여는 5회의 계산서를, 과세분 30,921,679,580원에 대하여는 5회의 세금계산서를 각각 청구법인에게 교부하였다.

(나) 한편, 우리 심판원의 조회에 따라 시공회사가 제출한 이 건 전체공사와 관련하여 발행한 세금계산서 및 계산서내역을 추가로 살펴보면,

① 총 공급가액 236,030,590,000원 중 전액 세금계산서를 발행한 근린상가주택공사비 2,021,600,000원과 독서실공사비 494,290,000원을 제외한 순수한 아파트공사비는 총 233,514,700,000원으로서

② 위 아파트공사비에 대하여 1998.12.18.부터 2000.9.30.까지 총 13회에 걸쳐 매회 과세분(34.6%)에 대하여는 세금계산서를, 면세분(65.4%)에 대하여는 계산서를 교부하였으며,

③ 매회 공사비의 내역을 보면 대지조성이나 건축 등의 공정을 구체적으로 구분하지 아니하고 모두 ‘OOOOO공사비’로 일괄하여 청구하였고, 일반분양·조합원분양·임대아파트 등으로 그 분양성격별로 구분한 후 계약금·중도금(차수별)·잔금 등 대금수취의 성격구분만을 명시하고 있음을 알 수 있다.

(다) 위 사실들을 종합해 볼 때 결과적으로 이 건 쟁점이 되는 대지조성공사비 10,548,181,818원에 대하여는 위 과·면세비율대로 구분되어 쟁점공사비의 65.4%인 6,898,510,909원에 대하여는 계산서를, 34.6%인 3,649,670,909원에 대하여는 세금계산서를 발행하였던 사실이 인정된다고 하겠는 바, 쟁점공사비중 65.4%에 해당하는 금액에 대하여는 세금계산서를 수취하였거나 부가가치세 매입세액을 공제받은 사실이 없다는 청구주장은 인정된다고 하겠다.

(4) 처분청은 대지조성공사가 건축공사에 선행하여 이루어지는 것이므로 이미 수취한 매입세금계산서 30,921,679,580원에 대지조성공사비인 쟁점공사비가 전액 포함되어 있다고 보아야 한다면서 쟁점공사비에 해당하는 매입세액을 부가가치세법 제17조 제2항 제4호같은법 시행령 제60조 제6항에 따라 전액 불공제처분한 것은 정당하다는 입장이나,

위에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 이 건 공사에 대한 세금계산서 발행내역을 볼 때 쟁점공사비중 65.4%에 해당하는 금액에 대하여는 세금계산서를 수취하였거나 부가가치세매입세액을 공제받은 사실이 없는 바, 설령 시공회사가 쟁점공사비 전액에 대하여 세금계산서를 교부하였어야 했고 청구법인이 쟁점공사비에 해당하는 부가가치세액을 부담하였어야 했을 것이라는 처분청의 추정논리가 타당하다 할지라도, 실지 결과적으로는 청구법인이 매입한 사실이 없고 공제받지 아니한 매입세액을 처분청에서 불공제처분하는 것은 타당하지 않다고 판단된다.

특히, 처분청은 청구법인이 쟁점공사비에 대하여 전액 세금계산서를 교부받은 것으로 계산하고, 시공회사가 공사비 6,890,713,865원(쟁점공사비의 약 65%에 상당하는 금액임)에 해당하는 매출을 누락하였다고 보아 시공회사를 관할하는 용산세무서장에게 동 자료를 통보하였는 바, 처분청이 쟁점공사비와 관련하여 계산한 매입세액을 이 건 처분으로 전액 불공제하여 추징하고, 또 시공사 관할 세무서장이 위 매출누락에 대한 부가가치세를 추징하는 경우에는 국가가 시공사와 청구법인에게 이중으로 부가가치세를 징수하는 결과를 초래하게 되는 모순이 발생하게 되는 바, 이러한 점에 비추어 보더라도 청구법인이 쟁점공사비 전액에 대하여 부가가치세를 매입하였다고 보아 그 계산된 세액을 전액 불공제한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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